1APTE

Crystallographic analysis of a pepstatin analogue binding to the aspartyl proteinase penicillopepsin at 1.8 angstroms resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Analysis of a Pepstatin Analogue Binding to the Aspartyl Proteinase Penicillopepsin at 1.8 Angstroms Resolution
pubmed rcsb
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Penicillium janthinellum
total genus 85
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1991-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1aptE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1aptE01
2NR6A 1B5FA 1MUIA 4HE9A 5P6FA 4ER4E 2AOGA 2Z4OA 5I3YA 1SH9A 1ZP8A 3URJA 5OZAA 2ZJKA 2JE4A 3T3CA 2QI6A 2P3AA 1AAQA 3WZ8A 5HDVA 2VIJA 3LPJA 1C70A 3R1GB 5P7YA 3R0WA 4Y4AA 1LYBB 3IAWA 4RVXA 4Y50A 1AVFA 3PWMA 2ZJIA 5P0JA 1B11A 1GNNA 2F3KA 4J55A 1RV7A 5KAOA 4QLHA 1G6LA 4QJ9A 2RSPA 5P51A 5P14A 5P5CA 3EKWA 2BBBA 4ER2E 1MIQA 5P7HA 4Y41A 3EXOA 2VS2A 2Z54A 3IXOA 1HTRB 3NWQA 4YBIA 3OUBA 1EPOE 4GB2A 2G1RA 3OQ7A 3U7SA 5P7WA 5P7IA 3BC4A 2G1YA 3O9FA 4I1CA 5OZ1A 3NDTA 5OZUA 5P8VA 3HVPA 3GI0A 1LZQA 1YM4A 3S2OA 4GJDA 3SKFA 4L7JA 4DJUA 1W6IA 5DR1A 5BWYA 3FNSA 5DQ4A 4EPJA 1QS8A 4BFDA 1SIPA 1QBSA 3OK9A 5P2HA 2ER0E 3O9AA 4EJ8A 1HVSA 2G21A 3LIVA 4H3GA 1KJGA 3VSXA 1OHRA 5P1GA 2P3DA 3UF3A 2O4LA 4LC7A 3BVAA 4Y4BA 3QRSA 1ZSRA 2XYEA 2WECA 5SY2A 2NPHA 5P4LA 3D1XA 3NXNA 4RVJA 5F00A 3D20A 3OAGA 1SDVA 4OD9B 5P5TA 5P82A 1MT7A 5OZ8A 3T11A 4COEA 1RQ9A 5P67A 4Q1YA 3SA5A 2UPJA 1OEWA 2ZJLA 5P55A 5OZJA 1GVXA 1FIVA 5P5JA 5P7BA 3EM4A 3SO9A 5OZOA 2HPEA 1QBTA 5HCOA 4Y6MA 3WB5A 5P7RA 1HSIA 2V11C 4NJTA 4B1CA 3S7MA 2PWRA 5HDXA 5P0RA 5P1JA 3PBDA 3MXEA 2HIZA 5P0ZA 3DM6A 3B80A 3RU1A 3OU1B 3PJ6A 4Q5MA 4DQFA 2ER9E 2VA5A 2I4XA 5E5JA 3OXWA 3AIDA 4I8ZA 3PBZA 2FLEA 1ODXA 1SMRA 5P3JA 5P4AA 4F74A 5P5NA 3TOGA 1WKRA 2P4JA 5P1CA 3EL5A 5KQXA 5P88A 4RYCA 3OOTA 3LIYA 3S85A 3S54A 3EKYA 5P41A 4E43A 5OYTA 3PCWA 4FRKA 2ZE1A 4EJLA 3KYRA 3NWXA 5P8DA 1NPAA 3OU4A 4EHCA 3UDPA 3TKGA 5P3MA 2FGVA 5P61A 4ZPGA 1GKTA 2QU3A 2ZHUA 4L1AA 3ZL7A 2QZKA 4WY6A 3EKVA 1HIIA 1YTJA 3QROA 3CKRA 4JPEA 5P2JA 5P74A 2IL2A 2R5QA 5P6UA 5P7NA 1MESA 3N3IA 5P1DA 5J25A 3EL0A 4AZYA 1A30A 5P6SA 1BDRA 5P7XA 5P57A 1QBUA 5P53A 2G1NA 4APEA 3UDJA 1ER8E 3TL9A 1SP5A 9HVPA 5P4DA 2FNSA 2F8GA 5P2DA 2QHZA 4FAEA 5OZMA 5P5LA 4Y3WA 4IVTA 1IZIA 5P8JA 1SMEA 3NDWA 2B42A 4DJYA 4LAPA 1FG8C 5P85A 2WJOA 1UPJA 3OADA 2ZHSA 4I0GA 2PSVA 3R4BA 2Q15A 2OHRA 3QP0A 1UH7A 2QZLA 5PEPA 4Q1NA 4NKKA 5P1SA 4Y4DA 1G0VA 3EM6A 2I4VA 4CP7A 5KR0A 2VA7A 1EAGA 3ST5A 2I0DA 5KOSA 5P40A 4Y3RA 5P2CA 5P1AA 4DVFA 3URIA 4KUPA 1YT9A 5P0TA 1M43A 1PSNA 5P0LA 2WKZA 2WL0A 1HHPA 4JPCA 5P8SA 1DW6C 5AHBA 4Y9WA 2QHCA 2JJJA 1MRWA 4OBZA 4J1FA 1AIDA 2NXDA 4Y47A 2BQVA 4Y3DA 3KF0A 4EYRA 2QP8A 1EPLE 3DCRA 5P0PA 3ZLQA 4PZWA 1T7JA 5P22A 5DQCA 5P3CA 3BXRA 2Q55A 3G6ZA 5P65A 2FXDA 4UPJA 5P08A 3QS1A 5P8RA 4I8WA 3GGUA 2V12C 1AXAA 5DR3A 4Q1XA 5HDZA 2JJIA 3KT5A 5ER2E 2Q11A 4Y4XA 5P8GA 1HTFA 4KE1A 1IZDA 3I25A 4FLGA 1ZAPA 3LPIA 5P5IA 1BDQA 1RL8A 4D88A 5P75A 2O4NA 2Q54A 2VJ7A 2RKGA 5P5UA 2HB3A 3EBZA 3NR6A 3PCZA 3D91A 3SKGA 4YDGA 5P7UA 2OF0A 5P8MA 1HEFE 5P63A 1Q9PA 1E81E 4R91A 1EPQE 5P0XA 1A94A 2ER7E 5JFUA 5P7MA 3VF5A 5P18A 1A9MA 3T6IA 5HDUA 5BS4A 4FM6A 1LF3A 2ER6E 4D85A 5P6KA 5OYVA 5HE4A 4DV9A 1W6HA 3R0YA 4J0ZA 5COOA 3HDKA 5F01A 3L58A 4QJAA 3SA3A 4FM8A 4DJXA 4U7QA 2R43A 4R5NA 2VKMA 5AH7A 1BDLA 3OQAA 4GYEA 2QI3A 4NJUA 5P1KA 2AIDA 4A6CA 3KMXA 3FX5A 5P6IA 4ER1E 1EEDP 1EPRE 4J1KA 3GGVA 5OYRA 5P19A 2R9BA 4EXGA 4QJ6A 1SDUA 2B8VA 4R93A 4RCFA 5P2MA 3WZ6A 1XE5A 5P1UA 3I7EA 2OHTA 3N4LA 3L3AA 3UDYA 2UXZA 2IGYA 4I0HA 5OZRA 5P1PA 3UQWA 4GJBA 5P4CA 5CONA 4H3FA 4Y3XA 4RGHA 2V0ZC 3S43A 3Q4BA 4F76A 3G72A 3DV5A 3GGXA 4Y43A 2G26A 4A4QA 3OY4A 5P1FA 1LF4A 5P1YA 5P0CA 1META 4DJWA 3O9IA 1LYWB 3FV3A 2B7ZA 4OBGA 5JFPA 4HZTA 5P01A 3D1ZA 5P8BA 1PPME 5P5QA 1D4HA 4FRSA 1FEJC 5P2EA 2NMYA 5P79A 5OZZA 1FKNA 4F75A 5P7AA 3T7XA 3OQFA 1ENTE 2CEJA 3HBOA 5P7GA 5P56A 5AH8A 4DJQA 2PWCA 1BWBA 1LS5A 3DJKA 3HLOA 5P0AA 5P2SA 4LHHA 3NU9A 4RLDA 4EQ0A 4Y56A 2OHQA 3PI5A 3PSUA 1VIJA 2ZJMA 5P73A 5P39A 5SZ9A 1FG6C 3PI0A 3IXKA 2JYSA 3LIZA 5P2YA 2P3CA 4I0ZA 1IDAA 2NMZA 1HVJA 5ER1E 3U71A 2AOCA 5P3SA 5P1VA 4OBDA 3D3TA 2H6SA 3SM1A 3L5BA 2WF4A 5OZLA 3SQFA 4FIVA 5P3KA 1HVKA 2PYNA 4B05A 3BVBA 5OZTA 2ZHTA 5P3PA 5P6WA 2G24A 3DK1A 2BJUA 2P3BA 5I3XA 1W51A 4Y3YA 2HB2A 5DGUA 3INFA 4DPIA 4Y37A 4Y3EA 5P1HA 2F80A 2I4UA 2BKTA 1TZSA 1LEEA 3UDQA 5OZKA 5P6ZA 4M8YA 2SAMA 5P4YA 4DPFA 3SA7A 2UY0A 1B6JA 4DI2A 2ZJNA 1EC0A 3UPJA 1FQ6A 2NXLA 3PVKA 5P3WA 5ENMA 5P8TA 4DH6A 3PGIA 5P8UA 3PWRA 4YD3A 1M0BA 1E80E 3RVIA 1XS7D 1HXBA 4J1CA 5P5XA 5P1WA 1MERA 4PEPA 4Y38A 2G20A 5KR8A 1SIVA 1ZBGA 2V10C 4FE6A 4J1IA 5P1OA 2R8NA 4Y3PA 4BEKA 1NH0A 2CENA 1APVE 5KOQA 1C6ZA 2F3EA 3TOFA 3UDHA 5P2LA 3CYWA 2FDPA 1HRNA 5OZYA 1G2KA 1D4SA 1IZHA 2VNMA 1D4LA 5P7SA 2JXRA 3AUPA 4Y3HA 4TRWA 3TH9A 1A8GA 4ZIPA 5P5ZA 5P1LA 5P8LA 3LIQA 2G27A 3LZSA 1FQ5A 5P6QA 2OHPA 2XFKA 1FQXA 1HPVA 4HVPA 5P1NA 3QRVA 5AH9A 3DUYA 4D8CA 4I0DA 2ZDZA 4XX4A 3OU3A 2QMFA 1EPME 2VA6A 5P4OA 5P3YA 3ZKNA 3ZKMA 4EP2A 4Q1WA 2CEMA 5DGWA 3RTMA 1K2BA 1E5OE 3VG1A 4YCKA 3VYEA 4MC2A 1ZPAA 5HD0A 3CIDA 3L5FA 4AUCA 1GVUA 3PMYA 4GJ9A 1B5FB 5P6AA 4YDFA 5P8CA 3O9EA 4Y45A 5P10A 5P6RA 3VYFA 4I12A 1N49A 1FLHA 4HEGA 2VIEA 5P60A 5P31A 2R5PA 7HVPA 3MWSA 5OYYA 5P1ZA 3KA2A 5OYZA 4FM7A 2QI1A 4RCDA 4RRNA 1YG9A 3NSHA 5P0WA 5IVSA 4RVIA 2BPXA 3QPJA 3UDNA 3VF3A 4Y3AA 1EBYA 1UH8A 3K5FA 4XX3A 4Y5KA 3SAAA 3O9LA 1T7KA 2OHNA 2PH8A 4Y3QA 2O40A 1HPXA 1LV1A 4Z4XA 1BVEA 5P7JA 1MSNA 5P7FA 3L38A 1RPIA 4Y3SA 5SY3A 5P70A 5P0GA 5P58A 4J0YA 3FSMA 5P27A 3UFNA 5P5VA 1T6GA 2A1EA 5P3ZA 3IXJA 3BXSA 5CLMA 5JG1A 1HEGE 5P59A 5IVTA 2PQZA 1ZSFA 2AOIA 4L7HA 4L6BA 5DR0A 5P2VA 1MPPA 3A2OA 3UFLA 5P6JA 1Z1HA 3KDCA 3EL1A 5KR2A 5AGZA 5P87A 4JOOA 1C6YA 2QMGA 1T3RA 1F7AA 2ZHRA 2VIZA 3PWWA 4I0JA 5P89A 5P7DA 4FS4A 1BVGA 3I2LA 2XFJA 3O9HA 5P3IA 5P44A 4Y5CA 3JVWA 5DR8A 4IVSA 5OYXA 3PLDA 3OAGB 4GJCA 5P3OA 2HS1A 5HTZA 5P1RA 2VIYA 1M4HA 5OZDA 1T6EX 2QNPA 3FKTA 2J9JA 1DAZC 3Q6YA 3Q3TA 3ZMGA 2IKUA 3O99A 4ZSMA 5OZ5A 4Y4JA 4Y5LA 3OQDA 4Y5BA 3OXVA 4Y3LA 1G35A 5ISJA 3ZPUA 1UH9A 1K1TA 1AJVA 6FIVA 4OC6A 4LXMA 3PSYA 3LIXA 5P0UA 5P0SA 2APRA 5P12A 2P8HA 5P7EA 5P8IA 3PMUA 2IRZA 5P37A 2RKFA 5P5AA 5P7QA 2ZHVA 1HPOA 4B0QA 4L7GA 3EKPA 5P8AA 4RRSA 2QMPA 2VNNA 6UPJA 5EZZA 5P62A 3RSVA 2AOJA 2FXEA 2QI4A 5P2BA 3SACA 3OHHA 4EJDA 2OHLA 5P3DA 1LYAA 5P4QA 1K6TA 5OYQA 3ZKSA 5P80A 3HZCA 3INEA 1ZPKA 5OZSA 1FFFC 3K1WA 1MSMA 3T7PA 1ODYA 5KQZA 3EM3A 3H5BA 5AHAA 3DCKA 5P76A 4Y36A 4DJOA 4GJ7A 4Y3FA 3ZKIA 1MVPA 3OU4B 5P66A 2OHMA 1XN2A 2BB9A 4U8WA 5P6PA 3WZ7A 3OGPA 5P4RA 5P7LA 4L1AB 5P4HA 3S56A 3LPKA 1XL5A 1EBZA 2AVOA 2QI7A 3VFBA 4YOBA 4APRE 5P49A 4QGIA 4X7IA 1FQ7A 2HAHA 4XKXA 3VLAA 4YCYA 4OBHA 5P2QA 1D4YA 4Y5AA 5P8KA 4Z22A 5P6DA 1XN3A 1KJ7A 2WEDA 5P4TA 4YD5A 1BXOA 4F73A 3NYGA 3H0BA 5P3HA 3S45A 3BUHA 2QNNA 3OADB 4AMTA 4LXKA 2HB4A 1FB7A 1AJXA 1HIHA 2AVSA 3QVIA 1B6KA 5OZXA 1HSGA 5P5GA 2G22A 4TVGA 4K8SA 1K6PA 3OUDA 3PRSA 5P1IA 5P2AA 4B1DA 5P5WA 1TSQA 3HW1A 2PH6A 4CKUA 2NTRA 4PYVA 3OGQA 4YE3A 2IQGA 5P86A 1W5WA 3NDUA 1TQFA 3UTLA 4Y3JA 2WEAA 4Y3NA 4Y4WA 5P04A 1NSOA 5P20A 2AODA 4OBZB 4GMIA 5I3VA 2FNTA 3QIHA 3TKWA 4Y5MA 5IE1A 1K2CA 5OZ6A 5P3EA 4XXSA 1RNEA 4GJ5A 2HM1A 3JW2A 3VUCA 3PEPA 4N00A 3VSWA 5P4PA 3SABA 3D1YA 1BXQA 3RTHA 5P2TA 6APRE 4CPXA 4FRIA 4BELA 5P54A 8HVPA 3QI1A 1HOSA 5P2GA 4LXAA 2WEBA 4OBJA 3OWNA 2IEOA 3O9CA 5P4KA 5P0EA 2R38A 4FL8A 3TPLA 1U8GA 5C9BA 3TPPA 5OZWA 5P77A 3VF7A 5DR7A 4EP3A 1NPVA 3EKQA 2G1SA 3GI6A 1MT8A 4LL3A 4HLAA 4Y51A 5OZFA 2QZWA 5P42A 3KM4A 5AH6A 3BGCA 5P3FA 4Y4GA 3S53A 4ZPFA 2AQUA 2RMPA 4J54A 4DJVA 4FCOA 2O4SA 1FFIC 1LYBA 4FSLA 5OZ2A 3CYXA 4PHVA 1FQ8A 4X2LA 5P5KA 3UHLA 1J71A 1NPWA 1BV7A 3OUAA 5P3BA 3KT2A 2FIVA 3SA4A 2QI0A 3EKTA 4NJVA 1IBQA 5P0YA 1FQ4A 3K5CA 4Y35A 3TPRA 5P05A 5P0DA 2FDEA 5DQ1A 4D83A 2Q5KA 2XFIA 3UQRA 3EL9A 3KFRA 5OZEA 3JVYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NR6 A;  1B5F A;  1MUI A;  4HE9 A;  5P6F A;  4ER4 E;  2AOG A;  2Z4O A;  5I3Y A;  1SH9 A;  1ZP8 A;  3URJ A;  5OZA A;  2ZJK A;  2JE4 A;  3T3C A;  2QI6 A;  2P3A A;  1AAQ A;  3WZ8 A;  5HDV A;  2VIJ A;  3LPJ A;  1C70 A;  3R1G B;  5P7Y A;  3R0W A;  4Y4A A;  1LYB B;  3IAW A;  4RVX A;  4Y50 A;  1AVF A;  3PWM A;  2ZJI A;  5P0J A;  1B11 A;  1GNN A;  2F3K A;  4J55 A;  1RV7 A;  5KAO A;  4QLH A;  1G6L A;  4QJ9 A;  2RSP A;  5P51 A;  5P14 A;  5P5C A;  3EKW A;  2BBB A;  4ER2 E;  1MIQ A;  5P7H A;  4Y41 A;  3EXO A;  2VS2 A;  2Z54 A;  3IXO A;  1HTR B;  3NWQ A;  4YBI A;  3OUB A;  1EPO E;  4GB2 A;  2G1R A;  3OQ7 A;  3U7S A;  5P7W A;  5P7I A;  3BC4 A;  2G1Y A;  3O9F A;  4I1C A;  5OZ1 A;  3NDT A;  5OZU A;  5P8V A;  3HVP A;  3GI0 A;  1LZQ A;  1YM4 A;  3S2O A;  4GJD A;  3SKF A;  4L7J A;  4DJU A;  1W6I A;  5DR1 A;  5BWY A;  3FNS A;  5DQ4 A;  4EPJ A;  1QS8 A;  4BFD A;  1SIP A;  1QBS A;  3OK9 A;  5P2H A;  2ER0 E;  3O9A A;  4EJ8 A;  1HVS A;  2G21 A;  3LIV A;  4H3G A;  1KJG A;  3VSX A;  1OHR A;  5P1G A;  2P3D A;  3UF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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