1D4JA

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor msl370
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1d4jA00
1XDHA 5P4JA 1EC3A 3CIBA 3INHA 3JVYA 1ZP8A 5P3RA 4RRNA 1XS7D 1KJGA 4Y5PA 5P7EA 2VNNA 2WKZA 4Y35A 3QN8A 5OZ7A 5P3OA 1GNMA 2QP8A 1F7AA 3L5FA 3DV1A 5P4CA 3BGCA 5OYZA 5P5UA 2QU3A 1MPPA 1IZDA 3TPRA 5P1PA 1MT7A 4NJVA 1FQ7A 4DJRA 4WY6A 4J1CA 1RL8A 4K8SA 1M0BA 2OHRA 5I3WA 2VIZA 2XFJA 4L7GA 1MSMA 5P73A 1LYWA 4Y9WA 1HXWA 4QLHA 3GI5A 4MC1A 4WTUA 3OXWA 3GI0A 3RVIA 5P36A 3UCBA 1BWBA 2I4UA 2R8NA 1CPIA 1OEWA 2ER6E 2HPEA 1B11A 5JODA 3URLA 3LIQA 5P2NA 1HXBA 5P1OA 5HE4A 2VA7A 5P1HA 4DPFA 3SA8A 3C9XA 5P6JA 5P6XA 2G20A 5P1FA 3IXKA 3VLBA 5P6IA 1BVEA 2QD6A 3RSXA 1FQ8A 3I7EA 1NPVA 3OADA 2HS1A 1OEXA 1LYWB 2PK6A 5IVQA 3BC4A 1ODWA 4EJ8A 5P1GA 3VFAA 3KDCA 2AOHA 3FX5A 4Y5EA 5P6AA 5P1YA 4HZTA 2EWYA 1W5WA 4Y4UA 5P6DA 5P1KA 3EKTA 2ZJMA 4TVHA 5P1TA 5P88A 4BFBA 2PK5A 1B6JA 1T6EX 4FRKA 4MC2A 5P6MA 3UQRA 5P63A 5P5QA 3D1YA 5P58A 3R4BA 3GI6A 3QROA 4RLDA 1GNNA 5I3VA 3PHVA 3QBHA 3SA4A 5P70A 5HU1A 3UQUA 2F80A 2WF1A 3PLDA 3S43A 3VYDA 2I0AA 3NXEA 3K5DA 5P5XA 1RPIA 1D4KA 3OADB 1BV9A 3DCKA 5P6VA 2HAHA 2PH8A 1HOSA 4L7JA 2I4DA 3PCWA 2ER0E 5KR2A 2NMZA 3LIYA 5P01A 2ZJKA 2BPVA 1EPQE 3PI5A 5HE5A 4PEPA 4Y4DA 5SXNA 3ER5E 3OQFA 2AVVA 5P83A 3HBOA 4Y38A 5OZUA 1GNOA 2QZWA 4MC6A 2G27A 4OBZB 5P28A 2V10C 1IZEA 1QBTA 5P4IA 2RENA 5P78A 3S43B 5P38A 3ZKMA 2R3WA 6UPJA 5BWYA 1QDMA 5P0YA 5P72A 5ER1E 5P7HA 3JW2A 1Z1HA 1HEGE 4I0GA 2CEJA 1HTGA 1DW6C 1NH0A 2AVSA 2A1EA 5J25A 1F34A 4GYEA 5P1XA 4EXHA 2ZJLA 1IVQA 2NNKA 4Y5GA 3KM4A 4YD6A 5OZ5A 4B78A 1NSOA 3UHLA 2OHQA 2SAMA 3GGVA 4J1EA 5IVTA 1ZJ7A 4DJYA 2O4NA 4Q5MA 1W5VA 1HTFA 1LYAA 1VIKA 4XX4A 3OHFA 2UY0A 1EPNE 1YT9A 1YM4A 3I8WA 3OK9A 2F3FA 5P6WA 4K4RA 5P8JA 3NWXA 4I0ZA 3ZPUA 3NR6A 2AOGA 4J0PA 5P7FA 4GJAA 5P1BA 1HHPA 3O9FA 3HVPA 1W6IA 2QI7A 1EBWA 3SM1A 5P2RA 2NNPA 1CMSA 4LP9A 5P4WA 5OYVA 5P7AA 5P5ZA 3OY4A 2Q15A 3CICA 3EM3A 2QU2A 3SA7A 3O9EA 2WJOA 3IN3A 4HDBA 5P2CA 4ZPEA 1QBSA 2QMPA 5P89A 3S8IA 4RZ1A 5P4XA 3D91A 5P0HA 1D4LA 5P4NA 5P6LA 5COPA 3VF7A 5OZCA 4A6CA 1ZTZA 5P3YA 5P74A 4CPRA 4DJOA 2OHSA 3BXSA 3Q70A 1FQXA 3FIVA 5AHAA 5P30A 1GVVA 4AA9A 5P4OA 3PB5A 4ER4E 1WBKA 1DPJA 2P3BA 4E43A 3UDHA 2AQUA 2HIZA 3HAWA 3PLLA 3WB5A 4OBKA 4Y3WA 5P1LA 4PZWA 5P8IA 4J0ZA 2I0DA 2ZHVA 3ZPSA 3PSYA 3H0BA 3TKGA 4FL8A 5P7UA 3SAAA 3LIVA 3Q6YA 2RKGA 5P5AA 1PFZA 5P2IA 1LF4A 5P5YA 3I6OA 4ZSMA 1MRWA 3SKGA 2G69A 2V13A 2P3BB 4R93A 4Y4XA 2ZE1A 2ZJHA 5P3EA 5P8RA 3UPJA 4QJ2A 1RNEA 2J9KA 2QI3A 3OTSA 2AZ8A 3TOHA 4Y4JA 2PH6A 5P2EA 1BDRA 1HPSA 3EKWA 4Z4XA 4F75A 4LAPA 3QRSA 5P87A 2R43A 3U71A 1XE6A 3SA5A 5P68A 5P65A 1M43A 5P2SA 2QAKA 1BVGA 4GMIA 3O9HA 4YHQA 1FQ5A 2HM1A 5DR7A 3VSXA 2XFIA 2G1OA 5P2AA 2AOCA 2CENA 3EM4A 1BILA 2VJ7A 4QJ6A 4YCTA 5P5WA 1GVTA 3ECGA 5P62A 4Y4EA 5P09A 1EPME 3NDWA 3R2FA 1HTRB 5P6GA 4OBHA 3LPJA 1ENTE 4LL3A 1FG8C 2QNQA 2WF3A 4BEKA 2FXDA 4H1EA 5P12A 1PSOE 4DV9A 1HIVA 5P8TA 4ZPFA 5P57A 1BBSA 2OHLA 1GVXA 3PSUA 1AJXA 5P45A 4FGXA 5P5EA 5P7YA 3GGAA 4Y57A 1FFIC 2F3KA 2ER9E 3APRE 5OZAA 1HPXA 3PMYA 3EL4A 4ZPGA 8HVPA 5P0WA 2B7FA 4DQBA 3SLZA 5P0CA 3EKXA 1ZLFA 5APRE 1SDVA 5KAOA 4I11A 5OZ3A 2QNPA 5P4FA 5DGUA 2XFKA 5P5DA 2QK5A 3KDDA 2JYSA 4Y53A 5P3DA 5P5NA 4RVJA 3EXOA 5P4YA 1TCWA 1XE5A 3VFBA 5P52A 4AZYA 3KFSA 1TW7A 3UQXA 2MIPA 1B6MA 5P67A 5KQZA 1YTHA 2AODA 1HSGA 4DI2A 1A30A 2ZJNA 3EL5A 5DQCA 5P19A 4EXGA 5P2XA 1LF3A 3L58A 5P3SA 1SGZA 1HVSA 5P0LA 1HVHA 3L5BA 5DR3A 4GJ6A 5P25A 4B00A 4AUCA 2H6SA 2ZHTA 3NU5A 5OZDA 1W51A 5P03A 1FG6C 2BB9A 1AXAA 4RCDA 4EP3A 3MSJA 5P7LA 5SY3A 4I12A 4QJAA 3O9LB 5P3LA 2ZHSA 1BXOA 3L3AA 1TQFA 1FB7A 1W5YA 5P3FA 2FDDA 4DQGA 2PYMA 1WBMA 5OZKA 2QD8A 4B0QA 3OOZA 5P0FA 5P5IA 4Q1XA 7UPJA 4EJDA 3T7XA 4I0FA 3B80A 2V11C 2IKUA 1FFFC 5P4MA 2CEMA 5P6ZA 2P3CA 5P7CA 2P3AA 5P0BA 1M4HA 3SA3A 3FNUA 3SQFA 4Q1NA 3IN4A 5P27A 5P0ZA 3VG1A 1ER8E 4DJXA 5P0PA 2BPWA 2G21A 4I0IA 5AHCA 2VS2A 4Y37A 4R8YA 2Q55A 3BVAA 5P79A 3SM2A 5P8HA 5P4HA 3PGIA 3UDRA 4Y47A 4DVFA 4Z22A 3RTHA 5P06A 5OZMA 5P1WA 5P2OA 4DQFA 3GGUA 4FAEA 3NUJA 5OYUA 2IQGA 2XYFA 2HPFA 2PWRA 1MVPA 2ASIA 2RMPA 3EL1A 4CPWA 3S7LA 4BELA 5P07A 5P1DA 5P1ZA 5P3PA 3UDJA 5P71A 1HIIA 5DR1A 3NDXA 4Y5LA 5AH7A 4K4PA 3SPKA 4J55A 2O4SA 2VA6A 3ER3E 3IXJA 1K6VA 4GJDA 2QI1A 3MXDA 5P4DA 4B70A 5SZ9A 4JPEA 5EZXA 5KR0A 2Q11A 4OBJA 1LZQA 5P41A 5P66A 4Y6MA 2VJ6A 5P5FA 3NDUA 3NLSA 3OUCA 1IIQA 2WEDA 4DPIA 3NUOA 1C6XA 3L59A 5KOQA 3UFNA 1A8KA 5OZBA 5P1JA 2G1NA 5P7WA 1N49A 3CKPA 5KOSA 2HC0A 1T3RA 2QZXA 4Y5NA 5P7PA 3O99A 4Y5MA 4JOOA 2A4FA 2QMGA 3LPIA 5P4RA 7HVPA 3KT2A 5P3IA 5DQ4A 4Y4WA 1HRNA 4L6BA 1MT8A 3EL9A 4Y41A 5P61A 3I2LA 5P02A 5DGWA 1EPOE 3WZ6A 4EYRA 4YD3A 5P3WA 2PMAA 5P4QA 5OYXA 6FIVA 1G6LA 2G22A 5OYQA 4RRSA 3S45A 4Z50A 4YOAA 3OU4A 2WECA 4HA5A 3SA9A 5C9BA 5OZLA 1APWE 5PEPA 1A9MA 2Q54A 2QZKA 4Y54A 3KYRA 1YTIA 3D1XA 3AIDA 5P00A 5P2HA 3KF0A 4APRE 4J1KA 1HVRA 1FIVA 5P1NA 1K1TA 4U7VA 5OZSA 2V12C 1HWRA 3IAWA 3OGPA 1PPLE 4KB9A 4Y36A 5EZZA 3K5CA 1EC0A 4OD9A 4B1DA 3CYWA 1ZBGA 1LF2A 5P10A 2AOJA 4EWOA 1TSUA 3OU4B 5F00A 4I1CA 5P6UA 1XN3A 3Q3TA 4I8WA 5P0EA 5E5JA 5COKA 1MEUA 5P17A 2FIVA 1BDLA 1QRPE 3TOGA 1YM2A 5P23A 3Q5HA 1E5OE 2I4QA 5P2ZA 4Y3RA 3OUBA 4I0JA 3EBZA 5AH6A 3IGBA 2FMBA 1K6CA 2ZHUA 4TRWA 2NMYA 3BVBA 2FGVA 4F73A 1SMEA 5KQYA 5P7IA 4IVTA 1LEEA 4Y51A 4PPHA 3O9CA 5P33A 5P48A 3BGBA 3S85A 1D4HA 3PEPA 4COEA 3VSWA 5OZZA 5C9DA 1IDAA 4RGHA 1E80E 1AVFA 4RCFA 5P7KA 3WZ8A 5P1IA 4XXSA 2IKOA 3DUYA 1NPWA 2I4WA 3APPA 2G1YA 1SP5A 4Y4AA 5P3XA 4Y3XA 5P69A 5DR8A 5P08A 5P60A 2JXRA 5HDUA 4GJ7A 1PSAA 3LHGA 4FCOA 5ENKA 3WB4A 1EPRE 4LXAA 2FXEA 2Q63A 2ZJIA 3O9DA 2R3TA 4GZFA 5HCOA 5IVRA 3OGQA 3KA2A 4Y44A 5P15A 5P4KA 5HE7A 4H3GA 5P39A 1HVKA 1C6YA 5DPZA 4ER1E 1D4YA 4YD7A 4X2LA 1PPKE 3HAUA 5P80A 1EPPE 5P5HA 4ZE6A 2FGUA 1LYAB 4DJWA 4Y4GA 1FMXA 5P5CA 2QHYA 3PRSA 5P8PA 2FNTA 2WF2A 3EC0A 2IEOA 5P3TA 5I70A 3BUGA 5DQ1A 5P8MA 4EHCA 3ZMGA 1OD1A 1K2BA 2BJUA 3K5FA 3K4VA 3KMYA 4Y3AA 1T7KA 2ZHRA 1YG9A 2R9BA 1IDBA 5I3YA 3KFPA 5P1UA 6APRE 2O4LA 1UH7A 5P1AA 4OBFA 5OYRA 1KJ4A 4APEA 4JECA 1AM5A 4A4QA 3UQPA 3KT5A 5P0XA 3WSJA 1BDQA 1J71A 4I8ZA 5P13A 5DR0A 4NPUA 3IVIA 4I10A 5P2TA 3NDTA 2IRZA 5HDZA 4CPXA 1C70A 4XX3A 5P8SA 1HVJA 2V16C 1K1UA 5P7MA 4J1IA 5P6RA 2P83A 5KR1A 4FM8A 5P0DA 1E81E 5OZ4A 4Y48A 2NR6A 2BKTA 4YCYA 5P8LA 4Y3LA 5P7DA 1AZ5A 2BPYA 5P0IA 3TLHA 5AGZA 3RTMA 3T7QA 5P1RA 2QMFA 3ZKSA 5P64A 1MTRA 3FV3A 1FKNA 2XYEA 3SKFA 2PWCA 2VJ9A 5P75A 1ZSRA 5HTZA 1QBRA 1KJ7A 4YBIA 4DQHA 1GVUA 5P7JA 3CKTA 4Y5CA 5P55A 5P7QA 5P35A 1ZPAA 3KN0A 1TZSA 5HCTA 5P1EA 5B18A 5JG1A 3S56A 5ER2E 2QD7A 2AZ9A 4Y4BA 3PMUA 2AOEA 2QI4A 5OYWA 2HB3A 1APUE 3U7SA 1EC1A 4H3JA 3IXOA 4PYVA 4CPTA 3LITA 4HEGA 4HE9A 5P4UA 2OHMA 3HD8A 2WHHA 3OTYA 5P0OA 3UDMA 2H6TA 4J0YA 2I4XA 4K9HA 1MERA 5OZGA 2APRA 3PM4A 5OZEA 3T3CA 4LXKA 3MWSA 4L7HA 3VEUA 1RQ9A 5ENMA 4ACXA 5P2BA 4Y5KA 4FM6A 5P6FA 4YD4A 2QNNA 5P3HA 1BAIA 4YD5A 3D3TA 2QHCA 5E5KA 4U8WA 4FRSA 2OHPA 5P8KA 5P2WA 4CPUA 4Y3DA 4L1AA 2Q64A 5DR4A 5P82A 4LBTA 5P0GA 5P50A 1EAGA 2I4VA 3BHEA 1K6PA 3NU3A 4FAFA 3URJA 4Y3TA 1SDTA 3PBDA 1ME6A 1KZKA 5P8NA 3T6IA 5P3AA 1XL2A 2OHKA 2WEAA 4Y3PA 4NJSA 1TSQA 3UF3A 1B5FA 1HSHA 4ZLSA 3FNTA 3O9AA 5OZIA 1META 4YDFA 5IE1A 1QS8A 2Z4OA 1APTE 5OZ8A 5P16A 3SFCA 3KFNA 5HU0A 4YBFA 4OC6A 2NXLA 3LIZA 5HDVA 4B1CA 3RU1A 4F74A 4YCKA 3OU1A 5DQ2A 3KDBA 3R0YA 5P37A 4D85A 1MUIA 2VKMA 3TL9A 5C9FA 2QCIA 5P53A 3QRMA 1ODYA 3HZCA 5P5KA 1B5FB 3EKQA 4QJ7A 3OHHA 5P0UA 5P0TA 3GGXA 5P0QA 4EQ0A 5P2LA 1HVLA 2AOIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XDH A;  5P4J A;  1EC3 A;  3CIB A;  3INH A;  3JVY A;  1ZP8 A;  5P3R A;  4RRN A;  1XS7 D;  1KJG A;  4Y5P A;  5P7E A;  2VNN A;  2WKZ A;  4Y35 A;  3QN8 A;  5OZ7 A;  5P3O A;  1GNM A;  2QP8 A;  1F7A A;  3L5F A;  3DV1 A;  5P4C A;  3BGC A;  5OYZ A;  5P5U A;  2QU3 A;  1MPP A;  1IZD A;  3TPR A;  5P1P A;  1MT7 A;  4NJV A;  1FQ7 A;  4DJR A;  4WY6 A;  4J1C A;  1RL8 A;  4K8S A;  1M0B A;  2OHR A;  5I3W A;  2VIZ A;  2XFJ A;  4L7G A;  1MSM A;  5P73 A;  1LYW A;  4Y9W A;  1HXW A;  4QLH A;  3GI5 A;  4MC1 A;  4WTU A;  3OXW A;  3GI0 A;  3RVI A;  5P36 A;  3UCB A;  1BWB A;  2I4U A;  2R8N A;  1CPI A;  1OEW A;  2ER6 E;  2HPE A;  1B11 A;  5JOD A;  3URL A;  3LIQ A;  5P2N A;  1HXB A;  5P1O A;  5HE4 A;  2VA7 A;  5P1H A;  4DPF A;  3SA8 A;  3C9X A;  5P6J A;  5P6X A;  2G20 A;  5P1F A;  3IXK A;  3VLB A;  5P6I A;  1BVE A;  2QD6 A;  3RSX A;  1FQ8 A;  3I7E A;  1NPV A;  3OAD A;  2HS1 A;  1OEX A;  1LYW B;  2PK6 A;  5IVQ A;  3BC4 A;  1ODW A;  4EJ8 A;  5P1G A;  3VFA A;  3KDC A;  2AOH A;  3FX5 A;  4Y5E A;  5P6A A;  5P1Y A;  4HZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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