1T7IA

The structural and thermodynamic basis for the binding of tmc114, a next-generation hiv-1 protease inhibitor.
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery and selection of TMC114, a next generation HIV-1 protease inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol Polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1t7iA00
3UQRA 3KFNA 1YTIA 4CPQA 3N3IA 3PVKA 4HDFA 2BBBA 1T7IA 2HIZA 3WSJA 5P67A 5UPJA 3EL5A 4CPUA 1IBQA 5P86A 3NLSA 5P4DA 5P38A 2AOJA 5P3QA 3SM2A 1HVHA 2ER7E 1TCXA 3MWSA 1EPLE 1HRNA 2CENA 5F01A 1HPXA 2HB2A 3OQAA 2AOIA 4Y3SA 3D1XA 5P1AA 3IXOA 4Y53A 2HS1A 3URJA 5HVPA 1MRXA 4DJWA 2QZWA 2V13A 5BWYA 2ANLA 5P3ZA 1D4YA 1FFFC 1K6CA 4EQ0A 5JFPA 5P5WA 4PHVA 5P13A 5OZ3A 3OAGB 3LIYA 3OGQA 1LYAA 2WL0A 3GW5A 5P2WA 3PSYA 4DQBA 4APEA 5P68A 1BWAA 1BIMA 4RLDA 4NJSA 5P1BA 5AHAA 3SACA 5P2FA 4Y5CA 5P2BA 4Y57A 1LV1A 1CPIA 4Y4ZA 3B7VA 2ZDZA 4I0FA 5P71A 4OBDA 1APWE 3PGIA 5P7FA 1WBKA 1GVTA 1M43A 4AMTA 3SKFA 3TPJA 1CZIE 3NDXA 4Y3MA 4YCKA 5P3AA 4YCTA 3L5DA 4FSEA 3L5BA 5P6LA 4CPXA 2VNMA 3M9FA 1EAGA 1XN2A 4ZEAA 5P1NA 5P6VA 5P83A 1MEUA 2JE4A 2PYMA 5CONA 5P4FA 4MC9A 4L1AA 4GMIA 4YOAA 2WEZA 2XFIA 4NKKA 5P03A 3IVHA 4QJAA 5E5KA 3VCMA 1W6IA 4A4QA 1LEEA 2FS4A 2P3BA 5P05A 1IZHA 1B5FA 4U7QA 4RCFA 2G24A 2Q54A 2O4LA 3OOTA 4NPTA 5P6TA 2R3WA 3S7MA 5P44A 5HE7A 1EBZA 1QRPE 1HVKA 2IKOA 5P00A 4I10A 4WTUA 2OHRA 3HAUA 4CPTA 1EPPE 4EJKA 2HAHA 1KJHA 1AJXA 3S2OA 1FB7A 2R38A 2NMYA 5P6RA 4ACUA 3A2OA 4Z22A 1TQFA 5P8PA 5ENMA 2OAHA 3MSKA 3O9BA 4Y4AA 5P10A 4AA9A 2QHYA 4Y3QA 5P7PA 1E80E 5OZWA 2HPEA 5P2YA 1MT8A 4RYGA 2FDEA 3MXDA 5P1IA 5ENKA 4I8WA 5DR7A 5P5MA 3PJ6A 4GJBA 5COKA 5P20A 2NMZA 5AHCA 3SA4A 4FM8A 4BFDA 2QCIA 4Y39A 2I4VA 4YDGA 1MIQA 2ZYEA 1ODXA 3PBDA 1FMUA 2AOGA 2O4PA 5P8GA 3PSGA 4YOBA 2ZJIA 5P0IA 5P43A 2QMPA 3HD8A 5P8KA 4HA5A 5P7JA 3VF7A 4HDBA 4B70A 5P1LA 4R92A 5P1ZA 1YG9A 1YX9A 1BDQA 1DAZC 2WF2A 3HDKA 4FCOA 1XN3A 5P65A 3ECGA 4JECA 3QPJA 5P7HA 5OZGA 5P81A 5OZDA 2IS0A 2XFJA 3O99A 1LF4A 5P5IA 5P0AA 3IGBA 2UY0A 3LINA 4HDPA 5AH6A 4BFBA 5KR8A 5P16A 4EWOA 2NPHA 4Y3RA 2APRA 3HW1A 5P77A 2JYSA 1META 3UDHA 4LBTA 1HOSA 5OZCA 5P4OA 4U7VA 1N49A 3OUDB 3I7EA 5P32A 3O9FA 1PFZA 5P0VA 1AZ5A 4CKUA 2FNTA 5EZZA 2G26A 5P7UA 1PPME 2JJJA 1HTFA 2P83A 4LP9A 5P6AA 3K4VA 3INEA 5P7EA 5P5XA 5P5ZA 1NPAA 4FRSA 1BV7A 5KQYA 5C9DA 4RZ1A 2ZE1A 1FQ8A 1PROA 3RSVA 3OU1A 2HB3A 4APRE 1SP5A 4CP7A 5P1FA 2RKGA 4Y4BA 5OZAA 4Y4JA 4QLHA 2O4SA 2HPFA 2BQVA 3QRSA 2QU3A 1KJ4A 1A30A 3UQUA 4B00A 5P0KA 1MPPA 4J1CA 5P5EA 4Y3YA 4GJ6A 3SQFA 3G70A 5OYUA 5JG1A 2QI1A 3OOZA 5P06A 1TCWA 3DJKA 3T7XA 3EL0A 5P8SA 3UDNA 4N00A 3NDUA 2NNKA 5P0BA 1GNOA 5OYYA 4Y54A 3OQDA 4F73A 5P1WA 3ZKIA 3EL1A 5P8JA 3KT5A 5P4NA 2WECA 5DGWA 5P5TA 2AQUA 3RTNA 1FQ5A 4LXAA 1SGUA 4GIDA 3WZ6A 3KDCA 3TH9A 3VLBA 5P3DA 4X2LA 1LYWA 2O4KA 5ER2E 3U71A 4NJTA 3LZUA 5P0ZA 5P8NA 1EPOE 5P04A 1MT9A 1ZSFA 3JVYA 2FMBA 2IGYA 4Y4DA 3O9LA 1SDUA 1APVE 5DQ1A 5P18A 5P41A 5HCTA 2WEAA 3PSUA 3T7QA 4D88A 2IL2A 4Y5AA 3RVIA 5P4TA 1HPSA 4R5NA 1B11A 2VA7A 4Y4WA 1MUIA 5EZXA 2FXDA 2V12C 2IKUA 1TSUA 1F34A 5OZYA 5P4ZA 1HSGA 4Y50A 5P7BA 5P0MA 3PM4A 3UCBA 5HD0A 1E81E 4YA8A 3FNSA 1KJFA 5P29A 2OHSA 2R8NA 5KR2A 2BPYA 2I4DA 1QBUA 2WF0A 2VKMA 5HU1A 3UDQA 5P24A 2WEBA 2NTRA 4Y58A 4JPEA 5P3KA 5OZUA 5P8AA 2G21A 3ST5A 2Q5KA 5I3YA 1DMPA 1MVPA 3WB4A 5SZ9A 5P26A 3D20A 4RVXA 5P74A 3IVIA 1FLHA 1HTEA 3PI0A 5P60A 1E82E 1A8GA 3TPLA 3UFNA 1GVUA 3RSXA 5JODA 3ZKMA 4DJPA 2QZXA 4Z4XA 1W6HA 4KE1A 1NH0A 4J17A 4OBGA 5P14A 4Y3FA 1LYAB 4R8YA 2I1AA 3HLOA 5P4WA 2Q15A 3UHLA 3OXXA 4DFGA 5I3VA 3ZPUA 4FRKA 2AVMA 5OYQA 3VYFA 3N4LA 1K2BA 3D3TA 5P2UA 1CMSA 1FQ4A 4EXHA 1FQXA 4B05A 5P5HA 4J0VA 3EKPA 1K6PA 4OC6A 1WKRA 5SY3A 5P2JA 5P6FA 6FIVA 4PPHA 1GVWA 3T3CA 1EBWA 3PCZA 1D4JA 1HSIA 4FAFA 2AZCA 4Q1WA 4D8CA 3VSXA 1LYBA 4YD3A 5P5LA 4A6BA 5OZLA 3L38A 5P6IA 1ZSRA 5P02A 3APRE 4JP9A 5P8DA 1C6ZA 1FF0C 3GGUA 5P4UA 1RQ9A 5P5OA 2AODA 2A1EA 4L7HA 3HBOA 5P3MA 3DV5A 3PWWA 5P8QA 2P3CA 3ZKNA 3KFPA 1A9MA 1IDAA 1QS8A 5P19A 3R0YA 5P50A 3ZPSA 5P3UA 1KJ7A 9HVPA 4YCYA 1ENTE 2VJ7A 3QI1A 3LPKA 5P6XA 4M8XA 4Y47A 5P63A 2XYEA 5P2HA 1ZJ7A 4R91A 3U6AA 2AOCA 1B6PA 5P5UA 2RKFA 4FAEA 5HTZA 1BBSA 4K4QA 3NR6A 3VYEA 4Q5MA 3OQ7A 2AVVA 5P5PA 3NYGA 5P47A 1B6MA 1PPKE 3TOFA 2G69A 5P8VA 5PEPA 2G22A 3QIHA 4F76A 1FQ6A 1NSOA 4HE9A 3VV7A 1W5VA 3S85A 4DPFA 4JOOA 5IVRA 2J9JA 5P8MA 1EC1A 5P0RA 3URLA 2QMFA 3UF3A 4F74A 4Y5GA 2QI5A 1MSMA 2ZJKA 2BB9A 1HXWA 2R9BA 5P80A 2R5QA 5P6SA 3VV6A 4QJ6A 5P0DA 4K4PA 4I0GA 5P3PA 5P85A 1PSOE 1BILA 1SIVA 2ZHSA 4HEGA 1C6XA 5DR1A 4OBHA 4OBFA 1LF3A 4EJ8A 5C9FA 5P1CA 3WZ7A 2OHNA 3UDKA 4FGXA 4J0PA 4JPCA 5P2MA 3KMYA 3BC4A 4ZSMA 4OBJA 3UQXA 4Y3NA 2IRZA 1EEDP 2F3FA 5P1KA 2PH8A 1BWBA 1XL5A 2VNNA 1JLDA 3PRSA 3OY4A 5P5SA 1IIQA 3S8IA 5P5YA 5P12A 2H6TA 5KQZA 4Y3JA 5KAOA 4J0ZA 4Y5PA 5OZSA 1D4SA 1APTE 1OEWA 2PQZA 3PMYA 4FIVA 2FGUA 2IQGA 4RGHA 1D4LA 5OZ2A 4RVJA 4R95A 5P0GA 2QD7A 3CYWA 3FNTA 3TLHA 1WBMA 2AOHA 1HBVA 3R1GB 1FGCC 2QP8A 1BVGA 5P8LA 5KQFA 4EXGA 2R3TA 3LZYA 4Y35A 5P3RA 4EQJA 4AA8A 1XDHA 5APRE 5P2KA 5P2OA 3OK9A 3INDA 1BV9A 5HU0A 1XE5A 4WY1A 2OHPA 1Z1HA 4OBZB 5OZOA 1D4KA 3VFBA 1MSNA 3FNUA 5OZPA 3DOXA 2BPWA 1C6YA 2Q64A 3NXNA 5P6CA 3QRMA 4H3IA 5DQ5A 3CICA 4K9HA 1DP5A 4Y37A 4Y3WA 5P2VA 2F80A 5B18A 2BPVA 1HIIA 2QMDA 5AH9A 2PC0A 5JFUA 1B6JA 5P3LA 1BVEA 4TRYA 5P2LA 2BKSA 3O9GA 5OZBA 3I2LA 4E43A 4EJDA 5P79A 5P7CA 1EPRE 3ZL7A 2F3KA 1IDBA 3KYRA 4Y4UA 1BXQA 4J0TA 1KZKA 3MXEA 3EKXA 1U8GA 2WKZA 1LYWB 2G20A 3TL9A 4DQCA 3UDRA 3PWMA 2ZJNA 2XYFA 3OUCA 4J1KA 3NU6A 3PCWA 4PEPA 5P39A 5P3FA 2ZGAA 5KOSA 1HIHA 2V10C 3UDPA 2FLEA 3JW2A 4YBIA 1BXOA 5OYXA 3R4BA 4RROA 2F81A 1YM4A 5P1EA 3IN4A 2ZHUA 3K5CA 2WHHA 3S7LA 4CPWA 5P0OA 3BXRA 5P4SA 3ZKQA 3SA5A 2VIZA 5P55A 5P7TA 4DV9A 6APRE 5P40A 1HTGA 3NU4A 3EXOA 4TRZA 1XE6A 4Y36A 5P5RA 2UXZA 3UQWA 3S43B 2BPXA 5P4JA 5P7DA 4FRJA 5P37A 2F8GA 4HVPA 2VS2A 1YT9A 5P42A 5P2SA 5P09A 3BHEA 2CEMA 3BUGA 5P54A 3GGAA 4RCDA 1AIDA 5P4IA 1D4IA 2ZHRA 5P30A 5OZZA 3LZSA 5P0CA 2ASIA 3D1ZA 2G94A 2XFKA 2AIDA 5P7RA 5I70A 1DW6C 3LITA 5P4VA 5P53A 4GJCA 5P25A 5KQXA 1LZQA 4TRWA 5P5QA 2QAKA 4Q1NA 3TKGA 2R5PA 2FXEA 5OZNA 3HZCA 2QI0A 3OU4B 4H3FA 2AZBA 3F9QA 5P89A 5FIVA 2RENA 4Z2ZA 5P7NA 1SGZA 2QNQA 4L7JA 1SBGA 2G1OA 4Y4TA 3LZVA 4I0HA 3UFLA 3KA2A 5P6MA 3PMUA 3L5FA 4J55A 4Y3HA 5P6PA 3OADA 1ER8E 1FMBA 2P4JA 4Y3XA 5P7WA 3EL9A 5P3NA 3EKQA 3R0WA 1TZSA 3MSLA 5P8IA 2HC0A 3OXWA 5P4YA 5HE4A 4NJUA 4Y3DA 5P15A 5P1HA 5P27A 1AM5A 3T6IA 5I3XA 3S56A 3BUFA 1HPOA 5P5CA 1EC2A 5OZIA 5OZVA 2JJIA 2ZJHA 4U8WA 3NU9A 4Y5KA 5P6BA 3TTPA 5IE1A 5P3GA 1GVVA 3Q6YA 1QBSA 3KM4A 2J9KA 5COPA 5P73A 2WF1A 3D1YA 5P4GA 4PZXA 2PWCA 5P64A 2G27A 5P70A 3KFRA 4MC1A 4J0YA 3LIQA 3SPKA 5P7AA 4GJ5A 4TVGA 2BKTA 2P3DA 4K8SA 5OYTA 2I0DA 4RYCA 4Y5LA 4B1EA 5P2DA 4DUSA 5P7OA 3KMXA 4H3GA 1AVFA 2AOEA 1EC0A 1OD1A 2HB4A 3TKWA 5P1SA 3SM1A 2HM1A 5P75A 4EHCA 2QZLA 5P4XA 5P51A 4BEKA 5P1VA 1SIPA 5OZXA 4FSLA 5P3YA 2J9JB 1A8KA 4B72A 2OHUA 5P6WA 1FG8C 3L3AA 5P35A 4AZYA 3OU3A 3O9IA 1FKNA 3NWXA 3S45A 2QHZA 4EJLA 3PEPA 3EKYA 5P0TA 5P4HA 5P3SA 5P3XA 4Y3AA 5P7XA 4ER2E 2QI4A 5KR0A 3QBHA 3NU5A 5P8BA 5P45A 4XX4A 5P84A 5P6UA 3G6ZA 3S53A 3QP0A 5OZ8A 5P49A 3KT2A 5P33A 3R2FA 3VFAA 4IVSA 1Z1RA 2R43A 2AVOA 2IGXA 3K4VC 1UH9A 4ACXA 3INFA 3C9XA 4YD7A 2AVQA 1GVXA 2ER9E 3OUDA 5P8FA 5P0HA 5P5JA 4ZIPA 2PWRA 1T7KA 5P46A 1AXAA 2I4QA 2I4XA 3DK1A 3QN8A 5OYRA 4OBKA 3Q4BA 4DQFA 3SLZA 4J1EA 5OZRA 3AUPA 4DQHA 5P2GA 5P7QA 3ER3E 3OWNA 1B6LA 4FE6A 5P6ZA 4GJAA 3WZ8A 5P59A 3OQKA 3Q70A 3RTMA 4F75A 1G6LA 3L5CA 1W5XA 3GGXA 4RCEA 2OHQA 1MTBA 1ZTZA 5P2ZA 1MRWA 4ER1E 1B6KA 2PK5A 1PPLE 3T11A 5P4LA 1E5OE 2QI7A 4L1AB 5KOQA 4ER4E 5P2XA 4R93A 1SDTA 4GZFA 2P3BB 1B5FB 2QD8A 5P5KA 1PSNA 3NUOA 5HCOA 5P34A 3S54A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UQR A;  3KFN A;  1YTI A;  4CPQ A;  3N3I A;  3PVK A;  4HDF A;  2BBB A;  1T7I A;  2HIZ A;  3WSJ A;  5P67 A;  5UPJ A;  3EL5 A;  4CPU A;  1IBQ A;  5P86 A;  3NLS A;  5P4D A;  5P38 A;  2AOJ A;  5P3Q A;  3SM2 A;  1HVH A;  2ER7 E;  1TCX A;  3MWS A;  1EPL E;  1HRN A;  2CEN A;  5F01 A;  1HPX A;  2HB2 A;  3OQA A;  2AOI A;  4Y3S A;  3D1X A;  5P1A A;  3IXO A;  4Y53 A;  2HS1 A;  3URJ A;  5HVP A;  1MRX A;  4DJW A;  2QZW A;  2V13 A;  5BWY A;  2ANL A;  5P3Z A;  1D4Y A;  1FFF C;  1K6C A;  4EQ0 A;  5JFP A;  5P5W A;  4PHV A;  5P13 A;  5OZ3 A;  3OAG B;  3LIY A;  3OGQ A;  1LYA A;  2WL0 A;  3GW5 A;  5P2W A;  3PSY A;  4DQB A;  4APE A;  5P68 A;  1BWA A;  1BIM A;  4RLD A;  4NJS A;  5P1B A;  5AHA A;  3SAC A;  5P2F A;  4Y5C A;  5P2B A;  4Y57 A;  1LV1 A;  1CPI A;  4Y4Z A;  3B7V A;  2ZDZ A;  4I0F A;  5P71 A;  4OBD A;  1APW E;  3PGI A;  5P7F A;  1WBK A;  1GVT A;  1M43 A;  4AMT A;  3SKF A;  3TPJ A;  1CZI E;  3NDX A;  4Y3M A;  4YCK A;  5P3A A;  4YCT A;  3L5D A;  4FSE A;  3L5B A;  5P6L A;  4CPX A;  2VNM A;  3M9F A;  1EAG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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