1YTJA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFHLWKRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVEVEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Simian immunodeficiency virus
molecule keywords SIV PROTEASE
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ytjA00
1BAIA 1MRXA 4H1EA 2A1EA 5OYQA 2B42A 2G22A 3EL5A 5HDVA 3A2OA 3ZKQA 3NU3A 5DR7A 5P4PA 3O9LA 3ZPSA 3MSJA 2HPFA 4Y5KA 4OBZB 2Z54A 1FQ7A 3UTLA 3ZMGA 4NPUA 5P4EA 5OZ7A 1K1TA 3O9HA 5P4JA 4JECA 5P1HA 3RTNA 4Y3NA 5P50A 1ZTZA 3OQAA 5P2NA 2R9BA 3H0BA 1OEXA 5P7GA 4Y3JA 5OZ4A 3UDYA 3O9EA 4I12A 3OU4B 1VIKA 2AZ9A 5P57A 4NKKA 3K5FA 5OZAA 3QBFA 5P0OA 4NJSA 4JPEA 5P42A 1E80E 1A9MA 4OBDA 3Q6YA 1Z8CA 5P1ZA 1W5XA 4YD6A 2VIEA 1ODXA 3NUJA 1AZ5A 5P4CA 3UQXA 4FRSA 3Q5HA 5OZSA 1YM4A 2P3BB 3SA8A 1IIQA 1QRPE 4WTUA 4DQFA 4DJXA 2R5QA 4Y4JA 2CEJA 2F8GA 3I25A 5P2QA 4Y3ZA 2OHMA 5P7WA 3LIYA 5P8TA 5P7PA 3VV8A 1WBKA 4HZTA 2NTRA 5P72A 5P4AA 5OYZA 5P37A 3VSXA 3VLBA 1IZIA 3UFLA 2QD7A 4B1CA 4RRSA 3D1XA 3SQFA 5P1PA 5P5RA 1W5YA 1K2CA 5P0TA 3AIDA 2QU2A 2VJ7A 1M4HA 5P2TA 3EKQA 5P76A 5P1UA 1K6PA 5JFPA 4L7JA 6FIVA 2FIVA 1PPKE 1Q9PA 2G26A 5SY2A 3RSXA 5AH7A 4YE3A 3OUBA 5P12A 2VJ9A 1APTE 5P88A 5P2AA 4DPIA 4Y4WA 5P44A 4APRE 1W5WA 1AXAA 1B11A 5P2OA 5P73A 1LS5A 2FLEA 5P0KA 1MIQA 5OZ9A 5P2VA 5P2DA 4DUSA 5P8FA 3LPKA 1FQXA 4L6BA 5P4KA 5P0YA 5P6OA 5KOQA 4RVXA 2BKTA 5P20A 2IQGA 2HB3A 1A94A 2QCIA 3HVGA 5P0AA 2G69A 5P8CA 5P8IA 2H6TA 4M8YA 1HPSA 4J1IA 4I0FA 3BUHA 3LZYA 5P2EA 1APUE 5P4YA 4DQGA 4RCEA 5P2CA 5P11A 5P8VA 3JVWA 1T7JA 1KZKA 5P6AA 2VNNA 2Q11A 5SZ9A 4E43A 5AGZA 3OXWA 4RRNA 5P65A 3N4LA 5P0SA 4HDPA 3QN8A 1D4YA 5P5CA 4Y57A 3NYGA 2O40A 5J25A 5P3SA 4FAEA 5OZMA 3LINA 5P0GA 5P7NA 4Y43A 5P54A 2HC0A 4ER1E 3G70A 3S7MA 3HW1A 5DR3A 5P53A 5IVQA 3R0WA 2QI7A 3PI0A 4Y3SA 5P6PA 4XXSA 1M43A 1IZEA 5C9FA 5P6GA 3I8WA 3KYRA 3MSKA 2VNMA 5P8DA 5P70A 3NU4A 2BBBA 2ZJMA 5FIVA 4KB9A 2O4PA 2ER6E 2ZHUA 3KFSA 4YA8A 5OYSA 5P8BA 1HPXA 5P02A 3HBOA 5CONA 3PCZA 1EBKC 3HLOA 5P1XA 1FGCC 5P5GA 4Y9WA 4Y38A 1E5OE 3VSWA 3LNKA 5P1EA 2ZJHA 5P0NA 1EBZA 1ZBGA 4HDBA 1HPOA 3GGAA 3EC0A 5P1IA 1FIVA 5P60A 4Y5PA 5EZZA 3F9QA 3TH9A 5P5FA 1YTJA 3KFNA 5P5WA 1ZJ7A 4Y3LA 1GVUA 3OTSA 1FF0C 3BUFA 5I3YA 1TW7A 3BC4A 3QPJA 2P83A 3NWQA 1MPPA 1RPIA 3ZKNA 1DIFA 5P0DA 5P8PA 5P26A 1VIJA 5P1RA 4DQBA 2VA7A 5P3GA 3DV5A 2JJJA 1K6CA 1OEWA 1HSIA 2NXMA 2ER7E 1GKTA 2BPWA 2V12C 4Y3DA 4OC6B 3EL1A 3OU1B 5CLMA 1EC0A 5OZCA 3BUGA 4BFDA 1DMPA 1IVQA 5P4GA 5P6XA 4RCFA 4ZSPA 1UH9A 5DQ5A 3APPA 1QBRA 1EPME 5P4QA 1GVVA 5OZOA 3UDJA 4Y3GA 4A4QA 2XFKA 5P1WA 1EPPE 2FDPA 3INFA 5P1KA 7HVPA 5P4LA 4EQ0A 3KDDA 4EWOA 5P30A 5P3QA 3OGPA 5P5EA 2PYMA 3BRAA 3D3TA 5DPZA 4F74A 5OZUA 2O4LA 2AODA 3SA9A 3O9IA 4KUPA 5DR8A 3VF3A 5P5VA 3Q4BA 4Y3HA 4CMSA 5IS4A 1RNEA 5P09A 5KR1A 1SH9A 3EBZA 1EPRE 3NDUA 2R38A 3IVHA 2ZHVA 4NJVA 1MSMA 1IZDA 5P41A 4Y3YA 1QBUA 4COEA 3U7SA 4Y3RA 1YG9A 1HOSA 3KT2A 3LIQA 2OHRA 4N00A 5P1DA 1HXWA 4U8WA 2XFIA 1YTGA 5OZVA 4Y5EA 4R92A 3QROA 5C9DA 5OYUA 1SDVA 5BS4A 4Z22A 2HPEA 1MTBA 2QAKA 1SP5A 3T3CA 3SFCA 3UHLA 4Y36A 4Y6MA 4RZ1A 1FQ5A 4ZSRA 2WF0A 3VF5A 5HE7A 1GVTA 5P33A 3TPLA 2ZHTA 5OZRA 1PSNA 4AMTA 2G1OA 3QRSA 5P2XA 5P0CA 1XDHA 4MC9A 4CKUA 2ANLA 3MXEA 5P2GA 5P05A 1SMRA 1QBTA 5P06A 4OBZA 4EJKA 2WEBA 5P6NA 3INDA 1ZSRA 5P47A 1W5VA 1ZPAA 4K4PA 2ZJJA 4Y3QA 5OZWA 2OHPA 5P29A 4YDFA 5KAOA 5P03A 1DPJA 5P6YA 5OZZA 5P36A 1EBYA 3INEA 5HE5A 3OAGA 5P8QA 1T6GA 1RQ9A 5OYYA 3O9DA 4XX3A 3EKVA 3OU4A 2AOGA 5OZ0A 5KR0A 3PSGA 1A8GA 1EBWA 3KMXA 3PM4A 5P6HA 5OZIA 2PSVA 5P6SA 1HVCA 4B72A 5OZ3A 3VYEA 1OD1A 3VYDA 4DJWA 1TQFA 3QIHA 2I0AA 4FRKA 3RU1A 3OWNA 2BQVA 5DQCA 4DI2A 5OZQA 3T7QA 5P59A 5E5KA 5OZ1A 2OHTA 3L3AA 3K4VA 1QBSA 5P4DA 1ODYA 5P1VA 5COOA 4AA8A 2P3BA 2AVQA 2P3DA 4APEA 3QP0A 2Q55A 1D4SA 3S53A 5BWYA 1FQ8A 2IGYA 2B7ZA 3QAAA 1U8GA 4EHCA 2ZYEA 4RGHA 1B6JA 3SA3A 5P81A 1PPME 5OZJA 3OOZA 5P61A 9HVPA 3SKGA 5P3NA 2P4JA 2AZBA 5P3FA 3FV3A 2QI4A 5P8GA 3BGCA 3MXDA 4DJRA 1D4KA 3CICA 3LZSA 4PHVA 3SA6A 5SXNA 5TOLA 1LF2A 2BB9A 2R43A 4B00A 3PSUA 3S56A 5P84A 5P62A 3EKWA 4Y50A 2VIJA 4OBJA 2G27A 5P7YA 4YCYA 3SABA 3JVYA 5P85A 2IL2A 3GI6A 4EJLA 4AUCA 1IVPA 2NXLA 2XFJA 4D89A 2ZHRA 5P2JA 1G35A 3KMYA 4Y39A 1B5FB 4DFGA 3MWSA 3PLLA 5P4NA 1MUIA 2APRA 5P66A 2WF4A 4RYCA 2I4VA 1T6EX 4J1KA 4X7IA 4NJTA 1PSOE 1HVJA 3NXEA 2J9KA 4LAPA 4A6BA 3HAUA 3BVBA 2AOJA 1AJVA 1C6ZA 1HTEA 2VJ6A 3PMYA 2J9JB 2RMPA 3T11A 2WHHA 4F73A 2QMFA 5P34A 5P3IA 3B80A 1HSHA 2UPJA 4CPXA 1KJ7A 5P2LA 3DCRA 2B8VA 4LXKA 5ER2E 3R1GB 3S45A 3I6OA 3G72A 3UQRA 4Y54A 3AUPA 4Y3FA 3UDNA 3IN4A 2PK6A 3UDRA 3QVIA 3OAGB 4J1HA 4OBHA 3EL0A 4PPHA 5P2HA 4J0YA 4GJ5A 3LIZA 3S7LA 2G1NA 5OYVA 1RV7A 5P5HA 3KM4A 2SAMA 1CMSA 1AJXA 2WECA 4LP9A 5P0JA 4LBTA 4K9HA 3FIVA 4NPTA 4F75A 2OHUA 1F7AA 5P6UA 3NWXA 4YD5A 1SGZA 5P3WA 3EM6A 5P4WA 3VV7A 5P25A 5P3DA 5P5SA 3DUYA 5P31A 3TOFA 2UY0A 5P5JA 2FGVA 3WB4A 1FEJC 5P6LA 5DR0A 1E82E 1FQ4A 4YBIA 4I0IA 2AVOA 5P7IA 1FMBA 5P7UA 4CPUA 4J54A 4GJBA 4QJ7A 3UQPA 2QZKA 5P1AA 5P5IA 5IVTA 4RCDA 3ZPTA 2G1YA 3KA2A 5DGWA 4ACUA 3L5DA 4AA9A 2EWYA 3PWWA 3ZKSA 5P7LA 4LHHA 5COPA 2I4QA 5P6FA 2WF2A 2ZDZA 3GI4A 5P4XA 5P0UA 3NU9A 1C6XA 2G24A 3ZL7A 3QRVA 1BILA 2FXEA 2XYEA 1HIVA 1G6LA 2OHLA 5P3PA 5P39A 3QS1A 1SGUA 4GB2A 1E81E 3CIBA 3IXOA 4Y4BA 4D8CA 5P2MA 1D4IA 3UF3A 4ZPEA 2BJUA 4Y44A 5P24A 1GVWA 4OC6A 3OU1A 2G21A 5ENMA 4IVTA 2HM1A 4I0DA 2PWRA 3SA5A 1LF3A 2R5PA 1BXOA 2HAHA 3D91A 4FM6A 3OUCA 1FMUA 4BEKA 5OZ5A 2F3FA 3APRE 4OBFA 3TOHA 5P5BA 1SMEA 2ZGAA 1LV1A 2QHYA 3U71A 2QK5A 5OZPA 4J5JA 5P3UA 4YBFA 2Q5KA 2QD8A 3DOXA 4Y3AA 4FL8A 4EXHA 1NPVA 2QD6A 4ACXA 3HD8A 5B18A 3R0YA 2Q64A 3L5EA 4Y5MA 5P56A 2R8NA 5P15A 2IGXA 5P4VA 3ZPUA 2QMGA 3NLSA 4GJDA 1XN3A 3DCKA 3JW2A 3PRSA 4FRIA 5P7EA 4FS4A 3OXVA 3HZCA 2RKGA 1BVEA 5P46A 5P8JA 1MESA 2VA6A 1W51A 4ZSQA 4Y4UA 2QI1A 3B7VA 1SDTA 4TRZA 5P4SA 4Y41A 4QJ9A 5P6DA 3ZKMA 1J71A 5P63A 5C9BA 5OYTA 5P3TA 4RVJA 1YTHA 3I7EA 1FFFC 2NNPA 4JPCA 3DK1A 2OHNA 3M9FA 5P7JA 1TCXA 1KJ4A 4Y58A 5AHBA 3OHHA 2AOIA 1BV7A 2QP8A 4Q1XA 5P1FA 5P7DA 1FB7A 4B05A 5P5ZA 1C70A 2O4NA 1MTRA 3VG1A 1LYWB 5P2ZA 1D4LA 3GGVA 1MSNA 2R3WA 3UDMA 2BPYA 1BDLA 2WF3A 4YD4A 3IN3A 3URIA 4CPQA 5P87A 1HBVA 1MERA 5SY3A 1ER8E 3KFPA 4EPJA 1BV9A 1XL5A 3VYFA 5DR1A 2QNQA 1B6MA 3LZVA 1CPIA 2QI6A 1TZSA 5PEPA 3SM1A 4FE6A 4MC6A 1TSUA 1W6IA 3NDXA 3DJKA 5ER1E 3FX5A 3SO9A 1F34A 5OZXA 4ZIPA 1T7KA 3RTHA 3L58A 3URLA 5IE1A 5P8UA 3QVCA 2AOEA 5KR8A 3S2OA 2BPXA 1LEEA 5P7HA 2Q15A 1QS8A 3S85A 3D20A 5P6TA 3BVAA 2PSGA 4KE1A 4HEGA 1YX9A 3I2LA 4Y4XA 3SACA 5P8HA 2AOFA 3UQUA 1A30A 4CPTA 4ZLSA 2WJOA 1HTGA 4J55A 5P0PA 1HPVA 3WB5A 4Y5GA 4DJQA 4R91A 1APWE 2WEAA 3EM4A 1D4JA 2FGUA 5P78A 1DP5A 1XE6A 4ZSMA 1UPJA 4OBKA 3ST5A 5P4UA 4B70A 4FSLA 1HTFA 2QI0A 1WKRA 5COKA 4MC2A 1XS7D 2V0ZC 2JJIA 5IVSA 2B60A 4EJ8A 3K5CA 1WBMA 5AH9A 3O9AA 1NSOA 1MT7A 4KE0A 4LC7A 3PCWA 3UFNA 4Y45A 2QI5A 5P7AA 2ER0E 3D1YA 1B5FA 5P4MA 1AM5A 5P16A 4R8YA 5P75A 5OYWA 3OUDB 5AHAA 2BPVA 5HCTA 5P3KA 5P6ZA 5E5JA 3EL9A 1LYBB 1GNOA 3EXOA 5P8KA 1FMXA 2P3CA 4YOBA 1K2BA 2J9JA 2UXZA 3BXRA 5HDXA 2G20A 5KR2A 4GJ7A 3IXKA 3TNEA 5P7BA 4I11A 1FG8C 4YOAA 4WY6A 3TTPA 2I4DA 2IKOA 3EM3A 4WY1A 3RSVA 5P1JA 5I3WA 4I8ZA 3TKWA 2RENA 4Z2ZA 2NMZA 3R4BA 4Q1NA 4CPSA 5P86A 1IDBA 3T6IA 4DJPA 2QZWA 2VKMA 5OZNA 3LHGA 2V11C 1ODWA 4ZPFA 3IGBA 3S43A 1EPOE 2CENA 4L7GA 5HDZA 5P5QA 2O4SA 3BGBA 1CZIE 3O9BA 3LPIA 3EMYA 4PYVA 3PLDA 2B7FA 1K6VA 5EZXA 1EAGA 3VEUA 1XL2A 1UH7A 4TVGA 5P40A 5P19A 2NXDA 5P3EA 2IENA 4EP2A 4DV9A 4DJOA 2I0DA 3OU3A 1ZAPA 2WEDA 4GIDA 4LXMA 3L38A 3IVIA 4B1EA 3EKTA 1D4HA 3ECGA 5OZLA 1ZLFA 2FNTA 5P5XA 3PWMA 2OAHA 1TSQA 4GYEA 5P7KA 1HVRA 5AH6A 2QHCA 3N3IA 5KQYA 3UDHA 5HU1A 5P52A 1MT8A 5OZEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BAI A;  1MRX A;  4H1E A;  2A1E A;  5OYQ A;  2B42 A;  2G22 A;  3EL5 A;  5HDV A;  3A2O A;  3ZKQ A;  3NU3 A;  5DR7 A;  5P4P A;  3O9L A;  3ZPS A;  3MSJ A;  2HPF A;  4Y5K A;  4OBZ B;  2Z54 A;  1FQ7 A;  3UTL A;  3ZMG A;  4NPU A;  5P4E A;  5OZ7 A;  1K1T A;  3O9H A;  5P4J A;  4JEC A;  5P1H A;  3RTN A;  4Y3N A;  5P50 A;  1ZTZ A;  3OQA A;  5P2N A;  2R9B A;  3H0B A;  1OEX A;  5P7G A;  4Y3J A;  5OZ4 A;  3UDY A;  3O9E A;  4I12 A;  3OU4 B;  1VIK A;  2AZ9 A;  5P57 A;  4NKK A;  3K5F A;  5OZA A;  3QBF A;  5P0O A;  4NJS A;  4JPE A;  5P42 A;  1E80 E;  1A9M A;  4OBD A;  3Q6Y A;  1Z8C A;  5P1Z A;  1W5X A;  4YD6 A;  2VIE A;  1ODX A;  3NUJ A;  1AZ5 A;  5P4C A;  3UQX A;  4FRS A;  3Q5H A;  5OZS A;  1YM4 A;  2P3B B;  3SA8 A;  1IIQ A;  1QRP E;  4WTU A;  4DQF A;  4DJX A;  2R5Q A;  4Y4J A;  2CEJ A;  2F8G A;  3I25 A;  5P2Q A;  4Y3Z A;  2OHM A;  5P7W A;  3LIY A;  5P8T A;  5P7P A;  3VV8 A;  1WBK A;  4HZT A;  2NTR A;  5P72 A;  5P4A A;  5OYZ A;  5P37 A;  3VSX A;  3VLB A;  1IZI A;  3UFL A;  2QD7 A;  4B1C A;  4RRS A;  3D1X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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