1SMEA

Plasmepsin ii, a hemoglobin-degrading enzyme from plasmodium falciparum, in complex with pepstatin a
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and inhibition of plasmepsin II, a hemoglobin-degrading enzyme from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PLASMEPSIN II
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum
total genus 72
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 1996-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1smeA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1smeA01
5P58A 5P1TA 4FL8A 2G1SA 4Y58A 5P6HA 4DUSA 5HE5A 3CKRA 3UDKA 4DJQA 4AZYA 1ODXA 5P2AA 2R3TA 2B42A 5P1OA 4CPRA 5P36A 5P73A 5P10A 4WTUA 5P8JA 5P3PA 2ER0E 3K5FA 3Q6YA 4B72A 5P0SA 2PSUA 1SGUA 2ZHRA 4J54A 2ZJHA 3H5BA 1XL2A 5P37A 4EHCA 2I4WA 4PEPA 5P2NA 1YX9A 3ZPUA 4FE6A 3TNEA 5P4SA 1MVPA 5P64A 3S85A 5P3TA 5P3HA 1BXQA 4GJ8A 1TCWA 4WY1A 5DR0A 1OEWA 3R0WA 5P2HA 5P3RA 3ZKNA 1AJVA 3K5DA 3PLDA 5P1CA 5P61A 5P59A 5P51A 4L7JA 3VFBA 4PPHA 3KDBA 3OUAA 4BFBA 5P88A 5OZ2A 2AOEA 5OZSA 1FFIC 3ER3E 1LYAA 2CENA 1HTFA 3PWRA 1F7AA 1HVHA 3TPRA 4R8YA 3EM6A 1ZTZA 1META 2QZXA 5P4RA 3SA7A 4OBGA 4NKKA 2ASIA 4FSEA 3BXRA 2BJUA 3LIQA 5P1DA 1FQ7A 2P3BB 4RGHA 5P3XA 5IVRA 3O9AA 2OF0A 1B6KA 4F75A 3TKGA 5P3EA 4EWOA 3UQRA 5P7FA 2BPZA 2ZJMA 1FG8C 1ZLFA 5P4QA 4COEA 3VV6A 5P5MA 4DH6A 3PRSA 1EPRE 5C9FA 5AHCA 2RMPA 2I0DA 4FM8A 3PMUA 2O4NA 3K4VA 4R92A 4HDBA 2AZ9A 4H1EA 4Y4UA 3S2OA 1DAZC 3NWXA 5P8HA 5P2SA 3OU3A 3I25A 5COPA 3BUFA 3DV1A 3HW1A 5P1XA 2F3EA 3T6IA 3S7LA 5P7KA 5P69A 2F3FA 5BRYA 3UQPA 4DJXA 5P43A 3URIA 2QHYA 4R91A 1D4YA 1GVVA 3K5GA 4LXMA 5P2GA 5P86A 4D85A 5P18A 3DCRA 3N3IA 4CPTA 4J1HA 1FQ5A 4GJ5A 4BELA 4NJSA 5COOA 3PCZA 1LEEA 4ZSPA 1ZBGA 1YG9A 1GNOA 4APEA 5OYZA 3ZL7A 1EPNE 4F76A 3L3AA 4PZXA 4XKXA 3OOZA 5P1JA 4I10A 1HVSA 5P1EA 3S45A 5I3YA 2Q55A 5FIVA 5P7MA 3UQUA 5SY2A 4QJ9A 2ZDZA 2F81A 3LIXA 3OQAA 3PCWA 4DJPA 1FG6C 3SM2A 1K6VA 3QP0A 4OD9B 2BB9A 1W6IA 3QRVA 1XE6A 4Y4WA 1EC1A 4TRZA 3DV5A 3OQKA 3QVCA 3VLAA 2PH6A 1LS5A 4JOOA 5IVSA 1GVWA 1SGZA 1HBVA 5P78A 4ER4E 5P6WA 4JECA 2G1YA 2V00A 1EBWA 2Z4OA 3HD8A 1PROA 3PJ6A 2NMZA 3QBFA 2G1RA 2IKOA 3UPJA 5P0ZA 3APRE 2QI0A 5OYVA 3VYEA 4Y5LA 4DI2A 4CMSA 3URLA 5P4UA 2Z54A 5J25A 1PSNA 5P5BA 5P03A 1IVPA 5P6EA 3RVIA 5HCOA 2QAKA 4YD6A 3S43B 3PWMA 2HB3A 5P41A 4HZTA 5HDVA 5OYUA 1LYWA 3HAUA 3RSVA 4J0PA 2R8NA 3DCKA 3S7MA 2G1OA 1HSIA 4Y5EA 5P0FA 2G26A 1GNMA 3BUGA 5P1PA 4E43A 5P4YA 1BVEA 1T7JA 1T6GA 1BBSA 2WEZA 5P0QA 1ER8E 3H0BA 5P3KA 2AVVA 5P4VA 5P7WA 5OZUA 4ZEAA 5P46A 1D4SA 3OTYA 2IL2A 1YM2A 5P2UA 1XN2A 5P82A 4FLGA 4A6BA 1QRPE 2G22A 1HVKA 5JG1A 5P81A 1HXWA 2PWCA 5P6KA 2OHMA 4J1FA 5KR1A 1M43A 2PMAA 2FIVA 2HIZA 2G27A 5P5EA 2OAHA 5P5GA 3U71A 4NJUA 1VIJA 4KE0A 5P4FA 1IZIA 1BXOA 3C9XA 1HRNA 4J0YA 5P1GA 5JFUA 2O4LA 3O9FA 1IIQA 5E5JA 2JYSA 1XS7D 5IVQA 3OTSA 5OYQA 5P6XA 4CPUA 2P8HA 5P04A 5P35A 2V0ZC 1RPIA 3D3TA 5P2LA 1Z1RA 4I0DA 2XYEA 5P3AA 4FRIA 5P4IA 3IXKA 3PM4A 3TPLA 1B6PA 1E5OE 4YCTA 1MTBA 5P5IA 5P0WA 3IXOA 3NSHA 3PB5A 5P0YA 4XX4A 5P2JA 5P1KA 5AH8A 5DR1A 5OZ0A 4J17A 4LXKA 2APRA 3BVAA 1FFFC 2FNSA 2G21A 3MSLA 3WZ6A 1QBUA 1RNEA 4RRSA 3O9IA 2WF3A 5P7ZA 4B0QA 2QD7A 4DQEA 2P4JA 1FMUA 5OZDA 3ZKXA 5HVPA 3VF7A 1MEUA 5P30A 4DQFA 5P42A 1KJGA 2ZHVA 2G94A 5P5JA 4ER1E 1JLDA 4YD5A 5OZMA 3IA9A 5P02A 4LHHA 4R93A 4DJYA 5OZ3A 4Z2ZA 3SAAA 5P50A 5P7JA 4HE9A 5OZZA 5KAOA 4GJDA 4L1AA 5P7DA 3OAGB 3KFRA 3KMYA 1CZIE 3PBZA 2WHHA 5P55A 2OHKA 4LC7A 3CIBA 5P84A 1NSOA 1HWRA 2H6SA 2BKTA 4CKUA 1BV9A 3NUJA 3GGUA 4Y57A 1IVQA 1QS8A 5P6DA 5P8UA 1KJ7A 1KJFA 3NU5A 3VFAA 3KDDA 2R9BA 3LIYA 2XYFA 5P6BA 2SAMA 3CICA 3D1ZA 4MC9A 2VIJA 3OQFA 5HTZA 3TPPA 4Y3ZA 3ST5A 3IVIA 5P16A 4Y4BA 1M0BA 3KA2A 4TVHA 5OZGA 1SBGA 4GJ7A 5AH7A 4RRNA 1CMSA 5P0EA 4B1DA 3INHA 5P0BA 5P8NA 5P11A 3PLLA 5P54A 4D8CA 3SFCA 2FXEA 5P4ZA 3OU4A 5P1YA 3VLBA 4CPQA 2FDDA 5HDUA 5P4GA 5KR2A 3VYFA 1NPVA 2FXDA 4I8ZA 1LZQA 5P5WA 5JFPA 3EKTA 4K4QA 5P1IA 2QMGA 4EJ8A 5P2XA 1FQ6A 1ZPKA 5CLMA 1EPLE 4LP9A 3PGIA 5P2QA 3RTMA 1BDQA 4Y5PA 5KQXA 5P3ZA 3LPIA 1W50A 3R0YA 5P4XA 2QHCA 4NJTA 1W5YA 2OHPA 3GI6A 5SY3A 5P2BA 5DR4A 3APPA 4R95A 4BEKA 5P8RA 3O9CA 3JVYA 5KR0A 3ZPSA 2O40A 2UY0A 4M8XA 3BHEA 3S54A 5P3MA 5P7AA 3QPJA 1LYBB 3VYDA 5EZXA 5P75A 1FF0C 5P4HA 1B5FB 5P83A 4OBDA 5P0HA 4MC2A 4X2LA 3PI5A 4Y47A 4FS4A 4XXSA 4Q5MA 4Y5GA 4PYVA 4K4RA 2FDPA 5P2RA 3VSWA 4Y5BA 2ZHSA 3TKWA 5OZHA 3L5FA 3PVKA 5P8TA 2J9JB 5T4SA 3EKWA 2OHNA 3T7QA 4U8WA 3R2FA 2G24A 5P7HA 5P6MA 1GNNA 2ZHTA 5P3VA 5P38A 2P3BA 3KMXA 5OZAA 2G20A 3SQFA 3JVWA 1MT8A 4J1IA 3EXOA 3SA8A 1XE5A 5ISJA 1D4IA 5P8LA 5DQ4A 1SDVA 1MSNA 5P8BA 5HCTA 5P7TA 2NXLA 1W5WA 2WEDA 4Y3JA 4ACXA 4GJ6A 1LF3A 5SXNA 1ME6A 2HPEA 3LHGA 5P2YA 2FNTA 2IKUA 5P4AA 5P5VA 1NPAA 2VNMA 2QK5A 5I3VA 3SKFA 4TVGA 3SA9A 5P0VA 3G6ZA 5I70A 5OZCA 4RYGA 4DJRA 5P28A 4IVTA 4Y5NA 5OZ5A 2QNPA 5P8MA 1PPLE 3ZKIA 2WEAA 3SA6A 4ACUA 1SH9A 2EWYA 4I0GA 1D4HA 5P60A 5P1QA 1HPXA 3EMYA 5OZLA 5P3FA 4GJAA 3NLSA 2QMDA 4YE3A 3UDMA 5OZPA 2I4VA 2ZJIA 5P39A 5P3YA 5P26A 3TOFA 3MXDA 2VA5A 2V10C 1ZAPA 1MUIA 3GI5A 3L59A 5P74A 5P0GA 4Y4XA 2VKMA 4FIVA 5P2EA 2NR6A 2AIDA 2F3KA 4LL3A 1E82E 2QZLA 5P33A 1HXBA 5P7UA 2AZBA 3QS1A 1FMXA 4RLDA 2ER7E 4OD9A 1AVFA 4Y3XA 5P5OA 5P8DA 5OZKA 5BS4A 5DR3A 5P6VA 5P13A 2QCIA 3EKVA 3O9BA 1E80E 3KFPA 3PSUA 2ZJLA 4L7GA 3L58A 1EAGA 2VNNA 3NR6A 5P0OA 5P1BA 2IRZA 5P1AA 4Q1NA 3N4LA 4YA8A 1YTHA 3KFSA 5P1SA 5P0TA 1U8GA 2HS2A 5HE7A 3ZMGA 3KM4A 1E81E 5IVTA 5DQ5A 4YBFA 4Y48A 1BILA 1HVRA 2QHZA 5OZTA 4EJKA 3BUHA 3KF0A 4HLAA 1UH9A 4I0HA 5P4EA 5P5HA 3S43A 5P1NA 3S53A 6APRE 3RTNA 1YTGA 3VEUA 4HEGA 4EQ0A 4DPIA 4F73A 4APRE 1DMPA 5P3BA 5P5RA 3B7VA 3EC0A 4FRSA 5P2OA 4AMTA 3QN8A 5P4TA 3T7PA 1MRWA 1W51A 2IGYA 5P6IA 1RL8A 3NDTA 1D4KA 3NYGA 2AVOA 4F74A 4X7IA 4B1CA 2WEBA 5HE4A 3UHLA 3ZPTA 2ZE1A 2QI7A 3T7XA 4DJOA 1ODYA 5P40A 4HDPA 2F8GA 2HB2A 4I11A 5HU0A 1GVXA 5OZQA 3QVIA 3MSJA 5OYWA 5P0DA 1IBQA 3LPJA 1HEFE 1Z1HA 4PZWA 4FGXA 3VG1A 5P1LA 5P89A 4DJUA 2V12C 3PWWA 3QBHA 3GW5A 5C9DA 4Y3QA 2QU2A 4YCKA 4HDFA 2FLEA 3WB4A 4Q1WA 5DPZA 5P2ZA 2VS2A 5P3CA 3MWSA 3QROA 5P53A 3I2LA 5DR8A 5P47A 1SIVA 5P4MA 1K1UA 1OD1A 4EYRA 4B00A 2OHSA 2RENA 3OGQA 5P6CA 4ZPGA 5P77A 2AVQA 5P0IA 1DW6C 2Q3KA 4I8WA 2I1AA 2B7ZA 1EEDP 4AA9A 1XDHA 4DQGA 4B70A 1IDAA 3KT2A 2A4FA 5OZRA 4RZ1A 2ZGAA 5P6RA 5P5NA 2AVSA 1MIQA 2QI6A 2ZHUA 2WKZA 4I0FA 5P8IA 5P3SA 3O9LB 1W5XA 5P27A 3UDJA 4Y6MA 5P8FA 4EQJA 1SP5A 5OYTA 1SIPA 4GYEA 3BC4A 3VCMA 1BV7A 5P0LA 3D1YA 5E5KA 3IGBA 2QP8A 1QDMA 4H3FA 1UH7A 3NU4A 4MC1A 3OAGA 4NJVA 2BPVA 3FX5A 5P0AA 4Y3NA 5P2TA 4Y54A 3PEPA 4FAFA 3L38A 2AZCA 5P1MA 5P7EA 5P8CA 2VIZA 5HDXA 5P14A 4YD3A 4LBTA 5P5TA 4OBFA 3GGAA 5P00A 3SABA 1AXAA 5P12A 1BVGA 5P8GA 2VIEA 3OXXA 5P5FA 1HPVA 4RYCA 5OZIA 5P1HA 3IN3A 1HPOA 2O4KA 5DR7A 1FIVA 3NXNA 3WZ8A 5KQZA 5P7RA 2B7FA 4OBKA 3INFA 4EXGA 3L5CA 5P70A 3ZKMA 1PSOE 3Q70A 3QRMA 3OQ7A 4J1CA 3OQDA 3EKQA 3GI0A 1HPSA 3R1GB 4YBIA 3RSXA 1MSMA 1XL5A 4FRJA 3NDUA 3OXWA 1D4JA 4YOBA 5P5AA 3OGPA 3LZYA 1EBKC 4JPEA 4L7HA 2FMBA 4D83A 4N00A 2ER9E 5P6PA 1A30A 5P1RA 1PPKE 5P0XA 3IVHA 1EC2A 3R4BA 2UXZA 5OZWA 1WKRA 1EPOE 3I6OA 4Y35A 1C6ZA 4YDGA 3UDQA 3L5DA 2PWRA 4EPJA 4K9HA 3A2OA 4QJ2A 4Y41A 5P4CA 4ZE6A 1ENTE 2QZKA 3VV7A 1KJ4A 4Y3LA 5TOLA 5P1WA 4Y4TA 4H3IA 3BGCA 5P17A 2AOIA 3FIVA 4DQBA 2P3AA 1OEXA 4YD4A 4RVXA 4CPSA 4ZPEA 3O9GA 5P65A 2R3WA 2I4DA 2P3CA 3PHVA 5P31A 1K6TA 3K5CA 3ZKSA 3LIZA 3OUCA 4J55A 1LYBA 1NPWA 5P5KA 3TLHA 4Y3DA 2O4PA 4NPTA 3O9HA 1B5FA 1A94A 4Y3GA 3MSKA 5DQ1A 4OC6B 4YDFA 1HEGE 3BVBA 1MTRA 3SACA 5P5LA 2I4UA 4RROA 6FIVA 4K4PA 4OBZA 4LAPA 3ZOVA 4JP9A 1QBRA 5P1ZA 2Q54A 1TSQA 1EPME 1A8KA 5P48A 2J9JA 2WF4A 4FRKA 1SMEA 3G72A 4U7QA 2JJIA 5OZ4A 3PBDA 3EBZA 4J0VA 2O4SA 2AVMA 4Z22A 2I4QA 3OUBA 4DV9A 1HHPA 2NXMA 5P7SA 5P7XA 3SA5A 3JW2A 4Y3EA 5P25A 3DUYA 4S1GA 5OZNA 2Q15A 2HS1A 1HTRB 2QI3A 5P3JA 2R5QA 1T3RA 5P0RA 2QI4A 2Q5KA 5P07A 1FB7A 5P7YA 4HA5A 1FGCC 5P6YA 1SDTA 1UPJA 5P7VA 3Q3TA 4Y5CA 1G2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P58 A;  5P1T A;  4FL8 A;  2G1S A;  4Y58 A;  5P6H A;  4DUS A;  5HE5 A;  3CKR A;  3UDK A;  4DJQ A;  4AZY A;  1ODX A;  5P2A A;  2R3T A;  2B42 A;  5P1O A;  4CPR A;  5P36 A;  5P73 A;  5P10 A;  4WTU A;  5P8J A;  5P3P A;  2ER0 E;  3K5F A;  3Q6Y A;  4B72 A;  5P0S A;  2PSU A;  1SGU A;  2ZHR A;  4J54 A;  2ZJH A;  3H5B A;  1XL2 A;  5P37 A;  4EHC A;  2I4W A;  4PEP A;  5P2N A;  1YX9 A;  3ZPU A;  4FE6 A;  3TNE A;  5P4S A;  1MVP A;  5P64 A;  3S85 A;  5P3T A;  5P3H A;  1BXQ A;  4GJ8 A;  1TCW A;  4WY1 A;  5DR0 A;  1OEW A;  3R0W A;  5P2H A;  5P3R A;  3ZKN A;  1AJV A;  3K5D A;  3PLD A;  5P1C A;  5P61 A;  5P59 A;  5P51 A;  4L7J A;  3VFB A;  4PPH A;  3KDB A;  3OUA A;  4BFB A;  5P88 A;  5OZ2 A;  2AOE A;  5OZS A;  1FFI C;  3ER3 E;  1LYA A;  2CEN A;  1HTF A;  3PWR A;  1F7A A;  1HVH A;  3TPR A;  4R8Y A;  3EM6 A;  1ZTZ A;  1MET A;  2QZX A;  5P4R A;  3SA7 A;  4OBG A;  4NKK A;  2ASI A;  4FSE A;  3BXR A;  2BJU A;  3LIQ A;  5P1D A;  1FQ7 A;  2P3B B;  4RGH A;  5P3X A;  5IVR A;  3O9A A;  2OF0 A;  1B6K A;  4F75 A;  3TKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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