1YM2A

Crystal structure of human beta secretase complexed with nvp-aur200
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-based design, synthesis, and memapsin 2 (BACE) inhibitory activity of carbocyclic and heterocyclic peptidomimetics
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 376
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym2A02
3UFLA 4FGXA 5P6KA 1E5OE 5P69A 3UQRA 1BWAA 3SO9A 5P4WA 3QP0A 5P56A 4Y54A 1HTFA 3LIVA 4AA9A 5P7SA 3ZKNA 5P07A 1MERA 1W5YA 3NDWA 4NJVA 1B6KA 1EPPE 4JOOA 4RCFA 5P0QA 4A6CA 1SGUA 1EBWA 2AVQA 1LF4A 4Y3QA 5P8HA 4NJSA 2IDWA 5P8FA 4Y3ZA 1HPSA 1D4KA 2BQVA 2RKGA 2Q5KA 2SAMA 3UDMA 2NPHA 5J25A 1TCWA 3SA9A 4Y5GA 5I70A 3VF3A 5P25A 4RZ1A 3KMXA 4X7IA 1FQ8A 4EP3A 3VFBA 2IGXA 4BELA 3I25A 1KJ7A 2ZHRA 2QD7A 5P46A 1KJFA 4F74A 1AJVA 3D3TA 4FE6A 3TPPA 3S7LA 5KR0A 3I2LA 5P3RA 3ZKGA 4DJOA 3EKXA 2AOJA 2FS4A 3U71A 3D20A 4OC6A 3QAAA 1HEGE 1EC1A 3INEA 2R8NA 1IDAA 5P6OA 4BFDA 1SDTA 4I8ZA 2PH8A 5P3TA 2WF3A 5P5WA 5P0KA 1LYBB 5P17A 2V13A 1HTGA 5P05A 5P2QA 5OZRA 1DIFA 4M8XA 4R8YA 3L59A 3OADA 3GI4A 5P7DA 1E80E 3HDKA 4AA8A 3SA6A 4RLDA 2AOEA 3NWQA 1MRWA 2O40A 1DW6C 3NU6A 5P71A 5BS4A 1WBMA 1XDHA 1PSAA 4ZSRA 3I7EA 3OUCA 5I3XA 3UDRA 5P5IA 3VV8A 4DQGA 1N49A 1LYWB 3VCMA 5P1YA 2PK5A 4K9HA 1MSMA 3K4VC 4Q1WA 1HVRA 3HLOA 4ZPFA 4Q1XA 5P15A 4DV9A 4HDBA 4EWOA 2OHUA 3JVYA 5HU0A 2PSUA 3L5DA 4A4QA 4AZYA 1GVTA 4H3GA 5P2NA 1GKTA 1SH9A 4RYGA 3O9BA 3N3IA 4I0EA 4RGHA 4Q5MA 3TKWA 4DQFA 4LC7A 2IEOA 3QBHA 3BUHA 3WZ8A 4B0QA 3ER5E 3GI6A 4FS4A 2ZYEA 2FNTA 2P8HA 2NR6A 1QBRA 5OZPA 3QIHA 4UPJA 4Y4AA 3VFAA 5P48A 4EXHA 5P32A 5DQCA 4ER1E 5P7WA 3O9CA 3SABA 3QPJA 5P53A 3TOHA 3K1WA 5P6LA 4I8WA 2P4JA 4LXMA 4YE3A 3ZOVA 2B7FA 4FSLA 2IENA 1IZIA 4GJCA 5DGWA 2WJOA 1PPKE 2AQUA 5P79A 5HDUA 3CYWA 4Y5CA 2FDEA 2B8LA 4EHCA 3DV1A 1B6LA 5P7UA 4M8YA 5P4PA 2CEMA 4J1FA 5P85A 4Y5AA 5P11A 4YBFA 3MXDA 5P1HA 1W5XA 5P0AA 4FAFA 4XX3A 4AUCA 2HPFA 3RU1A 5OZDA 4ACXA 5P8GA 2JJJA 5AHCA 2G21A 5P74A 5ER1E 1YM2A 4B77A 5P1PA 4Y39A 3G72A 5F01A 4B70A 1B6MA 4DQCA 4MC9A 3ZL7A 2AZ9A 5P43A 5P86A 4QJ9A 3KT5A 3IXOA 1FQXA 3RSXA 1Z1HA 3VYEA 5IE1A 3APPA 4F76A 2Q55A 5SXNA 4R91A 1Z1RA 2WF2A 5P4FA 2XFIA 4EJKA 5P1KA 1APVE 5P6SA 3BXRA 4LAPA 5AH9A 4OBKA 5OZUA 5P81A 1FEJC 3ZPSA 1BBSA 1C6XA 3RTHA 1ZBGA 1XL5A 5DQ2A 2QI4A 3LZVA 5P3LA 1BV9A 2R38A 3VYFA 5OZ4A 3MSLA 5P4KA 5P33A 3ZKIA 4OD9B 2XFKA 4EJDA 5P61A 2XYEA 3TTPA 3UPJA 2VIZA 2J9KA 3FNTA 2WEDA 3CKPA 5IVRA 1SBGA 3EXOA 5P6BA 5OZ9A 2HB3A 4Y4JA 4IVSA 1AXAA 2BPWA 4D8CA 3UDQA 3VG1A 3S53A 4CPRA 1BDLA 2ZJMA 4OBGA 1EEDP 1PPLE 1TSUA 5P30A 3S56A 3IVIA 3OTYA 4Z2ZA 1EBKC 1YX9A 1AIDA 5DR4A 4PEPA 3D1YA 4FLGA 2PWRA 1SMEA 3O9FA 5OYUA 5P4DA 5P3XA 5P13A 3F9QA 3BUFA 5OZXA 1EPOE 5OYZA 1FG8C 4RCDA 1HXBA 5P1UA 5P3SA 4Y3TA 5P5UA 2NMYA 3LZUA 5P3VA 3PSUA 1ZPAA 3WZ7A 5BRYA 1D4SA 4Y3WA 3ZMGA 5CLMA 4X2LA 1OHRA 2VJ9A 2ANLA 4K8SA 1BXQA 4DJXA 1HVJA 5P4UA 3TL9A 5P20A 4FRKA 5P5AA 3JVWA 3VV6A 1EPQE 5DGUA 1EC2A 5P2MA 1ODYA 2R5PA 5P84A 3D1ZA 3LIQA 4HDPA 3UFNA 3G6ZA 3NDTA 5P2IA 4RVIA 3MSKA 5P1SA 3T7PA 1HTEA 4Y43A 3T11A 4B72A 4ZSPA 1W5WA 3EL5A 3WB4A 4B1CA 4I1CA 5P27A 3R2FA 4HZTA 4D83A 5P0JA 4Y3JA 5P28A 3O9DA 5P0BA 4J1IA 5P3JA 5P5EA 2V16C 1EC3A 3B80A 3PCWA 5OZ1A 4MC1A 2QI1A 3TKGA 6UPJA 4I0GA 5P5LA 2BPZA 3SACA 5P1VA 5P87A 3EKYA 1QDMA 1XS7D 3BRAA 2HS1A 5P7LA 4J0PA 1GVVA 5P2XA 5OZEA 1RL8A 4BEKA 4GJ9A 3UQWA 5P68A 1FIVA 1FLHA 1KJ4A 4DJVA 2VA7A 5P7YA 4NJTA 4YD4A 1IDBA 4NPTA 4GIDA 5P7BA 4AMTA 5CONA 5P8AA 3OUBA 3CKRA 3QROA 3T7QA 5P0LA 5OZBA 2HC0A 4NPUA 4K4PA 3NR6A 5KQFA 5DR1A 4GJAA 1NSOA 4ZSMA 2QU2A 5P10A 2OHTA 4FL8A 5P70A 2HPEA 3AIDA 1XL2A 5P04A 3K5DA 2WF4A 3QRVA 5P3BA 1MT8A 2UPJA 5P2AA 4LP9A 2ZJLA 5P2KA 1XN2A 3NUJA 4RVJA 1FFIC 1ZJ7A 3IVHA 5P4NA 1T3RA 5KQZA 5OZMA 2R5QA 2PH6A 1CPIA 5P76A 4APEA 5OZHA 3OU4B 5P7IA 3UDNA 3L38A 5P8TA 3DUYA 3FNSA 5P8MA 2G1OA 3EM6A 1C70A 3OGPA 2VIEA 3WZ6A 4MC2A 5HVPA 5KAOA 4FAEA 1BAIA 5P1DA 1HIIA 5P3AA 3MXEA 5SY3A 2AOFA 3PEPA 1HWRA 3ZPUA 1B5FA 3O9LA 3L58A 3LHGA 3R0WA 3VEUA 4RCEA 3QRMA 5ISKA 1LYAB 1W6IA 2G27A 5P6GA 5P6WA 1FQ5A 1AJXA 5OZ7A 5P8EA 2AIDA 2HS2A 4J1KA 4R5NA 2IQGA 1LYAA 2PSGA 3HAUA 5HU1A 4Y35A 2ZJKA 4R95A 2QNPA 5KR8A 3O9IA 4H3JA 5P60A 2QI0A 1TZSA 5P8BA 4JECA 4L7JA 5P3ZA 5P82A 5P6AA 2WF0A 4EP2A 2P3DA 3OOZA 2OHPA 4YD3A 5P1BA 5P14A 3IN3A 3QN8A 4Y5PA 5P65A 4J17A 1MTBA 1LS5A 4J1CA 1WBKA 3VSXA 5DR0A 2AZBA 1FQ7A 4LHHA 1T6EX 5P5QA 4ZLSA 5E5KA 2MIPA 3CYXA 2NXLA 5OYVA 4YBIA 3HW1A 5P1ZA 3IAWA 2AZCA 4FSEA 3SA8A 5P3FA 2G1NA 1EPLE 4Y4GA 2F3KA 3K4VA 5P0CA 1HOSA 5COKA 5P7HA 5P3YA 5DQ4A 5P3WA 5P44A 3L5CA 3FV3A 3ZPTA 1KJHA 4WY6A 4DI2A 5P1OA 2QI6A 5AHBA 3UHLA 3KA2A 5P8SA 4Y3LA 2PYNA 1FMXA 3TOFA 2ER9E 4YDFA 5OZGA 1QS8A 4QJ7A 5P41A 2IKOA 2OHMA 4KUPA 5P02A 1GVUA 5P1EA 4ZE6A 5P4ZA 2PC0A 2IRZA 5P36A 1OEXA 5AH7A 3GGXA 2QHZA 3D91A 1GNMA 2VKMA 1ER8E 1HPVA 4I0FA 4B00A 1MRXA 3B7VA 3TPRA 5SZ9A 3UQXA 2R9BA 5P2ZA 4L1AB 5P7EA 4FCOA 4IVTA 4H3FA 1K2BA 1BILA 3NWXA 2HIZA 5T4SA 3URJA 2P83A 4FM8A 2O4SA 3NXEA 4WTUA 1LYBA 1Z8CA 4ZPEA 5KQXA 4OBDA 1MT9A 2VS2A 2FGVA 2ER0E 2A1EA 2WECA 3SLZA 5KQYA 5P4BA 1SIPA 2B7ZA 5P22A 3DCRA 2I4DA 2PQZA 1XE5A 2A4FA 5P5BA 2RENA 5P8UA 3OTSA 4FRIA 5P7TA 5OYRA 5P7PA 3T7XA 3T6IA 2QZXA 4DJYA 4B1DA 5HDZA 5P2JA 1BDQA 3R0YA 1T7IA 3ZKXA 1LYWA 1MT7A 4CKUA 5P6PA 5P5XA 2G26A 3D1XA 5P2OA 4Y45A 5P5GA 3OQ7A 4TRYA 5TOLA 6APRE 5HCOA 1SIVA 2QI5A 3PI0A 4QJ2A 1AZ5A 5P2VA 2VNNA 1LV1A 5OZCA 4YOBA 3SA4A 5P77A 2RMPA 4F75A 4EQ0A 5P39A 1G2KA 3T3CA 2G94A 4U7QA 4PYVA 1EPNE 4EJ8A 5P38A 3SFCA 1DP5A 5P0DA 4ACUA 1FF0C 3URLA 2FXEA 4HLAA 2OHRA 4DPFA 1ENTE 4Y6MA 1ZP8A 5P09A 2QMPA 1PROA 5P7VA 1GNOA 2AVOA 2ZHTA 1W5VA 3GGVA 4QJ6A 3IGBA 3VF7A 1C6YA 2NXDA 2VJ7A 1B6JA 1CMSA 5P6QA 3RTNA 3PWWA 3S54A 3Q6YA 1U8GA 3SKGA 4Y3YA 2HM1A 2I4XA 3KT2A 1RV7A 3KFNA 2VIYA 3VF5A 4RYCA 5P6DA 3OUAA 1E82E 3EL9A 2PSVA 3NXNA 1HSIA 5P1AA 1KZKA 1OEWA 5P54A 3OU1B 3HVGA 5P3NA 4L7HA 3OUDB 2Q11A 3RVIA 7UPJA 5P89A 5P34A 5P0UA 3OXXA 5P35A 3EKVA 2IGYA 5P2WA 4TRWA 2B60A 4Y4UA 4Z22A 5OZOA 3OUDA 5OZ8A 5P49A 4J0VA 5AH6A 4HE9A 2ZJIA 2R3WA 1APUE 5I3VA 2IL2A 3OU3A 1MPPA 5P45A 5P7RA 5P5JA 3LIYA 2FGUA 4Y4BA 4HVPA 5P5PA 4GJ5A 3VSWA 2BPYA 4GJDA 5P5NA 5P0YA 5P4IA 5P5VA 2Q64A 4I0IA 1EBZA 5P3KA 1EBYA 5P6MA 4GB2A 5P1MA 3UDKA 3OWNA 2WL0A 1E81E 4CPTA 1K1UA 3LITA 5P4HA 5ISJA 5P2TA 3L5BA 4GJ6A 1MIQA 4R93A 5P2DA 2HB2A 2NTRA 5P8LA 2BKSA 4CPXA 2QHYA 4J5JA 3EM3A 4KE0A 4EYRA 5HTZA 5PEPA 4DQHA 5P29A 3UF3A 4Y51A 1ZTZA 4Y47A 3NDXA 3ECGA 4OD9A 1LF3A 3BHEA 3FKTA 4FM6A 3HZCA 4LBTA 5P2GA 5P40A 4Y57A 5P4LA 2P3AA 5P3CA 5P1NA 1BXOA 4K4QA 3BC4A 2H6SA 5P67A 2QD8A 4J0ZA 3OHFA 4D89A 5P0HA 5P4TA 4D85A 3NU5A 3NSHA 3Q70A 2J9JB 2VA6A 1ZAPA 4XX4A 3CIBA 5P7AA 3OXCA 1MTRA 4I12A 1YM4A 2G22A 2P3BB 4YD5A 5ENKA 5OZ5A 1FKNA 2J9JA 5OYTA 1UH8A 4GJ8A 9HVPA 3PM4A 2NNPA 1K6VA 5P66A 5IVTA 6FIVA 3NDUA 3RTMA 3ZKSA 2PWCA 3BGBA 5P19A 2QNQA 3R1GB 4YCYA 5OZVA 3KN0A 4DQBA 2Z54A 5P6ZA 5P7XA 5P1QA 3SM2A 4Y3EA 1HTRB 4YCTA 3INFA 3VUCA 4QLHA 1HVCA 2F8GA 1IZHA 2QMGA 4I0ZA 2HB4A 1HVLA 4OBZB 5P4QA 5P2EA 3K5FA 3GI5A 3PHVA 5KOSA 3ST5A 2R3TA 5P7GA 2QMFA 1D4HA 5OZAA 5P08A 2ZJNA 5P6VA 3UQPA 4QJAA 5P83A 3VLBA 1A94A 3LPJA 4I0HA 3S7MA 3O9EA 3A2OA 1MEUA 2VJ6A 2FMBA 5P3DA 5IS4A 5P3MA 5P7FA 1BVGA 1T7JA 3I8WA 5P51A 5P8KA 5OZJA 1RNEA 2FLEA 1IZEA 1BDRA 1G6LA 5P5MA 4LXKA 2AOCA 2FNSA 5P55A 4Y5KA 1BVEA 5P47A 1BWBA 5SY2A 4DFGA 2HAHA 4FIVA 4Z4XA 2G24A 1FQ6A 5P0EA 4Y5BA 2CEJA 3QS1A 1DMPA 2F80A 5FIVA 2WF1A 3LINA 1MESA 2O4LA 3PBZA 1NPVA 4Y37A 1K6PA 5OZ2A 4F73A 5P3QA 4Y5EA 3PVKA 4K4RA 2QCIA 3BUGA 5P4YA 5P0PA 3KFRA 4CPQA 2F3FA 5OZFA 3RSVA 5P0TA 4Y3RA 1HXWA 3LNKA 3O99A 2XYFA 3TOGA 1NH0A 3EL4A 4ZIPA 1SMRA 3IN4A 1IVPA 5P2RA 3G70A 3S85A 3LIXA 2I4WA 2ZE1A 4YA8A 3EMYA 4OBJA 1M43A 3DM6A 5P6CA 1EPRE 3ZKMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UFL A;  4FGX A;  5P6K A;  1E5O E;  5P69 A;  3UQR A;  1BWA A;  3SO9 A;  5P4W A;  3QP0 A;  5P56 A;  4Y54 A;  1HTF A;  3LIV A;  4AA9 A;  5P7S A;  3ZKN A;  5P07 A;  1MER A;  1W5Y A;  3NDW A;  4NJV A;  1B6K A;  1EPP E;  4JOO A;  4RCF A;  5P0Q A;  4A6C A;  1SGU A;  1EBW A;  2AVQ A;  1LF4 A;  4Y3Q A;  5P8H A;  4NJS A;  2IDW A;  5P8F A;  4Y3Z A;  1HPS A;  1D4K A;  2BQV A;  2RKG A;  2Q5K A;  2SAM A;  3UDM A;  2NPH A;  5J25 A;  1TCW A;  3SA9 A;  4Y5G A;  5I70 A;  3VF3 A;  5P25 A;  4RZ1 A;  3KMX A;  4X7I A;  1FQ8 A;  4EP3 A;  3VFB A;  2IGX A;  4BEL A;  3I25 A;  1KJ7 A;  2ZHR A;  2QD7 A;  5P46 A;  1KJF A;  4F74 A;  1AJV A;  3D3T A;  4FE6 A;  3TPP A;  3S7L A;  5KR0 A;  3I2L A;  5P3R A;  3ZKG A;  4DJO A;  3EKX A;  2AOJ A;  2FS4 A;  3U71 A;  3D20 A;  4OC6 A;  3QAA A;  1HEG E;  1EC1 A;  3INE A;  2R8N A;  1IDA A;  5P6O A;  4BFD A;  1SDT A;  4I8Z A;  2PH8 A;  5P3T A;  2WF3 A;  5P5W A;  5P0K A;  1LYB B;  5P17 A;  2V13 A;  1HTG A;  5P05 A;  5P2Q A;  5OZR A;  1DIF A;  4M8X A;  4R8Y A;  3L59 A;  3OAD A;  3GI4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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