1ZPAA

Hiv protease with scripps ab-3 inhibitor
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1,2,3-triazole as a peptide surrogate in the rapid synthesis of HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zpaA00
5DR8A 3GW5A 5OYTA 3KDCA 5DR3A 5AH7A 4ZSQA 3QVCA 5HD0A 4PHVA 5I70A 2R38A 3URIA 3O9EA 3Q3TA 5P75A 1D4SA 5P14A 4DVFA 5P49A 4Y3WA 3D1XA 5P8PA 3TOHA 1BBSA 4EJLA 3SA6A 2PK6A 5OYVA 3EL9A 3L38A 1QBUA 1HIHA 3WZ6A 5AHBA 1HPVA 4ZLSA 2NNPA 3O9FA 1SH9A 3O9HA 4GJ7A 2P3DA 3T7QA 5P07A 5OZTA 5P2KA 2WEZA 2J9KA 4GJ9A 2IENA 3NDWA 5HE7A 2CEJA 1DP5A 1Z1HA 2F3EA 5DGUA 1FG6C 4HDFA 4J1FA 5P09A 4Z22A 4OD9A 1YTJA 5P2BA 5P32A 4Y3PA 3PM4A 2WL0A 4Y9WA 5P5VA 5OZRA 3GGUA 4Y45A 2QI3A 3RSXA 4Y3TA 4EQJA 2IS0A 4FSEA 4YHQA 5P1HA 4PZWA 5P0AA 3DCRA 3LIYA 3K5CA 5HCOA 5P66A 4YBFA 1LF2A 1EPME 2O4LA 2WHHA 4J0ZA 3INEA 2QZKA 1EC3A 2QD8A 5P8RA 5P2HA 5P8NA 1HWRA 4DJUA 3BGBA 5P3VA 3SQFA 4R93A 4Y3XA 5P40A 5P6YA 1C6ZA 5UPJA 5P2ZA 1AZ5A 3O9AA 3URJA 1BWAA 4FM7A 4Z50A 4B05A 3APRE 2JE4A 3UDPA 5P3MA 4B00A 7HVPA 2VIZA 4GJCA 5P2CA 3OTYA 3TPJA 5P63A 1FEJC 1SIPA 3L5EA 5P4NA 4OD9B 3UPJA 4ZSRA 5P7KA 3SFCA 5P43A 4Y4UA 1YM4A 5P04A 3KM4A 3PSYA 5P0PA 4D89A 4D83A 4DV9A 1NSOA 2PH6A 3I7EA 4Y58A 4EP3A 4Q5MA 2V0ZC 1SDTA 5P5XA 1YTHA 2R9BA 4Y5BA 3PEPA 1ODWA 3UQUA 1ODYA 2OHRA 5P2JA 3QRVA 4HE9A 1CMSA 3KFRA 5P45A 2WF0A 5F00A 3OQAA 5JFPA 2CEMA 5P4EA 2VA7A 5P2SA 4B1CA 5IVRA 3S8IA 1MT9A 5P50A 3PWMA 2FDPA 3DV5A 5P27A 1CPIA 3QBHA 3VCMA 3UFLA 2Q54A 1XL5A 2WKZA 2RMPA 5OZMA 3FNTA 5P4OA 1T7IA 3LPKA 5P0CA 1K6CA 4LBTA 2OHSA 1VIJA 4JP9A 2I4VA 5P7AA 1GNOA 2AVMA 5FIVA 5P5EA 5P60A 2AVSA 3PMUA 5P7UA 1B6KA 3VV6A 2VIJA 2VJ9A 2ANLA 3HVPA 4Y5EA 4OBJA 5P2DA 4YD6A 4B70A 2AVOA 1SBGA 5P5RA 1MTRA 2ASIA 5P1LA 4Y5PA 7UPJA 1ZBGA 5P6QA 3UDHA 3EKQA 5P5PA 3OXCA 4Y3HA 4DQEA 2AODA 2B60A 2CENA 5P3JA 1ZSRA 1QS8A 5COOA 2F3FA 2AZ8A 3OXWA 3OOTA 3D20A 1T6EX 2ZHUA 5P46A 5DR1A 3S7MA 5P5SA 3SA8A 5P4HA 2I4XA 4LXMA 5EZXA 2WEDA 4R95A 4Y5LA 1HHPA 4L7GA 2I4QA 3OOZA 5P8VA 1MRWA 6APRE 5OZ5A 5P6XA 1IIQA 4CPXA 5P47A 3ZPSA 2AZBA 4B0QA 3BXSA 1E81E 3HAUA 5P5BA 5ENMA 5OZEA 1AVFA 1BDRA 1W51A 5P7FA 5HDZA 5P30A 4NJVA 3MSJA 3EC0A 5P0NA 1MVPA 4Y4XA 4LXAA 3ZKIA 1GVVA 3NU3A 4NKKA 3AUPA 5P3CA 5P28A 2NXMA 2WJOA 3RTNA 4HEGA 4YD5A 1CZIE 3HZCA 4YBIA 3OUDA 3D91A 2A1EA 4Y4GA 3NWQA 1EPOE 2WEBA 5P3EA 3S54A 4Y35A 5P64A 1EEDP 2QMDA 5P1SA 4N00A 5P8EA 5P7YA 5P88A 2JJJA 4Y3RA 2IRZA 3SLZA 5I3XA 1HVSA 3IXJA 5OZGA 4DPIA 1TCWA 4Y4BA 5P6BA 3U71A 1DPJA 4Y3AA 4DQFA 3TNEA 1HVHA 5P61A 2AVQA 5DR4A 1HOSA 4F76A 3PJ6A 2WF4A 5P5YA 2NXDA 3KMYA 2QAKA 3L5FA 5P2AA 4Y57A 4Y43A 2VJ7A 1FFIC 5DR7A 1FG8C 5P6UA 2ZJNA 5P2WA 3DV1A 3SKGA 5C9DA 5P0JA 3T3CA 4H3FA 3R1GB 1BVEA 4A6BA 5P4CA 4EYRA 2QHYA 1HVRA 4J5JA 2ZJLA 5P84A 3QI1A 5P1MA 1MT7A 3DM6A 6FIVA 4FRIA 3QRSA 1DIFA 1DMPA 2PSGA 2QI1A 4RCFA 3GGXA 5P1JA 5P1TA 3OUDB 1MESA 2PWRA 5P78A 1N49A 2HAHA 1NPAA 3TTPA 1HEGE 3BUFA 2OAHA 2NPHA 1XE6A 4APEA 4FL8A 5P5NA 4I0GA 2PWCA 4DJPA 5P0QA 5P4VA 3EKWA 3I6OA 4Y3MA 5AH9A 1EBYA 3OY4A 3OQKA 5P6KA 2FMBA 5P3NA 5P2LA 2V12C 1HPXA 5P2NA 5P3OA 2P83A 3OUAA 4EHCA 3NSHA 1HPSA 5P00A 1IZIA 5P1IA 3EM3A 5AH8A 2FIVA 1B5FA 4Q1WA 2P8HA 3INFA 5P3XA 2OHUA 2G21A 5P25A 3S56A 5P0VA 4DPFA 3OU3A 3G6ZA 1YG9A 1EC1A 3ZMGA 2QNQA 2V13A 5P1OA 3OHHA 2HB4A 4OBGA 5P5WA 3L58A 5P35A 4H3IA 5P83A 1MTBA 5P7OA 4TRWA 1AXAA 4CKUA 2QU2A 2ER7E 3PCZA 2ZJMA 1G0VA 4QJ7A 3OK9A 5P4SA 5P7XA 3QPJA 4B78A 2JYSA 1D4KA 5KR1A 2BJUA 3PI0A 4HZTA 5P1YA 5P2GA 9HVPA 2Z54A 5BS4A 1IVQA 3IXOA 4Y4TA 2HC0A 5P85A 5P22A 5P4FA 5P8CA 1EPLE 2HS2A 4XX4A 1HSHA 4OC6A 1AM5A 5P6RA 5P5LA 4FLGA 2WF1A 1FGCC 5OYQA 1B5FB 3NDTA 3PCWA 1MSNA 3NWXA 3PLLA 2Q11A 4B72A 1FB7A 3VYFA 2JXRA 2I0AA 5P3FA 5P5KA 3SA4A 2ZE1A 4ZPFA 3PHVA 5P1ZA 5E5KA 5P3KA 3ZLQA 3GI6A 4Q1YA 5OZ0A 5P19A 1M4HA 5P8GA 2HM1A 3SO9A 4Y5NA 5DQ2A 5P03A 1U8GA 3PBZA 4Y53A 3L5DA 3SA5A 2QMGA 3U7SA 4JPCA 5P17A 4COEA 5P06A 1FMUA 1AAQA 2G1RA 5P7MA 2ER9E 4MC1A 5OYRA 5P4JA 1BXQA 3ECGA 5P54A 2I4UA 1UH9A 3BXRA 3L5BA 3R0YA 4ACXA 3L59A 3LIQA 3VSXA 1FFFC 1W5XA 2O4KA 3UDRA 4ZEAA 5HDVA 3UQWA 4OC6B 5P7JA 1PSOE 1SGZA 1MT8A 3K5FA 5P3PA 5P5UA 2XYFA 5DQ1A 1W50A 3K4VA 4LHHA 5P6WA 1MERA 3MWSA 4TRYA 3LIXA 4TVHA 5P69A 5P3WA 3ZKQA 2QI5A 5OZNA 5P4QA 3TPLA 3S2OA 4GJ5A 3PRSA 3T7XA 4Y5KA 1TSQA 4AA8A 3ZL7A 1GNMA 5P20A 2ZDZA 4Y6MA 5P5HA 5P37A 5OYYA 1FQ6A 3O9IA 4KE0A 5P4XA 4AA9A 4XKXA 2PMAA 4J0PA 1HTGA 3A2OA 1G6LA 4AUCA 2QI0A 3KFSA 3NXEA 3EKPA 1SP5A 3N3IA 2AOIA 4GJ6A 5F01A 2PYNA 3H0BA 4RLDA 3ZPTA 2MIPA 5P53A 3TPRA 5AH6A 1PPME 5P26A 1EBKC 2OHMA 2RENA 2HPFA 5IVQA 4R91A 5P4LA 4S1GA 3EL4A 5JFUA 4CMSA 2HPEA 3PWWA 1SMRA 3SA7A 1QBTA 3VFBA 4DJQA 3L5CA 5P8OA 2QHZA 3CICA 5P7TA 3MXEA 3QVIA 5P6SA 5P0FA 5P1RA 4AMTA 3FNUA 5OZIA 5BWYA 5OZXA 5P44A 4WY6A 4J1EA 1E5OE 5P67A 1NH0A 5P6CA 2B7FA 4ER4E 4X2LA 1Q9PA 3HLOA 4YDGA 3CIBA 4RZ1A 1EPQE 2QD7A 1BVGA 4Y3LA 4DQHA 4Y4JA 5P4AA 4F74A 2R5QA 4OBZA 4NJTA 5OZ2A 1RQ9A 2BQVA 2F81A 5OZ4A 5P2IA 5P6LA 3QN8A 5OZLA 5OZZA 5P7ZA 4Y3JA 3EKTA 4R5NA 4CPTA 1PFZA 4ACUA 2G1NA 3GGAA 4Y3FA 2AVVA 4CPRA 1GVTA 4FS4A 3T7PA 3I2LA 3NU6A 5P86A 3IGBA 2PSUA 5HE4A 2QZXA 4ER1E 3S7LA 1QDMA 3VEUA 5P38A 4DH6A 3LPJA 3OADA 1TSUA 1B11A 2VIYA 1OD1A 2Z4OA 5P6IA 2VS2A 4RCDA 2IGXA 2QHCA 5OZKA 5OZCA 1PSAA 1ME6A 4J1CA 1LEEA 3C9XA 5P6MA 4FGXA 4FAEA 5P10A 3SM1A 2IGYA 4DJXA 5C9FA 5E5JA 4Y47A 5P18A 2RSPA 3RSVA 1OEWA 4Y4ZA 3EM6A 2UPJA 1G35A 5DQCA 3T6IA 5P0KA 5P8HA 1B6LA 5P80A 5P59A 1WKRA 4I0ZA 4RRSA 3VV8A 4OBZB 5KQYA 1EAGA 3VYEA 4Y3SA 2F3KA 2OHPA 1E80E 4I0EA 3EMYA 5HDUA 3SPKA 3VF3A 3BGCA 3D1YA 1B6PA 4Y3NA 2P4JA 5P7RA 4GJDA 1IZDA 2AOHA 4I0HA 1MSMA 4BFDA 3INHA 4OBFA 1HPOA 5P51A 5P5DA 5P7SA 4PZXA 1FQ8A 5P0LA 2P3CA 3UF3A 4Q1NA 2ZYEA 1D4JA 3OADB 1HXWA 4Y50A 2IKUA 1ZTZA 1GNNA 4HVPA 5P0GA 5P5MA 3PSGA 4J0VA 5P0DA 4D88A 5SY3A 5SXNA 5P33A 3WZ7A 5P29A 3WB4A 3R0WA 4I8ZA 5P7DA 3ZKNA 4Y5CA 5HU1A 5OZOA 5P2QA 5P7NA 5P72A 5P5ZA 5ISJA 4Y5GA 3R4BA 1AJXA 1GVWA 1BIMA 2QMFA 3MSKA 3NYGA 3TKWA 4HA5A 3BUHA 5P0MA 1W6HA 5P8UA 2ZJJA 1ZJ7A 3AIDA 3OUCA 5HU0A 4Y54A 3RVIA 4APRE 4CP7A 4CPUA 5P8BA 1LYWA 4K4QA 1D4YA 5P6HA 3FX5A 4QGIA 4F75A 2VNNA 4ZSMA 5P0YA 1YT9A 2V00A 4LXKA 1EPPE 1OHRA 2QZLA 5P1VA 1ENTE 1UPJA 4QJ6A 5P8MA 3N4LA 5SY2A 1HTEA 1JLDA 3OU1A 1A30A 2J9JA 2QNPA 4H1EA 3B80A 1BXOA 4EJDA 5OZ8A 3UDYA 5P31A 5P89A 1M0BA 2Q63A 1DAZC 1UH7A 2G1YA 4DQBA 3CKPA 4RRNA 5P2EA 4B1DA 5C9BA 4ZE6A 3UDQA 2NNKA 5P8JA 3ZPUA 3O9CA 4DJOA 5P0XA 4EJ8A 3RTHA 5OZ1A 1A8GA 4PPHA 1META 3Q4BA 5P5AA 5P6GA 5P7EA 5P0WA 1KJGA 1LYWB 2IEOA 4H3JA 5P6FA 1FQ4A 4NPTA 3ZKMA 4GJ8A 3OTSA 2BKSA 4U7QA 3UHLA 2NMYA 4Y5MA 3KFPA 4Y4DA 2R3TA 4DFGA 3D3TA 5DR0A 4EWOA 1T7KA 3Q70A 2OF0A 5P52A 2OHKA 3LINA 4I0JA 2IQGA 2G94A 3FNSA 3UCBA 4Y37A 6UPJA 5P1UA 3KF0A 4QJ9A 1HBVA 4U8WA 4NJSA 5I3VA 5P05A 1YTGA 4CPSA 3OU1B 5P3IA 5P5JA 2BPYA 3O9BA 3CIDA 4XX3A 2J9JB 4FM8A 1PPLE 1LF4A 3NUJA 5OZPA 2OHNA 5P16A 4ER2E 3IN3A 3SAAA 3IVIA 4K8SA 1PPKE 2BPZA 4Y4WA 4LAPA 2G1SA 3UDKA 5P3YA 2PSVA 4L7JA 4KB9A 4Y39A 4L7HA 4TVGA 5P4PA 3ZKXA 5P3GA 2BKTA 3MSLA 5P42A 4FRSA 4DJVA 3OQ7A 4D8CA 5P6ZA 5P15A 2P3AA 2OHQA 2IKOA 3QBFA 5OZSA 5CLMA 5P2XA 1FMBA 3UQRA 5P7GA 2F8GA 1TZSA 3GGVA 4A4QA 1QBSA 1MIQA 1NPVA 5P68A 5OZ9A 4PEPA 5P82A 5P6EA 2SAMA 5P0HA 3UQPA 4J55A 3BVAA 3APPA 5P4GA 4Y3EA 5P3RA 1HTFA 3URLA 5AGZA 2UXZA 3KDDA 5P4UA 1PROA 3I8WA 5P01A 5P7QA 5P73A 4HLAA 4WTUA 4Y3ZA 2UY0A 5P7CA 5P5GA 4DJYA 3EKVA 4EJKA 1QRPE 4YOBA 1K2CA 4L1AA 5DQ5A 3OXXA 3WB5A 1RV7A 3ZOVA 1PSNA 2APRA 1HRNA 5P3HA 1IDBA 3LZSA 5OYZA 2ZJIA 4FRJA 4RCEA 5P23A 5P87A 4J17A 5P71A 2VIEA 5P7BA 3NDXA 1TW7A 4Y4EA 3O9GA 1G2KA 5P8SA 2QCIA 3S43A 3VLAA 5P24A 5P4TA 5AHAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DR8 A;  3GW5 A;  5OYT A;  3KDC A;  5DR3 A;  5AH7 A;  4ZSQ A;  3QVC A;  5HD0 A;  4PHV A;  5I70 A;  2R38 A;  3URI A;  3O9E A;  3Q3T A;  5P75 A;  1D4S A;  5P14 A;  4DVF A;  5P49 A;  4Y3W A;  3D1X A;  5P8P A;  3TOH A;  1BBS A;  4EJL A;  3SA6 A;  2PK6 A;  5OYV A;  3EL9 A;  3L38 A;  1QBU A;  1HIH A;  3WZ6 A;  5AHB A;  1HPV A;  4ZLS A;  2NNP A;  3O9F A;  1SH9 A;  3O9H A;  4GJ7 A;  2P3D A;  3T7Q A;  5P07 A;  5OZT A;  5P2K A;  2WEZ A;  2J9K A;  4GJ9 A;  2IEN A;  3NDW A;  5HE7 A;  2CEJ A;  1DP5 A;  1Z1H A;  2F3E A;  5DGU A;  1FG6 C;  4HDF A;  4J1F A;  5P09 A;  4Z22 A;  4OD9 A;  1YTJ A;  5P2B A;  5P32 A;  4Y3P A;  3PM4 A;  2WL0 A;  4Y9W A;  5P5V A;  5OZR A;  3GGU A;  4Y45 A;  2QI3 A;  3RSX A;  4Y3T A;  4EQJ A;  2IS0 A;  4FSE A;  4YHQ A;  5P1H A;  4PZW A;  5P0A A;  3DCR A;  3LIY A;  3K5C A;  5HCO A;  5P66 A;  4YBF A;  1LF2 A;  1EPM E;  2O4L A;  2WHH A;  4J0Z A;  3INE A;  2QZK A;  1EC3 A;  2QD8 A;  5P8R A;  5P2H A;  5P8N A;  1HWR A;  4DJU A;  3BGB A;  5P3V A;  3SQF A;  4R93 A;  4Y3X A;  5P40 A;  5P6Y A; 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 2VIJ A;  2VJ9 A;  2ANL A;  3HVP A;  4Y5E A;  4OBJ A;  5P2D A;  4YD6 A;  4B70 A;  2AVO A;  1SBG A;  5P5R A;  1MTR A;  2ASI A;  5P1L A;  4Y5P A;  7UPJ A;  1ZBG A;  5P6Q A;  3UDH A;  3EKQ A;  5P5P A;  3OXC A;  4Y3H A;  4DQE A;  2AOD A;  2B60 A;  2CEN A;  5P3J A;  1ZSR A;  1QS8 A;  5COO A;  2F3F A;  2AZ8 A;  3OXW A;  3OOT A;  3D20 A;  1T6E X;  2ZHU A;  5P46 A;  5DR1 A;  3S7M A;  5P5S A;  3SA8 A;  5P4H A;  2I4X A;  4LXM A;  5EZX A;  2WED A;  4R95 A;  4Y5L A;  1HHP A;  4L7G A;  2I4Q A;  3OOZ A;  5P8V A;  1MRW A;  6APR E;  5OZ5 A;  5P6X A;  1IIQ A;  4CPX A;  5P47 A;  3ZPS A;  2AZB A;  4B0Q A;  3BXS A;  1E81 E;  3HAU A;  5P5B A;  5ENM A;  5OZE A;  1AVF A;  1BDR A;  1W51 A;  5P7F A;  5HDZ A;  5P30 A;  4NJV A;  3MSJ A;  3EC0 A;  5P0N A;  1MVP A;  4Y4X A;  4LXA A;  3ZKI A;  1GVV A;  3NU3 A;  4NKK A;  3AUP A;  5P3C A;  5P28 A;  2NXM A;  2WJO A;  3RTN A;  4HEG A;  4YD5 A;  1CZI E;  3HZC A;  4YBI A;  3OUD A;  3D91 A;  2A1E A;  4Y4G A;  3NWQ A;  1EPO E;  2WEB A;  5P3E A;  3S54 A;  4Y35 A;  5P64 A;  1EED P; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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