1YTIA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFHLWKRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVEVEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTVIII1 (5-8)S2 (18-24)S1 (10-15)S5 (52-66)TIV1 (14-17)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)S3 (32-33)TVIII2 (80-83)S6 (69-78)S4 (43-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Complex (hydrolase/peptide)
source organism Simian immunodeficiency virus
publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIV PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ytiA00
5P1SA 5P8DA 4B72A 1BDRA 4Y3DA 1PPLE 2AQUA 4IVSA 3LITA 5KQZA 4M8YA 1ZSRA 1EEDP 2QP8A 3QN8A 3HAUA 5P6NA 3QROA 2WF2A 1HIVA 3TPPA 3QI1A 4Y5GA 1YG9A 3OK9A 4Y3NA 1ODXA 4CPUA 4Z4XA 2JXRA 5HU0A 3HW1A 4Y5LA 4JP9A 4Y3XA 4OBHA 4XKXA 5P4ZA 4AA9A 4AUCA 2PK5A 5KAOA 1M4HA 2I4DA 1FB7A 3SM2A 1YTHA 5P1CA 1SDVA 5P36A 4Y4GA 5P4EA 4FE6A 5OZEA 2QD6A 4R5NA 5P3OA 3LZSA 5ENKA 2FXEA 3JVYA 1DPJA 4Y4WA 5P83A 5OZ6A 1UH9A 2FXDA 4CPTA 5P63A 2XFIA 3OUCA 1EPOE 1FQ4A 5ER1E 5DQCA 1FFIC 4B1DA 5P68A 4Y45A 1G2KA 4DPFA 2XYEA 1AVFA 4NJUA 3LZYA 1Z8CA 3EBZA 4Y41A 2QNQA 2G21A 3WZ7A 4LBTA 4Y53A 2QI1A 4Q1NA 3QRVA 5P7NA 5DR4A 5P3VA 1ZTZA 4Y57A 5P7IA 3OXXA 1FMXA 3OGQA 5P40A 1NPWA 3OQ7A 5I3VA 5OZMA 1QRPE 4I0IA 2B7FA 2ZYEA 1PPKE 1HVRA 5P3GA 2FDEA 4FL8A 5P42A 3S45A 4DFGA 1HVJA 1BILA 3IGBA 4Y3TA 2PSVA 1YX9A 5P1AA 5P6QA 5P8LA 4Y3YA 5IVTA 3PWMA 1W51A 3QAAA 3O9EA 5OYZA 5P0MA 5P15A 4LL3A 4B78A 1RPIA 3UFNA 1W6HA 5SZ9A 1META 2A4FA 2VNNA 1BIMA 5OYWA 5P8AA 5P5PA 5OZFA 3DCKA 2FS4A 2B8VA 1HPVA 1E81E 2JE4A 3AIDA 2AOJA 1FLHA 4U7VA 3JVWA 2VS2A 5KR0A 5P3MA 5P50A 1D4YA 3MSKA 1M43A 3HDKA 4APRE 5P2WA 2WF1A 1FQ5A 5OZGA 2AZ8A 5I3YA 3O9BA 4Y38A 4K8SA 1C70A 1FIVA 5OZXA 2PH6A 1MT7A 4D83A 5P52A 3PWWA 5P47A 5OZBA 2P3AA 4Y4TA 5P7QA 1XDHA 2QI0A 5P1HA 3VSWA 2AZCA 2O4LA 1AJXA 4JPCA 5P24A 3TOHA 4EXGA 2AIDA 5KR2A 3S7MA 5OZWA 3BGBA 3EC0A 4YD4A 1PFZA 5P20A 5P2ZA 5P4WA 2HB2A 5P0EA 5OZ1A 3GGAA 2IDWA 3PM4A 2UY0A 5P5CA 5AH6A 2NMYA 3FSMA 5AH7A 4PEPA 5P25A 5P3IA 4ZIPA 3L59A 4H3FA 4Y3QA 3KDDA 1HEFE 3DUYA 5P8UA 3EL1A 4JPEA 2G69A 5OZZA 4B0QA 3QP0A 5DQ5A 3NDUA 3UDRA 3MWSA 4RCFA 4EJ8A 3S2OA 4J1KA 5OZCA 3PI0A 4I0DA 5P7HA 2IQGA 4DJPA 4E43A 5P5VA 2BB9A 2BBBA 3EMYA 4I0EA 3OXVA 5OYSA 3EM4A 2ZDZA 3OUDB 1A94A 5KOQA 1MTRA 5DGUA 5HU1A 6FIVA 1YM2A 1WBMA 2ER7E 5P0SA 3F9QA 5P31A 3VUCA 3VV7A 4CPSA 5P2FA 4QLHA 3VSXA 2QHZA 5P32A 3QVIA 1GVXA 1LYBB 2AVQA 4DJXA 5P06A 3T11A 3OUAA 4Y3SA 3UDNA 4Y5KA 1EPLE 4FRKA 1SMEA 2PC0A 5P19A 3G6ZA 4M8XA 1TQFA 5P23A 6APRE 5P6ZA 3GI6A 5ISJA 1EPNE 4EJDA 5P1IA 2IGYA 4NJVA 4FAEA 4ER4E 1HBVA 3INHA 5P22A 3TKWA 5JG1A 3DV5A 5P08A 5P8QA 1EAGA 2WL0A 5BS4A 4RRSA 3Q4BA 2PWCA 5P12A 1KZKA 2Q11A 4X7IA 5P04A 5P1LA 3SA5A 3WZ6A 2BPZA 4DJOA 4LXKA 2QAKA 3VYDA 2WF3A 3IXJA 2AZ9A 2G1RA 3NR6A 1ZP8A 5P2IA 3UDKA 1ZLFA 4F74A 5P57A 3A2OA 2ZHTA 3K4VC 5IS4A 1D4SA 1IDAA 3EKXA 4NKKA 1TSUA 2O40A 1UH7A 1ZPKA 4U8WA 4OBKA 1LYAA 1FG8C 3TOGA 4DPIA 3NDXA 4DV9A 2F3EA 2QHYA 3APRE 2RKFA 4QJ6A 1A8KA 4CPXA 4EP3A 4EYRA 3O9CA 3UCBA 5P7RA 4BFBA 4EQJA 5J25A 1DIFA 3G70A 3SA9A 4DQBA 2IKUA 1QBSA 1HSGA 1FKNA 5P5KA 4I12A 5P6OA 4EXHA 4DI2A 1YTJA 2R8NA 1BAIA 4Y5EA 3K1WA 2FMBA 2R9BA 4LAPA 5P5GA 5JODA 4RLDA 3CIBA 4OD9B 2QU2A 5KQFA 3VV8A 5P16A 1APUE 5P48A 2QMGA 1HVLA 5P0HA 5P5ZA 5OZ9A 5P26A 1WKRA 2Z54A 2PSUA 3OADB 4Y4XA 1HVHA 1BXOA 3S7LA 1SMRA 5P1OA 4IVTA 3OU4B 2P4JA 3KFPA 5P0UA 1K2CA 5P45A 2QD8A 1W5YA 3L5CA 3D1ZA 3UDYA 3EKTA 3T7XA 7UPJA 1HTFA 2RMPA 3QRMA 1MSNA 3NU9A 2H6SA 3CICA 2QHCA 5P41A 2G1YA 3TLHA 3ZKNA 2VJ9A 4MC6A 2QI7A 1CPIA 2FNTA 4A6CA 7HVPA 3URIA 3B7VA 4HDPA 1MPPA 2VKMA 2PH8A 5P0YA 1HPOA 3LPIA 4GYEA 3ZOVA 5P6XA 2WF0A 2R38A 2OHTA 5HD0A 4K9HA 5P8CA 5HE5A 2F81A 1DP5A 1MT8A 1NPAA 2WEBA 4PHVA 5P73A 3S56A 5P0TA 5P8VA 1D4KA 1W50A 4L7HA 4GIDA 4NPTA 3H5BA 4Y4AA 4F76A 4CPRA 4YBIA 4J17A 2PYNA 2WF4A 4D88A 1MEUA 5DQ4A 1XN3A 1SDTA 5P51A 3PVKA 3ZL7A 4U7QA 4D85A 1EPRE 3GI5A 1QDMA 4NPUA 4Y3HA 5HDXA 2OF0A 1ENTE 1IVQA 1MSMA 4GMIA 5P79A 3BUGA 2P3DA 2VJ7A 5P3LA 1AAQA 1EBZA 1D4LA 4YOAA 4Y4EA 4FRSA 5P89A 4FRJA 3R1GB 2AOIA 2QU3A 3WSJA 3L5EA 1HTGA 1B5FA 4Y5CA 5I3WA 4Y5BA 5P0DA 5P0AA 1ZSFA 5AHAA 4L1AB 4B05A 2IENA 5E5KA 1GVWA 4COEA 5P2YA 1HPSA 2AOEA 4AZYA 4FCOA 1F34A 4XX3A 5AGZA 5P3UA 4Y4DA 1HTRB 2VIYA 4PPHA 2R5PA 3OU3A 2NTRA 4A4QA 4FM6A 5P05A 5P3RA 1ME6A 4HDFA 5P7XA 4HDBA 3U71A 4J5JA 2HB3A 3GGUA 5P8HA 2AOHA 5P5XA 1LYAB 2VA6A 5AH9A 3GGXA 3KT5A 5DR8A 1OHRA 5OYRA 1FQXA 3OUDA 5P1DA 3O9HA 1K6CA 2IL2A 2Q63A 3PI5A 5P1PA 4RVJA 5P30A 3HLOA 4TVGA 5P6UA 3RTMA 3BRAA 4YD6A 2NXLA 3H0BA 3T7QA 1C6ZA 5P71A 3VLAA 2I4WA 1FQ8A 4I10A 1G0VA 3BUHA 3ZPTA 4FLGA 1LYBA 2PYMA 4J1CA 3GGVA 4I0ZA 4TVHA 5P53A 2IEOA 3NU3A 4QJ7A 5P2KA 3NU5A 2PWRA 5P0XA 5P4VA 2BKSA 5P43A 2PK6A 4DQFA 3SA3A 2HM1A 2ZJNA 1HSIA 2V10C 3UFLA 5P72A 3URLA 1MIQA 4EWOA 5DQ2A 1W6IA 3CIDA 1LF3A 4Z2ZA 5P5TA 4YE3A 5P7YA 1FF0C 2WECA 2CENA 2FDDA 3OU1B 1APVE 2PQZA 5P3EA 4LP9A 3TPLA 2P83A 1UPJA 5P62A 1KJGA 4KB9A 1APWE 3PSYA 2ER9E 3U6AA 2BKTA 5OYYA 5P3NA 4R8YA 2I0DA 3Q6YA 5OZPA 5P1XA 1NH0A 4Y44A 4Y51A 1ER8E 4YD5A 5P0ZA 4RZ1A 5P4XA 4FGXA 5AH8A 4ZPEA 3HAWA 3NDWA 5P3PA 3IN3A 4YDFA 5P5EA 3VG1A 1AXAA 4HA5A 1VIKA 2R5QA 5P84A 1HVSA 1VIJA 5P70A 4RGHA 4Y5NA 2APRA 3O9IA 4L7GA 3KT2A 3OOZA 2I1AA 4Y3GA 5P6KA 1U8GA 1TZSA 1FEJC 2VIEA 1WBKA 2ZGAA 1BVGA 3OQFA 2J9KA 1AM5A 5P4FA 3PSUA 3MXEA 1HOSA 3LHGA 4CMSA 3BVAA 4GJAA 4OBDA 5P6YA 1EBWA 3TOFA 2BPVA 2OAHA 5OZHA 2V16C 1HPXA 5T4SA 1PSAA 1SIVA 2ZE1A 4OD9A 5HDUA 3IXOA 5IVRA 5DR0A 3K5GA 2O4SA 4AA8A 1EPPE 3PGIA 4K4RA 4J0TA 1FMBA 3TNEA 2VJ6A 3L5DA 5CONA 3OADA 2ZHUA 5P7MA 2XFKA 3SA6A 5P65A 1A30A 5P5IA 5P0NA 1SGZA 4UPJA 3OU4A 5HE4A 4EP2A 5KR1A 5DQ1A 5P66A 2B8LA 2G94A 5OZTA 5P81A 1FMUA 1BDQA 4FS4A 5P09A 3ZKSA 1B5FB 1KJFA 4LXMA 2OHPA 1IZEA 5P6LA 4EQ0A 5P1EA 3BVBA 4Y6MA 5P69A 3SA7A 1SGUA 5P88A 1IZDA 4BEKA 3KM4A 3NUJA 4J1EA 5P27A 2I4QA 3FIVA 3DJKA 2NXDA 3KMXA 3VF5A 5P6RA 1DAZC 3K5DA 4H3GA 3RTNA 5EZZA 3S8IA 4WY6A 4ZEAA 3ZKQA 2F3FA 2Q15A 1EC2A 4HVPA 1TCWA 4Y3MA 5P2NA 1ZBGA 4Y5PA 4Y48A 5P7FA 5ER2E 2G24A 5P60A 3PEPA 2VA7A 3PLLA 5P0JA 2AVSA 1K6PA 5P1FA 4QGIA 3SQFA 3I8WA 1CMSA 5P7SA 3M9FA 4S1GA 5P6GA 5P29A 2Q5KA 1APTE 4K4PA 5P1BA 5P6JA 5P49A 5P0FA 1SIPA 1GVTA 3I25A 5P4KA 2R3WA 5E5JA 5P4BA 3PB5A 1JLDA 3URJA 3PHVA 1KJ7A 3GW5A 3S43B 3OUBA 2V00A 2VA5A 4XXSA 2Q54A 3K5CA 5P4NA 3QBHA 3IAWA 5P0RA 1BVEA 5P87A 5P4YA 1PSOE 5P35A 1IZHA 4I1CA 3GI0A 3OQDA 4OBJA 3EL9A 5HE7A 4R91A 5P8OA 4Y3LA 5P4TA 2QNNA 3VLBA 4L1AA 1XL5A 3PWRA 5P7LA 4Y3PA 5P7PA 5P0IA 1HVIA 5C9DA 4APEA 5P01A 1GVUA 4ZSQA 5P5LA 2AODA 3PSGA 5P8KA 1AJVA 2QI5A 3KA2A 3LPJA 4RCEA 5P1QA 5P7BA 3UTLA 1MRXA 3C9XA 5P8GA 3EM3A 5P5BA 5P2EA 4GJ7A 3EKPA 1UH8A 3EKQA 2G1NA 1FGCC 3L58A 2J9JB 2ASIA 5P44A 2FLEA 3VYEA 5DPZA 3SAAA 4EJLA 4I8ZA 5OZOA 3INDA 5HCTA 2A1EA 5CLMA 4DQHA 4GJ5A 2OHMA 2WJOA 5P8SA 1B6KA 5P75A 1QBRA 3SFCA 5IE1A 2RKGA 3CYWA 5P78A 5OZRA 1YTIA 5P7GA 4R93A 2NNKA 5B18A 3I7EA 3PBZA 5HDVA 3RU1A 1OEWA 3EKVA 4Y9WA 5BWYA 1PPME 2PSGA 1W5WA 5P6AA 5DGWA 2BQVA 5P2LA 2B60A 3QVCA 5P4LA 1T7JA 2QZKA 5P58A 5P5FA 3D1YA 5JFPA 5P6SA 3LIXA 1W5VA 5P0PA 2FGUA 1Z1RA 4YDGA 1EC3A 5HCOA 4GJ9A 3O9LB 5P8PA 3OU1A 3RTHA 1RL8A 3SO9A 3SACA 1LF4A 4XX4A 5OZSA 1HVKA 3NU6A 3BHEA 3B80A 2P3BB 3INFA 5P2GA 3UQXA 2G22A 2Q64A 4GB2A 5F00A 3CKPA 5P6WA 3I6OA 3FNUA 3PBDA 3OAGB 1GNMA 3OXWA 2I4UA 5P5AA 3NXEA 3FKTA 4B00A 4YCTA 1RNEA 2I4XA 4CP7A 1BBSA 4DQCA 5OZLA 2VIZA 1LF2A 3BUFA 2G1OA 4Y47A 3VCMA 5I3XA 4Y50A 5OZUA 5P6BA 3WB5A 2ZHSA 5AHBA 1TW7A 2AVVA 3HZCA 1BDLA 4NJSA 4Q1YA 3WZ8A 5P14A 4RVIA 4TRWA 1G35A 1ZJ7A 2BPXA 2OHUA 3QRSA 3BXRA 3LIQA 4Z50A 4ACXA 2NMZA 5P8EA 3OWNA 5OZ4A 5P2DA 2QD7A 3R2FA 2HIZA 3HVGA 4ER1E 2HPFA 2HS2A 3ER3E 3G72A 5P4GA 1TSQA 4LC7A 5P02A 5IVQA 5P8TA 9HVPA 5P76A 4GJ8A 1EC1A 3VFAA 5APRE 3TPJA 5OZ3A 2RSPA 5P67A 1FQ7A 4I0JA 2F3KA 1AIDA 3EL4A 2V0ZC 3SABA 3D1XA 2EWYA 1D4JA 3CKTA 5KQYA 3S85A 5OZ5A 4H1EA 4FSLA 3TH9A 2QZWA 1N49A 1D4HA 5P1VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1S A;  5P8D A;  4B72 A;  1BDR A;  4Y3D A;  1PPL E;  2AQU A;  4IVS A;  3LIT A;  5KQZ A;  4M8Y A;  1ZSR A;  1EED P;  2QP8 A;  3QN8 A;  3HAU A;  5P6N A;  3QRO A;  2WF2 A;  1HIV A;  3TPP A;  3QI1 A;  4Y5G A;  1YG9 A;  3OK9 A;  4Y3N A;  1ODX A;  4CPU A;  4Z4X A;  2JXR A;  5HU0 A;  3HW1 A;  4Y5L A;  4JP9 A;  4Y3X A;  4OBH A;  4XKX A;  5P4Z A;  4AA9 A;  4AUC A;  2PK5 A;  5KAO A;  1M4H A;  2I4D A;  1FB7 A;  3SM2 A;  1YTH A;  5P1C A;  1SDV A;  5P36 A;  4Y4G A;  5P4E A;  4FE6 A;  5OZE A;  2QD6 A;  4R5N A;  5P3O A;  3LZS A;  5ENK A;  2FXE A;  3JVY A;  1DPJ A;  4Y4W A;  5P83 A;  5OZ6 A;  1UH9 A;  2FXD A;  4CPT A;  5P63 A;  2XFI A;  3OUC A;  1EPO E;  1FQ4 A;  5ER1 E;  5DQC A;  1FFI C;  4B1D A;  5P68 A;  4Y45 A;  1G2K A;  4DPF A;  2XYE A;  1AVF A;  4NJU A;  3LZY A;  1Z8C A;  3EBZ A;  4Y41 A;  2QNQ A;  2G21 A;  3WZ7 A;  4LBT A;  4Y53 A;  2QI1 A;  4Q1N A;  3QRV A;  5P7N A;  5DR4 A;  5P3V A;  1ZTZ A;  4Y57 A;  5P7I A;  3OXX A;  1FMX A;  3OGQ A;  5P40 A;  1NPW A;  3OQ7 A;  5I3V A;  5OZM A;  1QRP E;  4I0I A;  2B7F A;  2ZYE A;  1PPK E;  1HVR A;  5P3G A;  2FDE A;  4FL8 A;  5P42 A;  3S45 A;  4DFG A;  1HVJ A;  1BIL A;  3IGB A;  4Y3T A;  2PSV A;  1YX9 A;  5P1A A;  5P6Q A;  5P8L A;  4Y3Y A;  5IVT A;  3PWM A;  1W51 A;  3QAA A;  3O9E A;  5OYZ A;  5P0M A;  5P15 A;  4LL3 A;  4B78 A;  1RPI A;  3UFN A;  1W6H A;  5SZ9 A;  1MET A;  2A4F A;  2VNN A;  1BIM A;  5OYW A;  5P8A A;  5P5P A;  5OZF A;  3DCK A;  2FS4 A;  2B8V A;  1HPV A;  1E81 E;  2JE4 A;  3AID A;  2AOJ A;  1FLH A;  4U7V A;  3JVW A;  2VS2 A;  5KR0 A;  5P3M A;  5P50 A;  1D4Y A;  3MSK A;  1M43 A;  3HDK A;  4APR E;  5P2W A;  2WF1 A;  1FQ5 A;  5OZG A;  2AZ8 A;  5I3Y A;  3O9B A;  4Y38 A;  4K8S A;  1C70 A;  1FIV A;  5OZX A;  2PH6 A;  1MT7 A;  4D83 A;  5P52 A;  3PWW A;  5P47 A;  5OZB A;  2P3A A;  4Y4T A;  5P7Q A;  1XDH A;  2QI0 A;  5P1H A;  3VSW A;  2AZC A;  2O4L A;  1AJX A;  4JPC A;  5P24 A;  3TOH A;  4EXG A;  2AID A;  5KR2 A;  3S7M A;  5OZW A;  3BGB A;  3EC0 A;  4YD4 A;  1PFZ A;  5P20 A;  5P2Z A;  5P4W A;  2HB2 A;  5P0E A;  5OZ1 A;  3GGA A;  2IDW A;  3PM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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