1Z1RA

Hiv-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 2
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1z1rA00
4U7VA 1SDVA 4AA8A 2WECA 4APRE 5P4LA 2PSVA 5KOQA 3QS1A 4DPIA 1FF0C 4ZEAA 4AA9A 4J1EA 3LZSA 3OU3A 3TKGA 5P6KA 4JECA 4IVSA 3VFBA 3ZL7A 5P3UA 2V10C 2NTRA 4HEGA 5AH6A 3L38A 5P1HA 3L58A 3UQXA 4M8YA 4L6BA 3PLDA 5P4JA 3UQPA 1LF3A 5OZBA 1HXWA 5P3XA 2F8GA 1E5OE 1HWRA 3FNSA 2G20A 1HTEA 2A1EA 4OBJA 3ZKMA 5P6AA 3DCKA 5P7IA 3WZ7A 5P47A 3HVGA 5P8RA 1BVEA 4DI2A 5IVSA 4YBIA 1B5FB 2QMGA 1TZSA 3R0YA 4DJOA 1IVPA 2ZHTA 5DQ4A 2I0DA 2NXMA 3ER3E 4CMSA 1HHPA 1MTRA 4Y3HA 3I6OA 3OK9A 1ER8E 1MRWA 5OYYA 2P3DA 2VKMA 3TL9A 1QBUA 4HDFA 1GVUA 5P04A 5P0TA 5COPA 3N3IA 1DP5A 1YX9A 2WF2A 5P6EA 4OBZA 2VJ6A 5HE5A 5SZ9A 7HVPA 2HIZA 5P0BA 1K1UA 1WBKA 5P4WA 3O9GA 4IVTA 2AVMA 5P6MA 2PMAA 3JVWA 1Z1HA 2AVSA 3BXSA 4DQGA 5P29A 4EP3A 5P2NA 3O9LB 5DQ1A 3NWQA 4DJQA 1EPME 4Y4WA 1EPOE 4Q1WA 3GGXA 5P0NA 4DUSA 5P1MA 5P1YA 1EC1A 2V16C 3INHA 5IVTA 3URJA 2QI4A 3RSXA 1D4JA 2NXDA 5P8DA 3K4VC 5OZ2A 5HTZA 4GIDA 3OAGB 3Q70A 1XDHA 1D4LA 5ER1E 2VA5A 4B0QA 1TW7A 5P27A 3OXVA 3KA2A 1XL5A 4YD6A 4Y45A 5P8BA 5P4CA 5P4TA 5P08A 5DR0A 2JE4A 2XYEA 3ER5E 4Y5NA 3OU1A 2HPFA 1K2CA 4Y36A 5P74A 3EKVA 3SABA 3DK1A 3CKTA 5P81A 4M8XA 2Z4OA 3UF3A 5P67A 4K4QA 3QAAA 5P25A 1HIHA 4HVPA 4LP9A 1TCXA 3SAAA 1HVHA 1FMXA 1SP5A 1DIFA 5P19A 3TOFA 4EJKA 4Y56A 1T3RA 4J0ZA 4DQFA 2FDPA 3EKYA 5P7RA 2O4SA 4I1CA 4RVXA 1OD1A 5P3SA 2FDEA 3UDYA 3ZKQA 5P7GA 1CPIA 3PWRA 4KUPA 4EPJA 4ZPGA 3TPRA 1J71A 5P4NA 3FX5A 5P2TA 5P2WA 3K4VA 4ZPEA 2I0AA 4Y3PA 1XS7D 3ZKIA 4XXSA 2BKSA 4TVGA 5P0XA 2AVOA 4XX4A 3NDUA 2AZ8A 4N00A 2HB3A 5P6YA 4MC1A 5P3OA 5P4SA 4ZSMA 2ZJJA 4YD3A 5HDVA 1EPQE 5P4YA 2BKTA 4Y43A 3QI1A 4Y4TA 3NYGA 3PWWA 3K5DA 3UDKA 2FLEA 2OHRA 5P34A 3ZKXA 2AOIA 2F3KA 5BWYA 4FAFA 3SA5A 4YOBA 1MEUA 1ZTZA 1EPRE 3DOXA 1C6YA 1A30A 1LYWB 5P1WA 2VIZA 5HE4A 4QJ8A 5P23A 5P6SA 4J0YA 4Y54A 3PMYA 4HLAA 3SA3A 2AZ9A 5P3BA 5DR7A 1ZBGA 4B05A 2BB9A 3PB5A 2H6SA 1VIKA 2VA7A 5P5NA 2V0ZC 5HVPA 5P65A 4I0EA 4LXAA 3TPLA 2ZGAA 3TOGA 2ER7E 1LZQA 2PH6A 4ACXA 4Y39A 3RTHA 4QGIA 4Y5BA 5P32A 3OXWA 3SACA 4Y44A 4FE6A 5P1ZA 5P6TA 5P7OA 5OZQA 3BC4A 5P02A 2RSPA 1EBKC 5P4FA 1HOSA 3SA8A 5OZVA 4A6CA 5FIVA 4H1EA 4Y3RA 5CLMA 4XX3A 5P39A 4ZIPA 3RVIA 3EKQA 5P5OA 4CP7A 4ER4E 5P7FA 3KMYA 5P6QA 3TH9A 5I3XA 3S45A 5KQXA 4GJBA 3KMXA 3OY4A 4B70A 5P2UA 3WSJA 1YTIA 1LEEA 5OZ3A 3UDHA 5P6LA 5P8FA 4A6BA 5P1QA 1AZ5A 4TRWA 5P2SA 4PYVA 4Y4AA 3SFCA 3VLBA 4R95A 2PC0A 2AZCA 1ZSRA 4OBHA 3BGCA 1GVWA 5P1DA 5P45A 4FRIA 1IDBA 4YD7A 1VIJA 4J55A 5P22A 3ZOVA 2QD7A 4Y3XA 4Y57A 4Y5GA 5AGZA 4Y50A 5P3FA 5J25A 1BBSA 4B1CA 2I4DA 3B80A 4Y51A 5P77A 5P0OA 4U8WA 5P7DA 2PQZA 2PSUA 1BXOA 4Y3LA 1KJGA 1B6LA 4F75A 4KE0A 5P4EA 1AXAA 1FEJC 4Y3JA 5P7EA 3QRVA 3O9BA 1W51A 5P7QA 2Q54A 5P8SA 5P5TA 4Q1XA 5P54A 5P8LA 3OUCA 4X2LA 3UDMA 4K8SA 1IZDA 3UPJA 1LYBB 5JODA 5P1TA 3LNKA 5P8JA 3CIBA 4Y4EA 5P5GA 2VA6A 2ZJKA 3KF0A 3EKWA 1ZP8A 2HM1A 1K6PA 2BPXA 4R92A 5P0WA 2OHPA 3URIA 1FG6C 3N4LA 2I4VA 5P3ZA 1YT9A 4J0TA 4RGHA 3NUOA 5DQCA 2EWYA 3QBHA 1MT8A 5P4ZA 5JFUA 4OBKA 1PSAA 4DVFA 1A9MA 5P18A 4FM6A 2JYSA 3HW1A 2OHQA 2I4WA 1QDMA 5P4XA 1XL2A 3OOZA 5P1VA 1W5VA 2ZHVA 5P2AA 1K6VA 5P03A 3S43B 5BRYA 5P24A 5P8QA 4GJDA 2VJ7A 3R0WA 5P0QA 1MT9A 3KN0A 3K5CA 4KB9A 4RLDA 3U71A 4Y5EA 3EKTA 3KDBA 3PBDA 5KOSA 3UQUA 4J1IA 4I0JA 5P59A 1RV7A 5P43A 3IVHA 4AMTA 5P2ZA 5P7ZA 2JJIA 4EWOA 3OQFA 5HE7A 2G21A 3PLLA 1M4HA 1SBGA 2BPVA 5KQZA 3QRSA 3UHLA 5AH9A 3VF7A 4F74A 5P0GA 2J9JB 4HZTA 3QP0A 4Y3WA 4Y3FA 5DGUA 4J54A 2P3BA 1K6CA 2AIDA 3AUPA 3WB4A 2FXEA 5OYZA 2AOHA 3KFNA 4BELA 1D4HA 2ER0E 1SGUA 5P2FA 4H3JA 2QNQA 1MUIA 5P8CA 3PSYA 1FQ8A 5P1LA 3PVKA 3DJKA 3K5FA 5KQYA 4QJ2A 2OHTA 3QVCA 5P2KA 2Q55A 5P0SA 5P3IA 5P7MA 5OYQA 4J1FA 4Y3NA 1FFIC 2XFIA 5P4HA 4LBTA 5P28A 4R5NA 5P30A 5P8VA 4DJYA 6FIVA 3LIVA 1APUE 2ZHSA 5C9FA 2O40A 1RL8A 5P6VA 5TOLA 4GJAA 3QN8A 3CIDA 5OZMA 2RMPA 2PSGA 2R5QA 2ZDZA 3BVBA 5P5YA 1K2BA 3DV5A 1OHRA 4RRSA 5P86A 2OHSA 1SH9A 5I3VA 3GGAA 5P79A 2G24A 5OYWA 1K1TA 2BPYA 3SKGA 2G27A 1GVXA 5APRE 4DPFA 3UCBA 5OZ4A 5P7UA 3RU1A 2QK5A 5P1UA 5P40A 2I4QA 4R93A 4Y4UA 4Q1YA 2QD8A 1IBQA 5HU1A 2QMPA 1EPPE 4GJ8A 5P3KA 5OZHA 5P5UA 5P3CA 5P75A 3PRSA 4Y5PA 1RNEA 4Y5LA 3OOTA 1IIQA 4QJAA 5I70A 3PJ6A 3DM6A 2IKOA 3BUGA 3NU4A 5P7WA 5P4VA 5P7HA 4I0DA 4ZPFA 4EJ8A 2PYNA 5P1OA 4Y4JA 5P26A 3S56A 4D8CA 3EKPA 1HPXA 4B1EA 3KFPA 3NWXA 1PPKE 2VIJA 5P64A 5OZYA 5OZUA 1EBWA 4BFDA 3CKPA 5P0MA 5HDXA 5P1NA 1T7KA 1HEGE 4FGXA 3OQ7A 2AVQA 1QRPE 4JOOA 3LZYA 2PK5A 1MVPA 1TQFA 5P7SA 1HRNA 3ZKNA 5P8TA 3SA7A 2IGYA 1D4SA 2R9BA 3TOHA 2V13A 3SPKA 4DJPA 3RTNA 2PH8A 5P2IA 3VFAA 3NLSA 3NDWA 1B5FA 4YOAA 2QU3A 1ENTE 1BDQA 5JFPA 5P62A 1KJFA 3OXXA 3PSGA 3VUCA 2Q64A 1GVVA 5OZRA 5P1SA 3B7VA 5P8KA 4YCYA 2QU2A 5P0PA 2ER6E 4FL8A 4GYEA 1APTE 4AUCA 3MSJA 4CPQA 4E43A 2IQGA 5IE1A 1QBSA 2QI6A 1HIVA 4TRZA 4DJWA 3QVIA 3FKTA 4Y5CA 5P3DA 4Y4DA 4GZFA 5P5XA 3O9LA 4Y53A 4FSLA 2IDWA 3OWNA 3HD8A 4QJ6A 2I4UA 5P8MA 5P3JA 3D91A 4JPEA 2FMBA 3IAWA 3Q4BA 4DJRA 2APRA 1FLHA 2Z54A 4DQCA 3D1YA 5EZXA 4EXGA 4YCKA 1SMRA 5SY3A 2WJOA 5P5MA 2G1YA 2B8VA 4FIVA 4Y6MA 5OZIA 3OAGA 4FM7A 2JJJA 2OHLA 2ZHRA 3HZCA 2H6TA 3OQDA 1T7JA 5P82A 1NPWA 5P6HA 4L1AB 3BGBA 3INDA 5P5PA 5DR4A 5ENKA 3ZMGA 5P4MA 1FQ5A 4RCDA 4RYCA 2G1NA 5P1GA 5OZJA 4I0GA 4K4PA 1HEFE 3EKXA 5P61A 4Y3AA 3VF3A 4OC6B 5P48A 3R2FA 3APRE 5P5CA 4YHQA 3TKWA 1KJ7A 4L7JA 5P6DA 1HVCA 5OZKA 3OUDB 3LIXA 2FDDA 4GMIA 4ZSPA 2ASIA 3U7SA 4D83A 4PZWA 1T6GA 3LIZA 2P3AA 2VIYA 3IXOA 1XN2A 4Y3MA 5P5WA 2UY0A 1SIVA 5OZLA 3TTPA 3EM4A 2WEZA 1GNOA 2F81A 1HBVA 4NPTA 5OYSA 5P14A 5P1CA 5P8HA 4MC9A 3LINA 1E80E 4QJ9A 1BWAA 1ZJ7A 5P80A 5P0EA 4YCTA 2IRZA 4PEPA 1MIQA 3JW2A 5P84A 1A8GA 5DQ2A 2VIEA 5P37A 3VYEA 4Y5KA 3ZKGA 3UDNA 5P5KA 3LZVA 4CPTA 1YTGA 3OXCA 5P2DA 4B78A 5P3YA 3NDXA 5P76A 3HBOA 2NMZA 5P0JA 4YE3A 4S1GA 2WKZA 1E81E 5P6OA 2G1RA 5KR2A 5P5SA 3ZPSA 6UPJA 3OQAA 4QJ7A 2AZBA 4ZSRA 2FXDA 5P41A 5OZAA 5P7LA 5HU0A 3S7MA 2ANLA 2WEBA 1HTRB 1U8GA 2UXZA 3D20A 2V11C 3MWSA 3EMYA 1CZIE 2G1OA 1HVLA 3MXDA 1AIDA 2OHUA 4Y3DA 3FIVA 3SA4A 3PI5A 1MRXA 1FQ7A 3NR6A 2Q5KA 5P1XA 5OYRA 1LYWA 5P2HA 3SA9A 5P0IA 3SLZA 1GKTA 1YTHA 3BUHA 4FRKA 1A94A 3QBFA 4LHHA 2QI1A 5P13A 5P6BA 4I0IA 2Q63A 2IGXA 2AOGA 2QCIA 1PROA 3UTLA 1IZIA 3ECGA 2Q15A 3I2LA 3S7LA 2MIPA 3A2OA 4TRYA 5P7AA 1ODYA 3KFSA 1ODWA 4KE1A 2QI7A 2F3EA 2B7FA 4I8WA 5P7TA 2B8LA 3T7QA 4CPRA 9HVPA 2Q3KA 6APRE 5P5BA 3VF5A 5P5IA 2NXLA 1SDTA 4H3IA 4U7QA 1EAGA 4EQJA 3IGBA 2AQUA 5SXNA 4OD9B 4RZ1A 2PWCA 3GI5A 3NSHA 1Z8CA 5P5ZA 4B1DA 5P7KA 1ZSFA 5AH8A 1W50A 3UDPA 3WZ8A 3UFNA 4Z2ZA 3O9CA 3MSKA 4NJSA 4YD4A 1B6KA 2OAHA 2FS4A 5B18A 3VYFA 1C6XA 2FNSA 3T6IA 2WF0A 4FRJA 5P7PA 4ZLSA 3SM1A 1PPLE 5P66A 2BPWA 4OBDA 4A4QA 4YDFA 5P42A 5ISJA 5OZFA 5P8PA 2WF1A 3UQWA 2QHCA 2B7ZA 3Q5HA 5P3WA 4J1HA 2IEOA 2QI3A 3URLA 4BEKA 1W5WA 4J5JA 3OGQA 4EJLA 3NDTA 2QI0A 5OZ6A 3OU4B 2AOCA 1AM5A 5P3NA 3G6ZA 5AHCA 2HC0A 3O9HA 2HS2A 5P7NA 3LPKA 2ZJIA 5P4PA 5DR8A 1UH8A 3RSVA 1BXQA 1LYAB 4Q1NA 4R8YA 1IVQA 5P55A 1MESA 5OZGA 1QBRA 1LYBA 3L5EA 3ZKSA 3EBZA 2PYMA 4OBFA 3S85A 3FV3A 5P7YA 4DQHA 5KR1A 3KT5A 5P1AA 1FGCC 2QAKA 5AHBA 5OZTA 3BVAA 3OHFA 4Y3GA 3DCRA 5P3RA 2AOFA 5P07A 5P68A 5AHAA 3O9DA 5OZDA 1PPME 1QBTA 5P4KA 5IS4A 3H0BA 1WKRA 1DW6C 3KYRA 3UDQA 4NKKA 5P6PA 4ER1E 4NJVA 1BV7A 2QNNA 1HSHA 5P4IA 5OZ9A 5P2GA 3UDRA 4R91A 5JG1A 5P6GA 2QZWA 3S43A 3OHHA 4EXHA 1EBZA 2R3WA 3KDDA 4J0VA 5P2BA 4AZYA 1NSOA 2ZJNA 3LHGA 5OZ1A 5P73A 2RENA 3PSUA 2QMFA 3WB5A 4CPSA 4RVJA 3CKRA 3F9QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U7V A;  1SDV A;  4AA8 A;  2WEC A;  4APR E;  5P4L A;  2PSV A;  5KOQ A;  3QS1 A;  4DPI A;  1FF0 C;  4ZEA A;  4AA9 A;  4J1E A;  3LZS A;  3OU3 A;  3TKG A;  5P6K A;  4JEC A;  4IVS A;  3VFB A;  3ZL7 A;  5P3U A;  2V10 C;  2NTR A;  4HEG A;  5AH6 A;  3L38 A;  5P1H A;  3L58 A;  3UQX A;  4M8Y A;  4L6B A;  3PLD A;  5P4J A;  3UQP A;  1LF3 A;  5OZB A;  1HXW A;  5P3X A;  2F8G A;  1E5O E;  1HWR A;  3FNS A;  2G20 A;  1HTE A;  2A1E A;  4OBJ A;  3ZKM A;  5P6A A;  3DCK A;  5P7I A;  3WZ7 A;  5P47 A;  3HVG A;  5P8R A;  1BVE A;  4DI2 A;  5IVS A;  4YBI A;  1B5F B;  2QMG A;  1TZS A;  3R0Y A;  4DJO A;  1IVP A;  2ZHT A;  5DQ4 A;  2I0D A;  2NXM A;  3ER3 E;  4CMS A;  1HHP A;  1MTR A;  4Y3H A;  3I6O A;  3OK9 A;  1ER8 E;  1MRW A;  5OYY A;  2P3D A;  2VKM A;  3TL9 A;  1QBU A;  4HDF A;  1GVU A;  5P04 A;  5P0T A;  5COP A;  3N3I A;  1DP5 A;  1YX9 A;  2WF2 A;  5P6E A;  4OBZ A;  2VJ6 A;  5HE5 A;  5SZ9 A;  7HVP A;  2HIZ A;  5P0B A;  1K1U A;  1WBK A;  5P4W A;  3O9G A;  4IVT A;  2AVM A;  5P6M A;  2PMA A;  3JVW A;  1Z1H A;  2AVS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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