1BV7A

Counteracting hiv-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with xv638 and sd146, cyclic urea amides with broad specificities
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPFNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Counteracting HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with XV638 and SD146, cyclic urea amides with broad specificities.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 PROTEASE)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bv7A00
1AZ5A 1YG9A 2IQGA 5EZZA 1Q9PA 3KDDA 4LXAA 5OYRA 4J0TA 4HEGA 5DR8A 4QJ9A 5P2AA 4I8WA 2G24A 3QIHA 2QP8A 5P39A 3UHLA 4B1EA 2NXDA 5P05A 5HE5A 5P6MA 4GIDA 5P06A 5P7OA 3PMYA 6UPJA 3SACA 1QDMA 4CPRA 4Y4BA 4YCTA 5P3SA 5P3YA 1EPOE 5J25A 4DFGA 4DQEA 4ZSMA 5P5PA 4XXSA 5P1XA 5T4SA 5DQ2A 5P58A 2HS1A 1FGCC 1HEFE 1FFIC 5P8HA 1HTFA 3HVGA 5P41A 4YCYA 5P5MA 1YM4A 5P1IA 1UH9A 2P83A 3SM1A 3URIA 5P5ZA 3WZ6A 3QRVA 5P5TA 2P4JA 3UDPA 2FLEA 1LYAB 1HPSA 2QZWA 4YD5A 4YOBA 3NXEA 1HIIA 5OYZA 2V10C 2VJ9A 4RVIA 3O9LA 3SQFA 1YTGA 1LYBB 1PPME 3OXCA 4F75A 5OZVA 3K5DA 4Y4GA 4JECA 3LZSA 5P3NA 2B60A 3QP0A 4OBKA 5P1GA 2FDEA 4FLGA 2HM1A 5P2YA 1GKTA 3KFPA 4NJUA 2AOHA 3H0BA 1GVWA 2QMPA 5OZQA 2VJ6A 3SLZA 3N4LA 4Y54A 1HPVA 4L1AB 2BKSA 3EM3A 3D3TA 1LF3A 4Q1WA 3SM2A 2PQZA 3OXXA 1PSAA 3IN3A 3WZ8A 1IDBA 3UFLA 5CONA 2BQVA 1B6JA 1YTHA 4CP7A 5P3FA 4Y43A 1F34A 4J55A 4NJSA 3ZPUA 4FCOA 2BPVA 5P56A 1SGZA 3U7SA 2HS2A 3KT2A 5P4EA 4YA8A 3OQAA 3OUCA 2UXZA 4ZPFA 1FG8C 3K5CA 3D1ZA 3VYEA 7HVPA 4RRSA 1KJ4A 5P7NA 4L7JA 5P2HA 1T6GA 3QRSA 5P0HA 5P2XA 4Y4UA 3L5FA 4OC6B 5P2GA 4EHCA 2SAMA 2ZJJA 5P0AA 1SIPA 4XX3A 5P5CA 4RLDA 2AZ8A 2AODA 4FE6A 4U7VA 5P1EA 3LIXA 1DIFA 4J1HA 5P7KA 5P7EA 3O9EA 3BHEA 1GVVA 3WB5A 3Q5HA 3NUOA 1HVSA 4J0YA 1TSUA 4B1DA 1HVKA 2ZJLA 1LYWA 2R3WA 3KFNA 5OZYA 3ZKGA 5P75A 5P3VA 5P53A 3EKTA 3S56A 1UH7A 5P76A 5SZ9A 4X2LA 5OZWA 4DQCA 3SA3A 5P0OA 3L58A 4Y3HA 3OUBA 5HD0A 2I0DA 4YE3A 4Y4EA 3PI0A 5P6YA 1BVGA 2PYMA 4M8YA 4Y45A 4Z22A 3AUPA 2NPHA 4HDPA 5KQZA 3DK1A 1FEJC 5P1QA 5IS4A 1HVJA 3ECGA 1FQ7A 5P30A 3WB4A 4DJVA 5HCTA 2ZHUA 4EXGA 1KJGA 2V00A 1MIQA 2QMFA 3FV3A 5P3QA 2V16C 1OHRA 3CKPA 4DJOA 4E43A 5P50A 1AJVA 5P23A 1F7AA 3APPA 1FIVA 5P3PA 4Y51A 4K8SA 2H6SA 5P4PA 5C9BA 5P36A 3IXJA 2VS2A 1SP5A 1VIKA 1XL5A 3FKTA 3UQRA 5OZIA 1IZDA 5P0FA 5P1RA 4ER1E 1B11A 1SMRA 4Y3MA 5P1UA 3CIDA 1MTRA 1BXOA 5P4IA 2CEMA 4DJPA 1ODWA 3HAWA 4Y4XA 5OZMA 5P1BA 4RYCA 2JE4A 3VSWA 5B18A 2RSPA 2AVSA 4I0IA 4XX4A 3LNKA 1LF2A 4RCFA 1K6PA 3T7XA 5P37A 5P81A 3JVWA 3C9XA 1LEEA 1HRNA 4Z50A 4Y3NA 5P8MA 5P4QA 5P1HA 3RU1A 3GI4A 1HWRA 4DI2A 4ZIPA 3OU3A 5P2LA 1HOSA 5HU1A 1D4IA 4Y58A 3PM4A 4I1CA 5P1YA 5P7WA 2B7ZA 3BC4A 3S8IA 4D83A 1NPVA 5BRYA 1BDRA 3RTHA 3K4VA 5OZGA 5P3WA 5OZ7A 3OY4A 3R0WA 4I0DA 1FG6C 5P0WA 3VLAA 3UQUA 1C70A 3O9FA 2IS0A 5OZ8A 3FX5A 5P5WA 5P2TA 2IL2A 4L7HA 4I8ZA 4YHQA 4Z2ZA 2ZDZA 5OZXA 5OZBA 4N00A 3VSXA 3ZKSA 2QI3A 5P27A 3ZL7A 2QZXA 3OK9A 5OYUA 4EP3A 5DQ4A 5P09A 5P4LA 3EL0A 4PYVA 5P70A 1FQ5A 5P8SA 5JODA 4TVGA 5P4FA 3VF7A 4WY6A 3O9CA 3ZKMA 4H3JA 4GB2A 4Y3RA 4BFBA 2QI6A 1EBWA 3JVYA 5P5YA 3D1YA 4Y36A 5IVQA 2HIZA 1ZJ7A 1ZSRA 1JLDA 1HBVA 5P12A 5OZRA 2MIPA 4ZPGA 2JJJA 5OZHA 3BVBA 4GJBA 3O9IA 4OBJA 2ZHRA 4J54A 2OHUA 2XYFA 2JXRA 5P7LA 5DQCA 5P6DA 5P24A 3FNUA 4R5NA 3OHFA 3ST5A 5P1MA 1HPOA 4EJ8A 5P0MA 5DPZA 4DJYA 4Q1NA 2G20A 1EC3A 3ZPTA 5P8IA 4CPSA 1B6MA 1IIQA 5P8TA 5P54A 3F9QA 4CPUA 2J9JB 5P2NA 5P7MA 5P4RA 1IZHA 2QI4A 4IVSA 5P10A 1E80E 2P8HA 4I10A 1T7KA 3VUCA 1LZQA 2RMPA 5P5BA 4OBZB 5KOSA 5P4DA 4FAEA 3TKWA 4ACUA 3WZ7A 5P1NA 3ZOVA 5P74A 4I11A 3UQXA 1MRWA 2I4QA 2QCIA 4KUPA 4Y5PA 2F3EA 3UDNA 3UDQA 5OYWA 2Q64A 5OZ1A 4GYEA 5P6QA 1ZP8A 2VIEA 2V13A 1LV1A 3ZPSA 2WF3A 3UDYA 3UQPA 3NYGA 5OYTA 3L5CA 5HU0A 4Q1XA 4QLHA 1PPLE 2O40A 3PBDA 5P7IA 5P3OA 3IN4A 5OYYA 5SY2A 3D91A 3KF0A 3DOXA 5P48A 3OADB 5PEPA 3TH9A 2RKFA 2G1YA 5P7ZA 5ER1E 4EQJA 5P8KA 3OGPA 3PHVA 5P01A 4GZFA 1SBGA 2QI7A 5OZ2A 3TPJA 3NU4A 1T7JA 2BJUA 4RCDA 2J9KA 5P42A 1G2KA 4U7QA 2WEDA 3SFCA 5IVSA 2NXMA 1AIDA 5OZZA 1ODXA 2AOGA 5P32A 5P1VA 5P79A 4A4QA 3K5GA 2WF4A 3UFNA 4LXMA 1SDTA 2QZLA 1C6XA 1QBUA 1UH8A 2ANLA 4H3IA 3ZMGA 5P4CA 1SH9A 3BUGA 4QJ2A 1EC0A 4DJQA 5ISKA 3N3IA 5HTZA 5KQYA 4LC7A 5P73A 4EJDA 5P68A 4YBIA 5P5XA 4QJAA 2G1SA 1QBTA 4DJWA 2FNTA 2A1EA 5BWYA 5P6NA 3K1WA 3T3CA 5P28A 1B6KA 3ER3E 3EKYA 1A94A 4Y6MA 4YD6A 4LAPA 1EPRE 5P7JA 2HC0A 5P13A 1B6LA 4RVXA 1HSHA 4F73A 5OYXA 3ZKQA 4KE1A 3BGCA 1HIHA 3GW5A 3HAUA 4AA8A 5P7VA 2FNSA 5P3GA 1C6YA 1PFZA 1D4KA 4GJ5A 2NMYA 3O9LB 3NDXA 2WEZA 2RKGA 3LIZA 4Y3SA 3EMYA 4YD4A 3OXWA 4GJ6A 3B7VA 1FMUA 4FM6A 5KAOA 5P0RA 4B77A 4J1KA 2HPEA 4J1EA 5P3ZA 5AH9A 3IVHA 4Y3XA 6FIVA 1MEUA 5P5UA 5P4JA 5IVTA 1W5WA 3PCZA 4Y4ZA 1PSOE 1XDHA 5P5LA 1TCWA 2PYNA 4HA5A 2F80A 1U8GA 3Q4BA 2PWRA 3EC0A 5P7XA 3NDWA 4HVPA 5P7AA 4OD9A 3GI0A 4J0PA 4Y3TA 5HDUA 3Q70A 1AAQA 5COKA 5P7YA 2ZYEA 5P2UA 3CICA 5P45A 2PSVA 1MSMA 5P4UA 1PSNA 5P85A 3PSGA 2R43A 2Q5KA 2AZBA 2QI5A 5P4HA 3SA9A 3TNEA 4EYRA 5P63A 1APTE 5P1JA 2OHLA 1B5FA 2XFIA 1RNEA 5P3HA 2NR6A 3OQDA 2ASIA 2OHTA 4EJLA 1DAZC 3MSLA 5P7SA 1MRXA 5P83A 2QK5A 5P0XA 4BELA 3EBZA 3OU4A 1M0BA 4DPFA 2OHQA 3BGBA 5DGWA 5P5EA 3LHGA 4ACXA 3BUHA 5P6UA 1OD1A 8HVPA 2AVVA 2PK6A 3T7QA 3EL4A 5P8RA 5C9FA 4EXHA 2R8NA 1CZIE 2ER7E 3OAGA 3UPJA 5ENKA 5P2FA 3PGIA 4DJXA 2ZHVA 5HE4A 5P5AA 2ZHTA 2QHZA 4A6BA 1E81E 4DUSA 2PSUA 4TRZA 3NWXA 4APRE 1CMSA 5P8UA 2QMDA 1M43A 2NNPA 3GI5A 2V11C 5P5RA 3U71A 4B0QA 5P8GA 3QPJA 3I8WA 5P6SA 1MT9A 4Q1YA 5P8NA 1A8GA 1A9MA 2OHNA 3SA6A 1DW6C 4AZYA 2I4DA 2VA7A 4QJ6A 1SMEA 5P8VA 4WY1A 5P51A 4CKUA 4Y5MA 3DM6A 5P0EA 2F8GA 2FIVA 1VIJA 4Y3DA 2AOIA 1META 3S45A 5OZFA 5P8AA 1AJXA 3UDHA 5ISJA 3NDUA 2BPYA 2AZ9A 2I1AA 2F3FA 1MT8A 2ZGAA 1N49A 4MC6A 1MPPA 3VG1A 4Y5LA 1YM2A 2RENA 3PSYA 2ZJNA 5KR8A 4I0FA 2WEBA 2VA6A 3UF3A 3INDA 3KFSA 4FM8A 5P82A 5I3XA 3QI1A 5P6AA 3K5FA 4Y4DA 5P2SA 4CPXA 1EPQE 4D8CA 1ZTZA 3M9FA 3PEPA 5P14A 2FMBA 4K4QA 3SO9A 5P19A 4ZEAA 5P1FA 1SGUA 5P8EA 2WF1A 4Y35A 1MERA 3VYFA 1ZPKA 2VKMA 4EQ0A 5P00A 5HDVA 4OBFA 5P40A 5P5FA 4MC2A 5HDXA 4EWOA 1RV7A 3DV5A 5DR0A 5P49A 1BV9A 1HVCA 4I0EA 5AH6A 1HVIA 4R8YA 5P35A 3OQKA 5P6XA 1AVFA 3T7PA 4RVJA 3L38A 1ODYA 3ZKIA 4J1IA 5P1OA 5OZJA 5P11A 3G72A 5F01A 4S1GA 5P16A 3VV8A 2XFKA 3EL5A 4NPUA 3LPIA 4D88A 3LIQA 3OUDA 1QS8A 5COPA 4RRNA 5P55A 1HXWA 1J71A 1FKNA 4RGHA 5P8LA 1K2CA 3CYXA 2O4NA 1PPKE 5P38A 4B00A 4OC6A 1GNNA 5P8QA 3PB5A 4F74A 5P5IA 3CKTA 5P3LA 5P26A 4FL8A 1KJFA 5P2EA 1BV7A 3BXRA 4B70A 5P3XA 1BDQA 5P4AA 5P7TA 2R5QA 3OOTA 5P3DA 2IGYA 4Y3GA 1SIVA 3KDBA 4Y47A 2QD7A 5ER2E 5P8BA 5P02A 5P0GA 1XE6A 4K9HA 5P8DA 3OHHA 2BPWA 5CLMA 5OZ9A 4HE9A 5P2QA 5JFPA 3LIVA 1E5OE 3UDKA 5P7HA 5P80A 2OHPA 1FMBA 4J0ZA 3S2OA 5P1AA 3OTYA 1YTIA 3GGUA 3BUFA 3K4VC 2QZKA 3APRE 3R0YA 3TOGA 4KE0A 1MTBA 4Y5BA 2OAHA 3BXSA 1ZBGA 5AHAA 4PZWA 5DQ5A 4Y4AA 4Q5MA 3LZVA 5P2DA 2IDWA 1ME6A 5AH7A 4FSLA 5P7FA 5AGZA 3LPKA 2B8LA 3OQ7A 5P0VA 4D85A 1APWE 2QD8A 2F3KA 1B6PA 3OWNA 3PWRA 3OXVA 1MESA 2ZJHA 5P6JA 3HZCA 4Y4TA 2UPJA 4YCKA 2ZHSA 3DJKA 4H3GA 3MXDA 1D4SA 5P6FA 2P3BA 3AIDA 5OZ3A 4B05A 1FQXA 5P4GA 5P78A 3G6ZA 5P4OA 1HTEA 3ER5E 3S85A 4PPHA 3TLHA 1ZSFA 3INEA 3S7LA 3OTSA 3HW1A 4J5JA 3NUJA 3PLDA 2NMZA 4J1FA 4FIVA 2I4VA 4Y5AA 2HPFA 4FRIA 4K4RA 1A30A 1NSOA 5DQ1A 2PC0A 1FLHA 3BVAA 3ZKNA 3L59A 3QBFA 5P0QA 2B7FA 3IXKA 3TL9A 4AUCA 5P7QA 2R3TA 3SKGA 5SXNA 5P0DA 5P86A 2ER6E 1IVQA 3D1XA 3S43A 3SA4A 1W5XA 5P84A 1W51A 3UCBA 5P6OA 4ZSPA 5P6GA 3UTLA 1HVLA 3LZUA 2I4WA 2VIZA 3KA2A 3L3AA 5P60A 2A4FA 3NDTA 2V12C 5P3IA 5P2IA 4I0GA 2V0ZC 2G1NA 1XN3A 3NU5A 3KT5A 5P71A 3TPLA 4RYGA 4X7IA 3VV7A 2R9BA 4AMTA 4YDGA 4ZLSA 4B1CA 3OUAA 4NPTA 2VA5A 4Y56A 4PZXA 1XL2A 2O4LA 4Y5CA 4FS4A 3HVPA 1ZAPA 1E82E 5P59A 3EM4A 4NJTA 5P6LA 2IRZA 5P72A 3WSJA 5OZKA 4UPJA 4APEA 1EPPE 1RPIA 5OZEA 5P25A 5AHCA 2FS4A 5BS4A 2QI1A 4HZTA 4LHHA 5P6KA 2XFJA 2OHRA 4DVFA 3RVIA 3NXNA 5P65A 4Y4WA 3IAWA 5KR1A 3ZLQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1AZ5 A;  1YG9 A;  2IQG A;  5EZZ A;  1Q9P A;  3KDD A;  4LXA A;  5OYR A;  4J0T A;  4HEG A;  5DR8 A;  4QJ9 A;  5P2A A;  4I8W A;  2G24 A;  3QIH A;  2QP8 A;  5P39 A;  3UHL A;  4B1E A;  2NXD A;  5P05 A;  5HE5 A;  5P6M A;  4GID A;  5P06 A;  5P7O A;  3PMY A;  6UPJ A;  3SAC A;  1QDM A;  4CPR A;  4Y4B A;  4YCT A;  5P3S A;  5P3Y A;  1EPO E;  5J25 A;  4DFG A;  4DQE A;  4ZSM A;  5P5P A;  4XXS A;  5P1X A;  5T4S A;  5DQ2 A;  5P58 A;  2HS1 A;  1FGC C;  1HEF E;  1FFI C;  5P8H A;  1HTF A;  3HVG A;  5P41 A;  4YCY A;  5P5M A;  1YM4 A;  5P1I A;  1UH9 A;  2P83 A;  3SM1 A;  3URI A;  5P5Z A;  3WZ6 A;  3QRV A;  5P5T A;  2P4J A;  3UDP A;  2FLE A;  1LYA B;  1HPS A;  2QZW A;  4YD5 A;  4YOB A;  3NXE A;  1HII A;  5OYZ A;  2V10 C;  2VJ9 A;  4RVI A;  3O9L A;  3SQF A;  1YTG A;  1LYB B;  1PPM E;  3OXC A;  4F75 A;  5OZV A;  3K5D A;  4Y4G A;  4JEC A;  3LZS A;  5P3N A;  2B60 A;  3QP0 A;  4OBK A;  5P1G A;  2FDE A;  4FLG A;  2HM1 A;  5P2Y A;  1GKT A;  3KFP A;  4NJU A;  2AOH A;  3H0B A;  1GVW A;  2QMP A;  5OZQ A;  2VJ6 A;  3SLZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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