1APWE

Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: difluorostatine-and difluorostatone-containing peptides
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
publication title Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: difluorostatine- and difluorostatone-containing peptides.
pubmed doi rcsb
source organism Penicillium janthinellum
total genus 88
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1991-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1apwE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1apwE01
5P4JA 1NH0A 3ZKIA 1MERA 3EKWA 5P2JA 3K5CA 3OGQA 1EC2A 2G24A 1OEXA 2FNTA 4GJ6A 1NSOA 4DJQA 4Y3NA 1PPME 2FDDA 3RTNA 1BILA 5P7YA 4HVPA 5P1ZA 2BKTA 3SAAA 3KF0A 4J0ZA 3D3TA 4ER1E 1GKTA 4CPRA 3L58A 5P72A 5B18A 3O9LB 4Y56A 2WHHA 5P5EA 3SACA 5P7KA 3ZKSA 5P83A 3EL4A 3APPA 2QI1A 1HVKA 4QJ9A 2WEAA 4NJVA 2G1YA 5KOSA 5P6WA 4Y5AA 3INEA 5OYSA 2PMAA 5P8NA 2IDWA 4Y3ZA 5P59A 5JG1A 4TRWA 3SKGA 5P7OA 4GJ5A 3OQAA 5DQ4A 3KDDA 5P0TA 4YCTA 1KJGA 4LHHA 1GVTA 2V10C 2V16C 4L1AB 2APRA 5P3DA 2OHKA 2NMYA 1K1UA 1LYWB 3SLZA 4L7HA 5P6TA 3A2OA 4GMIA 1YT9A 5IS4A 4FL8A 3ZKQA 5P5SA 1SH9A 1ZPAA 5OYWA 3TPPA 4H3IA 4J1CA 5OZMA 4Z50A 5P6MA 3HLOA 5P3VA 1MVPA 2QNPA 2R43A 5P1BA 5P8DA 4I0HA 5OYVA 5P8GA 3SFCA 1CMSA 1FG8C 1HTRB 5P55A 4KUPA 3S7MA 3O9DA 5OZRA 5P02A 5P34A 5BS4A 2Q64A 5P1YA 4TRZA 1WBKA 4GJDA 3HZCA 4DV9A 5P5QA 2RKGA 5P36A 4Y3DA 4PPHA 3NUJA 5P20A 5C9FA 5OZFA 2BKSA 1B6KA 4Z4XA 5P2OA 4HEGA 5P5BA 5OZIA 5P8SA 5E5JA 4NJSA 1RPIA 2VJ7A 4RYGA 5P8UA 5P8EA 4J1FA 3S8IA 2F81A 1QRPE 5P82A 3KYRA 4JPCA 1YG9A 1META 2NXMA 5P1IA 2IRZA 3URIA 3MXDA 2AOFA 1K2CA 4LXKA 2CEMA 4QJAA 1IZHA 1WKRA 3QN8A 3TKGA 2UY0A 1HPOA 3LPJA 1LS5A 1ZSFA 4Y48A 5P2WA 1KJ7A 4Y4JA 4Y41A 5P1UA 4IVTA 2I4DA 5OZAA 3NDXA 2NTRA 2G20A 4Y4EA 4D8CA 5P8LA 2ER7E 4PHVA 2QMFA 4DQGA 4OBKA 5OZHA 1MSNA 2O4NA 5APRE 2B60A 5P5NA 3Q5HA 2FDEA 4JPEA 5P2FA 3PEPA 5OZSA 1TSUA 2QI6A 4Y5PA 4J54A 2QU3A 5OZGA 4YCKA 5P1PA 5I70A 3QROA 4Y9WA 5OZ2A 5P1HA 1HTGA 2OHPA 4YD7A 3ZKNA 5P0OA 4CKUA 3U7SA 2HPFA 4J1EA 1FLHA 4A6BA 4B72A 3WB4A 4TRYA 4EJKA 4Y5EA 4ZE6A 2QD6A 1C6YA 2H6TA 5P0SA 3H5BA 4OD9B 4LXAA 5P04A 3N4LA 3IAWA 5P4DA 4DJYA 5P2YA 1MTRA 5P8VA 4D88A 1BDRA 3VF5A 5P7FA 3K5FA 1DAZC 5OZBA 5P19A 5OZ0A 3OXWA 3L59A 3HAWA 4R95A 5P7NA 5HDUA 2PWRA 5JODA 5P0EA 5P5WA 4Y58A 4E43A 2AOJA 2VNNA 4GB2A 1HIIA 3TPJA 5KAOA 1HIVA 4L1AA 4GIDA 3JW2A 2AVVA 1LYWA 5P2EA 2ZHUA 4Y38A 4Y3WA 1EPNE 3EKYA 5P0KA 1FF0C 1A9MA 3UQRA 5P0BA 1MRWA 5DGWA 5P3AA 1A94A 2V0ZC 5P2BA 3FSMA 3H0BA 4RRNA 3GGUA 3K5DA 4H3GA 2BPZA 1TCXA 3IXJA 1QBRA 5P4GA 5KOQA 2QMDA 3S43B 5P76A 5P3JA 5P1TA 1ZSRA 5AH6A 1K6CA 3IN3A 3PSYA 1AVFA 4N00A 1IDBA 2BJUA 5DR4A 3PWWA 3PSGA 5P10A 4MC9A 2ZYEA 4X2LA 2QHYA 3PI0A 3RTMA 3HVPA 3JVYA 3EL9A 3GGXA 5HVPA 4OBGA 3LZUA 2AOIA 4DQCA 5OZQA 1C6ZA 3QS1A 3OTSA 3ER3E 3SA7A 1HXWA 1MT7A 2BPXA 2I4QA 5P2QA 3PSUA 4FLGA 2ER0E 4GJ9A 2PC0A 5P08A 2V13A 3OU3A 3ZPSA 4R92A 4Y36A 5P03A 4Q1WA 5P4OA 4Y4BA 2CENA 3EKTA 4D85A 3U6AA 2Q3KA 1PPKE 5P5GA 1Z8CA 4Y53A 1W5WA 4Y3EA 5P4XA 4I0ZA 4Y4UA 2AZBA 3O9HA 1DP5A 4ZEAA 4I0IA 2QZWA 2VIEA 4GJ7A 2Q5KA 5P3CA 1SP5A 2FGVA 4KE0A 2O4LA 5OZYA 3SM2A 2QNNA 4MC6A 2F3FA 3HAUA 5DQCA 1IZDA 1MSMA 2VA7A 1FFIC 3KMXA 3D20A 1AM5A 2QI3A 3O9GA 4U8WA 1HTFA 1B11A 1FIVA 5P29A 5J25A 3SO9A 3NYGA 3VYEA 3LIZA 3O9BA 4OBFA 3OUCA 1AJVA 2QD7A 3F9QA 5OZUA 1PPLE 2R5PA 3BGBA 4YBFA 3WZ8A 5P66A 1YTHA 2CEJA 1W51A 2G27A 5OZ3A 2F80A 4L6BA 1MEUA 2AVMA 3GGVA 5P17A 3PWRA 4H3JA 4NKKA 5P4UA 4FS4A 5AHBA 1HSHA 5P3LA 3MSKA 5P4NA 5OYUA 5OYQA 4AZYA 2WEDA 4Y51A 3R4BA 5KQFA 4FAEA 4DJRA 5P2KA 5P7LA 5UPJA 1YM2A 3QPJA 4YA8A 1VIKA 5BRYA 1EC3A 5P3TA 4R91A 1LYBA 4DQEA 2FXDA 3T11A 5P2ZA 2ZE1A 2HC0A 4RYCA 3DOXA 4PZWA 4BELA 2AVQA 1LYAB 3PWMA 2OHTA 5I3YA 1K1TA 3VSWA 1RQ9A 1BV7A 3IVHA 5P0IA 5P6VA 3ZPTA 2G94A 4Y3JA 3OQ7A 3CKRA 5OZTA 3N3IA 3I8WA 4AA8A 4OC6B 5P4TA 5OZPA 5P86A 1B6JA 2OHMA 5P2XA 4XX3A 5P80A 3SA6A 3EMYA 5P7DA 4Y3FA 3S45A 3LIXA 2QK5A 4I12A 3OK9A 1XDHA 4Q5MA 4S1GA 5P1QA 5P65A 4UPJA 1DIFA 2HM1A 4BFDA 3LHGA 3DCKA 1N49A 4J55A 3Q3TA 3QRSA 2AZ8A 4J1HA 3UDQA 1W5VA 5P8OA 3KFSA 3VCMA 3L5BA 4Y3XA 5P4FA 2WKZA 3PRSA 3RTHA 3OXVA 1HRNA 2VIZA 5P1MA 3VV7A 4U7VA 3OOZA 4L7GA 3KFRA 5OZVA 2UXZA 3ZKXA 2FGUA 3NDUA 4KB9A 5F01A 3HW1A 5IVRA 3NUOA 4YD5A 3BC4A 2V11C 2OHQA 3VUCA 5P77A 1PSNA 5P7MA 4Q1XA 5P6JA 5OZ9A 5P6XA 2V12C 1UPJA 5P3OA 4EWOA 1BAIA 1HSIA 4I0JA 3UTLA 5P56A 4GJAA 3KDBA 1EBYA 5P05A 4YD4A 4Y43A 4H3FA 2OHRA 5P6ZA 2BPYA 3IN4A 3SQFA 3PBDA 3BVBA 5P6DA 2Z4OA 5COOA 5CLMA 2G1NA 3VLBA 4Y5KA 2F8GA 5P3EA 1ODXA 1IVPA 4Y3GA 1K2BA 5DGUA 4XX4A 1FEJC 4RGHA 3T7QA 3OOTA 2A4FA 2ZJIA 5P6KA 2IGXA 2ZJNA 5P2AA 2UPJA 5P3IA 5P5UA 4EXHA 4CP7A 5P5ZA 5OYRA 5P26A 3Q4BA 2BBBA 3O9AA 2WF1A 2SAMA 5ENMA 3PGIA 4I10A 3K5GA 1T6EX 3TPRA 1T7KA 2O40A 3KT5A 4XXSA 1FQ6A 3S2OA 3I7EA 4FRKA 3QRVA 5P0FA 3PVKA 5P0CA 5P8QA 1FB7A 2WEZA 2NPHA 3Q6YA 4NJUA 1G6LA 4CPWA 3NXEA 2NNPA 1EPQE 3UQPA 5P1EA 5KR0A 3TTPA 3ZMGA 5P8IA 3NWQA 3IGBA 2QMPA 4YE3A 2VS2A 2PYMA 1SIPA 4FRJA 2RKFA 3EL5A 2NMZA 5P73A 1HPSA 1E80E 4Y3YA 3ZKGA 3MWSA 5P3GA 1EPLE 4J17A 1AIDA 5OZEA 5IVTA 4J0VA 5COKA 5OZKA 4OBJA 5P25A 5P7CA 3S56A 4BFBA 1MRXA 4L7JA 4B0QA 1LYAA 1YX9A 2VJ6A 5DQ2A 1SGUA 2JJJA 2NR6A 3SM1A 1RL8A 3UFNA 5P4WA 3OXCA 4J0TA 4FRIA 5P53A 5DR3A 5I3VA 4OC6A 2ZGAA 1HOSA 3IVIA 5P6EA 2F3EA 5P7JA 5OZNA 3WZ7A 5HE7A 3NR6A 5P4YA 3BUHA 3NU6A 4K4RA 5P4RA 5P24A 3JVWA 1OD1A 4Q1NA 5PEPA 5P4PA 2ZJJA 5P3NA 2HB2A 1QBSA 3D1ZA 5AH9A 4ZLSA 5BWYA 3EKVA 2WF3A 2HAHA 4J0YA 3UCBA 5C9DA 5P69A 1C6XA 2FMBA 4FE6A 3WSJA 3OADA 5P1AA 5P43A 3VEUA 2QU2A 4YD3A 3DCRA 4B78A 1BWAA 2O4PA 4X7IA 3UDKA 4Y4XA 4EXGA 3NU9A 1K6PA 2AOHA 5P1WA 5P40A 3D91A 1UH8A 1BIMA 3NU5A 3KN0A 4RZ1A 4ZPFA 5P8KA 1NPAA 5P1SA 5C9BA 5SY3A 3I25A 5P0AA 3BUGA 5HCOA 5P6PA 1ZBGA 1ODYA 1BDLA 3ECGA 4FM8A 2PH8A 5OYXA 2BQVA 1EBWA 1MIQA 3VG1A 2OHLA 2MIPA 5P8PA 4AMTA 3EKQA 5KR1A 1W5YA 5P4VA 2V00A 4CPXA 1SDVA 4DVFA 3QP0A 4OBHA 4Y3SA 3VFAA 3UQWA 1IZEA 5HU1A 1ODWA 4EYRA 5P38A 1M0BA 1QBTA 2B7ZA 4YOAA 2ZHTA 5P48A 3D1XA 1GNOA 1HHPA 3BVAA 1LYBB 2R5QA 5P4IA 4ACUA 5P61A 5P0MA 2PK5A 4GYEA 5P50A 5F00A 3OU4A 5P4SA 3R2FA 1EPRE 3ER5E 4I0EA 4YCYA 2Q15A 3TOHA 1UH9A 5P8HA 1FQ4A 1EC0A 5P4QA 2J9JB 1FQ8A 4RCDA 5P4ZA 3QBHA 5AGZA 3TKWA 3HD8A 5OZZA 3OUAA 1MUIA 5I3XA 5P6OA 1JLDA 3T7PA 3I2LA 3LZSA 5P47A 5P6LA 3KDCA 5COPA 2IKOA 5AH8A 5P3FA 5P5DA 3AIDA 5OZ5A 1W5XA 3IXKA 4K4QA 2BB9A 2PK6A 5P2RA 2RMPA 5P7EA 1XN3A 2Q63A 1XE5A 4QJ6A 5HTZA 5DR0A 3QAAA 2QZKA 2AVSA 5P2DA 3UF3A 2P4JA 5ISKA 5SXNA 1IDAA 1IZIA 5P13A 5P5OA 5OZ4A 3WB5A 4Y54A 3BRAA 1ER8E 5P3ZA 1T3RA 4ER2E 3CICA 4Y57A 3IA9A 3SPKA 4GJCA 1PSOE 2I4VA 2OHNA 5P5FA 5P7PA 3R0YA 1BBSA 4R5NA 1FKNA 2HS2A 1APUE 3FNUA 5EZXA 3UDMA 1EEDP 5CONA 2VA5A 3ZLQA 3PM4A 1RNEA 4ZIPA 2HS1A 3S53A 4B70A 3VFBA 4Y4TA 5KQXA 4YHQA 1FQ5A 3MXEA 4EQJA 1TCWA 4OBDA 4WY1A 4RVIA 2WF0A 1XL2A 5OZCA 5P6QA 5P6UA 1GVVA 5P23A 1YTGA 3GI0A 1APVE 1D4LA 3ST5A 4ZPGA 2P3AA 3FNTA 3O9IA 2RENA 2NNKA 5P0YA 1NPVA 1FMUA 5P46A 4Y4WA 5P0HA 3SA9A 5P4AA 3ZL7A 4B1CA 1ZPKA 5OZ6A 3LIYA 5P4HA 5P41A 4APRE 3INFA 5P7GA 5P63A 2F3KA 3SA4A 3EL1A 5OYTA 3BHEA 4CPSA 5P1NA 2FDPA 2Q55A 2IKUA 1TQFA 5P4EA 5P7AA 1HVJA 1WBMA 3L5FA 4EJ8A 4RVXA 2ANLA 4I1CA 2WECA 3PHVA 3U71A 2ZDZA 3NU4A 5P6GA 4B00A 5P31A 1DW6C 3OGPA 2VA6A 4KE1A 5P0ZA 5P74A 5P30A 2Q11A 2VKMA 4Y5NA 5HU0A 2R3TA 5I3WA 9HVPA 2NXLA 5P11A 3UDRA 4I0GA 5P12A 3OU1A 2JYSA 5P09A 1HTEA 1EBKC 2QHZA 4Y3PA 1HVHA 2QD8A 4QJ7A 4Y4AA 5P3RA 3VF7A 3PCZA 4Y3AA 3SABA 2P3CA 1MT8A 3RSXA 3OWNA 5P22A 2JJIA 5EZZA 3INDA 4JECA 1NPWA 5P16A 3OY4A 1F34A 3UDYA 5P3PA 1GVWA 1T7IA 5P1DA 2Q54A 1SIVA 3VYFA 3LZYA 4Y3TA 3TH9A 3QI1A 4EQ0A 5ISJA 4Y37A 4A4QA 5P14A 1W6IA 2B7FA 2OHUA 3LNKA 5P18A 1G35A 5P2CA 5P6HA 5P89A 3ZPUA 2IGYA 4Y44A 4Y3MA 5P8MA 2J9JA 1ME6A 4XKXA 5P15A 3K4VA 2JXRA 1D4JA 4QJ8A 3OUDB 1IVQA 5P3HA 4Y3QA 3EM3A 4M8YA 3VV8A 2PYNA 4J1IA 3LINA 4B77A 5TOLA 1SBGA 3GGAA 5P3KA 3L5EA 4Y3HA 3CKTA 2PH6A 5OZ7A 3PJ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4J A;  1NH0 A;  3ZKI A;  1MER A;  3EKW A;  5P2J A;  3K5C A;  3OGQ A;  1EC2 A;  2G24 A;  1OEX A;  2FNT A;  4GJ6 A;  1NSO A;  4DJQ A;  4Y3N A;  1PPM E;  2FDD A;  3RTN A;  1BIL A;  5P7Y A;  4HVP A;  5P1Z A;  2BKT A;  3SAA A;  3KF0 A;  4J0Z A;  3D3T A;  4ER1 E;  1GKT A;  4CPR A;  3L58 A;  5P72 A;  5B18 A;  3O9L B;  4Y56 A;  2WHH A;  5P5E A;  3SAC A;  5P7K A;  3ZKS A;  5P83 A;  3EL4 A;  3APP A;  2QI1 A;  1HVK A;  4QJ9 A;  2WEA A;  4NJV A;  2G1Y A;  5KOS A;  5P6W A;  4Y5A A;  3INE A;  5OYS A;  2PMA A;  5P8N A;  2IDW A;  4Y3Z A;  5P59 A;  5JG1 A;  4TRW A;  3SKG A;  5P7O A;  4GJ5 A;  3OQA A;  5DQ4 A;  3KDD A;  5P0T A;  4YCT A;  1KJG A;  4LHH A;  1GVT A;  2V10 C;  2V16 C;  4L1A B;  2APR A;  5P3D A;  2OHK A;  2NMY A;  1K1U A;  1LYW B;  3SLZ A;  4L7H A;  5P6T A;  3A2O A;  4GMI A;  1YT9 A;  5IS4 A;  4FL8 A;  3ZKQ A;  5P5S A;  1SH9 A;  1ZPA A;  5OYW A;  3TPP A;  4H3I A;  4J1C A;  5OZM A;  4Z50 A;  5P6M A;  3HLO A;  5P3V A;  1MVP A;  2QNP A;  2R43 A;  5P1B A;  5P8D A;  4I0H A;  5OYV A;  5P8G A;  3SFC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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