1W6IA

Plasmepsin ii-pepstatin a complex
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Study of a Novel Inhibitor with Bulky P1 Side Chain in Complex with Plasmepsin II -Implications for Drug Design
rcsb
molecule keywords PLASMEPSIN 2 PRECURSOR
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum
total genus 81
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2004-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w6iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w6iA01
1BDLA 5P70A 5KQFA 2FDEA 5OYVA 5OZVA 3G70A 2G22A 1EPOE 1GNMA 5ISJA 2G94A 3R0YA 4APRE 2ZHRA 1DAZC 5OZLA 5P4RA 1APTE 4Y53A 3UQXA 3OQFA 4AZYA 4Y57A 2FGUA 1Q9PA 4DQBA 1HTEA 3TLHA 4NJSA 5P7FA 4HZTA 4GMIA 1MT8A 4FAFA 1UH7A 3IGBA 4E43A 4D88A 5P4EA 3INHA 3UTLA 5DR3A 1TQFA 1LF2A 1ODWA 4DV9A 5P7PA 5JFUA 3OADA 3A2OA 3BVBA 5OZSA 5P09A 3SAAA 7UPJA 4NPUA 4PYVA 4J1CA 3S2OA 4I0GA 5AH7A 3ZKIA 5AGZA 1HXBA 4LXMA 2B8VA 4GJAA 2H6TA 5AHAA 3EKQA 5P3DA 1LYBB 3DK1A 1MESA 4YDGA 5OZQA 1XL2A 3BC4A 5P46A 5P6PA 3OTSA 1GVWA 5P6WA 1IZDA 2ZJNA 4YCYA 2O40A 5P5HA 4MC9A 4EQ0A 3DCKA 1PPME 2AVMA 2BB9A 4Y4JA 2HB3A 1UPJA 3TNEA 4AMTA 5P7WA 3BRAA 4H1EA 4HA5A 5P1KA 3R2FA 1HVRA 3QBHA 3K5GA 3T3CA 2WEZA 3FX5A 4F76A 5KR8A 1TSUA 1MTRA 4EJDA 3VV6A 5SXNA 5P1IA 2PMAA 2QZKA 3S85A 3PWWA 2UPJA 2OHRA 3BHEA 4FIVA 4HLAA 1M0BA 4F74A 1E82E 3ZPTA 4DJOA 5P73A 4BFBA 4R95A 2B8LA 2BKSA 4ACUA 2PC0A 2VIYA 4DJQA 5P1XA 1ZPKA 5P8BA 2VA6A 5P5TA 5P71A 5P2YA 3PBDA 3PEPA 5P0RA 1FG6C 2V12C 2NNPA 2IDWA 4RRNA 1RPIA 3URLA 1HVKA 4ZPFA 2ZHSA 3OU1A 3OU4B 5P2CA 5P54A 1F7AA 2V16C 5P5DA 3QAAA 4Y5AA 4LXKA 3IN4A 1ZAPA 4U7VA 2OHLA 2QI0A 4Y3MA 5P2MA 5P4GA 5P87A 2IL2A 3QVCA 1DPJA 2FXEA 5P3BA 3LINA 3O9FA 5P88A 4BELA 2PQZA 1BVGA 3NYGA 3LIQA 3QVIA 3FNTA 3OQKA 5JFPA 4ZLSA 3NLSA 4A4QA 4J0VA 4YCTA 5P2BA 1APVE 2PYMA 4Y35A 2WF0A 5OZEA 1MVPA 3QRSA 5P0FA 3CYWA 1ZSRA 4Y4GA 2NXDA 5UPJA 5P4MA 2ZJMA 5P8NA 4FRKA 2FLEA 4EYRA 4Y4UA 4B72A 2PK5A 1XN2A 2F3KA 5P6AA 3HDKA 3Q4BA 5P6OA 3OADB 3OQDA 3UPJA 1EBZA 2CENA 4EXHA 3OQ7A 4OBJA 1HHPA 5P7BA 5EZXA 3UDNA 2CEJA 3D91A 4Y3FA 3URJA 3TPLA 3OUBA 2WKZA 1U8GA 2AOEA 3O99A 5P0UA 4MC2A 2RMPA 5P3IA 1C6XA 3G72A 4NPTA 5P7AA 1NPWA 1FFFC 1K1UA 3VFBA 5P3FA 3SLZA 5I3YA 5OZIA 3SFCA 2IEOA 3T7PA 4LHHA 4FSEA 3BGBA 5P42A 3KMYA 1OD1A 4F73A 2I4XA 5P1VA 3Q5HA 3GI4A 2NXLA 2ANLA 2NXMA 2O4PA 5P1UA 5HVPA 1W5VA 2QI6A 2V00A 1XS7D 4ER2E 3HBOA 5P4PA 1EPLE 1W6IA 4LAPA 4AUCA 3EKPA 1QRPE 4RYCA 2B7ZA 5P0HA 4OD9B 2B60A 4Y5KA 5P2LA 3KFNA 3ZKSA 4OBGA 2QI5A 4TRZA 2AOHA 4J1HA 1T7JA 5P7KA 5P3OA 1MIQA 3HD8A 2WEAA 3NUOA 3D1XA 3WB4A 3AUPA 2H6SA 3S45A 1MTBA 4WY1A 3RTNA 3JVWA 1D4YA 1D4HA 2VIEA 4I0IA 5P3UA 5P6SA 2Q3KA 5P4LA 3PSYA 4L1AB 5P2TA 1E81E 5HDUA 1IZHA 1EC0A 1IDAA 4A6BA 1SGUA 5P80A 5P3GA 3URIA 5P5JA 2P8HA 2WEBA 3ZPUA 4Y47A 1ZTZA 4NJVA 1YTIA 4YD6A 1FLHA 1OHRA 3ST5A 5DQ2A 5SZ9A 4RZ1A 1NH0A 5P38A 3TL9A 1PSNA 3OU1B 3CIBA 1M43A 5P7HA 1KJHA 2XYFA 4NJUA 4N00A 5P77A 1W5WA 4I10A 5HDVA 5P3LA 5P6IA 1IIQA 2VIZA 1QBRA 2QMDA 5OZFA 3OXVA 2CEMA 5P75A 3I8WA 3VYDA 3NXNA 2Q55A 3ZL7A 1RL8A 5P2JA 2R5PA 5P04A 1SH9A 2APRA 1MRXA 4L6BA 4EQJA 5P1EA 5P3RA 2I4QA 1HSIA 5P8PA 5P3YA 3UDQA 3VYEA 1PSOE 3UHLA 1GVVA 5KQXA 5P36A 5P85A 4DJVA 5OZMA 3OU3A 5KR2A 3OUAA 3KDBA 2VA5A 4ER1E 5P67A 1K6TA 4HVPA 3PSUA 5P5KA 5P3KA 2JJJA 3N4LA 5OYXA 5P7IA 3OXXA 4L7GA 1YT9A 5IVSA 1EEDP 5P4IA 4GJ5A 2J9JB 1ZLFA 2AVSA 4TVHA 4Y6MA 5P05A 5P0VA 4CP7A 2R8NA 5P0NA 1FF0C 4PPHA 2BPXA 4Y48A 5IS4A 1D4IA 4LC7A 5OZ0A 2AZ8A 5OZ9A 1IZEA 3LIVA 2V11C 2OHSA 1C6YA 5P1YA 4EJ8A 3L59A 4YD5A 5E5JA 2WF3A 3CKPA 5P4UA 3UQWA 3QPJA 2J9KA 1GVUA 4CPXA 3WZ7A 3VF3A 4QJ8A 2HC0A 2ER6E 1HSGA 3LZUA 3GGAA 1T6EX 5P8VA 2BPYA 2ZJIA 5P8GA 1YTGA 3UDYA 3WB5A 5OZHA 5P7ZA 1QS8A 1YX9A 5P2EA 3SA5A 5P81A 2F3EA 4MC6A 5P2VA 5P0YA 1MPPA 4Y3DA 1SMEA 3H5BA 5P0WA 5P18A 1IBQA 4EP2A 3O9IA 2AOCA 5P6NA 2PWRA 3JVYA 1HVLA 5P30A 5HE4A 3VG1A 4DJXA 5P5QA 1HPSA 4Y4TA 2G69A 3NUJA 2HB4A 3SABA 5P8DA 5OYTA 1K6VA 4PHVA 5HD0A 3LZYA 3UFLA 2NPHA 2JYSA 4B1CA 1WKRA 2G1NA 3UDMA 4Y3LA 3GGXA 5P8FA 5TOLA 5P7QA 5T4SA 5OYRA 3KFRA 5OZJA 5P5AA 5EZZA 3NR6A 1AJVA 3GGVA 4GJBA 4AA8A 4AA9A 4J1IA 4Y39A 2FNTA 5P6FA 2FIVA 1W5XA 2PH6A 3VSXA 3KYRA 3TOHA 5P5LA 5P6JA 3S43B 1FQXA 1YM2A 2F80A 4LL3A 5DR7A 5P0TA 3H0BA 1HTRB 5P56A 4Y36A 2G21A 4J5JA 1FIVA 1Z8CA 3UQUA 5P2GA 1A30A 1ZSFA 3DJKA 2Z4OA 3HLOA 5OZUA 1B6LA 1Z1HA 5P7XA 3PRSA 4Y4WA 4B77A 2HB2A 4RCFA 3BVAA 1ZP8A 2IENA 3TPRA 3OU4A 1IVQA 3OY4A 2AZCA 5P7GA 3OAGA 3PWMA 5P4NA 3LHGA 1ODYA 5ER1E 2ZJJA 5P2FA 3TOGA 1GNNA 1FQ5A 3EL5A 1BIMA 1AXAA 2AZ9A 2P3DA 2G20A 5P5GA 2IKUA 4YD4A 5P3NA 3L3AA 5P6GA 5AHCA 5P1PA 1D4JA 4CPWA 4FM6A 1BVEA 5P10A 2OF0A 2F81A 4DQEA 5OZOA 2O4KA 5P59A 5DGUA 3UQRA 3D3TA 4ZEAA 5P4ZA 5OZ4A 5P3JA 4DJWA 3GI6A 3DM6A 6APRE 2QI1A 2QZLA 4QJ9A 5P8UA 3R1GB 2OHPA 3VV7A 2SAMA 5CONA 5AH6A 4RCEA 1ENTE 1ODXA 1RQ9A 4HE9A 3OXWA 5P2OA 4H3JA 1TSQA 1PPKE 3SA9A 1BAIA 3NU9A 2VJ7A 3R4BA 5P0DA 5P07A 1CZIE 4GJ9A 1HEGE 4FAEA 5P1CA 3IA9A 4QJAA 5P69A 5P12A 3QI1A 3HZCA 5P1DA 4B1DA 5P8IA 5P5CA 4K4RA 1GVXA 5P1JA 1KJ4A 3HW1A 4YD3A 4YOBA 3LNKA 3RU1A 1Z1RA 4QJ2A 3SA3A 5P00A 1DW6C 2G1RA 4TRYA 2OHMA 5P1QA 3PWRA 2AOJA 2HIZA 5OZGA 5P61A 5P8HA 2I1AA 2FS4A 1BV7A 2ER9E 5P6UA 3VFAA 5I3XA 5P0BA 4OD9A 2VJ6A 5P84A 3B7VA 2QMPA 1HVHA 5P2AA 4I1CA 1W6HA 3HVPA 2ZJHA 3QRMA 2QHCA 3ZKMA 4Y4BA 2P4JA 1FMBA 4B00A 4Y3HA 4R91A 1BV9A 3HAWA 3IXKA 4HDFA 4Y3JA 4K4PA 1SIVA 1GNOA 4J54A 2Q11A 4WTUA 4D85A 1LYAA 4L1AA 2G1SA 1HVSA 5P3SA 5P3CA 4Y54A 1LV1A 1PFZA 2QHZA 2OHQA 1YM4A 3JW2A 5IVQA 2ZDZA 5DQ1A 2MIPA 5P7OA 3OUCA 1NPAA 1NPVA 1FKNA 3L5BA 1B5FA 4OBFA 4X7IA 2NMZA 3I25A 1RV7A 1WBKA 3LITA 5P3TA 3OAGB 5P44A 5OZXA 2QK5A 2ZHUA 5DR1A 5P4YA 5OYQA 5DR0A 3VEUA 3K5FA 5P5IA 3FNSA 4EJKA 2PYNA 5P2RA 1EPNE 3SA8A 3O9GA 5P3ZA 3O9BA 1EPRE 4FM7A 3O9HA 3ER5E 1M4HA 7HVPA 5P1GA 5P86A 4FL8A 2HS1A 2G27A 3OK9A 5P5MA 1NSOA 5P6DA 3NXEA 3QRVA 1PPLE 2FXDA 1T7KA 2QU3A 1XL5A 3NU6A 4CMSA 5HCOA 4RYGA 4HDBA 5P74A 4L7JA 5HE5A 4DQHA 3DUYA 5JODA 5P0QA 4Z22A 4ZSPA 5P62A 5C9BA 4Y5CA 3INFA 2J9JA 5P1RA 4Y3XA 2AZBA 3QP0A 4ZE6A 5P40A 2BJUA 5P4DA 4GJDA 2G1YA 5P50A 5P7TA 5P2KA 3QIHA 3NSHA 5P22A 2WL0A 1UH9A 1MUIA 4DPIA 2FGVA 5P43A 3IVHA 1MT7A 4H3IA 5P6TA 4I0HA 1MEUA 2B7FA 5ENMA 5P14A 5P6MA 2AIDA 5P7NA 5OZYA 1MRWA 1K2CA 1FQ6A 1ZPAA 5P7DA 4J0YA 4APEA 3S56A 5P8JA 5OZBA 3NDWA 1AJXA 5DPZA 4PEPA 2FMBA 4D8CA 3LPJA 4Y3AA 3KT2A 3PMYA 5P34A 4B1EA 4Y5PA 5P4QA 5P6QA 1GKTA 4TVGA 4FSLA 1HTGA 5OYWA 1B6PA 2HM1A 5P0KA 5OYSA 5P6BA 1MSNA 2WHHA 3TH9A 5C9FA 5I70A 1EC2A 4QJ6A 3DV1A 2QD6A 4OC6A 2XFKA 1T3RA 2I4UA 5OZZA 4Q5MA 1LF3A 5OZDA 2A1EA 3EC0A 3EKYA 2NR6A 1HVJA 4PZWA 5P16A 5OZNA 3SACA 1K6PA 4WY6A 3TKWA 2ER0E 4GYEA 2O4SA 5P08A 1LYAB 1HBVA 5AH9A 1EPME 4I8ZA 5P49A 5P66A 5P3EA 5BS4A 4NJTA 5HE7A 5P65A 5P76A 3S43A 2VNMA 2BBBA 1B5FB 5P78A 3PSGA 4DPFA 4J0PA 5KQZA 5P2DA 4Y44A 3WZ6A 4R93A 4I11A 3KFSA 5P5BA 4IVTA 5P4OA 1OEWA 5P8EA 1FMUA 4D83A 3T11A 4GJCA 1SGZA 2ZHVA 4Y3PA 5P53A 3Q6YA 5P20A 4BFDA 2FNSA 4Y51A 5P5VA 1HVIA 5P3WA 4OBZA 4JOOA 4Y43A 4LBTA 3QS1A 9HVPA 4FGXA 3SA6A 3DOXA 1A9MA 5P4TA 3FIVA 5P7SA 3UFNA 3ZLQA 1EC1A 5KOQA 3APRE 1FQ7A 3NDUA 4FM8A 3MSKA 2I0AA 4EPJA 1T7IA 4YA8A 4Z2ZA 4L7HA 5P7UA 1AAQA 1K1TA 1FB7A 3EXOA 4EJLA 4FRIA 4Q1WA 2A4FA 3NWQA 3T7XA 5P4HA 3UDPA 3OTYA 5P8OA 4ZSRA 4Y3YA 3G6ZA 3OUDB 2ZGAA 4Y5NA 1LS5A 1HIIA 1MSMA 5P0JA 5P29A 3NU3A 4FS4A 5OZTA 2G1OA 4FE6A 5FIVA 2QZXA 5P06A 3FKTA 5BRYA 4Y58A 1GVTA 1HPXA 5P8QA 5HTZA 1KJGA 1JLDA 3IAWA 3RSXA 5P8KA 1DIFA 4KE0A 4DI2A 2ZJKA 5HCTA 4Y5EA 3DV5A 3N3IA 1XE6A 2IKOA 4Z4XA 4Q1NA 2AVQA 5OYZA 4CPUA 4OC6B 3K4VC 4JPCA 3KDDA 5ENKA 2AOGA 5P8LA 5P5RA 1UH8A 4NKKA 5P0XA 1FGCC 1BXOA 5P4WA 5P6XA 2OHTA 5KOSA 1B6KA 1EBKC 4CPTA 3PVKA 4GJ8A 5P27A 3EMYA 5P7RA 3L58A 1EBYA 5HDXA 1EC3A 4LP9A 4RVIA 4XX4A 3HAUA 4XXSA 5DQ4A 4ZIPA 4GIDA 3FV3A 6FIVA 3DCRA 3MXEA 5P2SA 4Y45A 4YE3A 1AVFA 2Q15A 5P4XA 1FQ4A 3EM6A 1SP5A 3PM4A 2AVOA 4TRWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BDL A;  5P70 A;  5KQF A;  2FDE A;  5OYV A;  5OZV A;  3G70 A;  2G22 A;  1EPO E;  1GNM A;  5ISJ A;  2G94 A;  3R0Y A;  4APR E;  2ZHR A;  1DAZ C;  5OZL A;  5P4R A;  1APT E;  4Y53 A;  3UQX A;  3OQF A;  4AZY A;  4Y57 A;  2FGU A;  1Q9P A;  4DQB A;  1HTE A;  3TLH A;  4NJS A;  5P7F A;  4HZT A;  4GMI A;  1MT8 A;  4FAF A;  1UH7 A;  3IGB A;  4E43 A;  4D88 A;  5P4E A;  3INH A;  3UTL A;  5DR3 A;  1TQF A;  1LF2 A;  1ODW A;  4DV9 A;  5P7P A;  5JFU A;  3OAD A;  3A2O A;  3BVB A;  5OZS A;  5P09 A;  3SAA A;  7UPJ A;  4NPU A;  4PYV A;  4J1C A;  3S2O A;  4I0G A;  5AH7 A;  3ZKI A;  5AGZ A;  1HXB A;  4LXM A;  2B8V A;  4GJA A;  2H6T A;  5AHA A;  3EKQ A;  5P3D A;  1LYB B;  3DK1 A;  1MES A;  4YDG A;  5OZQ A;  1XL2 A;  3BC4 A;  5P46 A;  5P6P A;  3OTS A;  1GVW A;  5P6W A;  1IZD A;  2ZJN A;  4YCY A;  2O40 A;  5P5H A;  4MC9 A;  4EQ0 A;  3DCK A;  1PPM E;  2AVM A;  2BB9 A;  4Y4J A;  2HB3 A;  1UPJ A;  3TNE A;  4AMT A;  5P7W A;  3BRA A;  4H1E A;  4HA5 A;  5P1K A;  3R2F A;  1HVR A;  3QBH A;  3K5G A;  3T3C A;  2WEZ A;  3FX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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