1W5YA

Hiv-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based c2- symmetric inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Symmetric Fluoro-Substituted Diol-Based HIV Protease Inhibitors. Ortho-Fluorinated and Meta-Fluorinated P1/P1'-Benzyloxy Side Groups Significantly Improve the Antiviral Activity and Preserve Binding Efficacy
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w5yA00
4BFBA 3C9XA 2VNNA 2ZJJA 2QMPA 3SO9A 3ZKQA 5P14A 2B42A 4TVHA 1EEDP 3DV1A 4YBIA 5P0MA 5P88A 3PHVA 3LZYA 5P2NA 5P87A 3OGPA 5JFPA 3PM4A 1YG9A 4ZSMA 3RTMA 4MC9A 1C70A 4Y4XA 3S2OA 4DFGA 3IXOA 5CLMA 5P4EA 3QROA 2ER7E 3T7PA 3CKTA 4YBFA 1G6LA 4OD9A 5P8MA 1UH7A 1BXOA 5P83A 2AVOA 4Y5GA 3ZKNA 2JJJA 5KQFA 5P3HA 1MRWA 2WF1A 5OZMA 4IVSA 4AA9A 1FFIC 4Y5LA 3K4VC 2BPWA 3CICA 3LIZA 2J9JA 2A1EA 1Z8CA 5OZ9A 3UDHA 2IS0A 4HLAA 4Y5PA 1GVVA 2JYSA 5P5VA 2MIPA 3IXJA 3SA8A 1FMUA 2QP8A 4XKXA 2NMZA 4DQHA 4Y3JA 3EL4A 5DQCA 4MC1A 2B7ZA 2R8NA 2QI1A 2IGYA 3OQKA 3PJ6A 3R1GB 1FLHA 5P2LA 3VF5A 4GJCA 5P07A 2G1SA 2QI4A 3VUCA 4Y36A 1HVKA 1AZ5A 4Q5MA 3VCMA 2V12C 2V13A 2AZ9A 3QVCA 4HZTA 5P6YA 2V00A 3SM2A 2BKSA 2IKUA 2QU2A 5OZ7A 1ZAPA 2OHNA 5IE1A 3U71A 3FX5A 4Y53A 3NU4A 3Q3TA 5C9BA 2V0ZC 3L59A 3LITA 5P22A 3PWWA 4GYEA 1HXBA 2I4VA 4LXMA 5P2VA 4OBKA 5P8PA 2PC0A 1ZPKA 1KJGA 3OY4A 1IZEA 1A8KA 1ZSRA 1KJ7A 3KA2A 3TTPA 1A8GA 1E81E 1EPLE 3O9CA 5P7PA 3L3AA 4DJQA 2JXRA 1DW6C 1T3RA 2AZBA 4FRJA 3CYWA 4J54A 4J1FA 4Y58A 2B8VA 3GGXA 3IGBA 3VYEA 1D4HA 3VSXA 3WZ8A 2G27A 1MRXA 5P3LA 2NXMA 1D4LA 5P5UA 5HD0A 5COOA 5P4CA 2AOJA 4XX4A 2UPJA 1KZKA 4L1AB 4Y37A 3UQRA 5P0NA 5P5FA 1EPME 1B6MA 1KJFA 4HDPA 2ZJMA 5P8QA 5P8HA 5HDZA 5P73A 1EBYA 5HDVA 2F80A 4FGXA 3R0YA 4H3FA 3D91A 3JVWA 1M4HA 3ER5E 2OHUA 2HPFA 5P62A 2NMYA 1ODWA 5P3NA 3PI5A 4K4RA 1W6HA 5P84A 2SAMA 5P4NA 5P0RA 4Y3AA 4CPXA 4RYCA 2QCIA 3DOXA 1BV7A 3GW5A 4OBHA 3VYDA 1A94A 1FB7A 3KDCA 1ZLFA 4K9HA 3T11A 1AAQA 1IZIA 5P3TA 4RGHA 5OYTA 3T7XA 3CMSA 3PSGA 3QRMA 2HS2A 2HPEA 7UPJA 3BUGA 2AVSA 4Y44A 3FNSA 5AGZA 1PSAA 2WEAA 3H0BA 4RCDA 3OOTA 4OC6B 4Y4WA 4CPWA 3O9LB 1SIPA 2G22A 4I0JA 4GIDA 4EP3A 3I7EA 4Y3MA 1FMXA 5P33A 2QU3A 4K4PA 2OHSA 1MSNA 4F75A 1E5OE 4GMIA 2AOEA 4I8WA 4DJYA 5P16A 5HU0A 4R8YA 3LINA 3LPJA 1XE5A 5P51A 1T6GA 7HVPA 1D4SA 1SP5A 1C6ZA 4ZSQA 5P3FA 1WBKA 5P2XA 1BV9A 2QMGA 1J71A 5P15A 3ZOVA 1AXAA 1LF4A 3SA9A 5HTZA 3K5GA 4I0FA 5P2TA 2XFJA 1W5YA 3TL9A 5OZBA 5IVQA 3RTHA 4Y5MA 3DCKA 3NWQA 3K5DA 4DUSA 5JG1A 3HVGA 5P0OA 1HVHA 3Q4BA 4CMSA 3OHFA 2O4SA 3FSMA 3NSHA 5P5XA 5P7NA 3QBHA 1HPOA 4GJBA 4WTUA 3OOZA 3EBZA 1E82E 1VIKA 1K6TA 5OZSA 3BRAA 3ECGA 4YA8A 1NPVA 4Z4XA 5P8AA 2NPHA 2PYMA 3LIQA 2P83A 5ISJA 3O9DA 2F81A 3MXEA 2PWCA 5SZ9A 5P0ZA 5P08A 5P6PA 4Y4JA 3HVPA 5P68A 5JODA 2BKTA 5P3AA 3A2OA 4Y3DA 1LYWA 5P4WA 4U7VA 3ZKSA 4GJ5A 2AODA 5P1CA 3L5DA 4EHCA 5P71A 2IRZA 5P60A 1T7IA 3RSVA 4QJ6A 1HIHA 3OXCA 5P34A 3TKGA 3UQWA 2ER0E 3INFA 3BVBA 3HAWA 3NWXA 5P44A 5P80A 1G2KA 4JOOA 1EC2A 1B6LA 3L58A 2WL0A 3BGBA 3IVHA 1MT7A 2I0AA 3K5FA 5P1JA 3LZSA 5P7IA 1D4YA 3D1ZA 1K6VA 5P1TA 2WF3A 5OZCA 3NU6A 4QJ2A 2F3EA 5P7SA 2IKOA 5HDUA 5P8OA 1HVLA 3UDPA 5E5JA 5P3UA 4R91A 4EQJA 1FF0C 5APRE 1BIMA 3M9FA 2NXLA 4YD5A 1GNOA 3NU9A 1UH9A 3FNUA 3DCRA 3UQPA 1EAGA 3VLBA 3ZMGA 4EQ0A 1N49A 5P3DA 4EJDA 2B8LA 3CYXA 2OHPA 3R4BA 2QI5A 2BPXA 1SDVA 5P7UA 2VIJA 2FS4A 4B0QA 4HE9A 5OYVA 2PWRA 2JE4A 5P31A 1RQ9A 3QIHA 3S85A 5AH8A 5P1HA 2NXDA 5P8LA 1XE6A 2P3AA 3OUDB 5P5EA 1MIQA 1ZJ7A 1GVWA 5P1RA 2R3TA 1NPAA 1AIDA 5P6LA 3EM6A 3NUJA 4FAEA 1APWE 4DQFA 4D85A 2QAKA 1W5VA 4Y5AA 2NTRA 1EPOE 2R5QA 1HHPA 5P4JA 5P3WA 3ER3E 5COKA 1HSIA 1APUE 5IVSA 1EBZA 5UPJA 4HDBA 5SXNA 4LAPA 5OZRA 3OU1A 4I0IA 5P1KA 5AH6A 2G26A 5P6FA 5P61A 5OZ1A 3OXWA 1SMRA 3EKXA 5OZFA 5P2JA 2FDEA 5P4GA 1ODXA 4NPTA 2RSPA 4Y4EA 5P2EA 3EM3A 5P3CA 5P6RA 5P2ZA 4FM7A 2CEMA 2VKMA 4RCEA 5SY3A 1OEWA 5P09A 3WSJA 3ZKGA 5P7JA 4A6BA 4Y54A 2ZJNA 4PHVA 4DQBA 3IN4A 5OYYA 4R92A 4Y4GA 3MSLA 5P4QA 3NR6A 5OZQA 2ZJKA 5P5OA 1DPJA 5FIVA 1PROA 4L1AA 1MVPA 5OZGA 3VF7A 4BELA 5OZNA 5P47A 3F9QA 5P0PA 4I0EA 4RRNA 4Y9WA 1W50A 2HM1A 3D3TA 1HVRA 2IQGA 3PWRA 5P3MA 3LIXA 4NJVA 1ZPAA 5P2OA 5I70A 2AVQA 5P57A 5P6GA 5P1XA 1D4JA 4J55A 1HPSA 1OHRA 3KFNA 5OZKA 4B72A 3SACA 2QNPA 5P1AA 4MC2A 3OU3A 3UF3A 5OZLA 4R5NA 3OQ7A 3GGUA 2Q5KA 2FDPA 5P3ZA 5IS4A 3AUPA 4Y38A 3KN0A 5P7YA 5DR1A 1A9MA 1MSMA 3LPIA 5P5AA 4KUPA 1DMPA 3EL9A 4Y39A 4Y5CA 5P8VA 5P0YA 1TCXA 1MT9A 4DJOA 1GVUA 1YX9A 5EZXA 3RSXA 3VG1A 3ZL7A 4OC6A 5ENMA 5P3EA 3O9LA 1SGUA 2UY0A 4Y4ZA 5HDXA 4Z50A 5P4SA 1GNNA 1DIFA 4J1CA 1QBTA 3IVIA 3KT2A 2R43A 1CMSA 4I1CA 4KB9A 5DR0A 2VS2A 1APVE 3NDUA 3TOFA 1C6YA 1HRNA 4PZXA 3PBDA 3EKQA 5P7FA 1WBMA 3PSUA 5DR3A 1EPNE 1PPME 5P74A 3SA4A 4D89A 4RRSA 5P3SA 2APRA 2V16C 4I8ZA 2QI7A 4OBJA 1K2BA 2AOHA 5P2GA 2CENA 2V11C 3SQFA 4LBTA 5P8KA 5P3VA 1MT8A 3KM4A 3NYGA 2AVMA 1Z1RA 3TPPA 3UDJA 2WKZA 3KMXA 1META 2FGVA 3HLOA 5P66A 5P0WA 2JJIA 5P0DA 3S43B 5P8SA 3WZ6A 3ZPUA 2AOGA 1HPXA 3D20A 1FQ4A 4QJAA 4YOAA 1HEFE 4COEA 1JLDA 3VEUA 4CP7A 4D88A 2PSUA 3O99A 1OD1A 4FAFA 3SAAA 5P26A 3H5BA 1EPRE 5P79A 2VIYA 3UPJA 4U8WA 1B6KA 1PPKE 5KR8A 3D1XA 2Q54A 3LHGA 5P0FA 2PSGA 2HC0A 5P7QA 2G1OA 4DJUA 4Y48A 4NPUA 5P01A 3MSJA 4ER1E 1PFZA 3UHLA 5P53A 5P4DA 5P24A 4AZYA 3OAGB 3T3CA 5P7ZA 3UFLA 4Z2ZA 5P6DA 3SFCA 5P6TA 3SA6A 2QZLA 4BEKA 4EPJA 4F74A 2O4NA 2FNTA 4GZFA 4X2LA 4JECA 3CKPA 1XS7D 5P1WA 4YOBA 5OZVA 3OHHA 5P17A 3TOGA 1GVTA 3Q5HA 5P0HA 1K2CA 5P82A 3NXEA 1FEJC 1ZP8A 3OUCA 4RZ1A 2PK6A 4Z22A 3IXKA 1C6XA 4PEPA 3PVKA 2BQVA 2QI6A 1ER8E 4R93A 2G1YA 1HBVA 4Y5NA 3T7QA 4Y3WA 2ZHVA 5P0AA 3HAUA 4HDFA 3K4VA 4Y3HA 1T7JA 1QS8A 2RMPA 1TSUA 5P8UA 2AOCA 1FQ6A 3BVAA 3QN8A 4QJ9A 3LZVA 3EL5A 4J17A 4CPQA 1YM2A 5P3KA 1QBRA 9HVPA 1W6IA 2P8HA 5P2WA 4DH6A 1HVIA 3OU4A 4Y3YA 1BVEA 5P6OA 2I1AA 4Y4AA 1IZHA 1CPIA 5P0XA 4FSEA 3TPJA 2AOFA 4YCTA 3HW1A 1UH8A 1AJXA 4XXSA 3OXVA 4JPCA 4NKKA 5P1VA 5P8BA 2NR6A 1TZSA 6FIVA 3O9HA 5P5SA 4B1CA 3OWNA 3PLDA 2QK5A 5AH9A 1RNEA 1EPPE 1IBQA 3PBZA 3BUHA 4ZEAA 5P49A 5P8GA 4J1EA 5P0UA 3OQAA 5AH7A 5P4VA 1TW7A 1B6JA 5ENKA 5P1FA 3OUDA 4ER4E 3PSYA 5P0GA 5P5NA 2OHQA 4F73A 2Q64A 5OYQA 3D1YA 4YE3A 1B5FB 4I11A 1YTHA 5OZ3A 2OHMA 2IL2A 3R2FA 2VA6A 2WEBA 5P3JA 1F7AA 5P12A 4EYRA 3ZPTA 3FIVA 3HZCA 5P6UA 5P64A 2Q11A 1NSOA 1KJ4A 1TQFA 3SA5A 5OYSA 1IIQA 2BPZA 3HBOA 4J0ZA 5P7RA 5OZEA 3L5FA 2G21A 5P3YA 5P3RA 5P7EA 1PPLE 3PRSA 4L7GA 3OUAA 4J1IA 4L7JA 5ISKA 5P5LA 5P4HA 2ZJIA 2PYNA 1RV7A 3KDBA 4YD3A 4J1KA 2QHZA 3O9AA 3LZUA 1QDMA 2NNPA 3KFPA 2XYEA 1PSOE 3PGIA 4LHHA 3PI0A 4TRWA 4TRZA 3VYFA 4ZE6A 1SDUA 5P0KA 5HE7A 1LV1A 4J0PA 5P8TA 3FKTA 5P8DA 5P7LA 2AZCA 3KFSA 5DR8A 4CPTA 2HB4A 2B7FA 1EC0A 4DQEA 3UDKA 1G0VA 4LXAA 5P5TA 1D4IA 5P03A 3UDNA 1K6PA 2IEOA 3NU5A 1HOSA 1TSQA 5P5WA 2QHYA 5F00A 5P39A 5P6AA 3GGAA 2ZGAA 5KAOA 3PLLA 5HE5A 1FFFC 3G70A 3OXXA 4I0ZA 1MEUA 5OYRA 3EKVA 2B60A 3BGCA 1RL8A 1BDLA 3OUBA 5BS4A 3QVIA 4AA8A 3INDA 3DJKA 5P2YA 5P38A 4Y43A 1FQXA 4YD4A 1K6CA 1VIJA 2BPVA 2XFIA 4DVFA 4IVTA 3DUYA 4I10A 4ZPFA 5P30A 2RKFA 5P7BA 5P7AA 5T4SA 5P3BA 5P0VA 5P8RA 2ZHUA 5P1BA 5P06A 1GKTA 4EJ8A 5ER2E 2VIZA 2FDDA 3SKFA 5P45A 5P48A 5AHBA 4RVXA 5P0QA 1HVSA 1LZQA 5P8EA 2ASIA 5P11A 5P2SA 4WY6A 4TRYA 5KOSA 2QD6A 3BXRA 5P0SA 5DGUA 5OZYA 2ZYEA 3EKYA 3IA9A 4OBGA 5P32A 5P52A 5AHCA 5P5QA 3O9EA 5P1NA 5P6SA 2EWYA 2ZJLA 1W5XA 1XL2A 5P4YA 5P28A 1ZBGA 2RKGA 1HTFA 2H6TA 4LP9A 5P2AA 4TVGA 5P2BA 5P76A 2QMDA 5P5RA 1ME6A 2QI0A 3NDXA 5P1MA 4ACXA 1BVGA 5P6QA 5KR2A 4FE6A 2F8GA 4AUCA 3OQFA 3N3IA 4EJKA 4YD7A 3IAWA 5P5GA 3KMYA 5P1ZA 1M43A 4YCYA 3L38A 3SPKA 1XL5A 5P6HA 4B78A 3S43A 2G94A 1UPJA 5OZXA 5P1QA 1NH0A 3PWMA 3SABA 4DJRA 3GGVA 3O9BA 1YTGA 4Y57A 5P5CA 3BC4A 2UXZA 3I6OA 5P72A 5P4ZA 4DJXA 2P3BB 4Y4UA 3PMYA 5P7VA 4GB2A 4YDFA 5P2QA 4Y3SA 5P7MA 1SDTA 5P4UA 1FG8C 2IGXA 5I3XA 3LIVA 2O4PA 3EMYA 3UQXA 3CIDA 1W5WA 3FNTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4BFB A;  3C9X A;  2VNN A;  2ZJJ A;  2QMP A;  3SO9 A;  3ZKQ A;  5P14 A;  2B42 A;  4TVH A;  1EED P;  3DV1 A;  4YBI A;  5P0M A;  5P88 A;  3PHV A;  3LZY A;  5P2N A;  5P87 A;  3OGP A;  5JFP A;  3PM4 A;  1YG9 A;  4ZSM A;  3RTM A;  4MC9 A;  1C70 A;  4Y4X A;  3S2O A;  4DFG A;  3IXO A;  5CLM A;  5P4E A;  3QRO A;  2ER7 E;  3T7P A;  3CKT A;  4YBF A;  1G6L A;  4OD9 A;  5P8M A;  1UH7 A;  1BXO A;  5P83 A;  2AVO A;  4Y5G A;  3ZKN A;  2JJJ A;  5KQF A;  5P3H A;  1MRW A;  2WF1 A;  5OZM A;  4IVS A;  4AA9 A;  1FFI C;  4Y5L A;  3K4V C;  2BPW A;  3CIC A;  3LIZ A;  2J9J A;  2A1E A;  1Z8C A;  5OZ9 A;  3UDH A;  2IS0 A;  4HLA A;  4Y5P A;  1GVV A;  2JYS A;  5P5V A;  2MIP A;  3IXJ A;  3SA8 A;  1FMU A;  2QP8 A;  4XKX A;  2NMZ A;  4DQH A;  4Y3J A;  3EL4 A;  5DQC A;  4MC1 A;  2B7Z A;  2R8N A;  2QI1 A;  2IGY A;  3OQK A;  3PJ6 A;  3R1G B;  1FLH A;  5P2L A;  3VF5 A;  4GJC A;  5P07 A;  2G1S A;  2QI4 A;  3VUC A;  4Y36 A;  1HVK A;  1AZ5 A;  4Q5M A;  3VCM A;  2V12 C;  2V13 A;  2AZ9 A;  3QVC A;  4HZT A;  5P6Y A;  2V00 A;  3SM2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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