1BVEA

Hiv-1 protease-dmp323 complex in solution, nmr, 28 structures
Total Genus 8
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
8
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional solution structure of the HIV-1 protease complexed with DMP323, a novel cyclic urea-type inhibitor, determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 8
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bveA00
2G1NA 5P3WA 4Z4XA 3KA2A 1LF2A 4RVIA 2AVSA 4OC6A 3EL4A 5AH9A 4Y53A 5P5EA 4DJRA 3IXKA 2QI1A 3URJA 4Y3SA 5P12A 2PWCA 2OHTA 3OQDA 2NXLA 1TSQA 3O9CA 2FS4A 5P7YA 3K5CA 5FIVA 2IGXA 4QJ6A 5HDVA 2VA7A 2VIJA 5P1QA 5OZ8A 5P18A 4B05A 1HRNA 2WL0A 1PPKE 5P50A 2WF3A 5CONA 3BVBA 1ZLFA 3TPPA 4Y4GA 5P07A 4Y45A 5P2WA 5IS4A 5P0JA 3L3AA 5P89A 1ER8E 3DM6A 3NUJA 3NU5A 1XS7D 3S7LA 4GZFA 3NUOA 4MC1A 1BAIA 3QS1A 2OHMA 2QP8A 1W6IA 4J17A 5P2XA 3S53A 3KDDA 3I6OA 5P8QA 3HDKA 3HZCA 3KFSA 3OQ7A 2QI3A 5P7NA 5OYXA 2VA5A 5P0EA 4CPQA 5P8FA 3R2FA 5OYRA 3RSXA 3OXCA 2FNTA 2R3WA 5P39A 3S85A 5P46A 1IVQA 5P1KA 3SABA 5P28A 4YDGA 1SGUA 4YD3A 4KE1A 2I4WA 1MTRA 4FM7A 5P3RA 1HPOA 4ZSPA 3LITA 3SPKA 3KFPA 3VLAA 2HAHA 4ZIPA 2P83A 4Y3QA 4YCTA 1HVSA 2P3BB 2QI0A 5P61A 1E5OE 2IS0A 4HDBA 3S54A 3TH9A 5F00A 3QRMA 3FSMA 5AH6A 3UDQA 4Y57A 4GJDA 5KQXA 4LP9A 5P6XA 1Z1RA 4ZSMA 5IVRA 3VG1A 3PVKA 4FM6A 1M43A 3EKTA 3VFBA 3IVHA 5HCTA 2QU2A 3OADA 1APVE 5P7WA 5P4HA 4H1EA 3GGXA 4CPUA 5P6RA 5COKA 5P08A 4Y3YA 5P1EA 5P1OA 3NWQA 4GMIA 4DVFA 3WZ6A 3L59A 1BDLA 5P45A 4J1CA 1FG6C 5P4PA 1FQ7A 4EYRA 5P13A 1WKRA 1W50A 5P8CA 3LHGA 2ZHVA 4NPUA 4OD9A 5OZ6A 1BXOA 1E80E 4I11A 5OZ0A 3MSLA 4HVPA 3GGAA 5P7DA 3L5CA 3T7XA 4DJXA 5OZ4A 4DH6A 4QJ7A 3TL9A 4Y38A 3PSGA 3WZ8A 5OZUA 5P1UA 5P2VA 3UCBA 4DPIA 2UY0A 1UH8A 3OU3A 1ZJ7A 4YOAA 1KJ4A 4F75A 1HVKA 2G22A 1AVFA 1A8KA 1K2BA 1ME6A 5P3MA 5P0LA 5P63A 5P3DA 4J54A 1KJHA 5P3HA 1ZPAA 3INEA 3CYXA 3PCWA 5OZSA 5P1DA 4ZPGA 1TW7A 1T7IA 2P4JA 1LYBA 3RTHA 4LHHA 5P3XA 1APTE 4J0VA 5F01A 5P4MA 5P5TA 2AOEA 1D4HA 5E5JA 3INFA 1META 5P5FA 1YM2A 2QMFA 1K6TA 4NJTA 2V10C 5P4IA 3LPJA 2O4KA 5P10A 5AHAA 1HVIA 3SA6A 4Y9WA 2PC0A 2F3KA 3JW2A 3L5BA 5P4YA 5ER2E 2V00A 5P6UA 2R5PA 3OUDB 3NU3A 3UDPA 3LZUA 4KE0A 3OWNA 3CKRA 5I3XA 3UDMA 4Y3MA 7HVPA 4Y50A 5P5DA 5OYTA 4DI2A 1ZBGA 3PB5A 1XN3A 5I3VA 5KR0A 4IVTA 5T4SA 2V11C 3EC0A 3NXEA 3NDWA 2BQVA 5P5VA 3SFCA 5C9BA 2WF4A 1ZP8A 5P7CA 4F73A 2IL2A 3VV8A 5P57A 5P3UA 5P2IA 5OYYA 4EP2A 4APRE 5SXNA 5P6AA 2JYSA 5P1JA 3PLDA 2FXEA 3PM4A 5P5RA 5P1FA 5P7KA 5DQ4A 3TOHA 1CMSA 4JPCA 2P3DA 3PBDA 4Y3GA 5P4OA 2R43A 4CPTA 4R91A 5P47A 3BXRA 2RKFA 4PYVA 1FIVA 3CMSA 3KDCA 2QZKA 3HVGA 3UDKA 3KYRA 3ER3E 2I4DA 1XL5A 5P69A 5P77A 1SBGA 4OBHA 3FKTA 4TVHA 1FLHA 3PGIA 5P1VA 2ZHSA 1XDHA 5P25A 5P7AA 4GB2A 1W5WA 2OHKA 3M9FA 4OBZA 5P35A 4EJ8A 5OZYA 3KT5A 2IGYA 3QN8A 1T7JA 2WF1A 5P09A 4ZPFA 1K6PA 1D4JA 5P5QA 4HA5A 4Y3LA 3BXSA 3S43B 3PMYA 2WF2A 1BBSA 5P00A 5P33A 5P06A 1HTEA 1Z8CA 3UDYA 4Y44A 5P2HA 5P4WA 5P0VA 4MC6A 2NXMA 2PSUA 5KQZA 5P7RA 3G72A 1LYWA 4B70A 1RL8A 5P05A 1LF3A 4K4RA 5P3KA 2BB9A 1B6LA 2H6SA 1CPIA 3PSUA 3PSYA 1RNEA 5P5HA 3OAGB 5OZXA 2AOFA 2QZXA 1LYAA 5P1SA 5P8DA 1HWRA 4Y5EA 3EL9A 3NLSA 3K1WA 1EPOE 3JVWA 4Y4BA 5P5UA 3O9EA 2VJ6A 4Y4XA 5P4SA 3HAUA 4KUPA 2J9JB 3GI5A 3TTPA 1HPXA 5P7GA 1EBKC 1APUE 1IBQA 5P3SA 5P3QA 1MSNA 2VIEA 1OHRA 3O9LA 2H6TA 2VJ9A 1IZIA 4NPTA 5P0WA 4EWOA 4Y3HA 4Y58A 4CKUA 4QJ9A 5OZMA 4PHVA 4M8XA 3QBFA 1GNNA 3K4VA 3RU1A 5P7XA 4FRJA 3CYWA 3VV7A 5HCOA 3O99A 5P5JA 2AOGA 3KFRA 5P7IA 1A9MA 4E43A 5P6YA 3U7SA 2QAKA 2ZJJA 4GJBA 5P2GA 4R95A 3ZMGA 3PLLA 5DR3A 4Q5MA 1HSGA 1AXAA 3OXVA 5P7QA 4DQCA 2R38A 1NPAA 2HC0A 5B18A 5KOSA 4DJWA 1VIJA 3EKWA 3SA5A 1AAQA 1HIHA 5P04A 5OZWA 2JJJA 4LC7A 5SZ9A 4HDPA 3IVIA 4ZSRA 1N49A 2VIYA 5P8JA 2ZGAA 3K5DA 2AOJA 3ZL7A 4I0EA 1TSUA 3VV6A 2OHQA 5P3FA 2IKUA 3GI6A 3EKXA 3FNSA 1W5VA 2APRA 2AZCA 5P74A 3WB5A 1K1UA 5P6BA 5P6NA 1BIMA 4Q1WA 3RVIA 3GGVA 3O9DA 5P40A 2G69A 1EPQE 3S2OA 3NR6A 2A1EA 4Q1XA 4EHCA 2NMZA 1YTJA 4RCFA 2QNQA 4J1KA 5P29A 1BV9A 5P0GA 4I8WA 1BWAA 2QD8A 4RCDA 2Q5KA 5P67A 5P01A 5P2DA 2G1RA 2I4XA 2WEDA 4APEA 2I4VA 4DJPA 5COPA 2ZJKA 2ANLA 1XN2A 1SIPA 2BPXA 5ISKA 3EL5A 5P8PA 2FGVA 2ZDZA 5P8IA 4L1AB 2PSGA 2QK5A 1MRWA 5P5LA 2AODA 5KOQA 1GVVA 4RLDA 5P8TA 4HE9A 5KAOA 1GVTA 3APPA 2R3TA 2HS2A 1HVRA 4Y3JA 5P75A 5P3YA 2Z54A 1NH0A 5P5XA 5OZGA 5P2QA 4B72A 3KDBA 4XX4A 3ZKXA 2I4QA 3VYEA 4J0YA 1KZKA 3R0YA 5P2FA 2AZ8A 3VYFA 5P3CA 4FS4A 5AH8A 5P2NA 5J25A 4RGHA 4I12A 3MXEA 1B5FA 3EKVA 5P7VA 3NDUA 1DPJA 5ENMA 5OZ7A 4FCOA 2QI5A 5P82A 5P5NA 5P68A 1BV7A 4I0HA 5P1YA 3BUHA 5TOLA 4COEA 3FX5A 2FDEA 1ZPKA 5HU1A 5P1PA 5P8RA 5P7TA 5P36A 1KJFA 4JPEA 2BKTA 5OZLA 3KMYA 4B1DA 5P17A 2IRZA 5HDUA 2WHHA 1F34A 5P0YA 2NPHA 3ZKGA 5P4XA 1B11A 3ER5E 5OZTA 3LNKA 4X2LA 1M0BA 2XYEA 4A6BA 5P22A 9HVPA 2PK5A 5P0AA 4ZLSA 3ST5A 1EC2A 2ZHUA 3IXOA 3A2OA 3GI4A 5KR1A 2R8NA 2NR6A 5P2TA 4UPJA 6APRE 2AVOA 1C70A 4HZTA 1MRXA 5OZCA 1HTGA 5HE5A 2PMAA 1W51A 2G27A 5P51A 3OU1B 5P11A 3S7MA 3INDA 3EL0A 5HDZA 4Y3NA 3EKQA 4AA8A 3FNTA 4AA9A 5SY2A 1HEFE 4Y5AA 3K5FA 4JP9A 2BBBA 1D4LA 4J5JA 5KQYA 5P1TA 4Y3EA 5P2JA 1EPME 3OHHA 4OC6B 2AOCA 3UDRA 4QJ2A 4DUSA 4WY1A 4ER4E 3G6ZA 1HVCA 3GGUA 1TQFA 5DQCA 5OYWA 3TOGA 2RSPA 4I1CA 4LXMA 4Y3ZA 3T3CA 2QD7A 2PWRA 3TLHA 5P4BA 5P4CA 3SA4A 4R5NA 1EBYA 5P85A 1RQ9A 5P0MA 4FL8A 3PEPA 5P0RA 1C6YA 4RROA 5P80A 1EC1A 5P0UA 1LEEA 2J9KA 5OZ3A 5P3VA 1EEDP 3FNUA 4Y41A 5P4DA 4MC9A 4CPWA 5DPZA 2NTRA 3O9FA 5P3GA 5P72A 1MT9A 3IA9A 3Q70A 5HU0A 4OBFA 5P0OA 4DJOA 3RSVA 5P7FA 4FRKA 4H3JA 4QJ8A 3OHFA 3SQFA 3KT2A 4K4PA 1FMXA 2XFJA 3CICA 5P4NA 3I8WA 5PEPA 4A4QA 4AMTA 3OUDA 1K6CA 4F74A 3OGQA 4FIVA 2EWYA 4J1IA 1LV1A 4L7GA 5P1RA 4J0TA 4CMSA 5I3WA 5E5KA 4Y3TA 5P0TA 5P5PA 5KR2A 1HOSA 1HVJA 3MXDA 4LXAA 2JE4A 5C9FA 5P0FA 1LZQA 3OUAA 5P14A 1HVHA 4J1FA 5ER1E 3HAWA 3T7PA 2A4FA 2HB4A 3LIVA 4JECA 4Y4WA 3UDNA 3DOXA 1UH9A 5P8BA 3IN4A 4YA8A 1YTIA 5P32A 1PPME 4M8YA 2Q11A 4ACUA 4DV9A 5P5MA 2WF0A 3SKFA 8HVPA 1GVWA 4PZXA 5P7JA 1T6GA 3VSXA 3LIZA 3DCRA 4J55A 1CZIE 2MIPA 3VF7A 5P1ZA 1W5XA 3INHA 4RVJA 5DQ1A 5P4AA 3OADB 2IDWA 3IXJA 4D89A 2FIVA 2AVQA 3UQUA 1RPIA 3PWWA 2OHSA 4Q1YA 1QS8A 1E81E 2Z4OA 1JLDA 4ZPEA 1HTFA 3LINA 4Y5PA 1G6LA 4I8ZA 5P6ZA 3SM2A 3BC4A 5P6MA 1MVPA 3R0WA 4R8YA 4Y43A 3UDHA 3R4BA 2QHCA 3BUFA 4YCKA 5P5BA 1SDVA 4OD9B 5P38A 5P0XA 1HPSA 4XXSA 1BDQA 4Y56A 4A6CA 5P76A 1SDTA 1YTGA 5P8VA 2VNNA 4Y5MA 2OAHA 4Z2ZA 4NJVA 3UQRA 1B6MA 4Y4AA 5P3BA 1NSOA 3DCKA 1GVXA 2BPYA 2FNSA 5P2SA 2BPVA 1GKTA 1A8GA 5P0PA 5P4RA 5P0SA 5P2EA 3LIQA 2F80A 4OBJA 1IIQA 1HSHA 1YTHA 2HIZA 4ZEAA 5P2UA 5P52A 1LYBB 4D8CA 3OK9A 5JFUA 4OBKA 4OBGA 3DJKA 1W6HA 2BPWA 5P5AA 3OXXA 5P8HA 1MT8A 4I0DA 4AUCA 2V12C 2I0DA 4NJUA 2AIDA 5P1BA 5P41A 5P84A 5CLMA 4GYEA 2IQGA 5P6SA 3PCZA 1BXQA 2QHZA 4QLHA 5P3PA 1APWE 4Y3AA 1ZTZA 2JJIA 3UQPA 3OY4A 2O40A 4EQJA 3VFAA 5AGZA 2ER7E 4DQBA 5P70A 2O4SA 5P8NA 2QMDA 3URLA 2QNPA 1BWBA 5OZNA 3UQXA 3ECGA 2QI7A 3OU4B 5P6WA 5P5OA 5ISJA 3PRSA 5P86A 2VKMA 3SKGA 1ODYA 3I2LA 5OZRA 5EZZA 4B78A 2BKSA 2QCIA 1SP5A 3LIXA 4WTUA 3PHVA 3DK1A 4Y48A 2OHPA 1FQ8A 2Q55A 2OHLA 3HW1A 3BVAA 3CIBA 3KM4A 3EMYA 3PBZA 2P3AA 1T7KA 3LZYA 4I10A 1Z1HA 5P6HA 2QZLA 4BELA 1DIFA 5OZPA 3DUYA 1T3RA 3QIHA 5P8GA 2QZWA 5P79A 4OBZB 3QROA 2NXDA 3RTMA 5P1XA 1SMRA 5OYQA 4DQHA 2O4LA 3O9BA 5P20A 1B6KA 2ZJLA 4GJ5A 2ZJMA 4YD4A 5P31A 5OZOA 2Q15A 1C6XA 2WEBA 2AZ9A 4YOBA 3TPJA 1PROA 1IZDA 1LYWB 3LZSA 5P0CA 4PEPA 4YD5A 5P6LA 5P5YA 3ZOVA 4QGIA 3Q4BA 4ER2E 5P0KA 1A94A 3APRE 1LYAB 1EC3A 3EL1A 4Y4ZA 1VIKA 3ZLQA 5P6FA 4CPSA 5P3EA 3SA3A 2P3CA 4Y3FA 2G1OA 5ENKA 5P3OA 5P43A 2AOHA 1G2KA 2HM1A 1QBRA 5DGUA 1YT9A 2WECA 5P8KA 5P4EA 2CENA 3EKYA 5I70A 3O9LB 1MPPA 4Y3PA 5P1GA 5P3LA 1EAGA 1BILA 4I0FA 5P1LA 3S56A 1MTBA 3GW5A 1ZSFA 4Y4TA 2WEZA 5OYSA 3SA8A 4Z22A 5OZKA 5P1MA 4RVXA 5OZEA 1ODWA 3KF0A 5P2ZA 5P6DA 4Y37A 5P30A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G1N A;  5P3W A;  4Z4X A;  3KA2 A;  1LF2 A;  4RVI A;  2AVS A;  4OC6 A;  3EL4 A;  5AH9 A;  4Y53 A;  5P5E A;  4DJR A;  3IXK A;  2QI1 A;  3URJ A;  4Y3S A;  5P12 A;  2PWC A;  2OHT A;  3OQD A;  2NXL A;  1TSQ A;  3O9C A;  2FS4 A;  5P7Y A;  3K5C A;  5FIV A;  2IGX A;  4QJ6 A;  5HDV A;  2VA7 A;  2VIJ A;  5P1Q A;  5OZ8 A;  5P18 A;  4B05 A;  1HRN A;  2WL0 A;  1PPK E;  5P50 A;  2WF3 A;  5CON A;  3BVB A;  1ZLF A;  3TPP A;  4Y4G A;  5P07 A;  4Y45 A;  5P2W A;  5IS4 A;  5P0J A;  3L3A A;  5P89 A;  1ER8 E;  3DM6 A;  3NUJ A;  3NU5 A;  1XS7 D;  3S7L A;  4GZF A;  3NUO A;  4MC1 A;  1BAI A;  3QS1 A;  2OHM A;  2QP8 A;  1W6I A;  4J17 A;  5P2X A;  3S53 A;  3KDD A;  3I6O A;  5P8Q A;  3HDK A;  3HZC A;  3KFS A;  3OQ7 A;  2QI3 A;  5P7N A;  5OYX A;  2VA5 A;  5P0E A;  4CPQ A;  5P8F A;  3R2F A;  5OYR A;  3RSX A;  3OXC A;  2FNT A;  2R3W A;  5P39 A;  3S85 A;  5P46 A;  1IVQ A;  5P1K A;  3SAB A;  5P28 A;  4YDG A;  1SGU A;  4YD3 A;  4KE1 A;  2I4W A;  1MTR A;  4FM7 A;  5P3R A;  1HPO A;  4ZSP A;  3LIT A;  3SPK A;  3KFP A;  3VLA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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