1TSQA

Crystal structure of ap2v substrate variant of nc-p1 decamer peptide in complex with v82a/d25n hiv-1 protease mutant
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for coevolution of a human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid-p1 cleavage site with a V82A drug-resistant mutation in viral protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/viral protein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tsqA00
2R43A 4DQCA 5DQ2A 5P8RA 5P08A 4GYEA 5OYXA 2FS4A 1BDQA 4Y57A 5P6RA 4ZEAA 4H3JA 1TZSA 1FB7A 5DGWA 1D4SA 3MSLA 5P09A 3O9LB 3EKYA 1D4KA 3L5CA 2AOHA 5P4KA 1BXQA 1YTJA 1EPNE 3Q70A 5P22A 4Y3TA 1K6CA 2NPHA 3GGAA 1W6HA 2AOEA 5APRE 1MSMA 3NWQA 1FQ5A 3INDA 4CPTA 2V10C 2OHSA 5HD0A 5P6AA 1XE6A 2F3EA 3UDKA 1SDTA 2WHHA 3NR6A 3GW5A 3QI1A 1HHPA 3TKWA 3A2OA 4Y4WA 3UDPA 4MC6A 2FNTA 3UHLA 2P3DA 5F01A 1ZSFA 3KM4A 3ZKGA 4PYVA 5P01A 1LF2A 5OZTA 2QNQA 1AJXA 4Y3MA 4A4QA 2NXDA 5AH8A 2NR6A 4DH6A 5P41A 5P1UA 3PBDA 4NJSA 3R0WA 4DQHA 4BEKA 3PSGA 4GB2A 5P7YA 2ZHRA 3BUFA 3OADB 4RVJA 1BVEA 3OU1A 2ER9E 4YE3A 5P5UA 5P29A 2VNMA 4PZXA 4HLAA 5P2KA 1MPPA 2I4QA 3Q4BA 5P83A 4Q1YA 1BVGA 3EL1A 4RZ1A 2IDWA 5P1GA 1MT8A 3UDRA 3KT2A 5P0TA 2QNNA 2VIEA 5P0YA 5IVQA 4K4RA 3GI6A 1HVLA 2QMFA 4PPHA 5P3BA 4GJ8A 1BV7A 3HLOA 4DVFA 3L38A 4EP3A 5ER2E 5OZ3A 5P8UA 2PMAA 1LEEA 4ZLSA 5P2LA 1DMPA 3VLAA 1FG6C 2VA5A 4HEGA 1ZAPA 5P6YA 3DJKA 5HDUA 2G24A 4CPRA 5IVSA 5P2DA 5DQCA 2G1RA 2QP8A 4FCOA 5OZ0A 1ME6A 3I7EA 4YD4A 3INEA 3NYGA 2XFKA 5P3GA 1EPQE 3APPA 4PEPA 4CMSA 3NXEA 2RKGA 5P1QA 5P4SA 3EBZA 3LPJA 4Y58A 1ODWA 5P80A 5ENMA 4GJ9A 2PSGA 3QRSA 4J1HA 5P3RA 3OWNA 3WZ7A 5HE4A 5P3SA 1U8GA 2NXMA 2Q55A 5P34A 5P78A 1BIMA 4FRKA 4DPIA 1UPJA 2ZHSA 4EPJA 2V0ZC 1PSNA 3OTSA 2WEBA 5P0RA 1IZDA 1HVKA 5P48A 3MSJA 2ZHUA 3KT5A 1FQ4A 2R3WA 3T6IA 5P1NA 1PROA 2OHMA 2I4XA 5P39A 1E5OE 2B8VA 3OQKA 4I1CA 5P2OA 1E82E 3QAAA 2WF0A 4Y44A 4Y50A 5CONA 2ZJJA 5OYQA 5P0QA 5P1HA 4N00A 1LYWA 3OU1B 3LZYA 4ZSPA 3VCMA 2QK5A 4TRZA 3PB5A 2RENA 2ER0E 4ZSMA 5P2WA 4I0DA 1GNNA 3PWRA 4J1CA 3LPKA 2QI5A 2XYEA 4NJVA 1ER8E 1LZQA 3NDXA 3VV8A 3JW2A 2AOGA 1CMSA 3OUBA 4ER1E 3G72A 5OZSA 5P3ZA 3URLA 5KAOA 3IN4A 3H5BA 3NU3A 5OZ6A 1FEJC 2WF1A 5P74A 4B1DA 5P8BA 3RVIA 5P77A 1IZEA 2QHYA 5BS4A 1AAQA 4Y38A 2Q54A 5SZ9A 3KDCA 4LL3A 3I25A 2I0AA 4Y45A 4AZYA 4QGIA 3OY4A 1PPME 1HTEA 1WKRA 4XKXA 3OQ7A 4Y5NA 2HPEA 2P4JA 2VIYA 1DAZC 5P66A 1HIVA 2R5PA 2IRZA 3OU3A 1DW6C 3SM1A 1HVJA 3BRAA 2FGUA 1VIJA 3GGUA 5P0IA 3QVIA 3T7XA 4I0IA 3ZPTA 5P40A 5P2HA 3JVWA 2R38A 4K9HA 3TOHA 5OYTA 5P2NA 1IZIA 5P6QA 2ZJHA 4RYCA 5P6ZA 3IVIA 4NPTA 5P4UA 4OBFA 5P13A 2UY0A 1T3RA 3DK1A 3SA9A 3FV3A 4Y48A 3OXWA 5SY3A 1RQ9A 1EPOE 3G6ZA 1N49A 4Y3PA 1TCXA 2AODA 5P4OA 3TL9A 2CENA 5OZ7A 1EC0A 1QS8A 1LS5A 4GIDA 1NPWA 1LYWB 5P7IA 1UH9A 3MSKA 1W5VA 2WKZA 4Y4BA 1AZ5A 1EBKC 2VJ6A 5B18A 2WF3A 4Q1NA 5P8VA 3BGBA 2RSPA 4XX4A 4RCDA 3Q5HA 4LXMA 5P43A 1XN2A 1B6KA 4YOBA 5EZZA 5P2FA 4EJKA 1YTGA 3QROA 1F34A 3BXSA 5P2QA 3CYXA 4KE1A 3VLBA 3WZ8A 1XS7D 3HW1A 2WEAA 5P8HA 4Y3RA 1IBQA 3ZKQA 2A1EA 5P8KA 5KQZA 3S53A 3PLLA 2B8LA 5P5TA 3S7LA 3KMYA 5P7NA 5P5FA 5P1EA 5P5AA 3S45A 3K5CA 2I1AA 1Z8CA 3L5EA 1AJVA 3N3IA 1MTRA 4NKKA 4YCTA 1HPOA 1Z1RA 2VA6A 1GVVA 2PK6A 5AHCA 2VKMA 1NSOA 1FFFC 3ZOVA 4H3IA 2I4VA 5P47A 3ZKXA 1MTBA 1IVQA 5P0AA 1EPLE 2VA7A 3ER3E 4I0GA 4APRE 5P6JA 5P4YA 2QD6A 5P30A 1OHRA 1HVHA 3B80A 2CEJA 5OZ8A 5P62A 1MRWA 4J0VA 2QD7A 5P23A 2I0DA 4B05A 4LHHA 4APEA 2FLEA 4B77A 5P5SA 4EWOA 3NDTA 4LXKA 3DV1A 5P3KA 5P0ZA 4J0ZA 5P2BA 1EC2A 3TOFA 4F75A 5P0HA 5DR1A 4ZSRA 2HB2A 4YHQA 5P2XA 1YM4A 4DJRA 5OZHA 5P2MA 3QRMA 4RRSA 5OZKA 3QPJA 4ACUA 4MC9A 3IXOA 2APRA 4R95A 4RVXA 4B72A 5P6LA 3EMYA 3Q3TA 2P83A 6FIVA 1C70A 1D4JA 1MERA 3EC0A 1BWBA 4Y6MA 5P71A 2QD8A 2VIJA 3RTNA 5AHBA 2G22A 3PRSA 3DCKA 3HAWA 4Q1XA 4LBTA 2BKSA 1FKNA 5P58A 3BC4A 4LXAA 2ZDZA 2FGVA 3T3CA 1WBKA 3ZKSA 3D1XA 4FSLA 2R9BA 4HA5A 5P04A 1MEUA 1EC1A 5P1KA 4GJAA 5F00A 4CP7A 2QI0A 5P32A 4Y3WA 3BUGA 5P0JA 2QCIA 1NPVA 5P28A 5IS4A 5P8GA 5OZAA 2AVMA 2ZE1A 4KUPA 1BAIA 3VF7A 4IVSA 3SA3A 5P7HA 5P7UA 1FMBA 4Y4TA 5OZNA 1A9MA 3PVKA 3VYDA 4AMTA 1K6PA 5P6WA 3EM3A 4HDPA 5ISJA 5OZRA 5P52A 5OZ1A 1LYAB 3UDMA 4FAEA 5P51A 3TNEA 3DCRA 3UDYA 3O9GA 3CKRA 3KDDA 3LNKA 1DIFA 4RYGA 4L1AA 1EBWA 5P0XA 2AVQA 4LP9A 5DGUA 3QN8A 4B0QA 4Y5CA 1C6ZA 1FLHA 4J55A 4QJ8A 5I70A 5P10A 3SA6A 2QHCA 1B6LA 1HVIA 5P4LA 1M0BA 5OZOA 5P5WA 5DR4A 4J5JA 3EL5A 4EJDA 5COOA 4D88A 3D3TA 5P2TA 1HVCA 2BPYA 5P0UA 3OU4A 4FL8A 4YD6A 3SKFA 3VFBA 3GI0A 1DPJA 4FLGA 3DUYA 1IIQA 5HCTA 5P3HA 5ENKA 5P6IA 4XXSA 2WEZA 4HDFA 2F8GA 5P4PA 4OBHA 1XL5A 3EKTA 3HAUA 4Q5MA 5P5CA 3DM6A 5P1OA 3TTPA 3PEPA 3QRVA 5P0FA 3ZKNA 5P4HA 1A30A 5P0EA 5P0SA 1HPVA 3TPPA 4JOOA 2VNNA 3GI4A 1QDMA 3KF0A 5P2SA 1HOSA 4Y4JA 4Y3LA 3IVHA 2Q15A 4A6BA 5P72A 5HU1A 1HVRA 2PK5A 2QU3A 4DJXA 1ODYA 5P18A 2IKUA 2NXLA 1APUE 5J25A 3ZPSA 1K2BA 1HXWA 5P6OA 1EEDP 4WY6A 4B00A 5P8IA 3BHEA 3PWMA 5P3YA 4M8YA 1JLDA 5P8QA 2AOFA 5OYVA 2QI6A 4F73A 2G1OA 3KFSA 1CZIE 5P7QA 3ECGA 1PSAA 5P5BA 4QJ7A 1APVE 5P0GA 5P7BA 3TPRA 3OOTA 4YCKA 2QMPA 5P7FA 4L1AB 2JYSA 2QAKA 4BFDA 4Y4AA 1ZBGA 2F3KA 5P26A 5P6PA 5HU0A 4Y4DA 3OUDA 1GVTA 2CEMA 1B5FA 4EYRA 5P3PA 2FNSA 1MT7A 3HZCA 5KR8A 3RU1A 1HPXA 3O9HA 4D8CA 4DPFA 5KQXA 5P0OA 5P44A 3FNSA 5P20A 5P2RA 4I8ZA 4Y3AA 3LIQA 5P4JA 5P16A 3CKPA 3OU4B 2G27A 4I8WA 4DQBA 4Y3EA 2PC0A 3VSWA 3EL4A 4J0TA 5P4ZA 4J1EA 4GJ5A 2G1NA 4FS4A 5P8CA 4Y43A 3N4LA 3NDUA 5P7PA 1RPIA 4FSEA 4EJLA 4RRNA 5P5VA 3L3AA 4KE0A 5P8MA 4TVGA 5OZWA 1BILA 1KJ4A 3CMSA 4NJTA 3UQXA 4Y5PA 4I11A 1XN3A 5P1JA 5P60A 5C9FA 5KOSA 2O4KA 4YDFA 2F81A 2XFIA 3BVAA 4I0JA 8HVPA 3S54A 1KZKA 1W51A 3VFAA 2AZCA 5P03A 3O9FA 3SA7A 2G21A 5OZCA 2NNKA 2ZJIA 2PSUA 3NSHA 5P7TA 3FX5A 5P0NA 2A4FA 4R5NA 5EZXA 5OYSA 3TPJA 4DI2A 1BDRA 3OQDA 1LF3A 4YCYA 1ODXA 4R92A 3UQUA 2NNPA 2XFJA 2PYNA 2HPFA 1NPAA 3SO9A 2IKOA 5P24A 1T6GA 5I3WA 4Y5AA 3KMXA 3EKVA 2QI4A 1E81E 5P2GA 2AZ9A 1HSIA 4Z50A 5OZFA 2G1SA 3R4BA 3K4VC 5I3YA 2MIPA 3LIZA 3SKGA 4B1EA 5P1VA 2SAMA 3OUDB 5P27A 1B5FB 1SMEA 3OOZA 2J9KA 5P63A 4ZIPA 5P8FA 3MXDA 5P3WA 2H6SA 4Y51A 3JVYA 1ZLFA 4DUSA 3K5FA 1FMUA 2FIVA 3CIDA 4YBIA 5P2AA 5P2ZA 5DR8A 5P1YA 3UF3A 4Z22A 5P06A 2G26A 3ZKMA 3WB5A 5P4MA 4OD9A 5C9BA 4Y4UA 3NU4A 1RL8A 3F9QA 3INHA 2VIZA 3OGPA 5HDXA 1AM5A 5P4FA 2WF4A 3U6AA 4Y3FA 1UH7A 2G20A 5P7CA 4FAFA 3OAGA 4RCEA 4JPCA 2UXZA 3K5DA 1QRPE 5KQFA 1SIVA 4JP9A 2B7ZA 2IGYA 5DR3A 5OZDA 5P5RA 1GKTA 3SQFA 1BV9A 1ENTE 4J1FA 2AVVA 3UDQA 5P7VA 2QZLA 1W6IA 5P7RA 2O4LA 5P6GA 3O9EA 1ZP8A 3KYRA 5OZ4A 5HE5A 3PCWA 2O4PA 3O9IA 5DPZA 2G1YA 2Q11A 4EP2A 3M9FA 1FQ8A 5P12A 3PSYA 5DQ5A 3KDBA 3K4VA 4Y5EA 3L5BA 4CPUA 5E5JA 1GNMA 1EC3A 5P35A 5P6CA 3VG1A 3OXCA 3OXXA 4RLDA 2I4UA 4K8SA 5P5QA 3S56A 5P02A 1Q9PA 4BELA 5KQYA 5P1TA 1TSUA 4AA8A 4L6BA 3D1YA 5DQ1A 1FMXA 4FE6A 4HZTA 4ZSQA 3NWXA 5P64A 5P3LA 5P1MA 5P82A 3IXKA 5SY2A 4LC7A 3SABA 2OHKA 3AUPA 4B78A 1OEWA 2HS1A 5P81A 1TQFA 1META 1SIPA 4FM8A 5P5LA 2ZHVA 5P33A 4ZPGA 5P3UA 2ZJMA 3PWWA 4Y47A 4YD7A 2BPZA 3MWSA 5P15A 5P7KA 4YA8A 2PH6A 1BBSA 1KJHA 4EQJA 2WJOA 3PLDA 1LYAA 4HE9A 1MUIA 2F3FA 5P36A 5AH6A 3URIA 4OD9B 3PM4A 4DV9A 3SAAA 3S43A 2ER6E 3WZ6A 4CPSA 2QI3A 1W5XA 2HM1A 5P4BA 3QIHA 3VEUA 3UTLA 4I12A 3UDHA 3D91A 3T7PA 3UDJA 2J9JA 3QBHA 2HS2A 4U8WA 2JJIA 4NJUA 3FKTA 5P0BA 3OAGB 1F7AA 3R1GB 5P38A 3SA8A 3EL9A 4KB9A 3I2LA 5P1FA 3OGQA 5P8LA 3PGIA 4Y4XA 1B11A 5P6XA 4Y3XA 4U7VA 5P6MA 5P53A 4Y56A 3K1WA 1SDVA 2QZWA 3LIXA 5P1XA 2ASIA 4QJ9A 5OYWA 3FNUA 5P0LA 2PYMA 2FDEA 3SM2A 3IA9A 4I0EA 3EKWA 1BWAA 1EPRE 2HB3A 5OZYA 4Q1WA 3EL0A 2G94A 4Y5MA 4J1KA 4Y9WA 4D83A 1M4HA 1HIIA 2F80A 4DQFA 1MSNA 5P1RA 5OZQA 2AOCA 2QI7A 5P7DA 3SPKA 1W50A 2JXRA 4J54A 5P6VA 3OUCA 5UPJA 4Y3QA 4DJWA 4I0HA 2Q63A 3FNTA 3S7MA 4YBFA 1HPSA 5P69A 3PMYA 5OZ5A 4RGHA 4Y3DA 3VV6A 5P2VA 5P5NA 1HSHA 3SACA 3UCBA 1B6JA 1B6MA 5P8EA 3KN0A 4ACXA 4BFBA 5KR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R43 A;  4DQC A;  5DQ2 A;  5P8R A;  5P08 A;  4GYE A;  5OYX A;  2FS4 A;  1BDQ A;  4Y57 A;  5P6R A;  4ZEA A;  4H3J A;  1TZS A;  1FB7 A;  5DGW A;  1D4S A;  3MSL A;  5P09 A;  3O9L B;  3EKY A;  1D4K A;  3L5C A;  2AOH A;  5P4K A;  1BXQ A;  1YTJ A;  1EPN E;  3Q70 A;  5P22 A;  4Y3T A;  1K6C A;  2NPH A;  3GGA A;  1W6H A;  2AOE A;  5APR E;  1MSM A;  3NWQ A;  1FQ5 A;  3IND A;  4CPT A;  2V10 C;  2OHS A;  5HD0 A;  5P6A A;  1XE6 A;  2F3E A;  3UDK A;  1SDT A;  2WHH A;  3NR6 A;  3GW5 A;  3QI1 A;  1HHP A;  3TKW A;  3A2O A;  4Y4W A;  3UDP A;  4MC6 A;  2FNT A;  3UHL A;  2P3D A;  5F01 A;  1ZSF A;  3KM4 A;  3ZKG A;  4PYV A;  5P01 A;  1LF2 A;  5OZT A;  2QNQ A;  1AJX A;  4Y3M A;  4A4Q A;  2NXD A;  5AH8 A;  2NR6 A;  4DH6 A;  5P41 A;  5P1U A;  3PBD A;  4NJS A;  3R0W A;  4DQH A;  4BEK A;  3PSG A;  4GB2 A;  5P7Y A;  2ZHR A;  3BUF A;  3OAD B;  4RVJ A;  1BVE A;  3OU1 A;  2ER9 E;  4YE3 A;  5P5U A;  5P29 A;  2VNM A;  4PZX A;  4HLA A;  5P2K A;  1MPP A;  2I4Q A;  3Q4B A;  5P83 A;  4Q1Y A;  1BVG A;  3EL1 A;  4RZ1 A;  2IDW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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