1BVGA

Hiv-1 protease-dmp323 complex in solution, nmr minimized average structure
Total Genus 11
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
11
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional solution structure of the HIV-1 protease complexed with DMP323, a novel cyclic urea-type inhibitor, determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
pubmed rcsb
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 11
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bvgA00
5P1FA 4GJCA 3ZOVA 2F3KA 5P69A 1XE6A 3INHA 2F81A 1MUIA 2RMPA 5P56A 4IVTA 5OZPA 3T7XA 4YOAA 1OD1A 4Y3NA 1B6KA 3SABA 4Y39A 4XX3A 3PBDA 3N3IA 5P4BA 1BIMA 1EBWA 2ZJLA 4L7HA 5P7MA 1D4YA 5P63A 5JFUA 1BAIA 1UH7A 9HVPA 5PEPA 1MIQA 5P4FA 1C6YA 3MXEA 3TOHA 5OZIA 3S7LA 2WKZA 1SMEA 3QBFA 1HPVA 4D89A 4H3GA 2WJOA 3EXOA 5OZ5A 3K4VA 2V12C 5P02A 3AIDA 5P3CA 5SZ9A 4DJQA 3NUJA 6APRE 4Q5MA 5OZJA 4NKKA 5P4NA 2HB4A 3ZKNA 3D1ZA 3KM4A 5P72A 1AJVA 4TRZA 4EJDA 5P7RA 5OYRA 3Q4BA 5OZVA 5P27A 3FNUA 2AVQA 4DQFA 2V16C 5P47A 5ER2E 1LV1A 4DJUA 2VIZA 4FAFA 5HE5A 3TLHA 3VLBA 8HVPA 2XFJA 1WBMA 1F7AA 3HLOA 2I0AA 3UQPA 4B05A 1HHPA 5P44A 3OGPA 4NPTA 1OEXA 1XDHA 1AXAA 2NXLA 4OBKA 7HVPA 2G94A 2V10C 5P8FA 4H1EA 4K4PA 3LIYA 1TW7A 2QU3A 2HS2A 5P3LA 4JPEA 5P35A 1ZPKA 3LINA 5P3XA 1QDMA 5OYYA 3NDTA 5BWYA 3OXCA 4Y56A 3LIZA 5P8HA 3OU1A 3PHVA 5DR8A 5P5SA 2ZDZA 4R5NA 3TL9A 5P8UA 4Y5NA 4I0DA 2QMFA 2NMZA 5OZ0A 1ENTE 1B6LA 4TRWA 4NJVA 1HVRA 4Y3WA 3BXSA 5P5DA 4CPTA 3NYGA 5P7AA 4GJ5A 1IZEA 2I4DA 4DPIA 2PWRA 2V0ZC 2PYMA 1BDQA 3BC4A 1HVJA 5P3OA 3UQRA 4FM8A 4I8ZA 4Z50A 2QNPA 4AUCA 3BGCA 5P2MA 1GNNA 2G22A 5P5CA 2FDDA 5KR8A 5P2RA 2O4KA 2QCIA 1T3RA 1AZ5A 2VJ7A 1ZLFA 2ER7E 5P88A 2G1NA 1AVFA 4CMSA 5P6JA 5P3ZA 5P6AA 1FIVA 4GIDA 4DJOA 3IXOA 5P3WA 4FS4A 4BEKA 3IA9A 2WEZA 5P0RA 4J1HA 5P1DA 1CMSA 1DPJA 1HOSA 1XS7D 5P59A 1NH0A 5P2AA 5P77A 3SFCA 1EC2A 3KFNA 4BFDA 3G72A 5HDZA 5P5UA 5P7YA 5ISKA 5HE4A 5OZYA 4I0JA 1GNOA 4OBHA 4R91A 2Q11A 2AVMA 3FNTA 1K6CA 2F8GA 1HPSA 2FIVA 5E5KA 2O40A 5C9DA 3I6OA 1F34A 4Y4XA 4K9HA 2BQVA 5OZQA 4ER2E 2ZHUA 4MC2A 2BBBA 5I70A 5P89A 4Y5LA 5COOA 3QI1A 1CZIE 4Q1WA 5OYTA 5COPA 5P43A 1QS8A 1PFZA 5P5VA 2IEOA 5P1ZA 5P12A 1C70A 5P3DA 5P3NA 5P0SA 5DR3A 2APRA 4DJVA 2JJJA 4RRNA 4Y3XA 3SPKA 2P83A 5OZFA 2VA6A 4L7JA 5P0UA 1BBSA 5P81A 2QHZA 3SA6A 5EZXA 5P3TA 3S53A 1HVSA 3CIBA 4B70A 5F00A 4DPFA 3PI0A 4J54A 3S43A 5BS4A 2OHPA 5P4AA 2G20A 4FSEA 1MTRA 4FAEA 5P4QA 4N00A 4GJDA 1DAZC 4KUPA 4FM6A 2RENA 4I12A 2FXDA 5P1YA 3IXJA 3CKPA 4Y6MA 3KDBA 3PSGA 3HD8A 2ER6E 4CPWA 2I0DA 5P5BA 1T7JA 5P73A 1XN3A 3I2LA 3IAWA 3K1WA 4HLAA 5P0IA 3WZ7A 3MSJA 3URJA 4FLGA 4Y3RA 1MT9A 2NNPA 5P5KA 3S7MA 2I1AA 3R1GB 2ZHVA 1ME6A 5P7DA 5P0PA 1K1UA 4QJAA 2WEAA 4FM7A 2UPJA 3KN0A 4B78A 1IBQA 2O4LA 5P4TA 4GJ6A 3GI5A 1SGUA 3WZ8A 2WF4A 3NDWA 5P26A 5P4IA 2WEDA 4FRJA 1PPKE 3D20A 5P5GA 4CKUA 4I0FA 4Y5GA 1APUE 3OUAA 1A8GA 2HPEA 5P0CA 2R43A 1ZAPA 3PSYA 5KQZA 4DH6A 1EC0A 3IXKA 1C6XA 5P29A 5P34A 3SA3A 3OADB 3M9FA 1FMXA 2VNMA 1D4JA 3HAWA 1N49A 5OZGA 5P70A 5P6HA 3ER5E 1FLHA 3CYWA 5P0HA 3VG1A 5P7HA 5AH9A 5P1RA 4PEPA 5DR4A 3VV6A 3FIVA 3KT5A 5P8AA 4RVIA 3TH9A 2ER0E 4QLHA 5P5FA 1W6IA 4Y37A 4KB9A 1UPJA 5P2BA 1BXQA 3T7QA 1LF3A 5P8QA 1OEWA 5SXNA 4QJ2A 1LF4A 2V00A 1EPPE 5P4WA 5HU0A 1RPIA 3PWWA 2NTRA 4Y3SA 5P85A 3UF3A 5P13A 3KF0A 1W5WA 3VSXA 3PVKA 2G1YA 1EBZA 1BWAA 5HCTA 1WKRA 4JPCA 3CMSA 3ZL7A 5OZ8A 5P1PA 5P4DA 5P1WA 5P6QA 5P5QA 1ZJ7A 5P2NA 5OZUA 1LYBB 4YBFA 3EM3A 1GNMA 1DIFA 3FSMA 3DUYA 5P8JA 4EHCA 3UDRA 5P3SA 2Q64A 2OHRA 3VSWA 3MWSA 1SBGA 4R93A 5DR0A 2WHHA 3PM4A 4RVJA 2G26A 4Y5PA 5P1QA 1IZIA 1D4KA 4Y3EA 2PWCA 1FQ6A 1K1TA 5P01A 3MSLA 4Y3HA 1RQ9A 2ZHRA 5P0VA 5OZNA 4F74A 2P4JA 2G21A 1OHRA 3ZLQA 5P0ZA 2QP8A 2PK6A 5P3KA 2BPVA 2UY0A 5P6UA 4B0QA 5P0AA 1ZTZA 3CICA 1ZBGA 5P36A 5P4XA 5P38A 3UDPA 1HVKA 2BB9A 2BPXA 4YHQA 3KDDA 4Y5KA 1AM5A 3EC0A 3DOXA 2VJ9A 4Y5EA 4CP7A 5P6SA 5P28A 3O99A 1EBYA 1NPVA 1B6PA 4Y3DA 2HAHA 5OZCA 5P8RA 5P0XA 4HEGA 5AH6A 3RTMA 5IVSA 4H3JA 3PI5A 2AOEA 1T6EX 3UQUA 1JLDA 3I8WA 5OZ3A 5P3PA 2VS2A 4APEA 3LPJA 5OZRA 2OHMA 4YCYA 5P1JA 5P79A 1EBKC 2QI6A 1HVLA 2PQZA 1W5VA 4Y45A 4DQGA 3TPLA 5DQ2A 1YTJA 3UDKA 4U7VA 1FQXA 4Y4AA 3OTSA 3BVBA 4WTUA 5P66A 1W51A 5KR1A 3EKWA 4FRIA 4WY1A 5P7TA 1HPXA 4GB2A 4EXHA 1YT9A 2QD6A 3GGAA 1EPRE 3BUFA 5HTZA 3OADA 5P7EA 3GI4A 3I7EA 4NJSA 1HIVA 5P0QA 5P82A 5P80A 3NLSA 1YG9A 5P1SA 3ZKIA 2NR6A 4Y5AA 3VF3A 1GVXA 1FFFC 4J5JA 3EMYA 1PSAA 5P0FA 3UQWA 1ER8E 4KE1A 5OZOA 3HBOA 4Y3YA 1XL2A 5P50A 5P55A 3APPA 4B1DA 5P30A 3NR6A 3OXXA 4TVHA 3WZ6A 1SDVA 3TKGA 5P6OA 3VFAA 1MSNA 1LZQA 2WEBA 4A6BA 4RVXA 2ZGAA 3NU6A 5P8OA 5P7FA 5P1HA 4X7IA 1LF2A 3ECGA 5P61A 2WF3A 5P4PA 1E82E 3OU4B 1XN2A 4ER1E 3L5CA 3BXRA 3DK1A 2AZ8A 3LHGA 4Y38A 5AH8A 1GVUA 1Z1RA 2OHUA 5P7NA 4HDBA 4JP9A 5P6RA 1LYBA 5P39A 3TOGA 4U8WA 2R9BA 4COEA 3BVAA 5P7OA 4ZPGA 1TSUA 5KOSA 3TKWA 5P8IA 1A8KA 1HSGA 3ZKQA 4Y3LA 5P5AA 3EL0A 5P86A 3SA7A 2F80A 3L5FA 1ODYA 4DJRA 4NJTA 4FIVA 5P5RA 5OZTA 5P3RA 2AVSA 4CPRA 3SA9A 3S8IA 3OU3A 5IVQA 5P4RA 2ZYEA 1SIPA 5P0EA 5P2UA 4J1FA 5P40A 4Q1YA 2B7ZA 4Z4XA 1Q9PA 2IENA 1G0VA 5P71A 3OQ7A 1IVQA 3OUBA 3SA8A 5P1EA 3O9LA 3B7VA 4J1IA 3ZKSA 5SY3A 4GYEA 4S1GA 3QVIA 1T6GA 2JE4A 5P54A 3L58A 2P3BB 5P1OA 3TNEA 1FFIC 4LL3A 5P2VA 5P0MA 1RNEA 5P7IA 1W5YA 1IVPA 1MSMA 4I8WA 1M4HA 3ST5A 5P0GA 1T7KA 1BVGA 5P2GA 5P4EA 5I3WA 4EJLA 4RROA 1TCWA 4J0YA 1EPOE 3NWQA 4Y4DA 4CPUA 4F75A 3PCWA 5C9BA 3INDA 4Y3QA 2O4NA 3T3CA 3ZKMA 3PSUA 4ZIPA 3DM6A 4I0ZA 2QI0A 4I1CA 4I0EA 5P2QA 4DJYA 3GGVA 4QJ7A 2Q15A 3KYRA 2RKFA 4TRYA 5HU1A 4EXGA 1MPPA 4ZSPA 3HW1A 4EPJA 1LYWB 3OQKA 5P6BA 5IVRA 3L5BA 2NXMA 5P8VA 3QRMA 3QIHA 2ZJJA 1BV7A 4B72A 3PMUA 5FIVA 2QAKA 5P49A 1UH8A 5P00A 2F3FA 5P74A 5P4MA 2VJ6A 4Y3TA 5P11A 4RZ1A 4K4QA 1M43A 4D88A 3O9GA 3D3TA 3N4LA 1QRPE 4JOOA 4RYCA 3ZMGA 3Q3TA 4LXKA 2QNNA 1NPAA 5P1VA 4YD6A 1HXBA 3OWNA 1G6LA 1D4HA 3KA2A 2R8NA 2G27A 3GW5A 4IVSA 3LIXA 2Z4OA 3UDHA 5I3XA 4HA5A 4L7GA 1BWBA 1MESA 2PH6A 1APTE 2QK5A 4Y4ZA 1FEJC 2PC0A 2V13A 1BVEA 4RCDA 5P0WA 1GVVA 4FRKA 2OHNA 2AQUA 4KE0A 5P7LA 2FLEA 3R0WA 5B18A 3NWXA 5P46A 1G35A 1PPME 4M8YA 5P5WA 2G1OA 3PCZA 3WB5A 5P03A 5OZLA 5OZBA 2QMGA 1HSHA 3FKTA 4DQEA 5P7PA 5P32A 5P2TA 3OQFA 3ZKGA 5P62A 5P8CA 1KJHA 3BGBA 1K6VA 3U71A 1KZKA 4Y35A 3O9HA 1D4IA 3R2FA 5OZSA 3VEUA 3O9EA 5OZXA 1HTRB 3QS1A 3O9CA 4QGIA 4YE3A 2R5QA 3VYFA 3S2OA 4FCOA 5P5IA 5P7UA 4Y41A 3EL5A 4Y58A 4M8XA 2OF0A 2QI4A 2FMBA 5P16A 1EAGA 1TSQA 5P2EA 2HS1A 3BUHA 3KFSA 3FNSA 5E5JA 1XE5A 1HRNA 4ZPFA 1W6HA 5OZDA 3VFBA 3UDYA 2PH8A 2JYSA 4HZTA 4Y48A 3KDCA 2NPHA 2P3BA 3NXNA 2AOJA 2BKSA 3I25A 5OYWA 5P7CA 1E81E 4J0VA 5P3HA 4Y53A 3SLZA 3UDQA 2VIEA 3K5CA 4MC6A 5P6GA 5KQXA 3PB5A 5P04A 3OGQA 3CKRA 3ZPUA 5IVTA 3HDKA 5P4LA 2ZJIA 3AUPA 4XX4A 5P8MA 4PHVA 3RTNA 3CKTA 3Q6YA 4Y5CA 2PSGA 3LITA 5P5XA 2P3CA 5C9FA 5P2XA 5P7VA 5OYQA 4GJAA 4OD9B 5P3VA 4J0TA 1PSOE 5P4ZA 5P14A 4NPUA 5P8GA 3K5FA 2I4UA 4GMIA 3OQAA 4HDPA 4RGHA 4Y3JA 2QI7A 5P4CA 3OOZA 4DJPA 1YTGA 5AH7A 4OBZB 1SIVA 2FGUA 3LZYA 3O9BA 3ZPTA 3HAUA 5P6XA 1A9MA 2IRZA 3EKTA 1APWE 1TCXA 3K5DA 4UPJA 3NDXA 3WB4A 4YCTA 5DQCA 5ISJA 3L5DA 3APRE 3NUOA 5HD0A 5P2IA 1MEUA 4J55A 4JECA 3OTYA 1EPQE 3LZVA 2QMPA 5P1XA 2I4VA 4J1CA 4GJ7A 4FL8A 5P41A 3RSVA 3URIA 2Q63A 1SH9A 4A6CA 4MC9A 3TTPA 4EWOA 2PSUA 4NJUA 5DR7A 1APVE 4YBIA 2IGXA 3T11A 3SQFA 1FB7A 2IGYA 5P5EA 5P2SA 5P51A 4Y4BA 5P22A 5P58A 3U7SA 4Y4EA 5P6YA 1IZHA 3TPPA 3IN3A 4OC6B 1MT8A 1B11A 4MC1A 5P6IA 5P31A 4J1EA 3UDMA 2ZHTA 4YD7A 5P4YA 4LP9A 1E5OE 4ACUA 5P3BA 3HVPA 3IN4A 3GI6A 5P6FA 1MT7A 4ZEAA 1MRXA 3FX5A 5HVPA 4Y43A 5J25A 5P08A 4DV9A 5P60A 1YM4A 5F01A 2AOFA 3NU9A 4RCEA 4Z22A 2AVOA 3OXWA 2G69A 2B7FA 2AOIA 4Y3GA 1MRWA 5AHAA 5P3AA 1HVHA 3QROA 5P17A 5P4JA 5P8TA 5DQ5A 1BDLA 4DI2A 4ZE6A 5P2FA 4BFBA 3UQXA 1BILA 5OZ9A 1FKNA 4DQHA 3B80A 5OZMA 1YX9A 2PSVA 4YDGA 5P1UA 4PZXA 2NNKA 4AA8A 4FSLA 2QI1A 2VKMA 2Z54A 3RSXA 5OZWA 3K4VC 5P1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1F A;  4GJC A;  3ZOV A;  2F3K A;  5P69 A;  1XE6 A;  3INH A;  2F81 A;  1MUI A;  2RMP A;  5P56 A;  4IVT A;  5OZP A;  3T7X A;  4YOA A;  1OD1 A;  4Y3N A;  1B6K A;  3SAB A;  4Y39 A;  4XX3 A;  3PBD A;  3N3I A;  5P4B A;  1BIM A;  1EBW A;  2ZJL A;  4L7H A;  5P7M A;  1D4Y A;  5P63 A;  5JFU A;  1BAI A;  1UH7 A;  9HVP A;  5PEP A;  1MIQ A;  5P4F A;  1C6Y A;  3MXE A;  3TOH A;  5OZI A;  3S7L A;  2WKZ A;  1SME A;  3QBF A;  1HPV A;  4D89 A;  4H3G A;  2WJO A;  3EXO A;  5OZ5 A;  3K4V A;  2V12 C;  5P02 A;  3AID A;  5P3C A;  5SZ9 A;  4DJQ A;  3NUJ A;  6APR E;  4Q5M A;  5OZJ A;  4NKK A;  5P4N A;  2HB4 A;  3ZKN A;  3D1Z A;  3KM4 A;  5P72 A;  1AJV A;  4TRZ A;  4EJD A;  5P7R A;  5OYR A;  3Q4B A;  5OZV A;  5P27 A;  3FNU A;  2AVQ A;  4DQF A;  2V16 C;  5P47 A;  5ER2 E;  1LV1 A;  4DJU A;  2VIZ A;  4FAF A;  5HE5 A;  3TLH A;  3VLB A;  8HVP A;  2XFJ A;  1WBM A;  1F7A A;  3HLO A;  2I0A A;  3UQP A;  4B05 A;  1HHP A;  5P44 A;  3OGP A;  4NPT A;  1OEX A;  1XDH A;  1AXA A;  2NXL A;  4OBK A;  7HVP A;  2G94 A;  2V10 C;  5P8F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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