1YTGA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV PROTEASE
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ytgA00
3SA8A 4JOOA 1MESA 2I4WA 2P8HA 5I3XA 2ZGAA 3CIBA 4ZPFA 2OHKA 3UDPA 2V11C 3L5FA 5P3XA 2G1NA 4GJ8A 4D89A 1DP5A 2BKSA 1A8GA 5OYXA 5OZBA 1META 5P2LA 3NU3A 4IVSA 2QNQA 2WKZA 5OZUA 3UDHA 5P0JA 4EJDA 1HEGE 5P6CA 1HPOA 3SA5A 3PHVA 1EBZA 1HSIA 2XYEA 4Y5PA 1RL8A 5P3EA 1HVCA 3VV6A 4D8CA 1EBKC 4J0VA 3S43A 1TCWA 2ZJMA 2AZCA 3SAAA 5P2HA 3SLZA 5P7XA 5P87A 3S8IA 5P5LA 5P7QA 1GVWA 2G1SA 4K9HA 3B7VA 3KDBA 5P4WA 5P4HA 2FLEA 3EMYA 2G1RA 3O9DA 4ER2E 4RVIA 3RSXA 3S53A 3UF3A 3EKVA 4K4PA 3OU3A 5P85A 3EKYA 2I1AA 5P6SA 1QRPE 5KR2A 5P8RA 5P4ZA 3FNUA 1FEJC 4CPXA 5HTZA 5P7ZA 5SY3A 2SAMA 2PWCA 3VV8A 2AVSA 4B77A 1AIDA 1IVPA 1EPQE 1N49A 2HS2A 1E82E 5P3SA 5CLMA 5KQFA 2NMYA 3TKWA 4F73A 5DR4A 3ZKXA 4Y3RA 2FDDA 3TPJA 3OU1B 2AZBA 4GJBA 2ZE1A 5OZCA 2NR6A 2QD6A 5P0LA 4D83A 2ZHRA 5P44A 2JJJA 1SBGA 1GKTA 1NPVA 5P0PA 4R8YA 1SMRA 1QBTA 1HTGA 3EL4A 5P0NA 4Q1YA 3QAAA 5P3QA 5P6TA 5P4DA 3O9LB 3QI1A 5P15A 3OUDB 1K2BA 5P1WA 4DJUA 4U7VA 3M9FA 2JXRA 5P11A 3Q70A 4DQCA 5P2QA 4HE9A 1T7KA 5IVRA 2NNPA 5P55A 2AVMA 4YCKA 3I7EA 4L7GA 5ISJA 3DCRA 3BGCA 4BFBA 2PWRA 3HLOA 1GNNA 5P0DA 4TRZA 5P1VA 1YM4A 3VUCA 1E5OE 3VSXA 3DJKA 4L7JA 3TPPA 4RRSA 5DR3A 5P2GA 5P2AA 4Y3AA 1MVPA 3UFNA 3G6ZA 2AQUA 5IS4A 4R5NA 1T6EX 3OXCA 1MPPA 5P8VA 5OZXA 5P47A 5P8JA 4DQBA 1EEDP 2HPFA 5P6QA 3OHHA 2OHTA 2R5QA 4QGIA 5P31A 1HSGA 5OZQA 4NKKA 2Z4OA 4LP9A 3O9CA 1RPIA 4KE1A 5JG1A 1D4HA 4OBGA 5P1UA 5P7TA 5P4CA 5C9BA 2WF4A 3LITA 5P5UA 3OUAA 3DV1A 4MC2A 5OZ9A 4DQEA 3IAWA 3O9EA 5P18A 2XFIA 4RGHA 5P5TA 4DJOA 2F80A 1MT9A 5P6AA 4NPUA 3QIHA 3ECGA 2V13A 4J0YA 3BVAA 5P69A 5P0GA 5F01A 2WL0A 5DR1A 3Q6YA 5P20A 5P8PA 4EJLA 4ER1E 3QVIA 4Y4EA 1A94A 4CPWA 4FE6A 1XN2A 2AZ8A 5HU0A 5P5FA 5APRE 2IGXA 4CKUA 5OZMA 3OU1A 5P0AA 2G21A 4B05A 4GIDA 5P7RA 3PBZA 3MSLA 3LZVA 1ZLFA 1HVHA 1YT9A 5P2CA 3APRE 5OZDA 2P3BB 2Z54A 4I11A 2OHSA 4DQFA 1OEWA 3ZKIA 5P23A 3PMYA 2HC0A 3R0YA 4DJXA 3HD8A 3TKGA 4EXHA 3UQWA 5BS4A 5OYYA 4X7IA 4ACXA 1SMEA 1G0VA 4YD3A 2CENA 4Y3EA 5P0OA 5P3NA 4DH6A 4HDBA 4J5JA 5P1IA 4J1EA 1A8KA 4I0EA 4RVJA 4EP2A 3I25A 2PH6A 4J17A 4F74A 5P3DA 5P4VA 2B8LA 1TSUA 4K4RA 2HPEA 5P7JA 4B00A 4CPSA 3L5CA 3SABA 4YD4A 3G70A 4RZ1A 2WECA 5P53A 2BPZA 1W5WA 3L59A 2O4KA 4WTUA 2QZKA 5JFPA 4YE3A 5P5HA 1HSHA 3LNKA 4Y4GA 2WEAA 4I0HA 3C9XA 1HPVA 4DJYA 5OYTA 4HDFA 1MRXA 3FX5A 1HIHA 4Y5MA 5I3VA 3AIDA 5BWYA 5P37A 4GB2A 3OK9A 2ER9E 3VEUA 1HXBA 1W51A 5P4RA 4FGXA 2VJ6A 2AVOA 5P35A 2OHQA 5P7SA 4Y4ZA 4UPJA 4J1FA 4XXSA 3CKTA 1B6MA 1SDTA 1KJ4A 5P77A 3KT5A 5P8HA 5P0HA 4KB9A 3L38A 4RYCA 4Y57A 4I0DA 2I4UA 3EBZA 2QZXA 3T6IA 1TQFA 1C70A 5P3PA 1AM5A 5P00A 3VV7A 4Y5GA 4I8WA 4Y5LA 5P8AA 1APUE 4OBFA 4PZXA 1SDUA 4CPTA 2EWYA 2VS2A 2B7FA 1HWRA 4YDFA 3MXDA 3D1YA 4Y5AA 5DQ4A 5P6XA 3NYGA 2ZJIA 1Z1HA 5E5JA 1ZP8A 5P2TA 5KQYA 1YTHA 1EPOE 4NJSA 2ER7E 2IENA 5P70A 4I1CA 4R92A 4GJ6A 4I0IA 3O9BA 4AA9A 2QI4A 3LIXA 3R0WA 4LAPA 3OGPA 5P4EA 1RV7A 1BWBA 1SGUA 5P5AA 5SY2A 5P26A 5P7OA 1G2KA 5P4IA 3BRAA 3WZ8A 2G26A 2I4VA 3U6AA 3I2LA 3OXXA 5HE7A 1PSAA 2FNTA 4GJ7A 3LIQA 4A6BA 2QI6A 1OD1A 3INEA 3MSKA 3OAGB 4OC6B 2WF3A 5HE5A 4ZE6A 4B70A 5P8QA 1BAIA 4R93A 5P5JA 2VA7A 1XDHA 3BXSA 3LPIA 3R2FA 4YD5A 2IRZA 5P4FA 1EC2A 3SO9A 1YTIA 3BHEA 2ER6E 2PYMA 2BPVA 2CEJA 5P6ZA 5P8FA 4DFGA 1ZSFA 2WF2A 5P74A 3UDYA 5IVQA 3VCMA 3GI0A 5P52A 5P4NA 1RNEA 1JLDA 4Y9WA 5P2SA 1HVLA 3O9GA 5P2OA 5AHBA 5P3MA 1A30A 2ANLA 3FNTA 2AOFA 4Y39A 1ODYA 1FQ5A 5P4OA 5COKA 1IDAA 4FCOA 1HVKA 5OZPA 2OHRA 2PSVA 3NU5A 5P7YA 1YTGA 3UFLA 3ER5E 5ENMA 3VFBA 4QJAA 5IE1A 3VSWA 5OZYA 4YBIA 3KMYA 4RCDA 2V12C 3QRVA 1LF4A 5ER2E 1E81E 3IN4A 1HOSA 4Y37A 5P6IA 5P6VA 3K5GA 4BELA 3UDNA 1BWAA 1IIQA 1ME6A 5P24A 2HB2A 1YTJA 5P7MA 5OZOA 4YDGA 3TNEA 4Y43A 5DR7A 3OXWA 4WY6A 1SGZA 3K5FA 2ZJKA 4Y4AA 4I10A 4GYEA 4TRWA 4RVXA 4FM7A 5P1SA 5P36A 5P7FA 4DUSA 2I4QA 3Q4BA 2VIEA 5P7CA 3SKGA 5P38A 3SPKA 5CONA 5P8SA 4Y53A 3OTSA 1M4HA 4EXGA 4NJUA 4LXAA 1IZEA 4Y3TA 4Y35A 2RENA 5P6GA 2J9JA 5DR0A 4EJKA 2H6SA 3IGBA 3LPKA 3S45A 1GNOA 2UY0A 2HB4A 1QBSA 3VG1A 1KJFA 1NPAA 5UPJA 1PFZA 1XL2A 3IXJA 5P02A 4Y4JA 1HVSA 1EPNE 5P10A 3HVPA 5DQCA 2BBBA 5P4KA 5P50A 2VKMA 4OC6A 1LYWA 1B5FB 3PRSA 3GI4A 4Y48A 4Y5CA 3VLAA 4ZIPA 3I8WA 1T7IA 2F8GA 4GJCA 1C6YA 4BEKA 5DQ1A 2QP8A 5E5KA 3NWXA 1FLHA 3D3TA 1Z8CA 2R3TA 5P2BA 3VFAA 5P4UA 5P3AA 5P61A 2MIPA 1T6GA 5P8OA 2QD7A 1EC0A 1FG6C 4R91A 4FAFA 1T3RA 1VIKA 5P7BA 3PSYA 1FKNA 4Y58A 1UH8A 3OY4A 3O9IA 5P07A 5P7VA 5ER1E 4JPEA 3KFNA 1LYAB 3ZKGA 5P32A 3FKTA 5P5GA 4J0ZA 2QCIA 5KOQA 5P30A 1BVGA 3DCKA 2Q55A 3Q3TA 3NDUA 4J0TA 3S7LA 1HBVA 4M8XA 3MSJA 5OZKA 2AVVA 4L1AB 4M8YA 5P08A 3NWQA 5P16A 5P2ZA 3WZ6A 4L6BA 4Y5EA 5OZ5A 4DJPA 4I8ZA 4NPTA 1ODWA 5OZ8A 5P51A 4MC1A 5P1PA 4OD9B 5HDZA 4DQHA 4J1CA 1YG9A 4H3GA 4QJ7A 4DJVA 2I4XA 5OYUA 4S1GA 5P4QA 1WBKA 5P2XA 5OZAA 3RTMA 3INFA 2XFKA 5T4SA 1MUIA 2RMPA 4L7HA 4A6CA 2WF1A 3D1ZA 1AVFA 2QMPA 4U7QA 4PYVA 1C6ZA 5DR8A 3U71A 1HVJA 1F34A 3OUCA 5P8KA 1C6XA 1ODXA 1FF0C 1XL5A 2NXLA 4EP3A 1YM2A 5P43A 3NUJA 3FSMA 4Y5BA 4Y3NA 1RQ9A 1IZIA 4QJ2A 1D4JA 2AVQA 5P73A 5OZSA 4Y56A 5P56A 5P0WA 1F7AA 5P8TA 3DUYA 4DV9A 5P68A 2BPYA 3HW1A 3S56A 4DVFA 2NXMA 4KUPA 3NUOA 5P5OA 1B6JA 1B5FA 5P42A 5P22A 5P59A 1HIIA 5P0KA 1NPWA 1M0BA 5P66A 4EPJA 2VIYA 2QMDA 3ZL7A 1MT7A 3IVHA 5OZWA 5ENKA 1HTEA 1APVE 4ZPGA 3SFCA 2FS4A 5P06A 2APRA 2WEZA 5KR8A 4I0ZA 5P8BA 5P7AA 4GZFA 4H3FA 4LBTA 1KZKA 4ER4E 5P8DA 5OZVA 5P2WA 2P3DA 4R95A 4RRNA 3T7PA 1FQ8A 5P5SA 1EC3A 2R3WA 4B1EA 5AH9A 5P6UA 3SA7A 2ZJLA 5P84A 4CPQA 1HRNA 1WBMA 2OAHA 5P4JA 5HVPA 2QK5A 1MTRA 2WEBA 5P0CA 3F9QA 4AA8A 5OYQA 2O40A 1K6PA 5P6MA 3PMUA 5OYZA 1W6IA 2ER0E 5P0UA 3LPJA 4I0FA 2VNNA 3O9LA 2V00A 5EZXA 3OUDA 3OOZA 5OZEA 3MXEA 3BUHA 3SM2A 4ZSPA 3GGVA 5P3RA 3BUFA 5P8GA 3PJ6A 1AJVA 5OZ4A 4Y3JA 1UPJA 2UXZA 3PWMA 5P5YA 4K8SA 2PC0A 3RTNA 4CPUA 3LIZA 4GJDA 2VIZA 3K4VC 1LEEA 5AGZA 3KF0A 3INDA 2BPXA 2ASIA 1D4KA 4Y3XA 2I0DA 3L5BA 3BGBA 3URJA 1XE6A 5P33A 5P1GA 5AH7A 2IKOA 5P7LA 1EPRE 5P6RA 5HDXA 3IN3A 3EL0A 1IBQA 4EYRA 4Q5MA 3O9HA 3SA3A 1HTRB 4YOAA 3QBFA 3TLHA 4Y6MA 5P3VA 3UQRA 2FXEA 1LF3A 3OQKA 4DQGA 3EM3A 5PEPA 2AIDA 5P64A 1EPPE 3TPRA 5P13A 3BVBA 4ZEAA 3FIVA 5P3TA 1UH9A 5P39A 5P7PA 5P09A 5P5IA 2I0AA 5P88A 5I3WA 3NXEA 1CPIA 4FRIA 2R38A 5P05A 5P3JA 4YOBA 5P4AA 3UQUA 5P0BA 9HVPA 2H6TA 3PVKA 2PSGA 5COPA 5P76A 4XX3A 4D88A 5HU1A 3NXNA 2V10C 1HPSA 4RLDA 5EZZA 3QPJA 5DPZA 3KFRA 4PHVA 5TOLA 2WEDA 4Y4WA 5P8IA 4I12A 5P3YA 3ER3E 5KQZA 2BKTA 3ZKSA 3TOHA 5P0FA 5P3GA 1D4YA 1XN3A 7HVPA 3S85A 4QLHA 3GI6A 3UTLA 4YCTA 2V0ZC 5P14A 5P4PA 1IDBA 3PLDA 5P1DA 2Q63A 5P6EA 5P1YA 1YX9A 1FFIC 1GVUA 4X2LA 5P8UA 3HAWA 4TVHA 1MT8A 2HM1A 3WB4A 4APRE 4HA5A 4Y44A 3KDCA 3D91A 3PGIA 2P3BA 3TTPA 3CMSA 2ZHSA 5AHCA 1LV1A 5P19A 3GW5A 4NJTA 2AZ9A 2G94A 4DJRA 1W5XA 2G20A 4B1CA 2FGUA 3NU6A 4A4QA 5P03A 2XYFA 5P83A 1MEUA 5P2VA 5SXNA 1BDQA 5P2IA 3O9AA 2O4LA 2AODA 5P89A 5P3BA 1HTFA 1Z1RA 5P41A 1B6LA 1ZBGA 3R4BA 5P1NA 3O9FA 3BC4A 5P2NA 2FNSA 2QMFA 3S54A 5OZNA 1ZTZA 3KMXA 3APPA 2BPWA 3O99A 4PPHA 5P1BA 2FDPA 3UPJA 5OZHA 3UDQA 1DIFA 4EQJA 4YA8A 5HDVA 4FRJA 2CEMA 5P7KA 4D85A 1HHPA 3ZPTA 1K6VA 1W6HA 5P65A 4BFDA 1D4SA 4J54A 5I70A 3EC0A 3EKQA 2RKGA 1ZPKA 1SIVA 4Y3GA 2HB3A 3TL9A 3HZCA 5P2KA 5P58A 1BXOA 4Y50A 4H1EA 2VA6A 2JYSA 5OZFA 5DGUA 4ZSRA 2WF0A 2Q11A 5P6YA 4LXKA 5P04A 1SIPA 3HVGA 5P3ZA 1AXAA 3EM4A 4GMIA 5P25A 2AOIA 3LINA 5OZ6A 2NXDA 4FAEA 1QBRA 5OZZA 3OU4B 3OADB 5SZ9A 3D1XA 3OGQA 3PWWA 2OHNA 4J1IA 3JVWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA8 A;  4JOO A;  1MES A;  2I4W A;  2P8H A;  5I3X A;  2ZGA A;  3CIB A;  4ZPF A;  2OHK A;  3UDP A;  2V11 C;  3L5F A;  5P3X A;  2G1N A;  4GJ8 A;  4D89 A;  1DP5 A;  2BKS A;  1A8G A;  5OYX A;  5OZB A;  1MET A;  5P2L A;  3NU3 A;  4IVS A;  2QNQ A;  2WKZ A;  5OZU A;  3UDH A;  5P0J A;  4EJD A;  1HEG E;  5P6C A;  1HPO A;  3SA5 A;  3PHV A;  1EBZ A;  1HSI A;  2XYE A;  4Y5P A;  1RL8 A;  5P3E A;  1HVC A;  3VV6 A;  4D8C A;  1EBK C;  4J0V A;  3S43 A;  1TCW A;  2ZJM A;  2AZC A;  3SAA A;  5P2H A;  3SLZ A;  5P7X A;  5P87 A;  3S8I A;  5P5L A;  5P7Q A;  1GVW A;  2G1S A;  4K9H A;  3B7V A;  3KDB A;  5P4W A;  5P4H A;  2FLE A;  3EMY A;  2G1R A;  3O9D A;  4ER2 E;  4RVI A;  3RSX A;  3S53 A;  3UF3 A;  3EKV A;  4K4P A;  3OU3 A;  5P85 A;  3EKY A;  2I1A A;  5P6S A;  1QRP E;  5KR2 A;  5P8R A;  5P4Z A;  3FNU A;  1FEJ C;  4CPX A;  5HTZ A;  5P7Z A;  5SY3 A;  2SAM A;  2PWC A;  3VV8 A;  2AVS A;  4B77 A;  1AID A;  1IVP A;  1EPQ E;  1N49 A;  2HS2 A;  1E82 E;  5P3S A;  5CLM A;  5KQF A;  2NMY A;  3TKW A;  4F73 A;  5DR4 A;  3ZKX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5ISK A;  5P0Q A;  4Y45 A;  5P7I A;  4MC9 A;  2OHM A;  4J1K A;  4JEC A;  3SA4 A;  5P2J A;  3LHG A;  5OZ7 A;  5P5D A;  3LIV A;  2IGY A;  4FM8 A;  4DI2 A;  5OZ2 A;  4Y3Y A;  5AH8 A;  3KDD A;  3FNS A;  3HBO A;  5P5M A;  2RKF A;  1A9M A;  5OYV A;  5OZR A;  3IXK A;  1LS5 A;  4FLG A;  5P7D A;  5P0X A;  1ER8 E;  1XS7 D;  4JPC A;  1CMS A;  4YBF A;  4FL8 A;  3DM6 A;  5P2U A;  4OBZ A;  2QNP A;  3OXV A;  1PPM E;  5OZI A;  4OBH A;  3TOG A;  4HZT A;  1OHR A;  1BV7 A;  1EBW A;  2O4P A;  2PK5 A;  3N4L A;  2Q15 A;  5P5P A;  4DJQ A;  5P7U A;  2AOC A;  3AUP A;  5P4T A;  5P0I A;  5P0T A;  5P5K A;  3GGX A;  2NPH A;  5P0R A;  4YD7 A;  4GJA A;  1PRO A;  2BQV A;  1TZS A;  1MTB A;  5P48 A;  2BB9 A;  3VF7 A;  3ZKQ A;  8HVP A;  2IDW A;  2ZHT A;  2VA5 A;  4Y4X A;  3L5D A;  1QBU A;  5P1J A;  3EKX A;  5DGW A;  4B0Q A;  3SAC A;  5P7N A;  2F81 A;  4Y3W A;  3CYX A;  5P5R A;  5P1F A;  1PPL E;  5HCO A;  2RSP A;  5P54 A;  5BRY A;  3RVI A;  4GJ9 A;  5P0M A;  4RRO A;  5OZ1 A;  1GNM A;  4Y3L A;  3URL A;  4HDP A;  4Y47 A;  5P81 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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