1TZSA

Crystal structure of an activation intermediate of cathepsin e
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
KEPLINYLDMEYFGTISIGSPPQNFTVIFDTGSSNLWVPSVYCTSPACKTHSRFQPSQSSTYSQPGQSFSIQYGTGSLSGIIGADQVSVEGLTVVGQQFGESVTEPGQTFVDAEFDGILGLGYPSLAVGGVTPVFDNMMAQNLVDLPMFSVYMSSNPGAGSELIFGGYDHSHFSGSLNWVPVTKQAYWQIALDNIQVGGTVMFCSEGCQAIVDTGTSLITGPSDKIKQLQNAIGAAPVDGEYAVECANLNVMPDVTFTINGVPYTLSPTAYTLLDQFCSSGFQGLDIHPPAGPLWILGDVFIRQFYSVFDRGNNRVGLAPAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an activation intermediate of cathepsin e
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cathepsin E
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 76
structure length 322
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.34: Cathepsin E.
pdb deposition date 2004-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tzsA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tzsA01
3DV5A 2HAHA 5P26A 3SFCA 5HU0A 1CZIE 1FQ8A 1HPVA 4Y9WA 1KJ7A 3RVIA 2P3BB 2G22A 2VIJA 4R8YA 4Q1YA 4YD7A 5PEPA 1GVWA 5P41A 5P6HA 3GI5A 1AXAA 3OQAA 5P3WA 5P4JA 5P8KA 1ER8E 4Y5MA 5J25A 5P4VA 1B6LA 3NU5A 4Y58A 1IZEA 3OUBA 5P7HA 4HEGA 4Y4BA 1IDBA 1SDUA 2B8LA 4J0VA 5P4KA 1ME6A 5P82A 5KQZA 4Y4DA 1YM4A 1D4SA 5P01A 5P2XA 5P3HA 3R0YA 3EXOA 1D4KA 2I4UA 5P6UA 5OZPA 3SACA 1TSUA 1ZSFA 5OZ2A 2RMPA 4QJAA 5P0TA 4GJ9A 4GJAA 2OHUA 3KM4A 5P0IA 3TTPA 5P7UA 2QMPA 3HDKA 5P6VA 1HEFE 3LZSA 4CPXA 1IIQA 5I3VA 3PSUA 3TOHA 2AODA 1BXOA 5P2TA 4PEPA 3TL9A 3VLBA 4DJOA 2PSGA 4F75A 5P6KA 2NR6A 3BUGA 3FX5A 5OZDA 3S43B 2EWYA 5P14A 5IVSA 3IN3A 2FDEA 1BILA 3NU3A 3G70A 5P13A 3ZKNA 3NSHA 3PMYA 1KJGA 3O9DA 2R8NA 1LYBA 2AQUA 5BS4A 3BXSA 2I4QA 2I4DA 5P30A 5P43A 5ER2E 4ZLSA 4YDGA 5P67A 4Y5NA 5P6PA 4Q1WA 4Y3MA 5FIVA 1EBKC 5P8UA 4KUPA 5HE4A 1E82E 4R92A 5OYYA 2IEOA 5P0OA 2AOHA 2IKUA 2NPHA 4RYCA 5HD0A 3O9HA 1FQ4A 2OHQA 3MWSA 4J5JA 4OBHA 4OBZA 5COOA 2QP8A 5OZ7A 1D4LA 3L5FA 5P7NA 3OGQA 5DR1A 3UQXA 1MEUA 3B80A 2ZHSA 4RRSA 3UDQA 5P7XA 1EPQE 3VCMA 2O4NA 3KA2A 1FG6C 5AHBA 1C6YA 4Y5BA 4Q1XA 5DQ2A 5AHAA 5P1WA 2QI1A 4LAPA 1BIMA 1A94A 1HIHA 3AIDA 1FFFC 3TKWA 3L5BA 3FNSA 5P3QA 3Q3TA 3VSXA 3QRMA 5P20A 1FEJC 2AZCA 4I11A 5P7JA 3KMXA 5P8DA 3NWQA 4APEA 5P5VA 1NPWA 5EZZA 4Y3ZA 4H3GA 4LXMA 1ZPKA 4HVPA 2FMBA 2ZDZA 4I1CA 4ZE6A 1HVRA 4A4QA 3VFBA 4ER4E 4F76A 1ODXA 3MSLA 5ENMA 1XS7D 5P4CA 5P7PA 5P0RA 3PCWA 5KQFA 5KQXA 2F3FA 3QIHA 5P1JA 2OHKA 5P1TA 4Y37A 3S56A 4B0QA 5P7GA 3APPA 3FKTA 5P50A 4IVTA 3I2LA 5CONA 1MERA 1W6HA 4Y3PA 1MT9A 1LYBB 4Z50A 5P7WA 5P4ZA 3T6IA 3D1ZA 4CPQA 1EEDP 2WF1A 2JXRA 4TRZA 4YD4A 3LHGA 2PWRA 4HZTA 4LXAA 5P02A 2G69A 3UDMA 5F01A 3EKQA 1HHPA 4FL8A 2NNPA 3KFNA 4IVSA 2HPFA 5P09A 1HBVA 2QZKA 3UDKA 1SIPA 1K1TA 3QPJA 4FLGA 4OBZB 5JFUA 1W50A 4I0FA 5P5WA 3CYWA 4D89A 3NDUA 5KR1A 5OZCA 2QD8A 5ISJA 4K8SA 1XL2A 3L5EA 1ZP8A 1EBYA 5OYUA 3OQ7A 1FMUA 5I70A 1FIVA 1W5WA 3ZKMA 2FGUA 5P77A 3ZKIA 5P1HA 3RSVA 4H1EA 5P56A 4R93A 2OHMA 1CPIA 2R38A 5P7YA 3R0WA 4Y3AA 5COKA 5UPJA 1HTEA 1K6TA 2P3CA 4KE0A 3QP0A 5P0PA 5P60A 5P81A 1MTRA 3OUCA 3K4VA 2WEDA 2Q63A 1B6JA 5OZGA 1XN3A 5P4MA 5DQ1A 1ZLFA 4I0HA 1MRWA 5T4SA 1EBWA 5P4XA 5P2JA 1K2CA 5OYQA 1W5XA 5IVQA 5OZFA 5P35A 1SH9A 5P5AA 3IGBA 1GVTA 5P63A 5P3KA 5P73A 1HPSA 4OBGA 5SY2A 1IBQA 4FSEA 3T7PA 1AJVA 3EL9A 3PJ6A 3MSKA 1HVKA 3INHA 5P3IA 3I6OA 2XYFA 2QHZA 2B7ZA 2G94A 3HVGA 4I0JA 5P6AA 5P0AA 1TCXA 1A8KA 1D4IA 1SIVA 1PROA 3WZ7A 5AH6A 1DPJA 1G6LA 4XX4A 4GYEA 1MIQA 4BEKA 3SA8A 4DJPA 2O4SA 5P1RA 1PFZA 5P2LA 4S1GA 4Y3TA 4Y5EA 4EJKA 4K9HA 5DR3A 3ZKGA 4Y43A 5SY3A 5P10A 5P3JA 5P4BA 1QBTA 4B70A 4Y4UA 5P6WA 5OZZA 1QRPE 2IDWA 2ER0E 3I25A 5P1PA 4MC1A 5P4RA 5P1IA 5P2AA 4PPHA 1K6CA 5P4PA 3UCBA 2CENA 2HPEA 1XN2A 2ZJLA 4DH6A 7UPJA 3CICA 2AZBA 2PSUA 2VIYA 5P1DA 4B1DA 4K4RA 4CPWA 2VIZA 4Z22A 5P3AA 2RSPA 5OZLA 4DJYA 3DJKA 1XE6A 5P0LA 1MTBA 3MXEA 4EJLA 5IE1A 3R4BA 3LIVA 4Y5KA 1NPAA 1IVQA 2J9JA 3L58A 3ZPTA 4GJ6A 4B00A 1MRXA 1C6ZA 3HBOA 2QI7A 1SDVA 3L59A 1AM5A 1ZAPA 4X2LA 5P0BA 5P1UA 1B6PA 1C70A 4J1HA 5P1MA 1YT9A 1T7KA 2QHYA 4FRSA 4I10A 4DJVA 5KR2A 6FIVA 3C9XA 3K1WA 5P3XA 5DGWA 3QAAA 1M0BA 2Q55A 2A4FA 3ZPUA 5P5IA 4FM7A 5P4UA 2IS0A 2ZJKA 5OZ5A 3ECGA 4TRWA 4TVHA 4Y3QA 5HE5A 4F74A 4FCOA 3K5DA 3S2OA 4A6BA 2BPWA 1NPVA 5P15A 5IVRA 3ZL7A 4Y3DA 1QBUA 1B11A 3GW5A 3IXKA 3TLHA 5P3TA 3IXOA 1LF4A 2QMDA 4D88A 5P4LA 3NUOA 5P57A 5P8AA 3QI1A 3EKTA 3VV6A 1YM2A 3LNKA 3NU6A 5BWYA 4Y41A 2BPYA 2ZHTA 1EAGA 3QROA 5P6RA 4NJTA 2O4LA 2RKFA 4I0EA 3RSXA 5HDUA 1FG8C 4I0GA 2PQZA 3NDTA 5P8RA 5P4AA 3CMSA 5P83A 5P7FA 5P6CA 5P29A 2AOIA 2HS2A 2CEJA 5P07A 4Y5CA 5P7KA 3S7LA 5OZOA 4I0ZA 4CPRA 5OZ3A 1GVUA 5P3PA 1HIVA 4QJ7A 2FS4A 2P3AA 5P8JA 1KJFA 5P6GA 2I0DA 2Q15A 5ISKA 3LIQA 5P4YA 4J0PA 4XXSA 4HE9A 2ZHVA 1UH8A 3R1GB 5SZ9A 2WF4A 5P5JA 3L3AA 3PWWA 2PH6A 2AVVA 5P2CA 5OZSA 1FMXA 2J9JB 3OQFA 4R95A 5OZ9A 3HAUA 3T7QA 4EP2A 1AAQA 3UFLA 4BFBA 5P51A 3SM1A 1TCWA 1BWBA 4I12A 4RGHA 4Y5GA 5OZVA 5P0DA 1OD1A 5DQ5A 5P64A 4Q1NA 5P3UA 3KMYA 5P2QA 4YOBA 1TZSA 3IA9A 2QNQA 2HB2A 3F9QA 5ENKA 2PWCA 4Y50A 5P8MA 2PK6A 1LYWB 2VJ9A 1UH9A 2Z54A 3N3IA 5P5RA 1B6MA 2H6TA 2WEZA 4I0DA 2AZ9A 1Z8CA 1D4HA 1PPME 5KQYA 5ER1E 5P5FA 4Y6MA 1U8GA 4Y4EA 5P08A 4FRIA 5OZ1A 5P6BA 2R3WA 1AZ5A 5P22A 5P84A 1Z1RA 4J0TA 5P2SA 1META 4ZPGA 4LC7A 2PK5A 2QK5A 2G24A 3LPIA 1UH7A 4J54A 4GJDA 3VYDA 4U7VA 2G21A 2ZYEA 1YX9A 2AVOA 4ZSRA 5P7MA 2QI5A 3D1YA 4DJXA 2WEAA 5P0CA 2I4VA 4EJ8A 3K5FA 1LF3A 2FIVA 3O9CA 4R91A 1HVHA 5P5CA 2I1AA 5P6JA 4NJSA 4Y4WA 3IVHA 2IRZA 5P5XA 5JFPA 4Y5AA 2AVSA 5P3VA 4XX3A 4Y45A 1HVIA 5P2NA 2BPXA 4QLHA 1IZHA 2XYEA 4WTUA 1MSNA 5DR8A 3WB5A 5P5KA 5AGZA 5P11A 4ZPFA 4L1AB 1LEEA 2F3KA 1DMPA 2PMAA 5DPZA 4DFGA 5P7EA 5HCTA 4L7HA 5P1ZA 4Y3WA 5IS4A 3OU1B 2BQVA 5DQ4A 3LZYA 5P74A 1F7AA 4GZFA 5P4IA 5P6MA 2ZHUA 5P1FA 4U7QA 2QMFA 5P5ZA 3OOZA 5AHCA 3BVAA 4OBKA 3PB5A 1DAZC 2JJJA 3CKPA 3R2FA 3RTMA 3BXRA 1APUE 1FMBA 2FLEA 4YCTA 4PZWA 5P7IA 3T11A 4AZYA 1HTGA 5P6FA 3WB4A 2IGYA 3UTLA 3T7XA 1ZTZA 2O4KA 1C6XA 4L7JA 3B7VA 5P7VA 1YTHA 4DV9A 1ENTE 4Y35A 2V11C 3S53A 3TPPA 1SMEA 5P6ZA 5P69A 5P7ZA 1FQ6A 5C9BA 5P34A 3OWNA 3ZKXA 3MXDA 5OZWA 2Z4OA 2IQGA 4RLDA 1EPME 3EKVA 3Q6YA 3DCRA 5P4NA 1RL8A 1OHRA 2WF0A 3TPJA 1FQXA 4FRKA 5P8CA 4AA8A 5P0HA 5P24A 1MT7A 4F73A 3NLSA 2QI3A 4Y47A 1QBRA 3PWRA 5P7SA 1BDRA 5DQCA 1ZBGA 1HEGE 2VA7A 1WBKA 5P8OA 3OQDA 3OU4A 3VFAA 3UFNA 3UDNA 4B05A 5OZBA 3OU3A 1NH0A 1D4JA 1FLHA 2QCIA 3TPRA 2R9BA 1W6IA 1B5FB 3PBDA 3S54A 3SLZA 3LIYA 5P1YA 3OOTA 3TOFA 5P8FA 5P1AA 5KR0A 4EYRA 1FF0C 3L5DA 2RENA 3EL1A 3VG1A 4E43A 2AOFA 1HPOA 1QDMA 3ZMGA 5P3ZA 3NR6A 3I8WA 5OZ6A 3UDJA 4ACUA 3KFRA 2BKSA 3UPJA 3GGXA 3O9AA 2QU3A 1YG9A 3QS1A 3HLOA 5OZQA 3OADA 3S7MA 4AMTA 3UQRA 3HAWA 3O9BA 3URLA 2G1OA 5P5HA 4B1EA 2XFJA 2Q3KA 3ER5E 3UQWA 2SAMA 3VF3A 5KAOA 1BAIA 1SBGA 5P0NA 5I3XA 5CLMA 6APRE 4GMIA 2P8HA 1LZQA 4TRYA 5P0FA 4WY1A 5P2IA 1WKRA 1SP5A 1ZJ7A 3BUFA 1EPNE 4DUSA 3WSJA 1OEWA 3DCKA 4JECA 3INEA 5P0SA 1XL5A 2UY0A 3VUCA 4I8WA 5P8HA 5DR7A 5P1SA 5KR8A 4AUCA 3OUDB 5P3FA 2ER9E 1T6EX 5P2YA 3OXVA 2QU2A 4J1IA 5P0QA 3O99A 1YTJA 4JPEA 4WY6A 2ASIA 4RRNA 5P66A 1VIJA 1EC3A 4FIVA 2VA6A 5P4QA 5OYZA 3PLDA 5P1GA 1A8GA 3VYEA 5HCOA 2P83A 3PLLA 5P6DA 3KFSA 3OU4B 1LV1A 4Y44A 3EBZA 4YD5A 3UF3A 4B72A 5P59A 3IXJA 5P1EA 2G26A 2XFIA 4AA9A 4FAFA 1E81E 4I8ZA 5P2WA 2ZJNA 3L38A 2IGXA 1MVPA 2G27A 5P0XA 2FDDA 3SM2A 1EPPE 3OQKA 4YHQA 2CEMA 2G1NA 3UDYA 3JVWA 3K5GA 3OXWA 5P0KA 1DW6C 3O9FA 5KOQA 2V0ZC 5P61A 3OHHA 1ODYA 4MC2A 2BPZA 1ODWA 1B6KA 5OYXA 5OZMA 5P2ZA 3URIA 4GB2A 5P3GA 3SA7A 4XKXA 1HPXA 4YDFA 2G1RA 5SXNA 4NKKA 2R5QA 4B1CA 2QI0A 5I3YA 5P68A 1MUIA 1IDAA 3VF7A 3OADB 1LYAB 5P72A 4NPTA 3DV1A 2QI4A 4OD9B 4DQEA 5JODA 2BJUA 3K4VC 2F3EA 2HB4A 5P48A 4LL3A 3WZ8A 5P65A 5P23A 4GIDA 1GVXA 1HVCA 5P3MA 1GNMA 3SA4A 3OUAA 3EC0A 2VJ7A 1PSOE 4YE3A 1PSNA 3UQUA 4JP9A 1GVVA 5DR0A 1FQ5A 4EJDA 3EL5A 4OC6A 2XFKA 4UPJA 2AZ8A 5P42A 3VF5A 2NXMA 1HTRB 3EM6A 5P2VA 5P17A 3SKFA 5P8TA 3O9LA 1SDTA 4D8CA 3Q70A 3OHFA 5P8GA 3SA5A 4RROA 4YCKA 2PYMA 2QZWA 2VJ6A 4Y48A 1BBSA 1LYWA 4M8XA 5P0MA 3N4LA 4YD3A 4EP3A 1G0VA 3M9FA 4OBJA 5P5GA 2BPVA 5P32A 1LS5A 3LPKA 1PPLE 4YBIA 5P8IA 1HRNA 1SMRA 4H3JA 5P6OA 1A9MA 2F81A 2V12C 5OZNA 1CMSA 3DK1A 2QI6A 2AOJA 3PI0A 5P6QA 3AUPA 5OZUA 1FQ7A 3SA9A 4DQGA 3SO9A 2HS1A 3LINA 2I0AA 2WF2A 3EL4A 1RNEA 1IZIA 5P0GA 5P47A 4FAEA 1M4HA 2NMZA 5P5YA 5P52A 5C9DA 3PRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DV5 A;  2HAH A;  5P26 A;  3SFC A;  5HU0 A;  1CZI E;  1FQ8 A;  1HPV A;  4Y9W A;  1KJ7 A;  3RVI A;  2P3B B;  2G22 A;  2VIJ A;  4R8Y A;  4Q1Y A;  4YD7 A;  5PEP A;  1GVW A;  5P41 A;  5P6H A;  3GI5 A;  1AXA A;  3OQA A;  5P3W A;  5P4J A;  5P8K A;  1ER8 E;  4Y5M A;  5J25 A;  5P4V A;  1B6L A;  3NU5 A;  4Y58 A;  1IZE A;  3OUB A;  5P7H A;  4HEG A;  4Y4B A;  1IDB A;  1SDU A;  2B8L A;  4J0V A;  5P4K A;  1ME6 A;  5P82 A;  5KQZ A;  4Y4D A;  1YM4 A;  1D4S A;  5P01 A;  5P2X A;  5P3H A;  3R0Y A;  3EXO A;  1D4K A;  2I4U A;  5P6U A;  5OZP A;  3SAC A;  1TSU A;  1ZSF A;  5OZ2 A;  2RMP A;  4QJA A;  5P0T A;  4GJ9 A;  4GJA A;  2OHU A;  3KM4 A;  5P0I A;  3TTP A;  5P7U A;  2QMP A;  3HDK A;  5P6V A;  1HEF E;  3LZS A;  4CPX A;  1IIQ A;  5I3V A;  3PSU A;  3TOH A;  2AOD A;  1BXO A;  5P2T A;  4PEP A;  3TL9 A;  3VLB A;  4DJO A;  2PSG A;  4F75 A;  5P6K A;  2NR6 A;  3BUG A;  3FX5 A;  5OZD A;  3S43 B;  2EWY A;  5P14 A;  5IVS A;  3IN3 A;  2FDE A;  1BIL A;  3NU3 A;  3G70 A;  5P13 A;  3ZKN A;  3NSH A;  3PMY A;  1KJG A;  3O9D A; 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 2RSP A;  5OZL A;  4DJY A;  3DJK A;  1XE6 A;  5P0L A;  1MTB A;  3MXE A;  4EJL A;  5IE1 A;  3R4B A;  3LIV A;  4Y5K A;  1NPA A;  1IVQ A;  2J9J A;  3L58 A;  3ZPT A;  4GJ6 A;  4B00 A;  1MRX A;  1C6Z A;  3HBO A;  2QI7 A;  1SDV A;  3L59 A;  1AM5 A;  1ZAP A;  4X2L A;  5P0B A;  5P1U A;  1B6P A;  1C70 A;  4J1H A;  5P1M A;  1YT9 A;  1T7K A;  2QHY A;  4FRS A;  4I10 A;  4DJV A;  5KR2 A;  6FIV A;  3C9X A;  3K1W A;  5P3X A;  5DGW A;  3QAA A;  1M0B A;  2Q55 A;  2A4F A;  3ZPU A;  5P5I A;  4FM7 A;  5P4U A;  2IS0 A;  2ZJK A;  5OZ5 A;  3ECG A;  4TRW A;  4TVH A;  4Y3Q A;  5HE5 A;  4F74 A;  4FCO A;  3K5D A;  3S2O A;  4A6B A;  2BPW A;  1NPV A;  5P15 A;  5IVR A;  3ZL7 A;  4Y3D A;  1QBU A;  1B11 A;  3GW5 A;  3IXK A;  3TLH A;  5P3T A;  3IXO A;  1LF4 A;  2QMD A;  4D88 A;  5P4L A;  3NUO A;  5P57 A;  5P8A A;  3QI1 A;  3EKT A;  3VV6 A;  1YM2 A;  3LNK A;  3NU6 A;  5BWY A;  4Y41 A;  2BPY A;  2ZHT A;  1EAG A;  3QRO A;  5P6R A;  4NJT A;  2O4L A;  2RKF A;  4I0E A;  3RSX A;  5HDU A;  1FG8 C;  4I0G A;  2PQZ A;  3NDT A;  5P8R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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