1YTJA

Siv protease crystallized with peptide product
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFHLWKRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVEVEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional structures of HIV-1 and SIV protease product complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Simian immunodeficiency virus
molecule keywords SIV PROTEASE
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ytjA00
5P3BA 5SY2A 5SY3A 3LIQA 3TL9A 2FGVA 3L5EA 3B80A 4ZSRA 1OEWA 4J0ZA 4TVGA 1TCWA 4Y3XA 3NUJA 1YTJA 5C9DA 4DJVA 4RRSA 2VNMA 3DOXA 5P4NA 8HVPA 1D4KA 3TPJA 5P2IA 5OZFA 1BWAA 3FNTA 3SA5A 4I8WA 5AHAA 2FMBA 4CPQA 4JPEA 4Y58A 3ER3E 1NPVA 2H6SA 5P28A 4GJBA 4CPWA 5JODA 5P8LA 4DJPA 5P4FA 3RTNA 3NR6A 1QDMA 2AVSA 5P3ZA 3ZKQA 1APVE 1RPIA 5HD0A 3S2OA 1MEUA 5P5GA 3UFNA 5P24A 3SO9A 4YD3A 4GMIA 3MSJA 5COOA 5P56A 2F8GA 2ZJJA 3PBZA 3SLZA 4DQEA 2QI7A 2MIPA 3UPJA 4F74A 5DR4A 5OZ1A 4HDBA 3ZPSA 3HAUA 1D4IA 1SGUA 4ZSMA 3PLDA 5P50A 4H1EA 3LITA 1ZSFA 2EWYA 4KB9A 5P2UA 4Y9WA 1B6JA 1G2KA 1XS7D 1TW7A 4QGIA 5HDZA 5P72A 1U8GA 5P3GA 1YM4A 1YM2A 3BUHA 3NU3A 4J1FA 5P6VA 5P8OA 3WB5A 5P1GA 3WZ7A 5AH8A 5P5DA 5P7JA 5P6EA 2AOGA 5P1JA 1EBYA 2QHYA 1HPOA 1T6GA 2QMPA 4FE6A 3HVPA 2OHKA 4XX4A 3QRMA 5P1NA 5KR0A 3OU3A 2ZHSA 3M9FA 4B1CA 1SGZA 5P6CA 5P2DA 5P41A 3UTLA 1F7AA 4Y3GA 4FRSA 3EM4A 4J0VA 4B77A 1LYWA 3PCWA 3EKPA 3GGUA 4Y36A 5P79A 3URLA 4B1EA 2AZCA 3L5DA 5AGZA 1ZLFA 1Z1RA 3FIVA 5P11A 2ER6E 3PMUA 1VIJA 1MUIA 2G69A 2HB3A 3SM2A 5OZ2A 1HVLA 3VFAA 2G1SA 4PEPA 2AZ9A 1HIVA 5P6UA 3LZVA 3MWSA 3N4LA 5P1BA 3PWMA 5C9BA 4Y47A 1IBQA 4H3JA 4Y3HA 1T7KA 3OOTA 4HA5A 4YD5A 1HVHA 5P6DA 4DPIA 2I4WA 5P1HA 3BRAA 2O4NA 2RENA 4Y3AA 3ZPTA 4D83A 4A4QA 4HEGA 2ER0E 1FF0C 4YOBA 5OYZA 2AOFA 2XFKA 3NUOA 5P65A 4Z22A 5P83A 1FGCC 2AOEA 2IDWA 5P22A 4DI2A 5P09A 5P5LA 3VYEA 2VS2A 2NMZA 5P6AA 2WL0A 5P30A 2QZXA 1LYAA 4YD6A 1EBZA 2QU2A 2V11C 1EPQE 4NJSA 5OZGA 2P83A 3G72A 1IZHA 1HSHA 3NDXA 1K2CA 5P7CA 5P7TA 2ZJKA 1XDHA 3NSHA 4YOAA 5P4SA 4GZFA 5HE4A 5P23A 5P00A 1FLHA 3EC0A 3QBFA 3ER5E 3ZKXA 3UQWA 4Y4UA 5P31A 1TZSA 4RYGA 2FDEA 4Y3YA 5P1SA 1HSIA 3OWNA 3NDUA 5HE5A 3VF3A 5P3MA 2OHUA 3LHGA 1ZPKA 3SA3A 5P7HA 1TCXA 3INFA 2QI0A 5OZDA 3VV6A 1MESA 4NPTA 1SMEA 5P0WA 3TPLA 5P53A 4JP9A 3BUGA 3S45A 4YCKA 4LXKA 1LYWB 1IIQA 5OYUA 5P3VA 4ZSPA 3B7VA 4Z2ZA 2G20A 5P82A 4I11A 1PPKE 2F80A 2G1RA 5OZ8A 5P36A 1B6KA 5P6BA 2BKTA 5CLMA 4A6CA 1GVWA 2QI1A 3GW5A 5P7NA 5E5JA 5P4OA 2R3TA 4J5JA 1DIFA 2QI4A 3QI1A 5P03A 3ZKSA 1UH7A 4OBDA 3NU9A 3D1ZA 5P1XA 6UPJA 5OYXA 3GGAA 5P44A 3SQFA 3VYDA 4K9HA 1W50A 4EJ8A 3APRE 3UHLA 4EP2A 4B72A 4Y5AA 5P5ZA 3S43A 3NWXA 4Y5GA 4F75A 5F00A 3PSGA 3SPKA 1HTEA 4RVIA 3OQ7A 1PPLE 5I3XA 1ZTZA 5ISKA 5KR1A 3D1YA 5P6KA 3RSVA 1Z8CA 4YD7A 3URJA 1LYAB 3Q6YA 2AVVA 1HIIA 1WKRA 2FXEA 4LL3A 3TKGA 3SACA 4Y5LA 4FM6A 2V0ZC 1FQ8A 4OBKA 1E80E 5P5YA 4I0FA 4YCYA 5P2XA 1MT8A 2F3EA 4R91A 5BRYA 3WZ6A 4DH6A 5P1IA 5P3IA 3VV7A 4GJAA 5P0NA 2V13A 3KMXA 2JJIA 4D85A 2VNNA 5OYVA 2O4LA 2B7FA 3TPRA 4R95A 3QP0A 3UDJA 3I7EA 5HCTA 1UH9A 2XYFA 2PSGA 4Y56A 1BDLA 2AZ8A 5COKA 3PLLA 3VF7A 1AM5A 4JPCA 4FSLA 3O9HA 5P0DA 5P5HA 5P46A 2NR6A 4TRZA 2OHSA 2VIEA 3Q70A 4ZSQA 1HPXA 4R5NA 1BDRA 3U71A 2ER7E 5P4TA 1BILA 3DUYA 2PYMA 3OQFA 4Y5MA 2R8NA 5P8QA 3QPJA 3IXKA 2PK5A 3R1GB 5P19A 5P2WA 2QHZA 5EZXA 2J9JA 5OZJA 1ODWA 5P3OA 1EPME 5P7DA 5OZSA 2QZKA 5ENKA 5TOLA 3SKFA 5F01A 2I4UA 2I0DA 3OU1A 2OHMA 4Y3DA 2CENA 3KT2A 4EJKA 5OZ5A 1NSOA 3OUDA 3IGBA 5P4HA 1K2BA 2QMGA 2V00A 5J25A 1SDUA 5P0OA 3WZ8A 1PSAA 5P7LA 1MPPA 5P1LA 3S43B 2ZDZA 4DJRA 5CONA 3RVIA 4OD9A 4BELA 2BJUA 4KUPA 1B6MA 5P3EA 4ACXA 2HM1A 5P4XA 5HDXA 2PQZA 3UQUA 5P2RA 5P5AA 1D4JA 5P2JA 5P3QA 5P0EA 5P4WA 4DJOA 4Z4XA 3ECGA 2G1NA 5P0TA 3BXSA 4I0IA 2O4KA 5P89A 2WF2A 1FG8C 4LAPA 4QLHA 2AQUA 5HCOA 3OQKA 3PEPA 5P8IA 5P8JA 4Y4AA 1A9MA 5P2OA 5DR7A 2P4JA 5P2SA 5OZ9A 1CMSA 3EM6A 4MC2A 3EMYA 4DQHA 1EPPE 1GKTA 1SIPA 4EQ0A 3PB5A 1K6VA 1YTHA 4K8SA 4CP7A 1BV7A 5P4CA 4Y3JA 4DJXA 2SAMA 5HE7A 2ZHRA 5JG1A 5P10A 1LYBA 5P60A 1C70A 2ZHUA 2AOCA 2HAHA 5P7YA 3DV1A 4B70A 5P2HA 4OBHA 3NXNA 4HDFA 3VCMA 1DAZC 1LF2A 1Z1HA 4GJ9A 2ZHTA 4Y3NA 1ER8E 5P40A 4Y3ZA 5P1WA 4MC6A 1FMXA 2V16C 3CKPA 1KJHA 1FIVA 3QN8A 5P6ZA 5P17A 1GNMA 3FKTA 4Y5EA 3BVBA 3UCBA 5P20A 2H6TA 5BS4A 3HAWA 1QS8A 4I0DA 5P7PA 2A1EA 5HTZA 2BKSA 3DJKA 5P4RA 1FMBA 3OU1B 3GGVA 5P42A 1G6LA 2WF3A 5P3HA 4APRE 3OUDB 4Y3RA 5P5WA 3ZMGA 4U8WA 3T7XA 5P64A 3LIVA 2VJ7A 5P1OA 5ISJA 4YBFA 5P5UA 1ODYA 2ZJIA 4D8CA 1EC3A 4LC7A 2FLEA 5KQYA 3IXJA 4Y3QA 5P4QA 3IAWA 3FNUA 3D3TA 1HVSA 3T3CA 4Y38A 2PWRA 4Y3TA 1EPRE 4J54A 5OYRA 5P0HA 4Y45A 4OD9B 4PHVA 3A2OA 5P3UA 3D91A 5P5FA 3BHEA 3GI5A 5P45A 1XE6A 2AOIA 1E5OE 3KDDA 5P0MA 2ZHVA 4ZPEA 4DV9A 2NXMA 2QD6A 5P0XA 4FAEA 2FIVA 5P2ZA 1JLDA 3N3IA 5P1FA 3K5FA 3PSUA 3S54A 1KJ7A 4Q1YA 4B78A 5P5SA 2BBBA 3NXEA 2P3BB 3SFCA 2Z4OA 3T7PA 5P7WA 4Y4TA 5P5PA 5OZLA 5ER2E 5AHBA 3MSKA 1HHPA 3I6OA 4RROA 2JXRA 2V12C 1K6PA 3L5BA 4XKXA 5OZQA 2RKFA 3EL9A 2CEJA 5P8VA 2RKGA 5P4ZA 3LZSA 2OHNA 1FB7A 1LYBB 1XL2A 2B8VA 3OXVA 1SDVA 5P58A 3UFLA 2QNNA 5P7QA 2NNKA 5P5VA 5P80A 5IVRA 5P0ZA 3SA6A 5P3YA 2QK5A 5P2GA 5P6OA 5P02A 1GVTA 5P37A 4J1KA 1BVEA 5P66A 3TTPA 4I1CA 5HU0A 3O9EA 5P8KA 5OZPA 5DR8A 4I0EA 4GJDA 3LIZA 5P8SA 3ZKNA 5E5KA 2G94A 2UPJA 4Q5MA 2OHQA 5P4YA 4Y5PA 5P3FA 5P7MA 3QRVA 4Y35A 3S8IA 4A6BA 1W5VA 2QCIA 5P0CA 5P0RA 3ZL7A 3SA4A 4DJQA 4L7GA 1B11A 5P77A 2F3FA 1C6ZA 2P3AA 2R43A 4J1HA 5P6JA 4F73A 2IL2A 3RTHA 4GIDA 4K4PA 2QNQA 3TKWA 5P25A 2NTRA 5P49A 4QJ8A 3BGBA 5PEPA 4XX3A 4CMSA 2O4PA 5P5RA 4DQGA 5P6WA 3S85A 4Y4JA 4J55A 1WBKA 3VV8A 3INEA 3O9GA 1SIVA 3EL5A 5P38A 1PROA 2B42A 3FV3A 5P8FA 5OZ6A 5AH7A 2Q54A 4NJVA 5P08A 2HS2A 5DGWA 5P0QA 4D89A 3JVYA 2VIZA 1A94A 3PWRA 1PSNA 1GNOA 3EKWA 3TOFA 4OC6A 4Y3WA 5P8EA 5OZYA 3O9FA 3CYXA 4CPTA 4K4RA 4J1IA 1LEEA 5P4AA 4GYEA 2R5PA 2CEMA 4YDGA 2IS0A 2BPVA 5P0GA 2FNSA 1GVXA 5P1AA 2A4FA 3T7QA 4Y57A 5P3WA 3H5BA 2P3DA 3BUFA 2R5QA 2BPXA 5P6SA 2O4SA 1APUE 3EL4A 3TH9A 4S1GA 5P39A 1AXAA 4L7HA 4AMTA 1D4YA 3JW2A 3I8WA 1PPME 1AJXA 3UQPA 2OHTA 5COPA 1IZEA 1EC0A 4Y51A 2ZJLA 4Y4DA 5P8GA 4E43A 1GNNA 4BFDA 4RGHA 4CKUA 4Y50A 4I0GA 7UPJA 5C9FA 2AVQA 3MXDA 3UDQA 3NDWA 3CKTA 3D20A 5P0VA 1BV9A 5P3CA 1MT7A 2VA7A 2IENA 4HDPA 5P32A 3GI6A 3TOGA 5P2BA 3SKGA 3TLHA 5P0YA 2QD7A 3H0BA 2I4DA 1UH8A 4ZPFA 4ER4E 4J0PA 4H3GA 1KJGA 5P29A 2ER9E 1HPVA 3BVAA 5P1MA 3DCRA 5P6TA 3SAAA 4WY6A 5OZ3A 3UDPA 1XL5A 5UPJA 4YDFA 2FS4A 3PBDA 1T3RA 5P4GA 5P78A 5P51A 3I2LA 4FM8A 5P0LA 3KN0A 3QVCA 4NPUA 2Q64A 5P12A 3INDA 5P74A 4M8YA 2RMPA 3S53A 2I4VA 2PSUA 3OU4A 4I8ZA 4RYCA 1NPWA 5DPZA 3EBZA 3TPPA 2HB2A 3NU6A 4DFGA 2R3WA 3PHVA 1FFFC 5P7SA 3KFSA 4OC6B 4Y4BA 3R2FA 4NJUA 3L3AA 4R93A 1W51A 2G26A 2VA5A 2XYEA 2WKZA 4Y5KA 5I70A 2PSVA 5OYWA 3PI0A 5P5EA 5OZUA 4Y48A 4Y4EA 4F76A 5P1KA 1T6EX 2ZYEA 5P3LA 3GGXA 5P35A 5P3PA 3ST5A 1EPLE 4EHCA 1FQXA 1HTFA 3U7SA 2HC0A 2HPEA 3OGPA 3VLAA 3LPJA 2P3CA 3SM1A 1HXBA 5DQ4A 3IVHA 1BXQA 4OBGA 2VKMA 5BWYA 1A8GA 3KFPA 3UDMA 5P8UA 5P3XA 5KAOA 1FQ5A 5P70A 5OYQA 2Q3KA 5P73A 3T6IA 5IVTA 5P2LA 5P8TA 3OXWA 3OADA 1ZPAA 3VSXA 3DM6A 5KOQA 2AZBA 7HVPA 1YG9A 5P01A 4M8XA 3OTYA 4TRYA 3HZCA 4L1AA 2BPWA 3PVKA 2VIYA 4EJLA 1G35A 1RV7A 3INHA 5P5OA 4FS4A 1HXWA 5P7OA 1SBGA 4MC1A 3DCKA 5KOSA 3NDTA 3QVIA 4PZWA 4DUSA 1NPAA 2QHCA 1RNEA 1J71A 4FRJA 5P1QA 3OXXA 5P2TA 1LF3A 5P4VA 2HPFA 5P8PA 3PGIA 3L59A 5P86A 5P7RA 3DK1A 4CPSA 3EL0A 1AVFA 3Q5HA 5OZEA 5P69A 1ENTE 3IN3A 3OU4B 2QI5A 3QBHA 2FGUA 2O40A 3OGQA 4ER2E 3NLSA 5FIVA 1FMUA 2WEZA 5P0SA 5P7UA 2AVMA 5P7IA 1HIHA 4R92A 4R8YA 4DVFA 1BXOA 4B0QA 1AIDA 3L5FA 2ZE1A 5P1TA 5HU1A 5DQ1A 2G21A 4ZEAA 3ZKIA 5I3YA 1ZBGA 2AOHA 5P8RA 3MXEA 3CIBA 1BWBA 1MT9A 1IDAA 2VA6A 5P75A 3EKYA 1MSMA 4B1DA 4I12A 5I3WA 2UY0A 1N49A 1FQ7A 3VEUA 4RLDA 5P6FA 3VG1A 3KM4A 3EM3A 2IRZA 1QBSA 4YBIA 5P3NA 5OZHA 1HTGA 3APPA 4YA8A 3O9BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3B A;  5SY2 A;  5SY3 A;  3LIQ A;  3TL9 A;  2FGV A;  3L5E A;  3B80 A;  4ZSR A;  1OEW A;  4J0Z A;  4TVG A;  1TCW A;  4Y3X A;  3NUJ A;  1YTJ A;  5C9D A;  4DJV A;  4RRS A;  2VNM A;  3DOX A;  5P4N A;  8HVP A;  1D4K A;  3TPJ A;  5P2I A;  5OZF A;  1BWA A;  3FNT A;  3SA5 A;  4I8W A;  5AHA A;  2FMB A;  4CPQ A;  4JPE A;  4Y58 A;  3ER3 E;  1NPV A;  2H6S A;  5P28 A;  4GJB A;  4CPW A;  5JOD A;  5P8L A;  4DJP A;  5P4F A;  3RTN A;  3NR6 A;  1QDM A;  2AVS A;  5P3Z A;  3ZKQ A;  1APV E;  1RPI A;  5HD0 A;  3S2O A;  1MEU A;  5P5G A;  3UFN A;  5P24 A;  3SO9 A;  4YD3 A;  4GMI A;  3MSJ A;  5COO A;  5P56 A;  2F8G A;  2ZJJ A;  3PBZ A;  3SLZ A;  4DQE A;  2QI7 A;  2MIP A;  3UPJ A;  4F74 A;  5DR4 A;  5OZ1 A;  4HDB A;  3ZPS A;  3HAU A;  1D4I A;  1SGU A;  4ZSM A;  3PLD A;  5P50 A;  4H1E A;  3LIT A;  1ZSF A;  2EWY A;  4KB9 A;  5P2U A;  4Y9W A;  1B6J A;  1G2K A;  1XS7 D;  1TW7 A;  4QGI A;  5HDZ A;  5P72 A;  1U8G A;  5P3G A;  1YM4 A;  1YM2 A;  3BUH A;  3NU3 A;  4J1F A;  5P6V A;  5P8O A;  3WB5 A;  5P1G A;  3WZ7 A;  5AH8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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