1XL5A

Hiv-1 protease in complex with amidhyroxysulfone
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An Old Target Revisited: Two New Privileged Skeletons and an Unexpected Binding Mode For HIV-Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xl5A00
1K1UA 5T4SA 2NXDA 4YCTA 5P0YA 1NPAA 5P1LA 3TPLA 4Z22A 2FMBA 3TKGA 4Y5PA 1GNMA 4CKUA 5P7OA 1B6JA 2OHQA 1LYAA 3UQRA 5P4KA 2NR6A 4L1AA 1T7KA 3PMYA 2P3DA 4R8YA 5P8FA 1QS8A 2H6SA 4Y50A 5P4SA 3D3TA 5P30A 4D85A 3OGPA 4Y5BA 2SAMA 1M0BA 4PZXA 3NUOA 2G20A 3R0YA 2VS2A 5P7GA 4ZPGA 5P7VA 5P2BA 1MT9A 4QJ6A 1IIQA 3RU1A 3O9EA 3GGVA 4A6CA 4GJ5A 1HVIA 3KT2A 3D1ZA 5P7FA 1XN3A 3Q3TA 4RCDA 2QI1A 3SA9A 1B5FB 4KB9A 5OZEA 5HU1A 1IZIA 4Y4TA 3WB5A 1IZEA 2FNSA 2AOCA 4I10A 5P1VA 2QI3A 5P3ZA 2QZXA 4ER2E 1HRNA 2R3WA 3QP0A 4J17A 1K6CA 1D4LA 3QBHA 5P1OA 4AUCA 2FDDA 5P2JA 2XFKA 3HW1A 1SDVA 3O9BA 3EM4A 2F81A 4B1EA 1HEGE 5P0RA 3O9CA 5P8JA 4YE3A 3K5GA 4MC2A 2HS2A 1OEXA 5HU0A 1ZTZA 1BV7A 4D83A 2OAHA 4Y36A 3OK9A 4YD7A 5P31A 1EPME 3UCBA 5P2WA 1FIVA 5OZGA 3Q6YA 3CKTA 1G35A 2P3CA 5P2NA 4NJVA 3OQKA 3EC0A 5P0JA 5P1DA 1GNNA 3LIXA 1BVGA 2AZ8A 1Q9PA 5P1BA 2H6TA 3NU4A 4NPTA 3TLHA 3I8WA 3GW5A 4BFDA 1EAGA 4FSLA 1EEDP 2JJIA 3CKRA 1QBSA 3UTLA 4DJUA 4ZEAA 3KFPA 3LHGA 4H3GA 3INHA 5OZ3A 5EZXA 2ANLA 5P5JA 1FKNA 3L5FA 4EP2A 2QI0A 3L5DA 5P6MA 5P35A 3IN4A 3GGUA 1NSOA 4CPQA 1FQ5A 3VSXA 3SA8A 3AIDA 1K6VA 3OXCA 4PYVA 5P7NA 3WB4A 3UQWA 3R2FA 5P0HA 3G70A 3TOFA 3ZLQA 3DUYA 1NPWA 3KFRA 3VF5A 2QD8A 1AXAA 2ZHRA 3VEUA 4R93A 3IXJA 3SA6A 3OAGA 5P01A 5P8MA 3UDHA 4K4PA 4Q1NA 5P0EA 5P4IA 1B6LA 5P00A 4DH6A 5KR2A 4FAFA 2I4DA 5P2GA 5P7SA 2F3KA 1JLDA 3NU3A 1LF4A 4OD9A 4YD5A 1D4YA 2JXRA 4FL8A 8HVPA 2QK5A 3LPJA 5P1JA 5OZ6A 4Y5CA 1HXBA 3UQUA 2OHSA 1ZBGA 4M8YA 5P7LA 5P4OA 5KR8A 3VYEA 3ZMGA 4J0VA 1EC1A 3UFNA 2VA6A 3BUGA 1KJGA 2NMZA 1U8GA 1KJ7A 5P6LA 4Y56A 3VSWA 2QMPA 5P1UA 5P7QA 4L7GA 4ACXA 5P5GA 1AAQA 5P34A 5IS4A 2JE4A 2I4XA 5OZ1A 3B7VA 4YA8A 5DR0A 5P8BA 3L59A 5P2DA 2VIZA 5OZTA 5OZXA 3QAAA 5P1CA 4GJ6A 5P5QA 1HVHA 2QI5A 5I3VA 1XE6A 3PBZA 3QRVA 4Y3EA 3PMUA 3HAUA 4Y4ZA 3WZ7A 3BXRA 5P38A 4FAEA 3L38A 1OD1A 5P0BA 1FFFC 3OUAA 2AOGA 2R8NA 1DMPA 3CMSA 5AH7A 2G21A 4CMSA 1FMUA 4H3JA 1J71A 2QHCA 4DQEA 5P7EA 2V00A 4Y5EA 4TRZA 1A8KA 3L5EA 2FNTA 3OUCA 3VFBA 1B6KA 1ER8E 5P27A 1MRWA 5P69A 4Y57A 5P6TA 3HLOA 1D4HA 4EPJA 5P4AA 3OADB 2AZ9A 4Y4WA 5P5YA 4K8SA 4RGHA 2WJOA 5P5EA 4FIVA 3UDJA 1MTRA 5P8KA 3OQAA 5P8VA 3AUPA 1GVUA 5HCOA 4ZIPA 4Y4GA 5P1SA 5P3GA 4XX3A 5P8LA 4Y4XA 5P0TA 9HVPA 4MC1A 1DW6C 1MSMA 5OYZA 3OGQA 1APVE 1QDMA 4OBDA 2UY0A 4I0GA 3TPRA 3NDUA 2VNNA 5P73A 2Q5KA 2Q55A 2NPHA 3QIHA 4NJUA 2V16C 2J9JB 5OZHA 3EMYA 4QGIA 1FGCC 3T3CA 2FS4A 1ME6A 2JJJA 5OZLA 2Z4OA 5HTZA 3APRE 3K1WA 4ZPFA 5P7RA 4OC6B 3ZKIA 1BWAA 1YTIA 4FM7A 3VYFA 5OZSA 4Y3ZA 3ZKMA 3SAAA 2HIZA 1A8GA 3CKPA 5P5IA 1UPJA 4LP9A 4FE6A 5P4MA 2ZJHA 5DGWA 1MIQA 2IKUA 5P2LA 2UXZA 2ER7E 2CEMA 1D4KA 5P5KA 1B11A 2V12C 5P8PA 4B0QA 5B18A 1MESA 3JVYA 3O9LB 1B5FA 2BJUA 1ZAPA 3KN0A 3NDXA 1SGUA 3UFLA 2WF2A 3HBOA 4Y5AA 5P2EA 1BDQA 5P7PA 3QI1A 5P79A 3LIZA 1ZSRA 3EL4A 1HVJA 1HBVA 3DM6A 4Y3JA 2QMFA 1MSNA 3QPJA 5P47A 1SGZA 1K2CA 4RVIA 4NJTA 4FRJA 5DR3A 5P6UA 5P3XA 4IVSA 5OZCA 4DJWA 5P66A 3HVGA 2P4JA 5P24A 5P0MA 5P10A 2CENA 5P0GA 2QU2A 5KQYA 4Q1WA 1HVRA 2BKSA 4J1EA 5JFPA 2VA7A 3L5BA 5COOA 1C70A 4Q1YA 2B8VA 4RLDA 5P3SA 5P85A 1M43A 2APRA 4TVHA 2QI7A 3LZYA 1MRXA 5P7AA 5P4RA 5OZQA 5P4VA 3IVIA 5P39A 4Y37A 3NDTA 3OUDB 2I4UA 3BXSA 5P4UA 2AOFA 5P16A 5P3RA 1T6GA 1ZP8A 5OZIA 3PCWA 1SIPA 4GJCA 4FS4A 5P7BA 1NPVA 4LAPA 4I1CA 3RTNA 5P5OA 4Y3PA 4WY1A 5P6IA 5P40A 3OWNA 2G1OA 2I0DA 5AH6A 3NSHA 2HB3A 5P6VA 4Q1XA 5APRE 3SM2A 5P57A 5DR4A 1BAIA 3SACA 2P8HA 1ZSFA 5I3WA 5P0VA 2IGXA 4KE1A 4B78A 3SLZA 3OHHA 4Y41A 1PFZA 3OU4B 7UPJA 5OYTA 4Y3RA 5KOQA 5P2RA 1K2BA 5P7IA 4ZLSA 5OYUA 4ER1E 1RL8A 3T11A 4OBFA 1ODWA 5ISKA 5P17A 1ODYA 3ZPUA 5P4PA 2AVQA 3R4BA 5P65A 5P82A 2R9BA 5OZVA 2HPEA 3BGCA 5P6OA 2G27A 5P1FA 5P1RA 5C9DA 4Y54A 2P3BB 5HE7A 5KQZA 3S85A 2NMYA 1HVKA 4EYRA 2VIYA 4GJAA 5P55A 1ZLFA 2QNNA 5P1XA 5P7HA 3VLAA 4PPHA 5OZ7A 1AZ5A 2WEBA 4B77A 4GYEA 4ER4E 3PWRA 2HB4A 4OBKA 5C9BA 4HDPA 5P59A 5P5UA 3VCMA 3N4LA 5P0UA 1XN2A 2FXEA 1HVCA 5P2MA 1YTHA 5DR7A 4XX4A 1LS5A 2ER6E 1WBMA 5P71A 2VA5A 2VKMA 1HIVA 3L3AA 2Q11A 2G24A 4DPIA 2BPWA 3UDMA 5E5JA 3TL9A 5I70A 3U6AA 1VIJA 2PK5A 3SA7A 5IVSA 3N3IA 5AHBA 4Y3YA 5P25A 1EPRE 5DQCA 5P6WA 2OHKA 2BB9A 3FNSA 1EBZA 3CICA 1GVWA 2BBBA 1T7IA 4IVTA 5OZ4A 1W50A 1G0VA 1AVFA 3S45A 2V13A 5P5VA 2FLEA 3LPIA 5P4DA 5P45A 5P5CA 5P3UA 2NXMA 5P76A 5P2FA 2XYFA 5P0NA 2ZJMA 4Y3QA 3FKTA 3UQXA 5P8HA 1LF3A 2VIEA 3MSKA 5P37A 1ODXA 5P84A 5P0IA 4J1KA 5P6DA 2PWCA 3R1GB 5AHAA 3LZVA 3D1YA 5OZDA 4R92A 4AA9A 4I0EA 5KR1A 4Y3GA 5P2OA 2WHHA 4EXHA 2BPXA 5P2TA 1RQ9A 1META 1VIKA 3JW2A 3MWSA 3TPPA 3DV5A 1XL2A 5P63A 1BVEA 5F01A 3S54A 2WEAA 2PC0A 4I0HA 5P1NA 3MXDA 2OHTA 3S43B 5P14A 3SA3A 3KYRA 4I8WA 4Y3LA 4EHCA 1ZPKA 1BIMA 1LF2A 3VF7A 1IVPA 3EBZA 4OBJA 2QD7A 4YHQA 2MIPA 2AVSA 3EM6A 3BUHA 5P3NA 3VLBA 3SKFA 4Q5MA 4EQJA 3LPKA 4Y45A 3NWXA 3DV1A 3EL1A 1YM4A 2FIVA 4J1HA 1EPOE 2A4FA 3UPJA 5P7WA 5COPA 1SDUA 4LXAA 1MTBA 3G72A 5P6AA 5P3PA 1QBUA 5P5WA 5CONA 5P1TA 3QRMA 3ZL7A 3IVHA 4Y5GA 1FEJC 3Q5HA 4Y5NA 2QHZA 5P4JA 5P2ZA 3EL0A 1HVSA 1PSAA 4FSEA 4NJSA 3VUCA 5DQ5A 3O9LA 3S7LA 2FGUA 4LXKA 5P03A 4FM6A 3PVKA 3PJ6A 2IKOA 5P83A 4L6BA 3F9QA 3I25A 3OTYA 5P5RA 5P8UA 3BUFA 2JYSA 4K4RA 4EJDA 3DCRA 1HPXA 5P18A 5DQ1A 5PEPA 4FRSA 5OZRA 2ZJNA 5P3WA 3CIDA 3L58A 3SABA 4PHVA 2J9KA 3ZKGA 3NUJA 2QU3A 1FB7A 1E82E 5IVTA 4Z2ZA 5P53A 1E5OE 2QMDA 1AM5A 4RZ1A 2O4LA 3GI6A 1A9MA 5P7JA 3UDKA 3PSGA 3T7PA 2G1NA 1BXOA 5C9FA 2G94A 5OZ2A 3O9GA 2IGYA 5P1WA 3OUDA 3L5CA 5OZAA 4EXGA 4Y3MA 1QBTA 5P3MA 5P2KA 3OU1B 3IAWA 3NXEA 1FMBA 3MSJA 4DJOA 2ER0E 4DUSA 1TZSA 2R5PA 5P3KA 3Q70A 4GJDA 5P1GA 5P1IA 1FQ4A 5P3VA 5P26A 4Y4JA 3LIVA 4A6BA 3R0WA 2BPVA 4B1CA 4L1AB 2WF3A 2Q15A 1W5XA 1FG6C 2OF0A 1Z8CA 5P3IA 5P1HA 4Y4UA 5P3JA 1A30A 2B7FA 3KFSA 4CPRA 3PGIA 3M9FA 1Z1RA 1HTGA 1EPPE 4Y4AA 5FIVA 5P7UA 5P8RA 1W51A 2ZHUA 2XFJA 3UQPA 1HSHA 5DQ4A 2VIJA 2QI6A 3K5DA 3QBFA 1FG8C 3EL9A 3UHLA 4RRNA 2O40A 4ZSQA 5P6XA 2QI4A 1T7JA 3URIA 4DJPA 1MT7A 5P7MA 3DJKA 1D4JA 3K4VA 2QNPA 5P4WA 4XXSA 3KMYA 5P2AA 5P61A 3OY4A 5KAOA 5HDVA 4JP9A 1MUIA 2WF0A 3UDNA 5BWYA 5P50A 5P3OA 4YOAA 5F00A 4KUPA 4QLHA 4F74A 4CPSA 3VV7A 5P0DA 1CMSA 5KQXA 2WF4A 1MERA 2XYEA 5HE5A 3EL5A 4YD6A 5P22A 5P51A 3VV6A 5P1QA 5P5LA 3ZPSA 5HE4A 1CZIE 4HA5A 2AOHA 2WKZA 5DR8A 5P6YA 1FQ6A 5P15A 1KZKA 2QP8A 1PPLE 4Y4BA 2AODA 4BFBA 5ISJA 2RKFA 5BRYA 2V0ZC 3CYWA 2OHUA 2PYNA 1FLHA 5AH8A 2G1RA 3FIVA 5P05A 1FF0C 3C9XA 3MXEA 3SFCA 4ZSPA 3NU6A 3EKVA 5P46A 1SP5A 1W5WA 4GZFA 5P3BA 3KDBA 5P13A 3LZSA 3RTHA 1C6ZA 3LINA 3TTPA 3UDRA 4WY6A 1XS7D 4GJ8A 5P12A 5P1KA 4AMTA 4Y38A 3WZ6A 3GGAA 4GMIA 1YM2A 4Y5KA 1QRPE 5IVRA 1AJXA 1PSNA 3KM4A 3EKXA 4CPWA 4HVPA 5P6ZA 5OYQA 1SIVA 1LEEA 4TRYA 5P1YA 3ZKSA 5P8IA 2R38A 2BQVA 5P32A 3VFAA 5KR0A 4JOOA 5I3YA 1HIHA 1RPIA 4LXMA 1DIFA 1EBKC 2O4SA 4D88A 5P5ZA 5P04A 4OBZB 5P2UA 5P3LA 1EPLE 3A2OA 4Y3DA 3QN8A 4JECA 2BKTA 2ZE1A 3PRSA 1EBWA 2ER9E 2FXDA 1BXQA 3FNTA 4L7HA 4YCKA 2G22A 3NR6A 1FMXA 1HSIA 3S43A 2UPJA 4I0DA 3OU3A 2WECA 1EPNE 5P4HA 5P2CA 5P75A 5P5XA 4ZPEA 5OYYA 5P0ZA 5UPJA 2AVVA 4U7VA 5P48A 3OOZA 5OZKA 1E81E 4DQCA 4FM8A 5SY3A 3WZ8A 5P0OA 4GB2A 5IE1A 3I2LA 5P5DA 4YDFA 4NKKA 1HTRB 3T7XA 4I11A 2WEZA 3PSYA 3ZKQA 1PROA 5ENMA 2G1SA 5P6EA 3S56A 3S7MA 5P1AA 5I3XA 4F73A 1HPOA 5OZUA 4J0TA 2OHNA 5E5KA 3KMXA 5AHCA 3KFNA 1SDTA 4HLAA 4I0IA 4Y39A 2VJ6A 5OZPA 3NU5A 2V10C 1IVQA 4XKXA 4BEKA 3GI4A 4Y9WA 5SY2A 6APRE 3TH9A 1T6EX 3EKWA 5HVPA 7HVPA 2RENA 2FDEA 3EKQA 4Y35A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K1U A;  5T4S A;  2NXD A;  4YCT A;  5P0Y A;  1NPA A;  5P1L A;  3TPL A;  4Z22 A;  2FMB A;  3TKG A;  4Y5P A;  1GNM A;  4CKU A;  5P7O A;  1B6J A;  2OHQ A;  1LYA A;  3UQR A;  5P4K A;  2NR6 A;  4L1A A;  1T7K A;  3PMY A;  2P3D A;  4R8Y A;  5P8F A;  1QS8 A;  2H6S A;  4Y50 A;  5P4S A;  3D3T A;  5P30 A;  4D85 A;  3OGP A;  4Y5B A;  2SAM A;  1M0B A;  4PZX A;  3NUO A;  2G20 A;  3R0Y A;  2VS2 A;  5P7G A;  4ZPG A;  5P7V A;  5P2B A;  1MT9 A;  4QJ6 A;  1IIQ A;  3RU1 A;  3O9E A;  3GGV A;  4A6C A;  4GJ5 A;  1HVI A;  3KT2 A;  3D1Z A;  5P7F A;  1XN3 A;  3Q3T A;  4RCD A;  2QI1 A;  3SA9 A;  1B5F B;  4KB9 A;  5OZE A;  5HU1 A;  1IZI A;  4Y4T A;  3WB5 A;  1IZE A;  2FNS A;  2AOC A;  4I10 A;  5P1V A;  2QI3 A;  5P3Z A;  2QZX A;  4ER2 E;  1HRN A;  2R3W A;  3QP0 A;  4J17 A;  1K6C A;  1D4L A;  3QBH A;  5P1O A;  4AUC A;  2FDD A;  5P2J A;  2XFK A;  3HW1 A;  1SDV A;  3O9B A;  3EM4 A;  2F81 A;  4B1E A;  1HEG E;  5P0R A;  3O9C A;  5P8J A;  4YE3 A;  3K5G A;  4MC2 A;  2HS2 A;  1OEX A;  5HU0 A;  1ZTZ A;  1BV7 A;  4D83 A;  2OAH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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