1YM2A

Crystal structure of human beta secretase complexed with nvp-aur200
Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H1 (-1-2)TII1 (2-5)O1 (91-93)S1 (6-9)S2 (13-20)TI1 (9-12)EMPTYS8 (117-120)TI3 (32-35)TIV6 (155-170)TIV13 (327-330)S3 (25-32)TI5 (57-60)3H2 (54-56)3H4 (217-221)S4 (38-41)3H3 (124-126)TIV5 (128-131)S7 (94-106)TI4 (45-48)S6 (75-86)S5 (61-70)TIV4 (105-108)TIV3 (87-90)AH1 (136-143)TII2 (110-113)TVIa1 (127-130)S11 (184-192)TI6 (130-133)AH3 (335-339)O2 (147-149)S9 (150-155)S22 (331-333)O5 (155-359)S10 (171-176)3H6 (277-279)TI7 (180-183)S25 (369-375)S13 (211-212)TVIII3 (193-196)TI12 (363-366)S12 (203-208)TIV8 (196-199)O3 (275-277)TII5 (271-274)TIV9 (207-210)S20 (318-322)TVIa2 (221-224)S14 (225-227)TIV11 (311-314)3H5 (261-263)AH2 (238-252)TII4 (258-261)3H7 (302-304)S16 (268-270)S24 (351-357)S18 (294-300)TII6 (291-294)S23 (341-346)S17 (283-288)TI11 (357-360)S21 (324-327)3H8 (347-349)TIV1 (21-24)TIV2 (48-51)TI9 (228-231)S15 (234-237)TI10 (252-255)TVIII1 (71-74)O6 (217-382)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Structure-based design, synthesis, and memapsin 2 (BACE) inhibitory activity of carbocyclic and heterocyclic peptidomimetics
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 98
structure length 376
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym2A02
2FGVA 4Y41A 5P31A 5P4SA 5P74A 3PWMA 1EPME 3OK9A 2NXDA 4FM7A 1APWE 3HAWA 4YCTA 1SDTA 2B8LA 5P7HA 3VUCA 4EJKA 4RYCA 5FIVA 5HDXA 3IA9A 4Y4BA 4FM6A 5P7LA 3SM1A 3GGXA 4CPSA 5C9FA 5P72A 3O9HA 1B6PA 3K5FA 3SACA 4TRWA 5P2IA 3VF7A 3LITA 3NDUA 3SFCA 5DR8A 5HDVA 4FSEA 4K4QA 5P2TA 3UDQA 4DPFA 4B72A 2G69A 5P4UA 2AOEA 3OOTA 5P57A 1HIVA 3L59A 5P40A 2PYNA 4DQCA 1APTE 4Z4XA 5P6FA 2WHHA 5P3EA 5P5NA 5P3DA 3SKGA 2Q11A 2XFJA 4J55A 4U7QA 5OZRA 2CEMA 3UQWA 2ER7E 1APVE 5P7DA 1K6TA 5P1UA 3VYEA 3WZ8A 3O9CA 5P0SA 1D4JA 3SM2A 5JODA 2Q63A 1EAGA 3I8WA 5OZ3A 2BPXA 2G21A 3O9DA 3FNTA 5HTZA 5C9DA 5PEPA 4ER2E 1HVKA 2B8VA 1BV7A 4Q1YA 5P33A 2AOFA 5P7BA 5P0FA 5P15A 1HIIA 5I70A 2NTRA 5OZGA 4Y3WA 1IVQA 3PI0A 4DJPA 4RGHA 2A4FA 4B0QA 2OF0A 3NUOA 4Y6MA 3O99A 3KA2A 4Y3LA 1K6PA 2G1SA 1NPAA 4I0DA 5P6IA 3B7VA 3INDA 5P0BA 5P82A 2QI6A 4F73A 3EL1A 1HVLA 1Z1RA 2P3CA 4OBJA 2BKTA 2QK5A 3I6OA 4I8WA 3VFAA 1XL5A 2ZHTA 2PSGA 4J1EA 1C6XA 5P8BA 2B7FA 1W5VA 3RVIA 3T6IA 8HVPA 3TLHA 1SGUA 3EBZA 5DQCA 3OUDA 1RPIA 1N49A 5P0XA 2APRA 3QRMA 4RLDA 2WF1A 4NJUA 4FAFA 1FB7A 2I0AA 4RRNA 4B1DA 3NU6A 5P1FA 3OTSA 2QNNA 2EWYA 3BVBA 5P2LA 5P62A 4AMTA 1D4LA 1HTRB 2F81A 1MEUA 4F74A 5P3VA 2BPWA 2V10C 1QBRA 1MSMA 5P0GA 5P2UA 3LZSA 1EC0A 4Y3AA 1T7JA 1BXOA 3UQPA 4QJ9A 3N4LA 5P8RA 3KDCA 3S2OA 5P4MA 5KR1A 4Z2ZA 5P69A 5P48A 1W50A 1BWAA 1WBMA 3DCKA 5P6AA 1HBVA 1HVIA 5P20A 2AVMA 3LHGA 1SIVA 5P5WA 3VG1A 4LP9A 5P3LA 2JJIA 3HD8A 4OBZB 5OZAA 4CPXA 5P3CA 4B05A 5P58A 1ODYA 3O9IA 2V13A 3VV6A 3F9QA 1EPNE 4M8YA 4L1AA 4J0ZA 2NNPA 5P7GA 5OYRA 4DJOA 2V11C 1SBGA 5P1VA 4Y5EA 1PPLE 1ZSFA 3S7MA 3VFBA 5KQZA 5P6MA 4ZE6A 1PROA 3KDDA 5I3VA 1YTIA 1BDLA 1HVJA 2QD7A 5B18A 3FSMA 4I0EA 5HVPA 4GJDA 1LF3A 3BXRA 1BDRA 2WF2A 3SA8A 2G1YA 4JOOA 4FIVA 1Z8CA 9HVPA 4Y43A 5P1LA 3WB4A 1BILA 4Y4XA 1HPXA 1NPVA 5AHCA 3BXSA 5P3RA 5E5JA 4FRSA 5OZNA 3ER3E 4L7GA 4Y3MA 5P13A 5OYYA 3FNSA 4YD5A 5P7CA 1F7AA 5P80A 5P7UA 2J9JB 5P0CA 1BXQA 4J1HA 5P3NA 3S43B 3JVYA 5P6KA 2Z54A 5HU0A 2VJ7A 3PJ6A 4I8ZA 1MTBA 2ER9E 1G35A 3OUAA 3PWRA 2UY0A 5P5RA 1FQ7A 1BDQA 4MC2A 1GVWA 4OBZA 5P7XA 1OD1A 1B6KA 4ZSQA 5P3UA 5P6QA 5P8EA 5OZYA 3L5FA 1OEWA 3QIHA 4K8SA 4ZPGA 2OHUA 5P8KA 4EWOA 4YBFA 4Z50A 1DP5A 5KOQA 5J25A 3QBFA 1KJGA 4Y36A 3CKPA 1BIMA 5AH7A 1MRXA 5P68A 5P10A 5P41A 5IE1A 3OQ7A 4YCYA 5P0EA 3NWXA 3UDPA 1BVGA 3N3IA 4D89A 1HSIA 1IZDA 5P1DA 5P8MA 4M8XA 3ZLQA 4Y5MA 5P2VA 3IXOA 2O4SA 2VIYA 3OGPA 4HLAA 4OBGA 4RVIA 5P3KA 5P7QA 4OBHA 5OZ1A 3SA7A 4GJBA 4RZ1A 5P5XA 5P1XA 4ACUA 2HS1A 4DPIA 2H6SA 1G6LA 3BRAA 5P73A 4Y45A 5OZ2A 3ECGA 2FNTA 4Y3TA 4I0ZA 4CPUA 2QI5A 4DQBA 4Y3EA 3S43A 4PHVA 5JFPA 3PMYA 3H0BA 5IVRA 1GNNA 4GJAA 1QS8A 4OD9A 1YT9A 2R8NA 4Y4GA 1LZQA 2QHYA 3CYXA 5P4CA 2I4DA 4NJVA 3OY4A 2IEOA 1KJHA 4RCEA 2IGYA 2ZHSA 1HPSA 5P3IA 5P6YA 2QU3A 4I0JA 1RQ9A 3DV1A 3GI4A 5OYQA 4DQFA 5P6RA 5OZBA 3VYFA 2XYFA 1K1TA 2FDDA 4Y5LA 2AOGA 3VV8A 5P4KA 1IIQA 4LXMA 5P6LA 1CZIE 4I0HA 1HXWA 2HB4A 4BFBA 1RV7A 3IAWA 3T7PA 2QI0A 3HLOA 1FLHA 2XFKA 3PI5A 5OYSA 2AVSA 5P4TA 4Y5AA 4BELA 3UDJA 4I0IA 2G94A 5HDZA 2NXLA 1MT9A 3FNUA 5P7YA 4GJ9A 3LINA 4LL3A 2NXMA 4FAEA 4FL8A 4J0TA 2IS0A 5P4PA 1LYAB 2PWCA 4DJUA 5P75A 2SAMA 3EL9A 5P2JA 3O9LB 5P4EA 2HB3A 5P1IA 5P2EA 5OYZA 4EXGA 2AZBA 3ZPTA 5P5KA 1K6CA 1W5XA 5OZMA 5P5EA 4Y3DA 1LEEA 4R92A 5EZZA 3VLBA 4ZSRA 5P7EA 5P2GA 5OZ5A 5P2WA 3D91A 3NUJA 5P8HA 5P5OA 4IVTA 5OZUA 2F80A 4ZEAA 5P5BA 1ME6A 1T7IA 5P3FA 5OZSA 4U8WA 4OBFA 1AJXA 4TVHA 4UPJA 3SA4A 5P2YA 4ZIPA 4YBIA 5P76A 2OAHA 5DR3A 1TQFA 2BQVA 3K5CA 4I10A 1OHRA 4GJ6A 1FQ5A 1LF4A 3L5EA 3DCRA 3EM6A 3Q70A 2QI4A 2QMFA 5P1PA 5P3XA 3SA9A 1XL2A 2QI3A 3FIVA 3PWWA 1Q9PA 5P2MA 3TNEA 3OQAA 3R4BA 1TZSA 3PSUA 5KQYA 4Y57A 5P1OA 1FG6C 4Y35A 1NH0A 3VYDA 3Q5HA 5P4QA 3O9LA 4S1GA 1ZPAA 3O9GA 3TOFA 2QI7A 1IBQA 5P2KA 5OZHA 1GVTA 5P3PA 3WZ7A 3TKGA 4Y54A 4MC1A 2VIJA 5DGUA 3ZPUA 1LS5A 4LAPA 2CEJA 2WJOA 5OZVA 1ZAPA 4MC9A 4AZYA 3L5BA 4Y48A 4L6BA 3EL5A 5P3JA 1UH8A 2PSUA 3LZYA 2FXEA 2WECA 3KYRA 4GJ8A 5OZ4A 3CMSA 2UPJA 5KAOA 4RRSA 3EM3A 3IXJA 5SY2A 2B42A 2NMZA 5P3HA 4R95A 1KJ7A 2HPFA 2P8HA 5P8VA 1XE5A 3OXWA 5P4HA 2AZ8A 1YM4A 3INEA 1U8GA 3R1GB 5P05A 1EC1A 4EQ0A 4FRKA 4Y56A 3S85A 5P38A 3ZKQA 3BUFA 4IVSA 5P2XA 2B7ZA 1FIVA 5P7MA 5P5FA 5P6JA 4AUCA 1LYWB 3UFLA 2IENA 5AGZA 3ER5E 4YCKA 3OGQA 2ER6E 2WF4A 2VA7A 5P5GA 4YE3A 2FDPA 4PYVA 5P70A 3RSVA 2QP8A 3QI1A 2F3FA 5P6CA 4ZPFA 1T7KA 1UPJA 5P2FA 2WF3A 3UDKA 5P8OA 3URJA 3L3AA 5P1ZA 5ER2E 1BWBA 4CKUA 3LPKA 4FSLA 4GB2A 3SLZA 3G72A 4DQHA 3UDNA 4DQEA 1TSQA 3OAGB 2WEZA 3OUBA 2O4PA 5P7IA 1B6JA 1M0BA 1ZLFA 3LZUA 3MSJA 2FS4A 1FQ4A 1GNOA 5P3ZA 4J17A 1BBSA 4EP2A 5P0HA 4A4QA 5P7TA 2G22A 5P4JA 3T7QA 3MXEA 4H3FA 3UFNA 2HIZA 4CPQA 2PH8A 4J0VA 2HAHA 1SMRA 1W6HA 3B80A 3NLSA 3MSKA 5P77A 5BWYA 4F75A 3PMUA 5P1SA 1UH7A 3OU1B 5CLMA 2WF0A 5OZWA 2BB9A 2AVOA 4KE1A 4RVXA 5P1QA 3BGBA 2OHPA 5OZXA 5P53A 3TH9A 5IS4A 2IKUA 3OTYA 5P8CA 5P8UA 1W5WA 2UXZA 3KMXA 2Q54A 4Y4ZA 1LYWA 1ZP8A 2WEDA 2IKOA 3LIYA 4YA8A 3KFNA 5P6GA 4PEPA 3GGVA 1VIKA 5P81A 2HPEA 5P3BA 1CPIA 1NPWA 3BC4A 3K1WA 1EPLE 3S54A 4Y3YA 1PSNA 3OXXA 1MIQA 1ZBGA 4FGXA 1D4SA 1J71A 1ER8E 3SABA 4ER1E 3BGCA 4DJYA 5P3AA 3OAGA 1YX9A 1YTJA 4R5NA 3OOZA 4R8YA 4F76A 4RCFA 1NSOA 1UH9A 2G26A 3R2FA 1TCXA 3KFPA 5DR7A 3RTMA 3PM4A 2I4VA 5P7WA 1Z1HA 1PPME 2VA5A 3C9XA 4L7JA 1T6GA 3ST5A 1K1UA 5P3TA 2ANLA 1E82E 3OU1A 5P16A 1TCWA 2QHCA 2QNPA 3Q6YA 4J1FA 3S56A 1HTFA 5P65A 1MTRA 2ZHVA 5P7VA 4APRE 1E80E 5P5VA 5P3GA 5TOLA 3OU4B 5P52A 3BUHA 3UHLA 5P08A 4KB9A 3EKQA 2QMGA 4EYRA 5P59A 5P5JA 5P36A 5KQFA 5P5MA 4PPHA 4ZPEA 2IDWA 3PCWA 2A1EA 3EXOA 5P25A 1XN2A 3GI6A 5OZ6A 5P8IA 5SXNA 3T11A 4FE6A 1FMXA 4B00A 1FMUA 1A94A 1TSUA 1GVUA 3HDKA 1G0VA 1B6LA 3EMYA 3ZKGA 4Y47A 3I2LA 2J9KA 5P4OA 4HDPA 5F01A 5P12A 1HVCA 3NDTA 5CONA 2NR6A 4NJTA 4XXSA 3A2OA 5P5UA 3TTPA 3K5GA 5OYWA 5P2AA 4DJQA 3PLLA 4Y3NA 4NPUA 5P6SA 4Y3PA 3CKRA 5P23A 5OZQA 5P4DA 5P0IA 3EM4A 4QJ8A 2ZJKA 5P6ZA 5BRYA 1MSNA 5P5SA 2FGUA 2PWRA 2B60A 5P7FA 3PSGA 2F8GA 5DQ5A 4K4PA 4GZFA 3OXVA 5OZIA 2HM1A 3UDHA 4WY6A 3OU4A 4DJXA 3VCMA 3LZVA 5OZEA 3G70A 4KUPA 2FMBA 1DIFA 2I4UA 4RROA 1K2CA 1W51A 4HE9A 4Y4UA 3I25A 3U7SA 3PB5A 5P88A 1D4KA 5COOA 4QGIA 3EKWA 5P87A 5AH8A 5P27A 1EEDP 5P4YA 1JLDA 2VJ9A 4I0FA 1G2KA 5HCOA 3IVIA 4Y4DA 4ER4E 5P0RA 2QAKA 3DM6A 2FNSA 1SGZA 3O9AA 1FMBA 4U7VA 4B1CA 5I3YA 3INFA 1KJ4A 5P45A 2R3WA 2QI1A 3U6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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