1BVEA

Hiv-1 protease-dmp323 complex in solution, nmr, 28 structures
Total Genus 8
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
8
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Three-dimensional solution structure of the HIV-1 protease complexed with DMP323, a novel cyclic urea-type inhibitor, determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 8
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bveA00
4Y3SA 2VJ6A 5SXNA 1QS8A 4EP3A 5P16A 5BRYA 1E5OE 4Y5GA 5HD0A 5P8FA 4FGXA 4Y4UA 1LS5A 1IVPA 3EKWA 1GVXA 1FLHA 2NXLA 1HSIA 4H1EA 3L5BA 5P7MA 3UFLA 4PZWA 3DCRA 4B77A 5DQ5A 4ZE6A 5P5OA 3EL0A 3HAWA 5OZXA 2OF0A 3I8WA 2VIYA 2HPFA 1K6TA 3S56A 5P2MA 5P23A 4GJ8A 3EMYA 1ZTZA 5P50A 3LIQA 1SGZA 4JPCA 5P53A 4Y5AA 4Y4WA 5P1OA 1OEXA 3GI6A 1D4YA 3CYWA 5P4LA 4FM7A 4Y58A 5P5BA 4FCOA 4OBHA 3NUOA 5P4JA 4LXAA 3EL5A 5P6HA 3UDPA 1FMXA 2OAHA 1A9MA 2NTRA 5P0GA 4Y6MA 3OXVA 3OXWA 5P6JA 5P0EA 4Q1NA 2V0ZC 4MC1A 5P7IA 5P7TA 5P5HA 3GI4A 5P0LA 2UPJA 5P4BA 4L1AA 5OYTA 5P57A 5P8KA 5EZXA 5P0QA 4J1HA 5P89A 1PFZA 3GW5A 2NNKA 1M43A 4GJDA 4Y4DA 3LZSA 3SA3A 1BDLA 3NDTA 1B5FB 3EKVA 4LL3A 5OZPA 4U7QA 4ZSQA 3NU4A 2SAMA 1HRNA 3IAWA 3BUGA 3Q3TA 1LYWB 3EL9A 5P6LA 1ZLFA 1HSHA 2I4DA 5P08A 4Y53A 2O4KA 1AXAA 3L5CA 1TZSA 4FL8A 5P17A 5KR1A 4F73A 5P6WA 3D91A 5P2YA 3DV5A 5P3CA 1EBKC 2G69A 3NU5A 5P3XA 5OYVA 3PEPA 3SO9A 3UDRA 5DR1A 5P8AA 2NXMA 5P3JA 2VIJA 4QJ7A 5E5KA 1FMBA 4EJKA 4FM8A 3DUYA 3T7QA 2H6SA 2WF3A 3D20A 2HPEA 5P41A 5P4PA 3KMYA 2OHMA 3PMUA 4QGIA 5I3WA 4I0HA 2HB2A 2NXDA 5P2UA 3PLDA 5P88A 5JFPA 4RRSA 3OUDB 5KR8A 3BVAA 1XE5A 4DJWA 2QHZA 4H3GA 2FLEA 1KJ4A 5P1RA 1QDMA 5P4TA 3TL9A 2RMPA 5P3DA 4TRYA 4Y3PA 2OHKA 2ZJMA 3B80A 5AH7A 1FQ6A 3L5DA 4GJAA 5OZCA 4AUCA 3BC4A 5TOLA 3VSXA 4A6BA 5P5QA 5P10A 3O9CA 4Y4ZA 3URIA 5DQCA 1BVEA 3GGVA 5P1BA 3DV1A 2ZJHA 4CPTA 4Y3TA 1GVVA 5AH6A 5P7JA 3VV6A 5P79A 2HIZA 5P6TA 3CIDA 4PHVA 1IVQA 1EPRE 5P6PA 5P0BA 3IXKA 2ZHVA 5P6CA 1PROA 3WZ6A 3I2LA 5P82A 5P7OA 5P3WA 2HAHA 3EKQA 4Y5BA 5P3ZA 2V16C 2RSPA 3CIBA 4Y3NA 3PMYA 5P7BA 4TVGA 1SDUA 1D4SA 3VYDA 5P0JA 5C9BA 1XDHA 2Q5KA 2Q55A 3HD8A 3BGCA 2APRA 4FRSA 4LXMA 5OYRA 4ZPGA 3TOGA 3FNSA 4I0GA 3OUBA 4DJUA 4OC6A 1SIPA 1AM5A 2RKFA 3S8IA 5OZFA 3Q6YA 5P8VA 1HOSA 1ZPKA 2ZDZA 2WF2A 2JJJA 3K5FA 3ZKMA 3PB5A 5P11A 3RU1A 4YD4A 4XKXA 4Q1XA 3M9FA 1B5FA 1EEDP 1HPOA 4S1GA 1AZ5A 5P0PA 1XN3A 5P8BA 5P73A 1OD1A 5P5FA 2OHNA 5F01A 1LYWA 1XL2A 3PGIA 3INHA 5AGZA 4JPEA 5P18A 3B7VA 3OWNA 2AODA 2G22A 1A30A 3K4VA 4WTUA 5P3BA 1PPLE 3CKRA 5P6IA 5DGWA 4FRJA 4Y4TA 4RRNA 2QI6A 5HCOA 3LZYA 3T11A 5P4MA 1ENTE 4NJTA 1K6PA 3BHEA 4EP2A 4HDBA 3MXEA 4HZTA 4JOOA 2IENA 5P1CA 3UDHA 5I70A 4F74A 3O9EA 4AA8A 1HWRA 5F00A 4BFDA 4R5NA 4YD3A 4DQGA 1K2BA 2G24A 5P7QA 4DJXA 2FDDA 2QI5A 3MSKA 3PSGA 1J71A 5OZ0A 4OD9B 5P2CA 3OAGB 3LIZA 3VFBA 4N00A 2ZYEA 5P25A 3OUDA 4Y9WA 1PSOE 1BV9A 5P85A 2F8GA 2JXRA 1BV7A 2G1OA 1DP5A 4Y5KA 2P83A 2WKZA 5P49A 3EKYA 5P14A 2QK5A 3SABA 3VYFA 1EBYA 5P3HA 5DQ1A 3CMSA 1EBWA 4ZLSA 5P1HA 3ZPTA 4J0TA 5P8PA 2F3EA 3CKTA 5P47A 1CPIA 2BKTA 3NLSA 2O4PA 4FRKA 1XS7D 4Z22A 3LPJA 5P5AA 1HIIA 1MUIA 4GZFA 1KJFA 3WB5A 7HVPA 2UY0A 5P5RA 3NU6A 4ZSPA 5P7AA 4Y47A 2OHLA 3ZPSA 3K5CA 3OQDA 1EBZA 2B60A 1HXBA 2QD6A 2P4JA 3OU1B 5P52A 5P2NA 1ZAPA 2IEOA 4ACXA 4TRZA 4QLHA 4Y5MA 5P34A 4Y57A 1MT7A 2B8VA 4L1AB 4Y4GA 2BPXA 5P7LA 3VUCA 1RV7A 1NPWA 4AMTA 5HTZA 1HTRB 3LPIA 3HDKA 5HDXA 5P66A 2VJ7A 4YDFA 3R0WA 4COEA 4Y4BA 2Z54A 3S45A 3LIYA 2AOCA 1DW6C 5P2EA 4Y3XA 1TCWA 3LITA 3PLLA 5I3VA 1T3RA 1PSAA 5P0ZA 1YTGA 1W5WA 4GJBA 5P3RA 4DJRA 3S7MA 5OZMA 4J1IA 4Y3ZA 1EPQE 4EJDA 5P4GA 2QI1A 5HE4A 2PH8A 5P8TA 1SGUA 1Z1RA 2PMAA 3APRE 5P74A 4E43A 5P7CA 3ZKXA 3OUCA 2G21A 3OTSA 3JVWA 3RTHA 2F3FA 3PI5A 5OZJA 4Y4AA 1T7KA 4YDGA 2BKSA 3L59A 2B7FA 1ODYA 2IGXA 1BXQA 2IKOA 5P8NA 1FB7A 5P78A 5P1LA 5OZTA 5OZ9A 4FSEA 4WY1A 3QRMA 2IRZA 4BEKA 3UDKA 1FQ4A 5P0MA 1QBTA 3ZKIA 5KOSA 4MC6A 3OU4A 5OZRA 1SMEA 4Y3LA 2IQGA 4HLAA 4BELA 1C70A 2QD7A 3AUPA 4MC2A 4PYVA 4ER4E 3VSWA 2ZJLA 2HB4A 3VEUA 3URJA 3EKPA 5P2SA 4XX3A 5OYXA 3R0YA 1Z8CA 4Y54A 5P7GA 1AAQA 3OAGA 4H3JA 5P2JA 5P0HA 1UH9A 5DPZA 5P0OA 2I4WA 5COPA 3UTLA 4LXKA 5P2HA 4L7HA 1HTFA 1W5XA 5OZNA 3IVHA 2B8LA 2QAKA 4FSLA 4I8WA 2OHUA 2AVVA 5P6QA 1UPJA 3ECGA 2IGYA 3UCBA 1EAGA 5P7XA 4K4QA 4I0DA 5P3EA 5P2DA 3IVIA 4OBGA 2A1EA 2V10C 5OZ3A 1AJVA 3LZUA 1B6LA 1EC3A 1VIKA 3TOFA 1EPPE 2UXZA 5JG1A 3FX5A 5OZLA 4CPUA 4J55A 2AOEA 2HM1A 5P19A 4DI2A 4L7JA 4YD6A 3SM2A 2R43A 3QRVA 2QZXA 4RLDA 4Y5LA 4F76A 4R8YA 5OZWA 5P04A 3NDWA 3BXSA 5P0FA 5P39A 8HVPA 2B42A 4YOAA 4DH6A 1GVWA 1E80E 2ZHSA 1EPLE 3ZKQA 4B72A 5P3QA 3CYXA 5KQXA 4YA8A 5IVQA 1YTJA 5P8LA 2WF4A 5P06A 1ODWA 2P3DA 1ODXA 2BPZA 1FEJC 4OBKA 4Y38A 4NKKA 1IBQA 3OU1A 2BQVA 4KE1A 5P2TA 2RENA 4YD5A 4TRWA 4DFGA 4OC6B 3ZMGA 1HPVA 4I0ZA 2QI0A 3GGUA 5P6BA 4DVFA 4I11A 5P48A 5P4IA 2R5QA 5P00A 1EC1A 3CKPA 5P5MA 1BILA 2BPYA 4Y3EA 4DQBA 3OADB 2OHRA 4K4PA 5P4NA 5AHCA 4RVIA 4ZEAA 3O9DA 3VYEA 1BIMA 3BUHA 5P6OA 5OZOA 2QCIA 1MTBA 3O9AA 5ENKA 4HVPA 2PSUA 2Q63A 5P59A 4EHCA 3TLHA 4RYCA 3I25A 3RVIA 5P4QA 2I4QA 4B70A 3TKGA 3WZ8A 4X7IA 4Y5PA 5HE7A 5P4SA 5P26A 3TNEA 3S85A 3QPJA 5P44A 2O4SA 4QJAA 3O9HA 5P3PA 3DM6A 1LF3A 1IDAA 4NJUA 1K6CA 2NNPA 3KF0A 5P1TA 5P3UA 2ZJIA 4Y3JA 1MT8A 5ER2E 1GNOA 2AOIA 3ZKNA 3FKTA 1UH8A 4J5JA 1ZPAA 4Y45A 5P4EA 4H3FA 5OYWA 2R9BA 1AIDA 5COOA 2AZ9A 3VCMA 3OOZA 1WBKA 5P7NA 1B6MA 1LYAA 4Y3AA 4YHQA 1FG6C 4GB2A 2H6TA 5P1IA 3OGPA 2VA7A 5P71A 3KA2A 3BXRA 5P8GA 4Y3RA 3QBFA 5ISKA 3T7PA 2CEMA 4X2LA 3FNTA 5P3VA 4B1CA 2F80A 3DOXA 3SQFA 4YD7A 2HS2A 5P2LA 3LIVA 3NXEA 2V11C 5P5UA 5DR8A 4EXHA 5P29A 4H3IA 5P1UA 5P5ZA 5OZIA 4Y3MA 5ISJA 1MERA 4I0EA 2G27A 3SA5A 6UPJA 2QZWA 4EJ8A 5IE1A 4YCYA 1BXOA 1HBVA 3OQAA 4J0YA 1C6XA 1QBUA 5P2VA 4APEA 3NDUA 5T4SA 3KFRA 4FIVA 3F9QA 3FNUA 3TPLA 1W5YA 4M8YA 4DPIA 4D85A 5P4KA 5P55A 4Y3WA 3IA9A 3SA6A 1KJGA 1TSQA 5J25A 4RCFA 5P2WA 3UDNA 3PBDA 4YCKA 3UQUA 4HDFA 4LP9A 4NPTA 5P0TA 4Y3YA 5SY2A 3EXOA 3K4VC 5DR3A 4EPJA 5PEPA 3PWWA 4J17A 4J0PA 1NH0A 5P38A 5P27A 4DQEA 1WKRA 3RTNA 2R5PA 2VIEA 2ZHUA 5P7HA 1ZJ7A 5P6ZA 3KMXA 2QNNA 5P30A 3S2OA 2PC0A 1K1TA 5P22A 5P7YA 4EWOA 1TQFA 3I7EA 1IZIA 1HVHA 4FM6A 4Y37A 3ZKGA 4CMSA 5OZUA 5OZ6A 4Y3QA 3VF5A 4CP7A 3MSJA 3WZ7A 1EC2A 2FIVA 5OZHA 1KZKA 2HC0A 5P4DA 3UFNA 5P1DA 3H0BA 4CPXA 2OHTA 3NWQA 2QMFA 4I0FA 3OADA 3VG1A 3VV7A 2FMBA 1RQ9A 3QVCA 3K5DA 2G1SA 3BUFA 5P0UA 5P8UA 2VJ9A 5DQ4A 1D4LA 5P4OA 4R95A 1OEWA 3JW2A 4MC9A 2BBBA 5P8IA 5P3LA 5P8QA 3FSMA 5P51A 1APVE 5P37A 5P0IA 5OZKA 3WB4A 5OZ5A 4Z4XA 5P28A 5P36A 2NMZA 5P6VA 4ZSMA 1A94A 5P46A 4B1DA 3OU4B 2PSGA 3EKXA 4DQHA 2WJOA 2P8HA 5P7ZA 5DQ2A 5SY3A 1DPJA 2F81A 2AIDA 5P2FA 5P1YA 3R4BA 1GKTA 5OZ4A 4DJVA 3S53A 1DMPA 2FNTA 3KFNA 4RVXA 1APWE 2ER6E 3TTPA 5P20A 5P8CA 5P07A 1HIHA 3EBZA 2VNNA 3DK1A 4OBJA 5P8MA 5P70A 5IS4A 3KFSA 5P33A 4Y36A 3HAUA 4ZIPA 3O9LB 5P68A 5JODA 2AVOA 5DR4A 5KQFA 3OU3A 5P31A 2ER0E 2ER9E 3OHFA 4L7GA 1FFIC 5P0KA 3U7SA 3INFA 4CPSA 4FLGA 2VS2A 1CZIE 1HXWA 3UPJA 4FAFA 1SH9A 1Z1HA 4HEGA 4D83A 3TPPA 5OZDA 3SM1A 1QRPE 3OY4A 3VF3A 2EWYA 5P6UA 5P01A 5P76A 5IVSA 2CEJA 5P1SA 3NR6A 2F3KA 2QNQA 5OYUA 5P7SA 3PI0A 1BDQA 1DAZC 1UH7A 3G72A 3NXNA 2O4LA 3O9IA 3NWXA 2QNPA 5P4ZA 1ZP8A 3SLZA 4A6CA 5HCTA 5P77A 2BPVA 2NPHA 5P1FA 5OZGA 5P6XA 3U6AA 4GYEA 5P2BA 2AOFA 3GI5A 1HHPA 4XXSA 1RPIA 5P2OA 1LF2A 3SA7A 2BB9A 5P45A 2WEBA 3HVPA 1XL5A 4Y3GA 1B6KA 2G1RA 3TPJA 5P6DA 1K1UA 5P0VA 2FGUA 4AZYA 3KDBA 3SAAA 3O9FA 3EM6A 1SIVA 1GVUA 5P5VA 1HTEA 2R38A 1W6IA 5P02A 4YBIA 4PZXA 5APRE 1HVRA 2VA5A 4RVJA 5BWYA 2CENA 1QBSA 5P0CA 1NPVA 2QD8A 5P3IA 1MT9A 5P3NA 3UQXA 2QU3A 2WF1A 1E81E 1MRXA 3VV8A 2P3CA 2AVSA 3DCKA 3OOTA 3PHVA 5P5GA 1LZQA 3OQ7A 2XFJA 2V12C 3QBHA 6FIVA 3FIVA 5P4FA 4D89A 3GGAA 2BJUA 4LHHA 5P3OA 5P5IA 4OBDA 3Q4BA 9HVPA 4APRE 4NJVA 2QMDA 1MSMA 4LAPA 5P7DA 4Y5CA 4RCEA 5P63A 2FDPA 3EM4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3S A;  2VJ6 A;  5SXN A;  1QS8 A;  4EP3 A;  5P16 A;  5BRY A;  1E5O E;  4Y5G A;  5HD0 A;  5P8F A;  4FGX A;  4Y4U A;  1LS5 A;  1IVP A;  3EKW A;  1GVX A;  1FLH A;  2NXL A;  1HSI A;  4H1E A;  3L5B A;  5P7M A;  3UFL A;  4PZW A;  3DCR A;  4B77 A;  5DQ5 A;  4ZE6 A;  5P5O A;  3EL0 A;  3HAW A;  5OZX A;  2OF0 A;  3I8W A;  2VIY A;  2HPF A;  1K6T A;  3S56 A;  5P2M A;  5P23 A;  4GJ8 A;  3EMY A;  1ZTZ A;  5P50 A;  3LIQ A;  1SGZ A;  4JPC A;  5P53 A;  4Y5A A;  4Y4W A;  5P1O A;  1OEX A;  3GI6 A;  1D4Y A;  3CYW A;  5P4L A;  4FM7 A;  4Y58 A;  5P5B A;  4FCO A;  4OBH A;  3NUO A;  5P4J A;  4LXA A;  3EL5 A;  5P6H A;  3UDP A;  1FMX A;  2OAH A;  1A9M A;  2NTR A;  5P0G A;  4Y6M A;  3OXV A;  3OXW A;  5P6J A;  5P0E A;  4Q1N A;  2V0Z C;  4MC1 A;  5P7I A;  5P7T A;  5P5H A;  3GI4 A;  5P0L A;  2UPJ A;  5P4B A;  4L1A A;  5OYT A;  5P57 A;  5P8K A;  5EZX A;  5P0Q A;  4J1H A;  5P89 A;  1PFZ A;  3GW5 A;  2NNK A;  1M43 A;  4GJD A;  4Y4D A;  3LZS A;  3SA3 A;  1BDL A;  3NDT A;  1B5F B;  3EKV A;  4LL3 A;  5OZP A;  4U7Q A;  4ZSQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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