1Z8CA

Crystal structure of the complex of mutant hiv-1 protease (l63p, a71v, v82t, i84v) with a hydroxyethylamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[r-ch(oh)ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEIGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mutational Study of Pseudopeptide Inhibitor Binding to HIV-1 Protease; Analysis of Four X-ray Structures
rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1z8cA00
4B05A 3GGAA 1HEFE 5P02A 1KJ4A 5P1LA 5P3UA 2F3EA 5P4XA 5C9DA 5P6XA 1OEWA 3U7SA 4Y3WA 5PEPA 2VIZA 5P10A 1FQ6A 1TW7A 3OOZA 2BJUA 4Y53A 1EPNE 3S7LA 2PMAA 2QNNA 4RCEA 2ZHVA 5P4WA 2NTRA 3D3TA 3SA7A 5P4BA 4L6BA 5P68A 5P2QA 1MUIA 4J1EA 4A6BA 1SDTA 5OYWA 1K2CA 4XX3A 5OZ6A 5C9BA 2QAKA 4L7HA 2QMPA 3OU1A 5P41A 5P87A 2OHNA 5P59A 1GVVA 3KDBA 4J0TA 5P7SA 2WF3A 1ODWA 3GGUA 5P8FA 4XX4A 3S8IA 1HEGE 1DAZC 4Y3GA 5F00A 5OZBA 1DP5A 4Z22A 5P36A 3OQAA 3OAGA 2HS2A 4B72A 4K8SA 3R0YA 3K5DA 1HHPA 4OD9A 1BDRA 1KJ7A 2Q11A 5P70A 3SA3A 2F8GA 5P1NA 3PBDA 3HLOA 3FX5A 3SO9A 3OQFA 5P0QA 3BVAA 3VV8A 5P1FA 1IBQA 2R8NA 1D4KA 5P3EA 5E5JA 2AOJA 3ZL7A 3LZUA 3DJKA 3TPPA 4F73A 4Y4ZA 2FDEA 3GW5A 5P38A 3IGBA 5P6WA 1HVCA 4EHCA 5HU1A 5P13A 3BGCA 1D4YA 2G1SA 3CMSA 4B70A 4Y5GA 4BELA 4FM7A 2QU3A 2QZXA 3FKTA 3QIHA 4QJ2A 4D85A 5P7EA 4CPSA 4COEA 1MESA 3OAGB 4DQFA 2F81A 4QJAA 1IVQA 3APPA 5P33A 1VIKA 4OD9B 5P48A 1EBYA 2Q5KA 4R95A 4DJPA 3H0BA 2J9JA 4DJWA 5P8EA 3UQXA 1ZTZA 2NXMA 5P6BA 5P1JA 1FQ7A 2J9KA 5P7NA 5P5LA 1B5FB 4B1EA 5P2HA 5P05A 3KFNA 3TPRA 2QD6A 1QBUA 3DM6A 2I4WA 5P1SA 1LEEA 1WBMA 1EAGA 5P4SA 5P0YA 5P8RA 5P3VA 2AOEA 1GVUA 5OZOA 3PJ6A 3RTMA 1EPPE 3MSKA 5P25A 5OZCA 4EP2A 1D4LA 4RCDA 1KJGA 5HCOA 2P3BA 3N4LA 2QNQA 1M4HA 2I1AA 2QP8A 3OTSA 4Y5PA 5AGZA 5OZUA 5IVTA 5P0VA 5COPA 1T6EX 3JW2A 5OZAA 4ZLSA 5P3HA 3OOTA 5P8GA 5ENMA 5P1IA 5P8NA 3EKXA 4NJVA 1AVFA 3DV5A 1HOSA 3EL0A 2ZJMA 3HAUA 5P1UA 3BC4A 3EKVA 5P66A 1ZP8A 1EC1A 2WEDA 4I0EA 2BBBA 2FMBA 3OY4A 3QAAA 2P83A 3SACA 3VG1A 3CICA 5P8IA 3PEPA 1EPRE 3FIVA 3SA8A 5P4AA 2I4QA 7UPJA 5P2UA 4Y36A 2Q63A 5P5MA 3ZKIA 3OWNA 1FB7A 1UH8A 3PCWA 2Z54A 3OU4A 3UDNA 5I3XA 4QJ7A 1W6IA 2BPWA 5BS4A 5P72A 1EBZA 3VFBA 2VNMA 1AJVA 5I70A 1HPVA 1MT7A 3L58A 3LIYA 4Y4GA 1EC3A 3CKTA 5P5NA 4ER1E 4Y3HA 3DK1A 2SAMA 2JJJA 5DGWA 5P52A 5P1XA 5P5CA 4CPWA 5P2MA 4NJUA 5P3YA 3NXNA 5P4TA 4Y51A 5P53A 1SH9A 2AZ9A 2G26A 5P40A 5P3JA 4Y6MA 1A8KA 4XXSA 3OUBA 1LF4A 3S43A 5P2AA 1E5OE 5P89A 2XFIA 1RQ9A 1XL2A 1ZJ7A 5P77A 4FRKA 2OHSA 4MC2A 5P3KA 5P6YA 1K6TA 4J17A 4PYVA 4RROA 3PHVA 1BIMA 4WY1A 3CYWA 3UDYA 5HTZA 3MSLA 3INHA 4D88A 1HTEA 3OU4B 3KFRA 3GGXA 2PSUA 4GJCA 1SIPA 5SY2A 5P1EA 2H6TA 4OBKA 4AUCA 5I3YA 2FXEA 3PWMA 5P7OA 5KR8A 2G24A 3OADA 3LPIA 4Y3RA 2PH8A 1WKRA 5P3WA 3JVWA 5P3SA 4Y3ZA 3VV7A 3UDJA 1TSUA 3TH9A 3LIXA 5P6MA 3ZKGA 5JG1A 3TPLA 1QS8A 5SZ9A 5P06A 1ZBGA 3NDUA 3EKPA 3EM4A 4J1FA 2V00A 2RENA 2R43A 4BEKA 1XE5A 3OXCA 5P0HA 3O9FA 4I0FA 4YHQA 3NU5A 1HXBA 1DMPA 4LAPA 2QMDA 5P4GA 3CKRA 3GI0A 1ZLFA 2PK5A 4ACUA 5P7CA 2BPXA 3S85A 4GJ6A 3NUJA 4HEGA 5P4PA 1HBVA 3O9EA 5P0RA 5P7IA 3WZ7A 1Q9PA 3L3AA 1LF2A 3T7XA 1HXWA 1LV1A 4ZSQA 3T11A 4B1DA 2CEMA 2V10C 4HA5A 4J0VA 4Q1WA 4APRE 2ZJHA 2ZJIA 3CYXA 5P5EA 5OZLA 3SA6A 5SXNA 5P0ZA 3O9DA 5HE4A 5P2GA 5P5SA 2O4KA 4Y3MA 3SKFA 2G27A 3L5DA 3OQDA 4EJDA 2I0AA 4IVTA 2BPVA 5P1CA 5P42A 5P3CA 5DQCA 3TKWA 1HTFA 1K6VA 1TZSA 5P86A 4I0JA 2P3AA 1EC0A 5P6JA 1IDBA 5P27A 5P8VA 5P8AA 5P7TA 3VEUA 3S54A 2IKUA 3FNUA 3INFA 2R38A 5P7MA 3IA9A 4FRIA 5P5AA 2VA7A 4Y56A 3R1GB 4B00A 1IIQA 2AZ8A 2QK5A 1QDMA 5P4UA 5CONA 3BVBA 2HM1A 5P1QA 5P4QA 3Q4BA 3LZSA 1MVPA 3QBFA 4Y3DA 3G72A 5ER1E 4GB2A 5P2OA 1K1TA 1ZPKA 5P4RA 5P8MA 2EWYA 5P35A 5OZRA 3T6IA 3IN4A 5HDVA 1PFZA 5P3ZA 4J54A 4DFGA 3VYEA 3Q3TA 5P17A 2O4LA 3MXDA 3LHGA 2G1RA 4J1KA 1E80E 3UQRA 1LYBA 4K4RA 1FKNA 5P1VA 2JXRA 2V11C 4F75A 2ER0E 2QHYA 5P65A 4YOAA 5BRYA 5P1AA 5P4VA 4E43A 5OZHA 4OBDA 1FMBA 2I4XA 1NH0A 3KMYA 3O9LB 4H3IA 4YBIA 3NUOA 2ZE1A 5IVQA 4QGIA 4Y5AA 5AH8A 2V16C 1T7IA 2HC0A 4I0DA 3SPKA 3VYFA 3NLSA 2NR6A 1W5VA 3RTHA 4Y3TA 5IVRA 1SGZA 4I1CA 2FGUA 3O99A 5P2RA 4HLAA 1RL8A 1HSHA 5OYTA 4FL8A 1D4HA 5P0GA 4KB9A 1AXAA 1T7JA 3O9BA 3OUCA 1IZEA 5P43A 2G1YA 5P8PA 5P1RA 4FSEA 3PGIA 1HVJA 5P2FA 3NDXA 5P12A 2AOHA 3K4VC 4GJ5A 1IZHA 3K5FA 4Y5CA 4H3FA 2IENA 3QI1A 2B8VA 3VF3A 1BV9A 2BQVA 5P31A 4Y5NA 3HBOA 3DV1A 2V13A 1PPME 5OZVA 3Q70A 1ENTE 2HAHA 1FMXA 4EQJA 3RSVA 3DUYA 4ZPGA 3BXSA 3LPKA 4AZYA 5P63A 5P8SA 4EXHA 2Q3KA 5EZZA 3O9AA 3L5BA 3MXEA 2BKSA 2WHHA 1GVXA 1MERA 5P20A 1K6PA 3QRMA 5OZFA 2Q55A 3PLDA 3WB4A 3HD8A 5P0NA 4RVJA 3RVIA 2NMYA 2HB4A 3UF3A 2Q15A 4WY6A 3RU1A 4DJRA 2PYNA 2RSPA 2G20A 2WJOA 5AH9A 3VFAA 5P4CA 4DJYA 4YCKA 1QRPE 5HCTA 2JE4A 4Y57A 3EKYA 4B0QA 5P34A 5P3AA 3TPJA 3HW1A 3LZVA 5ISJA 1TQFA 3KMXA 5P44A 3KT5A 4DJVA 5P0CA 5AHBA 2OHLA 3R0WA 5P29A 2RKFA 5P15A 5P8DA 5OZDA 5P80A 4Y5KA 1APVE 4U7QA 3SKGA 5J25A 1EBKC 1HPOA 3OK9A 3URIA 1CPIA 5P6OA 5OZ0A 5P3XA 4OBGA 4GZFA 5P1TA 5P2BA 4Y9WA 3NDTA 1GNMA 1ME6A 3S7MA 4DVFA 3LIQA 4DH6A 2WKZA 5DQ1A 3D1XA 5OZ1A 1A8GA 1HWRA 5DPZA 5P7WA 4OBJA 1BWBA 5P2JA 3OU1B 4H3JA 5OZTA 3VUCA 9HVPA 1YM4A 2V0ZC 1FQ5A 1DPJA 2ZHSA 5ER2E 2WEAA 3F9QA 3QN8A 5P4JA 5P58A 1FQ4A 4Z2ZA 4FM6A 2NXDA 3ZKQA 4D8CA 5OYVA 4EJKA 5CLMA 4RRNA 3OXWA 2ZGAA 4Y43A 2OHMA 4RRSA 1AZ5A 5P7UA 2QI5A 3HDKA 3K4VA 4R5NA 3EKWA 3URLA 1UH7A 8HVPA 3WZ8A 1PPKE 1FEJC 5P78A 3AUPA 5P6VA 3I2LA 2QHCA 5JFUA 5P3TA 1QBSA 2FDDA 2G1NA 2PQZA 5P4DA 2XYFA 2MIPA 3SLZA 3EKTA 3NU3A 4Y5EA 2HB2A 1W5WA 1HVRA 3ER5E 5P7GA 4Y3QA 4I0ZA 3B7VA 3QVIA 2V12C 3VF7A 4B77A 5P4LA 5OYQA 1AM5A 3I25A 4Y45A 2ER7E 5P57A 5HE7A 2AOIA 2ASIA 5TOLA 2VJ7A 3DCKA 5P7YA 3IVIA 2ZJNA 5P2ZA 3JVYA 4D83A 3U6AA 2ER6E 5P7PA 5P0PA 2IRZA 5KQYA 3DCRA 5P0EA 4IVSA 2Q54A 2QU2A 5EZXA 4Y3EA 1NPAA 1T3RA 4DJUA 1FQ8A 2J9JB 4F76A 4I8ZA 1U8GA 1E82E 4M8YA 1MT8A 5P5FA 5P18A 4NPUA 3PM4A 5BWYA 2QI6A 5DR3A 1SDVA 5P8QA 3VV6A 5P00A 1XL5A 2QI4A 4EQ0A 3OHHA 5P51A 4RGHA 4ER4E 3NWQA 1MEUA 4DUSA 4EP3A 3INEA 4HDPA 5OZ4A 5P5QA 2AVSA 5P07A 2XFKA 1FGCC 3M9FA 1NPVA 1LYWA 1PSAA 1APUE 2P3BB 4Y37A 3PWWA 5P2TA 4R93A 4DV9A 4J1IA 4OC6A 5P2YA 1AAQA 5P2LA 4Q1XA 1MPPA 3IAWA 3ZKXA 2FNSA 5T4SA 5P16A 3S56A 1BV7A 4HE9A 4CP7A 3T7QA 2VIEA 1KZKA 3LIVA 1SMRA 5HDUA 1BXOA 4M8XA 4Y4JA 2UPJA 1W5YA 3QPJA 4Y3YA 1A94A 3BHEA 5COOA 1B6MA 5P1WA 1OEXA 3ZPUA 4ZPFA 5P47A 2F3FA 5P6TA 4KUPA 3PRSA 3O9CA 2BPZA 5P2SA 5P11A 1Z1RA 3O9IA 5P30A 1BWAA 1MSMA 1ZSRA 1ZPAA 3KA2A 5P08A 1YM2A 4RYCA 5P0KA 5DR1A 5P67A 4ZEAA 4YCTA 5HVPA 4YDFA 3PBZA 4B78A 4L1AA 5P7HA 4L7GA 5OZ2A 5P0BA 2OHQA 2QI1A 2G22A 4Y35A 2PWCA 2NXLA 1BILA 4FAEA 1D4JA 5P73A 3EL4A 1IZDA 5ENKA 1UPJA 3LNKA 5OZEA 5OZKA 2APRA 2NMZA 1HIVA 3EC0A 3VSXA 5DR8A 4TVGA 4PPHA 3MWSA 4ZE6A 3NWXA 4FSLA 3GI6A 5P22A 1VIJA 2AOGA 2FIVA 5I3WA 5AHAA 4Q1YA 5P7QA 1HTRB 1LF3A 2NPHA 5P5BA 4NJTA 1HVHA 3S43B 4ZSRA 3ST5A 4LXAA 3BUGA 3VLAA 3L59A 3EL1A 4DI2A 1TCXA 1CMSA 2FXDA 2QI3A 4FE6A 5P6RA 5P8CA 1C6YA 5P6AA 3OUAA 5AH6A 4KE1A 4L1AB 1OHRA 3MSJA 2PWRA 5P1KA 2OF0A 6UPJA 1DIFA 1YX9A 1W51A 4UPJA 5OYXA 5P14A 4YCYA 1HVKA 3FSMA 1B11A 4Y3NA 5KR0A 4N00A 5P04A 5P5OA 3SFCA 3OADB 5P5KA 2B60A 4BFDA 3GI4A 5P88A 2ZJJA 5P4KA 3NYGA 2QMGA 3KDCA 4NPTA 4R8YA 4Y4UA 3ZKMA 2O4SA 5P2CA 5P3MA 5P2XA 2WL0A 4AMTA 5P3IA 5P2IA 3BUFA 4MC9A 2QZWA 3HVGA 3UDMA 3CIDA 1G35A 3QP0A 3TOHA 3SAAA 3EM3A 4YD7A 3OGQA 3PLLA 1WBKA 4GYEA 3SA4A 4OBHA 4FM8A 1XDHA 2WF2A 3KF0A 3UFLA 1YG9A 3KM4A 1XN3A 4FRSA 3NU9A 5P3GA 3CIBA 1AJXA 3NU6A 5P0LA 3HAWA 1HIIA 4Y4EA 4FS4A 5P3PA 5P5TA 4Q5MA 3UPJA 3I7EA 5P5PA 3KYRA 1PPLE 4JPEA 5P55A 1W5XA 4ZIPA 4LHHA 4J1CA 1TSQA 5P0FA 2QI0A 1YTHA 2A4FA 4TRWA 4GJ7A 2ZDZA 4PZWA 5P60A 4CPRA 5P8HA 3BXRA 3UHLA 1SMEA 5P8LA 1FG6C 4I10A 4JECA 3PSYA 5P0XA 4RLDA 4X2LA 3N3IA 1HSIA 2NNPA 3BRAA 2IL2A 3G6ZA 5P5HA 5P3LA 1W50A 2P8HA 1YTJA 4Y44A 4DPFA 5P6IA 1GKTA 5P7JA 5P5YA 3I6OA 2RMPA 5P6GA 4R91A 1PSNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B05 A;  3GGA A;  1HEF E;  5P02 A;  1KJ4 A;  5P1L A;  5P3U A;  2F3E A;  5P4X A;  5C9D A;  5P6X A;  1OEW A;  3U7S A;  4Y3W A;  5PEP A;  2VIZ A;  5P10 A;  1FQ6 A;  1TW7 A;  3OOZ A;  2BJU A;  4Y53 A;  1EPN E;  3S7L A;  2PMA A;  2QNN A;  4RCE A;  2ZHV A;  5P4W A;  2NTR A;  3D3T A;  3SA7 A;  5P4B A;  4L6B A;  5P68 A;  5P2Q A;  1MUI A;  4J1E A;  4A6B A;  1SDT A;  5OYW A;  1K2C A;  4XX3 A;  5OZ6 A;  5C9B A;  2QAK A;  4L7H A;  2QMP A;  3OU1 A;  5P41 A;  5P87 A;  2OHN A;  5P59 A;  1GVV A;  3KDB A;  4J0T A;  5P7S A;  2WF3 A;  1ODW A;  3GGU A;  5P8F A;  4XX4 A;  3S8I A;  1HEG E;  1DAZ C;  4Y3G A;  5F00 A;  5OZB A;  1DP5 A;  4Z22 A;  5P36 A;  3OQA A;  3OAG A;  2HS2 A;  4B72 A;  4K8S A;  3R0Y A;  3K5D A;  1HHP A;  4OD9 A;  1BDR A;  1KJ7 A;  2Q11 A;  5P70 A;  3SA3 A;  2F8G A;  5P1N A;  3PBD A;  3HLO A;  3FX5 A;  3SO9 A;  3OQF A;  5P0Q A;  3BVA A;  3VV8 A;  5P1F A;  1IBQ A;  2R8N A;  1D4K A;  5P3E A;  5E5J A;  2AOJ A;  3ZL7 A;  3LZU A;  3DJK A;  3TPP A;  4F73 A;  4Y4Z A;  2FDE A;  3GW5 A;  5P38 A;  3IGB A;  5P6W A;  1HVC A;  4EHC A;  5HU1 A;  5P13 A;  3BGC A;  1D4Y A;  2G1S A;  3CMS A;  4B70 A;  4Y5G A;  4BEL A;  4FM7 A;  2QU3 A;  2QZX A;  3FKT A;  3QIH A;  4QJ2 A;  4D85 A;  5P7E A;  4CPS A;  4COE A;  1MES A;  3OAG B;  4DQF A;  2F81 A;  4QJA A;  1IVQ A;  3APP A;  5P33 A;  1VIK A;  4OD9 B;  5P48 A;  1EBY A;  2Q5K A;  4R95 A;  4DJP A;  3H0B A;  2J9J A;  4DJW A;  5P8E A;  3UQX A;  1ZTZ A;  2NXM A;  5P6B A;  5P1J A;  1FQ7 A;  2J9K A;  5P7N A;  5P5L A;  1B5F B;  4B1E A;  5P2H A;  5P05 A;  3KFN A;  3TPR A;  2QD6 A;  1QBU A;  3DM6 A;  2I4W A;  5P1S A;  1LEE A;  1WBM A;  1EAG A;  5P4S A;  5P0Y A;  5P8R A;  5P3V A;  2AOE A;  1GVU A;  5OZO A;  3PJ6 A;  3RTM A;  1EPP E;  3MSK A;  5P25 A;  5OZC A;  4EP2 A;  1D4L A;  4RCD A;  1KJG A;  5HCO A;  2P3B A;  3N4L A;  2QNQ A;  1M4H A;  2I1A A;  2QP8 A;  3OTS A;  4Y5P A;  5AGZ A;  5OZU A;  5IVT A;  5P0V A;  5COP A;  1T6E X;  3JW2 A;  5OZA A;  4ZLS A;  5P3H A;  3OOT A;  5P8G A;  5ENM A;  5P1I A;  5P8N A;  3EKX A;  4NJV A;  1AVF A;  3DV5 A;  1HOS A;  3EL0 A;  2ZJM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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