1SGUA

Comparing the accumulation of active site and non-active site mutations in the hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLREALLDTGADDTIFEEISLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Comparing the Accumulation of Active- and Nonactive-Site Mutations in the HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sguA00
3SA3A 2QZWA 5I3VA 4H3GA 5KR2A 5P5NA 2ZJMA 2Q15A 6FIVA 4RVJA 3APPA 3OOZA 5OZAA 1T6EX 5I3YA 1WBMA 3UCBA 2ZDZA 1BWBA 2A4FA 9HVPA 3QRMA 5P1OA 4K4RA 3AIDA 3QI1A 4Y3AA 2VIZA 1CMSA 1YTHA 4L1AB 1EPOE 1YTGA 2I4DA 2H6TA 3VYDA 1A30A 5OZ8A 5P8TA 2FDDA 4FM6A 1ODWA 2BKTA 5ER2E 2VIEA 5P33A 4RYCA 1D4SA 5P6NA 1SGUA 4HLAA 4TRYA 3SKFA 3SA9A 5OYRA 2ER0E 3SO9A 3UDYA 2R8NA 4Q1YA 2RKGA 1XDHA 3UDHA 4IVSA 5P0YA 2P3BB 5P17A 4J1IA 1YTJA 2BPVA 4U7VA 5APRE 5OZLA 4B1EA 3KA2A 1W51A 2HB4A 1APUE 2PYMA 2QI3A 2VA7A 3QRSA 2B60A 1W5VA 5P0AA 4GJ7A 5P8NA 4H3JA 4ZIPA 3PMUA 1MT9A 4OD9A 5ER1E 4OBKA 2SAMA 3ER5E 4DJVA 1APWE 4GJ8A 2BKSA 3L5DA 5P0XA 3T7PA 5EZXA 1YM4A 3EKPA 1W6HA 5AH6A 1F34A 3A2OA 4L6BA 5P2KA 5P7PA 2AZ8A 3PI0A 1EPME 4Y51A 5P19A 5P32A 3Q3TA 4FM7A 5KR1A 3IA9A 1EPNE 1ZTZA 5P4HA 4APRE 4Y5EA 5P0VA 4XX3A 3LZSA 3UPJA 2NTRA 3EKQA 5P66A 5P8BA 5P6VA 5P5JA 4YBFA 3PSUA 5TOLA 1ZPAA 4ZEAA 5P6QA 4OBHA 3LPKA 4DPFA 1HXWA 5P8OA 5P7NA 5P5EA 3IVIA 5P70A 3PHVA 5OZEA 5P7SA 5P57A 5OZRA 5P0QA 3DOXA 5KQXA 5P7QA 2NMYA 5P6BA 4D83A 3QIHA 4I11A 3TKGA 5P6XA 2R5QA 1T7JA 5P1YA 2HM1A 3PGIA 1XN2A 1BAIA 1LF4A 2WECA 3NU6A 2V13A 3OXCA 4Y3DA 3S7MA 5P1UA 5P2EA 2QNNA 3U7SA 1WKRA 3UDRA 2HAHA 1CZIE 5P7GA 1XL2A 1FQ7A 5I3XA 3SA7A 3UQUA 3OQ7A 1MTRA 5P15A 4HDBA 2G22A 4Y9WA 3L38A 3S43A 5COOA 1EPLE 5P38A 3LPIA 2FIVA 5P00A 5OZCA 5P7JA 1HTEA 1G6LA 5P5LA 5P4WA 5P5IA 5P83A 3F9QA 3HAWA 5ENKA 5P84A 3OQKA 5P8SA 4Y47A 1NPVA 4Y3PA 3NDTA 4H3FA 1EPQE 5OZVA 5P5DA 5HE4A 7UPJA 3MWSA 2IQGA 5P53A 5DQ1A 1EBKC 3VF5A 4QJ8A 5P4LA 2AVOA 2IKUA 2WEAA 3BXRA 2IKOA 5P5GA 5P7EA 4EQJA 3BVAA 2FGVA 3MXEA 1EC0A 4RGHA 1LYBA 5P71A 5OZ3A 1FQ6A 5P1VA 3O99A 4ZPGA 3R2FA 1DW6C 1HVHA 2V11C 3IXJA 5P78A 2P3DA 4Y39A 3PWWA 2IRZA 2OHPA 2QZLA 3O9EA 4RROA 3TTPA 3ZPTA 5P85A 4YD7A 1FFIC 4BFBA 3OGPA 4LL3A 3ZL7A 1VIKA 3B80A 5P5UA 5JG1A 4YDGA 3RVIA 4FSEA 4NPTA 1HVLA 5P0RA 5DR0A 2OHMA 2OHKA 3VFAA 3HVGA 4DJOA 4NKKA 1MRXA 4HVPA 3SA5A 4LXKA 2HIZA 3VV8A 4FE6A 2VNMA 4AMTA 5KR0A 1QBSA 5P1KA 1Z8CA 5P8UA 3NDWA 2P8HA 4RVIA 3NUOA 4Y3SA 4ZE6A 3EC0A 4CPQA 5P77A 2PSUA 5C9FA 3O9FA 4JPCA 3TNEA 1FB7A 4FL8A 3VLAA 1HIHA 1FMUA 4Y58A 1IVQA 4GB2A 3URJA 3LZYA 2HB3A 1LF3A 5P8AA 5BRYA 1HVKA 2BPWA 5P3HA 1MESA 5OZHA 1W5WA 5P4KA 5P8JA 1BXOA 1FQ5A 2VIJA 3CKRA 3VEUA 2FMBA 2P3AA 3O9DA 1QRPE 4JECA 4D8CA 1HPXA 5P6YA 3CKTA 5P4EA 4APEA 1BDRA 1MSMA 3ZKSA 2QHCA 3U71A 1RV7A 1IZHA 2R38A 5P8RA 3NDXA 2FLEA 3H0BA 5P5HA 5OYQA 1AM5A 3OUDB 2WHHA 1K2BA 3D1YA 4Q1NA 5P1RA 5P2MA 5P1QA 3UHLA 3EMYA 2PQZA 3HLOA 3JW2A 4AUCA 2EWYA 3TOGA 4XX4A 1K1TA 4YCTA 4AA8A 1D4JA 3EKWA 5P5KA 1GVUA 3K4VA 3ZKQA 4EJKA 1FG8C 3KT5A 1AVFA 1LS5A 3GI0A 5P8GA 2I0DA 4I8ZA 2PSGA 5KQZA 5P0NA 1W5XA 1PSNA 1A8GA 3NSHA 5P1AA 4L7GA 5P42A 3FSMA 4E43A 1ZPKA 3L59A 4DQBA 5P6TA 2ER9E 2NXMA 5P6DA 3CMSA 1E80E 2O40A 3OUAA 4ZPEA 2XYFA 3EXOA 4Y3QA 5P58A 1KJ4A 3FV3A 3PI5A 3EL1A 3KFRA 3TL9A 3SA8A 4Y5KA 2F8GA 2OHTA 5OZ4A 2FDEA 1OHRA 2ZJIA 3VYEA 4WY1A 3RTMA 3G70A 1EC3A 1HVIA 3QP0A 5P56A 2WJOA 3SABA 5P1GA 2VA5A 3OQFA 5P52A 4J5JA 5HU1A 2UXZA 5HD0A 4J55A 3ZKGA 4Y37A 1MT8A 1MRWA 5P4NA 4YD6A 3HVPA 1EPPE 5P35A 5HCOA 1KJHA 2BPZA 5HDUA 1YTIA 3OXXA 4PPHA 5P3MA 2R3TA 5P26A 1FF0C 4K8SA 5P7WA 1B5FB 5P0OA 4Y5LA 5P65A 1ME6A 3NDUA 2OHUA 5P59A 2QMGA 2ZHVA 3BXSA 2O4PA 1JLDA 5OZYA 1F7AA 5P1PA 5P0SA 5OZNA 2I4VA 2PMAA 5P3PA 1TQFA 4F74A 4Y4UA 1YT9A 1HEGE 1G2KA 5P3GA 5P51A 3LIQA 3IXKA 4I0HA 5P7ZA 4Y44A 4Z4XA 1D4IA 1HPOA 2QMFA 5P07A 5P0CA 4OBDA 5P5TA 4QJ7A 5AHAA 4EPJA 2OF0A 1QBTA 2VJ6A 5OYWA 5P4BA 5BS4A 3UDMA 4FS4A 2WF2A 3DK1A 4H3IA 5C9DA 2R43A 2VNNA 1PROA 2J9JA 4EWOA 4J1EA 5P5PA 3IXOA 4JP9A 3O9LB 5F01A 3BVBA 5P8CA 3NWXA 3EKYA 3KT2A 4RCFA 4B1CA 5AH9A 4I12A 3L3AA 4LBTA 1HSHA 1YX9A 4DI2A 5P22A 5SY2A 3O9BA 4I0GA 3LHGA 4A4QA 1META 2AOCA 5P4UA 2QD7A 3N4LA 4KUPA 5P37A 4YBIA 3ZOVA 1RPIA 5P3EA 1HVRA 1Z1RA 5JFPA 1RQ9A 5P55A 3NXNA 2AOGA 5P6HA 5P72A 5P0HA 3VSXA 2XFKA 4YA8A 3D20A 4Y4XA 4Y3GA 5P7VA 1NPAA 3LINA 2H6SA 2QD8A 3DV5A 2F3KA 5P05A 5P76A 3UTLA 4PYVA 5P7HA 5KOQA 1HIIA 2FXEA 1TCWA 5P1WA 4FAFA 4F73A 1XE6A 4OBZB 1TZSA 5P2UA 5P4JA 1HOSA 5P2AA 5DR1A 4OBJA 2BQVA 3LIVA 1LYAA 1UPJA 2BJUA 2VJ9A 3QPJA 5P2GA 1ZLFA 5P39A 1FLHA 5P30A 4LP9A 5P7LA 3H5BA 3SM1A 1MERA 4Y3WA 3I8WA 4YD4A 4Q1XA 5OZOA 3RU1A 5P0KA 1HPVA 4Y3LA 5P0IA 4LAPA 5COPA 5P2VA 5P16A 5P0MA 3BGBA 2Q64A 5OZWA 4EP2A 3JVYA 5P3DA 4DQFA 3T7XA 5P6IA 1LYWB 5P25A 1EC2A 3OUDA 5P3ZA 4A6CA 4Y41A 1Z1HA 4GJ6A 3KFSA 3T6IA 2AVQA 2VJ7A 5KOSA 2FGUA 3FIVA 1ZP8A 1PPME 1DIFA 1HTFA 1M43A 1J71A 5OZ0A 3K5DA 4QJAA 5P3VA 5P6RA 3M9FA 4Z50A 1TCXA 3URLA 4QJ2A 4DJPA 5P40A 3OU1A 3VV7A 4QJ6A 5HCTA 5DGUA 2VS2A 3KMXA 2IL2A 1UH7A 3PSYA 1XS7D 4RLDA 3SACA 5P3YA 5P2QA 3GGUA 3G72A 5E5JA 5P8DA 4B05A 1GVVA 3LIYA 4DV9A 4ER4E 5P7OA 1ZSRA 4GIDA 3PJ6A 4R8YA 3AUPA 5AHBA 4D88A 3PM4A 8HVPA 3ER3E 1OEXA 1HTGA 1LZQA 5IS4A 4FRKA 2OAHA 5DQ4A 5OZUA 4M8YA 5OZKA 4J0PA 1A8KA 5P4SA 1B6PA 5P4CA 3EL9A 1UH9A 4JOOA 4RVXA 4Y5PA 2QNPA 5P3OA 4RRSA 3BUGA 4JPEA 3IAWA 4WTUA 5OZBA 4ZPFA 4OC6B 1LEEA 5P6AA 2PK6A 5P0ZA 2NPHA 4NJUA 3KDBA 1SMRA 3VFBA 5DPZA 2F80A 2IENA 3K5CA 4I0DA 5IVTA 1SDUA 2NR6A 5P2ZA 4B1DA 5P2TA 4OBFA 2AOIA 2Z4OA 4AZYA 4OBGA 5P8FA 2MIPA 3KM4A 5DQCA 1E5OE 3QBFA 2WF3A 2AZCA 3D1ZA 1IVPA 4I1CA 4WY6A 5P03A 4HEGA 1HTRB 4N00A 4Q5MA 4TRZA 5P2WA 3O9IA 5ISKA 3OY4A 2Q11A 5P2IA 5P44A 3VLBA 2J9KA 4S1GA 5P2LA 4J0TA 5P3IA 3PB5A 4ER1E 5P43A 5P3KA 5OYSA 4U8WA 2NXDA 4Q1WA 3VUCA 4F76A 5SXNA 5P2YA 4Y3YA 2G26A 1HSIA 4Y35A 1BIMA 4LC7A 1W5YA 5P7BA 4B78A 4FRIA 4XXSA 3L5CA 4RZ1A 3OU4B 2BB9A 3TPRA 1APVE 3FKTA 3GGXA 4HDFA 2WL0A 5P49A 5P5BA 1IDBA 4GJCA 1QDMA 4XKXA 5P1EA 1IZDA 2G1RA 5P3TA 5P01A 1K6CA 5P64A 4Y3ZA 5P74A 5OZXA 2IS0A 2JJIA 5P09A 2AOJA 5OZ6A 3I2LA 5P79A 1GNNA 1GVWA 2V0ZC 4D89A 4GMIA 4EXHA 4ZLSA 4Y4JA 3NWQA 5P50A 1RNEA 5P31A 3HZCA 4YD5A 4DJUA 3OADB 4FCOA 2WF1A 1D4HA 1Q9PA 4EJ8A 2JJJA 2O4SA 2RKFA 4BEKA 2HB2A 4A6BA 5P18A 5P47A 3UQWA 1SIPA 1SBGA 1GNMA 5P4AA 3OXVA 2FNTA 5P3AA 2ANLA 3IN3A 4X2LA 5P5AA 3WZ7A 1YM2A 3JVWA 4RRNA 1FEJC 4TRWA 4L1AA 5P4MA 3ZLQA 4DQEA 5P1FA 5DQ2A 1ODYA 5P61A 5P0FA 5P3NA 5P5ZA 1A9MA 1PSAA 2PSVA 3T7QA 5JODA 1D4LA 3K5FA 3BRAA 1C6ZA 2OHRA 3ST5A 5HVPA 2AOEA 3S54A 4DUSA 5P3QA 2P3BA 5P8LA 4HDPA 5P5VA 5P1IA 3QBHA 4I0JA 1GVXA 4Y43A 1HBVA 3PCZA 4TVHA 3EM4A 5DQ5A 5C9BA 4DJQA 3LZUA 3EM6A 1C6YA 5OZQA 5P6GA 2QI0A 1B6MA 5P48A 3PEPA 5P1MA 3UDJA 4PEPA 5P34A 4FRSA 5J25A 3SKGA 5P6UA 5P6FA 4PHVA 5P2SA 1W6IA 3PWMA 4EQ0A 1PPLE 3GGVA 1AAQA 4Y4BA 4LXMA 4Y4DA 2RMPA 5P13A 5P41A 5P3LA 4RCDA 5P6MA 2OHQA 2V10C 3VCMA 4Y54A 1IZEA 1IDAA 3WZ8A 2WF0A 4Y3EA 4FGXA 3VV6A 5DR7A 2AZBA 4Y5CA 5HTZA 4ZSMA 4KB9A 2RSPA 5P4XA 5P0TA 4Y3RA 2ER7E 2QU3A 1ER8E 1K6VA 3KN0A 1BWAA 4Y5NA 2PWCA 3NLSA 3PSGA 5P5WA 3O9GA 2ZHRA 4R91A 3ZKIA 3SLZA 1GKTA 1SGZA 1XE5A 1LF2A 1MEUA 4I8WA 4EXGA 3SA4A 5P62A 1TSQA 1PSOE 4QLHA 4Y36A 5OZ7A 2QCIA 3UQRA 4YOBA 5P3CA 3L58A 4FAEA 2JE4A 3L5FA 3K5GA 3EL4A 3IGBA 2ZJHA 3TLHA 2P4JA 3MXDA 3R0YA 5OYXA 3INDA 5P86A 2R3WA 3PLDA 2OHNA 3EBZA 5DR4A 5P3WA 5P1CA 2V12C 2G1NA 4Y4WA 3IN4A 5P08A 5P7FA 2IEOA 5P06A 5IVRA 5JFUA 1QBRA 1ENTE 5P1ZA 4TVGA 3KMYA 3TPJA 3URIA 3UFLA 3S7LA 4DJYA 4Y38A 4COEA 1OD1A 3QROA 5P7AA 5OZDA 4U7QA 1BILA 2JYSA 4YE3A 2G1SA 3PMYA 3FNSA 3OAGB 5P7IA 2QK5A 2HS2A 4QJ9A 3O9AA 2NNKA 3PRSA 4MC6A 3OHFA 4I0IA 1OEWA 5P8VA 4RCEA 2ZJLA 4NPUA 3EKXA 2CEMA 4UPJA 3L5EA 2OHLA 5HDZA 3UF3A 5P68A 3S43B 1FMBA 3EL5A 1B11A 3QVCA 5P5CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA3 A;  2QZW A;  5I3V A;  4H3G A;  5KR2 A;  5P5N A;  2ZJM A;  2Q15 A;  6FIV A;  4RVJ A;  3APP A;  3OOZ A;  5OZA A;  1T6E X;  5I3Y A;  1WBM A;  3UCB A;  2ZDZ A;  1BWB A;  2A4F A;  9HVP A;  3QRM A;  5P1O A;  4K4R A;  3AID A;  3QI1 A;  4Y3A A;  2VIZ A;  1CMS A;  1YTH A;  4L1A B;  1EPO E;  1YTG A;  2I4D A;  2H6T A;  3VYD A;  1A30 A;  5OZ8 A;  5P8T A;  2FDD A;  4FM6 A;  1ODW A;  2BKT A;  5ER2 E;  2VIE A;  5P33 A;  4RYC A;  1D4S A;  5P6N A;  1SGU A;  4HLA A;  4TRY A;  3SKF A;  3SA9 A;  5OYR A;  2ER0 E;  3SO9 A;  3UDY A;  2R8N A;  4Q1Y A;  2RKG A;  1XDH A;  3UDH A;  4IVS A;  5P0Y A;  2P3B B;  5P17 A;  4J1I A;  1YTJ A;  2BPV A;  4U7V A;  5APR E;  5OZL A;  4B1E A;  3KA2 A;  1W51 A;  2HB4 A;  1APU E;  2PYM A;  2QI3 A;  2VA7 A;  3QRS A;  2B60 A;  1W5V A;  5P0A A;  4GJ7 A;  5P8N A;  4H3J A;  4ZIP A;  3PMU A;  1MT9 A;  4OD9 A;  5ER1 E;  4OBK A;  2SAM A;  3ER5 E;  4DJV A;  1APW E;  4GJ8 A;  2BKS A;  3L5D A;  5P0X A;  3T7P A;  5EZX A;  1YM4 A;  3EKP A;  1W6H A;  5AH6 A;  1F34 A;  3A2O A;  4L6B A;  5P2K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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