1BDRA

Hiv-1 (2: 31, 33-37) protease complexed with inhibitor sb203386
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDSVVAGIELPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural role of the 30's loop in determining the ligand specificity of the human immunodeficiency virus protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bdrA00
2R5PA 4J0ZA 3SQFA 3EM4A 4J0TA 4J1CA 3FNUA 5P37A 5P28A 3CMSA 2I0AA 2IEOA 2P3BB 3TOGA 1B6LA 4ACUA 2RENA 1OEXA 2PYNA 1K1TA 2OHSA 4TVGA 2B8VA 1K6TA 4DJYA 4FIVA 3UHLA 4YHQA 4Y50A 2FLEA 2B7FA 4DQCA 5P7WA 1APVE 4FRKA 1K6VA 1XE6A 3VCMA 1BDQA 5TOLA 3UDKA 3IXKA 4DJRA 3R1GB 5P55A 2HIZA 5OZAA 2ZJNA 3IVHA 3U7SA 4B05A 5P7NA 1QRPE 3T3CA 3BHEA 2NTRA 2QI3A 4OBZA 1EC0A 2WEDA 3UDNA 3S43B 4COEA 5OZKA 5P5TA 1B11A 1LF4A 5P3BA 5P7TA 1APUE 3UQPA 5P3EA 2AOFA 1K6CA 5P6OA 3SA3A 4FE6A 4R8YA 3M9FA 3LHGA 2I4QA 4Y9WA 1TSQA 3FV3A 1B5FB 4B00A 4Y5EA 1APWE 5IE1A 2QNQA 3T7PA 1HXWA 4PZXA 2APRA 4TRZA 4Q1WA 3UFNA 2PWRA 4RVJA 2F81A 4JPCA 1E81E 1HEFE 5P08A 4MC6A 4DVFA 1BDRA 5P0VA 5KR0A 1YTGA 4J17A 3OU4A 4LAPA 2OHPA 5P5PA 1EPQE 2R38A 5P8HA 4ZLSA 3KA2A 1ZSFA 3DCKA 4Y3EA 4FRJA 4Y4AA 2G21A 2G1RA 3EKXA 4J5JA 5P6YA 2OHLA 6UPJA 2VIJA 3VLBA 4RCFA 2P4JA 1ZBGA 3PRSA 5P4YA 3URJA 4XX4A 3OQKA 5P0RA 5P4CA 3NXNA 2OHKA 5P7ZA 1TZSA 5HVPA 2IL2A 5BWYA 5P5LA 1C6XA 2AOJA 4DJVA 4L1AA 2VIYA 1DP5A 4CPRA 1LYWA 2MIPA 4FGXA 1META 3UFLA 2ZHSA 5HU0A 5P6GA 5P56A 1QBUA 4J0VA 1BVEA 1LF3A 4RVXA 5P75A 2NPHA 4Z4XA 3NDTA 1HIHA 2V11C 5P0HA 5P72A 1WBMA 2B60A 3BC4A 3EKPA 3KDDA 4HEGA 3OU1A 3MXEA 5OYTA 4RVIA 2V10C 5SY2A 3QRVA 3MSLA 2XYFA 2IDWA 2F3FA 4GJ5A 2FXEA 1MESA 1FQ8A 5P7HA 5P4AA 5P0ZA 2FS4A 1BDLA 5P02A 3VYFA 4FCOA 1SGZA 2R3TA 4JP9A 3PWMA 5P0QA 5P5AA 5P2KA 1GKTA 2V13A 1B6MA 2NXMA 3PBDA 5P8LA 5P2NA 1OHRA 1K1UA 3AIDA 5P8RA 2QCIA 3L5BA 5P6EA 5HE4A 3UDRA 1A8KA 1A30A 5P5CA 5P8FA 3NR6A 4Y47A 3HD8A 1A8GA 3PVKA 2V16C 5SY3A 3INEA 3KN0A 2VJ6A 3UQWA 3HBOA 1SH9A 5P0EA 5P0XA 5AHAA 5P7UA 3LPJA 1EBKC 5ENMA 3OTYA 5P1BA 5DGWA 3VYEA 2JJJA 4CP7A 1RPIA 4RCEA 5P3VA 1D4HA 2AVVA 4Y3HA 5P7KA 1SIPA 5P38A 3VF7A 5P1KA 3Q4BA 5P47A 5P4IA 2QD6A 4Y6MA 5OYYA 3BUHA 4CPUA 2WECA 3JW2A 4EP2A 3JVWA 2P3CA 3NDUA 2QHYA 4OBZB 1FGCC 2RMPA 3LNKA 3ZKIA 3DCRA 3TL9A 2J9KA 3IVIA 2UXZA 5P54A 3OQDA 2QMFA 1M0BA 2QNPA 4S1GA 5P73A 5P81A 5P89A 5P77A 5P7QA 4GMIA 4HVPA 2ER7E 4CKUA 4YDGA 2BKSA 2I1AA 5P4RA 4H3FA 4OBJA 5P5HA 3R2FA 2WF4A 3UPJA 4EWOA 5P5XA 2V0ZC 4HDFA 5C9BA 4LXKA 5P2MA 1T3RA 1QDMA 5P00A 4YOBA 5I3WA 4Y39A 3DJKA 2R8NA 3HDKA 3QRSA 4CPXA 5OZRA 5OZSA 5P6FA 4Y3QA 1EBWA 1M4HA 3PI0A 4OBDA 2OHQA 4NPTA 5P0LA 2G1SA 1HVJA 4Y51A 1EC2A 5P4OA 5OZTA 1HPXA 3S8IA 4I8WA 1TSUA 3EKQA 4Y53A 4K4PA 1LZQA 3PWWA 3PGIA 1U8GA 4MC2A 2VKMA 3MWSA 5P09A 3I7EA 3DM6A 2RSPA 4L1AB 1EAGA 2G24A 1LYWB 2ZJLA 1HSHA 1B6JA 1IIQA 2AQUA 4Y38A 5P30A 5OZJA 1FQ7A 5P19A 5P2JA 5C9DA 5P18A 2FMBA 4Y4UA 3S7LA 3VG1A 1Q9PA 5P8BA 4ER1E 2HB2A 1KJ7A 2VNMA 4Y43A 5DQ5A 3EL0A 5HD0A 3QAAA 2FDPA 3NWXA 3MSJA 3OU1B 1HOSA 4DQGA 1QBRA 5OZEA 1DAZC 3S43A 2QI6A 1NSOA 4J55A 2WJOA 5P2AA 3K5GA 3IGBA 5ENKA 3SPKA 2ZYEA 5DR3A 5P0IA 5P3HA 1MEUA 1PSOE 4Q1XA 4GZFA 5OZPA 1HTEA 2BB9A 5P3IA 3NXEA 4Z22A 5P2DA 4APEA 2Q63A 3LZSA 5P2OA 5P6UA 2QMPA 3URLA 5P86A 4B1CA 3VSXA 3VLAA 1HXBA 4YCYA 2G69A 3VF3A 3GW5A 4Y3WA 5P34A 5P4BA 2R9BA 3UDPA 4RLDA 5OYWA 3TTPA 1YM2A 4KE0A 4QGIA 5P8TA 3HVGA 5P1WA 5P6RA 3GI0A 4I12A 4QLHA 4I11A 3OU3A 2G1NA 5P7DA 4ZE6A 3SO9A 5P4UA 4BFBA 5EZZA 4CMSA 2ZHVA 4QJ7A 4Q5MA 3Q70A 4QJAA 5P0AA 5P32A 3OHFA 4A6CA 5KR1A 4EJ8A 1FLHA 3R4BA 3ZKQA 1XN2A 4ZSMA 5P7GA 5P42A 1ENTE 4Y3LA 3ZPUA 2H6SA 2ZDZA 2PSVA 3PCWA 3SA9A 3UQUA 5P8JA 4FRIA 5P7VA 4EYRA 4EJDA 3I25A 3NU9A 5UPJA 2ZJHA 2O4KA 2QZLA 4PHVA 4OC6B 2QHCA 2PK5A 4B0QA 4AMTA 4L6BA 3K4VC 1MSMA 2AOEA 3EBZA 5P46A 6FIVA 1BVGA 2AVOA 2QI1A 3EKYA 4Y5BA 5PEPA 3SM1A 3OY4A 1ZPAA 5P70A 2VJ7A 4Y3ZA 2BPYA 4H3GA 3VV6A 2IS0A 3N3IA 4DPIA 5P2RA 5P5KA 3BVAA 4ZPEA 5P51A 2CEJA 4GJCA 5P3GA 5P4MA 3R0YA 2IRZA 2VIZA 1ZPKA 2R43A 5P0KA 4AA8A 5P35A 5P69A 1NH0A 5F01A 3BGBA 5P80A 1PROA 5AH6A 5P24A 5P2VA 5P4VA 3L58A 4Y5CA 5P6SA 5OZ0A 5HE7A 2H6TA 4GJBA 5P1OA 5P25A 4YCKA 5JG1A 5B18A 5KR2A 1HIIA 3WZ7A 4M8XA 3QN8A 1CPIA 3EL9A 4WY1A 5P2GA 5I3XA 4NJVA 3PSGA 1FQXA 2QD8A 1LYBB 2PK6A 1EPPE 4Y5LA 5P5JA 1ODWA 5P5GA 1MUIA 5P4FA 1MRXA 5P84A 5OZ6A 2IGYA 2XFKA 3UF3A 5P2HA 1HPSA 2PH8A 5OYVA 3L38A 1BXOA 1F7AA 5P41A 3HZCA 1YTJA 3O9BA 2AZ8A 5P3KA 2F3KA 5P2EA 2I4VA 3LIQA 4IVSA 4Y4EA 3FIVA 3OUBA 5P6MA 3S56A 4Y36A 4YBIA 4K8SA 5P3ZA 2G20A 3DK1A 3KT5A 3OGQA 5P6IA 3APRE 4ACXA 5P5QA 4RCDA 4Y58A 5BRYA 4L7JA 4KB9A 3BUFA 2ZJJA 2V00A 5P5WA 4EXHA 5P7OA 1IZIA 3UDMA 4GJDA 1HSIA 5P4KA 5P7SA 5J25A 4YD6A 1HHPA 5P1YA 3FKTA 1W5WA 4KUPA 4RYCA 4ER2E 1WBKA 5P1UA 4LXMA 1W5VA 4JPEA 3WZ6A 3WB4A 3DUYA 5DR7A 5KOQA 3CKTA 2V12C 1AM5A 3KDBA 4ZSPA 1QBTA 5P4XA 5P45A 5OZOA 3KDCA 5HDZA 5P64A 1SP5A 5E5JA 3TPLA 3RTHA 4EJKA 4FM8A 8HVPA 4Y3JA 4Y4TA 5EZXA 2Q3KA 3LIXA 3WB5A 4D83A 5P8IA 5P0FA 1PPKE 3CKPA 1QBSA 4RYGA 3D3TA 4EHCA 3KM4A 2VA5A 2FIVA 1W6IA 3TLHA 5P40A 4FAFA 1OEWA 2P3AA 5P3DA 3T7QA 2O4NA 3O9DA 1D4LA 3QBFA 4GJAA 3D1ZA 1RL8A 2QHZA 3LZUA 1HVCA 3IA9A 3D20A 1AJVA 4J0YA 3LPIA 5P1LA 1Z8CA 2BPWA 3KFPA 1E80E 3BXRA 5JODA 4EJLA 3L5DA 1EEDP 2PMAA 3HAWA 2HAHA 3I2LA 3SA6A 4FM6A 1CMSA 4I0ZA 4Y57A 1HVIA 5P04A 5P3UA 3L59A 5P1QA 5P60A 5P6VA 2ZHUA 3T7XA 5OZYA 5P3TA 2PH6A 4Y3AA 5P8PA 3GI5A 5ISKA 2FNTA 5P1PA 5P2WA 1PFZA 3ECGA 5I70A 4ZSQA 4AA9A 1B6KA 2G1OA 3S45A 2NXDA 3VFBA 2ER0E 1GVVA 1RV7A 5OZ8A 1BBSA 4NJUA 2WHHA 5P05A 4F75A 1VIJA 4Y3NA 3SA7A 5P2TA 5DR0A 5P4SA 5HDXA 1GVWA 3EM3A 5P1HA 1KJ4A 3NU4A 5AHBA 3OQFA 5P6JA 2AZ9A 3GI4A 1EPLE 5P1EA 3UTLA 2Q11A 2WF1A 5P6TA 4Y5MA 2O4PA 5P3RA 1BILA 1EPOE 2I4XA 2WKZA 2G27A 2QP8A 3NU6A 5P3WA 2ZJIA 3GGXA 5P0UA 3WSJA 2VIEA 4HDPA 4J54A 5OYSA 5P7AA 3ZKXA 2ZJMA 1HSGA 3QVCA 3OHHA 4GYEA 5AH7A 3QS1A 4YD3A 1MERA 2PYMA 1ZAPA 5P29A 3PEPA 3PB5A 5P1RA 3D1XA 3ZPTA 1AXAA 3OUDB 5P8GA 1D4KA 2QNNA 2VS2A 1TCXA 2BKTA 2VA7A 1DIFA 5P3JA 5OYUA 5HCTA 4TRWA 3PCZA 4ZPGA 3O9LA 3VV7A 4YE3A 5P4ZA 3UDYA 5I3VA 5P7PA 1KJGA 4RRNA 6APRE 3QP0A 4EPJA 3ZL7A 2PQZA 3CYXA 4OC6A 4GJ6A 2ZHTA 4A6BA 5P0OA 3CICA 1HBVA 2Q15A 1ER8E 4WTUA 4Y3PA 1NPVA 4RROA 1W6HA 3VUCA 4Y4WA 2B42A 5P0WA 1IZDA 1ZSRA 1G2KA 5P8KA 3AUPA 5P3OA 2P3DA 1FKNA 1GNMA 1T6EX 4GIDA 4Y5NA 5P0MA 4JECA 2B7ZA 2FDEA 3BUGA 2HS2A 3FX5A 5P2LA 3OGPA 2VNNA 3I6OA 2XFIA 5P14A 3UDQA 5P2IA 1HIVA 7UPJA 5P82A 4OBFA 4J1IA 5E5KA 4YA8A 3G6ZA 5KQZA 1ME6A 4H3IA 5P6XA 3RSXA 4B72A 5OYQA 1W50A 5P7XA 3INHA 3Q3TA 4ZPFA 4QJ9A 1SIVA 3IXOA 4DQEA 5P6LA 3APPA 4MC1A 4I8ZA 2G94A 1GNNA 4PEPA 4N00A 3CIDA 1G35A 3VEUA 2QZKA 5P6AA 1LYBA 3F9QA 1DW6C 5FIVA 5P6PA 2ZJKA 1IBQA 4R92A 5P8MA 4Y4BA 3HW1A 3GGUA 5P06A 5P66A 2QU3A 1GVXA 5P7LA 5P5FA 3C9XA 1CZIE 2HB4A 4A4QA 2FNSA 2Z4OA 3LIYA 5DGUA 5P68A 2P83A 5DR8A 1Z1HA 1XDHA 2OHTA 4EP3A 3NDXA 3ZKSA 5KOSA 5P3SA 4YDFA 4BEKA 5P49A 4FM7A 4Z50A 2AVMA 3EL1A 4HDBA 1FB7A 5P0GA 5OZUA 3U71A 1F34A 5OZFA 1BV7A 3G72A 5P4QA 3SA8A 1IVQA 3VV8A 5P2CA 3LIVA 5OZWA 1T6GA 1SMRA 3MXDA 4FSLA 1MRWA 3TOFA 3A2OA 5P5SA 5P2QA 2QI4A 1G0VA 1KJFA 5P8QA 5HTZA 3S53A 4K9HA 5P8DA 3SKFA 1FEJC 5P2UA 3B7VA 5P4DA 3VFAA 5P5IA 1AVFA 4DQHA 4FSEA 2ER9E 5P5OA 4GJ9A 4Y5AA 5P1VA 5OZCA 3TKWA 3ER5E 4GJ8A 5P0PA 5P0BA 5P44A 4EQ0A 5P85A 5DQCA 5HE5A 3O99A 5P2BA 2AZCA 5P6QA 3LZVA 4I0FA 5P8SA 4B70A 4QJ6A 3GGVA 3OWNA 2VA6A 3EKVA 2CEMA 4ER4E 5P6CA 5P22A 2O4LA 4KE1A 3SM2A 2VJ9A 4AZYA 3QVIA 5P1TA 3QBHA 3BRAA 5P7CA 1EBZA 3KFRA 5P36A 4XX3A 5OZ4A 4APRE 2BPVA 5BS4A 3O9AA 4DQBA 3O9LB 5P2SA 2OF0A 3JVYA 1SDTA 1YTHA 5OZZA 1HVRA 5JFUA 2JE4A 1XN3A 5P0JA 2WEBA 3EKTA 2Q64A 4F76A 2RKGA 1AAQA 4I0JA 5OZ9A 5P7JA 1YTIA 1IDBA 5P20A 4DI2A 1BXQA 4PZWA 3Q6YA 5P8UA 5P3NA 4F73A 1MVPA 4LXAA 1ZJ7A 1FMXA 2FXDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R5P A;  4J0Z A;  3SQF A;  3EM4 A;  4J0T A;  4J1C A;  3FNU A;  5P37 A;  5P28 A;  3CMS A;  2I0A A;  2IEO A;  2P3B B;  3TOG A;  1B6L A;  4ACU A;  2REN A;  1OEX A;  2PYN A;  1K1T A;  2OHS A;  4TVG A;  2B8V A;  1K6T A;  4DJY A;  4FIV A;  3UHL A;  4YHQ A;  4Y50 A;  2FLE A;  2B7F A;  4DQC A;  5P7W A;  1APV E;  4FRK A;  1K6V A;  1XE6 A;  3VCM A;  1BDQ A;  5TOL A;  3UDK A;  3IXK A;  4DJR A;  3R1G B;  5P55 A;  2HIZ A;  5OZA A;  2ZJN A;  3IVH A;  3U7S A;  4B05 A;  5P7N A;  1QRP E;  3T3C A;  3BHE A;  2NTR A;  2QI3 A;  4OBZ A;  1EC0 A;  2WED A;  3UDN A;  3S43 B;  4COE A;  5OZK A;  5P5T A;  1B11 A;  1LF4 A;  5P3B A;  5P7T A;  1APU E;  3UQP A;  5P3E A;  2AOF A;  1K6C A;  5P6O A;  3SA3 A;  4FE6 A;  4R8Y A;  3M9F A;  3LHG A;  2I4Q A;  4Y9W A;  1TSQ A;  3FV3 A;  1B5F B;  4B00 A;  4Y5E A;  1APW E;  5IE1 A;  2QNQ A;  3T7P A;  1HXW A;  4PZX A;  2APR A;  4TRZ A;  4Q1W A;  3UFN A;  2PWR A;  4RVJ A;  2F81 A;  4JPC A;  1E81 E;  1HEF E;  5P08 A;  4MC6 A;  4DVF A;  1BDR A;  5P0V A;  5KR0 A;  1YTG A;  4J17 A;  3OU4 A;  4LAP A;  2OHP A;  5P5P A;  1EPQ E;  2R38 A;  5P8H A;  4ZLS A;  3KA2 A;  1ZSF A;  3DCK A;  4Y3E A;  4FRJ A;  4Y4A A;  2G21 A;  2G1R A;  3EKX A;  4J5J A;  5P6Y A;  2OHL A;  6UPJ A;  2VIJ A;  3VLB A;  4RCF A;  2P4J A;  1ZBG A;  3PRS A;  5P4Y A;  3URJ A;  4XX4 A;  3OQK A;  5P0R A;  5P4C A;  3NXN A;  2OHK A;  5P7Z A;  1TZS A;  5HVP A;  2IL2 A;  5BWY A;  5P5L A;  1C6X A;  2AOJ A;  4DJV A;  4L1A A;  2VIY A;  1DP5 A;  4CPR A;  1LYW A;  2MIP A;  4FGX A;  1MET A;  3UFL A;  2ZHS A;  5HU0 A;  5P6G A;  5P56 A;  1QBU A;  4J0V A;  1BVE A;  1LF3 A;  4RVX A;  5P75 A;  2NPH A;  4Z4X A;  3NDT A;  1HIH A;  2V11 C;  5P0H A;  5P72 A;  1WBM A;  2B60 A;  3BC4 A;  3EKP A;  3KDD A;  4HEG A;  3OU1 A;  3MXE A;  5OYT A;  4RVI A;  2V10 C;  5SY2 A;  3QRV A;  3MSL A;  2XYF A;  2IDW A;  2F3F A;  4GJ5 A;  2FXE A;  1MES A;  1FQ8 A;  5P7H A;  5P4A A;  5P0Z A;  2FS4 A;  1BDL A;  5P02 A;  3VYF A;  4FCO A;  1SGZ A;  2R3T A;  4JP9 A;  3PWM A;  5P0Q A;  5P5A A;  5P2K A;  1GKT A;  2V13 A;  1B6M A;  2NXM A;  3PBD A;  5P8L A;  5P2N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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