1XE6A

Structure of plasmepsin ii in complex of an pepstatin analogue
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of plasmepsin II in complex of an pepstatin analogue
rcsb
molecule keywords Plasmepsin 2
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 80
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2004-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xe6A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xe6A01
4N00A 4ZE6A 5P11A 2OHRA 2HM1A 3SA4A 5P26A 5COPA 5P8SA 4GJ8A 3BGCA 5P33A 3URIA 5P4EA 5P48A 3SM1A 2WEDA 5P0XA 4RCFA 4DJXA 3IAWA 2G1SA 4GJBA 1B6JA 2IS0A 4PEPA 5P40A 4EWOA 5P6VA 5P2XA 4K4RA 5P02A 2QK5A 3ZKMA 5JODA 4Y48A 1TSUA 5P4JA 2MIPA 5HE5A 2Q64A 5P5SA 3S43B 5P77A 3N4LA 1FB7A 5P6JA 2BJUA 5COKA 1D4IA 2OHQA 1HVJA 3PI0A 5AH9A 1MEUA 3TPJA 1K1TA 4FAFA 4DJVA 1HVRA 4Y5BA 3ZOVA 2FDDA 1B5FB 3OADB 1HVCA 2NXLA 2O4SA 2QD7A 3PJ6A 4YOBA 1ZJ7A 4FS4A 3EKPA 3OK9A 3LZYA 1CZIE 2QMFA 5P29A 1PSAA 4RRNA 1ZPAA 1D4YA 5KOSA 3UCBA 1TQFA 1GNNA 3GI4A 5P5QA 2VIZA 4Y57A 1TCXA 5P45A 5KOQA 1SBGA 3VYFA 2PMAA 3LIQA 4Y5GA 1ODWA 5OYUA 3GGAA 5P2KA 4GJ5A 5P2AA 3CYWA 5P2OA 1HEGE 2NR6A 5P0IA 5P5BA 5P1XA 1PPKE 5P2IA 2VKMA 3S54A 4Y5AA 2WEAA 5OZ4A 2NNKA 1SIPA 2OHTA 1ZP8A 3LIYA 4EYRA 5P1HA 4BFDA 3FX5A 4Y4BA 2HC0A 5OYWA 5T4SA 3RVIA 4EJKA 5P4BA 2WKZA 2Q54A 4Y3RA 5P0TA 1HPSA 4Y35A 2F8GA 3UF3A 1EPOE 5P6EA 3MXEA 2OHMA 5AHAA 3EKVA 3SAAA 1C6YA 3HDKA 3O9EA 5P5MA 4D85A 5P20A 5P1AA 3RSXA 1MTBA 2PYNA 4A4QA 1TCWA 3QBHA 4Y4UA 4RCDA 3Q6YA 4HLAA 3TPPA 2Q63A 4LXMA 4J1IA 4I1CA 4S1GA 3PGIA 3KDCA 4GJDA 4Y3ZA 3VF5A 4D8CA 1HPVA 2UPJA 3SLZA 5P8GA 2G26A 5P1UA 2QI6A 4RVXA 2XYFA 3UDNA 2R3TA 3UPJA 5OZ8A 3MSLA 3O9LA 4Y43A 1LYWA 8HVPA 4Y9WA 3NDTA 3MSJA 3RU1A 2WJOA 2G20A 2QI4A 2P3AA 1SMRA 1Q9PA 5P69A 3JVWA 5P37A 1YTIA 4ZEAA 5OZCA 4Y4TA 5P7NA 3PCWA 3OGQA 3FIVA 5P3WA 3T7QA 3KDDA 5P5OA 4XXSA 5P4OA 3LPIA 5OYYA 2ZHRA 3EKTA 4ZIPA 2WF0A 3D91A 1BIMA 2AVVA 4JPCA 4I10A 5OZIA 2G1RA 2JYSA 1KJ7A 3LPKA 5F00A 4ZPFA 5P39A 3PBDA 5P1OA 1W5XA 1HVKA 4I0HA 3DV1A 4LC7A 3EL0A 4PPHA 5P4TA 3QPJA 3UFLA 2FDPA 5P12A 3CKTA 1LEEA 2O4KA 1IVQA 4YOAA 1BILA 2V00A 5IE1A 1FG8C 1FQ8A 1Z8CA 2IQGA 2Z4OA 1C6XA 1EC2A 1EPLE 1VIKA 5OZOA 4FIVA 5AGZA 5P4IA 5P8IA 4B77A 2IENA 2ZHUA 3EM4A 4Y58A 1IDBA 2AVQA 3ZMGA 4Y3PA 1ZSFA 5P1WA 5P0GA 2AOEA 5DPZA 1HSGA 5P6NA 5DR4A 2SAMA 1YM2A 2PWCA 1B6LA 2HIZA 3O9LB 3FNUA 1LYWB 2ZHTA 2HB2A 5P06A 3S56A 1W6IA 5P14A 4DQCA 3RSVA 4FM8A 5OZ6A 2I4DA 3NUJA 2UY0A 1ZLFA 5P2ZA 5KQXA 2ZJLA 2G21A 5P2UA 7HVPA 4DJOA 2PH6A 4A6CA 5P2CA 5OZJA 3VSWA 4NPTA 3FV3A 3FNSA 6UPJA 3UDYA 4F73A 5P0JA 4Y36A 5P3BA 3UDKA 3G72A 5P2QA 5P3IA 2HPEA 1HWRA 2P3DA 2AZCA 1PFZA 4J1EA 3KYRA 4Q1WA 4OBZA 5P07A 3DUYA 4DQBA 5P04A 4DJPA 3SA5A 3VG1A 4AZYA 3ZKNA 3K5DA 4Y5CA 3PWRA 5P03A 4ZLSA 2WHHA 4OC6B 2WF1A 3O9IA 3ER3E 5OZKA 5P62A 3TPRA 3U71A 4Y4EA 4RROA 1EC0A 3L59A 2B42A 3K1WA 4F76A 4DJQA 4DJYA 2JJJA 5P3JA 5P1GA 3NXEA 5P8RA 2G27A 4J5JA 4YDGA 4Y3YA 5P44A 3KFRA 1EPME 2QD8A 5OZHA 3OUBA 5P6PA 2PK5A 5KR0A 1XL2A 1G35A 1BV9A 1M4HA 3OU1A 5HDVA 1RPIA 4ZPGA 1HIIA 3O9DA 5IVRA 2O40A 5HTZA 3UQXA 4RZ1A 5P09A 1W51A 5P78A 3D1XA 5P3NA 3SA7A 1K6VA 3URLA 5P2GA 3VF3A 2ZJNA 5KQZA 1NSOA 3U6AA 5P1FA 2J9JA 2FXEA 5P6ZA 1GVUA 4Y54A 4OBDA 3FKTA 2CEMA 5P0RA 1YT9A 2QZLA 4APEA 5P0YA 3BUFA 5P5HA 3DCRA 3UQUA 3IN4A 4OBZB 2ER6E 2P3BA 1MESA 2P83A 5ER1E 3PLLA 5DGWA 4CP7A 2F3FA 2AVOA 5P7FA 3EM3A 3MWSA 4GMIA 5P2LA 3VV6A 3L5EA 5KR2A 4PYVA 5P71A 2V0ZC 4UPJA 5P3ZA 5HU1A 5P5DA 3EM6A 5OZLA 2V13A 2I4VA 3Q5HA 3EL1A 4R95A 5P8NA 5P5TA 5BWYA 3BXRA 5P66A 5OYTA 3EBZA 4MC2A 1G2KA 2P4JA 3TOHA 5P3HA 5P30A 5P4MA 4Y3JA 1WBMA 3QAAA 5OZSA 2OHUA 3OU1B 4HEGA 5P6UA 1FG6C 2AOJA 3KFPA 5IVTA 4Y3XA 3OGPA 7UPJA 4Y3HA 3OQ7A 5P58A 3AUPA 4HDPA 1EC3A 4WY1A 5JG1A 3VYEA 4H3GA 4FAEA 4ER1E 5P16A 2J9JB 1D4LA 2AOCA 4I8ZA 5OZDA 5OZMA 4EJ8A 5P3GA 4DUSA 3OQDA 1IVPA 5P6DA 1MPPA 4AUCA 3EC0A 1PPME 4YD7A 4K4QA 3ZKXA 1Z1HA 4DQHA 1QRPE 5P27A 4Y47A 2F80A 5OZUA 4CMSA 4Q1XA 5P5IA 4GJ9A 2QZXA 4Y3GA 5OZ9A 5DR0A 4EQJA 5P23A 2OF0A 1HPXA 3HAWA 2HPFA 5KAOA 2P3BB 5P10A 5P0AA 5P7KA 3QRMA 1J71A 3NSHA 5P47A 1MSNA 5P4SA 5P1NA 4WY6A 4TRWA 2QHZA 2V10C 5P3AA 1YTHA 3L5FA 3IGBA 1XE5A 2QMGA 3L3AA 1APVE 2BBBA 5CLMA 1YG9A 1LF2A 4FRIA 1MT7A 5P6QA 3OWNA 5P3XA 2FXDA 2WEBA 5P81A 1GVWA 1SIVA 4YHQA 3DM6A 1LZQA 5P1TA 1NPVA 2R8NA 1W5WA 1RV7A 3C9XA 3GI6A 4Y51A 3UQPA 2WF4A 2Q3KA 5I3YA 1K2BA 3UHLA 4GJAA 1IDAA 1LYAB 4KB9A 5P5KA 5P1KA 5HE4A 4Y41A 1FQ4A 3QVCA 3NR6A 5P8UA 4Z22A 3T7XA 3TL9A 5HCTA 2PH8A 1FFFC 1OEXA 3OXVA 1YTJA 2AZBA 4F74A 3QRSA 4RLDA 2G22A 3EXOA 2AOHA 5P2EA 3DV5A 5BS4A 2RSPA 5P0NA 2QZKA 4R5NA 1B6KA 2P3CA 1UH8A 2AZ8A 5P2RA 5P1YA 2NPHA 5P4VA 3BHEA 4L7JA 5OZEA 5P6GA 2BPWA 5IVSA 4OBFA 5P3QA 5P1SA 4GZFA 5P5ZA 2BPYA 2QI5A 4KUPA 4QJ6A 3SKGA 2R3WA 2Q11A 3TKWA 4JECA 2HS2A 4H3JA 4DH6A 1CMSA 5P68A 1FGCC 3WZ7A 3L5DA 4J0VA 3TTPA 5P74A 3QIHA 1YM4A 3LITA 1TSQA 4FSEA 3EL9A 2FLEA 1BWBA 3ST5A 3WZ8A 1MRWA 4BELA 5P7HA 5P2FA 4Y3SA 3QS1A 4CPRA 3DOXA 5P7RA 3VCMA 1HIVA 3G70A 3HZCA 4FRSA 4M8XA 5C9FA 2AOFA 5P6LA 5P6XA 5P35A 3SA6A 3OTSA 1LF4A 5P7PA 2G94A 4U7QA 1ER8E 2WL0A 3PB5A 4FCOA 2BKSA 3OOTA 1YX9A 2VA7A 4R8YA 3NYGA 4D89A 5P1EA 2ASIA 2F3EA 2VJ7A 4IVSA 5OZXA 3KMYA 4I11A 1AXAA 3T6IA 5P2DA 3EKXA 4L1AB 4HVPA 3L38A 5P5UA 5P2JA 2R9BA 4K9HA 1M43A 3S45A 5P7ZA 1OEWA 3NWXA 1MSMA 4Y44A 1LYBA 2QNQA 1SGZA 5SY2A 3UDRA 4FLGA 5CONA 2EWYA 3INDA 2G24A 3OUAA 4LBTA 2APRA 3LIZA 5P08A 4BEKA 4AA8A 4Y56A 4I0ZA 1E80E 5P4WA 1OD1A 2G69A 5P83A 3OUDA 5P3RA 2VJ6A 3KA2A 5P3VA 3MXDA 2OHLA 4DJUA 4I12A 1MIQA 4ZSMA 1RNEA 4ZPEA 5P7JA 5P43A 4LXAA 1QBUA 5EZZA 5P0EA 4J0PA 5P70A 1FIVA 3NDUA 4X2LA 5P2WA 1N49A 4QJ2A 4DPIA 1MERA 4YE3A 3S85A 5OYSA 4PHVA 2B7FA 5P1VA 5OYVA 1BDLA 1PSOE 1WBKA 1YTGA 5P13A 4Y5LA 4Y4DA 1FQ6A 2BB9A 2IEOA 1HTFA 2JJIA 5P85A 5TOLA 2F81A 1FMXA 6FIVA 5OZVA 1EPQE 2IGXA 2ZHSA 3OQAA 4OBKA 5PEPA 3UTLA 2FS4A 2IKOA 4DI2A 5DQ4A 5P2HA 2HB4A 1BV7A 4LP9A 1PSNA 3VLAA 1FKNA 1LYBB 3SA8A 1B6PA 3HW1A 3K5CA 3KM4A 4Y3NA 5OZ3A 4FM7A 4YD6A 1M0BA 3L5BA 5P73A 2A4FA 1ZBGA 5P88A 5KQYA 5P7WA 3INFA 1MT9A 1BWAA 1ZTZA 4GJ7A 4CKUA 2VIYA 4CPWA 5ISJA 1U8GA 5P1IA 5P3FA 2V11C 3QP0A 3SFCA 4Z4XA 4I0IA 5EZXA 5P5AA 5OZNA 2PSVA 5P7DA 4OBHA 5AHCA 4EXGA 1HXWA 5KQFA 2PK6A 5P6WA 3I7EA 3IXKA 2R5QA 5BRYA 2WECA 3LZVA 2AZ9A 2OHPA 5P1QA 1BAIA 3O9HA 5P7AA 1HVSA 1HBVA 1AJXA 4Y4AA 4RVIA 3UDMA 2XYEA 2QHCA 2VA6A 3O9FA 4YD5A 5P8LA 5P5FA 1HOSA 5OYQA 2VA5A 3GGXA 1ME6A 5P8CA 3SABA 2RKFA 3O9GA 4EPJA 2FGVA 5P5LA 4R92A 2AIDA 3TKGA 3INHA 4HZTA 3HVPA 3L58A 4CPSA 4I0GA 2QI7A 5P2SA 5P8BA 3SO9A 1EBZA 3WB5A 5P6KA 1K6TA 3BRAA 5P5YA 3PM4A 1RQ9A 2Q5KA 3BVBA 5P34A 2QI1A 4Y4JA 4DQEA 2VNMA 5P84A 1D4SA 1GVXA 5P72A 1Z1RA 5OZ1A 3UDHA 5IVQA 2IKUA 5P3CA 3CMSA 4J1HA 5C9BA 1A30A 4TRYA 2Q15A 9HVPA 4HDFA 2ZJHA 4TVHA 3S7MA 3NU3A 3QN8A 5P0FA 2QAKA 4EP2A 3Q70A 1GKTA 1EEDP 5OZ2A 4YD3A 1APWE 5P0LA 3HVGA 4YA8A 5J25A 3D1ZA 5DQCA 5P6BA 1T7KA 1B11A 3VYDA 4K8SA 5P0MA 4B1EA 3INEA 3LINA 4Y3DA 3OXWA 4Q1YA 5P8OA 4DQFA 5ENKA 2OHSA 5P3MA 2I4XA 3D20A 3RTMA 1HTRB 3I8WA 2QU2A 1FEJC 4APRE 1G6LA 1PPLE 2QI0A 3KN0A 4HDBA 1FMUA 3PSUA 5P3LA 4LXKA 2WF3A 5P3PA 3GI5A 4Y38A 1T3RA 2ZE1A 5P8FA 4L7HA 3OAGA 5P59A 5P7CA 3IXOA 1A94A 4I0EA 1F34A 1META 3EKQA 4F75A 3KFNA 3GW5A 1SDTA 5P7IA 4BFBA 2B8LA 1HRNA 5HVPA 6APRE 3VV8A 1G0VA 5OZQA 5ISKA 4Y3WA 1NH0A 4B05A 5HDZA 5P0PA 1W5YA 4MC9A 5DR8A 1K6PA 2QD6A 5P8JA 2B60A 3K5FA 2QMPA 3T3CA 5P8TA 5P6YA 5P6OA 2I4WA 5P38A 5P0BA 1KZKA 3CYXA 5P7MA 1FQ7A 4D83A 3D1YA 3S8IA 4IVTA 3VFAA 5P56A 2I0DA 3VV7A 3WSJA 2AQUA 3CIDA 5P5JA 1RL8A 4EXHA 1DMPA 3OXXA 3PSYA 4DV9A 4ZSQA 3SACA 5P5XA 5P53A 5P82A 2NTRA 4RYGA 4JPEA 5P00A 4ACXA 1IZDA 1MT8A 3NDWA 1JLDA 3QVIA 4FM6A 4H1EA 2I4QA 5P1RA 4JOOA 3IN3A 4NJSA 1EBWA 2ZDZA 2F3KA 2QZWA 5P0OA 3IVHA 1HSIA 2V12C 4Y5MA 1XL5A 1AVFA 4Y4GA 4YDFA 3UDPA 5P80A 3K4VC 1SP5A 1ZPKA 3T7PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N00 A;  4ZE6 A;  5P11 A;  2OHR A;  2HM1 A;  3SA4 A;  5P26 A;  5COP A;  5P8S A;  4GJ8 A;  3BGC A;  5P33 A;  3URI A;  5P4E A;  5P48 A;  3SM1 A;  2WED A;  5P0X A;  4RCF A;  4DJX A;  3IAW A;  2G1S A;  4GJB A;  1B6J A;  2IS0 A;  4PEP A;  5P40 A;  4EWO A;  5P6V A;  5P2X A;  4K4R A;  5P02 A;  2QK5 A;  3ZKM A;  5JOD A;  4Y48 A;  1TSU A;  5P4J A;  2MIP A;  5HE5 A;  2Q64 A;  5P5S A;  3S43 B;  5P77 A;  3N4L A;  1FB7 A;  5P6J A;  2BJU A;  5COK A;  1D4I A;  2OHQ A;  1HVJ A;  3PI0 A;  5AH9 A;  1MEU A;  3TPJ A;  1K1T A;  4FAF A;  4DJV A;  1HVR A;  4Y5B A;  3ZOV A;  2FDD A;  1B5F B;  3OAD B;  1HVC A;  2NXL A;  2O4S A;  2QD7 A;  3PJ6 A;  4YOB A;  1ZJ7 A;  4FS4 A;  3EKP A;  3OK9 A;  3LZY A;  1CZI E;  2QMF A;  5P29 A;  1PSA A;  4RRN A;  1ZPA A;  1D4Y A;  5KOS A;  3UCB A;  1TQF A;  1GNN A;  3GI4 A;  5P5Q A;  2VIZ A;  4Y57 A;  1TCX A;  5P45 A;  5KOQ A;  1SBG A;  3VYF A;  2PMA A;  3LIQ A;  4Y5G A;  1ODW A;  5OYU A;  3GGA A;  5P2K A;  4GJ5 A;  5P2A A;  3CYW A;  5P2O A;  1HEG E;  2NR6 A;  5P0I A;  5P5B A;  5P1X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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