1Z8CA

Crystal structure of the complex of mutant hiv-1 protease (l63p, a71v, v82t, i84v) with a hydroxyethylamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[r-ch(oh)ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEIGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mutational Study of Pseudopeptide Inhibitor Binding to HIV-1 Protease; Analysis of Four X-ray Structures
rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1z8cA00
3KA2A 1BXOA 2UPJA 4B1CA 1FG6C 4K8SA 4LP9A 1G35A 4LL3A 1WKRA 4LXKA 4FCOA 5P29A 3QBHA 1AVFA 1ME6A 3L5BA 4EXHA 5P6VA 3KT2A 1YM4A 1SGUA 5P1MA 4MC6A 1BDLA 4H3GA 5KQZA 2RENA 3HD8A 3B80A 4YCYA 2QMDA 5P81A 5E5KA 5P2WA 2FGVA 5P3GA 4FAFA 5P3VA 1NH0A 3CKPA 5P5TA 3CKRA 4Y50A 2OHMA 5P36A 5P5EA 2QHCA 1HPSA 1ZPKA 2I4QA 4FL8A 4YBFA 2AVVA 5P6TA 4RVXA 5P6OA 5P2KA 1W6IA 5P5CA 5P52A 4IVSA 3NWXA 5I70A 3I8WA 1A94A 5KQXA 4YD6A 5DGWA 3HLOA 1T7KA 4DH6A 5P8OA 5P8CA 3FX5A 4Y3MA 4QJAA 1HPXA 3ZPSA 4YDFA 2ZHRA 5P2BA 3NDTA 2PK5A 5OYUA 1KZKA 3L3AA 2BQVA 3T3CA 5KOQA 1NPVA 5IE1A 4Y3FA 1OD1A 1PFZA 4DJYA 5P43A 2FGUA 5DQ1A 5P2OA 5P1IA 5P19A 1SMRA 2FMBA 3PB5A 5P3JA 3CYWA 4PHVA 3OU4A 3OXCA 5P00A 1MRWA 4OBHA 4EQJA 3URLA 5P2ZA 3VF7A 3SQFA 4I8ZA 5P0ZA 4TVGA 3VEUA 1EPNE 5P53A 5OZIA 1B5FB 5P1CA 1LYAB 1OHRA 5P2NA 5P1ZA 3ZOVA 3SM2A 5P06A 2QI4A 5P8QA 5P24A 2B42A 2EWYA 5P5GA 5P6ZA 5P2FA 3Q3TA 4RVJA 5DGUA 3EKWA 4YD5A 2IRZA 3O9CA 3LIQA 2Q64A 4DJPA 5P8FA 3PHVA 5P88A 2RMPA 3O9EA 5P8IA 1VIKA 1E81E 3UQXA 3EKPA 3BUFA 4OC6A 2OHLA 5HDUA 5DR7A 1EC2A 1KJ4A 2I4XA 5P4QA 2ER9E 1BV9A 2OF0A 3TNEA 3VYFA 5P6LA 1AM5A 5P63A 4Y4GA 4OD9A 4NJSA 4B05A 5P45A 3UFNA 5BS4A 1OEXA 5P2RA 3EMYA 5P73A 2PC0A 5KQYA 4H3IA 1FFIC 2HB3A 3S45A 3EM3A 4D88A 2O4PA 3KDBA 4CKUA 2F3KA 3L59A 5P0EA 5P8BA 3IA9A 2A4FA 5P1UA 2AVOA 3TH9A 4FRSA 3O9FA 4I0GA 1YTIA 5P8VA 5P0VA 4RZ1A 1FEJC 3QRSA 2QZLA 1F34A 4BEKA 1IVQA 3GGXA 4Y3QA 3GI5A 3VFAA 3VCMA 1HVIA 2BPXA 3IVIA 3SKFA 3ST5A 4Y4TA 4GJ6A 1HPVA 1TZSA 5P4MA 5OYRA 1W5YA 2NXMA 4YD4A 4OBFA 4IVTA 3TL9A 3N3IA 5P08A 3D1XA 3PEPA 3Q5HA 3WB5A 1B6PA 1LF2A 2CEMA 1ZP8A 4R8YA 1SH9A 5P5JA 1J71A 5P4NA 5P2XA 4Y56A 2O4LA 3HW1A 4YHQA 5P0XA 7UPJA 4FM6A 4HDPA 5P3ZA 2BPYA 3MXDA 4TRYA 5P42A 3JW2A 2F3FA 2NNPA 3CYXA 4Q1NA 3L5EA 5P18A 5P54A 1C6ZA 3QI1A 4Y3JA 2QMFA 1TCWA 4Y3SA 2WEAA 5P7BA 4R95A 1EAGA 4Y5AA 3TPJA 1CPIA 1N49A 2XYFA 3PBDA 5P6KA 3QBFA 3OUBA 3RTNA 5P5IA 5P1AA 5P22A 4MC1A 3EBZA 5P86A 5P30A 1XN3A 3TLHA 3NUJA 3VYDA 3APPA 3SA6A 3VSWA 1CMSA 5P7NA 3IN3A 1UH9A 3MSKA 5OZCA 5P3NA 5P5YA 1KJ7A 1ZTZA 3O9LA 5P39A 3RSVA 1FQ5A 3NYGA 5OYWA 2QD7A 1K1TA 5P76A 3L58A 2OHTA 4FSEA 1DPJA 4QJ2A 5P7SA 4E43A 2I4VA 2VIEA 4A4QA 5HU0A 4Y39A 1QRPE 4NKKA 2V00A 5HE7A 2I1AA 3UQWA 2IL2A 4GMIA 3BRAA 1BDRA 4RCFA 4LHHA 3OHFA 3KFRA 4Y4AA 3VUCA 4I0ZA 3OQKA 1IBQA 3VSXA 5HDXA 3PGIA 3OWNA 3OGQA 1LEEA 1B6JA 3KYRA 4J1CA 2AVMA 1QS8A 4GIDA 3GW5A 3LITA 3Q6YA 3KDDA 3SA9A 1K2CA 3EL4A 2G24A 3O9AA 4R93A 4RROA 3TPLA 5P7QA 1AZ5A 4Y3WA 2AOCA 2F3EA 5B18A 4D85A 2BKSA 3QRMA 2ER7E 3NXNA 4NPUA 3ZKIA 3ZKMA 2AVQA 5ISJA 5P8JA 3DV1A 2P3BA 4Y3HA 1MSNA 4Q1WA 5P8TA 4WY6A 5P60A 5OZ2A 5P89A 2B8LA 4FSLA 5F01A 1ZAPA 5P4EA 5P4KA 5P4UA 2F8GA 2JJJA 3O9HA 4Y9WA 2FXEA 1RQ9A 1YG9A 2UXZA 1C6XA 2H6SA 4BELA 2QI3A 4J0PA 3HAUA 5KR0A 5P65A 4HLAA 2G27A 5OYXA 5P4ZA 5AHBA 5OZQA 3OOTA 5IVQA 5P0AA 2G26A 2RKGA 3UDHA 4I0EA 2BBBA 4YOBA 5P2QA 5P5FA 2AQUA 1EBZA 3OUAA 3OADA 3FIVA 1MVPA 1EBKC 1U8GA 4K4PA 5BWYA 1BAIA 4ACUA 1T6GA 4K4RA 5OZ1A 3LZYA 3NWQA 5P0JA 5P7VA 3T6IA 3UDJA 1HVRA 2P3DA 3S7LA 3DCKA 3URJA 1HVCA 5P68A 5SXNA 3K5DA 2R9BA 4APEA 4DVFA 4EHCA 5P5UA 3UHLA 1UPJA 2AIDA 5P0FA 3NR6A 5OZNA 2VA5A 5P0TA 4AMTA 4R91A 3U6AA 3QROA 4GJCA 4Y5NA 5P6WA 1IZHA 2VA6A 2B8VA 3BVBA 1SDUA 5P1NA 5P6QA 1XN2A 2HPFA 5P7ZA 1G6LA 4RYGA 5P7DA 2BB9A 5P4BA 1A9MA 5P77A 5P2IA 7HVPA 3EC0A 4OBJA 5HE5A 1FQXA 4Y6MA 3VF3A 5DQ4A 4FRKA 2R8NA 3SM1A 3I6OA 1Z8CA 4QJ9A 2IEOA 1LF4A 1D4YA 4I1CA 5ENKA 3KFSA 4AZYA 4I11A 3K4VA 1K1UA 4FM7A 1BV7A 3INEA 1PPKE 4YDGA 1APVE 3UQUA 1ZSRA 5P11A 1FMBA 1EBYA 1FF0C 1MRXA 4CPUA 4ZSPA 5P1JA 5OYSA 3WZ6A 2VJ7A 4FGXA 4EYRA 3KM4A 4WTUA 2QNQA 3OXVA 3UDYA 1APTE 1ZJ7A 5ISKA 1EC0A 1AAQA 4DPIA 3LPIA 4I12A 4QJ7A 1PPLE 2JXRA 5P3IA 5P48A 1AJVA 2AZ8A 5P5KA 3VFBA 3PVKA 5P31A 2V10C 3ER3E 3U7SA 5P40A 5OZOA 2QHYA 5P5DA 4YA8A 3UQPA 3CIDA 4L7GA 3Q4BA 4EXGA 1M4HA 4KE0A 4H1EA 3NU3A 3KFPA 1EC3A 3UCBA 5P3QA 1DMPA 3WZ8A 5P2HA 4ER2E 2QCIA 1RNEA 3PI5A 1ZLFA 4I0DA 1QBTA 4EP2A 5P6EA 3PCZA 2AZBA 4DPFA 5P4DA 5P02A 2PH8A 1GNNA 3LIVA 1GNMA 3QVIA 4J54A 4EWOA 3SO9A 1K2BA 1T3RA 1HIHA 3KT5A 5HE4A 1MTBA 2ZJMA 5OYVA 4HE9A 4QJ6A 4PZXA 5I3XA 2G1OA 3H0BA 3R2FA 3I2LA 4Q1YA 1RPIA 1LZQA 5P7PA 1AJXA 4Y5CA 3PSYA 4FRJA 3EKYA 3BUGA 4DQEA 5P69A 3GGVA 4Y3LA 5P6SA 4Z22A 2BJUA 4YCTA 2FDPA 3PLLA 5P8UA 2QU3A 4B1DA 1GVVA 1HIVA 2A1EA 5P07A 5P1XA 5P5LA 1A8KA 5KR2A 1C70A 2NPHA 1EPRE 5P1RA 4Y45A 3CMSA 1XL5A 1YTHA 2FLEA 4Y48A 1QBRA 5P2SA 2B7FA 5IVSA 5FIVA 4GJ7A 5P6JA 1RV7A 3BXSA 5OZKA 3HDKA 3UDKA 2WJOA 2G22A 5P57A 2XFIA 5P4YA 5P6RA 1B5FA 3FKTA 1LYAA 1B6KA 4NJVA 5P7UA 4YCKA 4HA5A 2Q54A 4ER4E 3TOFA 4JOOA 2BPVA 2IDWA 3RVIA 5P26A 1SIVA 3AUPA 1ZSFA 1BVGA 5P14A 3LIZA 2O40A 5HU1A 4Y47A 4XXSA 1FGCC 2PK6A 5ER1E 5P2UA 5ENMA 1HVKA 3NDWA 5HTZA 2B7ZA 3I7EA 5P3UA 5P79A 4DJRA 5P3XA 3OQ7A 4OC6B 5P7YA 3OOZA 5P1EA 2QZWA 1W5WA 4Y3RA 3TOHA 5P6HA 4HDFA 5P5XA 5P49A 4F76A 3PJ6A 4GJBA 2J9JB 5AH8A 1IZEA 3RTMA 2NTRA 1EPLE 1XE5A 3SA3A 3MXEA 3TOGA 5P7EA 4Y57A 3R0WA 4I0FA 2IS0A 1XL2A 4ZSMA 1BIMA 5P58A 3SFCA 1DW6C 4Y3XA 4Y5LA 3UDMA 3I25A 5HCOA 3S43A 2Q5KA 5P1DA 5P8KA 2R38A 5P3PA 5P8SA 3QS1A 3G70A 4KB9A 5P0DA 5P0NA 3VV8A 2ZJNA 5AH6A 4ZPGA 4HZTA 2P8HA 5P1BA 3S54A 4HDBA 1QDMA 1YM2A 1NPWA 5P2GA 5OZ6A 2JYSA 5COOA 3OTYA 5OZVA 2ZJJA 2G1SA 5P7JA 3GGAA 5P83A 3ECGA 4R92A 1ENTE 2VS2A 4RRNA 4DI2A 1Z1HA 1FMUA 3ZL7A 1VIJA 5AGZA 4L7HA 1GVUA 5P5OA 5OZ3A 2QI1A 1DIFA 2QMPA 4J0YA 3EM6A 4RGHA 4B77A 5P8AA 4U7QA 6APRE 3D1YA 2NNKA 5P7HA 5P7CA 2QZKA 4F75A 4TRZA 1BILA 4DJVA 5KOSA 5P6MA 3OU3A 5P04A 3UDQA 2FNSA 3OAGA 2QNNA 1APUE 1DAZC 1PROA 1B11A 2O4NA 1K6VA 2PYMA 4RYCA 2BPWA 3SA7A 5P7KA 3OUDB 3SPKA 5P6IA 3GI6A 5P0BA 2PWCA 3HVPA 5IVRA 3OTSA 5P78A 1HTRB 2G1NA 4S1GA 5P50A 5BRYA 4RLDA 2OHPA 5P0IA 1SBGA 4LBTA 5KQFA 4Z50A 4GB2A 2R5PA 5P64A 2PSUA 5HDVA 3LINA 3F9QA 3TPRA 5P7AA 5P56A 5P8LA 2WEDA 1MTRA 2V0ZC 4DQHA 4Y4DA 4Y38A 5P4GA 1HVJA 5OZSA 1IIQA 5OZMA 3CIBA 2P3AA 4LAPA 2HB2A 5JODA 3FSMA 3INDA 5DQCA 4ZE6A 5P41A 4J0ZA 4B72A 1BXQA 4ACXA 5P3CA 1G0VA 4LXAA 5OZFA 1IVPA 3K5FA 2NR6A 5P3DA 3M9FA 2QI0A 3PWWA 4XX3A 5OZ9A 2JJIA 4WY1A 1FMXA 4Y5MA 2OHRA 2AOIA 5P6XA 2V11C 2PYNA 4PYVA 1HVLA 2I4UA 2V13A 2ZJKA 1SMEA 5OZ0A 5P59A 2SAMA 4FS4A 5P7RA 2OAHA 3LZUA 1HBVA 3OU1A 5P8GA 5P0WA 3K1WA 5COKA 2FS4A 3S56A 5OZAA 4Y3TA 1GVXA 5OZXA 2HAHA 5P5AA 2R5QA 1EPPE 3G6ZA 4MC2A 1YT9A 2ZHSA 4Y3ZA 3EL9A 5C9DA 1HTFA 1WBMA 5OZ4A 2QMGA 1HSIA 1M43A 1UH7A 3R0YA 5P4JA 2OHUA 3OY4A 5UPJA 4PEPA 3BC4A 5P1HA 1HEGE 2NMZA 3DOXA 4J17A 5P0GA 4Y5BA 3Q70A 5P1VA 4N00A 2R3TA 4J1IA 2G21A 2Q11A 4COEA 2AOFA 5P8MA 4J55A 2P3BB 4DJUA 3L38A 4D83A 3QIHA 5P1GA 1F7AA 3BVAA 3DUYA 3TPPA 2AVSA 1SP5A 5P46A 3RTHA 5AH7A 3O99A 3EKVA 1HTGA 3D3TA 3NU4A 3PBZA 5P5BA 4D89A 3UQRA 1LF3A 5P3HA 4K9HA 5C9BA 4L1AB 2HS1A 5P1SA 3VG1A 4CPXA 2ER0E 3IXKA 2ZHUA 5P1QA 5AH9A 2QI6A 2VNMA 2ZHVA 1QBUA 4FE6A 2FIVA 5DR3A 4Y4WA 5P0MA 2I0AA 3LZVA 3HVGA 5P6AA 5P2VA 3FNTA 5AHAA 4Z2ZA 5EZXA 1W50A 1LYBB 5P4SA 5OZ5A 3VYEA 5DR0A 2Z54A 2H6TA 1HHPA 3UFLA 5P7TA 5OZWA 1FQ4A 4GYEA 4I8WA 4CP7A 3OXWA 5P6UA 1E80E 2MIPA 4L6BA 4DJXA 2FNTA 4RCDA 5P72A 2R43A 2XFKA 2G69A 1BBSA 2ZE1A 4GZFA 1TSQA 5P12A 1HOSA 1FG8C 6FIVA 4XX4A 5P05A 5OZPA 5P6NA 4Y3GA 5P7XA 4ZPFA 5KR8A 5P8RA 5HVPA 1AIDA 3NU9A 1EEDP 2WEBA 2WF0A 4J1KA 5P2AA 4GJDA 3LNKA 2BKTA 3DJKA 4J1HA 3SKGA 5ER2E 1APWE 5P5HA 4DV9A 5P8PA 4Y51A 2FXDA 3PLDA 5E5JA 1T7JA 4GJ8A 1HEFE 4ZLSA 5J25A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KA2 A;  1BXO A;  2UPJ A;  4B1C A;  1FG6 C;  4K8S A;  4LP9 A;  1G35 A;  4LL3 A;  1WKR A;  4LXK A;  4FCO A;  5P29 A;  3QBH A;  1AVF A;  1ME6 A;  3L5B A;  4EXH A;  5P6V A;  3KT2 A;  1YM4 A;  1SGU A;  5P1M A;  4MC6 A;  1BDL A;  4H3G A;  5KQZ A;  2REN A;  3HD8 A;  3B80 A;  4YCY A;  2QMD A;  5P81 A;  5E5K A;  5P2W A;  2FGV A;  5P3G A;  4FAF A;  5P3V A;  1NH0 A;  3CKP A;  5P5T A;  3CKR A;  4Y50 A;  2OHM A;  5P36 A;  5P5E A;  2QHC A;  1HPS A;  1ZPK A;  2I4Q A;  4FL8 A;  4YBF A;  2AVV A;  5P6T A;  4RVX A;  5P6O A;  5P2K A;  1W6I A;  5P5C A;  5P52 A;  4IVS A;  3NWX A;  5I70 A;  3I8W A;  1A94 A;  5KQX A;  4YD6 A;  5DGW A;  3HLO A;  1T7K A;  4DH6 A;  5P8O A;  5P8C A;  3FX5 A;  4Y3M A;  4QJA A;  1HPX A;  3ZPS A;  4YDF A;  2ZHR A;  5P2B A;  3NDT A;  2PK5 A;  5OYU A;  1KZK A;  3L3A A;  2BQV A;  3T3C A;  5KOQ A;  1NPV A;  5IE1 A;  4Y3F A;  1OD1 A;  1PFZ A;  4DJY A;  5P43 A;  2FGU A;  5DQ1 A;  5P2O A;  5P1I A;  5P19 A;  1SMR A;  2FMB A;  3PB5 A;  5P3J A;  3CYW A;  4PHV A;  3OU4 A;  3OXC A;  5P00 A;  1MRW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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