1D4SA

Hiv-1 protease v82f/i84v double mutant/tipranavir complex
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of HIV protease inhibitors: sulfonamide-containing 5,6-dihydro-4-hydroxy-2-pyrones as non-peptidic inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 PROTEASE)
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1d4sA00
1LYAB 3PJ6A 3OK9A 2AODA 4FRKA 2XFKA 5F01A 5P5JA 3NUJA 5OZ8A 4TRYA 5P62A 2VS2A 1EC3A 2G21A 1HSIA 2NXDA 5P5PA 1HTRB 4Y3RA 5OYWA 5P7AA 3QBHA 2BB9A 4CMSA 1IDBA 1MUIA 3VYEA 4GJ8A 2QI7A 3DCKA 5OYYA 5SY3A 1LZQA 3VSWA 4YE3A 4Y9WA 2P4JA 1BAIA 5P5MA 5OZWA 4AUCA 4NPTA 5P74A 4DV9A 2IEOA 5P6KA 3IVIA 1MT9A 3NDTA 5P42A 2IGYA 5COPA 3LIXA 5P0JA 4JPCA 1W5WA 3PMUA 4I0DA 4OBDA 3UFNA 3DUYA 5P09A 3L5FA 5IS4A 3BC4A 2AOEA 3OADB 4H1EA 3D1YA 1IIQA 4DJQA 4IVTA 5AHAA 3FSMA 4R92A 3KT5A 1CZIE 3IXOA 5HDUA 5P4JA 1VIKA 2I0AA 5KOQA 5KAOA 4YD7A 3VUCA 1APWE 5P8TA 5COOA 3O9GA 3OUBA 1C6YA 3VFBA 3RSXA 5P2JA 1MEUA 5IVQA 4Y3JA 3GI5A 3UDMA 5OYTA 4I1CA 1FMXA 2NNPA 4KE1A 2ZHVA 1OD1A 1B6PA 1TW7A 4GJAA 5P7LA 1HVSA 4QJAA 3RTNA 3KDDA 1B11A 1YM4A 5P1ZA 1MTRA 1SIPA 5OZ5A 2AOHA 3OQ7A 4J1KA 3S8IA 5I3WA 2P3BB 2HM1A 3MXDA 1C6ZA 4RVIA 2BPWA 1UH8A 3ZPUA 1HSHA 1HVHA 3U6AA 4Y39A 2XYFA 2PQZA 3DV5A 2VKMA 3O9CA 5FIVA 3NXEA 1ZBGA 1ZTZA 2ZE1A 3T11A 3O9DA 2NTRA 5P1KA 4DJYA 1VIJA 5P6IA 4DJOA 1E81E 2AVOA 4Y4DA 1ENTE 4OD9B 1YG9A 5P3ZA 4FAFA 5P24A 3LPIA 4Y5PA 5P6DA 2Z4OA 3HBOA 4EPJA 5P0GA 1EBWA 4PZWA 2V0ZC 3K5DA 5P78A 3TNEA 5P5AA 2VJ6A 5I70A 5KR1A 2ER7E 3OQDA 3APRE 3PI0A 4APEA 5APRE 5P7UA 4PHVA 5P23A 5P6SA 5P6MA 3BVBA 2OHLA 2I4DA 5OZIA 3EC0A 2QI6A 2I4WA 4LBTA 1K2BA 2OHMA 3SFCA 3DM6A 3PSGA 1LF4A 3HW1A 1QS8A 4YDGA 2P3CA 1FMBA 3HD8A 2ER0E 2OHPA 1Q9PA 5P1XA 5P2NA 4I0HA 2B8LA 4OBGA 2V13A 5E5JA 1BXQA 3NU6A 5P7IA 3NWQA 5P70A 5P6NA 3NU5A 1TSUA 2V00A 3VLAA 2QNQA 3UF3A 5SY2A 3UDNA 3OY4A 3ZKNA 4XX3A 1IZIA 1DAZC 4DPFA 1MT7A 3L5EA 5P88A 2Q55A 3UQPA 5P00A 1HVKA 5P1HA 4D83A 1HTGA 3GGVA 5P0TA 4NJTA 2IS0A 4F75A 1HXWA 5P2GA 3OGQA 4Z50A 5OZYA 3SA8A 1ZLFA 5P16A 5P5OA 2VIEA 3ZPTA 3IN4A 4Y53A 5OZ9A 4B1EA 2QD6A 5P4VA 3N4LA 4FM8A 4I12A 5OZTA 4OC6B 1FG6C 4ZIPA 1K6TA 3VEUA 1LEEA 4IVSA 3VG1A 3DV1A 3ZKGA 2AVMA 2WHHA 3KFPA 3BRAA 5P6WA 3OXVA 1LYWA 2FXEA 1XN2A 4QJ9A 4DQGA 5P4OA 1M43A 3TPJA 5P3JA 5P8AA 5IVTA 3OQFA 5OZJA 1G2KA 2QHZA 3VYFA 5DR7A 5P6OA 3SA6A 4RVJA 1FKNA 5P73A 5P0CA 5P6PA 4QJ7A 2F3EA 5HE5A 3CIBA 4YD6A 2QK5A 2R5PA 1D4KA 2AQUA 3QRVA 5P5LA 5P6VA 3K4VC 5P5QA 1PSAA 4ZPEA 1D4LA 4HA5A 1WBKA 4R91A 5P12A 4FM7A 4R93A 5P8MA 4EWOA 1J71A 5P68A 5P8OA 3LIVA 5JODA 4Y3NA 1PPME 5P65A 4CPTA 1XL2A 3WZ7A 4B1DA 3A2OA 3KN0A 5AGZA 5P6AA 1W5XA 1ODYA 2FDEA 4Y5EA 2B42A 4BFDA 4FRIA 4I11A 3ER3E 5P56A 1ZP8A 1B6MA 5P13A 5P2QA 3OTSA 5P60A 5F00A 3O9LB 2Q5KA 5OZLA 5P53A 3HDKA 5P2UA 1HVLA 3EM6A 5P33A 4Y3QA 3RVIA 3QAAA 1HPXA 3S43A 2Q64A 1B5FB 1BDLA 3O9FA 3LHGA 2ZJIA 4ACXA 4RCDA 4Z2ZA 1LYAA 1KZKA 1NPWA 4DJRA 1ME6A 3I7EA 5P2XA 5P76A 5KR2A 4Y4ZA 2I0DA 5P1YA 1K2CA 1D4SA 1K6PA 3ZPSA 3TOGA 2FNSA 5P7JA 3UTLA 4GZFA 3TOFA 4Y3TA 4YD5A 4I8WA 4Y5NA 3R0YA 1GNMA 2G94A 4L6BA 1SDUA 4OBJA 2QMFA 3JVWA 2PWCA 3BXRA 1QBRA 3UDKA 1PPLE 4OBZB 5P7ZA 4AZYA 5P25A 1MERA 1TQFA 5P1IA 1IZDA 5P2IA 3UQXA 2WJOA 1HSGA 2PC0A 1EC1A 5P1WA 4I0ZA 4HDFA 1T7JA 2VA5A 1MPPA 2XFJA 5P79A 3D1XA 4EJLA 2J9JA 5DQ1A 5P06A 4Y5BA 3ZLQA 2R5QA 4E43A 3NYGA 4J17A 5HE7A 3UQWA 4Q5MA 2QD8A 2I4XA 4B78A 1NH0A 5P1PA 4RRSA 2VA7A 3R4BA 1YTGA 4Y47A 1BWAA 5P1NA 5HE4A 5P7TA 2QI4A 1D4YA 4FCOA 5P8GA 3I25A 3L38A 3KA2A 5P2YA 4NJSA 5P8UA 3TOHA 3SPKA 5P8PA 3IXJA 4RCEA 1META 5P4DA 3EKVA 4CPQA 5P1MA 3MSKA 2G1RA 4GJ6A 5P8CA 3PLDA 2G1SA 5AHCA 3B80A 5P47A 4N00A 4L7GA 4DJUA 2P3BA 3SA9A 2WEDA 2Q3KA 4FIVA 2WF1A 5P8VA 5P20A 5AH8A 1W6IA 3D1ZA 5P81A 4AA8A 2G1YA 1B6KA 4HZTA 4Y5GA 1FFFC 3L5DA 6APRE 2FLEA 4FS4A 3OXWA 2QU2A 5P6ZA 4Y48A 5AHBA 3N3IA 5P80A 3S85A 4Y3XA 5P2VA 5P26A 4X2LA 5P2KA 3OUAA 5ER1E 3G70A 5P4EA 3S7MA 5DR0A 2BBBA 5P0MA 4OD9A 3QPJA 2SAMA 4Y57A 4CPRA 3VV6A 3Q3TA 1GVTA 5P4LA 3BUHA 5OZFA 3HLOA 4B1CA 5HCTA 1DP5A 4UPJA 3KFRA 5P7YA 5P0KA 5OYRA 3NDUA 2I4UA 4FM6A 4A6CA 2PMAA 4YCKA 2WF0A 3DOXA 2VNMA 5P3RA 3HZCA 2WL0A 2QMDA 3UPJA 2QI0A 1GNNA 4Q1NA 5DQ4A 4Y35A 1Z1RA 3D91A 4Y4BA 5P7RA 3GGUA 3SA4A 4EJDA 1IZEA 5P8RA 3VF3A 2R3WA 2QI5A 4MC1A 3NLSA 1SDTA 4JPEA 3SKFA 3UDPA 1ZSFA 3SKGA 3EL5A 1HIIA 1TZSA 2B7FA 4TRWA 5P4QA 3KM4A 1YTJA 3L59A 2A1EA 5P3SA 4ZE6A 4L1AA 3DJKA 4PEPA 1QBTA 2ER6E 2PK6A 1EEDP 5OZ0A 4Y3PA 5P3VA 1HWRA 1RL8A 3I6OA 4EP2A 5P3YA 3LIQA 1FEJC 4GMIA 5P5VA 5P34A 5AH9A 1MRWA 5P2HA 3G6ZA 3UFLA 4K4PA 2QI1A 3KMXA 5P4GA 5BWYA 5P3XA 1AAQA 1HEGE 4JOOA 3URLA 5P50A 1F34A 5P7GA 1KJ7A 5P83A 3D20A 3K5CA 5P8BA 3OAGB 3VYDA 2VA6A 5P8EA 3DCRA 3BUGA 2I4VA 4Y38A 1IBQA 5P1EA 5P45A 3ER5E 1DPJA 5P1VA 5P0IA 5P1JA 4YCYA 1D4IA 3EL4A 2R38A 1FQ8A 3ZKQA 2QHCA 1BDRA 5JFUA 4CP7A 1HOSA 2AIDA 1OEXA 5P05A 1FF0C 5P51A 1RQ9A 5P6EA 4WY6A 4J0ZA 2O4LA 4QGIA 2Q15A 4J1FA 5P1GA 5DR1A 4OBKA 3IXKA 2RSPA 5P2ZA 3OQAA 1KJ4A 3VLBA 3MXEA 3H0BA 1XE5A 3VV8A 5J25A 1SDVA 5P3AA 3GI4A 1UH9A 1W5YA 5HDXA 5OZOA 5P4NA 5P8KA 4AA9A 5P6XA 5I3VA 4Y5MA 5P7XA 5OYQA 5P4PA 4RCFA 5OZHA 2AOIA 4FGXA 1Z8CA 4H3JA 4B05A 2WEZA 5HCOA 2PSGA 5P6YA 5P29A 3PSUA 3SO9A 2V16C 1BXOA 4DQCA 1A30A 2G22A 1FIVA 3KDBA 4D85A 5P38A 4M8YA 4Y5CA 3FKTA 5P7NA 2NPHA 2G26A 4Y4WA 5P5CA 3AUPA 3RU1A 2ZJLA 3ZMGA 8HVPA 3SAAA 4LL3A 3BGBA 3NR6A 1EBYA 4Q1XA 1DMPA 5P5RA 1HEFE 2BPXA 5P61A 1HVJA 4Y3HA 5P37A 3EL9A 4A6BA 5KQFA 3WB5A 3R2FA 2OF0A 5HD0A 1TSQA 4Y41A 4QJ2A 5OYUA 5P5KA 5OZZA 2F8GA 4GJCA 5OZMA 4PYVA 2FGUA 4ZSQA 3L58A 5P54A 4EJ8A 3NDWA 3NWXA 1YM2A 5P4UA 5KOSA 4B70A 2VNNA 5JFPA 1PFZA 3OXXA 1EC0A 3TPLA 2FS4A 5KQXA 5P7DA 4CPSA 5AH6A 1LYBB 3T3CA 3PCZA 1HTFA 5DQ2A 4EJKA 4L7JA 1NPVA 2Q54A 4I10A 1IVPA 5DR3A 2ER9E 1OHRA 1YTHA 4FSLA 5P8SA 4NJVA 5P0WA 2CEJA 5P63A 4NJUA 4TRZA 3PSYA 5P0LA 5P2CA 4ZEAA 1W50A 3SA5A 1BILA 2JE4A 1PROA 2QMGA 5OZRA 4ER4E 1RV7A 2R8NA 3LNKA 5IE1A 2WF4A 5P04A 1WBMA 2OHTA 4R8YA 1GVWA 4ER2E 4RLDA 2UPJA 4WY1A 3PGIA 5P8FA 5P7BA 2IQGA 5P27A 5P17A 5P40A 1NSOA 2AOGA 3BGCA 5P5SA 2PH6A 5IVSA 5SZ9A 5P57A 1FFIC 4HVPA 1IDAA 1WKRA 4DQFA 2QP8A 5P3MA 3QROA 4Y4JA 1HPOA 5P0PA 1CMSA 3K4VA 1A94A 5OZ4A 5P5EA 5P7MA 5P5ZA 5COKA 3OXCA 1MTBA 5P4HA 3B7VA 3HVPA 5P5NA 1HPVA 2UY0A 5OZCA 4Y6MA 3IAWA 3APPA 2A4FA 1LF3A 4I0FA 3ZL7A 2NNKA 3HVGA 3LZUA 5P30A 5P5YA 1FLHA 4Y37A 4DJXA 1T6GA 4DJPA 3L3AA 3FIVA 5P4TA 5P46A 4FRJA 4BFBA 1EBKC 3CIDA 3AIDA 5P7KA 3D3TA 5P1SA 1BBSA 4EP3A 5P7WA 1JLDA 3MWSA 5P0HA 2WEAA 3GI0A 1FGCC 3OU1A 3UDQA 5OZPA 4U7VA 2IKUA 5P7VA 3VFAA 4Y3FA 4DPIA 4ACUA 2HIZA 2O4PA 5P1CA 4RRNA 3EXOA 3PRSA 1KJGA 3G72A 1ZJ7A 2HS2A 2QI3A 5B18A 3IA9A 1K6VA 5P52A 3ECGA 5T4SA 5P58A 3U7SA 3OUDA 2ZJKA 1HXBA 1YT9A 3FNUA 1FB7A 2V12C 5CLMA 4QJ8A 3PWRA 1MIQA 5P2DA 2FMBA 2IL2A 1FQ4A 2QMPA 4MC9A 1PSOE 4Y3EA 5P49A 5DGUA 2OAHA 3M9FA 4LAPA 5E5KA 2B60A 4I0EA 5P5HA 3K5FA 5DQCA 1EPNE 1ZPKA 1BVGA 1BV9A 4J1EA 3KF0A 3PVKA 3K1WA 4B0QA 5P5IA 5P8HA 4FE6A 4LHHA 3ZKXA 3URJA 3RTHA 5OZGA 4CPXA 2QHYA 3TH9A 1AVFA 1GNOA 5HU0A 2OHKA 4X7IA 5P28A 2O4NA 4I0JA 2O4SA 1AXAA 1T6EX 3R0WA 2H6TA 3PB5A 4J0YA 4WTUA 5BRYA 5ENMA 3OOZA 5P84A 4Y58A 2V11C 1ODWA 3LZVA 3Q6YA 5P4ZA 1UH7A 6UPJA 5P7OA 2FNTA 4Y4TA 5P8LA 2IRZA 2G1OA 3OADA 4KE0A 3Q70A 3L5CA 3GGXA 1B6JA 2PH8A 2UXZA 4K8SA 2MIPA 5P41A 4MC6A 3T7QA 3S56A 4TVHA 2G27A 5P5FA 4Y45A 5P6BA 5DPZA 2XYEA 3BHEA 5P55A 1AZ5A 2OHUA 4B72A 5OZVA 3CMSA 5P0OA 3KFNA 1HVIA 1XL5A 4ZSPA 4I0GA 5P69A 5P8JA 3C9XA 1DIFA 3I8WA 5P4YA 2ZJNA 3LIYA 2AVVA 4Y5LA 1HIVA 4YA8A 5P6FA 2QZXA 5P4MA 3CICA 2ZGAA 1LF2A 1GVUA 4RGHA 3OQKA 4H3IA 1BIMA 5UPJA 2QZLA 4J0VA 3MSJA 4I8ZA 5P4SA 1A8KA 5P4AA 1FQ5A 3KFSA 1HVCA 3NDXA 1HRNA 2FIVA 5P0BA 2PYNA 2BJUA 4Y4AA 5P5GA 3UDRA 3URIA 3UDJA 1B6LA 4ZSMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LYA B;  3PJ6 A;  3OK9 A;  2AOD A;  4FRK A;  2XFK A;  5F01 A;  5P5J A;  3NUJ A;  5OZ8 A;  4TRY A;  5P62 A;  2VS2 A;  1EC3 A;  2G21 A;  1HSI A;  2NXD A;  5P5P A;  1HTR B;  4Y3R A;  5OYW A;  5P7A A;  3QBH A;  2BB9 A;  4CMS A;  1IDB A;  1MUI A;  3VYE A;  4GJ8 A;  2QI7 A;  3DCK A;  5OYY A;  5SY3 A;  1LZQ A;  3VSW A;  4YE3 A;  4Y9W A;  2P4J A;  1BAI A;  5P5M A;  5OZW A;  4AUC A;  4NPT A;  5P74 A;  4DV9 A;  2IEO A;  5P6K A;  3IVI A;  1MT9 A;  3NDT A;  5P42 A;  2IGY A;  5COP A;  3LIX A;  5P0J A;  4JPC A;  1W5W A;  3PMU A;  4I0D A;  4OBD A;  3UFN A;  3DUY A;  5P09 A;  3L5F A;  5IS4 A;  3BC4 A;  2AOE A;  3OAD B;  4H1E A;  3D1Y A;  1IIQ A;  4DJQ A;  4IVT A;  5AHA A;  3FSM A;  4R92 A;  3KT5 A;  1CZI E;  3IXO A;  5HDU A;  5P4J A;  1VIK A;  2I0A A;  5KOQ A;  5KAO A;  4YD7 A;  3VUC A;  1APW E;  5P8T A;  5COO A;  3O9G A;  3OUB A;  1C6Y A;  3VFB A;  3RSX A;  5P2J A;  1MEU A;  5IVQ A;  4Y3J A;  3GI5 A;  3UDM A;  5OYT A;  4I1C A;  1FMX A;  2NNP A;  4KE1 A;  2ZHV A;  1OD1 A;  1B6P A;  1TW7 A;  4GJA A;  5P7L A;  1HVS A;  4QJA A;  3RTN A;  3KDD A;  1B11 A;  1YM4 A;  5P1Z A;  1MTR A;  1SIP A;  5OZ5 A;  2AOH A;  3OQ7 A;  4J1K A;  3S8I A;  5I3W A;  2P3B B;  2HM1 A;  3MXD A;  1C6Z A;  4RVI A;  2BPW A;  1UH8 A;  3ZPU A;  1HSH A;  1HVH A;  3U6A A;  4Y39 A;  2XYF A;  2PQZ A;  3DV5 A;  2VKM A;  3O9C A;  5FIV A;  3NXE A;  1ZBG A;  1ZTZ A;  2ZE1 A;  3T11 A;  3O9D A;  2NTR A;  5P1K A;  4DJY A;  1VIJ A;  5P6I A;  4DJO A;  1E81 E;  2AVO A;  4Y4D A;  1ENT E;  4OD9 B;  1YG9 A;  5P3Z A;  4FAF A;  5P24 A;  3LPI A;  4Y5P A;  5P6D A;  2Z4O A;  3HBO A;  4EPJ A;  5P0G A;  1EBW A;  4PZW A;  2V0Z C;  3K5D A;  5P78 A;  3TNE A;  5P5A A;  2VJ6 A;  5I70 A;  5KR1 A;  2ER7 E;  3OQD A;  3APR E;  3PI0 A;  4APE A;  5APR E;  5P7U A;  4PHV A;  5P23 A;  5P6S A;  5P6M A;  3BVB A;  2OHL A;  2I4D A;  5OZI A;  3EC0 A;  2QI6 A;  2I4W A;  4LBT A;  1K2B A;  2OHM A;  3SFC A;  3DM6 A;  3PSG A;  1LF4 A;  3HW1 A;  1QS8 A;  4YDG A;  2P3C A;  1FMB A;  3HD8 A;  2ER0 E;  2OHP A;  1Q9P A;  5P1X A;  5P2N A;  4I0H A;  2B8L A;  4OBG A;  2V13 A;  5E5J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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