1XE5A

Structure of plasmepsin ii in complex of an pepstatin analogue
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of plasmepsin II in complex of an pepstatin analogue
rcsb
molecule keywords Plasmepsin 2
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 82
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2004-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xe5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xe5A01
3BXSA 2IDWA 5KQZA 1WKRA 2G20A 5HE7A 4BEKA 1PPLE 1FMBA 5P1YA 4OC6B 2FIVA 4EJDA 3PSYA 5P6XA 5P2VA 3O9LA 1MT7A 5P84A 4I0HA 5P2LA 1EPME 5OYYA 4Y3GA 2AVSA 7HVPA 1FGCC 4B0QA 1HVJA 5P3CA 5P50A 2ZJLA 1YM4A 2WEDA 5P17A 3SA4A 4DFGA 3H0BA 4YD4A 4A4QA 2F3EA 3EL0A 2FLEA 5P1DA 4ER2E 2OAHA 3U7SA 5OYZA 5P5QA 4D83A 5P8TA 2O4PA 3LPJA 3RVIA 4I12A 3WB5A 2QHZA 3PRSA 1HBVA 5P0PA 3OU4A 3QVCA 5P6SA 5P4NA 2XFJA 3PWMA 4FM8A 5P7CA 8HVPA 3K5CA 5P5CA 3ST5A 5P83A 3IAWA 3UQPA 1IDAA 4GIDA 4JPCA 3EKWA 5OZ6A 5P0MA 2J9KA 2AVMA 2R3WA 3HD8A 2P3CA 5P5BA 3VEUA 2QZWA 2WF1A 4GJBA 3EL4A 5E5KA 4R95A 6FIVA 3TNEA 1B6MA 3EM6A 5P7TA 4GJCA 3CIDA 5KR2A 3BRAA 2AVOA 2NNPA 3OAGB 5P3DA 1HWRA 5P5IA 2FNSA 2BJUA 1IZDA 5P3LA 3GGAA 2FGUA 3NUOA 2NXMA 1LV1A 4D89A 3GW5A 2QZLA 2BKTA 4Y5EA 2Z54A 5P8AA 2QD8A 3OGPA 2IGYA 3JW2A 5P8KA 5P6VA 1META 1SH9A 3DM6A 5P71A 3PB5A 4GJ7A 4Y3JA 1YTGA 3S7MA 2VA7A 4GJ8A 5C9BA 3OU1B 5P5OA 1ZPKA 4U8WA 3SKFA 3VYFA 1EPNE 2QZKA 3D91A 1ODXA 4KB9A 2G69A 5OZ9A 5P27A 4A6CA 5P4DA 3K4VA 1YG9A 1TSQA 3PHVA 5DGUA 3SA3A 3OUAA 5P02A 3DK1A 1KJGA 4HEGA 5P4UA 3SA5A 2J9JA 4XX3A 2ZGAA 3NDWA 2OF0A 3INHA 4N00A 1A8KA 3UQXA 2OHLA 2R38A 2R5QA 5OZFA 5P6NA 1HVSA 2JJIA 5OZWA 1HHPA 2VNNA 5P8OA 3B7VA 1M0BA 3D1ZA 1CMSA 4EP2A 3BC4A 5P72A 5P4FA 1D4IA 2O4KA 1BV7A 3ER5E 4DJYA 5P8GA 1IVQA 3L59A 1ME6A 2AODA 1A94A 3QBHA 4L1AA 1G6LA 5OZKA 5P6EA 3A2OA 4Y4ZA 3EKXA 4J5JA 1W51A 4J55A 1LYBB 5P60A 5P7UA 3QRSA 2P3BA 2OHMA 2JYSA 1HEFE 2Q54A 5P0LA 4OBZB 5P6RA 5OYRA 4FIVA 1C6YA 3GI5A 4Y5MA 1RQ9A 5KAOA 5OZ2A 1GKTA 1RV7A 5P0EA 1E80E 3I2LA 1ODYA 4EHCA 2WF0A 4OBKA 4YOAA 5P2ZA 4ZPFA 1NSOA 1G35A 3HDKA 5P74A 4GB2A 2RMPA 5DQCA 4RCFA 5P65A 4FS4A 2ER9E 1FF0C 1HVLA 3LPIA 4IVTA 3O9EA 5P6CA 1BILA 1EBYA 4I11A 5P2FA 2XFKA 2FS4A 3K5FA 2Q64A 3SA6A 2B42A 1MRXA 2NXLA 4Y3EA 4RVJA 4MC9A 1BXQA 5P7MA 3EKYA 3LIYA 2CENA 2F3FA 2FNTA 5P0ZA 3GGVA 3FX5A 1T7JA 5P7JA 3L5BA 1XE6A 4Y5KA 5OZ8A 3I6OA 4YCKA 2FXEA 1QS8A 4J1EA 2QU3A 1YTJA 4FSLA 3UQWA 3PLDA 1BBSA 5P45A 4DH6A 5IVRA 2A1EA 5P4HA 2SAMA 1GVXA 5P1SA 4OBDA 1HTEA 2HAHA 2AZBA 3N3IA 5DQ5A 1G2KA 3UPJA 3L5DA 4TRYA 2JJJA 3LIZA 3TOHA 3TOFA 3TTPA 2I4XA 1XS7D 3G70A 4MC1A 5P2BA 4M8XA 2PK6A 1DW6C 4FAFA 5P2KA 1FQ5A 4Q1NA 5T4SA 2QI0A 5P1WA 3ZPTA 4TRZA 3DUYA 5P2NA 3ZKXA 3VYDA 4B1CA 5P48A 3CYXA 3ZPUA 3QVIA 3INDA 4H3IA 4Q1YA 2MIPA 5OZYA 4Y3QA 4K8SA 4CPRA 4ACUA 1MPPA 1SDVA 5P4KA 1EAGA 1ZSRA 1K1UA 1LF3A 5OZOA 1QBUA 5JODA 5P59A 2VNMA 3BVBA 5P4LA 2PSGA 1SIVA 1W5YA 3DV5A 4TRWA 2OHNA 3LZVA 5OYXA 5P25A 5P5ZA 4GJ6A 4Y5BA 5AH7A 1KZKA 5P3FA 3L5CA 3VSWA 1EC1A 2G1OA 5P5VA 5OZZA 5P7AA 2ZHUA 4GJ9A 5P37A 5P18A 3EC0A 5OZNA 1D4YA 3ECGA 2O4NA 5BRYA 4HVPA 4Y41A 4HDFA 5P6DA 4LC7A 4BFBA 2HPFA 1ZPAA 3T7PA 5P6PA 3EM3A 2QMDA 2RKFA 5P5SA 5C9DA 2PSVA 4JECA 5P5XA 1RNEA 1ZLFA 3D1YA 4B72A 3L58A 5P0QA 5P3KA 3R4BA 5HDVA 1HPSA 5OZHA 5IVSA 1FKNA 4QJ7A 4Y3AA 4HA5A 4APRE 3NXEA 2HS2A 1B6PA 5P32A 4EJLA 2AOCA 5DR3A 7UPJA 3OADB 4QGIA 4ER4E 2QI4A 3RSXA 2XYFA 1MSMA 2IQGA 5P3TA 4EPJA 3OQFA 2B8VA 3HLOA 4U7VA 1AAQA 5OZRA 1K6CA 2AZCA 5P3SA 4Z22A 4GJAA 2QZXA 2P8HA 5ER2E 4J17A 4CPUA 3PBZA 4LBTA 5P7WA 5P7VA 4PHVA 4HDBA 5F00A 3LINA 5OZCA 3VF7A 3RTHA 3ZL7A 1GNNA 1XDHA 4EQ0A 4OBHA 5P3WA 1BWAA 3OTYA 2QHCA 5JFUA 2IKOA 1EBKC 4YBIA 1IZIA 3UHLA 5P5RA 1UH7A 3SFCA 9HVPA 3S56A 1J71A 4Y5LA 5HDXA 5P1PA 3VLAA 4RVIA 4DQBA 3DJKA 5P58A 1F7AA 5DR4A 5P8NA 5DR0A 3S54A 5P6GA 5HTZA 4ZSRA 5P64A 3SA9A 4R91A 5ENMA 5P4WA 5P03A 1IZEA 5OZSA 5P0CA 1MERA 5P5KA 3TKWA 5E5JA 5P0DA 5P6UA 1BWBA 1BXOA 3IXJA 3HAUA 5P8QA 3NSHA 3OHHA 4Z4XA 1FB7A 2WF2A 4J0ZA 5P3MA 4OD9B 3TKGA 5DPZA 4DJPA 4CPWA 1QRPE 5P5PA 4DJOA 5P5NA 2JXRA 4RYGA 2RENA 3HBOA 4EJ8A 4DVFA 4AZYA 2QNNA 3O9CA 3OXVA 4K9HA 1HSHA 4K4QA 2QMGA 5P5EA 3FKTA 2PMAA 2O40A 4ZPGA 3SKGA 3SA7A 2BPZA 4F73A 2ZJJA 5DQ1A 4RRNA 4J1IA 1LYAA 2ZHRA 4OBJA 4NJUA 4EQJA 2V00A 2Q11A 3VSXA 5P0JA 4AMTA 5P6ZA 2ASIA 5P89A 3O9HA 2VIZA 1N49A 3WZ6A 1FMUA 2ER0E 2G1YA 1T7KA 3NU5A 4FL8A 5P3JA 4ZIPA 1IBQA 4CPXA 3MWSA 3NU3A 1K6PA 5P8RA 5P8FA 5OZ3A 5OYUA 5P35A 5P4QA 3IVHA 5EZXA 4QJ6A 5P8BA 4H1EA 4L7JA 4D8CA 2J9JB 2V13A 1K2BA 3QBFA 5P55A 5P12A 5P10A 5P0TA 3NU4A 3NWQA 5P7KA 5I3YA 3O99A 1MTRA 5P2UA 3OUDA 5P2TA 3D1XA 1DAZC 4Y48A 3CICA 2G21A 4J0YA 4I0EA 3EKPA 4J0VA 4WY6A 2ZJHA 4B05A 1HSIA 4Y3XA 4DQGA 1FQ6A 2QP8A 5OZ5A 2WEZA 5P3HA 4YD3A 5P4OA 3TPJA 3VG1A 2G22A 5COKA 1PROA 1B5FA 1FQ7A 5P2DA 3S43A 5P62A 2ZJKA 4LAPA 3INFA 2I1AA 3PM4A 4K4RA 3LNKA 4Y3YA 4I0FA 3RSVA 1YTIA 4Y4XA 4YD5A 4R92A 3T6IA 1SGZA 3OQDA 3BVAA 1ZBGA 4FRJA 1FQXA 3GI6A 5DR8A 3UDMA 4PYVA 5P68A 1MVPA 1MT9A 4HZTA 2F3KA 1HXBA 1Z8CA 5P09A 5P06A 1HIVA 5P4SA 4RCDA 4RRSA 5P82A 3QI1A 4RZ1A 3NDTA 1KJ4A 4J1CA 5OZMA 5P1NA 1DIFA 1K6VA 2OHSA 2F81A 3INEA 1UH8A 1QDMA 1FIVA 5P8HA 4QJ9A 2Q5KA 3RTMA 2IKUA 1YTHA 4JPEA 3VFAA 4ZSPA 1HTFA 5KOQA 5HCOA 2Q63A 3UDHA 5P7DA 4Y51A 5P4BA 5HCTA 2QAKA 3R0WA 5ENKA 4DJRA 4HDPA 3ZKQA 1HVKA 5P05A 4Y4BA 2BPXA 2P3AA 4Y3PA 2WJOA 4NPUA 4Y39A 1LF2A 2AZ8A 5P4EA 4YD6A 3KT2A 5P1BA 5P3QA 4PZWA 3TOGA 5P4JA 2AOIA 2G1NA 4X2LA 5P76A 3WZ7A 5SXNA 5P0VA 5P0UA 5P77A 5P7RA 1TSUA 5P67A 2RSPA 1OEWA 5IS4A 3NLSA 3QROA 2R43A 3GI0A 4RCEA 3CKRA 5P6KA 3NWXA 2HPEA 4XKXA 1MSNA 3LIXA 3UF3A 4KUPA 4DUSA 4Y3SA 3UTLA 4YCYA 2F80A 4OC6A 5P2OA 3S53A 2AQUA 3OY4A 4XX4A 1HEGE 4YE3A 4B1EA 1GNMA 5P31A 4DPFA 1DP5A 1M43A 1U8GA 5P23A 5HU0A 1EEDP 3I25A 1TZSA 2NTRA 3PSGA 1HPOA 5I70A 3KF0A 6APRE 5P1JA 3O9FA 4Z50A 4I1CA 1D4SA 5P6IA 1VIJA 2G1SA 3BUFA 5P0BA 5P0FA 3RU1A 5P00A 3EKQA 1CPIA 2CEJA 4A6BA 5KQFA 2IEOA 1FEJC 2V11C 3EXOA 3KDCA 5I3XA 3BGBA 2QK5A 3FV3A 1LYWB 5P2WA 4KE1A 1HXWA 5P2XA 2V10C 2F8GA 1FG6C 3PSUA 4QJ2A 4GJ5A 4R93A 3UDPA 4TVGA 1ZJ7A 1SBGA 1EPQE 1Q9PA 5P5TA 3OAGA 1QBSA 5P57A 3GGXA 5AH6A 5OZ7A 1APWE 3PMUA 1T6EX 1IDBA 4RVXA 1BIMA 1GNOA 1C6XA 1PFZA 5P4RA 2ZJMA 3T11A 4FE6A 4Y4UA 5P2QA 2WL0A 3G6ZA 4BELA 5P3UA 2AOGA 5F01A 2ZDZA 1EPOE 3OU1A 3T7XA 5P11A 3UQRA 4I0IA 5P0NA 3UDYA 5OYVA 4ZLSA 3KT5A 3HZCA 3L5EA 5KQYA 3QN8A 5P87A 5P4AA 3BUHA 1PPKE 5P8IA 5P0YA 4MC6A 4ZPEA 3K4VC 5P47A 2HS1A 4CP7A 2IENA 4HE9A 5P61A 5P3EA 5P8EA 2Q15A 4AA8A 4NJSA 1M4HA 1QBTA 3PVKA 5SY2A 5P7GA 2BPVA 4F75A 4YDFA 4RROA 3H5BA 4Y36A 5P40A 3Q3TA 4M8YA 3HAWA 4YHQA 3BXRA 2BPWA 5P1FA 2PWCA 5P30A 2NXDA 5P5WA 3VYEA 1AZ5A 2UY0A 3SQFA 4XXSA 4QJAA 3T7QA 2FMBA 1ZTZA 1AVFA 1FMXA 4Y4JA 3R0YA 1F34A 2WF4A 4R8YA 3UDJA 4I0DA 3ZOVA 5P15A 5P20A 4NJTA 5ER1E 3EKTA 5P6LA 4EP3A 1LYBA 5TOLA 2R5PA 1SP5A 4LP9A 3PWRA 1HVRA 2HB3A 5P42A 5P2GA 3Q70A 5P8CA 3CMSA 5P1OA 4OBZA 5P1TA 2I0DA 3SPKA 1W50A 3S7LA 5AHAA 3NUJA 1XN3A 2QI5A 1A30A 1FFFC 2VKMA 3JVWA 4H3FA 5P3YA 2CEMA 3PCWA 3VF5A 5P7HA 5P07A 2AVQA 5P5FA 3LPKA 1PSOE 1TCWA 3NYGA 4Y38A 1FQ8A 1PPME 2Q3KA 4D88A 5P3OA 5P4PA 3NXNA 5P7BA 3PI5A 2Z4OA 4J1FA 5P3IA 5OZ4A 5P0IA 1EBWA 2A4FA 4DQFA 4J1HA 5FIVA 2XYEA 2OHTA 5P88A 3KFNA 4Y54A 2FDDA 3O9BA 4MC2A 3VV8A 5KOSA 2O4LA 3S45A 3U6AA 1APUE 3APRE 5P81A 2QNQA 2QD7A 3D20A 2HB4A 5P0KA 3LIQA 5P7NA 3BGCA 1MESA 1HSGA 3O9LB 2R8NA 2VA6A 2V16C 4E43A 3NR6A 1AJVA 1XE5A 3VFBA 3VV7A 3PJ6A 4Y3HA 1D4JA 3U71A 4DJXA 3FNSA 1QBRA 1NPAA 1C70A 2FDPA 3MSJA 3QRMA 5OZDA 3S43B 3ZKIA 4S1GA 2BPYA 3I8WA 4Y5NA 5P2RA 5OZGA 2UPJA 5P4MA 5P13A 3OQAA 1MRWA 2I4UA 3OU4B 3ZKMA 4QLHA 5P46A 1HVHA 3Q4BA 4Y47A 4B1DA 3HVPA 4Y5GA 2QMFA 1EC2A 3VCMA 1KJ7A 1GVTA 2PC0A 2AVVA 5HE4A 1GVUA 1MIQA 5P14A 4DJWA 5COPA 3URLA 3OUBA 5DR1A 5BS4A 5P8SA 2VA5A 3FIVA 3S8IA 1EBZA 1GVVA 5P01A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BXS A;  2IDW A;  5KQZ A;  1WKR A;  2G20 A;  5HE7 A;  4BEK A;  1PPL E;  1FMB A;  5P1Y A;  4OC6 B;  2FIV A;  4EJD A;  3PSY A;  5P6X A;  5P2V A;  3O9L A;  1MT7 A;  5P84 A;  4I0H A;  5P2L A;  1EPM E;  5OYY A;  4Y3G A;  2AVS A;  7HVP A;  1FGC C;  4B0Q A;  1HVJ A;  5P3C A;  5P50 A;  2ZJL A;  1YM4 A;  2WED A;  5P17 A;  3SA4 A;  4DFG A;  3H0B A;  4YD4 A;  4A4Q A;  2F3E A;  3EL0 A;  2FLE A;  5P1D A;  4ER2 E;  2OAH A;  3U7S A;  5OYZ A;  5P5Q A;  4D83 A;  5P8T A;  2O4P A;  3LPJ A;  3RVI A;  4I12 A;  3WB5 A;  2QHZ A;  3PRS A;  1HBV A;  5P0P A;  3OU4 A;  3QVC A;  5P6S A;  5P4N A;  2XFJ A;  3PWM A;  4FM8 A;  5P7C A;  8HVP A;  3K5C A;  5P5C A;  3ST5 A;  5P83 A;  3IAW A;  3UQP A;  1IDA A;  4GID A;  4JPC A;  3EKW A;  5OZ6 A;  5P0M A;  2J9K A;  2AVM A;  2R3W A;  3HD8 A;  2P3C A;  5P5B A;  3VEU A;  2QZW A;  2WF1 A;  4GJB A;  3EL4 A;  5E5K A;  4R95 A;  6FIV A;  3TNE A;  1B6M A;  3EM6 A;  5P7T A;  4GJC A;  3CID A;  5KR2 A;  3BRA A;  2AVO A;  2NNP A;  3OAG B;  5P3D A;  1HWR A;  5P5I A;  2FNS A;  2BJU A;  1IZD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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