1A30A

Hiv-1 protease complexed with a tripeptide inhibitor
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Hydrophilic peptides derived from the transframe region of Gag-Pol inhibit the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1a30A00
2OHNA 4Q1XA 3INFA 5JODA 1XN3A 2P3BA 3DM6A 1YTGA 3SKGA 3L59A 5HVPA 5P53A 1M4HA 4HLAA 3OAGA 3QROA 5OZFA 1LF3A 1BIMA 5P1KA 5OZ6A 4Y4TA 2VA5A 1SP5A 2ER9E 3S54A 2P3CA 2PK6A 5P37A 3VEUA 3PLDA 2WEAA 1LF4A 1SGUA 4ACUA 4QJ8A 1TSQA 2O4PA 1D4KA 4AA8A 8HVPA 3OHHA 1MPPA 2WJOA 3SA9A 5OYXA 5P5WA 3PI0A 5P85A 1HVLA 3TL9A 5P1UA 1KZKA 2QMPA 4H1EA 5P2LA 5ENMA 1LYWA 5P4TA 4FGXA 3U7SA 5DGWA 1ODWA 5P8UA 1Z1HA 4Y38A 2BKSA 3NUJA 3TOGA 1MVPA 3O9LA 3UDRA 5P5BA 2BPXA 5P4SA 5P82A 2QMGA 3WZ7A 2NXMA 5P4WA 2QU2A 5P56A 5DQ5A 2NMZA 4AA9A 2HS1A 1KJHA 1K6TA 4YOBA 5JFUA 1FMXA 3IAWA 3NSHA 1W5VA 5BWYA 2IS0A 2J9JB 1HIIA 3L58A 5OYTA 5P5LA 1SIVA 3HDKA 4Y3FA 3CICA 1META 2G20A 2PWCA 1LYBA 3ECGA 3NU4A 4LBTA 2G26A 3D91A 4PYVA 4EJLA 2P3AA 3QP0A 5P17A 5P29A 5P6HA 3CMSA 3NDTA 4I0ZA 3QRSA 5P8VA 1OD1A 3R2FA 1G0VA 1ZJ7A 4QGIA 5COOA 5P7XA 3KM4A 3CIDA 3UQXA 5P1BA 3I25A 4J54A 3OADB 5AH8A 1AVFA 3DCRA 4RCEA 3I8WA 3EL4A 5P5TA 2WF1A 3NDWA 1Q9PA 3O9EA 4DQFA 1BWBA 3MSJA 3EL5A 5HU0A 5OZJA 1NPAA 5BS4A 2P8HA 5P0QA 5P58A 3VV7A 4Y5LA 1MSNA 5P6ZA 1FF0C 5P1OA 3EKVA 5P13A 1IZEA 4GJBA 5P1WA 4OBGA 2HB4A 1FEJC 3IVHA 2ZDZA 2OHPA 4I0HA 5P5SA 5P0YA 4ZLSA 5P5GA 3MXEA 5P26A 2ER0E 4DJWA 4Y5NA 2FIVA 4OBKA 4Y50A 2HIZA 4FRJA 1NH0A 3D1YA 2OAHA 4CPWA 5P8QA 3KMXA 5P4DA 5P7SA 3LZYA 5P2NA 4Y3TA 5P18A 3RTHA 5P7HA 1C6YA 3MSLA 1IZHA 5P39A 3IVIA 5P83A 2I4DA 4JECA 1W50A 1SGZA 5DR0A 3JW2A 4Y3YA 3ZKIA 3TOFA 1MSMA 1UPJA 3BHEA 1VIKA 3I7EA 5P31A 5P3VA 4N00A 5P22A 2G1NA 5P8AA 5KQZA 3DK1A 5HDUA 5P1HA 5OZEA 2NMYA 4KE0A 5P3QA 5P2OA 5C9BA 2P4JA 3OOTA 3SA7A 5P72A 5P0FA 3UDJA 2HPEA 4CKUA 1OEXA 4GB2A 1FQ8A 1QDMA 2QHYA 4Z4XA 3SA5A 2HS2A 1XN2A 3VFBA 1HXBA 2RKFA 3QBFA 5P55A 3OUCA 5DR4A 5P3OA 2VS2A 5EZZA 5P3EA 4I0EA 3IGBA 1E5OE 1RL8A 4RYGA 3K5FA 3SQFA 3O9LB 5P4QA 2WEZA 5CONA 4OBZA 4BFBA 1D4IA 1HOSA 4Y41A 1HPVA 3RTNA 5OZ0A 2QI0A 1ODYA 4FS4A 3OU4A 4R93A 1FQ4A 5P50A 3VFAA 5HDXA 5P42A 3EL1A 1ZPAA 3G6ZA 4AUCA 2BPZA 3TTPA 2AOGA 5HCOA 3UDMA 3KDDA 4U8WA 2Q15A 4R91A 4EQJA 5P2BA 4D8CA 1HVSA 2IQGA 2XFIA 3PWMA 5P7GA 5P5OA 2G1SA 1E82E 3DOXA 5B18A 5HDZA 5P7WA 2BJUA 3UCBA 1APUE 5P3JA 1C70A 4HEGA 3HAWA 4FRIA 1U8GA 3PLLA 1EBWA 2B42A 3JVYA 4J5JA 2XYEA 5P6MA 5P6KA 2B8LA 4EQ0A 3PEPA 2AVOA 2PYNA 5COPA 2ZJNA 5P28A 5P6NA 6FIVA 4B1DA 5P3WA 4DH6A 3UQPA 1MIQA 7UPJA 4UPJA 2P3DA 2PWRA 2HAHA 4PZXA 4Y4GA 4ZSPA 1ZTZA 4LL3A 5KR2A 5P3RA 3O99A 5P0RA 1FQ5A 5P6GA 1SMEA 1B6LA 1MTBA 2PQZA 5P0XA 3VYDA 2SAMA 3D1ZA 5KR1A 1UH7A 5OZDA 5P41A 3SACA 4Y39A 3C9XA 1YTHA 4QJ2A 3S8IA 5P4VA 1HEGE 2V11C 3ZKMA 5HE4A 5P7CA 3KFPA 5P07A 5P2UA 4DJYA 3NLSA 3GI0A 1APVE 3Q70A 4I0FA 4Y4EA 2B7FA 3QS1A 5OZ2A 2QNNA 4BELA 3S7MA 5P4PA 1W6IA 3Q5HA 1IDBA 5P0CA 3OUDA 1DW6C 3PCWA 3DJKA 2NNPA 3UDNA 5HE5A 4CPRA 5AHCA 1YG9A 5P0AA 5P6BA 5OYWA 5DGUA 2V0ZC 4MC9A 4ZSQA 5P3MA 3SA6A 1QRPE 3HZCA 4MC1A 2G1RA 3VYFA 1HSHA 1K2BA 1EPLE 1HPXA 1ZPKA 3PWRA 5P7MA 3EM6A 4LHHA 4DJVA 1FG6C 1G35A 3LPJA 1K2CA 5P3KA 3OTYA 3S7LA 3GI6A 4DQHA 1T3RA 3FNSA 4JP9A 5BRYA 3TPRA 3UF3A 1HEFE 1MERA 4D89A 4YOAA 4X2LA 1GVVA 4GYEA 3OGQA 4PZWA 3VSWA 3AUPA 4B00A 5P1GA 4B1EA 2RENA 3OU4B 3S43B 5E5KA 1FG8C 4NKKA 5P32A 4Y47A 4WTUA 1HVKA 5SXNA 2J9JA 3KT5A 4K4PA 5P8FA 3Q4BA 4FAFA 5E5JA 4XX4A 4QLHA 1EC0A 1HTFA 3DV1A 3K1WA 4AZYA 1DAZC 5P4CA 5P3ZA 4FSEA 5HD0A 4Y3XA 2IGXA 2R3TA 4J1KA 1FFFC 5P4NA 3EKPA 5P2MA 3INDA 4Y3QA 2PH8A 1MTRA 1GNNA 5OYVA 2JXRA 2PSGA 5P88A 4FM6A 1GNMA 3CKPA 5I70A 5P8HA 3OADA 5P3CA 1A9MA 4J0PA 3DCKA 5P0GA 3EXOA 1E81E 2R5PA 1G6LA 3NUOA 3DUYA 3QI1A 1EC2A 2G94A 1NPWA 2VIEA 2QI7A 4PEPA 3NWQA 3VSXA 1APWE 3NR6A 4ACXA 2QI3A 2PC0A 2AIDA 3PI5A 7HVPA 4NJVA 3UFNA 4GZFA 5KQYA 4DQCA 4CPTA 3WZ6A 3UQWA 5P16A 1EPOE 5P78A 2F8GA 2ZHSA 4OBHA 4U7QA 1UH8A 5OZ5A 5P8TA 5P59A 5P1PA 2CEMA 5P68A 2QD8A 2O4KA 3EMYA 5PEPA 4DVFA 4RRNA 3URIA 3MXDA 2IL2A 2UY0A 4ZSMA 5P6VA 2WHHA 1HVJA 5P6RA 3KFRA 4B0QA 3O9FA 4Y3SA 5OYSA 4RROA 2ANLA 1PSAA 4FIVA 5P2KA 1ZSRA 3N4LA 1EAGA 2FDDA 2QI1A 3OUDB 5P62A 3LZSA 5P19A 5OZGA 4EPJA 1QS8A 4I0DA 1MEUA 4Y9WA 4Y4AA 2F3EA 4I0JA 3O9GA 5I3VA 3SPKA 4F74A 2QD6A 3EKWA 5P27A 4JOOA 1B11A 3LZVA 1TZSA 4Y5PA 5P8RA 5KAOA 4DJOA 4EJKA 5P3TA 4L1AB 4KB9A 2AOHA 3BC4A 1GVTA 3L5FA 5OYUA 4NPTA 3G70A 1PPKE 4R5NA 1B6PA 5P6TA 1BXOA 2Q63A 1XE5A 1HVRA 5P1LA 1EPRE 3QRVA 1G2KA 3F9QA 4Y3DA 5I3XA 4CMSA 5P5ZA 2I0DA 4TRWA 4B72A 2IKUA 5P71A 1IBQA 1ZP8A 3INHA 3ZKQA 2NTRA 4Y4DA 4HDPA 1OEWA 2B8VA 3LINA 2IEOA 4JPEA 4H3IA 2F81A 3L38A 1EPME 3D20A 3OU1B 4Y3EA 1MT7A 5OZLA 2VKMA 5P7PA 3OXCA 1DPJA 3APPA 1D4YA 5OZMA 5P1QA 4TRZA 2AVQA 4J1CA 5F01A 1B6KA 5OZRA 2QHZA 4I1CA 3PMUA 3SA4A 5P1SA 5P7AA 5P3XA 2G21A 3T7QA 1EC1A 3I2LA 3I6OA 5P3NA 5P4KA 1ZAPA 5P2AA 5P23A 5P5IA 3PVKA 5P8JA 1HXWA 5P7JA 2OHMA 1GVXA 1A30A 5HU1A 3TPLA 3UQRA 5P49A 3AIDA 5P46A 4A4QA 3K5DA 4L7GA 5P03A 4A6BA 5P6XA 1HTRB 5OZAA 5P00A 3KA2A 5COKA 2G1YA 5T4SA 3ER3E 3LIZA 5P7VA 4K4RA 4AMTA 1AJVA 1IVPA 4L6BA 5SY3A 3IN3A 3T7XA 5P79A 3OXWA 5P8NA 3SA8A 4HE9A 3OUBA 2ZJIA 2ZHTA 3PRSA 5OZTA 5P5AA 4FM8A 5OZ9A 1BWAA 5P47A 3VV8A 3EKTA 4RGHA 4YBFA 1BBSA 5P2ZA 5P87A 4LXKA 4CPQA 1SDTA 5P5QA 3WB4A 1A94A 4NJSA 3LIYA 3O9DA 2WKZA 1D4SA 5SY2A 5P12A 5AH9A 4ZEAA 3ZKXA 3PCZA 2QZXA 1DMPA 4XXSA 2QNQA 2F3FA 2HC0A 3VF7A 2A1EA 2QNPA 3K5CA 1AAQA 4J0TA 1MT9A 5OZPA 4NPUA 3LNKA 5OZ8A 5P1RA 4B77A 5P8KA 3Q6YA 4ER1E 4Y5KA 4NJUA 5P15A 5P8IA 2VNNA 3HLOA 5OZ1A 4DV9A 5P74A 5P86A 5P8OA 1GVUA 3UDHA 5P2YA 5P6SA 5P6LA 4X7IA 1MUIA 3VYEA 2QI5A 3T11A 4B05A 5P8PA 4PHVA 3Q3TA 2A4FA 1W5YA 3GGUA 5P44A 5OZBA 5P2XA 1IZIA 5OYYA 3S43A 2NXDA 4RVIA 5P0HA 2PK5A 1W6HA 1BVGA 5C9DA 1BXQA 1C6XA 3R0WA 4RCDA 5P3HA 5P2EA 5P1EA 2V10C 4LC7A 5P0UA 4YD3A 4Y4WA 4BEKA 5I3YA 5P6PA 1FGCC 1YT9A 1J71A 5ISKA 3UTLA 5P5YA 5P25A 1KJ4A 3OTSA 1HSGA 5P7YA 1IZDA 3O9CA 5P2QA 3KFSA 5OZKA 4Y4JA 4S1GA 5P3BA 5P1XA 3CKRA 1GNOA 2FDEA 2RSPA 3UHLA 2NR6A 2FNTA 1QBTA 4FL8A 4DJUA 5P4JA 4LAPA 2OHTA 5P7QA 3VUCA 5P1TA 2HM1A 5P7FA 3BGCA 6UPJA 3PBZA 4I11A 4B1CA 5P4EA 3WSJA 1BV9A 2I0AA 4I8WA 1VIJA 2P83A 3L5EA 4Y3HA 4XKXA 4LP9A 2R9BA 2ZGAA 3OY4A 4E43A 2R43A 4EHCA 5OZYA 2VA7A 3PHVA 2G69A 5OYQA 3N3IA 5P45A 2ZJLA 3UDKA 1UH9A 4DJXA 4B78A 4Y5EA 3SM1A 1XE6A 5P52A 1AIDA 3K4VA 5DQ4A 1CZIE 1FMUA 2BB9A 4Z50A 4YCKA 1E80E 3KMYA 2R38A 4M8XA 5P5KA 1T7KA 5P0OA 5P69A 4YDFA 4RCFA 3URLA 4Y3RA 4OBDA 2QI6A 5OZWA 1B5FB 3LIVA 5P02A 5P5RA 4ZPGA 4J1IA 3HVGA 3FIVA 2QK5A 4YCYA 1QBSA 2NXLA 2Q5KA 4GMIA 2FS4A 5P1MA 5P7LA 3ZKSA 1K6PA 2G22A 4J0ZA 5P0PA 3TKWA 4RLDA 5HTZA 5P8SA 5P65A 3L5DA 2VIYA 4HVPA 4DI2A 3B80A 5P8BA 5P2FA 1EEDP 1BDRA 4L1AA 5OZCA 5P7OA 2H6SA 5P2IA 2WEDA 1GKTA 3QIHA 4YE3A 5OZUA 3OQAA 2Q54A 2QU3A 2BPYA 5OZZA 2J9KA 5P0EA 1T7JA 1EPPE 4WY6A 3GW5A 1N49A 5DR1A 1IVQA 1SIPA 1HRNA 4J1HA 5P6FA 1EBKC 1HWRA 2QD7A 2NNKA 5P7KA 4YD5A 3U71A 5P2VA 1LYAA 3ZKGA 4GIDA 4LXAA 5P4XA 3HD8A 5AH7A 1XL5A 2VIZA 5P10A 4K4QA 1BDQA 3PGIA 5P75A 3RVIA 5P89A 2I4UA 3OU1A 5P2TA 5OZ7A 4QJ6A 1FIVA 3T6IA 4D88A 2AOCA 2QZWA 5OZHA 4GJ9A 1M43A 1MESA 2ZHRA 3KFNA 3H5BA 5P2SA 4DJRA 4GJ7A 4CPUA 2PSUA 2VJ7A 4RVJA 3O9IA 5P14A 4LXMA 5IS4A 2WF0A 3PWWA 4EP2A 5JFPA 3ZOVA 4Y3PA 1K6VA 4Q1YA 1D4HA 4FLGA 5P8MA 1B6MA 2BQVA 2UXZA 3ZKNA 3MSKA 4R92A 3QN8A 2R3WA 2O4SA 3LPKA 1PSNA 2OHRA 4L7HA 5P4IA 2ZJJA 3VF3A 5P6DA 4J0VA 2FXEA 4IVSA 5DR3A 5OZIA 4Y3NA 2MIPA 5DQ1A 5P20A 5P35A 4QJ7A 1KJGA 2IENA 5P30A 5P3PA 4J1FA 1YM4A 5HCTA 5OZOA 5ISJA 4Y45A 5P1YA 2RKGA 2AZ9A 5P84A 5P76A 2I4VA 3M9FA 4EWOA 4Y35A 2AQUA 4TRYA 5FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHN A;  4Q1X A;  3INF A;  5JOD A;  1XN3 A;  2P3B A;  3DM6 A;  1YTG A;  3SKG A;  3L59 A;  5HVP A;  5P53 A;  1M4H A;  4HLA A;  3OAG A;  3QRO A;  5OZF A;  1LF3 A;  1BIM A;  5P1K A;  5OZ6 A;  4Y4T A;  2VA5 A;  1SP5 A;  2ER9 E;  3S54 A;  2P3C A;  2PK6 A;  5P37 A;  3VEU A;  3PLD A;  2WEA A;  1LF4 A;  1SGU A;  4ACU A;  4QJ8 A;  1TSQ A;  2O4P A;  1D4K A;  4AA8 A;  8HVP A;  3OHH A;  1MPP A;  2WJO A;  3SA9 A;  5OYX A;  5P5W A;  3PI0 A;  5P85 A;  1HVL A;  3TL9 A;  5P1U A;  1KZK A;  2QMP A;  4H1E A;  5P2L A;  5ENM A;  1LYW A;  5P4T A;  4FGX A;  3U7S A;  5DGW A;  1ODW A;  5P8U A;  1Z1H A;  4Y38 A;  2BKS A;  3NUJ A;  3TOG A;  1MVP A;  3O9L A;  3UDR A;  5P5B A;  2BPX A;  5P4S A;  5P82 A;  2QMG A;  3WZ7 A;  2NXM A;  5P4W A;  2QU2 A;  5P56 A;  5DQ5 A;  2NMZ A;  4AA9 A;  2HS1 A;  1KJH A;  1K6T A;  4YOB A;  5JFU A;  1FMX A;  3IAW A;  3NSH A;  1W5V A;  5BWY A;  2IS0 A;  2J9J B;  1HII A;  3L58 A;  5OYT A;  5P5L A;  1SIV A;  3HDK A;  4Y3F A;  3CIC A;  1MET A;  2G20 A;  2PWC A;  1LYB A;  3ECG A;  3NU4 A;  4LBT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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