1YTHA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV PROTEASE
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ythA00
4LC7A 1HPVA 5I3XA 5P7SA 5P3IA 1RPIA 3DUYA 1NH0A 4Y9WA 4NPUA 2O4LA 4Y5BA 1UPJA 2P3BB 5P8OA 3VLBA 1EEDP 4I0GA 4Y4DA 4F76A 3Q6YA 4YBFA 1TQFA 3OOZA 4Q1YA 1HVIA 1T6GA 2QAKA 3I2LA 5P04A 5P8FA 4DJXA 1KJHA 5P50A 3QN8A 3T7XA 5JG1A 3ER3E 2ASIA 3CICA 2ZYEA 3O9DA 5P5ZA 1QBTA 5P02A 4GB2A 1ZPAA 5OYUA 4RCDA 2FDDA 5P4WA 3UDMA 3KA2A 4B72A 3OTYA 5ER1E 1HTEA 2QHZA 5AH7A 1EPPE 1BV7A 4APRE 3GGXA 5JODA 3PWRA 5P6WA 4ZPFA 4Y5KA 4S1GA 5DPZA 4HZTA 3OTSA 5P3AA 5IVRA 2R3WA 1SGZA 4CP7A 4FRJA 4Y56A 4DUSA 2QHCA 4L7JA 4PPHA 4ZPEA 3IXJA 5P5PA 4LBTA 2FIVA 2QMPA 4FRIA 5F01A 3O9EA 4FSEA 1EPQE 4GJAA 3ZMGA 3SA6A 4DJWA 3KDBA 5P65A 3NXEA 5P1SA 1FMXA 5HCOA 5P5CA 5P0WA 1YG9A 1HXBA 3H5BA 5CLMA 5P4VA 3K4VC 1DPJA 1PSAA 4KUPA 1E5OE 2QI7A 1BBSA 4B77A 3WZ6A 5P3BA 4Y48A 5P89A 1SDVA 3WB4A 1QBUA 3QRSA 3HAWA 4NJTA 4WY6A 5EZZA 3SA8A 4J1EA 2I4UA 3PI0A 4J17A 3SQFA 3ST5A 1W6IA 3EM4A 2Q11A 1EPOE 2IDWA 3FNUA 1FQ7A 3NDUA 4J0VA 5P44A 4AZYA 5P4TA 2FGVA 2WL0A 2ZDZA 5P6KA 4J1KA 5OYZA 4B78A 1EBWA 3INHA 4YA8A 2BPWA 2QZWA 2VIJA 4J1HA 1M4HA 4KE1A 1OD1A 4EXGA 3CKTA 5P1WA 5IE1A 3PEPA 2HS1A 3SA4A 4I0JA 5P6SA 5P1RA 5P1VA 2HB2A 3IAWA 1SIVA 3EKVA 5P0SA 2P3CA 5P85A 2BQVA 1KJ4A 5P86A 4I8ZA 4J1CA 1B11A 2O4PA 1A30A 1FGCC 3UF3A 2FDEA 1K1UA 3IXOA 1MTRA 1MT9A 3PSYA 3TOHA 2G94A 3S7LA 3EKYA 5P3VA 5DR8A 1IZIA 3MXDA 3H0BA 3UDHA 1HBVA 1K6PA 2RENA 4D85A 5P5HA 1DAZC 5P55A 5P5YA 4DV9A 4RYGA 4YD5A 5P2IA 2V0ZC 5P4YA 5OZTA 2QD6A 3EXOA 5P33A 4EJLA 3I7EA 1HVKA 2NNKA 2ZHTA 3VYFA 5P3UA 5P3LA 1YTGA 5P71A 3LPJA 5P0UA 2IKOA 2P3DA 2IKUA 4Y3PA 5P2SA 5KQFA 5ISJA 3INEA 2I1AA 2NTRA 5AH6A 4I0FA 3ZKNA 4RCEA 1MESA 5P7WA 7HVPA 4J54A 5P81A 1FB7A 1FG8C 5P66A 5OZEA 4CPWA 2P3AA 5HDXA 3K5GA 4Y4BA 5P2HA 3ZLQA 1QDMA 4HA5A 4YCKA 2UXZA 5P2FA 1PROA 3Q3TA 5PEPA 3F9QA 3UPJA 2AVQA 1XDHA 3LINA 5P3PA 4Y3XA 2G22A 1ZP8A 1HIHA 1B6MA 5P28A 3IVHA 5P8SA 1ODXA 5P83A 4DJVA 5OYQA 5EZXA 3GGUA 2FLEA 3OQKA 3OUDB 2FDPA 5P4EA 1QRPE 5HE7A 2ZHVA 5P0NA 3OU1A 2R5PA 1T7JA 4QGIA 5P3CA 1PPLE 4Y3ZA 3NSHA 1ZTZA 5OZLA 3O9LA 4LP9A 5DQ4A 4Y4XA 5P37A 4Y36A 5P0KA 4DQBA 2Q54A 3PLDA 3ZKSA 5P41A 3OGQA 4QJ6A 3ECGA 4U7QA 3SA5A 3EKTA 2V10C 3DCRA 3CKPA 5E5JA 1GVTA 2OHKA 2PYMA 5KQYA 3PCZA 5P1YA 5P3XA 3INDA 5P7PA 2FGUA 4K4RA 3JVYA 4DQGA 5P6HA 2ER6E 4TRZA 3DJKA 1PPKE 1IDAA 2WF3A 4ZE6A 1DW6C 2WF4A 4YHQA 3GI0A 1Z1HA 2A4FA 1MT8A 4Y41A 5OYSA 4JP9A 3OU3A 1MIQA 2NR6A 3QRVA 5P4BA 4ER1E 2NXLA 1TCWA 2HC0A 1LS5A 5P2ZA 5P51A 3GI4A 1HSHA 4K8SA 1EBZA 5P7GA 2OHMA 2VJ9A 3QVCA 1BXQA 2R8NA 4Y51A 5P1KA 3L58A 1G6LA 3SA7A 1YT9A 1GVVA 1W50A 3T6IA 1WBKA 1HPXA 2ZE1A 5C9FA 5P4AA 1SH9A 4FRKA 2ZHRA 1APVE 2F80A 1APUE 2B7ZA 5F00A 2ER9E 4H1EA 3MWSA 4YD7A 3AUPA 5P49A 3KFSA 4DJUA 5P5DA 4BFDA 4ZPGA 5P40A 1T7IA 5P4JA 4EPJA 5I70A 3RTNA 5P6YA 3OY4A 5OZ8A 5P20A 5P7CA 5DR4A 1ZSRA 1LYBB 2I0DA 5P76A 1AJXA 3IXKA 2HAHA 1HVLA 1EPLE 1TZSA 5OZGA 5P3OA 2G69A 3R0WA 3UCBA 5OZIA 3LIVA 3O9GA 3NU4A 4HVPA 4Y4TA 1LYAB 1BWBA 4B1DA 3NUJA 2AOJA 1SDUA 5P4GA 5HCTA 4YD6A 1TSUA 4WTUA 5P8AA 5P67A 4EXHA 2PMAA 5P61A 2NXDA 5P3FA 5TOLA 3RU1A 3BVBA 2HB4A 4Y5EA 4Y57A 1GNOA 2XYEA 2QP8A 2J9KA 2OHQA 3PSUA 2O4KA 1G2KA 5OZAA 1TCXA 3L38A 4QLHA 5P1XA 4Y4GA 1MSNA 3EM6A 5P0AA 1BDLA 5AGZA 4QJAA 4CPTA 1BDRA 4B70A 5P4PA 4R91A 3BVAA 2QI0A 4EJKA 1TSQA 4HEGA 1SIPA 5P7BA 2JXRA 4Y3LA 3LIQA 5P6VA 5FIVA 4BFBA 4FS4A 5P25A 5P3DA 1K1TA 5P6EA 5P4NA 4L1AA 4OBJA 2Z4OA 3BXSA 2I0AA 4DJQA 1B5FB 5P4QA 2AVVA 4Q1NA 2WF1A 1J71A 5HU1A 5P3TA 2IGYA 1YTHA 5P7VA 3ZOVA 5OZJA 2WF2A 3PJ6A 3S54A 3QRMA 5OZOA 1BIMA 4EP3A 3EL5A 5OYTA 2IRZA 3IA9A 2R5QA 2QI5A 1BDQA 4DQFA 5IS4A 1SMEA 5KR0A 2ER0E 5P39A 3TKWA 1C6YA 5AHCA 5P8RA 3JW2A 3OWNA 3S2OA 3UQRA 3OGPA 4OBHA 3K5DA 4D89A 5DR7A 4NPTA 1LF2A 4Y3NA 4Y4AA 4CPXA 4DJPA 2ZJKA 1MT7A 2PC0A 2QZXA 5P8HA 2SAMA 5P2GA 5DGUA 3UQWA 5P2AA 5P8NA 4I12A 1T3RA 4OD9A 4Q1XA 5I3VA 3Q70A 5BRYA 5SY2A 2J9JB 3TKGA 2G21A 4A6BA 2F3EA 2F8GA 2XYFA 4NJUA 2I4VA 3SO9A 3VEUA 5KQZA 1LYWA 3KDDA 5P7KA 5P3GA 3ZPUA 3OADA 2BBBA 3QROA 5P1AA 2XFIA 5P7UA 5P34A 5P68A 2AOIA 3VF7A 4EQ0A 3PBZA 5P53A 3OK9A 5P42A 4Y6MA 4CKUA 4YCYA 3AIDA 1GVWA 3I25A 3NR6A 4B1EA 3OQDA 4J0YA 4Y4JA 3OQFA 2B8VA 1ENTE 2PK5A 1ZJ7A 2BB9A 2QMGA 1D4YA 1D4KA 3L5CA 1FG6C 4ZEAA 5P69A 3GGAA 5OYYA 5P77A 3TPJA 1ZBGA 2VJ7A 5P3NA 2QI6A 2ZHSA 3SPKA 1W6HA 5P7FA 3FNSA 5P46A 2PH8A 1C70A 3EL1A 5COOA 5HDZA 1HTRB 1B6KA 4YD4A 3LNKA 5KOSA 3NWXA 5P8VA 3BXRA 3EL4A 4LHHA 5P88A 1MRWA 1A94A 4EJ8A 5P4OA 3BUFA 3VG1A 5P6MA 1AXAA 2ZJMA 2NPHA 4CPSA 2HPFA 4Y4WA 5P24A 1XE6A 4YOBA 3WZ8A 3NU3A 5P5UA 3BGCA 2OHPA 5P0TA 5UPJA 5AHAA 3HLOA 1MTBA 5P22A 3SLZA 4RRNA 5IVQA 2PYNA 2AZ9A 4OBDA 5P8KA 5P2RA 4OBKA 1GNMA 3VF3A 3UHLA 3N3IA 3QBHA 3B80A 4Y50A 3Q5HA 3SA3A 4OBZB 5OZWA 1A9MA 3PSGA 3LIXA 4Y4ZA 3S7MA 4Y3RA 2H6TA 4EP2A 1CMSA 3U71A 2F3FA 4ER4E 3SAAA 3KM4A 4Y3SA 1G0VA 3S56A 2AOGA 2AZBA 1AIDA 5P79A 4KE0A 1HXWA 5P1GA 4K4PA 5OZ6A 1D4LA 4X7IA 1IVPA 1G35A 3NYGA 3BGBA 3EL0A 1IBQA 1EPNE 4YD3A 5P1BA 3PMYA 3VCMA 3R4BA 5P5RA 3QPJA 2G1NA 5P6QA 1ZSFA 2G1YA 4Y39A 1HTFA 2AVSA 1HOSA 3L3AA 1HVCA 4PZXA 3ZKQA 1IZEA 5P2NA 4F73A 4DH6A 5P7QA 4RVIA 5KR1A 2R43A 2F81A 4YBIA 2QHYA 3VSXA 3SKFA 5P19A 1BWAA 4DPIA 5OZCA 5P1QA 3O9AA 3FNTA 3TPLA 2ANLA 2G27A 3KFPA 4FAFA 1EBYA 4DPFA 1BVEA 2P3BA 2AVMA 5P3WA 4Y5MA 5P1FA 1Z8CA 4BEKA 3OAGA 4Y47A 5P8QA 2CENA 1A8KA 1UH9A 5P0JA 3UFNA 2PSVA 4B00A 3LIYA 5P4FA 4ZSPA 2RSPA 3PWWA 3KFNA 4AA9A 4Y3JA 4NJSA 5P6OA 3FKTA 1HHPA 1BAIA 1D4JA 3O9FA 5P0HA 5P72A 5P7EA 3O9BA 4B1CA 4XX4A 4Y54A 5P7XA 5P6RA 2Q64A 4NJVA 4FM7A 5P0LA 5P2VA 5OZ5A 1EBKC 2QZLA 2I4DA 3O9IA 2OF0A 1IZDA 1HEGE 3UQPA 1Q9PA 4YE3A 3QI1A 3T11A 5P5SA 3D20A 2HIZA 3HZCA 3URJA 2JJJA 5P4ZA 3FIVA 2WEDA 5P3JA 2ZJHA 4EWOA 1LF3A 4Z50A 1HVRA 1K2BA 5OZBA 3RSXA 3OUBA 3KMYA 1NPWA 5KQXA 2OHLA 5P5AA 4OC6B 4FM8A 2HPEA 1EC3A 4Y3FA 2ZGAA 3TTPA 3R2FA 3RVIA 5P87A 3KT5A 4EQJA 1LEEA 2QU2A 5OYVA 5ISKA 1EAGA 3S45A 5P0CA 5P52A 5P31A 2JYSA 3VLAA 2UY0A 1QS8A 1FFFC 2R3TA 5P8DA 4Y37A 2QD7A 1NSOA 3UDYA 1MERA 4LL3A 5P1CA 5OZMA 1MRXA 5T4SA 1K6TA 1GKTA 1JLDA 2H6SA 3QVIA 5P63A 1LV1A 2VA7A 4X2LA 2MIPA 2APRA 5P1OA 2WEAA 5P8TA 3D1XA 3IVIA 1BXOA 3CIBA 5P8IA 4GMIA 2WHHA 4IVTA 5P6CA 2BPXA 4HDFA 3UDJA 5KAOA 2ZJLA 5P5VA 5OZSA 3UQXA 4ZLSA 3ZPSA 2EWYA 5P0ZA 5P1JA 3R0YA 5P0RA 5P1IA 3IGBA 4Y3DA 4LXKA 3L5EA 5P36A 5P2TA 3S43A 1SGUA 4EJDA 3EM3A 4H3GA 5P2QA 1GVXA 1ME6A 3U6AA 1BV9A 3HAUA 5B18A 3LZYA 4Y3YA 3HDKA 4RGHA 2I4XA 5P7IA 2BJUA 2G24A 4JPEA 5P2MA 1K6CA 3TL9A 1ER8E 4LAPA 3UQUA 3NXNA 1FKNA 5P57A 4OBFA 1IVQA 5P3EA 2WECA 3L5FA 3R1GB 2F3KA 3NUOA 4H3JA 1HRNA 2QNQA 3D3TA 1T7KA 1PPME 1AVFA 3OU4B 1BVGA 1FQXA 3UFLA 1B6JA 1HVSA 3DM6A 3QIHA 2G1SA 4GJ8A 4AUCA 2OHSA 2QZKA 5P73A 5P5EA 3NDXA 5P0GA 5P7ZA 2OHRA 3HVPA 3L5DA 2PSGA 3VSWA 3ZKGA 3VV6A 5P8MA 5OZDA 5P2YA 2V11C 4DQEA 4DFGA 4QJ2A 4Y45A 4D83A 1XL2A 5P3HA 2UPJA 5P59A 3BC4A 1DP5A 5P6FA 4MC6A 5P6LA 3G70A 1YTJA 4GJCA 2P8HA 5P6PA 1FQ5A 4FL8A 4ACXA 3FX5A 3VYEA 2AQUA 3T7QA 5OZUA 3APRE 2QCIA 5P6GA 2QI1A 2Q5KA 3JVWA 4CMSA 5P5XA 5P7LA 5DGWA 5P5JA 3OUDA 2HB3A 5P7HA 3C9XA 2ZJJA 3ZKMA 3LZSA 3KYRA 3I8WA 4APEA 1DMPA 2VIEA 5P7TA 5P6JA 1W5WA 5P0OA 4HE9A 3LZVA 5P56A 4R95A 2BKSA 5P5QA 3PRSA 5P2OA 4Y44A 5P48A 5P7JA 1K6VA 5P1TA 2HS2A 4FRSA 2BPZA 5P47A 4J0TA 4Y35A 5P8GA 2VIZA 1XL5A 3SM1A 1FIVA 3U7SA 4TRWA 4ZSQA 3G72A 2V12C 1EC1A 3OQAA 5P2JA 3K4VA 2JE4A 2FS4A 5OZRA 3ZKXA 5P1HA 5P84A 4Y53A 4DJYA 6FIVA 3ER5E 3CMSA 5P2BA 5KR8A 2O40A 2QD8A 2QI3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LC7 A;  1HPV A;  5I3X A;  5P7S A;  5P3I A;  1RPI A;  3DUY A;  1NH0 A;  4Y9W A;  4NPU A;  2O4L A;  4Y5B A;  1UPJ A;  2P3B B;  5P8O A;  3VLB A;  1EED P;  4I0G A;  4Y4D A;  4F76 A;  3Q6Y A;  4YBF A;  1TQF A;  3OOZ A;  4Q1Y A;  1HVI A;  1T6G A;  2QAK A;  3I2L A;  5P04 A;  5P8F A;  4DJX A;  1KJH A;  5P50 A;  3QN8 A;  3T7X A;  5JG1 A;  3ER3 E;  2ASI A;  3CIC A;  2ZYE A;  3O9D A;  5P5Z A;  1QBT A;  5P02 A;  4GB2 A;  1ZPA A;  5OYU A;  4RCD A;  2FDD A;  5P4W A;  3UDM A;  3KA2 A;  4B72 A;  3OTY A;  5ER1 E;  1HTE A;  2QHZ A;  5AH7 A;  1EPP E;  1BV7 A;  4APR E;  3GGX A;  5JOD A;  3PWR A;  5P6W A;  4ZPF A;  4Y5K A;  4S1G A;  5DPZ A;  4HZT A;  3OTS A;  5P3A A;  5IVR A;  2R3W A;  1SGZ A;  4CP7 A;  4FRJ A;  4Y56 A;  4DUS A;  2QHC A;  4L7J A;  4PPH A;  4ZPE A;  3IXJ A;  5P5P A;  4LBT A;  2FIV A;  2QMP A;  4FRI A;  5F01 A;  3O9E A;  4FSE A;  1EPQ E;  4GJA A;  3ZMG A;  3SA6 A;  4DJW A;  3KDB A;  5P65 A;  3NXE A;  5P1S A;  1FMX A;  5HCO A;  5P5C A;  5P0W A;  1YG9 A;  1HXB A;  3H5B A;  5CLM A;  5P4V A;  3K4V C;  1DPJ A;  1PSA A;  4KUP A;  1E5O E;  2QI7 A;  1BBS A;  4B77 A;  3WZ6 A;  5P3B A;  4Y48 A;  5P89 A;  1SDV A;  3WB4 A;  1QBU A;  3QRS A;  3HAW A;  4NJT A;  4WY6 A;  5EZZ A;  3SA8 A;  4J1E A;  2I4U A;  3PI0 A;  4J17 A;  3SQF A;  3ST5 A;  1W6I A;  3EM4 A;  2Q11 A;  1EPO E;  2IDW A;  3FNU A;  1FQ7 A;  3NDU A;  4J0V A;  5P44 A;  4AZY A;  5P4T A;  2FGV A;  2WL0 A;  2ZDZ A;  5P6K A;  4J1K A;  5OYZ A;  4B78 A;  1EBW A;  3INH A;  4YA8 A;  2BPW A;  2QZW A;  2VIJ A;  4J1H A;  1M4H A;  4KE1 A;  1OD1 A;  4EXG A;  3CKT A;  5P1W A;  5IE1 A;  3PEP A;  2HS1 A;  3SA4 A;  4I0J A;  5P6S A;  5P1R A;  5P1V A;  2HB2 A;  3IAW A;  1SIV A;  3EKV A;  5P0S A;  2P3C A;  5P85 A;  2BQV A;  1KJ4 A;  5P86 A;  4I8Z A;  4J1C A;  1B11 A;  2O4P A;  1A30 A;  1FGC C;  3UF3 A;  2FDE A;  1K1U A;  3IXO A;  1MTR A;  1MT9 A;  3PSY A;  3TOH A;  2G94 A;  3S7L A;  3EKY A;  5P3V A;  5DR8 A;  1IZI A;  3MXD A;  3H0B A;  3UDH A;  1HBV A;  1K6P A;  2REN A;  4D85 A;  5P5H A;  1DAZ C;  5P55 A;  5P5Y A;  4DV9 A;  4RYG A;  4YD5 A;  5P2I A;  2V0Z C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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