1BDQA

Hiv-1 (2:31-37, 47, 82) protease complexed with inhibitor sb203386
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDSIVAGIELPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural role of the 30's loop in determining the ligand specificity of the human immunodeficiency virus protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bdqA00
5P59A 4Y5PA 2HPFA 2ER6E 5AH9A 1LYWB 5P2QA 1NPAA 2P8HA 1IZHA 1AJXA 4Y3AA 1LZQA 5P80A 2P3CA 2PK6A 3UDRA 5P45A 2ZDZA 2ZE1A 2I4WA 1A94A 5P48A 4EXGA 3GI0A 4LXKA 2ZHRA 4Q1WA 3QIHA 5P53A 1KJHA 4WTUA 2NXDA 1GVVA 5HCTA 5P2IA 4XXSA 4Y50A 3BUFA 5F00A 2PWRA 5P81A 2JYSA 3S45A 1AVFA 2G20A 3O9IA 3SA5A 4PHVA 5HE7A 4QLHA 5P42A 5P8CA 1OEWA 2QI7A 4GJ7A 2AOCA 3PI0A 1HVKA 5P4GA 3CYXA 5P4PA 3KN0A 1BWBA 3OOZA 5P7IA 2FXDA 2PWCA 1OEXA 2QI1A 3L5CA 2WF2A 5P25A 4M8YA 3GGAA 1APUE 5DR8A 5P6UA 2VNNA 5P8VA 4I0EA 3QBHA 3UTLA 4Y4BA 2I1AA 1F7AA 2MIPA 5P5JA 4YOAA 4FS4A 5BRYA 3LINA 1B6MA 3VSWA 4ZSQA 3R2FA 5P38A 4F73A 4ZLSA 1SGZA 3LIXA 2I4DA 4J1FA 4NPTA 3CKRA 5ISKA 2WEZA 3R0YA 3TNEA 3O9AA 4R92A 3EKPA 4DFGA 5P3AA 5KQYA 4QJ9A 1C6ZA 3OUBA 1EBYA 3PLDA 4CPRA 3JVWA 5P5LA 5P7AA 5P7PA 4U7VA 4Z2ZA 5P76A 1N49A 4Y3QA 2OHLA 1FMBA 1BDQA 5P36A 4J0PA 1HPSA 5P7OA 2NTRA 4RVJA 1SMEA 1UPJA 5P6SA 5P8SA 4I0ZA 5OZUA 4Y5NA 5OZDA 5HDUA 5P1XA 3QN8A 4GJ8A 3TH9A 1MESA 5P88A 5OZ7A 1APVE 3BRAA 1EBWA 1PSOE 3OHHA 1W5YA 4Y56A 4Y4AA 6FIVA 2J9JB 2HB2A 1HEFE 5P6QA 2QMDA 4PZWA 3ZKSA 4RCDA 5P5KA 3O9BA 5P24A 3S54A 4QJ2A 5BWYA 4ZIPA 1LF3A 1QS8A 4I0IA 5P8PA 4B1CA 5P77A 4Y3NA 3RSXA 3TOHA 5P7NA 5P86A 2FDDA 2BJUA 2ZJNA 3QPJA 5P1WA 4FM7A 4Y5EA 3EKWA 4BFBA 1MSNA 4Y3TA 1A9MA 2F8GA 5P5IA 2OHNA 3PVKA 5P3IA 5P4HA 2V12C 3HBOA 3SO9A 2XFJA 2FIVA 1VIJA 1UH7A 1SDTA 5P43A 5OYZA 3NWQA 4Y4WA 1T6GA 1MTBA 4J55A 5P2ZA 2IS0A 4CKUA 5F01A 5SZ9A 3T7PA 1GVTA 3KMXA 3B7VA 5P6PA 5HE5A 3KMYA 5P05A 5DR3A 3QROA 4I11A 1PPLE 5P0EA 4DJRA 4L1AA 1MRWA 5HDXA 5P3KA 2QMGA 5P84A 5P0YA 3H5BA 3EKXA 3NXEA 4EQJA 1AXAA 3EM6A 3SFCA 5P37A 3A2OA 1T7JA 4BEKA 3EKYA 5DR1A 5P3YA 4J0ZA 4YE3A 3QRVA 2I4XA 5P8LA 1A8KA 2Q15A 1EBKC 3RVIA 2FMBA 1B5FA 5P3UA 3UPJA 2XFIA 4B05A 1FMXA 1GNOA 1GNNA 2QD6A 2F3EA 4I0DA 4DJPA 5P4XA 5C9FA 5P0QA 3I6OA 3RTHA 1ZAPA 3INFA 5CONA 4F74A 4NJSA 2WEAA 1IZEA 5SY3A 3PLLA 4EXHA 1B6JA 4I12A 4GZFA 2O4NA 5SY2A 3OADA 4H1EA 4Y38A 2QI0A 1EPRE 1B6KA 2PQZA 5P8MA 5P4KA 2G69A 4KUPA 2UXZA 5P00A 4J5JA 5P4MA 5OYTA 3SKGA 5I3VA 5P0BA 5P0GA 1DIFA 1EPNE 4Y4JA 1ODWA 3QBFA 3QVCA 4J54A 2IEOA 5P39A 1XL2A 5P2UA 3KF0A 1K2CA 4YDGA 3IA9A 3N4LA 5KR1A 3PM4A 3SKFA 5P1SA 2QD8A 2P83A 1YTIA 2VIZA 3PMUA 2Q64A 5P02A 3JVYA 5P07A 3K1WA 2OHSA 5P7XA 2I0DA 5P62A 4J1CA 4DJVA 3UQRA 4Y53A 1AJVA 3GI5A 3VCMA 3GW5A 3R0WA 3INDA 4B00A 4E43A 5P4QA 2Q55A 4L6BA 1YM2A 2NR6A 5DGWA 2G21A 3MSKA 3SPKA 3VUCA 5P3QA 2G27A 4XKXA 4FAEA 2F3KA 5OYYA 2FXEA 5OZLA 2RKFA 5P7WA 5P2CA 5P2KA 1BIMA 5KQXA 4TRWA 4R93A 4LC7A 1HWRA 5P0OA 4CPXA 4Y43A 3KFPA 1D4SA 4DUSA 4Y58A 3FSMA 3NUJA 3IVIA 3EBZA 4TVGA 1WBKA 2PK5A 3D1XA 5E5JA 4B1EA 4Y3RA 4YD7A 5P8EA 5P49A 3ZL7A 4F76A 4EPJA 1FLHA 3OTSA 1DW6C 5CLMA 2VS2A 3OHFA 4RZ1A 4Y45A 1IIQA 2R3WA 4GJ6A 2PC0A 5P89A 4OBZB 1BDRA 2WEBA 2OHTA 5P8FA 5P3NA 4QJ8A 2FDPA 1M4HA 5P7QA 5P17A 5AHBA 1KJGA 1U8GA 5J25A 2PSVA 3D91A 1MSMA 2F81A 3OAGB 3LHGA 2OHPA 3NSHA 4JP9A 5HU1A 1META 5P7LA 3PMYA 2VJ7A 4JPEA 4DJYA 4DI2A 1XN2A 5P7SA 3WZ6A 4LHHA 4OBGA 4HDFA 3FNUA 2B8LA 3KT2A 1PSAA 4Y3GA 3IXJA 2QI5A 3OUDB 3UQXA 2IL2A 2JJJA 5P5XA 4FLGA 4Y5BA 1HRNA 5P5MA 3CKPA 2RMPA 5HDVA 5P6MA 1W6HA 3UFNA 4RLDA 4Y37A 4DJUA 2G26A 1G35A 4RRSA 3QRSA 2O40A 3VV7A 3O9DA 5OZFA 5OZPA 4FRSA 5P60A 3SACA 4OBJA 1EPLE 2O4LA 3ZKNA 5P2TA 1TSQA 3PCWA 2V00A 4OC6B 2Q3KA 3URJA 1G6LA 4DJOA 2O4KA 2OHKA 1ZSRA 1BDLA 5IVRA 3Q5HA 1UH8A 5IVSA 5P63A 2FGUA 5OZXA 2IDWA 3FV3A 4YCKA 3TOGA 4OC6A 1GVUA 4YBFA 2BPZA 1ME6A 5P3EA 1EC0A 3TPJA 3ZLQA 4I8WA 3DOXA 4Y57A 4FGXA 3K5DA 3INHA 5COKA 3PCZA 5AH6A 2BPWA 5P6CA 3RTMA 4FRIA 3I2LA 4PZXA 2QU3A 3DJKA 5OZBA 1SMRA 5P54A 1MRXA 4TVHA 3UQUA 2G1NA 1BVGA 3PGIA 1W6IA 2VIEA 2OHRA 4Y4GA 3WB4A 1EPPE 2NXMA 5P40A 4DJXA 3ST5A 5C9BA 5P1IA 5P57A 2FLEA 4DJQA 3L5EA 3KM4A 3DCKA 4DH6A 5P2EA 2IRZA 3VG1A 1HSIA 4CMSA 4RRNA 1FQ6A 4YA8A 3Q4BA 3LZVA 3OU1A 3T7XA 2UPJA 5P0NA 3PWRA 2FNTA 1MIQA 4MC2A 4YD4A 1DMPA 2H6TA 5P4UA 2QZLA 2WL0A 5AH7A 3UQPA 5P0VA 5P4OA 6APRE 7UPJA 5P32A 1Z8CA 1D4LA 5P50A 4ZEAA 3SA8A 5P1BA 5P5YA 1SDVA 5P7EA 4YCYA 2QAKA 3IN3A 5P2AA 5P16A 3ZPTA 2RKGA 3O9CA 5ER2E 5P3PA 3ER5E 3T6IA 2B7ZA 4Z22A 1TQFA 5FIVA 1MERA 1ZJ7A 2P3DA 3SA4A 3EKQA 2CEMA 3L59A 3OU3A 4NJTA 4EJ8A 5P1KA 5P6JA 3GGVA 3O9LA 2FDEA 3UQWA 4Y36A 5KR8A 2QZXA 4Y4DA 5OZ6A 1QBUA 5HD0A 4CPTA 3OY4A 1YTJA 5P74A 3EM4A 1XN3A 5P4ZA 1DAZC 3OGQA 2ER7E 1HVSA 4HVPA 5P1OA 4KE0A 4RGHA 3VLBA 8HVPA 5P51A 4H3FA 1HOSA 4X7IA 1E80E 3TL9A 3OQDA 5P1QA 5P8UA 2PSUA 4TRZA 3T3CA 5P7VA 5KR0A 1NPVA 1FFFC 3NDWA 5P4VA 2NMZA 2HIZA 5P2XA 5P6NA 1IDAA 2NNPA 4LBTA 3OQAA 5HDZA 1FG6C 2QZKA 5C9DA 5OYRA 1YT9A 2R38A 5P31A 3UDYA 5P2FA 1IBQA 2V0ZC 3DV5A 5P8AA 4FSLA 3TKGA 3WSJA 5COPA 4MC6A 2AVSA 5P3HA 2I4VA 5P5NA 3VF3A 1LEEA 5P19A 2BQVA 3R1GB 3VSXA 1BXOA 1ER8E 5P1ZA 3EL1A 5ENMA 4K9HA 5P47A 5P8RA 4FM6A 5P0KA 4Y47A 1MTRA 1QDMA 4Y51A 2P4JA 4KE1A 3VLAA 4DQEA 1CZIE 4LXMA 2A1EA 3BC4A 4Y48A 1LYAA 1MEUA 1K1TA 4A4QA 1HSGA 4RVXA 2ZHSA 1SDUA 1WKRA 1BAIA 1FIVA 1EAGA 5P3RA 4FSEA 1E81E 3SA6A 1RNEA 4Y39A 1FGCC 3L5BA 4ER2E 2VA7A 4M8XA 5P66A 4NPUA 1PSNA 3S56A 3U7SA 4CPSA 4Y3DA 4ZPGA 4Y3YA 3PB5A 1FQ8A 1PFZA 1BILA 3LPKA 3SLZA 4KB9A 1YM4A 1VIKA 2WF4A 5P7FA 5OYSA 5P5VA 3UDJA 5P68A 5P4IA 4GMIA 2AZ8A 5P0XA 4J1EA 1NPWA 4DQBA 4L1AB 2CENA 2BKTA 3KFRA 4AUCA 1ODXA 1RV7A 1Z1HA 2RENA 3OXVA 4GJ5A 5P73A 4LXAA 3BHEA 4J0VA 5P2LA 4D89A 2PMAA 2V11C 1B5FB 3PSGA 3QS1A 3UFLA 1PPKE 5P8QA 2IKOA 3D1YA 2VA6A 3CIDA 5JG1A 1EC2A 1AIDA 2V10C 1D4HA 2AVQA 5HTZA 5P0MA 4GB2A 3EL5A 4U8WA 5P1LA 1IZIA 1PROA 4HEGA 5P5HA 4EHCA 3Q70A 3OGPA 4BFDA 1GVWA 1FFIC 1RL8A 3QRMA 5P3DA 3QAAA 5P11A 3VYEA 1MT9A 5P5RA 5HCOA 4Y5MA 1B11A 4YCTA 4D85A 1IVQA 5P4WA 4CP7A 5P7DA 4Y3WA 3NU3A 2ZHVA 2ZGAA 1EC1A 5P12A 3VF7A 3OADB 4EJLA 2PSGA 1BBSA 2BPYA 2XYEA 2Q54A 2XYFA 1HXBA 1PPME 1EBZA 4HDBA 1HVLA 4FL8A 4Y3FA 3PWWA 1HVJA 5P2VA 2AOJA 5P70A 5P0CA 4FCOA 4DVFA 1YX9A 5P04A 5P1EA 2AZBA 5P55A 1AZ5A 1HTEA 1W50A 1ENTE 4S1GA 5P2SA 5P61A 3ZPUA 3LNKA 4QJ7A 5JODA 3ZKMA 2P3BA 4NKKA 3MSLA 3OXXA 4AA9A 1FEJC 4LP9A 3Q6YA 5P1GA 5ISJA 4Q1YA 3PSUA 5P6VA 4Y5GA 2QZWA 3NWXA 1XE6A 3HVPA 1SGUA 3S85A 3QP0A 5P1UA 3NDTA 5SXNA 5P0TA 3O9GA 5OZAA 3L5DA 1HBVA 5P7MA 3UDKA 4JPCA 1ZPAA 5P5BA 1HVHA 5P4SA 2ASIA 3HW1A 5P1VA 3DV1A 4FAFA 2QNPA 2WECA 3PJ6A 4X2LA 5I70A 2G1OA 5ENKA 4DQHA 5P13A 3OTYA 1LS5A 4Y5KA 5OZKA 2QHCA 1HIVA 1QBTA 3G70A 4Y41A 1FF0C 1DPJA 4GJAA 3CIBA 4LL3A 2G1RA 3SM1A 4I0HA 3S7MA 3IN4A 4RYGA 2OAHA 3GI6A 4HZTA 1DP5A 3HZCA 4EQ0A 3LPJA 5P4BA 1MUIA 5P4FA 1EPOE 2F80A 2ANLA 7HVPA 5P8DA 5P52A 3UDPA 3KDCA 1M0BA 1CPIA 5P5FA 1W51A 3KYRA 2AQUA 1YTGA 1FQXA 2ER9E 3KDBA 4I8ZA 2PYMA 5DQ5A 4Y3JA 5HE4A 5T4SA 4I0FA 4R95A 3OQ7A 4Y5AA 3NU4A 4Q1NA 3LZSA 1IZDA 5P1MA 2QNQA 5P0DA 4ACUA 3VV6A 1EPQE 5P27A 5P7UA 5OZIA 2EWYA 5P4AA 5OZQA 1T3RA 5AHAA 3TOFA 5OZVA 3LIZA 1IVPA 3PSYA 1GKTA 5OZOA 1KZKA 2PH8A 3HLOA 5P83A 5P1YA 2HPEA 5KQFA 5P2GA 5P29A 1FQ5A 1TSUA 3MWSA 4OBKA 4CPWA 5B18A 4U7QA 5P2JA 1OD1A 5OZEA 5OZ9A 1ODYA 4Y3HA 4Y3MA 1MT7A 3LIQA 5P8KA 3NU5A 3EKTA 3MXDA 4FM8A 2WF1A 1K6VA 5PEPA 1JLDA 4XX4A 5P58A 1AM5A 3NR6A 1ZPKA 5P3OA 3S43A 3VFBA 5P4EA 1HXWA 5OZZA 4DJWA 5P5WA 4ZPEA 5P4CA 3SA7A 4K4PA 2QNNA 5P6DA 2ZJLA 4Y3EA 4K8SA 1B6LA 3Q3TA 4OBFA 5P46A 5HU0A 2QHYA 5TOLA 1Q9PA 1HTFA 4Y3SA 3S8IA 1EEDP 4GJ9A 3AUPA 3OQFA 2O4SA 4N00A 3M9FA 4Y4TA 3OQKA 5P2RA 2FGVA 2QMFA 4GIDA 4Y5CA 3PI5A 2AVMA 1HSHA 1BWAA 3S7LA 2WJOA 5P5SA 5P8JA 2QD7A 3VF5A 3DCRA 3BVAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P59 A;  4Y5P A;  2HPF A;  2ER6 E;  5AH9 A;  1LYW B;  5P2Q A;  1NPA A;  2P8H A;  1IZH A;  1AJX A;  4Y3A A;  1LZQ A;  5P80 A;  2P3C A;  2PK6 A;  3UDR A;  5P45 A;  2ZDZ A;  2ZE1 A;  2I4W A;  1A94 A;  5P48 A;  4EXG A;  3GI0 A;  4LXK A;  2ZHR A;  4Q1W A;  3QIH A;  5P53 A;  1KJH A;  4WTU A;  2NXD A;  1GVV A;  5HCT A;  5P2I A;  4XXS A;  4Y50 A;  3BUF A;  5F00 A;  2PWR A;  5P81 A;  2JYS A;  3S45 A;  1AVF A;  2G20 A;  3O9I A;  3SA5 A;  4PHV A;  5HE7 A;  4QLH A;  5P42 A;  5P8C A;  1OEW A;  2QI7 A;  4GJ7 A;  2AOC A;  3PI0 A;  1HVK A;  5P4G A;  3CYX A;  5P4P A;  3KN0 A;  1BWB A;  3OOZ A;  5P7I A;  2FXD A;  2PWC A;  1OEX A;  2QI1 A;  3L5C A;  2WF2 A;  5P25 A;  4M8Y A;  3GGA A;  1APU E;  5DR8 A;  5P6U A;  2VNN A;  5P8V A;  4I0E A;  3QBH A;  3UTL A;  4Y4B A;  2I1A A;  1F7A A;  2MIP A;  5P5J A;  4YOA A;  4FS4 A;  5BRY A;  3LIN A;  1B6M A;  3VSW A;  4ZSQ A;  3R2F A;  5P38 A;  4F73 A;  4ZLS A;  1SGZ A;  3LIX A;  2I4D A;  4J1F A;  4NPT A;  3CKR A;  5ISK A;  2WEZ A;  3R0Y A;  3TNE A;  3O9A A;  4R92 A;  3EKP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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