1TCWA

Siv protease complexed with inhibitor sb203386
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWRRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVKIEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Human immunodeficiency virus protease ligand specificity conferred by residues outside of the active site cavity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIV PROTEASE
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Simian immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tcwA00
1BVEA 1HBVA 2P3CA 3S7LA 5P2QA 4B70A 5P52A 1BXOA 5EZXA 3ZPSA 3O9LB 4Z2ZA 1GVWA 3Q70A 2ER0E 3IVIA 5P46A 3BHEA 5P3ZA 4HVPA 4B00A 1IVPA 2AZBA 1SIVA 5P28A 4D88A 3B7VA 1Z1RA 2I4VA 1FMBA 2NNPA 2CENA 4OD9B 5P61A 5EZZA 4APRE 2BPYA 3DM6A 4R91A 4Y5AA 1BWAA 4LXMA 5P86A 3BXSA 2QHYA 2RKFA 3ZKSA 1BXQA 4I0GA 5P7QA 4JECA 1Q9PA 5P7YA 2ZHRA 5AHAA 4GJ6A 2J9JA 3DJKA 3VCMA 5P3AA 5P81A 4ZE6A 4Y3LA 3EL0A 5OZ2A 1BBSA 2F80A 1YM2A 3M9FA 3KYRA 5P6IA 5P4SA 1BDRA 2IKUA 4Y39A 5P3BA 3TKWA 5P11A 2OHMA 1B6KA 5HE7A 3IVHA 1Z8CA 2NPHA 1EPLE 2QI6A 5P4YA 4EYRA 3EKXA 1GKTA 3PI5A 4FM7A 1YM4A 2I4UA 4DVFA 3OQKA 4TVGA 2ZJIA 3PSGA 2VNNA 4Y48A 1LV1A 3NUOA 3ST5A 5I3WA 5P3CA 2AOEA 3GI4A 5P0FA 5P85A 5P4XA 3T7PA 2PH8A 1M4HA 3LIQA 5P62A 3CKPA 2QNPA 3OAGB 1ZJ7A 2QK5A 4DJUA 4EXHA 1OHRA 2PC0A 1EAGA 4FM6A 5OYQA 1KJHA 2AQUA 1QS8A 2B60A 3O9BA 3G6ZA 5P26A 5KR1A 1NPAA 5P1WA 3TPJA 3MSLA 1QBUA 1FQXA 3EKTA 4ZSMA 2P4JA 5P40A 1FMUA 3TKGA 5P37A 3NU4A 5P4FA 3LZVA 5P6EA 3SM2A 3UCBA 5P17A 4AUCA 2RKGA 3O9EA 3VG1A 5P7IA 5HCOA 2F3FA 4N00A 3NU9A 4FIVA 2B8LA 5P10A 5P5LA 3OU1A 5P7RA 5COKA 2O4KA 5P13A 3EKVA 2Z4OA 3OXVA 4Y5GA 5P8FA 4DJXA 4Y3SA 5P5GA 2PWCA 2Q63A 1HVHA 2R5QA 2BBBA 4YCYA 1M43A 5P2KA 3EM3A 3K5GA 5P71A 3F9QA 3UQRA 5P0PA 5P8SA 2OHLA 4Y3TA 1GVUA 5P5FA 1WKRA 4Y4UA 5P25A 5P4PA 3QS1A 4RCDA 4Y44A 4ER1E 4Y4AA 3S8IA 5OZEA 1QDMA 1EPQE 5P57A 1MTRA 1K6VA 3CKTA 1XS7D 5OZOA 4EQ0A 4DQCA 3IGBA 4Y4JA 5P08A 3I8WA 1MRXA 5DQ5A 3PLDA 1EC0A 4Y3GA 3FX5A 3DCRA 3LIYA 5P0CA 5P4HA 3GGAA 5OZWA 4Y5KA 1YTJA 5P1VA 2VIZA 4JPEA 5DPZA 4RCEA 1ER8E 1GVXA 4Y3AA 3KM4A 5P8NA 4Y56A 5AH7A 3VFAA 3CMSA 4Z22A 3MSKA 1EPPE 3DOXA 3LINA 5P8JA 4EHCA 2QD7A 1C6ZA 4ZPFA 5IVQA 1APUE 1B5FA 4Y3QA 5I3VA 1K6CA 5P5NA 5P4EA 4EPJA 2PH6A 1XE5A 1B6LA 2AVSA 3TPPA 5P87A 2QMPA 5BS4A 3UDJA 5OYRA 5P0XA 5P77A 4APEA 4RVXA 3WB4A 2QD6A 3GGXA 2F3EA 4LHHA 5P15A 5KR8A 4Y4WA 5P1SA 5P7SA 5OYXA 2AOGA 1HTEA 2PK5A 1YT9A 2R38A 5P1XA 2HM1A 4DQFA 5OZHA 3JVWA 5OYWA 1UH7A 5P51A 3S45A 4DI2A 4DJPA 2AOJA 2VA6A 4J1IA 4Y4XA 3NDXA 5P5CA 1FQ4A 1T7KA 3MXEA 5P3YA 5P09A 4AA8A 4NJUA 1HTGA 5KQYA 5P4RA 3LPJA 5SXNA 4H3FA 3UTLA 4Y3JA 2ZHVA 5B18A 3LPKA 2EWYA 4BFBA 4H3IA 2FXEA 3UDNA 3BUFA 2R3TA 3KDCA 2ZDZA 3SACA 2Q54A 4Y35A 1ZLFA 4K4QA 5P4KA 2FNSA 5P2OA 3LZSA 4GB2A 5P3PA 5P7MA 3PM4A 1LYAB 3H5BA 3NDWA 4U8WA 5P65A 4MC9A 5BRYA 4JOOA 5P3TA 5SZ9A 5DR7A 1MERA 1UH8A 1EBYA 5P5MA 5E5KA 2V10C 4DFGA 5P5SA 5COOA 4TRYA 3ZPTA 2ZE1A 3BC4A 2HB2A 3IXOA 3OGPA 1HIHA 4Q1XA 1E82E 1BV7A 2IENA 3LZUA 4RVJA 4OBDA 5P1QA 1OEWA 2ASIA 1HIIA 4R93A 5P35A 5P7LA 2ANLA 3CIDA 2IDWA 3PVKA 2G1OA 3HDKA 1APTE 3BUGA 5P16A 4OBKA 3PI0A 5P2VA 2HIZA 1LYBB 4H3GA 1SDUA 3INFA 3IXKA 2WEAA 5I3YA 1FEJC 3ZOVA 1PPLE 4LXKA 2XFJA 3I6OA 3I2LA 3UDRA 4Y3FA 5P3QA 4K8SA 4FSEA 5P50A 3KT2A 4ACXA 3NXEA 1RNEA 4GIDA 3SA3A 3VYFA 5P4CA 4OBGA 3IXJA 1HIVA 3QRSA 5JFUA 4R5NA 5P1PA 2B42A 5P1HA 1B6MA 4QGIA 4ZLSA 1FMXA 3VV7A 5KOQA 4J1EA 4CPUA 2QMFA 2WEZA 4Q5MA 4OBHA 4J1FA 5P0KA 5P2IA 5KQZA 3FNSA 3K1WA 4CKUA 2ZGAA 4DJRA 2QZXA 5P2CA 2OHRA 5P8CA 5P4QA 2ZJLA 5P8PA 3PMYA 3OADA 4ZSRA 2ER6E 6FIVA 1RQ9A 4NKKA 5P6RA 1BAIA 1BDQA 2O4LA 5HVPA 1BV9A 3S53A 1CZIE 1K6PA 1HVIA 3N4LA 5KR2A 2Q15A 4EJKA 3FNTA 1A8KA 2ZHTA 1ZSRA 3O9LA 1BDLA 3S54A 5P7EA 2FNTA 3N3IA 4EXGA 5P4AA 3FNUA 3O99A 3RTNA 2IQGA 3OWNA 4HZTA 5P2YA 3K4VA 2IL2A 5P2BA 2R8NA 3ZLQA 1QBTA 4Y41A 4BEKA 5AH6A 3U6AA 3WZ7A 1SMEA 1MTBA 3LPIA 3K4VC 4YD6A 5P56A 4J55A 5P5RA 2NNKA 2V11C 4I0JA 4HDPA 3FV3A 2HPEA 3S85A 2AVOA 3ZPUA 3I25A 1FB7A 1A30A 3NYGA 1EBWA 4AZYA 5P27A 5P8IA 4RRSA 2WEDA 2Q11A 4GZFA 4EJLA 5P3VA 4I0HA 5DR3A 5P76A 3PGIA 2XFIA 3WB5A 1BWBA 4EP3A 2FMBA 4A4QA 4MC1A 3U7SA 1HEFE 3TLHA 3BVBA 3QBHA 3JVYA 2G27A 4R95A 3T11A 5P5ZA 4DJVA 4L1AB 3ZKQA 3T7QA 5P41A 2ZJHA 5P14A 2SAMA 2R3WA 3UDHA 4CMSA 2HS1A 1A9MA 2HPFA 3DV1A 4Y3EA 5JFPA 1W5WA 4RCFA 3T3CA 4RZ1A 1F34A 1IZDA 1FQ6A 4K4RA 4EQJA 5P3GA 3NXNA 2AVQA 4LAPA 1FQ5A 5P7FA 2IEOA 3BXRA 3IN3A 2VIYA 1KJFA 4PZWA 5DGUA 2O4PA 3PSYA 4F75A 2QI5A 5P4TA 3UQXA 2NXMA 2P3DA 2XFKA 3LIZA 5HE5A 2PSVA 3QROA 3GW5A 5P0IA 3SM1A 5P6FA 4HE9A 1EC1A 4GJDA 4WY6A 4MC2A 3QIHA 5P7JA 1AJVA 3D20A 5P2GA 5P53A 5P78A 5P3EA 3UDQA 1YG9A 5P4LA 1APVE 1N49A 3ZL7A 2R5PA 5HTZA 4GJ7A 5P8HA 3OUAA 5P6YA 2QCIA 4QJ6A 4QJAA 3SA8A 4B1EA 3OOTA 2I1AA 2NTRA 5OZBA 4GJAA 2WF2A 1LYWB 2G20A 4M8YA 5P5HA 5P4IA 3UQPA 4PPHA 1C70A 1HEGE 3TPLA 4EJDA 4HDFA 3IN4A 3NU5A 3S2OA 2JXRA 3VF5A 3SA6A 3WZ6A 2VA5A 2QNQA 1HXBA 1ODYA 2BPVA 3EM4A 4FRKA 3SABA 5P1UA 2HS2A 3DCKA 3KMYA 1G6LA 5P3RA 2I4QA 4DV9A 1TSUA 2ZHUA 4I0EA 4WTUA 3QN8A 3HAWA 5I70A 3JW2A 3GGUA 2V13A 5HCTA 3QRVA 4I8WA 5ISJA 2QMGA 4B72A 5P33A 5P2XA 1W51A 5P3SA 2BPWA 1KJ7A 2G21A 1TZSA 1META 1FFIC 4KE0A 3VF7A 4XXSA 2ZJMA 4DJQA 2P3BB 2G24A 2P83A 5JG1A 4FL8A 5DR0A 3MWSA 4Y58A 4CPRA 5P5QA 5AGZA 5DQ1A 3WZ8A 4Y3XA 2G1YA 5P4ZA 1WBMA 4Y5BA 5P2LA 1EC2A 6UPJA 2AVMA 1T6GA 1A8GA 2O40A 3OQFA 4I1CA 2VIJA 5P7WA 5P45A 3D1XA 3D3TA 3VLAA 5HE4A 4NPUA 1IDBA 3HBOA 3SFCA 1IZEA 1NPWA 2P8HA 1HXWA 5P1GA 5DQ2A 4Y3WA 3LITA 5P7DA 2HAHA 3C9XA 3OK9A 2A4FA 2FDDA 5P4BA 1HVSA 3NLSA 2UY0A 3GGVA 5P1TA 5HDVA 1FIVA 3FIVA 3L58A 4BFDA 3INHA 4Y4GA 2NR6A 2OHPA 5OYSA 2FGUA 4D85A 2QP8A 1GVVA 2NMYA 5P48A 3QRMA 3QAAA 5P6AA 5P1YA 1ZTZA 5P06A 5P1MA 3INEA 3VV8A 1LYAA 2QU2A 1VIKA 1HPOA 5P6BA 3EL9A 4DJYA 2RENA 1MT9A 5P0LA 4CPSA 5P03A 4COEA 4YD7A 4FLGA 2UXZA 4F74A 3OU4B 3G70A 5P5TA 5P0NA 5P6TA 4Y36A 1HPSA 4J0VA 3UPJA 5OZVA 2B7FA 3PRSA 3EC0A 4OC6A 3EKYA 3UF3A 5KR0A 4PZXA 2OAHA 4PEPA 3S56A 1NPVA 1TW7A 5UPJA 4Q1WA 4TVHA 1ZAPA 3BGBA 3RTMA 5P0SA 4Y5PA 4Y5CA 1MRWA 5P0WA 5T4SA 5P58A 4FGXA 1G35A 4Y4BA 5KQXA 3QVIA 3SLZA 4OBZA 1LYBA 1SMRA 3KF0A 3O9FA 4FAFA 5FIVA 5P1AA 1GNNA 3O9DA 3L5BA 5P66A 5IVTA 3NUJA 3VYEA 3Q5HA 5P39A 5P5AA 3TOHA 4J1KA 4U7QA 4WY1A 2QD8A 5P0RA 4Y3ZA 3OGQA 1W5YA 2RSPA 5P18A 3VV6A 5P0JA 1AZ5A 3L38A 4D89A 1D4KA 3VF3A 1LEEA 3B80A 2VA7A 5AH8A 3S43B 1RL8A 5C9FA 2JYSA 5P88A 4NJTA 4A6CA 5P0HA 5P3HA 5P7XA 3OU1B 3K5FA 1SDVA 2FS4A 4RYCA 3VSXA 3EKPA 3O9GA 4YBIA 3GI0A 1HHPA 7UPJA 3HVPA 2V0ZC 3KFRA 5P1FA 1DW6C 3QBFA 4FCOA 4JP9A 4ZPGA 2Q5KA 1XDHA 5P1NA 2RMPA 5OZMA 3OQDA 2I4XA 1HSHA 1SGZA 5P2DA 3O9HA 5P22A 2IGYA 2F3KA 5P6JA 5DR1A 2JJIA 4Y3NA 1SP5A 3RSXA 2PQZA 5P8DA 2FGVA 4FRJA 2VS2A 4Y50A 5ER1E 5OYZA 2HC0A 5P6VA 4Y4DA 3Q6YA 1MSMA 1IIQA 3PHVA 5SY2A 5HDXA 1K2BA 4GYEA 5P49A 3UDKA 1B6JA 2JE4A 5P42A 5P5UA 4FRIA 3INDA 4J17A 5P6OA 2P3AA 4X7IA 1AVFA 5P3OA 3O9CA 5P8UA 1EBZA 3PB5A 5P30A 1D4HA 1M0BA 5P6SA 1B5FB 3D1ZA 5P5IA 2B7ZA 2PYNA 5P6XA 1MIQA 3OHFA 1SBGA 5P29A 3UQWA 1CMSA 3UFNA 5P01A 5P0MA 5P8VA 1HTFA 2G1RA 4Y53A 3S7MA 2OHQA 5IVSA 5OZSA 1XL2A 5KOSA 4DPIA 4R92A 4MC6A 5P0QA 4AMTA 4Y57A 1OD1A 2QAKA 9HVPA 1XL5A 1TCXA 5P7TA 5J25A 4B0QA 3EL5A 4Y5MA 3APRE 2WHHA 3NU6A 1HOSA 4L1AA 5P6PA 3UDYA 5P02A 5P8OA 2PMAA 4YCTA 5P8LA 4BELA 5P2EA 3LIVA 3H0BA 1J71A 5P8TA 2IRZA 4YDGA 1XE6A 1EBKC 1BVGA 2B8VA 4Y5EA 5ISKA 5P60A 3VYDA 5P8BA 4YBFA 5OZ4A 5P0UA 1F7AA 4J0YA 2V00A 1PFZA 4QJ8A 5P7PA 4PHVA 5OZ8A 3QVCA 5P3NA 5P6NA 3DUYA 4I0DA 5OZGA 2WJOA 4YCKA 3EXOA 3ZKGA 1NSOA 1HVCA 4F73A 4I10A 1AIDA 1APWE 5P72A 4YOAA 5OZPA 5P4WA 4OD9A 1FGCC 1MSNA 3OUDB 4Q1NA 1YTGA 5P2HA 2XYEA 1T3RA 3RVIA 1A94A 5HU0A 1QBRA 3PSUA 5OZRA 4TRWA 1AM5A 1EPME 5P7BA 4ACUA 4D83A 5OZ1A 5C9BA 5P38A 4GJ9A 4I0FA 4DJOA 1OEXA 4B05A 1PSOE 1T6EX 5P1DA 5P68A 2BPZA 1FQ7A 1HVLA 4YD3A 1KZKA 5P12A 2G1NA 2I4WA 3R1GB 3QPJA 4YD5A 5P54A 2G26A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BVE A;  1HBV A;  2P3C A;  3S7L A;  5P2Q A;  4B70 A;  5P52 A;  1BXO A;  5EZX A;  3ZPS A;  3O9L B;  4Z2Z A;  1GVW A;  3Q70 A;  2ER0 E;  3IVI A;  5P46 A;  3BHE A;  5P3Z A;  4HVP A;  4B00 A;  1IVP A;  2AZB A;  1SIV A;  5P28 A;  4D88 A;  3B7V A;  1Z1R A;  2I4V A;  1FMB A;  2NNP A;  2CEN A;  4OD9 B;  5P61 A;  5EZZ A;  4APR E;  2BPY A;  3DM6 A;  4R91 A;  4Y5A A;  1BWA A;  4LXM A;  5P86 A;  3BXS A;  2QHY A;  2RKF A;  3ZKS A;  1BXQ A;  4I0G A;  5P7Q A;  4JEC A;  1Q9P A;  5P7Y A;  2ZHR A;  5AHA A;  4GJ6 A;  2J9J A;  3DJK A;  3VCM A;  5P3A A;  5P81 A;  4ZE6 A;  4Y3L A;  3EL0 A;  5OZ2 A;  1BBS A;  2F80 A;  1YM2 A;  3M9F A;  3KYR A;  5P6I A;  5P4S A;  1BDR A;  2IKU A;  4Y39 A;  5P3B A;  3TKW A;  5P11 A;  2OHM A;  1B6K A;  5HE7 A;  3IVH A;  1Z8C A;  2NPH A;  1EPL E;  2QI6 A;  5P4Y A;  4EYR A;  3EKX A;  1GKT A;  3PI5 A;  4FM7 A;  1YM4 A;  2I4U A;  4DVF A;  3OQK A;  4TVG A;  2ZJI A;  3PSG A;  2VNN A;  4Y48 A;  1LV1 A;  3NUO A;  3ST5 A;  5I3W A;  5P3C A;  2AOE A;  3GI4 A;  5P0F A;  5P85 A;  5P4X A;  3T7P A;  2PH8 A;  1M4H A;  3LIQ A;  5P62 A;  3CKP A;  2QNP A;  3OAG B;  1ZJ7 A;  2QK5 A;  4DJU A;  4EXH A;  1OHR A;  2PC0 A;  1EAG A;  4FM6 A;  5OYQ A;  1KJH A;  2AQU A;  1QS8 A;  2B60 A;  3O9B A;  3G6Z A;  5P26 A;  5KR1 A;  1NPA A;  5P1W A;  3TPJ A;  3MSL A;  1QBU A;  1FQX A;  3EKT A;  4ZSM A;  2P4J A;  5P40 A;  1FMU A;  3TKG A;  5P37 A;  3NU4 A;  5P4F A;  3LZV A;  5P6E A;  3SM2 A;  3UCB A;  5P17 A;  4AUC A;  2RKG A;  3O9E A;  3VG1 A;  5P7I A;  5HCO A;  2F3F A;  4N00 A;  3NU9 A;  4FIV A;  2B8L A;  5P10 A;  5P5L A;  3OU1 A;  5P7R A;  5COK A;  2O4K A;  5P13 A;  3EKV A;  2Z4O A;  3OXV A;  4Y5G A;  5P8F A;  4DJX A;  4Y3S A;  5P5G A;  2PWC A;  2Q63 A;  1HVH A;  2R5Q A;  2BBB A;  4YCY A;  1M43 A;  5P2K A;  3EM3 A;  3K5G A;  5P71 A;  3F9Q A;  3UQR A;  5P0P A;  5P8S A;  2OHL A;  4Y3T A;  1GVU A;  5P5F A;  1WKR A;  4Y4U A;  5P25 A;  5P4P A;  3QS1 A;  4RCD A;  4Y44 A;  4ER1 E;  4Y4A A;  3S8I A;  5OZE A;  1QDM A;  1EPQ E;  5P57 A;  1MTR A;  1K6V A;  3CKT A;  1XS7 D;  5OZO A;  4EQ0 A;  4DQC A;  3IGB A;  4Y4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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