1EC0A

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea403
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Symmetric fluoro-substituted diol-based HIV protease inhibitors. Ortho-fluorinated and meta-fluorinated P1/P1'-benzyloxy side groups significantly improve the antiviral activity and preserve binding efficacy
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ec0A00
4JPEA 1E5OE 1FFIC 5P75A 4OBDA 2PMAA 3SACA 2I4UA 3L5DA 1D4LA 3AUPA 5ENKA 5P7UA 5P88A 4BELA 3LZVA 2RKGA 4YE3A 4DQGA 4J1FA 4I8ZA 4DQHA 3Q6YA 2G21A 4Y56A 3SKGA 2VNNA 3SA8A 1XN2A 4YBFA 3BUGA 5P0LA 4QJ9A 3PBZA 3QIHA 1BVGA 3SPKA 2XFIA 5P8TA 2XYFA 1MESA 3LIVA 1AVFA 4I0GA 5P2BA 2ER6E 5P68A 5P6RA 2O4SA 4APRE 5P0UA 1ZLFA 3TL9A 1ME6A 3OU1A 2G26A 2V00A 2WEAA 3VYEA 2BQVA 1SP5A 3MSLA 3INFA 1DMPA 1BIMA 1C6YA 4D8CA 1HVRA 2CENA 1FKNA 5OYRA 5P7WA 4LXAA 2QNNA 1HPVA 4Y3XA 5P5XA 5P44A 5FIVA 4OBFA 2ZE1A 5OZQA 2QI1A 5P0OA 3TKWA 3BXSA 4B05A 5P5VA 3OUDA 5P7PA 4I0JA 3O9LA 2P4JA 1BV7A 2IGXA 3EKVA 3NDUA 3HW1A 5P2NA 1K6CA 4H3GA 2VS2A 5P30A 5P53A 1YG9A 3EXOA 3LIXA 4NPTA 5OZNA 2QD6A 1UH8A 5P7DA 4EQJA 3O9FA 4D88A 4RVJA 2ZJLA 5P6JA 5I3XA 3FNUA 5APRE 2P3BA 1FQ6A 5P2KA 2QMGA 4Q1YA 3R2FA 3UFLA 2AVVA 4WTUA 2BPYA 3FIVA 2IRZA 3VF3A 5P5FA 3UDYA 2V16C 4J1HA 5ENMA 2QU3A 2PYNA 5CLMA 5P6PA 4CPRA 3VG1A 4Y3FA 3CKPA 5EZXA 1XE6A 3SM1A 5AH9A 4XX3A 4EJLA 5P1GA 3LPKA 4OBZA 1NPVA 4DJVA 2PSGA 4GJ8A 3ZKGA 4RZ1A 1ZJ7A 4F74A 2O40A 5P3XA 4QJ8A 3VLBA 2RKFA 1CPIA 4U8WA 3MXDA 3R4BA 3VCMA 4B72A 2V12C 4B78A 5DR3A 1KJ7A 5P1MA 5P36A 5P63A 5P65A 2QHYA 3MSJA 5SZ9A 5CONA 5P0GA 2Q3KA 1W50A 5P33A 2H6SA 4DQEA 3UQUA 3ZPUA 1AM5A 5P1QA 1M43A 4Y3YA 5P2XA 1GVVA 5P2YA 5P0KA 4OD9A 3VFAA 3GI4A 3M9FA 4DV9A 3ER5E 4QJAA 3NDTA 2P3DA 4LL3A 2WF4A 5F01A 1EPPE 4J0PA 2OHTA 5P1NA 2V13A 4J5JA 1B6JA 1T7JA 3ZPSA 3CKTA 3R0YA 3PCWA 2HPEA 4DJXA 2QZXA 3HLOA 1ZSRA 2CEJA 3LINA 4K8SA 4GJ9A 1E80E 4KE1A 3EM6A 5P0QA 2ZJMA 5P82A 3PI0A 3PM4A 4IVSA 1MT7A 3VFBA 1APWE 5P6MA 1AZ5A 5P50A 5P5QA 1QS8A 3CIDA 5P5LA 4OBGA 3PLDA 3EL0A 1HVSA 5OZ3A 5DQ1A 3N4LA 4Y53A 5OYZA 4CPWA 4J1CA 3L3AA 4M8YA 1FQXA 5DR7A 5OZ8A 5P4SA 3DOXA 5P0WA 5P5ZA 3U7SA 1SIPA 3ZL7A 5P4UA 3WB5A 3SA9A 5BWYA 1K6TA 4Y41A 2ZHTA 3IXJA 4A6BA 4YBIA 5DQCA 1PPLE 1T6GA 4ACUA 1ZBGA 2R9BA 5P4PA 2P8HA 2NNKA 5P6CA 4YDGA 3SA4A 5C9FA 3AIDA 3L5FA 1AIDA 4EP3A 3S85A 5ISJA 5P3BA 5P00A 1G0VA 1RPIA 5OZFA 1FQ8A 5P3UA 3SAAA 4NJTA 4J1IA 4B1DA 3CICA 2B60A 3QPJA 5P4QA 1K6PA 5P0FA 5IVRA 5OZ5A 2G1YA 1AJVA 1DAZC 4J0ZA 4Y3LA 4KUPA 5I3WA 5P3HA 5OZ6A 1XE5A 4LAPA 5OZWA 1IZDA 3JVYA 4DFGA 4FE6A 5P6GA 1PPME 6UPJA 3NU3A 3OOTA 1TZSA 5P5BA 5P2RA 4K4PA 4XX4A 5P4WA 3URJA 5HDUA 2NXMA 5P3GA 5PEPA 4R91A 5P0AA 5HE5A 2PYMA 1B5FB 1W51A 4AMTA 1E82E 3OHFA 4KB9A 5OZCA 2OHNA 5P1SA 3HDKA 1TSUA 3G70A 2V11C 4LC7A 5P7SA 2B8VA 2IS0A 3NYGA 2HPFA 5P7EA 5P34A 5OZ9A 5P13A 5P3SA 4B00A 3O9AA 3ZMGA 3FKTA 3INEA 3TPLA 2I4XA 2MIPA 5P2EA 2BB9A 3EL1A 5P48A 3SA6A 1GVXA 1WKRA 2IL2A 1LZQA 2VA5A 4L1AB 4Y57A 5P31A 5JFPA 4FIVA 2ER7E 1EPOE 4AZYA 2FXEA 4ZSQA 4I0FA 3KFPA 5P3WA 3IVHA 4ZLSA 3O99A 2HB4A 5P57A 3ZKQA 3KDBA 1RL8A 3HVGA 4YOAA 5ER1E 5P25A 2QI6A 3PRSA 5P47A 1WBKA 5P1PA 2G1RA 4Z22A 1YM2A 4ZPEA 5DR8A 4Z4XA 2A4FA 4CPQA 1IBQA 3UDMA 2QZLA 5P8GA 3LIYA 3KFRA 4Y4WA 3OK9A 4YD3A 5P7QA 2UXZA 5P6FA 1CZIE 2JE4A 1EC1A 3NLSA 2QP8A 5P7FA 5P0XA 2BPXA 4EJDA 3OTSA 5COKA 5P11A 3EBZA 3DV5A 2Q11A 5P89A 1MSMA 4CPTA 5P05A 4EJ8A 2ASIA 3OUBA 1TCXA 1NSOA 3T7XA 1SMEA 2AODA 5P2JA 2JXRA 5COOA 3EKXA 5AHBA 3APRE 4D83A 3H5BA 2F8GA 4Y4JA 3UQPA 2ZYEA 5P8DA 4A6CA 3GGXA 2ANLA 1K2CA 4I12A 4EP2A 4Y4UA 5P4BA 4X7IA 5OZJA 3KT5A 5OZAA 1LYWA 2ZHSA 2I0AA 2QU2A 5P8UA 1F34A 4OC6B 1FQ7A 1MVPA 3GGUA 3LIZA 3ER3E 5P6EA 1A9MA 3I25A 2QNQA 5P69A 4Y47A 1HSHA 3VYFA 2PH8A 4Y35A 5OYSA 5P4KA 5JODA 3GI5A 5P45A 2G94A 5P40A 5P5DA 5P3RA 1EEDP 3IAWA 1EAGA 5OZDA 5AGZA 2IENA 3OXVA 5P6NA 2FIVA 4PHVA 4EPJA 1BDRA 5AHAA 3VSWA 4YDFA 5P7RA 1QBRA 5JG1A 3RVIA 5P83A 1J71A 3TH9A 3PWMA 2PK5A 4GJDA 4RVIA 1BV9A 3UPJA 2RSPA 5P56A 4L1AA 1OD1A 1QRPE 3EKYA 4Y5BA 1FG6C 2AOJA 4PZXA 3SO9A 6APRE 5P2WA 2WEZA 2JYSA 2FS4A 3KM4A 4J54A 3ZKMA 3KA2A 4ZE6A 4EJKA 2VIZA 3S8IA 3L58A 5P8PA 3NXEA 3K4VC 5HDVA 1K1TA 5F00A 3UFNA 1YX9A 2QD8A 5COPA 1YTGA 1FQ4A 4RVXA 3T3CA 4YOBA 3PCZA 1SDTA 1T7KA 4Y3WA 2J9JA 3ZKXA 2QZWA 2ZJKA 3IVIA 4AUCA 1KZKA 1LF3A 1HVLA 5J25A 4DI2A 4Y4DA 4QLHA 2ZGAA 5P0NA 4B1CA 4TRZA 3QBHA 5P4RA 3K1WA 3PGIA 4GMIA 3LHGA 5P6WA 2ZHUA 5P2DA 1IIQA 1Z1HA 3NWXA 2NPHA 1Z1RA 2R5PA 4RLDA 1UH7A 1C6XA 1EPRE 3VV7A 5P2OA 3ZOVA 4QJ6A 4RCDA 4Y4XA 5HCTA 1T6EX 5P0ZA 2QI4A 4CMSA 3S43A 1QBSA 5P3JA 4Y5PA 4L7JA 3L5EA 5P19A 3CYWA 1FB7A 1TQFA 4Y48A 1B6PA 2NMZA 5P5JA 2V0ZC 4Y3HA 1MUIA 5AH6A 5P1FA 2P3AA 5P43A 3D1YA 2VJ7A 5OZBA 5P7VA 5P79A 5P72A 1IVQA 5EZZA 4ZEAA 4FS4A 1TCWA 2Q64A 4FRIA 4ER4E 1T3RA 4FM6A 5P1OA 4Y36A 2PWRA 2NXLA 5P5TA 3S7MA 4HA5A 4Y3JA 2WECA 1YTHA 2ZJIA 5DQ5A 1HEGE 4I0HA 5P60A 3UF3A 3UDHA 2OHMA 3CYXA 5P3AA 2P83A 5P1AA 3DK1A 3UQXA 3CKRA 1EBKC 3SA5A 5P2ZA 5P58A 2PQZA 3PLLA 2WF2A 5P7YA 3QVCA 1CMSA 4Y3ZA 2G22A 3PB5A 1DPJA 3BC4A 5P7IA 5P6LA 3RSVA 3QS1A 1UPJA 4HDBA 4Y5MA 3QBFA 5P08A 2PSUA 3VLAA 3ZKSA 2IGYA 5OZTA 4LXMA 2VIYA 3QROA 3BGBA 5P16A 3PMYA 1XDHA 3Q3TA 4J0TA 3O9EA 5DGWA 3RTNA 4GJCA 2NTRA 4Y58A 3O9GA 9HVPA 4DH6A 2AOFA 5P1BA 4I11A 5E5KA 4GJBA 3HAWA 1HTRB 3Q4BA 4ER2E 4TRWA 5P2GA 3EKPA 4JPCA 5OZ0A 5P27A 5UPJA 2IDWA 5P0MA 2AVOA 4FSEA 4Y4TA 4RRNA 2G27A 4F76A 3QP0A 5P8LA 4I0IA 2OHQA 1PROA 1YM4A 3PVKA 1HPXA 4GJ5A 4Y4ZA 3JW2A 1UH9A 2UY0A 2V10C 2FMBA 4R8YA 5P1EA 5P1UA 5P14A 1APTE 2VNMA 2VJ6A 4KE0A 3LPIA 5P12A 2QAKA 3SM2A 2WEDA 5KR2A 5P0RA 1OEWA 1BDLA 5P35A 7HVPA 1LYBB 3L5CA 4RRSA 3RTMA 3TPPA 2QHZA 3EL4A 1LEEA 4GJ6A 1FGCC 5P5OA 3OTYA 2ZHRA 1A94A 2AOHA 2R3TA 3C9XA 5P61A 5P55A 3O9CA 1KJ4A 3VYDA 8HVPA 3PSUA 1ZAPA 1OHRA 5P4ZA 3GI0A 4Y5EA 5P2IA 3KF0A 1TW7A 5P7GA 3JVWA 5OZ4A 5P7NA 2APRA 2FNTA 4Y5AA 5P0JA 5P2HA 5OZPA 3UCBA 2WKZA 5P8BA 2ZJNA 1K2BA 3D20A 5P1ZA 5P4YA 1G35A 3OQ7A 3HD8A 3LIQA 4Y6MA 2AZ8A 3I7EA 1AAQA 1Z8CA 4OBHA 3UQWA 2VKMA 1M4HA 4EWOA 3LZUA 4Y38A 4QJ2A 2HAHA 3F9QA 3S54A 3KDCA 1FQ5A 5P49A 3S45A 7UPJA 5P8CA 3OQDA 6FIVA 5P3FA 5KR8A 4DJQA 5P5CA 4CPXA 1GNMA 2PH6A 1FEJC 3EL9A 1HIHA 4FRSA 1TSQA 5P8VA 4DJYA 1HPSA 2AZBA 2ER0E 1W5XA 5P03A 4DJPA 2HB3A 5P3MA 1FMBA 1DIFA 5P6UA 3WZ8A 3T11A 1D4HA 5P74A 2AVMA 1HPOA 1HBVA 3O9HA 5P26A 4U7VA 3OXCA 3K5CA 5P5SA 4I1CA 3A2OA 3RSXA 2R5QA 2OHUA 1PFZA 3EC0A 4ZIPA 3SABA 3HZCA 4Y5NA 3N3IA 1A8GA 4ZSPA 5P4OA 1EBZA 1MERA 3UDNA 5SY2A 2Z4OA 5P6ZA 5P3EA 2G69A 3VF7A 4DJUA 3FNTA 4DQFA 1HVIA 4PPHA 1EC0A 5P3PA 5P5WA 4Y3GA 3TTPA 4X2LA 5P0IA 2XFJA 1HTFA 1ENTE 2OF0A 4J17A 3FNSA 5E5JA 1MTBA 5OYQA 3QRMA 3OGPA 4ZSMA 1HVCA 5P4AA 4HE9A 5P5NA 3CIBA 1QBTA 5HD0A 4H3FA 5P2MA 4L7GA 2R43A 5P1KA 3EM3A 1PSAA 4I8WA 5P41A 2EWYA 4QJ7A 3PWRA 4FM7A 3TKGA 4LBTA 2VJ9A 2G24A 3R1GB 5P77A 3UDJA 3UQRA 4BFBA 1B6LA 4RCFA 5P1XA 4ACXA 4JOOA 4B1EA 2XYEA 3RU1A 3OY4A 3O9IA 1HOSA 4L6BA 3NXNA 1W6IA 5P18A 5P6HA 4Y5GA 2BBBA 3KYRA 2ZDZA 2QNPA 4Y5CA 1GVTA 3SA3A 1LYAB 2QMPA 2Q63A 3G6ZA 3WSJA 5P8HA 1SDUA 3IN3A 5P7MA 4DJOA 4TRYA 3HAUA 4EQ0A 5P28A 3LPJA 1SMRA 2IQGA 4FAEA 4RYGA 4L7HA 3EL5A 4K4QA 3T7QA 1HIIA 1HEFE 5P78A 4DUSA 1HWRA 3EKQA 1B6KA 3KFSA 4Y9WA 3TPJA 5IS4A 2I0DA 5P09A 5P4LA 3QAAA 5P1TA 2AZ9A 1OEXA 5OZXA 1GNOA 4EHCA 5P2CA 3PSYA 3BXRA 4Y3SA 5KR1A 5OZ2A 5P8FA 5OZZA 3INHA 4FRJA 2AOEA 5OZ1A 1IZHA 4I0DA 2IKOA 3KFNA 4EXGA 5P7AA 3BVBA 4J1KA 2WF0A 1U8GA 3D1XA 2HS1A 4DPFA 1T7IA 5P5GA 5HE7A 5P85A 5P76A 4I0ZA 1RNEA 5P3LA 2ZJHA 5P62A 1NPWA 5C9DA 5P3CA 1MTRA 4JECA 4Y4AA 3PJ6A 3URIA 4WY6A 5P01A 5P7BA 3OQKA 2IKUA 1YTJA 2NXDA 4GJ7A 4J55A 5P20A 1F7AA 5P3YA 1QDMA 5P51A 1B5FA 4TVGA 4RROA 3QRSA 5OZIA 4YD6A 3DUYA 5P4VA 2OHSA 5I70A 2B7FA 4FRKA 4FL8A 3DV1A 3ECGA 4Y3PA 2BPZA 5P6KA 1JLDA 5DR1A 3UDKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JPE A;  1E5O E;  1FFI C;  5P75 A;  4OBD A;  2PMA A;  3SAC A;  2I4U A;  3L5D A;  1D4L A;  3AUP A;  5ENK A;  5P7U A;  5P88 A;  4BEL A;  3LZV A;  2RKG A;  4YE3 A;  4DQG A;  4J1F A;  4I8Z A;  4DQH A;  3Q6Y A;  2G21 A;  4Y56 A;  3SKG A;  2VNN A;  3SA8 A;  1XN2 A;  4YBF A;  3BUG A;  5P0L A;  4QJ9 A;  3PBZ A;  3QIH A;  1BVG A;  3SPK A;  2XFI A;  5P8T A;  2XYF A;  1MES A;  3LIV A;  1AVF A;  4I0G A;  5P2B A;  2ER6 E;  5P68 A;  5P6R A;  2O4S A;  4APR E;  5P0U A;  1ZLF A;  3TL9 A;  1ME6 A;  3OU1 A;  2G26 A;  2V00 A;  2WEA A;  3VYE A;  2BQV A;  1SP5 A;  3MSL A;  3INF A;  1DMP A;  1BIM A;  1C6Y A;  4D8C A;  1HVR A;  2CEN A;  1FKN A;  5OYR A;  5P7W A;  4LXA A;  2QNN A;  1HPV A;  4Y3X A;  5P5X A;  5P44 A;  5FIV A;  4OBF A;  2ZE1 A;  5OZQ A;  2QI1 A;  5P0O A;  3TKW A;  3BXS A;  4B05 A;  5P5V A;  3OUD A;  5P7P A;  4I0J A;  3O9L A;  2P4J A;  1BV7 A;  2IGX A;  3EKV A;  3NDU A;  3HW1 A;  5P2N A;  1K6C A;  4H3G A;  2VS2 A;  5P30 A;  5P53 A;  1YG9 A;  3EXO A;  3LIX A;  4NPT A;  5OZN A;  2QD6 A;  1UH8 A;  5P7D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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