1SGUA

Comparing the accumulation of active site and non-active site mutations in the hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLREALLDTGADDTIFEEISLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparing the Accumulation of Active- and Nonactive-Site Mutations in the HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sguA00
2ZJNA 3Q3TA 3L5BA 1B6JA 5P40A 2WKZA 5OZDA 1XL5A 4D83A 1FQ7A 1BDRA 3AUPA 1KJ7A 3IN3A 3FIVA 1DAZC 3KT2A 3TOGA 5P2NA 1B6PA 2B8LA 3R4BA 2G1NA 4Y4TA 3DUYA 2UPJA 5P8FA 1QBSA 1KJHA 1M4HA 2UY0A 1MRXA 4PHVA 4YOBA 4I0EA 3PSUA 4J0YA 5P0OA 4DJWA 4Y3LA 5P4QA 1FQXA 2QI0A 3N4LA 1ER8E 3S53A 4ZIPA 5P5OA 4YDGA 4GJ6A 3NLSA 4DV9A 1HSHA 1CPIA 3OQAA 4FRJA 5P3OA 3T7QA 4F76A 5P04A 2B7ZA 5P3FA 5P5BA 2V00A 4HEGA 4QJ9A 4UPJA 3OXVA 5P34A 4GJ7A 4L1AA 5P0GA 5P30A 5P7ZA 4ZE6A 5P1IA 3HZCA 2PQZA 4DJUA 1HWRA 5OZSA 3S56A 2V13A 5P3DA 4J1IA 1LV1A 2QMPA 5IVSA 5I3XA 4GJDA 5HE5A 2I1AA 5P2WA 1TQFA 2VJ9A 4WY1A 2WJOA 3APPA 4DPIA 5P6VA 1HTEA 4EP3A 4KE0A 4R8YA 3GGAA 2VA6A 5P5ZA 4ER1E 3FV3A 5EZZA 5P52A 1META 1DPJA 1LYAB 2QMDA 5P39A 2QU3A 5P11A 5OZFA 4PEPA 5P4NA 2NR6A 5P0KA 2JYSA 3NUJA 4YCTA 5P4TA 2XYFA 1SIVA 4XXSA 3BVAA 1QBTA 5P61A 1FG6C 1ENTE 4OBKA 3PSYA 2Q5KA 4OBZA 3GI6A 5OZEA 3CICA 5SY2A 5P7IA 5P43A 4F74A 5P50A 3I8WA 4Y47A 4Y44A 5P0UA 5OZCA 5P6CA 5P63A 5HDXA 5P4WA 5AH7A 3KN0A 1HVRA 3EC0A 1SIPA 2Q15A 4BFDA 4L7HA 2SAMA 4BEKA 4FAFA 4X2LA 3OTSA 4RYCA 3QN8A 1HVCA 2O4PA 5P87A 4YD7A 2ER7E 4FRIA 2IKOA 3T7XA 4DJYA 4J1KA 1BIMA 1WBKA 4Y5NA 1MUIA 5P08A 4D8CA 2BPXA 3O9LB 4RCFA 3KDBA 5OYXA 3R0WA 3KDDA 5DR3A 3OUCA 3OU4B 2Q11A 2ER0E 2V16C 3NDTA 5P13A 5P0CA 3KT5A 1DP5A 3HVGA 1GVUA 2RKGA 1HIIA 1FMUA 2A4FA 5OZ3A 2AIDA 2QZKA 3SM1A 5OZNA 5P2HA 2CEJA 5P0WA 5P0QA 5P5UA 2QD7A 5P1SA 3T7PA 1FKNA 5P10A 5P3QA 3PI5A 4Y6MA 3SA8A 5P5KA 4Y5KA 4A6BA 1RV7A 3EL5A 2ZJMA 3A2OA 1GVTA 5OYZA 4I12A 1BXOA 1K2CA 3NU6A 3DV1A 5P4RA 4Y3FA 5OZHA 3IN4A 1K6VA 4Z2ZA 2I4QA 2I0AA 5P0RA 2V0ZC 5P69A 2ANLA 5P03A 4QJAA 3EKWA 4YD6A 3KFNA 1F7AA 2PWRA 5P6EA 5P8VA 2R5PA 5P48A 4RCDA 4DJXA 5P23A 4GMIA 3G70A 5KR1A 1YM2A 1EPPE 5P2XA 2VJ6A 1IDBA 1FQ4A 2AVOA 3KYRA 5P5XA 5P2AA 5P25A 1K2BA 4B1DA 5ER2E 5P2SA 5P71A 4D85A 3OWNA 4JOOA 2QI7A 1A30A 4K4QA 5P7AA 5P75A 5AH6A 2BB9A 1EEDP 2B42A 5C9BA 1ZSFA 1HSGA 1AIDA 1AAQA 2XYEA 4EQ0A 1FFIC 1LYWB 1VIJA 1W51A 5KR8A 1IVQA 3EM4A 3BGCA 4FSEA 3KDCA 1EAGA 4Y5CA 4Y4AA 4B72A 2AZ8A 5P2CA 2PWCA 3SA4A 8HVPA 1EPNE 3T11A 1D4HA 5P05A 1T7IA 1BDQA 3NSHA 2NXLA 2FDPA 3CYXA 4QJ6A 5P88A 4I11A 4HZTA 2Z4OA 2NPHA 3O9DA 3UQRA 1F34A 2QNNA 3D3TA 2FNTA 5P22A 4EXGA 4CKUA 4Y4WA 4JP9A 3QVCA 1Z1RA 4NPUA 1PSAA 3UDKA 2IS0A 4H1EA 1MPPA 4I0JA 4Q1WA 4R93A 1TCXA 4DJPA 3O9FA 1A9MA 2Q64A 5P6DA 4YD4A 3EKQA 2I4VA 3UFNA 5P31A 2R8NA 3NWQA 3OQDA 5P8CA 5P2TA 4AA8A 4Y5LA 5P55A 4HDPA 5P2JA 1BVGA 3SA9A 1AZ5A 4DUSA 1EC0A 1YTGA 2ZE1A 5OZBA 3ZLQA 5DR4A 2P4JA 4KE1A 3IA9A 3CIBA 3QAAA 5P6TA 1ZSRA 2QZWA 3PMUA 4B05A 3UQWA 3D1XA 5P84A 5DR8A 5C9FA 5OYQA 3VYDA 5P6JA 3NXEA 4J1HA 5P7CA 3ZKQA 1AJVA 4DPFA 1HTGA 3O9CA 2ZYEA 3DM6A 4Y45A 3PLDA 4J0PA 5P2MA 2F3FA 5P0PA 3DCRA 3QP0A 5P6WA 1VIKA 2WF3A 4FM7A 4Y3NA 2IGYA 2Q54A 5OZPA 1OHRA 4F73A 3NWXA 3FNTA 2HC0A 1NPVA 5P7UA 4J17A 4R91A 1SGUA 2WL0A 4QGIA 2FXDA 3NUOA 3SLZA 3MSJA 5P1OA 5P1EA 5P2OA 4GJBA 5OZXA 4AZYA 4Y5GA 3VYFA 5P4GA 4CPXA 1W6IA 5P41A 5P7MA 3OGPA 5P0XA 5P3NA 2OF0A 5P3WA 3NU4A 2G26A 5FIVA 1T7JA 5P7KA 3M9FA 3TPRA 1GNMA 4RCEA 1MEUA 1ODWA 5P8DA 3WB5A 3L5FA 5P1QA 5P3TA 5P4OA 5P1LA 2PK6A 3IXJA 4Y53A 3L5DA 1LYBB 5AGZA 2F3KA 5OZYA 3BXSA 3OK9A 4DQEA 3EL9A 3FKTA 5P6IA 3SKFA 3GI5A 1CZIE 5P2FA 2HS2A 2QMGA 3OU1B 4NKKA 3HAUA 5ER1E 2BPVA 1LS5A 1ODYA 5P0ZA 5P5SA 2VIEA 5P7NA 4Z50A 4Y51A 3O99A 4MC1A 3FX5A 3EXOA 4L7JA 2PH6A 2NTRA 5HU1A 5ISJA 5P36A 5P5IA 1K1TA 5P0BA 5P3EA 4GJ5A 3PSGA 4Q1YA 5COOA 3UTLA 1MIQA 3OXXA 4K8SA 4RLDA 3BUFA 3PRSA 1LF4A 3PWMA 5OZAA 5KQZA 4K4PA 4OBDA 2G69A 4NJUA 3ZPTA 5P6SA 2ER9E 3OAGA 3L5EA 4Y3QA 4PPHA 1BWBA 1AJXA 1PSNA 1T7KA 2QHZA 2F3EA 5P4EA 1BAIA 2IRZA 2J9JA 4Y3ZA 1YTIA 5P4PA 5OZ9A 2PK5A 5KR2A 5P5AA 4CP7A 3CMSA 3APRE 4LC7A 3UDHA 4FS4A 1ZP8A 3UDQA 2AZ9A 3PM4A 2QZXA 3I25A 3PBDA 3WB4A 1GNOA 5P3GA 5HD0A 3SAAA 5I70A 1YTHA 5P5CA 5P6HA 4QJ2A 5AHBA 3IVHA 2P8HA 4FCOA 4FL8A 3I6OA 5P51A 1BBSA 5AH9A 1XE6A 5P0VA 2PC0A 2WF2A 5HTZA 1ZPAA 2VIZA 5P3ZA 3Q70A 5P32A 5P8RA 2PSVA 4OD9B 4QLHA 1M0BA 4YDFA 3VFBA 3EM3A 2QHYA 5HDVA 3VCMA 3HVPA 4FM8A 3MXDA 4I8WA 4Y5MA 4TVGA 5DPZA 5P2UA 1TW7A 3CYWA 5P38A 5TOLA 3TPPA 1FFFC 4Y3XA 5E5JA 5KOQA 3UCBA 2FGUA 2QD6A 1TSQA 4EJLA 4MC6A 5BS4A 4I1CA 3EKXA 3JVYA 6FIVA 2ZHRA 5HCTA 5P8BA 3SKGA 5P1KA 2BPZA 1XL2A 5P78A 3OADA 5P35A 1HVSA 3NDWA 3EL0A 5P83A 5P3VA 4H3GA 1ME6A 5OZUA 3OXWA 5OZGA 3SA3A 4YBFA 4M8YA 1APUE 1EBKC 4LXKA 2ZHTA 3EKVA 3IXOA 3Q4BA 5P8JA 3UF3A 2FS4A 5P7YA 5P5FA 5P17A 5P3JA 1ODXA 2I4XA 3UFLA 2WHHA 4DQFA 4Y4XA 9HVPA 3HD8A 5P4SA 4TRWA 5P53A 1GVXA 1T3RA 3EKYA 4DQGA 4OBFA 4ZPFA 1RQ9A 4QJ7A 1APWE 4Y54A 3VG1A 1SMRA 1D4SA 3QBFA 1Z8CA 3I2LA 5P8TA 4Y4BA 2I4UA 3BUGA 5P1AA 5OYRA 3SA7A 5OZ2A 5DGUA 5P4UA 4AMTA 5AHAA 5P4ZA 3OUDB 1EC3A 3SA6A 5P49A 5P5WA 3TH9A 2J9KA 4R95A 4EJ8A 5P7WA 2QNPA 3OU1A 5KQFA 4LL3A 2AVQA 2XFIA 3VSWA 2NNPA 2ZHUA 2ZJHA 3QRVA 2Q63A 5P4YA 4DJOA 1ZLFA 5P7VA 4FSLA 4RYGA 5P7HA 5P46A 4B77A 1E82E 3SM2A 1XE5A 5P4DA 1HPVA 3Q5HA 1BWAA 1M43A 2AZCA 4WTUA 5P2EA 2G22A 5DQ5A 5P7EA 3D91A 1RNEA 4OC6A 1A8GA 1PPME 2JJIA 4DI2A 1ZTZA 4Y57A 3WSJA 2ASIA 4OBJA 3VUCA 2EWYA 2HB2A 5P0DA 3MSKA 5IS4A 4RVJA 2PSGA 5P7LA 2QI1A 1K6TA 5P4JA 3O9BA 3VF7A 1YT9A 1YG9A 1IZDA 1FEJC 1HEGE 1HVHA 5P4FA 4ZPEA 5P5DA 5P72A 3OTYA 2AOEA 4YCKA 3UQPA 1D4IA 5P01A 4L6BA 1SMEA 3K4VA 4Y5PA 4ACXA 1FB7A 4U7QA 5P3XA 4Y4JA 5I3WA 3N3IA 3MSLA 2F80A 5OZ6A 4OBGA 5P1RA 4TVHA 3NDXA 1MSMA 3D1YA 3OGQA 5OZRA 3ECGA 2QI3A 2R43A 5P16A 2HAHA 1QS8A 5P3UA 5P7OA 1WKRA 1EPRE 3PGIA 1Q9PA 2AZBA 4E43A 4Y50A 5P3KA 1C6YA 5T4SA 2PSUA 3LIVA 3GW5A 4I0IA 4YOAA 4OBHA 4FLGA 1QRPE 1U8GA 5OZJA 4RROA 4RGHA 2HIZA 1HHPA 4DJQA 1G2KA 2RSPA 4YD3A 5KQXA 5P2BA 5CLMA 5P5YA 1MT9A 5P6BA 2PH8A 4J0TA 4R92A 3OOZA 3LNKA 2VIJA 1BILA 1EBYA 4GYEA 1OEWA 2UXZA 2OHSA 5IE1A 1YX9A 5P0NA 2O4SA 4LP9A 5BWYA 4DJRA 4NJVA 5E5KA 3B7VA 1AM5A 2ZJLA 3S54A 5P15A 1HXBA 2P3BB 3S2OA 1HVIA 1HVLA 2JE4A 2V12C 3BUHA 4GJ9A 4Y5AA 4H3JA 3EL4A 2G24A 3D1ZA 6UPJA 3NXNA 1XDHA 5OZOA 3LIZA 5P47A 2NMZA 3I7EA 5DQCA 1HPXA 5P18A 3EKPA 4L7GA 3OUDA 3RTHA 1LF2A 3VV7A 1EPQE 1LYAA 3PHVA 5P2IA 2IGXA 5P4AA 3EM6A 5P7JA 1BV7A 1W5VA 2WF1A 1KZKA 3OQFA 2VJ7A 3PLLA 4FRKA 5P0AA 4ZLSA 1J71A 4JPCA 2G1SA 2HS1A 5DGWA 4Y37A 5OZLA 3ZOVA 2BKSA 4RVIA 3ZKGA 3PJ6A 4Y41A 3TTPA 4B70A 2RKFA 4EHCA 3BXRA 3FNUA 5P8PA 3OOTA 4I0HA 3INFA 2QHCA 4KB9A 3LIYA 3UDNA 3ZKSA 4Y3WA 4YBIA 3C9XA 3DCKA 4Y43A 1B5FB 3UDPA 1GKTA 3OY4A 4Y4GA 5P1CA 5OZZA 1W6HA 4FIVA 5P6LA 1FQ8A 5P68A 7HVPA 2O40A 1FF0C 5OZWA 4B1CA 2QU2A 5P7RA 2NMYA 5P8LA 3QVIA 3KF0A 1C70A 5OZTA 3Q6YA 4J55A 5P65A 2G94A 3PCZA 5OZVA 1D4KA 4LAPA 3MXEA 4CPTA 1APTE 5P1UA 3CKTA 2R3TA 3O9LA 5P79A 2I4DA 1BDLA 2OHQA 1CMSA 3OU4A 4RVXA 4HVPA 4APRE 1SDUA 3L38A 2VNNA 4Y4ZA 3IXKA 4Y3YA 3OHFA 4Y58A 1LZQA 5KOSA 2JJJA 1RPIA 1K6PA 5P27A 2G27A 4N00A 5P6NA 2QI4A 5AHCA 1EBWA 4DH6A 3S85A 3RU1A 3FSMA 1NPWA 2AQUA 3TNEA 3EBZA 1UPJA 1DIFA 5P5GA 1W5XA 5P0LA 4Z4XA 5P86A 5OYVA 5P4XA 4B1EA 1B6MA 4EP2A 4X7IA 4DJVA 5OZKA 2AOIA 3BRAA 3UQXA 2VIYA 3LHGA 4Y3PA 2AOGA 5P5JA 4ZSQA 2QK5A 3AIDA 3H0BA 3OQ7A 3LIQA 5P1HA 1UH7A 5P3CA 1Z1HA 4QJ8A 5P1ZA 5P1YA 5P6OA 1OEXA 3L58A 3INHA 1LF3A 4J1FA 1APVE 5P3SA 2FMBA 4FAEA 4HDBA 4J54A 3O9IA 5KQYA 5OYWA 4YE3A 1EPME 4GJAA 4Y48A 2I4WA 3ZPSA 4EJKA 4MC2A 5COPA 2VA7A 5P33A 4JECA 4DFGA 5OZMA 3G6ZA 4B0QA 1D4LA 4YCYA 3VF5A 4EYRA 3OQKA 5F01A 1DW6C 3UDYA 4FRSA 5HDZA 3U7SA 5P89A 3L3AA 4ER4E 2G1YA 5P6PA 1NPAA 3IVIA 5P8KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJN A;  3Q3T A;  3L5B A;  1B6J A;  5P40 A;  2WKZ A;  5OZD A;  1XL5 A;  4D83 A;  1FQ7 A;  1BDR A;  3AUP A;  1KJ7 A;  3IN3 A;  3FIV A;  1DAZ C;  3KT2 A;  3TOG A;  5P2N A;  1B6P A;  2B8L A;  3R4B A;  2G1N A;  4Y4T A;  3DUY A;  2UPJ A;  5P8F A;  1QBS A;  1KJH A;  1M4H A;  2UY0 A;  1MRX A;  4PHV A;  4YOB A;  4I0E A;  3PSU A;  4J0Y A;  5P0O A;  4DJW A;  4Y3L A;  5P4Q A;  1FQX A;  2QI0 A;  3N4L A;  1ER8 E;  3S53 A;  4ZIP A;  5P5O A;  4YDG A;  4GJ6 A;  3NLS A;  4DV9 A;  1HSH A;  1CPI A;  3OQA A;  4FRJ A;  5P3O A;  3T7Q A;  4F76 A;  5P04 A;  2B7Z A;  5P3F A;  5P5B A;  2V00 A;  4HEG A;  4QJ9 A;  4UPJ A;  3OXV A;  5P34 A;  4GJ7 A;  4L1A A;  5P0G A;  5P30 A;  5P7Z A;  4ZE6 A;  5P1I A;  3HZC A;  2PQZ A;  4DJU A;  1HWR A;  5OZS A;  3S56 A;  2V13 A;  5P3D A;  4J1I A;  1LV1 A;  2QMP A;  5IVS A;  5I3X A;  4GJD A;  5HE5 A;  2I1A A;  5P2W A;  1TQF A;  2VJ9 A;  4WY1 A;  2WJO A;  3APP A;  4DPI A;  5P6V A;  1HTE A;  4EP3 A;  4KE0 A;  4R8Y A;  3GGA A;  2VA6 A;  5P5Z A;  4ER1 E;  3FV3 A;  5EZZ A;  5P52 A;  1MET A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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