1APWE

Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: difluorostatine-and difluorostatone-containing peptides
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: difluorostatine- and difluorostatone-containing peptides.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Penicillium janthinellum
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
total genus 88
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1991-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1apwE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1apwE01
5AH7A 4Y5MA 3I2LA 1SMEA 4L7HA 2FIVA 2QI0A 3O9IA 1XL5A 1RQ9A 5DR0A 5P3XA 3RTHA 1B6KA 2FDPA 4HLAA 3H0BA 1IZIA 4K4RA 3EL1A 1YTGA 3APPA 5P6LA 5OZEA 5P7MA 3IA9A 4J1FA 5DQ2A 2B8VA 5P3BA 4Y3RA 5P1JA 2BJUA 5P8MA 4FE6A 3PMYA 3OGPA 4Y38A 3OU1B 4CPXA 4J55A 3I8WA 3L59A 1IZDA 4Y3WA 5P51A 3GGXA 2R3TA 3PWRA 5P4OA 1G2KA 8HVPA 4XX3A 5P3IA 4DJVA 5COKA 2NNPA 3PRSA 3BC4A 3LIZA 5P3RA 5BWYA 4RCEA 5P8HA 1SIPA 2Z4OA 3BHEA 2G22A 1QBTA 1AVFA 5P4UA 4YDFA 4RRSA 3S43A 5KOSA 4OC6B 5P4YA 5P1MA 1FG8C 3K5FA 4DUSA 3DUYA 3OWNA 5ISJA 2I4UA 4YBFA 4HDPA 1APUE 3WZ7A 4Y4ZA 1TZSA 2QK5A 1FMXA 2G20A 2B8LA 2ZHUA 4F75A 5P6JA 1MUIA 2I4XA 2PC0A 5P65A 5P44A 4IVTA 2RKGA 3OUCA 3O9EA 5JODA 5OZ7A 5I3WA 1CZIE 4Y3FA 3SABA 3SA4A 1AXAA 3VCMA 3GGVA 4EYRA 3D3TA 3OU4A 4Y3GA 5P8UA 5P68A 1AZ5A 3OK9A 5P09A 2NXLA 2G26A 3NUJA 4RRNA 1WBMA 1EPNE 1W6HA 3KN0A 5P4MA 3UDMA 2F3EA 5P0XA 3EKTA 3QBHA 4Y3TA 4Y4AA 4DQBA 2F8GA 4GB2A 5P23A 1KJHA 1B6LA 5P80A 3VUCA 5OZKA 1HVIA 4U7QA 1QBRA 2XYEA 4GJAA 5P5KA 4YD7A 4CPTA 1LYBB 5APRE 4LC7A 3EKYA 3R4BA 5P3LA 4Y5PA 1LF4A 2R3WA 5OZUA 4DJXA 4Y50A 4QJ2A 5P0DA 4LBTA 2AZ9A 3CIBA 3KMYA 1YX9A 5P2BA 1ZP8A 3HLOA 5AH6A 5OYRA 1M43A 3K5CA 4RZ1A 4Y3YA 1ODXA 5P8TA 5P74A 5P87A 3FNSA 1EPOE 4YE3A 4K4QA 3O9LA 2R9BA 5P5AA 3RSVA 2OHRA 4TRZA 4Y9WA 2BPZA 5P85A 1NPVA 2AOCA 5P1GA 1T7IA 1UH9A 3JVYA 5OZMA 3PVKA 5HDUA 2QNNA 2FS4A 2WECA 5P52A 5P6RA 1TQFA 2AVSA 2G69A 1BDRA 4EJLA 3S45A 3QBFA 5P8NA 1ZPKA 4DPFA 5P4QA 3GI4A 5P72A 4XKXA 3SM2A 2AVMA 5P2DA 1MSMA 5P1DA 3T11A 3QPJA 3UDYA 4TRYA 5P1KA 5P7IA 5P6BA 5P86A 1EPLE 5C9BA 4QJ9A 2RMPA 3O9AA 5OZVA 1XL2A 5OZJA 2J9KA 4R8YA 5P28A 2QD6A 4WY1A 4Y5LA 5P7FA 2IL2A 1TCXA 3OOZA 5P13A 1HBVA 1DP5A 2QMDA 2PSVA 4J1HA 3L3AA 4LHHA 4RROA 2JJIA 2UXZA 2P3BB 1PSOE 3RTNA 1PPME 4CMSA 3EKWA 2AOJA 5P5FA 4YOAA 1DAZC 2OHMA 5P5WA 5P5SA 2QD7A 5P03A 3SLZA 1LYAB 1Q9PA 1MSNA 5P3OA 2G1SA 2QI1A 2I4QA 5P77A 5P3GA 4DFGA 3OADB 2BPYA 2H6TA 3OAGA 5BS4A 4PHVA 5P4LA 2OHTA 1PSAA 2HB2A 4B1EA 2VIYA 3UDRA 2BB9A 2AIDA 3IXKA 1FF0C 5P7PA 1HHPA 2WF2A 5P8CA 4J0VA 5P10A 1A94A 3UDQA 5BRYA 5P8EA 1SGZA 4GJBA 9HVPA 1ODYA 3FNUA 5P4EA 5P0HA 2VA5A 4Y4JA 4Y5KA 4NJSA 5P4RA 4BFDA 1B6JA 4FGXA 1EC2A 4QJ8A 4EPJA 3L5CA 1EEDP 5P7YA 1HPVA 5P5YA 3U6AA 5OZRA 3M9FA 3KA2A 5P0GA 5OYYA 1QBUA 2NR6A 1YTIA 2AODA 4FM8A 1LYWB 4HEGA 2QCIA 4R5NA 4L7GA 4Y43A 4GZFA 1RPIA 2HB4A 3OXWA 2VA7A 5COPA 5P3EA 1LF2A 5P2NA 3OXVA 4LXKA 5P7NA 3B80A 1B5FB 1GVTA 1IDAA 4GJ9A 2A1EA 5UPJA 5P5VA 3QI1A 4Q1WA 1K6VA 4J0YA 4Y41A 3SPKA 4EQ0A 1AJVA 3QVIA 4Y3QA 2FGUA 1EAGA 3DK1A 4R95A 3NXNA 5IE1A 2IEOA 5P4GA 2RSPA 2Q15A 5HE5A 1NPAA 4HVPA 1RL8A 1LEEA 1SMRA 2Q3KA 4U8WA 3FV3A 5P26A 3BXSA 1XE5A 3SA9A 4I12A 2Q5KA 1APTE 2PYNA 2ZHRA 3LZUA 5P8IA 5P5XA 3BGBA 3LPJA 1HSIA 2WF0A 5DR4A 1W50A 4PPHA 5P1NA 2P4JA 1ZAPA 5P4DA 1W5WA 4M8XA 4OBKA 1LZQA 3VFBA 5P5TA 5IS4A 1VIJA 3OY4A 1YTJA 3ER3E 4MC6A 2AOGA 4QLHA 1MRXA 5KR2A 3T7XA 2PSUA 2HM1A 5P42A 1BILA 5P4XA 4Z2ZA 5OYVA 1KJ7A 1XE6A 5OZNA 3SFCA 4DH6A 5P0RA 5B18A 1W6IA 4ZE6A 1VIKA 3L5EA 1C6ZA 2QI7A 3S7MA 1SGUA 4YDGA 5OZIA 5P1ZA 5P6PA 5P3HA 5KQXA 4Y3EA 4B00A 1J71A 5P2OA 5P8RA 5P0WA 5P5NA 5P71A 4Y3SA 5OZ1A 1BXQA 4OBJA 5P8DA 5P60A 5DR7A 3OQ7A 5IVQA 1K1TA 1NPWA 3KYRA 4XXSA 4J0PA 1SH9A 1XN3A 2OHPA 2XFIA 5P35A 3GI0A 4B1DA 2WEZA 5P4IA 1XN2A 1HSHA 2O4PA 5P5IA 3ZPTA 3K1WA 4EJKA 5OZOA 5OZ0A 4PEPA 5P7TA 1DPJA 3SQFA 4Y51A 5P5EA 3EC0A 1ZSFA 2B7ZA 4J0TA 1DMPA 5P17A 3ER5E 4QJ7A 3DOXA 3LINA 4KE1A 4Y3JA 5DR3A 2UY0A 3UDJA 3WSJA 3VG1A 3BXRA 1HVCA 3Q70A 5HDVA 4XX4A 2RKFA 3LIQA 3KT2A 3VV6A 1EBYA 5P5UA 5P04A 2APRA 1IBQA 5OZZA 4CPSA 2Q54A 5P7BA 2PYMA 4ER2E 1FFIC 4JPCA 5DPZA 1HTGA 1MIQA 3GGUA 3MSJA 1K1UA 5DGWA 3FSMA 4FRIA 1FG6C 3HVPA 5OZ3A 1ODWA 3TNEA 3OTSA 1D4IA 5P3FA 2V10C 3CKTA 4S1GA 1WBKA 1FQ4A 5OZWA 3RTMA 2Z54A 3NU4A 5OZAA 3ZKMA 3EBZA 2G1RA 3MXEA 4YHQA 5P4BA 5SXNA 1B6PA 3UQUA 3APRE 3O9CA 5P20A 4TVHA 1BDQA 1HIVA 3PSGA 1XDHA 4I8ZA 2G94A 3KDBA 3BGCA 3EM3A 1MT8A 1EBZA 4GJDA 5P6KA 3JVWA 3R0WA 3R2FA 2NTRA 3OUAA 1M4HA 4YOBA 1EC1A 2QU3A 4RVJA 3EXOA 2QI3A 3OGQA 2WF3A 5P41A 2B60A 2R8NA 2QMPA 2V00A 5P6ZA 2J9JA 5ENMA 4M8YA 4NJUA 5P32A 3PCWA 4OBGA 3NR6A 3S43B 2WF1A 1U8GA 3VSWA 2VIJA 3LPKA 3EKPA 1NH0A 5P8OA 1BDLA 4FLGA 3UHLA 3A2OA 5P7QA 3AUPA 5P08A 3PM4A 1HVSA 2ANLA 3ECGA 1T7KA 2VKMA 2XFJA 4FIVA 4FM6A 3MSKA 5P75A 4BFBA 2G24A 3KFPA 5P4FA 4Y4EA 5P1FA 5P79A 4DQGA 2AZBA 2PK6A 3QP0A 3S7LA 5HCOA 4CPWA 3K5GA 5HU0A 5P6TA 1FMUA 5P11A 3UQWA 1HXWA 2NXMA 2Q64A 1LF3A 5P89A 2OHLA 2ER9E 4Y48A 4R92A 1HWRA 1HVRA 3U71A 2G1YA 5P4HA 5P66A 3OXXA 2NNKA 2SAMA 5KOQA 3MSLA 3OU4B 3T3CA 4Y4XA 1F34A 3LZSA 5P63A 3ZMGA 2QD8A 3EKXA 4GJ7A 5P46A 5P5DA 4GYEA 4TVGA 5P2TA 1IVPA 1T6GA 3OUBA 5P88A 4ZIPA 1GNOA 1PFZA 4QGIA 1Z1RA 5P43A 5P3QA 5HDXA 5P6MA 3KDDA 4NKKA 1HTRB 1TCWA 5P2QA 2IQGA 3EL5A 4QJ6A 1HEFE 5P6AA 6FIVA 2HIZA 3IGBA 4FCOA 3IXOA 4B78A 3K5DA 4ACXA 3VEUA 4K9HA 5P7GA 4YD4A 2IENA 3UDKA 2UPJA 5OZTA 1W51A 5P61A 4CPUA 3OTYA 3S2OA 4X7IA 3NDWA 4ZPEA 3UDPA 2HB3A 1APWE 5P07A 1EPME 5P82A 5P30A 4I0GA 3OUDA 5P6OA 2VJ9A 1UH7A 5P1SA 3O9LB 5P2CA 3I6OA 4Y5BA 3TPPA 5KAOA 5OZSA 4LL3A 2ZJHA 5F01A 5P5QA 5KQYA 4ZEAA 5P5ZA 2IRZA 2QNPA 3L38A 4D83A 1MTBA 5P5MA 5P4KA 5P3UA 5P64A 2QHYA 1G6LA 2G21A 1K6CA 1HOSA 1D4YA 2I0DA 4YCTA 3S56A 3ZL7A 4E43A 1BVGA 5P4JA 3QRSA 5HE7A 5P1LA 5P0PA 5P1OA 5P69A 2FMBA 3QN8A 3UF3A 3KDCA 1OEWA 1T7JA 2VIEA 5P50A 5OYZA 3N3IA 1K6PA 4Z50A 2VJ7A 2PSGA 4Y4TA 5P00A 2BKSA 5P1BA 5P7RA 4Y3XA 4YCKA 3DM6A 5AH8A 3HZCA 1BAIA 4COEA 5P8PA 5P2EA 2FXDA 5P0TA 4ACUA 5P1CA 5P2GA 3LZYA 1E80E 4OBHA 3QRMA 3ZOVA 1ZJ7A 3DV5A 5OZQA 4MC1A 4I0JA 5OZHA 5KR0A 5HDZA 5COOA 4EHCA 3S8IA 5P67A 4ER1E 3NU9A 4CPRA 3SACA 5P0FA 4B77A 2HAHA 2I4DA 4AA9A 3UQRA 1GVUA 5OZGA 5P0BA 1YM4A 3PSYA 4ZLSA 4KB9A 5OZ8A 2FLEA 1FMBA 4K4PA 5P7AA 4Y4WA 5P1UA 2FGVA 5P39A 2AOIA 5P6NA 4L7JA 5P53A 3G72A 4EXHA 3LIVA 1FB7A 1HIIA 3PHVA 4Y5AA 5P2YA 2B42A 5P3JA 4KE0A 1G0VA 4J0ZA 2AOFA 5P58A 4AA8A 3S85A 1MT9A 1HVHA 4B72A 4Y3MA 1ZPAA 4Y45A 4OBZB 5P6GA 1FEJC 5P5GA 3IN3A 4Q1YA 4WTUA 5DR8A 4JOOA 3SA7A 1IVQA 1SDTA 3DCKA 5E5KA 2IS0A 5P7WA 3SKGA 1XS7D 4I8WA 2P3DA 1QDMA 5P4WA 5P7LA 4RYCA 1HTFA 3EL4A 2QI6A 5P8AA 3T6IA 5P47A 4EJ8A 4NJVA 3SA6A 5P16A 2P3AA 4HDFA 5P15A 5OZ4A 4JECA 5AHBA 5P1HA 2AOEA 4EXGA 3NWXA 3CICA 2WEBA 4Y3AA 5SY2A 5AHCA 5OZLA 3NDUA 3S53A 2OF0A 1FQ7A 5P2VA 2MIPA 4EP3A 5OZ9A 3PGIA 1KZKA 3IVIA 5ENKA 2ZJJA 5P6EA 3TOHA 5I3VA 3CIDA 5KR1A 5P3YA 4Y4UA 5P4NA 5P34A 2O40A 4PZWA 3LIXA 4Y3PA 5P22A 1B11A 1EPQE 2XFKA 2B7FA 2QZWA 4B1CA 1HPSA 2FNSA 4GJ5A 3D1XA 5FIVA 5IVTA 5DQ5A 2ZJMA 1Z1HA 2Q63A 5P4ZA 4Y53A 5P8KA 3VV8A 5P7JA 1IZEA 4DV9A 2CEMA 5P14A 3L58A 2PH6A 1EPRE 2AVVA 2NMYA 2OHKA 1PPLE 3GI6A 1FQXA 5OZBA 2WKZA 1JLDA 5OYUA 4YA8A 1BVEA 5P0OA 5P7SA 1IIQA 4YD6A 1FQ5A 3PBDA 1SDVA 2BBBA 3BVAA 4J1IA 5JFUA 4B05A 4H3FA 3EM6A 4BEKA 1MVPA 4ZPFA 1IDBA 1FIVA 4AUCA 4DJRA 3QROA 3OXCA 4FAEA 3I7EA 3O9GA 5P2LA 2QI4A 3HVGA 1YM2A 4A4QA 2A4FA 3VLAA 4YCYA 3HDKA 1EBWA 2AZCA 2FDEA 3GI5A 3VLBA 5P6SA 3PCZA 3D1ZA 4ZSMA 5P40A 3ST5A 2AQUA 4GMIA 1E81E 5P6WA 3RVIA 1HVKA 1T6EX 1EPPE 4Y5GA 4J1CA 4DI2A 5P3CA 5P36A 4ZSQA 2P3CA 5P0UA 5P2RA 2ZJNA 4Z22A 3EL9A 5P6IA 3Q4BA 3HW1A 1EC0A 3TOGA 3HD8A 3INDA 1OD1A 3FKTA 4CP7A 3UDHA 5P6FA 1W5XA 3TPLA 4FRKA 4A6BA 4DVFA 3FIVA 3EMYA 3PEPA 4J17A 1QBSA 5P5BA 5P7DA 3KFRA 5P1IA 3ZKGA 7HVPA 3SA5A 3NSHA 4Q1XA 5P29A 2F3FA 1D4JA 5OZ5A 1C70A 1D4SA 5P4TA 5KR8A 1MTRA 5P2WA 5KQZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5AH7 A;  4Y5M A;  3I2L A;  1SME A;  4L7H A;  2FIV A;  2QI0 A;  3O9I A;  1XL5 A;  1RQ9 A;  5DR0 A;  5P3X A;  3RTH A;  1B6K A;  2FDP A;  4HLA A;  3H0B A;  1IZI A;  4K4R A;  3EL1 A;  1YTG A;  3APP A;  5P6L A;  5OZE A;  5P7M A;  3IA9 A;  4J1F A;  5DQ2 A;  2B8V A;  5P3B A;  4Y3R A;  5P1J A;  2BJU A;  5P8M A;  4FE6 A;  3PMY A;  3OGP A;  4Y38 A;  3OU1 B;  4CPX A;  4J55 A;  3I8W A;  3L59 A;  1IZD A;  4Y3W A;  5P51 A;  3GGX A;  2R3T A;  3PWR A;  5P4O A;  1G2K A;  8HVP A;  4XX3 A;  5P3I A;  4DJV A;  5COK A;  2NNP A;  3PRS A;  3BC4 A;  3LIZ A;  5P3R A;  5BWY A;  4RCE A;  5P8H A;  1SIP A;  2Z4O A;  3BHE A;  2G22 A;  1QBT A;  1AVF A;  5P4U A;  4YDF A;  4RRS A;  3S43 A;  5KOS A;  4OC6 B;  5P4Y A;  5P1M A;  1FG8 C;  3K5F A;  4DUS A;  3DUY A;  3OWN A;  5ISJ A;  2I4U A;  4YBF A;  4HDP A;  1APU E;  3WZ7 A;  4Y4Z A;  1TZS A;  2QK5 A;  1FMX A;  2G20 A;  2B8L A;  2ZHU A;  4F75 A;  5P6J A;  1MUI A;  2I4X A;  2PC0 A;  5P65 A;  5P44 A;  4IVT A;  2RKG A;  3OUC A;  3O9E A;  5JOD A;  5OZ7 A;  5I3W A;  1CZI E;  4Y3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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