1SP5A

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with a product of autoproteolysis
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Product of enzymatic self-cleavage bound in the active site of HIV protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sp5A00
1MPPA 2J9JB 4Z4XA 5P2UA 5P56A 5OZSA 2P8HA 1B5FB 4DQGA 3PBZA 5OZ9A 4Y3MA 5P7PA 5P85A 2QI7A 3BGCA 1HTEA 1MEUA 2I0AA 5P1KA 2PC0A 5P3UA 2QAKA 4DJOA 2ER7E 4RYGA 5P2CA 1HSHA 5DR1A 1YTJA 1MIQA 2Q64A 3AUPA 5CONA 5P4CA 4AUCA 3DM6A 5AGZA 4GMIA 1APTE 1MT7A 1LZQA 1T7KA 1WKRA 5P5MA 3UCBA 5P3OA 5HU0A 1CZIE 1B5FA 5DR4A 3MXEA 1IVQA 3OQDA 3OOTA 5I3WA 3S43B 4QJ2A 5P6TA 5P8SA 1QBUA 3BUFA 2P3BA 3ST5A 5FIVA 5P5DA 4Y4TA 3MWSA 1TSQA 1M4HA 5P5WA 2QI0A 4EP3A 3CIBA 5AHBA 2BBBA 5P02A 1BWAA 2IGXA 4D89A 5OYYA 5P3HA 4LXMA 1A8GA 1EPPE 2AVVA 1HVJA 5P7MA 3EKPA 5P0UA 1MUIA 5P2OA 3WB4A 5P2KA 1E81E 5OZLA 2OHRA 4QJAA 3CKTA 3FNUA 4B0QA 3T7XA 1BVEA 2AODA 5P6SA 3SLZA 1LEEA 4Y5PA 1APVE 5JG1A 4QJ9A 4MC6A 1OD1A 2WF0A 5P2DA 5P1YA 2AIDA 4H3JA 5DR3A 5P8KA 3S85A 2AOFA 4NPTA 1MRWA 3OGPA 4RRNA 5P1IA 2QCIA 1K6VA 4L6BA 1BV9A 2B7ZA 2V10C 3LZSA 2EWYA 5P7RA 5OZPA 2PSGA 2G24A 2Z54A 5P7NA 5P2JA 1YM2A 1FQ6A 5P5PA 1IBQA 5P4HA 4J1FA 1SBGA 2P83A 2HS2A 1XL2A 3EBZA 1MT8A 4ZSPA 5P1HA 2ER9E 4TRZA 4CPXA 4NKKA 5P0TA 3FIVA 3UQPA 5HDUA 1OHRA 3QP0A 4TVGA 2AVMA 3I6OA 3NU3A 4OBFA 1YTIA 3OHHA 2FDPA 4Y5LA 5OZBA 2P3CA 3IGBA 3K5FA 5KOSA 3HLOA 5P4VA 3ZL7A 3EL1A 2FDEA 4Y5MA 3T11A 1A94A 3L58A 5P8DA 4EJKA 5P3QA 5HDZA 3OQKA 4Y48A 1Q9PA 1B6JA 1ENTE 2OAHA 2HB3A 2QI4A 2OHUA 5P79A 2V00A 5P7DA 1FG6C 4K4RA 5CLMA 5OZCA 5P3GA 4OD9B 4TRYA 2VIEA 4Y4BA 3VSXA 3ZKGA 5P2HA 4OC6B 4EXGA 2Z4OA 3SPKA 1VIJA 5KR8A 1G35A 1LS5A 3NSHA 2ASIA 2BPWA 5P68A 3S7MA 4L7HA 1BAIA 5P22A 3NLSA 4ZPFA 5KQYA 3O9AA 4RCEA 1AXAA 4GJ9A 4OD9A 2I4WA 3SKGA 1ODWA 3ZLQA 3SA5A 1MERA 2ZYEA 5P5SA 1BXQA 2FMBA 5OYVA 5P30A 1EBWA 4Y37A 1BIMA 3Q6YA 5OZGA 2G1RA 2VIYA 5P6MA 3ZPUA 4U8WA 4B1CA 5P28A 2FLEA 7UPJA 4APRE 5P7QA 4DPFA 3KMYA 4GIDA 4ER1E 2QNQA 3OQ7A 4FIVA 5P1UA 1HOSA 5P74A 2PH8A 2RKFA 5P1TA 2G26A 5P18A 1M0BA 3VCMA 5DR0A 1W5WA 5P2VA 3BHEA 5I3YA 2IQGA 4I0GA 3DK1A 5HE7A 1SDUA 3TOHA 4AMTA 2ZE1A 5ER2E 3PMYA 3QRVA 5P3BA 5ISJA 1PSNA 4F74A 4Y3AA 5P51A 1AM5A 2ZJIA 4MC2A 4IVSA 3SM2A 1LYAB 3D20A 3O9GA 4Y5CA 2R38A 5OZRA 3QRMA 5P7WA 3LIXA 5P1NA 2ANLA 5P60A 3Q4BA 2O4KA 4R93A 2FGUA 5PEPA 3URLA 3TPJA 1RPIA 3NR6A 3S54A 5P7AA 4DJXA 4K4PA 5P8IA 1AVFA 4F75A 3RSXA 4WTUA 4YOAA 4ER2E 3NYGA 1W5YA 3Q5HA 5P5RA 4Y44A 2XFIA 4GJ6A 3Q3TA 3VV7A 2AOEA 3SQFA 3UDPA 4Y4GA 1BVGA 5HE5A 3EKQA 2R3TA 1DP5A 2BJUA 4CPRA 4FS4A 1K2CA 5P4LA 5P1ZA 4Y50A 1AJXA 3O9DA 4Y41A 4YCKA 5KR0A 4GJ7A 2XYFA 5P0LA 2JJJA 5P2FA 5P0YA 4Y57A 2JE4A 1KJ7A 3TPPA 4JOOA 4EYRA 3ER3E 1KZKA 2F3KA 4RVXA 3SA4A 2IKOA 1BXOA 3INDA 3LIVA 5OYRA 3RSVA 7HVPA 3OU4B 5JODA 4A6BA 4D88A 2QMFA 1W6IA 3UFLA 1GVUA 3S53A 2PSUA 2OHQA 4Y36A 5OYXA 1D4SA 4YCTA 3GGUA 2O40A 4EJLA 1D4HA 2V11C 2WJOA 2ZDZA 4EWOA 4NJUA 5IE1A 4NJSA 5P63A 5P6KA 3NDTA 3PMUA 4PEPA 5OZVA 5P7EA 1B6LA 5P6ZA 2F8GA 5P5ZA 3O9LB 2NPHA 1IZHA 2HC0A 3DJKA 4J55A 5OZ3A 2ZHVA 3OOZA 5P77A 5P00A 4PYVA 5P5QA 2G1SA 1HTGA 2O4PA 5OZ6A 5P5BA 5P3WA 1F7AA 5P2MA 5KOQA 1Z8CA 1HPOA 1RV7A 3WZ6A 4CKUA 4YE3A 2IS0A 5P0NA 1W5VA 5OZAA 4Y4XA 3OK9A 3GW5A 2FXDA 2PH6A 1SMEA 3NXEA 4I0EA 2BB9A 3OADB 1NPVA 3A2OA 3VLAA 5P43A 3O9IA 3L5CA 1HEGE 5P67A 5P48A 1ER8E 2AZCA 5P4NA 3GI0A 5P04A 1K6TA 1QBRA 3DUYA 3EL5A 3QIHA 5ENKA 1WBMA 5OZ2A 5J25A 1FEJC 1PROA 5OYTA 3NU9A 5P82A 2FIVA 3KDBA 5OYZA 4DQBA 2QHCA 1HEFE 1EAGA 2NMYA 4HLAA 5P3AA 5OZIA 5P25A 5P5HA 2QD7A 5DQ2A 1LF3A 4LL3A 5OZJA 3OADA 3VV6A 5P39A 2NNKA 5OZ1A 4ZIPA 1FQXA 4GJCA 1HRNA 2UY0A 4ZSQA 5P1AA 1IVPA 3KFRA 4LXAA 4U7VA 4DJUA 5P01A 4Y4AA 1HTFA 1MTBA 3EM3A 5P14A 3AIDA 3FV3A 4H3GA 1HVKA 1RL8A 3BGBA 5F00A 5P8BA 5P7HA 4QGIA 5P6RA 1TQFA 3UDYA 1C6ZA 3PWWA 4TVHA 5P4JA 5P4PA 5P6EA 1META 4RLDA 5P2IA 5P1GA 3SA6A 3C9XA 4Y5NA 5P1BA 5P2TA 1ZAPA 1EC2A 1HVIA 4Y5BA 5P27A 5P0VA 2I4DA 5P3DA 2AOJA 1HWRA 4DQEA 2CEJA 4BFDA 2B7FA 3NDUA 4FSLA 1QDMA 3CIDA 3PSGA 2JYSA 5P5IA 5P5JA 2VA7A 3KYRA 5P8TA 3S45A 2MIPA 4FM8A 5P59A 4JP9A 4EPJA 3PBDA 3LINA 2VJ7A 4Y3EA 4FRIA 3LIYA 5P16A 2QMGA 4CMSA 3K5CA 1N49A 1MVPA 3TOGA 5P3JA 5P1LA 2ZJHA 5P19A 2WL0A 2P3BB 4LAPA 5P0ZA 4L7GA 2Q3KA 2WEAA 5BRYA 4Y3FA 2R5PA 1FMBA 3EKVA 5P0AA 5P0OA 5P6LA 4QJ7A 3UFNA 3HDKA 5P5YA 3EC0A 4Y3QA 4AZYA 1C6YA 3IXJA 3BXSA 1HXBA 9HVPA 4FLGA 1JLDA 1NPWA 3LHGA 3QRSA 5P8QA 2ZGAA 2ZJLA 3PEPA 5P6XA 5OYWA 2BPXA 4Y3GA 3Q70A 1VIKA 3UDMA 3RTHA 3U71A 1ZSFA 5COOA 3I2LA 5P7FA 5P6FA 2Q63A 5OZTA 2BPZA 5P20A 1ZPAA 5AH9A 4I10A 1DPJA 2ZJKA 3GGVA 1IZEA 5P6JA 5P0FA 5P81A 4B78A 1AJVA 4A6CA 5P1RA 4R95A 2XYEA 5P32A 2HPEA 1GVVA 5P3NA 3PI5A 5P65A 3VF3A 5P2LA 2IDWA 1MESA 4R5NA 3KF0A 3R0WA 1FGCC 4YD6A 3UQWA 2NR6A 5P7KA 4JECA 5P3ZA 3DOXA 1SDVA 5P0QA 1PSOE 5P0XA 2QK5A 3FX5A 3ZKSA 3I8WA 4FSEA 4Q1YA 1SH9A 1SGZA 1XL5A 3HVPA 3UPJA 5P5AA 2VIZA 3GGAA 5KQXA 3APRE 3QROA 2AVOA 3UQUA 5P3VA 1TSUA 2QD8A 5P7SA 5OZDA 2I1AA 4ZLSA 4S1GA 2AVQA 5P1EA 3OAGB 4J1CA 2G1NA 3URJA 5OZXA 3H0BA 3QVCA 5P2NA 5P2SA 1YM4A 2OF0A 5P36A 3IXOA 2HM1A 5DQ5A 3OGQA 3BRAA 3EL4A 3KMXA 1GNMA 5P6AA 4J0VA 2R3WA 2QNNA 3T7PA 4L1AB 3EKYA 5OYQA 5P0SA 1GNNA 1KJ4A 3OAGA 5E5KA 2HS1A 3HBOA 3HW1A 4I0DA 3KFNA 4DJQA 2ZHUA 5P8JA 2NNPA 5HE4A 2PK5A 3OXWA 3ZKNA 4DH6A 5P75A 2PYMA 4NJVA 2VJ6A 1PPME 5P3FA 5P72A 4YDFA 3INHA 4YHQA 3UDJA 3LNKA 5HVPA 5P55A 3BUHA 2HB4A 4L1AA 5OZZA 1PSAA 5BS4A 5P7JA 5P06A 1SIVA 1AIDA 2CEMA 2RKGA 1T6GA 1G0VA 1EPME 4YBFA 3QN8A 4Y3TA 3SA8A 5OZHA 4RZ1A 2WF3A 5P50A 2PK6A 2JXRA 3N4LA 1HVHA 1EBKC 1K6CA 5P1PA 2UPJA 4LC7A 4DI2A 1HSIA 3S8IA 1SGUA 3INEA 5DGWA 2NXDA 4Y3ZA 1OEWA 2WEBA 1NH0A 2QD6A 1EC3A 5P2EA 4Y3YA 2F80A 1QBSA 2B60A 4Q1WA 1BV7A 5P3IA 5P6IA 3OUBA 5P4ZA 1AZ5A 1EPLE 2R43A 3RU1A 2O4NA 4CPQA 4B1EA 2PYNA 4YD7A 4I0HA 1C6XA 3QBFA 4GJAA 4KE1A 4I8ZA 2ZHTA 5P6YA 5C9BA 5P6OA 3VYEA 3TL9A 4LHHA 1BWBA 5KR1A 4GJBA 3PI0A 3UHLA 2P3DA 1D4LA 2JJIA 2APRA 5P37A 3D1ZA 4YCYA 5P8FA 4Y4DA 4B70A 3KT2A 4Y3SA 3RTNA 2OHLA 5P11A 3TOFA 3S7LA 5P4RA 3IXKA 4FAEA 2AZBA 5SXNA 1ZP8A 5P1FA 3QAAA 5P5NA 2RENA 5P5VA 5P8RA 4FE6A 5P7OA 4HE9A 1MSNA 2CENA 4DJVA 3O9FA 5P0EA 4J0TA 1HSGA 5P13A 2PMAA 3PJ6A 4RVJA 4EQJA 1XDHA 1E80E 3L59A 4XX3A 3T6IA 5OZ4A 3O9CA 3WZ7A 3JW2A 5COKA 2Q55A 3LPJA 4K4QA 5P09A 5P8AA 2QZLA 1APWE 2WKZA 3BVBA 1ZTZA 5P83A 5P7IA 5B18A 1NPAA 3EL0A 2NXMA 5P1CA 2VA5A 3D3TA 1FF0C 2BPVA 4X2LA 5P4MA 4I0IA 5P0RA 5P8LA 5P3EA 3TLHA 5P7UA 4ZE6A 5P3KA 4Y58A 3O9EA 4ZSMA 1DMPA 5P31A 3TPLA 4OBZB 5P8CA 3BUGA 3QI1A 4Y4EA 5OZOA 5OZEA 5P1VA 1M43A 5I3VA 5P49A 3URIA 2I0DA 2XFKA 3PSYA 4ZSRA 1A30A 3BXRA 5SZ9A 5P1WA 2I4UA 4Y5GA 4EP2A 3LIZA 2OHTA 5P3PA 4R91A 4EQ0A 5OZ8A 1XE5A 1EPNE 5JFUA 5P5KA 5P24A 3PM4A 3F9QA 4LP9A 4BELA 5P07A 4DJYA 4OBZA 3D1XA 5TOLA 1OEXA 5P2XA 5P87A 3INFA 1U8GA 3KFPA 2PWRA 1HHPA 4Y3WA 4J54A 5SY2A 1GVXA 5P10A 1TCXA 4K8SA 2I4VA 3GGXA 3UTLA 1SMRA 4DVFA 5IVRA 2O4LA 4I12A 5P58A 5P4TA 4YOBA 3UDRA 1A8KA 1KJFA 3L5BA 4YA8A 4CPWA 1BBSA 5P4GA 1LF4A 5P5UA 3NUOA 3HD8A 4Y53A 1PPLE 5P5TA 3GI4A 4FM7A 2F81A 5P7XA 1D4YA 4Y5AA 4WY1A 2OHSA 3NDXA 3TKWA 4N00A 5P6GA 4M8XA 3OQAA 4DJRA 5P0MA 5DR7A 3LPIA 5P1SA 3BC4A 3OXVA 3BVAA 3NWQA 4Y4ZA 5HD0A 3OWNA 3OY4A 5P8VA 3L38A 4DPIA 3SABA 3FSMA 2HIZA 5OZ0A 5P0HA 3LZYA 3OU1B 2G21A 3OUAA 2R9BA 2IGYA 3VEUA 1SIPA 4FM6A 2FGVA 3PSUA 4DQFA 4I0JA 2WF2A 3EM6A 3VUCA 2NXLA 1ME6A 3K4VA 1HBVA 1NSOA 2AZ8A 5P0WA 3I25A 3ZKQA 2AOCA 3L5DA 1FQ7A 2WEDA 4Y47A 4GJ5A 5P17A 2WECA 3NXNA 2I4QA 3B80A 3OU1A 4B00A 1Z1HA 5P2WA 1C70A 3VFBA 5P03A 4FRJA 5P5EA 4BEKA 1B6MA 4RVIA 2G69A 4Y3PA 1HVRA 1RQ9A 5P7CA 3WSJA 5AH8A 1FMUA 4HEGA 2R5QA 2ZJJA 3TH9A 5UPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MPP A;  2J9J B;  4Z4X A;  5P2U A;  5P56 A;  5OZS A;  2P8H A;  1B5F B;  4DQG A;  3PBZ A;  5OZ9 A;  4Y3M A;  5P7P A;  5P85 A;  2QI7 A;  3BGC A;  1HTE A;  1MEU A;  2I0A A;  5P1K A;  2PC0 A;  5P3U A;  2QAK A;  4DJO A;  2ER7 E;  4RYG A;  5P2C A;  1HSH A;  5DR1 A;  1YTJ A;  1MIQ A;  2Q64 A;  3AUP A;  5CON A;  5P4C A;  4AUC A;  3DM6 A;  5AGZ A;  4GMI A;  1APT E;  1MT7 A;  1LZQ A;  1T7K A;  1WKR A;  5P5M A;  3UCB A;  5P3O A;  5HU0 A;  1CZI E;  1B5F A;  5DR4 A;  3MXE A;  1IVQ A;  3OQD A;  3OOT A;  5I3W A;  3S43 B;  4QJ2 A;  5P6T A;  5P8S A;  1QBU A;  3BUF A;  2P3B A;  3ST5 A;  5FIV A;  5P5D A;  4Y4T A;  3MWS A;  1TSQ A;  1M4H A;  5P5W A;  2QI0 A;  4EP3 A;  3CIB A;  5AHB A;  2BBB A;  5P02 A;  1BWA A;  2IGX A;  4D89 A;  5OYY A;  5P3H A;  4LXM A;  1A8G A;  1EPP E;  2AVV A;  1HVJ A;  5P7M A;  3EKP A;  5P0U A;  1MUI A;  5P2O A;  3WB4 A;  5P2K A;  1E81 E;  5OZL A;  2OHR A;  4QJA A;  3CKT A;  3FNU A;  4B0Q A;  3T7X A;  1BVE A;  2AOD A;  5P6S A;  3SLZ A;  1LEE A;  4Y5P A;  1APV E;  5JG1 A;  4QJ9 A;  4MC6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HB2 A;  5P8N A;  1APU E;  5P70 A;  4ZPE A;  2AQU A;  4RYC A;  2B8V A;  1FKN A;  2ZHS A;  3I7E A;  5P7B A;  1ZJ7 A;  1T7J A;  5KR2 A;  3SKF A;  3R2F A;  1EPR E;  1MT9 A;  5P7Z A;  3SAC A;  5P73 A;  4HDB A;  5P62 A;  1LYA A;  5P0G A;  3IVH A;  5P88 A;  2VJ9 A;  4M8Y A;  5P7Y A;  3OTS A;  4RRS A;  3ER5 E;  3OXX A;  3SFC A;  3OHF A;  5KQZ A;  4Y3L A;  2H6S A;  2IEO A;  3LZV A;  4H3F A;  4ACU A;  5P1Q A;  1YX9 A;  4XXS A;  3ZKM A;  5JFP A;  5P6Q A;  1HPV A;  4Y38 A;  5C9D A;  5P6B A;  1YTG A;  5P12 A;  4ZPG A;  2QI1 A;  4GYE A;  5P15 A;  2XFJ A;  4FL8 A;  1PFZ A;  3SA7 A;  1GKT A;  5OZ7 A;  4Y56 A;  3L5E A;  4CPT A;  5P6P A;  5OYU A;  5P6N A;  3EKW A;  3SA9 A;  5P4B A;  2QMP A;  2BPY A;  5P6U A;  2G94 A;  3R0Y A;  1BIL A;  1ZLF A;  3HZC A;  4NPU A;  2QZK A;  4D8C A;  4XKX A;  1T3R A;  4DJW A;  2Q11 A;  3OUC A;  5C9F A;  3ZPS A;  5P8U A;  3RTM A;  5IVQ A;  2Q15 A;  1K2B A;  1EC0 A;  1EC1 A;  4J1E A;  4RCD A;  5P7L A;  4WY6 A;  1HII A;  5OZW A;  1AAQ A;  5P0I A;  3OU4 A;  2ER0 E;  2PSV A;  4IVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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