1DMPA

Structure of hiv-1 protease complex
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Improved cyclic urea inhibitors of the HIV-1 protease: synthesis, potency, resistance profile, human pharmacokinetics and X-ray crystal structure of DMP 450.
pubmed doi rcsb
molecule tags Aspartyl proteinase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1dmpA00
5P0AA 5P7VA 1AM5A 5P1QA 2G22A 3SQFA 4J55A 5P5BA 3O9LA 3LZVA 5DR8A 3TL9A 5KR0A 3S7MA 2ER0E 5P8FA 2B8VA 2Q15A 5OZMA 3S7LA 5P00A 4XXSA 5P4TA 3S2OA 4FL8A 3O9IA 4AA8A 2F3FA 4XKXA 4I0EA 4Y48A 1APUE 4J1EA 3UQPA 3L5DA 1MRWA 1KJGA 3K5GA 3NU3A 5P2LA 1HIIA 3B7VA 4Y39A 1QBTA 5P42A 5P3TA 5P0UA 5ER2E 5OZZA 1EAGA 5P89A 3OADA 3QS1A 1QDMA 2XFKA 5P8EA 3VYDA 4K4QA 5P3CA 5P6KA 2QNNA 4Y3HA 5OYYA 5P61A 1ZP8A 1YT9A 5F00A 6APRE 1K6VA 4Q1NA 1LF3A 4FM6A 5P0IA 3UDQA 1SIVA 4DJRA 4R8YA 5P56A 5IE1A 3OTSA 5P0PA 4Y4AA 2RMPA 2Q64A 1E80E 3K4VC 5DR7A 5P79A 5IVQA 1MSMA 4PZXA 3RVIA 3OU3A 4Y3EA 5P1PA 1T6EX 5P6PA 4F73A 4APRE 2WEZA 3IVHA 3UDYA 5UPJA 2NXMA 3UDMA 1HTEA 5HD0A 2CEJA 3G6ZA 3EC0A 2P3AA 5P5JA 3K5DA 4ZE6A 4ZEAA 5P28A 4J0VA 4B1CA 4LXMA 1D4HA 3IXOA 4J0TA 4YD5A 3D1YA 4KE0A 1AJXA 3DV5A 3MXDA 4NJVA 5OYQA 4R91A 2V11C 1FF0C 1ODYA 5FIVA 4EJKA 2Z54A 1DW6C 5P5YA 4OBDA 1EC3A 1HPSA 4LAPA 1GNOA 4DI2A 2BPZA 5OZ8A 3PVKA 2XFIA 4QJ8A 2VNNA 3LIVA 4B1DA 1EPOE 4RCEA 3VF3A 4Y5EA 4CPTA 5P7RA 3QVIA 5P05A 5P2FA 3PI0A 3OWNA 1DP5A 3PSUA 5P2MA 2V13A 1Z1HA 2VIJA 3OXWA 3GI6A 2P8HA 3VF5A 2P3BA 1AXAA 4QLHA 5P7FA 3NU6A 5JODA 4Z22A 1A8GA 3F9QA 4ZLSA 5P4IA 2XFJA 5OZIA 3UQWA 4EJDA 1UH9A 5DQ2A 3UDJA 4TVHA 1FGCC 2ZJMA 5P3EA 5P27A 1M43A 1B6KA 5P6MA 3H0BA 5P8SA 2UY0A 1MSNA 2AVSA 3LIYA 1TW7A 2IGXA 5P3FA 4NPUA 2VJ6A 3LZSA 3KFNA 5P8AA 4DH6A 3OUDB 4LP9A 4PZWA 3D1XA 2JJJA 5P31A 3RSXA 2O4SA 4B78A 3O9HA 5OZAA 5DR0A 5HVPA 1VIJA 5KQFA 4MC6A 1J71A 1MT7A 4M8YA 4X7IA 5PEPA 3PI5A 3UQRA 2HB4A 5P0EA 4ER1E 2JE4A 4Y57A 5OYTA 4ZSMA 2QI5A 3K1WA 3UQXA 3OXCA 1FFFC 1MIQA 3QRMA 5AH7A 5BWYA 4Q1XA 5P1ZA 3SLZA 1FMUA 5P44A 1SGUA 2I4UA 1K6TA 3I25A 3MSJA 5P71A 3QVCA 5P0JA 5P38A 4PYVA 2BB9A 4FSLA 4S1GA 2G1OA 4LXAA 1C6YA 2QD8A 3MSKA 4QGIA 4ZSPA 5P8JA 3T7QA 1ODWA 1D4YA 4AA9A 4Q1WA 4FIVA 2G1RA 1PROA 2BJUA 2QHCA 5HCOA 3HW1A 4J0ZA 3RTNA 1PFZA 1FG6C 3VV6A 4Y45A 1B5FA 5P33A 4GJ5A 3ZL7A 4Y6MA 1D4IA 4FE6A 3EKXA 3GI4A 2VKMA 4DFGA 4L7GA 1AIDA 2QI1A 3OQ7A 4Y3ZA 1G6LA 2PH8A 3HAWA 2JXRA 5P3ZA 2AVMA 1FIVA 4AMTA 3DUYA 3OU1B 4YHQA 1QS8A 2QP8A 4OBHA 5KR1A 2R9BA 4L7HA 2PQZA 5P2EA 3GI5A 3OADB 1LEEA 4I0IA 1HEGE 3BGBA 1EC0A 3ST5A 3PBZA 3UDPA 3OK9A 5HE5A 7HVPA 4KUPA 1FMBA 2NNKA 2PWRA 4Y3XA 5P25A 5P1HA 1B6LA 3ZKQA 3UDKA 1PPLE 4OD9A 4GJ8A 1W5XA 5P22A 2QMDA 3UCBA 2R8NA 5P4VA 2HPFA 2AVOA 5P4YA 1HVHA 5P6CA 2FS4A 4QJAA 4Y4GA 4J54A 5AHCA 3TPRA 1BXQA 4R92A 2PC0A 5P16A 2AZ9A 3VV8A 2F3EA 5P7PA 2IQGA 5P5RA 3SACA 5P4QA 3TKGA 3QI1A 1IVPA 5P60A 5F01A 3ECGA 4FSEA 2O40A 2FXEA 3RU1A 3EKTA 4PEPA 5DGUA 5P40A 5P3DA 5AGZA 2XYFA 4DPFA 4OBFA 2QU2A 3SABA 1WBMA 3Q3TA 2IS0A 3OOZA 3GW5A 4DJPA 5P5LA 3R1GB 2A4FA 1DMPA 5AH6A 1LV1A 1BDLA 3BHEA 3DCKA 4Z50A 4Y4BA 1DAZC 2B42A 4DJQA 2WECA 5P6AA 3EM3A 1TSUA 3PLLA 5P65A 5P5IA 2ZJNA 4Y5PA 4CPQA 1W6IA 4FRJA 5P3KA 1MUIA 3OQKA 5C9DA 1LF4A 2HS1A 4DQEA 4EHCA 1G2KA 3TOHA 5OYUA 2RKFA 4Y3GA 2IDWA 2PSGA 3T11A 4UPJA 5P7KA 5P6WA 1FQ8A 4OBKA 1ZSRA 3EMYA 5ISJA 3ER5E 5P5GA 3QRVA 5P5DA 5P4EA 5P6SA 4E43A 2JYSA 4LL3A 4EYRA 3LPJA 3NUOA 3T7PA 1EBWA 3ZOVA 4L1AA 2FGUA 5HDXA 1HTFA 2PYMA 1CMSA 1OHRA 5OZRA 4BEKA 2BKSA 1C6XA 4DV9A 2NTRA 4F74A 5P3GA 5P2TA 5P1YA 2A1EA 5P4HA 3O9EA 4YE3A 5OZSA 3IGBA 4LC7A 3AIDA 3LZUA 3LHGA 5P13A 2BBBA 5P0RA 4K8SA 3S43A 1HHPA 2G94A 3D91A 1Z8CA 3ZKNA 5P43A 5P3HA 5OYWA 3SKGA 5P3LA 3WB4A 3BXSA 3QROA 5HU0A 4Y5CA 3L5CA 3UPJA 3GGAA 4Y3JA 5P0FA 5P24A 2APRA 4Y4WA 4Y3WA 3TNEA 5OZ2A 3NU5A 1QBSA 4CP7A 1FQ6A 3INHA 4U8WA 2H6TA 4FGXA 5P3OA 3SKFA 1BDQA 3M9FA 4YD4A 1W51A 2FNSA 3URJA 4J1KA 5P76A 5JG1A 5OZ5A 3PCWA 4ZPGA 2AODA 3HLOA 1IIQA 3SA5A 4APEA 5P2XA 4I10A 1OD1A 3EKVA 3KMYA 3APPA 3HBOA 5DR1A 5P17A 4LHHA 4OC6B 1MPPA 5P86A 3OUDA 3LZYA 2PSUA 3VUCA 4OBGA 4Y4ZA 5P83A 1IDAA 3BVAA 5P2QA 1DPJA 2O4NA 3EM6A 1FMXA 1KJ4A 3KFRA 4Y3TA 5P1FA 5OZPA 3NU9A 3FNUA 3OUCA 1YG9A 1D4JA 5P6UA 1AAQA 4OBZA 4ACUA 1EPRE 4EQJA 4ACXA 3PWMA 1FLHA 4FM7A 2PK5A 3HVGA 1K1TA 3ZPSA 4HLAA 3QIHA 5P2RA 4Y50A 2QU3A 5P2BA 1Q9PA 2Q3KA 5P3AA 1LZQA 5P1EA 1TCWA 4YD3A 4GJ6A 4JOOA 5P0SA 4RYGA 4IVTA 2VA7A 2P83A 2Q5KA 3EL5A 2FDDA 4NJSA 2I0DA 4Y9WA 5P4MA 5P73A 3VYFA 3B80A 3NDTA 4RVIA 3JVYA 2NR6A 3O9AA 5P0NA 5OZ7A 3OHFA 1MT8A 5P18A 5P51A 5J25A 2F3KA 2ANLA 1EC2A 4AZYA 3O9BA 1IVQA 5C9BA 3OGPA 3S8IA 5P2JA 4HA5A 3AUPA 1AVFA 5P7CA 4U7QA 2R5PA 5HE4A 4K4PA 2Q63A 3OU1A 5KQXA 2OHMA 5I70A 4CPWA 5P58A 5P2WA 3DK1A 2G69A 3R2FA 1B6JA 3NDUA 5P7WA 4TRWA 2QZWA 5P1BA 3VSWA 4ZIPA 5OZNA 1CPIA 5P1UA 2VIEA 1HTGA 2VJ7A 5OZYA 5P75A 2WF2A 5OZCA 1HWRA 3SFCA 5KQZA 1K6CA 2I4WA 4GJCA 4MC2A 5OZQA 1MERA 3INDA 5P1LA 4RCFA 3KMXA 4Y4UA 4RCDA 4B1EA 3L5FA 5P6GA 5OZ0A 4ZSRA 1HBVA 5P03A 2I0AA 3CMSA 5P8NA 3KT5A 5P3RA 1TQFA 4Y5BA 5P81A 2RSPA 5BS4A 1EBYA 4IVSA 1SH9A 2V12C 3RTHA 3BUGA 3K4VA 2UXZA 4L1AB 5P5QA 5P1JA 4Y54A 3BC4A 5OZFA 2P3DA 2I4QA 1FFIC 4RRNA 4Q1YA 3NWQA 5P3UA 3EKPA 1K6PA 4LBTA 2QZKA 5HU1A 1YTJA 1AJVA 3CKTA 3VSXA 1MTBA 2G20A 4XX4A 4DQGA 2QHYA 3O9DA 3S43B 3UQUA 5P2YA 4H3JA 1GNNA 5P20A 3VG1A 4Y5MA 3KN0A 5P55A 2AOIA 4NJTA 1EBZA 1HPVA 4EQ0A 2OF0A 3I2LA 4DJUA 2QI3A 1IZEA 1ZTZA 4QJ2A 4CPSA 4JECA 5P7UA 1UH8A 5P6NA 4DPIA 5P6TA 3UHLA 8HVPA 3BUHA 1Z1RA 3CIBA 2V00A 4GJ7A 5P77A 5P4KA 4X2LA 5P8HA 1BAIA 5P66A 3S53A 1SMRA 4Y3SA 4B72A 4CPXA 5P1RA 3GGUA 3BVBA 3EBZA 2WF0A 5P1VA 5P88A 5P6VA 4D8CA 1BXOA 1WBKA 1A8KA 3OOTA 2O4KA 4RVJA 1ZPKA 3NDWA 4QJ7A 3LIXA 4Y5LA 5P50A 1FEJC 3OQAA 5P0WA 2HC0A 4OBZB 5P12A 5SZ9A 1YM4A 4J0YA 5OZEA 2BQVA 2PSVA 4Y4TA 1MRXA 3O9GA 3HVPA 5DQ4A 1UPJA 4Y3AA 2VIZA 1AZ5A 4RLDA 1W6HA 3FX5A 1FQXA 2ZJIA 4FRIA 4Y56A 5P7QA 2OHUA 2AZ8A 3NXEA 4WTUA 5P5UA 5AH9A 1D4LA 5P53A 2G26A 4PHVA 5P1IA 2CENA 1MESA 5OZ6A 4ZSQA 2G24A 5P8KA 1IZHA 2AVQA 5P59A 5P1DA 3VEUA 1KZKA 1WKRA 5P68A 3NLSA 4FCOA 4TVGA 3NSHA 5OZWA 2ZHRA 2HPEA 3QBHA 2R5QA 5P0QA 1HSHA 3PSGA 3G70A 1IBQA 5P0BA 4YA8A 2V10C 5P0KA 5OZ9A 1IDBA 2OHPA 1QBUA 2QNQA 5P7MA 5P7HA 2R38A 3EXOA 5P0HA 3PCZA 2G21A 5AH8A 5P06A 4R95A 3MSLA 4OC6A 4NKKA 3URLA 1BV9A 3QP0A 1PPME 3MWSA 1LF2A 1YX9A 3LPKA 5P6DA 2BPWA 5P3MA 5OYZA 1HVRA 1PPKE 5CLMA 3DM6A 4I8WA 5P6OA 6UPJA 2HB2A 4GMIA 5P1NA 5P2IA 1MVPA 1NH0A 5P7JA 5P4UA 5P7LA 1T7IA 4TRZA 3KDDA 4YDGA 4GJAA 5P1CA 4J1IA 3Q70A 5P3PA 3H5BA 5P1OA 5P6HA 3WZ8A 2B8LA 5P48A 2HIZA 3QBFA 5P7TA 5P4LA 5P2GA 2NXLA 2OHQA 5P4PA 4EP2A 5P6FA 4B00A 4Y38A 4B70A 3SO9A 1PSNA 4DJOA 1EEDP 1ZPAA 3R0WA 1B11A 2AOHA 3URIA 3L59A 1HIHA 4EJ8A 4Y4JA 4B77A 2QI7A 5P1AA 1ZBGA 1RNEA 1SDVA 5P8VA 3KDBA 4RGHA 3INFA 5P1XA 3VLAA 3SA3A 5AHBA 4K9HA 4Y37A 3MXEA 3OXVA 5P37A 1TSQA 3Q5HA 2Q11A 5OZXA 5P6EA 3S54A 5OZ3A 4J0PA 5P23A 5P3QA 5P4JA 2AIDA 3OUBA 5E5JA 3I8WA 5P8PA 1E81E 1ZJ7A 2WF4A 5P64A 2UPJA 4KE1A 1APTE 3G72A 4NJUA 1SIPA 1K1UA 1ME6A 5P54A 5OZUA 2PWCA 3PMYA 5P69A 1PSOE 3QN8A 4GYEA 5P4CA 5P4SA 5P0OA 5JFUA 2HB3A 4HDPA 2ZJHA 4JPEA 1EPPE 5E5KA 3WSJA 3ZKMA 2AOGA 4Y44A 1FQ5A 4Y3FA 2J9JB 5P2OA 5P7EA 3EKQA 2FNTA 5OZKA 3EKYA 2PYNA 3OGQA 3D20A 3K5FA 5P5MA 3PSYA 2ZYEA 1LS5A 5P2KA 4NPTA 4CPUA 4FLGA 3LITA 2WHHA 3JW2A 5OZOA 3OY4A 4Y5NA 1SBGA 4M8XA 2WL0A 4GIDA 3OHHA 4H3FA 1ODXA 5P63A 5P8RA 5OYXA 3IAWA 4ZPEA 5P7YA 4Y3YA 1YTHA 2WEDA 1YTIA 4U7VA 2SAMA 5DQ1A 5P5PA 4COEA 5P7AA 2ZHTA 5HCTA 5P67A 3NYGA 2VS2A 3KDCA 4DJWA 5P8QA 1HSIA 1OEXA 5P6ZA 1FQ4A 3LIZA 5P74A 1TZSA 5OZBA 1DIFA 1MTRA 5EZZA 5OZLA 3SA4A 3DOXA 5B18A 3O99A 5P6JA 1ZAPA 2QNPA 2BPXA 2VNMA 3L5EA 5P3YA 1HVCA 5T4SA 2BKTA 2AVVA 2RENA 2BPVA 1RV7A 4Y36A 5P0CA 2ZGAA 1HPXA 5P26A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0A A;  5P7V A;  1AM5 A;  5P1Q A;  2G22 A;  3SQF A;  4J55 A;  5P5B A;  3O9L A;  3LZV A;  5DR8 A;  3TL9 A;  5KR0 A;  3S7M A;  2ER0 E;  5P8F A;  2B8V A;  2Q15 A;  5OZM A;  3S7L A;  5P00 A;  4XXS A;  5P4T A;  3S2O A;  4FL8 A;  3O9I A;  4AA8 A;  2F3F A;  4XKX A;  4I0E A;  4Y48 A;  1APU E;  4J1E A;  3UQP A;  3L5D A;  1MRW A;  1KJG A;  3K5G A;  3NU3 A;  5P2L A;  1HII A;  3B7V A;  4Y39 A;  1QBT A;  5P42 A;  5P3T A;  5P0U A;  5ER2 E;  5OZZ A;  1EAG A;  5P89 A;  3OAD A;  3QS1 A;  1QDM A;  2XFK A;  5P8E A;  3VYD A;  4K4Q A;  5P3C A;  5P6K A;  2QNN A;  4Y3H A;  5OYY A;  5P61 A;  1ZP8 A;  1YT9 A;  5F00 A;  6APR E;  1K6V A;  4Q1N A;  1LF3 A;  4FM6 A;  5P0I A;  3UDQ A;  1SIV A;  4DJR A;  4R8Y A;  5P56 A;  5IE1 A;  3OTS A;  5P0P A;  4Y4A A;  2RMP A;  2Q64 A;  1E80 E;  3K4V C;  5DR7 A;  5P79 A;  5IVQ A;  1MSM A;  4PZX A;  3RVI A;  3OU3 A;  4Y3E A;  5P1P A;  1T6E X;  5P6P A;  4F73 A;  4APR E;  2WEZ A;  3IVH A;  3UDY A;  5UPJ A;  2NXM A;  3UDM A;  1HTE A;  5HD0 A;  2CEJ A;  3G6Z A;  3EC0 A;  2P3A A;  5P5J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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