1B11A

Structure of feline immunodeficiency virus protease complexed with tl-3-093
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
VGTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies of FIV and HIV-1 proteases complexed with an efficient inhibitor of FIV protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEIN (Feline Immunodeficiency Virus PROTEASE)
total genus 28
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1b11A00
5P1XA 5P0YA 4RRSA 1C70A 5P6JA 4CKUA 5HDZA 2AZ8A 2BJUA 5P5MA 5OYXA 5P6PA 3S54A 3TLHA 2PK6A 3GGXA 3S2OA 3CMSA 2PH8A 5P4BA 2IS0A 4A4QA 5HVPA 5P13A 5P3XA 2I4UA 1A8KA 3MWSA 1GVWA 2QMGA 2PC0A 2AVSA 5P22A 5P0OA 3C9XA 2JJIA 5P4IA 1F34A 5P4VA 4ZE6A 2OHSA 4B00A 5P46A 5P3DA 5AHBA 2O4KA 4Y4UA 3FNUA 2NNKA 5P5JA 4DFGA 2RSPA 1FFFC 1HTRB 3CKPA 4I11A 5OYUA 3VV7A 4R93A 1ZBGA 4Z50A 2XFJA 5P1YA 2JYSA 2NXMA 3HLOA 3WB5A 4Y48A 3EKWA 4D88A 4D85A 4OBHA 2PK5A 2BPXA 4Y5MA 2BBBA 3DV1A 4RGHA 2IENA 3ZKMA 1HTFA 1WKRA 3FX5A 4Y36A 5P1DA 5P8BA 4OBFA 4Y4GA 2AVMA 5P2VA 2AZCA 3PWRA 5P2SA 4QJ6A 5OZFA 5P50A 5P3WA 1ZPAA 5P3ZA 2VIEA 5AGZA 4ZIPA 5HU1A 4GJBA 3BUFA 5KR0A 2I1AA 4Y38A 3SABA 5P30A 5I70A 3QBFA 1SGZA 3K5GA 2G1SA 3K5DA 5DR4A 2QU3A 2ZHVA 3PI0A 5P0BA 4EP2A 4Y5AA 3GGAA 5P5IA 4L6BA 4YD3A 2QI1A 5P5AA 1YT9A 2QI4A 5P8LA 3TL9A 4J1FA 3UQWA 1XN3A 9HVPA 4H1EA 5JFPA 3ZMGA 5P2RA 5P6AA 2G21A 5P76A 4Y41A 1AXAA 1RV7A 1E5OE 3O9CA 4Y3ZA 4DQGA 3CICA 1KJGA 4DV9A 5P1TA 5P7QA 1FMBA 4L7JA 4JECA 2A4FA 3G72A 2AODA 5P0KA 3U6AA 1D4SA 3EKYA 5P02A 3UDHA 5P2EA 3LITA 3NLSA 3LZSA 5OZ9A 3UDJA 1BWAA 5P6MA 2QP8A 1W5WA 3UTLA 4D89A 5P6GA 2G1OA 2FXDA 2PMAA 3UFLA 5P2TA 4HLAA 2OHRA 1ENTE 3PM4A 2G69A 1UH7A 1HVHA 3ZLQA 1HTEA 2G94A 1AM5A 3PMYA 4DQEA 3FV3A 2F3KA 3VG1A 3NDWA 2AOEA 4J0VA 3UF3A 5OZNA 3OHFA 1G35A 5P5ZA 4Y4EA 3R1GB 5P2CA 4CPUA 4B1DA 1HSIA 1D4HA 3EKTA 1HSGA 3K1WA 2VIYA 1FFIC 4KUPA 4ER4E 4FRKA 4DUSA 2QK5A 4HZTA 1MT9A 1QBRA 5P6HA 3HVPA 4GZFA 5P53A 3FNTA 5DQ5A 2QD8A 5P8HA 5OZYA 5IVQA 4Z4XA 2V10C 1HRNA 5HDVA 5P09A 3PSUA 1K6TA 5OYVA 5P7KA 4D8CA 3PJ6A 3HZCA 4DJUA 1IZEA 5P2OA 2VJ6A 2QI7A 4GIDA 4OBGA 4B78A 5B18A 5P5QA 1HEFE 2OHMA 5OZLA 2FMBA 5P52A 1A30A 1TCWA 3HBOA 3INFA 2PYMA 5P8OA 1PSAA 3OADA 5OYWA 5P54A 2G22A 2ER6E 3T6IA 4YDGA 5P4GA 4Y43A 1ZSRA 4BELA 3ZKNA 3EM4A 3SFCA 5OZ6A 3OXCA 3IGBA 5P7SA 1FGCC 1HIHA 5P5YA 3DCKA 3HAUA 2P3BA 2Q54A 4RROA 5OZZA 5P6XA 1J71A 2H6SA 3NDXA 5P8IA 1PROA 4U7QA 1QS8A 5P61A 4M8XA 5P6FA 3WZ6A 1MRXA 3HVGA 1MPPA 2WJOA 1BDQA 5HDUA 5P3OA 1N49A 5P10A 5COPA 1YTJA 2QMFA 4LXMA 2PQZA 2V13A 4Z22A 3R0WA 1PPLE 1G6LA 5KOSA 4H3FA 4Y5KA 2IL2A 4GJAA 3BVAA 5P24A 3KDCA 2WF0A 3ECGA 5P6WA 3TPLA 2CEMA 5J25A 3KDDA 2ER0E 1D4JA 3OHHA 5P7GA 5P1CA 2XYEA 1LF2A 4CPQA 1RNEA 5OZ2A 1ODWA 2HPEA 2P8HA 1DAZC 3MXEA 3DUYA 3OWNA 1Z8CA 1A8GA 5P0FA 1AJVA 4I1CA 4LBTA 3SA6A 4Y3JA 3TKGA 4RCEA 1APWE 4RZ1A 1RQ9A 4YBFA 1Q9PA 5P11A 5P72A 5IVTA 5P3GA 3G6ZA 2Q11A 1SIPA 5P8AA 3NDTA 5OZ8A 1K2BA 4JP9A 4OC6B 4AZYA 3GGVA 1JLDA 5P5NA 2PYNA 2WEBA 3OUDB 2ZHSA 2AVOA 4DVFA 1K2CA 5P2BA 5OZ1A 2UXZA 2R9BA 4JPCA 5OZRA 5P0LA 5P8EA 1APVE 5OYTA 4EXHA 5PEPA 4EPJA 3EMYA 2HS2A 1SDTA 1Z1RA 4OBKA 5P58A 5OZ0A 3EL4A 5P5OA 5P0MA 5P7VA 3PCZA 1KJHA 2V00A 4Y6MA 3B7VA 5P8CA 1BV9A 2V16C 5P40A 1TZSA 4PYVA 5OZAA 4WTUA 5AH7A 3KT5A 4Y3WA 2AVVA 5P84A 3S43A 5KR8A 3INDA 1EBKC 3CIBA 1IZDA 3LNKA 2HC0A 4EQ0A 1C6ZA 5OZTA 2ZJNA 5I3VA 2VKMA 2PWRA 5P47A 1SMEA 3DOXA 1HPSA 1YTIA 2HB2A 4OD9A 4ZPEA 1FQ6A 3KM4A 2UPJA 5P2FA 4Y5NA 5HU0A 3KDBA 2Z54A 3N4LA 3OQ7A 3U71A 4YD5A 1EPME 2XYFA 3KN0A 3OTSA 3URJA 5P6TA 5E5KA 2AOIA 4Y3NA 4YBIA 4FRJA 5OZVA 1XL2A 3TPRA 5AH6A 3R2FA 3SM2A 1FQ7A 2QI5A 5P0NA 5APRE 4DPIA 3VLBA 1EC0A 3S85A 4Y57A 5P7HA 1IZIA 2ZJLA 2WF1A 5P4QA 3ZKIA 5P4NA 4EJDA 1OHRA 5DR8A 3FNSA 1UH8A 2QHZA 3L59A 4I12A 3VFBA 4Y53A 2F80A 3S7MA 4Y54A 1LYWB 5C9FA 2VIZA 1QBUA 5P6NA 3UQUA 5P41A 3I6OA 3EKXA 5P5RA 3QVCA 5JFUA 5P8TA 5P2LA 1BWBA 4GJ9A 1AZ5A 1EBZA 3NU5A 5P31A 5P6CA 2FLEA 2RKGA 1LYBA 3IN3A 5P8PA 3OXXA 3O9GA 3D91A 2B8LA 2ZGAA 4LP9A 2PSUA 5P2XA 5P5UA 1MRWA 2V12C 5P0SA 5P2JA 4Y47A 4FM6A 4Y9WA 5P6KA 3UCBA 1HOSA 3EM3A 3LIYA 5OZJA 1B6JA 2FNTA 4Y4BA 1MT7A 5P0GA 5P33A 1FG6C 2OHNA 4HDPA 1MTRA 5P8QA 3QIHA 5P8DA 1XS7D 2IQGA 2HIZA 3UFNA 3OU4A 3EKQA 2IGXA 2J9KA 5ER1E 1LF3A 3OQFA 3L58A 4BFDA 3EM6A 3SA7A 2OAHA 5P85A 1YTGA 3BRAA 1GVVA 4Y3EA 1FQ8A 3FIVA 3NU6A 5P8GA 3PLDA 4TRYA 4FLGA 1AIDA 3DCRA 2HM1A 1W5YA 4F76A 5P6ZA 2QZKA 4MC9A 5P5TA 1D4IA 1OEWA 4COEA 4DJYA 2WL0A 3VYFA 4TVHA 5P6UA 5HTZA 5OZ3A 3OU1B 5C9DA 1HVRA 1MSNA 5COOA 5P08A 3OTYA 5P5WA 5P7RA 4DJOA 3NXEA 5P12A 5P7MA 5P8KA 3OQDA 5P4ZA 5P1JA 5P8FA 3OAGA 5P4MA 5P17A 5P3MA 1C6YA 3NR6A 5DGWA 5P6QA 4L7GA 5P2MA 5P66A 1LYAA 1EPRE 5P1NA 5P1FA 4ZEAA 5P8VA 1META 5P20A 5P3CA 2APRA 5OZ5A 4DJQA 5P3JA 4J5JA 4Y39A 1EEDP 4MC2A 1LEEA 1XE6A 5P1SA 4Y50A 5ER2E 5I3XA 2OHPA 4F74A 3Q6YA 2AOJA 3VUCA 5KAOA 3RU1A 3TOGA 5HE7A 4Y3LA 5P57A 3S7LA 3CKTA 3OOTA 4QLHA 3PEPA 1MERA 3EKVA 3LPJA 2H6TA 4Y3PA 2QNPA 3PBDA 4WY6A 3PVKA 3I2LA 5AH9A 5OZXA 4LAPA 5P0UA 4CPSA 4LXAA 1XL5A 1EPOE 3O99A 4J1EA 5P82A 5P8SA 1FQ4A 5P1EA 5OZCA 2FDDA 1HTGA 4FRIA 1K1TA 1EC3A 4Y58A 5P3LA 2R3WA 3BHEA 1WBKA 5DQCA 5FIVA 4RCDA 1SDVA 1B5FA 5P8RA 3O9LA 2ZYEA 2AOCA 3FKTA 5P06A 5P7YA 2AIDA 1AJXA 1FQ5A 3BUHA 3K4VC 4IVTA 4FM8A 5P39A 3A2OA 1SH9A 3LINA 5P4TA 2G20A 5P01A 4XXSA 1DMPA 5P1QA 3NU4A 5BS4A 5P60A 4AMTA 1W50A 1FIVA 1KJ7A 1SDUA 3LIZA 3BUGA 5P6EA 3SKGA 5P67A 4ZPGA 2ZJIA 3L5EA 1HXWA 1FB7A 3BC4A 2VJ7A 4J1KA 2AOFA 1TW7A 3URLA 5P1WA 1CMSA 3OQKA 5P4DA 3LZVA 5P8JA 4K9HA 3BGBA 5P3VA 2R3TA 2G1RA 3UDYA 5HDXA 4RVIA 3EKPA 2B42A 5P7BA 3I7EA 3PMUA 2JE4A 1APTE 4A6CA 5DPZA 4I0FA 5P8UA 4EJLA 3PSYA 5P89A 1B6PA 2V11C 2NMYA 1EC2A 5P37A 1QBTA 5OZQA 5P3TA 4X2LA 3OOZA 3UDNA 5ISKA 3HW1A 4J0YA 2WF2A 3Q5HA 1HBVA 5OZEA 3OUCA 3Q3TA 3I8WA 5P7DA 1BXOA 4H3GA 1BILA 4H3IA 2FNSA 5P1AA 3ST5A 3GI5A 4Y4XA 1MSMA 5OZOA 7UPJA 4YCYA 3CKRA 4J0PA 2FDEA 2VIJA 3KMYA 3EL5A 3TOFA 4XX3A 5P1BA 5SY3A 3VV8A 3D3TA 5P0PA 4GB2A 3G70A 5P3RA 2VNNA 5P0ZA 4OBZA 1BV7A 3S43B 4FGXA 4L1AB 2FGVA 5P5SA 5P0AA 4GJ8A 2ZDZA 5P6OA 1GNOA 2UY0A 4CPTA 1E80E 3AIDA 4OBJA 5OZ7A 1APUE 5P4XA 4X7IA 2ZE1A 4Y3GA 3NWXA 4Y4WA 5P6RA 4KE0A 1BVGA 3KFNA 4I0EA 5P6DA 5P0TA 4CPXA 4EJKA 3O9DA 3KMXA 4J1CA 5P0DA 5P3FA 1IVPA 1HSHA 5P00A 3JVWA 3DM6A 4IVSA 4YCTA 2G26A 2R38A 2Q3KA 4FCOA 4Y3DA 3TPJA 3JVYA 3NU9A 4Y3RA 5JG1A 3WZ8A 3PRSA 3T11A 4EP3A 1K6VA 5OZHA 4Q1NA 3SLZA 3EBZA 2G24A 5P2QA 2WKZA 5P42A 5OZPA 1FLHA 2VA7A 4Y5LA 1FG8C 5OZ4A 5IVRA 2O4PA 3O9BA 3LZUA 5DQ2A 3VEUA 5P7TA 3L38A 1GVXA 2NMZA 4PZWA 2R43A 4FS4A 5P5BA 5P0XA 1UH9A 2OHUA 4LHHA 4YCKA 5P83A 3UQRA 4FM7A 5KR2A 4LL3A 1TSQA 2HB3A 1A9MA 3D1XA 1TQFA 5DR1A 3VYDA 4AA8A 5OYYA 1FQXA 4Y3MA 1YX9A 4EJ8A 3SKFA 4Y51A 1HVIA 5P0JA 3MSKA 5ISJA 3BXSA 5P1PA 3OGPA 5OZGA 3VV6A 2J9JB 3ZKQA 3KYRA 4FIVA 1D4LA 3IVIA 5P4KA 5P0WA 4YOBA 3KF0A 3VSXA 1HXBA 2V0ZC 3PLLA 1PPKE 4DH6A 4QJ7A 1K6PA 1XDHA 2AOGA 4Y44A 4I0JA 5P6LA 4APRE 2QNNA 4Q5MA 4I0ZA 5P19A 3PCWA 4CPRA 5EZXA 4EQJA 1K1UA 3DV5A 5P4JA 5HE4A 2ER7E 2I4QA 3PSGA 1HIVA 3I25A 1NPWA 2MIPA 1GVTA 3IXKA 5P77A 5P7AA 4M8YA 1PFZA 2QMDA 4DI2A 4MC6A 5P34A 5P68A 1G2KA 1HVJA 3TKWA 2R8NA 4DJXA 3SA4A 4HE9A 1PPME 3QRMA 3BXRA 3PGIA 4FAFA 4J0ZA 1FMUA 8HVPA 5OZSA 1DPJA 4Y4TA 1ME6A 5P7ZA 4R95A 3S53A 5P7NA 2NNPA 5P2WA 2IEOA 3ZPUA 2QCIA 5DR3A 3L5BA 1BVEA 4ER2E 3QBHA 5P75A 1D4YA 2IRZA 4I0HA 5P32A 1KJFA 3PBZA 5F01A 1NPVA 4B77A 4NJUA 4UPJA 4DJVA 3TOHA 5P6BA 3QI1A 2RENA 1M4HA 2WEDA 4I10A 4FAEA 4EHCA 3TTPA 5P3SA 1ODXA 5P88A 4CP7A 1DIFA 2HPFA 4KB9A 1RPIA 4R92A 3AUPA 1B6MA 1EPQE 5P70A 5P3HA 3S45A 4YD7A 4DQCA 4GJCA 5DQ1A 5P5EA 2FS4A 5P2GA 5P7LA 2R5QA 2BPVA 2I0AA 3UQPA 2F81A 2QNQA 3O9AA 5HE5A 3NDUA 5P7OA 1LV1A 5P18A 3U7SA 1T3RA 2VS2A 3DK1A 2IKUA 3EL9A 5P2ZA 4JPEA 2XFKA 4RRNA 3HD8A 4BFBA 2P4JA 2F3EA 4NJTA 4MC1A 4DQHA 1EC1A 1PSOE 4Y5BA 5P1UA 1BDLA 1YTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1X A;  5P0Y A;  4RRS A;  1C70 A;  5P6J A;  4CKU A;  5HDZ A;  2AZ8 A;  2BJU A;  5P5M A;  5OYX A;  5P6P A;  3S54 A;  3TLH A;  2PK6 A;  3GGX A;  3S2O A;  3CMS A;  2PH8 A;  5P4B A;  2IS0 A;  4A4Q A;  5HVP A;  5P13 A;  5P3X A;  2I4U A;  1A8K A;  3MWS A;  1GVW A;  2QMG A;  2PC0 A;  2AVS A;  5P22 A;  5P0O A;  3C9X A;  2JJI A;  5P4I A;  1F34 A;  5P4V A;  4ZE6 A;  2OHS A;  4B00 A;  5P46 A;  5P3D A;  5AHB A;  2O4K A;  4Y4U A;  3FNU A;  2NNK A;  5P5J A;  4DFG A;  2RSP A;  1FFF C;  1HTR B;  3CKP A;  4I11 A;  5OYU A;  3VV7 A;  4R93 A;  1ZBG A;  4Z50 A;  2XFJ A;  5P1Y A;  2JYS A;  2NXM A;  3HLO A;  3WB5 A;  4Y48 A;  3EKW A;  4D88 A;  4D85 A;  4OBH A;  2PK5 A;  2BPX A;  4Y5M A;  2BBB A;  3DV1 A;  4RGH A;  2IEN A;  3ZKM A;  1HTF A;  1WKR A;  3FX5 A;  4Y36 A;  5P1D A;  5P8B A;  4OBF A;  4Y4G A;  2AVM A;  5P2V A;  2AZC A;  3PWR A;  5P2S A;  4QJ6 A;  5OZF A;  5P50 A;  5P3W A;  1ZPA A;  5P3Z A;  2VIE A;  5AGZ A;  4ZIP A;  5HU1 A;  4GJB A;  3BUF A;  5KR0 A;  2I1A A;  4Y38 A;  3SAB A;  5P30 A;  5I70 A;  3QBF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3INE A;  3PB5 A;  2AZB A;  5OYS A;  5P4A A;  3QRV A;  3BVB A;  3LZY A;  4U7V A;  1IVQ A;  2OF0 A;  4GMI A;  5P6V A;  3OUA A;  3TNE A;  1OD1 A;  1IIQ A;  4YD6 A;  2Q63 A;  1ZPK A;  3T7Q A;  4B0Q A;  5P1V A;  2ZJH A;  1BXQ A;  2VJ9 A;  2FDP A;  1W5X A;  2NXD A;  3EXO A;  5AHA A;  5ENM A;  2F3F A;  3RVI A;  5P2Y A;  5P4U A;  5P78 A;  1HPO A;  4RYG A;  3OU4 B;  3ER5 E;  4LXK A;  3SAC A;  1DP5 A;  4TVG A;  5P7F A;  4F75 A;  1MUI A;  3PI5 A;  4Q1Y A;  2R5P A;  4RLD A;  4S1G A;  3UPJ A;  3H0B A;  3VYE A;  4RCF A;  5P45 A;  2VA5 A;  1SIV A;  4EWO A;  4A6B A;  1CZI E;  4Y5C A;  2ZHR A;  4I8Z A;  2BPW A;  1HVC A;  5OZB A;  1ZSF A;  5P2A A;  3S56 A;  1B6L A;  1FF0 C;  1T6E X;  2OHL A;  4BEK A;  2Q5K A;  1PSN A;  3MSJ A;  4QJA A;  1IDA A;  5I3Y A;  2QD6 A;  2WEZ A;  1DW6 C;  1ODY A;  1YM4 A;  3QRO A;  1EPL E;  4ZSM A;  5P1Z A;  5P63 A;  1NSO A;  1EPN E;  3LIX A;  5P3P A;  2SAM A;  1HII A;  1BAI A;  3OAG B;  1EPP E;  3SQF A;  3VFA A;  2G27 A;  5IE1 A;  1M43 A;  2BQV A;  1LYA B;  4B1E A;  4L1A A;  2Z4O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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