1ZSFA

Crystal structure of complex of a hydroxyethylamine inhibitor with hiv-1 protease at 2.0a resolution
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title On the role of the R configuration of the reaction-intermediate isostere in HIV-1 protease-inhibitor binding: X-ray structure at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1zsfA00
2PK5A 5P04A 5P0SA 5P38A 4LL3A 4Y47A 3OWNA 5P6LA 1KJ4A 3HBOA 2QNNA 3OAGB 1HSGA 1ZBGA 4X7IA 5OZHA 3OY4A 5P27A 3EM6A 4EPJA 2QZLA 3PI5A 4ZSRA 2AODA 5HE5A 5HE7A 5P7ZA 4Y9WA 2G1YA 4X2LA 5OYUA 4HDBA 3LIVA 4I12A 5P1GA 1HVIA 1U8GA 4KE0A 5P7OA 5P5SA 5P0TA 3VG1A 1EPME 5P3VA 1HOSA 1W5VA 4YHQA 3UDNA 2WEBA 3JVYA 2F3FA 3LITA 4AUCA 2VJ6A 5P39A 3DM6A 3TOFA 4LBTA 5P84A 3FV3A 3OXXA 4Y44A 5P61A 1B5FB 5P5HA 2B42A 1ZJ7A 3KDDA 4YD3A 2WEZA 1RNEA 5P5VA 2R3TA 3ZKMA 4Y48A 1IDAA 4Y3XA 4Y3JA 4MC9A 5P49A 5OYWA 2QK5A 2QMFA 2FXDA 4KE1A 2G94A 3L5FA 5P4UA 4Q1YA 1AXAA 3SKFA 4FIVA 2I4UA 3T7PA 3EL0A 1QRPE 1MT9A 1FKNA 5JFUA 3OAGA 2ZDZA 3EKQA 3B7VA 2ZHRA 4GMIA 5OYXA 3MXEA 3L5CA 4J54A 5P40A 4RCFA 3OQDA 1E81E 3TOGA 5P7AA 2VIZA 5P4IA 4QGIA 7UPJA 5COOA 3CKTA 2JJJA 2Q15A 4B00A 4JPEA 1A8KA 3EKPA 1YTHA 4GIDA 4YD4A 5JFPA 2P4JA 1BV7A 5P1FA 5P7FA 3PVKA 4IVSA 5P17A 4RVIA 5KAOA 2QD8A 3HW1A 3GGAA 5P6TA 5HDUA 4RCDA 5P35A 4LC7A 3VUCA 1B5FA 1QBRA 3L5EA 2ANLA 3UFNA 1MRWA 5P8LA 3UQUA 2Q11A 3PMUA 2Q64A 2AQUA 1G0VA 5P7KA 5P0RA 2AVSA 4PZWA 1TCWA 2QMDA 4DQEA 1FMBA 2FDPA 2P3BB 2CENA 2R43A 4B1EA 2QMGA 1FF0C 3ZKIA 2ZHUA 5P5RA 3L5DA 2PSGA 5P2RA 5P1KA 3OUCA 4FRSA 2BPVA 1B6LA 3QS1A 3U6AA 4Y58A 1HRNA 5P72A 3T6IA 1IZEA 2QCIA 3ER5E 2IRZA 3HVPA 5P2LA 4L7HA 5P8UA 1OD1A 4TRWA 5P1QA 3PWMA 2HIZA 4DQGA 1HEGE 2OHLA 2QI6A 3O9GA 3ZLQA 5P5LA 5P4RA 3KT2A 4D89A 2O4SA 4Y4AA 1ZLFA 2IQGA 3OQ7A 4K4PA 2ER9E 2F81A 2QHYA 3OUDB 4NJUA 1MTRA 4YD7A 4YDGA 4ER1E 5P7QA 2ZHSA 1CZIE 5P0LA 2O4KA 1IDBA 5P4SA 1TW7A 5P3PA 1OHRA 2QI4A 1GKTA 3IXOA 3OU4B 3DJKA 1HVCA 2WF4A 3NDUA 5UPJA 3G6ZA 1EPPE 1D4KA 1RPIA 1M43A 2P3BA 3NLSA 5P1HA 1HVLA 5DQ5A 4DQCA 4ZPFA 5OZIA 5KR1A 5P54A 2O4PA 1IIQA 4YCYA 5DQCA 5DR0A 5P1NA 4YBFA 2QU2A 1ZTZA 5DQ2A 5FIVA 5OZNA 3TPLA 3QIHA 2NMYA 5P5FA 2VJ7A 5T4SA 5P4WA 4Y5PA 5P5ZA 4QJ7A 3UQRA 2VJ9A 3PGIA 5P8SA 2VIYA 4Y37A 5P0MA 4BFDA 4B78A 4LXKA 4FS4A 4GJ5A 5P4OA 2ER7E 3PLLA 4DPIA 5P2NA 3R1GB 3G72A 4Y3NA 3OUDA 3BGCA 2QHCA 5P0YA 1GNOA 5P3BA 3NUJA 5P8TA 5P4YA 3CIDA 3I8WA 5P20A 1BV9A 2G26A 2G69A 6UPJA 4H1EA 4NJTA 3OU4A 2BJUA 5P08A 2QP8A 2AVOA 3L38A 3EM3A 3D1XA 2XYFA 1EC2A 2V11C 4J0PA 2XFIA 1SIVA 2SAMA 8HVPA 5P5GA 3TTPA 5P6WA 5P7NA 5P0ZA 2QU3A 3OQFA 4Y4UA 1KJHA 4I0EA 3CYXA 5OZ5A 3Q3TA 1AM5A 4DQBA 1C6XA 5I3VA 4WY1A 5P5KA 5P7YA 3O99A 5P50A 4EP3A 4OBJA 5OZOA 4M8YA 4Y4XA 2G27A 4I8ZA 3NWQA 5DGWA 4LHHA 4QJ2A 1TQFA 1VIJA 2ZYEA 3NDTA 5P4DA 2PSVA 2AOCA 3S2OA 3PSUA 5P88A 3ZKXA 4L7GA 5P3RA 4APRE 4LP9A 1B6JA 5BWYA 4Y4JA 4GJCA 1ODWA 1FMUA 3QRSA 3UPJA 3IAWA 4I1CA 3HZCA 5P07A 2NXLA 4Y56A 3LZYA 3QPJA 4R93A 3LNKA 5P4GA 3EKXA 5P6UA 1D4JA 5P2VA 5AHAA 3VSXA 2VNNA 1DW6C 3F9QA 1B6KA 1MT8A 3U71A 3D3TA 3TPRA 1YM2A 5P77A 4Y36A 2OHTA 5P7DA 5COPA 1QBUA 4UPJA 3GW5A 3PSGA 5OZ1A 2RMPA 3OUBA 3NSHA 1GVWA 3VSWA 3DK1A 4N00A 3I6OA 4JECA 3EL1A 1MERA 2OHSA 5P7GA 5P0EA 3N4LA 5P8EA 3AIDA 2PSUA 2PK6A 5OZ3A 2MIPA 4L7JA 4Y3FA 1K6VA 3UCBA 5P22A 2AOGA 2I0DA 3H5BA 5P8PA 4U8WA 4Y35A 4D85A 5P6IA 4B77A 3Q5HA 1DP5A 1PSNA 5P31A 5KR8A 3D1ZA 3FNSA 5OZPA 5P58A 4ZPEA 5P1YA 5P2WA 1Z8CA 2I4WA 3KT5A 2R5PA 1EC0A 1SGZA 4R95A 2OF0A 3ER3E 2ER6E 3QRVA 2OHKA 2VIJA 2QMPA 5OZFA 1LV1A 1HEFE 2I1AA 3O9AA 2QI3A 5P6VA 3OXWA 3CIBA 1KJ7A 5CONA 5P8BA 5P75A 5P7RA 2IGXA 3QVCA 4FAFA 5OZ7A 4Y54A 5P16A 3EMYA 4D8CA 3EL5A 5P6RA 2WF2A 1HTRB 4CPTA 5P03A 3BVAA 4BELA 4NKKA 5P3GA 2AZ8A 3OOZA 1W5WA 1HVSA 5DR4A 3S43B 4DJVA 1B11A 5P1UA 5P2XA 5OZEA 5P4PA 1HWRA 3D20A 3SA6A 3UDYA 4J1CA 2HC0A 4Y3GA 4EJ8A 5P0HA 5KQXA 5ENMA 4Y4BA 5P6BA 5DQ1A 1AZ5A 3FNTA 3DCRA 5P4MA 3O9BA 5OZUA 4H3GA 5P60A 3UDKA 2OHRA 5P0OA 3T3CA 5P5PA 5ER2E 2IKUA 5P19A 3GGUA 5IS4A 4ZLSA 3UQWA 2AVMA 4A4QA 5PEPA 3PBZA 5P0DA 3WZ7A 1F34A 2AIDA 5CLMA 5P56A 3DV5A 5OZRA 5P5BA 5SXNA 1LS5A 1IBQA 4S1GA 5OZAA 1E82E 5EZZA 4CPXA 5P2UA 1XE5A 1SMEA 2ZJKA 5P0FA 1E5OE 4FL8A 5J25A 5P8VA 3BRAA 1OEWA 4GJBA 5P3WA 5OYQA 5OZVA 1APTE 3S8IA 5P1EA 3LHGA 5P7XA 4APEA 3D1YA 5SZ9A 3UDHA 4J0ZA 4Y3EA 2G1OA 4WY6A 1DIFA 1GNNA 1IVPA 5P0IA 3S43A 3CMSA 3DCKA 3VV6A 4EXHA 2PQZA 3EKYA 3NR6A 2G21A 3HD8A 2HPEA 4BEKA 1XL2A 1G35A 1XE6A 1YTIA 5P69A 3OQAA 3BUGA 5P06A 1D4LA 2JJIA 2RENA 3BVBA 3FNUA 5HDXA 2HM1A 5I3XA 4BFBA 2PC0A 5C9FA 3GI6A 3Q70A 2P3DA 2P8HA 3VLBA 3VYFA 2PWRA 4FRKA 1FFFC 4I10A 2QD7A 4DJOA 4Y4DA 1D4HA 3DV1A 1LYBB 1LZQA 2QHZA 2FGVA 2QI0A 3OQKA 4QJ9A 5P55A 4I0DA 1ZP8A 2AVVA 1ZAPA 5P0GA 2Z4OA 5OYVA 4Y50A 5SY3A 5P3EA 5P1JA 4DI2A 5ER1E 4D83A 5DR8A 5P0QA 1B6PA 3SA3A 2FGUA 3TOHA 5DR1A 1SH9A 5P5TA 1BDLA 4Y3HA 5P82A 3RVIA 1WKRA 5P64A 3VYEA 5KR0A 5P0XA 1DPJA 2BBBA 1UH7A 4CKUA 4K4RA 3WSJA 3O9IA 2OHNA 3K4VA 1EPOE 3ZKQA 1KZKA 4J1FA 1BXOA 5P05A 4EJKA 4K4QA 4AA9A 3EKVA 5P74A 1DMPA 2FXEA 4ZE6A 4Z22A 3K4VC 2IL2A 2ZJLA 3ZPTA 3VF5A 5F01A 2CEJA 1E80E 5P1XA 3QBFA 4GB2A 2A4FA 5P3YA 2XFKA 3PJ6A 1LYBA 3L5BA 1C6YA 5P2ZA 4DJPA 4HEGA 3NU6A 1FFIC 3S7MA 5P09A 4QJAA 1YTJA 3UQPA 5P26A 1B6MA 5P70A 5P5MA 3QVIA 4I0GA 5P7EA 4OBGA 4ZSPA 5OZSA 3CICA 5DR3A 5I3YA 1T7IA 2R8NA 3LZUA 5P85A 1FQXA 3R0YA 3L58A 5P1DA 4DJYA 1HTEA 1TCXA 1HVRA 3QRMA 4J17A 3VV8A 4Y5KA 1SMRA 4JPCA 2CEMA 5HE4A 1BVGA 4HA5A 5P1SA 1WBMA 5P1LA 5COKA 1SGUA 3INDA 5P4CA 3SM2A 1FGCC 4OBKA 4EJLA 2O4NA 4CPWA 4YE3A 4COEA 3BC4A 4U7QA 5P6OA 5P3JA 3VF3A 2FDDA 2I4XA 3CKPA 4YOBA 4ZSQA 2BPXA 3T7XA 5OZCA 3OXCA 1KJFA 4QJ6A 5P29A 3IGBA 5P46A 3TH9A 5P5XA 5DR7A 1HBVA 4RYGA 3URJA 2AOEA 5P8CA 1AAQA 3QP0A 3TPJA 5KQFA 1ENTE 1GVUA 4Y3RA 5P8NA 5P4QA 4GJ9A 3VYDA 4R92A 2WEDA 1K2CA 5HU1A 2G24A 1Q9PA 3OGQA 1FQ8A 5P7LA 5IVTA 2P3AA 3O9EA 5P5WA 5P8RA 5P57A 5P6JA 1HVJA 1RL8A 1FB7A 5P8QA 1M0BA 3U7SA 5P6GA 2G22A 4FAEA 2WKZA 3PI0A 4HLAA 5P3AA 2WF1A 1YT9A 1META 3PBDA 3RTNA 4Y3SA 3HAWA 4NJVA 5P25A 4HDPA 3HLOA 3KDCA 5P7UA 5P8IA 1PPLE 4DUSA 3MSJA 1YX9A 4J0YA 4Q1NA 3ZKSA 2ASIA 2BKSA 5P15A 1APVE 3OXVA 5P63A 5P78A 4Y3ZA 4Z2ZA 2APRA 4J5JA 5P81A 4XX3A 5P3UA 3L59A 3RTHA 4Y6MA 2QI7A 4DJQA 5P89A 5ISJA 1NPAA 3WZ6A 2FS4A 5P43A 2ZE1A 4Z4XA 4FLGA 3OADB 5P7BA 5P66A 1HXBA 3KFRA 5P6ZA 4XX4A 5P4AA 5P3HA 5P3OA 3VF7A 4GYEA 4YD6A 5AHBA 4RRSA 1FQ5A 4NPTA 2I4QA 1XS7D 5P33A 3SM1A 2Q55A 4Y3YA 4ER2E 4I0ZA 3FKTA 5P7TA 3S85A 3NXNA 2VNMA 4I0FA 4Y4TA 2AOFA 4K9HA 4R91A 2I0AA 5HD0A 5P7CA 5P0AA 1T7JA 5P6DA 3PCWA 1EEDP 1PPME 3NU5A 3DOXA 5IVSA 4NPUA 3S56A 2V0ZC 4I0IA 1HIHA 1PPKE 3IN3A 4YCTA 1MEUA 2F8GA 4B70A 3G70A 5P4XA 1BIMA 4AMTA 1MSMA 3UDRA 4EQJA 5P52A 3KA2A 5P8AA 3T7QA 3FIVA 3URIA 5P0CA 3GGVA 2IENA 5P53A 3KFPA 3EL4A 4GZFA 3OADA 3KMYA 4CP7A 4EJDA 4ACUA 4RVJA 3PM4A 1IVQA 1XL5A 4RRNA 5P4NA 1T6GA 1G6LA 3MSLA 3B80A 5P0JA 2QNPA 3TNEA 2F80A 5P80A 4F75A 3PWRA 5P5IA 3UDQA 1EPLE 1QBTA 2IGYA 5P6CA 2WHHA 3O9FA 4I11A 1W6IA 3L3AA 5ENKA 2ZJHA 2V12C 3BXSA 2VS2A 3N3IA 5P0VA 3SFCA 1AJVA 3NU3A 5OZ9A 5P28A 4WTUA 1HIIA 4TRYA 1BBSA 2JE4A 5P14A 3EXOA 1ODYA 2PMAA 3QBHA 5DPZA 4ZEAA 2PYNA 4DQFA 4HE9A 2BPZA 1T7KA 1W5XA 1C6ZA 4JP9A 5OZTA 2IS0A 1BILA 4OBDA 1APUE 1HXWA 4Y5NA 5P4ZA 2OHUA 1A30A 1ODXA 3IA9A 5P45A 4FRIA 5P3MA 2NNPA 4FE6A 1BXQA 2QI5A 1FG8C 5P3CA 2WL0A 3AUPA 1APWE 2FLEA 4F76A 4Z50A 4GJDA 1IZDA 3TKGA 1HPXA 5P2SA 4E43A 1MIQA 5P02A 1BWBA 1AJXA 3OGPA 2NXMA 5OYZA 4EYRA 3SKGA 4K8SA 5I70A 4J1IA 1SDUA 5P2CA 4Y39A 2IDWA 6FIVA 3K1WA 2H6SA 3VFBA 2V13A 3ECGA 1DAZC 3SQFA 1MESA 3EL9A 5HCTA 2ZGAA 2R9BA 3SAAA 4Y43A 4OD9B 1MPPA 2UPJA 2EWYA 3BUHA 1A9MA 5P4VA 3O9LB 5C9DA 9HVPA 2UXZA 3LINA 3TPPA 5P5EA 1AIDA 2HPFA 5P37A 3OUAA 5P5CA 2J9JB 3EBZA 2FNTA 4J1KA 4AZYA 5P0WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PK5 A;  5P04 A;  5P0S A;  5P38 A;  4LL3 A;  4Y47 A;  3OWN A;  5P6L A;  1KJ4 A;  3HBO A;  2QNN A;  3OAG B;  1HSG A;  1ZBG A;  4X7I A;  5OZH A;  3OY4 A;  5P27 A;  3EM6 A;  4EPJ A;  2QZL A;  3PI5 A;  4ZSR A;  2AOD A;  5HE5 A;  5HE7 A;  5P7Z A;  4Y9W A;  2G1Y A;  4X2L A;  5OYU A;  4HDB A;  3LIV A;  4I12 A;  5P1G A;  1HVI A;  1U8G A;  4KE0 A;  5P7O A;  5P5S A;  5P0T A;  3VG1 A;  1EPM E;  5P3V A;  1HOS A;  1W5V A;  4YHQ A;  3UDN A;  2WEB A;  3JVY A;  2F3F A;  3LIT A;  4AUC A;  2VJ6 A;  5P39 A;  3DM6 A;  3TOF A;  4LBT A;  5P84 A;  3FV3 A;  3OXX A;  4Y44 A;  5P61 A;  1B5F B;  5P5H A;  2B42 A;  1ZJ7 A;  3KDD A;  4YD3 A;  2WEZ A;  1RNE A;  5P5V A;  2R3T A;  3ZKM A;  4Y48 A;  1IDA A;  4Y3X A;  4Y3J A;  4MC9 A;  5P49 A;  5OYW A;  2QK5 A;  2QMF A;  2FXD A;  4KE1 A;  2G94 A;  3L5F A;  5P4U A;  4Q1Y A;  1AXA A;  3SKF A;  4FIV A;  2I4U A;  3T7P A;  3EL0 A;  1QRP E;  1MT9 A;  1FKN A;  5JFU A;  3OAG A;  2ZDZ A;  3EKQ A;  3B7V A;  2ZHR A;  4GMI A;  5OYX A;  3MXE A;  3L5C A;  4J54 A;  5P40 A;  4RCF A;  3OQD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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