1TSQA

Crystal structure of ap2v substrate variant of nc-p1 decamer peptide in complex with v82a/d25n hiv-1 protease mutant
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for coevolution of a human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid-p1 cleavage site with a V82A drug-resistant mutation in viral protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/viral protein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tsqA00
4Y4WA 4DJVA 5P4BA 3KM4A 4LL3A 4ER1E 4Q1NA 1MPPA 1T7IA 3KN0A 5P4EA 1BWAA 5KQXA 5P6KA 4Z50A 4Y3JA 4L7JA 3RTMA 2IQGA 5P37A 2Q55A 5P3GA 2UY0A 3EKQA 3TOHA 3K5DA 3S85A 2AZ8A 1W5WA 3IXKA 3DV5A 5P38A 5P8SA 4Y3ZA 1DW6C 5P4XA 5I3YA 2AIDA 2CEJA 3GI6A 1MRWA 1W5XA 1U8GA 4NJUA 5P0LA 1EAGA 1GVVA 5P62A 4Y5GA 5P7BA 5HCOA 5P7TA 4OC6B 4Z2ZA 1LV1A 2OAHA 3SFCA 1G2KA 1HIVA 5COKA 4X2LA 5KQYA 5P63A 1PFZA 4HVPA 4LP9A 5P2EA 3ZPSA 3QRSA 5P1VA 4H3IA 1QBUA 4Y41A 3EL1A 4GZFA 5P08A 1ZP8A 2QNNA 1RL8A 3PMYA 4Y9WA 4BELA 4HE9A 1QRPE 2ZJLA 2EWYA 5P46A 5P6EA 5P7UA 4KE0A 4I0ZA 3PI0A 5P8FA 5P3UA 5P5PA 3L5FA 4J0YA 5DQ1A 5P30A 3LPIA 5P5FA 4U7VA 4QLHA 1GNMA 5P8PA 3UDJA 4YD3A 3SA4A 2P83A 4Y5PA 2NMZA 4QJ6A 1EC2A 5P0NA 5P12A 4DPIA 3LIVA 3FSMA 5CONA 1IIQA 5DQ5A 2MIPA 3L58A 1IDBA 2QAKA 1ODYA 5P7QA 5ENKA 4YDFA 5OZ0A 2ZJNA 2QHYA 3K5FA 1QS8A 3GI0A 5P47A 5P7CA 3UTLA 1BV7A 5P4IA 5P5IA 2BPXA 5DR8A 1EPNE 5P2MA 5P4QA 1HRNA 5P2UA 5OZJA 5P0YA 3GW5A 3BGBA 5P1WA 2QMDA 3OQFA 3D20A 4UPJA 5P49A 4DV9A 4RCDA 5P1YA 4M8YA 4J1HA 2QD6A 2P3BA 1D4KA 3NU9A 5OZYA 4S1GA 2ZYEA 5P0RA 2F3EA 2B8LA 3LZUA 5P10A 5P67A 4GJ8A 3VF5A 4CPRA 1FMXA 3VV8A 5P4WA 4I10A 3T7PA 1XS7D 1F7AA 2QI1A 4RYCA 5P0MA 2Q3KA 3OTYA 4I1CA 5JODA 3DV1A 4DQEA 5P6VA 1EC0A 2G69A 3O9HA 1Z1RA 3Q6YA 2VNNA 5P3ZA 4OD9A 2VA5A 3KDCA 1VIJA 5P2FA 3PBZA 1AIDA 1HVSA 3HBOA 3TOFA 2CEMA 3O9DA 1B6PA 4F74A 3URJA 3IAWA 1LYBB 1MIQA 5KOQA 3SA6A 1AJVA 5P2CA 3NDWA 2R3WA 3EM6A 1QBTA 4H3GA 4R8YA 5P0SA 1B5FA 1FMBA 1TSQA 1MEUA 5P5OA 5P70A 1HBVA 5P2LA 5OZAA 2IL2A 4A6CA 5DGWA 1GVUA 1SH9A 5P36A 5ISJA 5KAOA 4Y3XA 5P7AA 2Q5KA 3BVBA 5OYQA 2NMYA 4QJ8A 4EXGA 3PWWA 4NPUA 3IXJA 1CMSA 5IVQA 4OBZA 4RRNA 1LF3A 5P1QA 5P11A 3IXOA 4Y3HA 1Q9PA 5P3WA 3HW1A 1BDQA 3L5DA 2A4FA 2QI6A 3QBHA 3OQAA 2QCIA 4B77A 4B72A 1FQ8A 5P4FA 2QNPA 2NNKA 4XKXA 1E5OE 2WF4A 4LBTA 1OHRA 2OHKA 5J25A 4GB2A 1IZDA 5P8KA 1T7KA 4Y3DA 3NSHA 5P7ZA 5P8HA 2JXRA 5P6NA 2WF0A 3VEUA 5P72A 3NDTA 5KOSA 4GJ6A 4WY6A 3INHA 1HVIA 2FGVA 4CPQA 5P2QA 5P3VA 4HDPA 4U8WA 2VIZA 2ZHVA 5AH7A 5P2SA 4Y5KA 1ODXA 3BXSA 1XE5A 5OZKA 5P5TA 1EC3A 3OU4B 4PZWA 3WB5A 3T7XA 5P2IA 2J9JA 5COPA 1ME6A 7UPJA 3EL5A 1HVHA 4RLDA 3QIHA 4ZSQA 5JFPA 4DUSA 5P2AA 5I70A 1ZLFA 5P0VA 3NDXA 5HDXA 1W6IA 2I0DA 2HS2A 1N49A 4HZTA 3OXVA 1YTHA 5P4NA 3U6AA 3PWMA 4XXSA 1G0VA 4EPJA 4BFBA 4OBDA 1GVWA 3Q5HA 2PC0A 4AZYA 2BPWA 5DPZA 3UPJA 2AVOA 3ST5A 1HTRB 1A8GA 2ZHUA 5P24A 5OYUA 3TOGA 5P3NA 3O9IA 2HB2A 4APEA 5P8IA 3UFNA 3ZPUA 4RVIA 3UQXA 5OZZA 5DQ2A 3TKWA 4FIVA 3VG1A 4R5NA 4Y3NA 3TTPA 4DJUA 4Y44A 4K8SA 5HVPA 3TPRA 3L3AA 4YCYA 1C6YA 4D83A 3EKVA 5P4RA 5P0ZA 3VYFA 3KT2A 4NJTA 4Y43A 5OZ3A 5P88A 5AH6A 5ENMA 5ER2E 1FFIC 1D4LA 4TRYA 2IDWA 2HB4A 5P3YA 1HOSA 2PH6A 4EP3A 3UFLA 1LEEA 3OU1A 5P3KA 4YDGA 1ER8E 5P74A 1T6EX 4XX3A 2I4WA 3KFRA 4TVHA 5OZ9A 5P73A 5P8VA 1AVFA 4K9HA 2I4DA 3VF7A 4L7HA 1MESA 3D91A 5OZWA 1ZPAA 4Z4XA 2VNMA 4RROA 3O9EA 5P4JA 5OZXA 4DH6A 4I0EA 2AZBA 1HSIA 3OAGB 3EKXA 5P2BA 4XX4A 4EJLA 5OZNA 3APPA 4D88A 5HU1A 4NPTA 1APTE 4RRSA 5P83A 3NYGA 3URLA 3LZSA 5AHAA 4DQFA 1YX9A 5P32A 3SQFA 4Y4AA 5P01A 5P7PA 4J55A 4Y3QA 3S2OA 1HPOA 1K6PA 4QJ7A 5P56A 4EXHA 3PSYA 3S8IA 3QS1A 2R5PA 5P4LA 3GGAA 1LYAA 5P59A 1ZSRA 5OZCA 3TL9A 3RTNA 2BB9A 2ZHRA 1EPRE 2QZKA 3NUOA 2Z4OA 1IVPA 2WKZA 2V13A 1NPVA 5P20A 2V12C 5OZLA 3CMSA 3OOZA 3DUYA 3S56A 4NKKA 4GJ9A 2AOFA 5P26A 5P7EA 3OGPA 1T7JA 4H3FA 1FQ6A 5SY2A 1HWRA 2O40A 2NR6A 5P7VA 5P5AA 4TVGA 2F8GA 4EQJA 5HDVA 5P1FA 1T3RA 3UQPA 2I1AA 3BUHA 2F81A 4EQ0A 1HPSA 4GYEA 4QGIA 2VKMA 1G6LA 1IDAA 2FXDA 4AMTA 4Z22A 3HVPA 5P8LA 1WBMA 4GIDA 5P1XA 5P68A 4J0TA 5P3SA 1FMUA 3S53A 1EPQE 1HXBA 1W50A 5P6DA 3GGUA 3QRMA 1MSNA 4TRWA 2PWRA 2BPVA 4FM8A 3O9FA 1YTJA 5OZ7A 2HM1A 1TCWA 3BC4A 4YCTA 5P81A 2VIJA 5P1TA 4L1AA 5DR0A 1EPME 1Z1HA 5P7IA 1HPVA 3SA9A 3VFAA 5P0IA 1VIKA 3RVIA 2FS4A 1DP5A 3SO9A 5P58A 5P87A 3A2OA 3UDRA 3L5EA 4LAPA 5P0CA 1A9MA 1TZSA 5P5HA 1HVCA 4J1KA 2QP8A 5P1SA 4Y4GA 5P4ZA 5P4AA 5OZ2A 3G70A 3UCBA 3HAWA 2BPZA 4AUCA 2RSPA 1SMEA 3PCZA 3SM1A 1BVEA 5E5KA 1HVLA 1MT9A 5I3WA 3EC0A 5PEPA 2ZJHA 3CYWA 5P15A 3K5GA 5P79A 3GGXA 5P2DA 4B0QA 2IEOA 1MT7A 4H3JA 2ZE1A 4KE1A 5P2VA 3HD8A 3LNKA 2HB3A 5OYXA 5DR4A 5OZDA 5P6PA 4K4PA 2FMBA 4Y3WA 4DQGA 3UF3A 5P5QA 3DM6A 4PYVA 3G6ZA 5P7LA 5P82A 4Y4UA 2B8VA 3FKTA 3LHGA 3PMUA 3OUDB 1G35A 5P6TA 1MERA 2OHMA 3EMYA 5OZFA 4GJBA 3EKYA 5P5ZA 4QJAA 2ZDZA 3CIBA 5KR2A 5HDUA 4ZPGA 5P5KA 5OZEA 1D4IA 3R1GB 4DJYA 2WJOA 5JFUA 4DVFA 5P0DA 5P5JA 4CP7A 1QBRA 3PSUA 3K1WA 3OGQA 4GMIA 2V00A 3ZOVA 3KYRA 4WTUA 1FG8C 1KJGA 2QHZA 5P8TA 3QPJA 5P17A 2OHRA 4Y4DA 1TCXA 4YD5A 3U71A 5P1EA 1GNNA 2QI5A 1ZSFA 2OHPA 4DJXA 1ZJ7A 4Y45A 4L7GA 1T6GA 3SA7A 5P19A 1E81E 3WSJA 4Y48A 2FGUA 1HEFE 5KQZA 3MXDA 1K1TA 3KF0A 3NWXA 5P5BA 5P25A 2G1NA 3CKPA 3NU5A 5P61A 3BGCA 3PI5A 5P0HA 1QBSA 2UXZA 2BKSA 1YM2A 3PLDA 5P2RA 1FQ7A 5P50A 3SKFA 5HE7A 4J1FA 3PVKA 1EEDP 4DQHA 3KFNA 2AVVA 2R8NA 1EBWA 4AA8A 1IZHA 1E82E 3Q70A 3OXWA 3UQUA 5P4YA 2B7ZA 5OYWA 4CPSA 3JW2A 2WF1A 1HSHA 3QBFA 5P5UA 3BHEA 3JVYA 2PSGA 5AH8A 1JLDA 4ZEAA 2P8HA 2FXEA 4JOOA 3LIYA 2NPHA 1AZ5A 5P8BA 3S7MA 4Y3TA 5P7RA 4ZPEA 2AZ9A 5OZIA 5OYRA 3PHVA 4FRSA 1CPIA 3EBZA 1HSGA 3RSVA 5P6MA 5P6AA 5AHBA 5P84A 5P7NA 5P71A 4YD6A 4ZSPA 5P0KA 2QMGA 1META 2WEBA 4Y47A 5UPJA 1SIVA 3F9QA 2PQZA 4A6BA 5P3PA 4B00A 5P2JA 2R43A 1FLHA 1WKRA 3KFPA 4OC6A 1FGCC 5P39A 4FSEA 2VIYA 5P04A 3HZCA 3R0YA 3CIDA 5ER1E 1AM5A 5P4SA 5CLMA 2IGYA 3CKTA 4GJCA 4Y4EA 1GVTA 4DPFA 5P02A 3SACA 2JYSA 4Y3PA 3D3TA 2SAMA 2AOGA 5P5MA 5P8EA 1AJXA 1SBGA 2WF3A 5P03A 3KT5A 5P4OA 3ZL7A 2J9KA 2PSUA 1YTIA 4Y3LA 2Q54A 1BVGA 2O4PA 3UDKA 4LXAA 3FIVA 2JE4A 3QROA 4OBJA 2ER7E 4FL8A 1NH0A 5P7XA 3ZKQA 2PK6A 4YHQA 3I8WA 2WF2A 5P7GA 3LZYA 2R38A 2G1OA 1LYWB 1GKTA 5P2OA 3ZKIA 5TOLA 2QZLA 4I8WA 3MXEA 4LC7A 1HPXA 1ENTE 2QD8A 5P1RA 1PPKE 5P4DA 3S45A 1YG9A 2AVMA 5DR3A 4EWOA 1PSAA 4D8CA 3PB5A 5OZSA 1HTGA 3ZMGA 2FNSA 1BV9A 5P6QA 5SZ9A 5P6XA 3SA3A 2OHLA 5P69A 4GJ7A 5T4SA 4MC6A 3N4LA 5P7FA 2Q15A 3OOTA 2XYFA 3L38A 3SPKA 3LINA 5OZBA 3I7EA 5P0JA 4DJQA 4Y57A 5P57A 4YD4A 4ZIPA 5P1CA 3AUPA 2QD7A 2ZJMA 2PSVA 2CENA 2RKFA 5P1ZA 2B7FA 5P51A 5P78A 3INFA 5P3XA 4K4RA 3TNEA 5P5VA 1FF0C 3R0WA 5P1UA 5BWYA 5P06A 2AOIA 3LIZA 4COEA 3G72A 3OTSA 5P1AA 3KFSA 5OZUA 1DPJA 5P45A 4PEPA 3T6IA 5P2ZA 4DJRA 3KMYA 5P5SA 4ACUA 3UDNA 4R91A 2G94A 1W51A 1IBQA 1MRXA 3K4VA 1NSOA 2NXLA 2VIEA 3EKPA 3OWNA 3DOXA 3M9FA 1A94A 4J0PA 2Z54A 2V10C 2BKTA 1LYBA 1B11A 3HAUA 1A8KA 4Q1WA 4NJSA 4I0IA 4J1EA 3Q3TA 5F00A 3S43B 3LITA 1EBZA 5P0PA 3LPKA 1MT8A 5P6IA 4CPWA 5P7KA 5P2YA 3Q4BA 3VF3A 1MTRA 4Y51A 5KR1A 5HDZA 4Y5MA 5P3LA 3WB4A 1TSUA 4PPHA 4X7IA 5P1BA 2AODA 4RZ1A 5P8DA 4HLAA 3DCKA 3OADB 1MTBA 2QI0A 3B80A 1HEGE 2QZWA 1FIVA 2ASIA 2QMFA 5P3JA 3VSWA 2R3TA 4M8XA 3GI5A 2G1RA 2XFIA 1FQ5A 3O9CA 2FDDA 5P48A 4HDBA 1IZIA 3IVIA 2FIVA 1K2BA 1BBSA 1MUIA 4YA8A 5P6LA 2IENA 1SDUA 2AOEA 3QVCA 1XL2A 5OZPA 2HAHA 4I0DA 3BRAA 3IN3A 1KJ7A 5P2HA 5P6HA 1LF2A 5P16A 5P0WA 1XN2A 5P66A 5SY3A 1FKNA 5P1KA 1C6ZA 3CICA 4FM6A 5OZRA 2RENA 5P2WA 2AOCA 4DFGA 3AIDA 2I4UA 1XE6A 3H5BA 1W5VA 3ER3E 3EKWA 1M43A 5P53A 5P31A 4NJVA 4H1EA 2QHCA 1PSNA 2WECA 3UDPA 5P3AA 3RTHA 4HA5A 3OU4A 4KUPA 3TKGA 3VYDA 5P8JA 5IVTA 2QI4A 1MSMA 2ZHTA 3BXRA 4QJ9A 4MC1A 4Y3FA 5P7JA 4I8ZA 5OYYA 4YE3A 1GVXA 2BBBA 3MSJA 2VA6A 3VV7A 3IN4A 2G24A 3URIA 3T3CA 3QRVA 4R95A 4D89A 4B1EA 4PHVA 4I0FA 5P4HA 5E5JA 2APRA 4RVJA 1YTGA 1ODWA 4FCOA 1CZIE 3UDHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4W A;  4DJV A;  5P4B A;  3KM4 A;  4LL3 A;  4ER1 E;  4Q1N A;  1MPP A;  1T7I A;  3KN0 A;  5P4E A;  1BWA A;  5KQX A;  5P6K A;  4Z50 A;  4Y3J A;  4L7J A;  3RTM A;  2IQG A;  5P37 A;  2Q55 A;  5P3G A;  2UY0 A;  3EKQ A;  3TOH A;  3K5D A;  3S85 A;  2AZ8 A;  1W5W A;  3IXK A;  3DV5 A;  5P38 A;  5P8S A;  4Y3Z A;  1DW6 C;  5P4X A;  5I3Y A;  2AID A;  2CEJ A;  3GI6 A;  1MRW A;  1W5X A;  1U8G A;  4NJU A;  5P0L A;  1EAG A;  1GVV A;  5P62 A;  4Y5G A;  5P7B A;  5HCO A;  5P7T A;  4OC6 B;  4Z2Z A;  1LV1 A;  2OAH A;  3SFC A;  1G2K A;  1HIV A;  5COK A;  4X2L A;  5KQY A;  5P63 A;  1PFZ A;  4HVP A;  4LP9 A;  5P2E A;  3ZPS A;  3QRS A;  5P1V A;  4H3I A;  1QBU A;  4Y41 A;  3EL1 A;  4GZF A;  5P08 A;  1ZP8 A;  2QNN A;  1RL8 A;  3PMY A;  4Y9W A;  4BEL A;  4HE9 A;  1QRP E;  2ZJL A;  2EWY A;  5P46 A;  5P6E A;  5P7U A;  4KE0 A;  4I0Z A;  3PI0 A;  5P8F A;  5P3U A;  5P5P A;  3L5F A;  4J0Y A;  5DQ1 A;  5P30 A;  3LPI A;  5P5F A;  4U7V A;  4QLH A;  1GNM A;  5P8P A;  3UDJ A;  4YD3 A;  3SA4 A;  2P83 A;  4Y5P A;  2NMZ A;  4QJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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