1CPIA

Regioselective structural and functional mimicry of peptides. design of hydrolytically stable cyclic peptidomimetic inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title REGIOSELECTIVE STRUCTURAL AND FUNCTIONAL MIMICRY OF PEPTIDES - DESIGN OF HYDROLYTICALLY-STABLE CYCLIC PEPTIDOMIMETIC INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1cpiA00
1CZIE 5OYSA 5HVPA 1LYBB 5P87A 3DK1A 2ASIA 5P2RA 1RQ9A 4E43A 2FXEA 5OZTA 5P4HA 5P3TA 5P6CA 4NJUA 5P00A 3TOGA 5DR7A 4Y5LA 5P70A 3ZKGA 5P6BA 4EXHA 3SPKA 3PWRA 1K6CA 2F81A 5P1LA 1MVPA 2HPFA 3EM6A 4GJDA 5AH9A 1OEXA 1HTRB 5P47A 3SA6A 4A4QA 5P5IA 4NJVA 1LV1A 1HPOA 3SA8A 5P3HA 4I12A 5P3IA 4DJXA 2WF1A 1K1UA 3EL1A 4I10A 4L6BA 5KR1A 3UDRA 1XL5A 7HVPA 3OU1B 1HEFE 2BBBA 3NU4A 3KA2A 5T4SA 1W6IA 4LAPA 3S7MA 5P66A 2XYEA 5P6KA 1GVWA 3DUYA 5P0WA 5OZ8A 1YM4A 5P4AA 3MXDA 4OBHA 2AZ8A 4YA8A 4YD7A 5OZ3A 2RENA 2WJOA 5P8VA 5P3YA 4TRWA 5P3ZA 4I0FA 5OZNA 5P5CA 1ME6A 3OU3A 5P1CA 5P0YA 1D4JA 5P2SA 5P68A 4TVGA 1SMRA 5P31A 2AIDA 5P0CA 4CPSA 4J0ZA 5P2ZA 4Y56A 5P3XA 2O4NA 5P7PA 2APRA 1W51A 3S8IA 5P4EA 1B6JA 5P1AA 3R0WA 1E81E 2PMAA 5P7HA 5P3LA 5P1FA 2PSUA 1ZAPA 5P18A 1G6LA 4KB9A 1OHRA 5IVQA 1BV9A 5P56A 2J9JA 2QD8A 4Y45A 1D4SA 4DH6A 1QS8A 2AVOA 5P8EA 2OHPA 5P5FA 3K4VC 1SIVA 5E5JA 3S54A 2FMBA 3K5CA 2A4FA 5P1XA 1N49A 3NWXA 5P0ZA 5P2OA 1HWRA 1M4HA 2XFJA 3NDWA 1FG6C 3O9FA 4FSEA 3LINA 5P6DA 1AM5A 4ER1E 2V11C 2OHMA 3PLDA 5P1WA 4FE6A 5J25A 1K2CA 4EPJA 4ZLSA 4AUCA 2FIVA 5UPJA 3U71A 5P6IA 4NJTA 1D4YA 3GGVA 4J0YA 4J1FA 4Y3GA 3OQKA 3OADB 5OZ7A 5P0LA 5P0QA 1TZSA 5P44A 2Q54A 3QPJA 1WBKA 3KFPA 5P1GA 3IN4A 5P8RA 5P5DA 2AOFA 3D1XA 2I4WA 3NXNA 1WKRA 2QMGA 1BDQA 5P1MA 2FDEA 2FXDA 2XYFA 5P5KA 5OZJA 1HIVA 3KM4A 5P75A 1W6HA 4GB2A 4COEA 4Q5MA 2P83A 5P39A 3FKTA 3UQWA 4XX4A 1YTIA 2I1AA 5P1UA 3DM6A 4K8SA 3Q70A 5DR3A 4RVXA 4Y3JA 3ZPTA 3SA7A 3VLAA 1WBMA 3PMUA 1MRXA 2IS0A 5SZ9A 4YDGA 1YX9A 1CPIA 1EPPE 2IL2A 5P1IA 3BUHA 3PBDA 5P6GA 1W5VA 5BWYA 1ER8E 4Y3RA 1LZQA 2Q64A 5P8TA 5I3WA 1GNMA 5OZAA 1GVUA 2F3KA 3I7EA 5DR8A 3OXXA 2IEOA 5P0SA 1ZSRA 4OBZB 3VLBA 1A9MA 5P7OA 5P81A 4GJ7A 4WY1A 1SDVA 2F8GA 5P38A 1A8KA 3OOTA 5P0MA 4NPTA 4YDFA 4I1CA 1FFIC 3R4BA 2OHLA 5P86A 1B6KA 1MERA 3VG1A 5DR1A 5P2BA 4DJQA 3GGUA 5P8KA 3K4VA 4Y5CA 5P0JA 5P1SA 1FFFC 5OZVA 1MT9A 4Y3PA 1BXOA 3EMYA 5OZBA 5P2EA 1QBSA 5OZCA 5P8MA 4CPRA 4AZYA 3BUGA 2R43A 1HVKA 4IVSA 1UH7A 5P7UA 5P4SA 3BHEA 5P53A 3PI0A 4J1CA 2H6SA 1HEGE 3MXEA 3OADA 5HE7A 3OU4B 4WTUA 2FGVA 2CEJA 5P5OA 3GI6A 5FIVA 3HW1A 2WL0A 4U7VA 4MC1A 5I3YA 5P5VA 4YE3A 4J17A 3OAGA 5P67A 3R0YA 5P0DA 5P0TA 3UDQA 3AUPA 4EJ8A 5OZEA 3SA3A 3EKYA 4K4PA 2AZBA 3M9FA 1B6MA 5P6LA 5P30A 3VEUA 1LYWB 5P6NA 5KQFA 5P8OA 5P8NA 5P4DA 5OYVA 4Y5PA 3LIYA 4HEGA 5P06A 5HU0A 4I0EA 3RVIA 5BS4A 5P42A 2BPYA 5P5MA 3ZLQA 4GJAA 2RKGA 2B8VA 3ZKSA 3NUJA 1TQFA 5HTZA 5P8PA 4B00A 2QI4A 5OZMA 2G24A 1T7IA 2ANLA 1KJ7A 4OBZA 5P60A 5P2IA 5AHAA 4R91A 1K6VA 2FNSA 4J54A 5P79A 4FSLA 2G1YA 4L7HA 4HLAA 4NJSA 5P65A 5P26A 4FRJA 1KJFA 2ZE1A 1LF2A 4AMTA 3Q6YA 3I2LA 3O9DA 5OZSA 5HDZA 1XDHA 3PCWA 5P3GA 2CEMA 5P2NA 6UPJA 2AVQA 4YOAA 5P24A 5P8GA 1HSGA 4RCDA 3O99A 1IZIA 5P6OA 2G22A 2NXMA 5COPA 3GI0A 3BGCA 4TVHA 3SKFA 4OBDA 5P6WA 5I3VA 5P6YA 5P6XA 5C9FA 4RRNA 4ACXA 4Q1XA 5APRE 3KDCA 2ZJMA 1NSOA 4Y4XA 5OZ1A 3LZUA 3TL9A 3LPKA 1BVGA 2NNKA 3S2OA 1BAIA 4LHHA 1HPXA 2O4PA 1W5WA 4Y4BA 5KAOA 1XS7D 4Y4WA 1DW6C 3ER5E 8HVPA 4J1KA 4ZIPA 3OHFA 6APRE 1LF4A 4Q1YA 5P3WA 1HVHA 1C6ZA 4QJ2A 1FQ7A 1ZBGA 3PSGA 1APWE 3OUDB 1XE6A 3OWNA 5P0RA 2OHKA 5HD0A 4GJ8A 4J0TA 1EPNE 5ISKA 4Z2ZA 5P69A 5P8BA 4GJ6A 5P3NA 4LBTA 3FV3A 1B5FB 3RTNA 4X2LA 5P55A 3I8WA 4FGXA 5P3KA 2WF3A 4YCYA 3NU9A 2IENA 3ST5A 5OZDA 4H1EA 5DGUA 2ZJHA 2B42A 3BUFA 4FRSA 5P0FA 5P48A 1FG8C 5KOSA 2WHHA 1DAZC 1HVLA 4FS4A 5DR4A 2NXLA 4EJDA 3FX5A 2HB3A 3A2OA 4EJKA 1BWBA 2AOGA 3CIBA 5P1DA 3NXEA 3O9IA 3FNSA 4D83A 5P03A 1D4LA 5P13A 3QRVA 5P7XA 3CIDA 1IZHA 3PM4A 1W5XA 1YM2A 3K5FA 2B60A 3NDXA 2AOIA 4WY6A 2RSPA 2R5PA 5TOLA 1EC2A 5P4OA 1A8GA 1EPRE 4KE1A 1U8GA 4DFGA 3VF7A 1C6XA 1W5YA 5P4NA 2HIZA 4Y47A 3PHVA 5P72A 4MC6A 3UDJA 4J1HA 4PZXA 3UQXA 4Y36A 5P0NA 2FLEA 2P3BB 4TRYA 4Y57A 2HB2A 5P4MA 5OZLA 5P62A 5P28A 3EC0A 4Y3ZA 4Q1WA 4JECA 3OXCA 1FLHA 5DQ2A 2QU2A 4CPQA 2Q3KA 2HPEA 5OZPA 5P5LA 5OZIA 1JLDA 3QBFA 2R3TA 4Y5KA 2JJJA 1XN3A 2PYMA 4ZPGA 5KR8A 3SLZA 4B1CA 2P3CA 3IGBA 4L1AB 2PH6A 1MRWA 4QJ8A 1YG9A 3LZVA 5DPZA 1FF0C 3GI5A 4RVJA 4Y39A 2PWCA 4OD9A 3IXJA 4Y3FA 5OYYA 5P4YA 1B5FA 4GZFA 3PCZA 1FQ5A 2PK5A 5HE4A 5P4WA 5JODA 1UH9A 4L7GA 1APVE 3TLHA 5P5YA 3DCRA 5OYUA 4I8WA 4NKKA 4DPIA 5P4ZA 2BPXA 1VIJA 3MSLA 5F00A 1DMPA 4Y6MA 1APUE 1NPWA 4JOOA 2AZ9A 2AODA 5P7RA 4I0GA 5P5EA 4F75A 4FAFA 2VNNA 3H5BA 2QNPA 2Z54A 2R8NA 2WF0A 5P5PA 3SABA 1FQ6A 4PHVA 2QI6A 2G21A 2Q55A 3WB4A 4L7JA 3BVAA 3EKXA 4B1DA 1ZLFA 3T11A 3ZOVA 4DJYA 1TSQA 4AA9A 5OYQA 1HSIA 2B7FA 4PYVA 5P74A 4Z4XA 5EZXA 5P16A 2Q15A 1APTE 4GJBA 3FNTA 2VA7A 3VFBA 1ZPAA 3KF0A 4LXMA 3NLSA 3DJKA 5P2CA 2P3BA 5P12A 3SA5A 5P34A 4H3IA 3F9QA 2PYNA 1SP5A 2B8LA 2NMZA 5P8SA 4I0JA 4YHQA 3SQFA 4Y58A 5JFPA 1ZPKA 1PROA 4Y48A 2QD6A 3WSJA 5P45A 1D4KA 2P3DA 3LIXA 2AOHA 5P7YA 3OUCA 5P1OA 2I4QA 5P7TA 2O40A 1A30A 1FMBA 1FIVA 4GJ9A 5OYRA 1BBSA 5P7WA 3VCMA 2BJUA 2QD7A 4Y9WA 4ER2E 1FKNA 4RGHA 2BB9A 3S53A 1PPLE 2OHSA 3PEPA 4IVTA 5P6MA 3VV8A 2PC0A 3LZSA 1LYBA 3OQDA 4YD6A 5CONA 3SACA 4EQJA 5P6UA 3IAWA 3CYXA 2AZCA 2PSGA 4XXSA 2ZHVA 2NTRA 3PWMA 1E5OE 4PEPA 4Y3YA 3BGBA 3ZKXA 3SFCA 2ER0E 3JVWA 3U6AA 2NMYA 4EP3A 5P1VA 3DV1A 1GNNA 3B80A 2F80A 4GMIA 3T7XA 3NUOA 1PPME 4CKUA 5P1PA 2WECA 3O9GA 5COOA 3EXOA 1T3RA 4FCOA 1FGCC 3S43B 1HTFA 3OGPA 5OZ2A 3OU1A 3TH9A 1META 2AVMA 3NSHA 4HE9A 3FNUA 5P1HA 2QMDA 5P4XA 4RRSA 1SDTA 3LZYA 4M8XA 2HS2A 1MSNA 5P7AA 1IBQA 3KFNA 3Q4BA 5JG1A 2AVVA 5P02A 1LYAB 1FMUA 3OOZA 5P84A 4J55A 1GVXA 5P7ZA 3DOXA 3TTPA 3KT2A 2QI0A 5P2FA 3SM1A 4U7QA 5P2DA 1AJXA 1Z1RA 4JP9A 5OZUA 5P1QA 3UQRA 3VFAA 4QJ6A 3VYFA 4FRIA 4HDBA 5P64A 1GVVA 1Z1HA 3PI5A 3TPLA 1SMEA 3UHLA 4MC9A 1HVCA 2QHCA 5P7FA 2XFKA 2NR6A 4Y54A 5P4UA 4B1EA 4Y3XA 3ZKIA 3LHGA 3NWQA 3RSXA 1QBRA 4ZE6A 1M0BA 1DIFA 2P3AA 2ZJNA 3K5DA 3EKVA 3S56A 3T7QA 3UQUA 5P1JA 3S7LA 3OQFA 5P5AA 1TCXA 2I4UA 4UPJA 2PH8A 3VF3A 1HTEA 3Q3TA 3N3IA 1EPQE 5P1KA 5P7JA 2VA6A 5P0UA 1K1TA 1EAGA 2WEDA 3O9EA 5P4TA 2IGXA 3T7PA 2P4JA 2OHNA 1ODYA 4EJLA 5AH7A 2UXZA 2QMFA 5P52A 1SGUA 3BXRA 5P19A 4BFBA 4FM8A 5P51A 1A94A 4HZTA 3TPJA 2PSVA 2QCIA 5P2UA 3L5BA 3ZPSA 3CICA 3EM3A 3PLLA 5P6ZA 5P4RA 2V13A 1EPLE 4OBKA 1SGZA 2BPWA 5P07A 4DVFA 3I6OA 5OYTA 1IZEA 1IVQA 5OZQA 2IQGA 2HM1A 4QJ9A 2QMPA 2BKSA 4OBGA 4LC7A 5P50A 5IE1A 3KT5A 4KE0A 1FB7A 1BILA 3LIVA 3B7VA 2RKFA 2NXDA 5P2JA 4ZPEA 3QS1A 1B11A 5KQYA 5P4FA 1PSAA 3EKPA 5P01A 3VV6A 5P5HA 1ENTE 3RTMA 4YD3A 4M8YA 5P5SA 3L5FA 3ZKQA 1IDBA 3SO9A 1J71A 3VUCA 5B18A 5SXNA 5P4QA 4B0QA 4Y4UA 5P11A 4DJUA 1DP5A 5P3CA 4RROA 4B72A 1C6YA 2I4DA 1BWAA 1ZTZA 5IS4A 5OZXA 4RCEA 5P14A 3VV7A 4ACUA 4FAEA 1B6LA 2G26A 3HVGA 2G1NA 1FQXA 2O4KA 1TSUA 3DV5A 4FM7A 5DQCA 3LPJA 3KN0A 4BELA 5P0KA 5P8QA 5P0PA 4OC6B 2AOEA 3OY4A 5P7LA 3Q5HA 4J1EA 2AOCA 5DQ1A 3CKPA 5P1ZA 1HVRA 3HAUA 3UDNA 2QI7A 3FSMA 2WEAA 4H3FA 4J0PA 5P17A 4Z50A 3SAAA 4Y37A 5CLMA 1MESA 2I4VA 2QI5A 3TOFA 1TCWA 3INEA 5HDUA 3RSVA 1QBUA 4B70A 5P37A 1KZKA 2ZGAA 2QZWA 1KJGA 1E80E 2G1SA 1EBZA 4FM6A 4D88A 3CYWA 3SA9A 3PSUA 4YOBA 3VYDA 4LXAA 5P0GA 5EZZA 4D85A 3R2FA 2NNPA 4ZEAA 5P2LA 5PEPA 5P3OA 5OZWA 1AJVA 1HIIA 4JPEA 5DQ5A 1MEUA 5P3BA 3O9CA 5P5TA 1EPOE 1MT8A 1IDAA 4B78A 5P6PA 4Y38A 5P5WA 3C9XA 5P5QA 1EEDP 3OU4A 4FLGA 3D3TA 3O9AA 1ODXA 5P2QA 5P6QA 5P7BA 3GI4A 3WZ8A 3LNKA 1GKTA 2UPJA 3TPPA 3PSYA 3U7SA 1BDLA 5P1TA 3RU1A 4LP9A 4ZSQA 4DJVA 5P2HA 5P1EA 5P5JA 5HE5A 3OQ7A 2BPVA 5P7CA 5P78A 1LYWA 5P05A 2G1OA 4PZWA 2R9BA 1XE5A 4DQBA 1ZJ7A 3EL4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CZI E;  5OYS A;  5HVP A;  1LYB B;  5P87 A;  3DK1 A;  2ASI A;  5P2R A;  1RQ9 A;  4E43 A;  2FXE A;  5OZT A;  5P4H A;  5P3T A;  5P6C A;  4NJU A;  5P00 A;  3TOG A;  5DR7 A;  4Y5L A;  5P70 A;  3ZKG A;  5P6B A;  4EXH A;  3SPK A;  3PWR A;  1K6C A;  2F81 A;  5P1L A;  1MVP A;  2HPF A;  3EM6 A;  4GJD A;  5AH9 A;  1OEX A;  1HTR B;  5P47 A;  3SA6 A;  4A4Q A;  5P5I A;  4NJV A;  1LV1 A;  1HPO A;  3SA8 A;  5P3H A;  4I12 A;  5P3I A;  4DJX A;  2WF1 A;  1K1U A;  3EL1 A;  4I10 A;  4L6B A;  5KR1 A;  3UDR A;  1XL5 A;  7HVP A;  3OU1 B;  1HEF E;  2BBB A;  3NU4 A;  3KA2 A;  5T4S A;  1W6I A;  4LAP A;  3S7M A;  5P66 A;  2XYE A;  5P6K A;  1GVW A;  3DUY A;  5P0W A;  5OZ8 A;  1YM4 A;  5P4A A;  3MXD A;  4OBH A;  2AZ8 A;  4YA8 A;  4YD7 A;  5OZ3 A;  2REN A;  2WJO A;  5P8V A;  5P3Y A;  4TRW A;  5P3Z A;  4I0F A;  5OZN A;  5P5C A;  1ME6 A;  3OU3 A;  5P1C A;  5P0Y A;  1D4J A;  5P2S A;  5P68 A;  4TVG A;  1SMR A;  5P31 A;  2AID A;  5P0C A;  4CPS A;  4J0Z A;  5P2Z A;  4Y56 A;  5P3X A;  2O4N A;  5P7P A;  2APR A;  1W51 A;  3S8I A;  5P4E A;  1B6J A;  5P1A A;  3R0W A;  1E81 E;  2PMA A;  5P7H A;  5P3L A;  5P1F A;  2PSU A;  1ZAP A;  5P18 A;  1G6L A;  4KB9 A;  1OHR A;  5IVQ A;  1BV9 A;  5P56 A;  2J9J A;  2QD8 A;  4Y45 A;  1D4S A;  4DH6 A;  1QS8 A;  2AVO A;  5P8E A;  2OHP A;  5P5F A;  3K4V C;  1SIV A;  5E5J A;  3S54 A;  2FMB A;  3K5C A;  2A4F A;  5P1X A;  1N49 A;  3NWX A;  5P0Z A;  5P2O A;  1HWR A;  1M4H A;  2XFJ A;  3NDW A;  1FG6 C;  3O9F A;  4FSE A;  3LIN A;  5P6D A;  1AM5 A;  4ER1 E;  2V11 C;  2OHM A;  3PLD A;  5P1W A;  4FE6 A;  5J25 A;  1K2C A;  4EPJ A;  4ZLS A;  4AUC A;  2FIV A;  5UPJ A;  3U71 A;  5P6I A;  4NJT A;  1D4Y A;  3GGV A;  4J0Y A;  4J1F A;  4Y3G A;  3OQK A;  3OAD B;  5OZ7 A;  5P0L A;  5P0Q A;  1TZS A;  5P44 A;  2Q54 A;  3QPJ A;  1WBK A;  3KFP A;  5P1G A;  3IN4 A;  5P8R A;  5P5D A;  2AOF A;  3D1X A;  2I4W A;  3NXN A;  1WKR A;  2QMG A;  1BDQ A;  5P1M A;  2FDE A;  2FXD A;  2XYF A;  5P5K A;  5OZJ A;  1HIV A;  3KM4 A;  5P75 A;  1W6H A;  4GB2 A;  4COE A;  4Q5M A;  2P83 A;  5P39 A;  3FKT A;  3UQW A;  4XX4 A;  1YTI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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