1F7AA

How does a symmetric dimer recognize an asymmetric substrate? a substrate complex of hiv-1 protease.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How does a symmetric dimer recognize an asymmetric substrate? A substrate complex of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1f7aA00
5P2BA 3G70A 1GVWA 2AOJA 5P7RA 3FNSA 2BKTA 1YM4A 5P1LA 2VA5A 4LHHA 1HIVA 3DCKA 5P4SA 1ODWA 3OUDA 5P8DA 3EKPA 3TL9A 1A94A 1BAIA 3KDBA 3D91A 5P4PA 3LIVA 3NLSA 4J1KA 2QD7A 5P5JA 3RTHA 4TRWA 5C9DA 4Z50A 5P47A 3S45A 5P5DA 4Y3LA 1BDQA 4Y38A 3ZKMA 3N3IA 5COKA 3CICA 2NXDA 4B00A 2Q3KA 3MSLA 4K4PA 2PK5A 3O99A 1MSMA 2QI5A 3MXDA 2O4NA 2WF2A 1SH9A 3TOGA 3T7QA 4H3FA 3S7LA 3R4BA 2G1NA 2JJJA 5P0SA 4ACXA 6UPJA 5HE7A 3UQUA 1YTJA 2F3EA 4J54A 5ISKA 4KE1A 5P3TA 5P0HA 2P83A 1ODXA 4EQJA 1PPLE 4FSEA 3JW2A 3PCZA 5P54A 1OEXA 2XFIA 3BVAA 3OWNA 2FDPA 5C9BA 4Y58A 5P1MA 1E82E 1LZQA 5P7HA 2NMZA 4Y3HA 2FXDA 5P0FA 2JJIA 1BVGA 3S43A 2AVVA 5P0LA 4A6CA 3VV6A 1Z1RA 4DQGA 5DQ5A 5P58A 1B6PA 5P3WA 5KR8A 5OZGA 1FMBA 2V13A 4B1DA 5P7JA 3LHGA 5P3QA 5SY3A 3SFCA 4EXGA 4M8YA 3PI5A 3Q70A 4YDFA 5P48A 3SM1A 2IGXA 4DJVA 2I4VA 1GVXA 5P24A 3TOFA 5SY2A 4B05A 1FQ5A 3TTPA 1GNMA 5P07A 1META 4LXAA 5P82A 2AZBA 1BXOA 5P4AA 3K5CA 5OYZA 5P08A 4NPTA 2AVQA 3CMSA 3EKVA 5OZLA 1BV7A 2I4WA 2FNTA 3VEUA 3TPLA 3OQ7A 3UDPA 1T3RA 2QHYA 3MXEA 3OU1B 4D83A 5P13A 4OD9B 4HZTA 3QI1A 3HBOA 2VIYA 2OF0A 5P4EA 2QZXA 5P1OA 1UH8A 2QI0A 4KB9A 2RKFA 2CEMA 4Y45A 3WB4A 2VJ7A 1YX9A 5P1VA 4Y50A 4KE0A 1HWRA 3OOZA 4YCTA 1DP5A 3QAAA 2WEZA 4EYRA 1AXAA 4DI2A 3LIZA 1F7AA 2AOHA 5OZKA 5P81A 2QNNA 1EPQE 3KFPA 5P18A 5P8NA 5P4YA 4K8SA 4DFGA 5P5UA 5P8CA 4FRKA 3S85A 3LPJA 3PVKA 1APVE 2AOGA 5IE1A 1FMXA 1Z8CA 1ZTZA 2ZJNA 2HAHA 4ZSRA 3GI4A 3EKTA 2OHUA 3A2OA 3H0BA 4Y4UA 5OZAA 3L5EA 2QMPA 4EJLA 3SA9A 2VNMA 5P22A 4J0ZA 5P3RA 2B7ZA 4B1EA 5OZMA 4I0EA 3PWRA 5OZWA 4RVXA 4PEPA 5P1NA 2QI3A 2I0AA 3SKFA 2A4FA 4YHQA 5DQ1A 2ANLA 4F74A 5P5GA 2QD8A 2FS4A 3PWWA 1F34A 5P52A 5P37A 5JFUA 2QD6A 5DQ4A 5P3BA 1W5WA 2OHRA 3VFBA 5P3AA 5P4NA 3LZVA 3QS1A 2VS2A 3BC4A 5P7KA 1C70A 4CKUA 3OXCA 5P5AA 5OZTA 5P4OA 2BQVA 4Y4ZA 1A30A 2NXLA 3KMXA 3UDYA 5OZXA 5P8EA 4Y4AA 4Y3AA 3K5FA 3BXRA 3LIXA 4LP9A 3KA2A 5P8FA 1EAGA 3HLOA 3KDDA 4DPIA 2IL2A 4FRIA 3EBZA 4ZSMA 1B6LA 5P5RA 3ZLQA 5P17A 3UFLA 4GMIA 5P3VA 5P6DA 4LAPA 4JPCA 2VJ6A 3FIVA 3GW5A 4GB2A 3OU1A 1EPME 4LL3A 5OZ6A 5FIVA 1PPME 4OD9A 5P0RA 2WKZA 2QI7A 5P5YA 1A9MA 4FRJA 5P19A 3L58A 4GYEA 5P6WA 3K5DA 5P4LA 1DAZC 5P0TA 2ZHVA 4YBIA 5KQZA 5AH7A 3OQAA 5P6EA 2OHSA 4DJPA 3BRAA 3EKQA 3DOXA 2R5PA 3NU5A 1GKTA 1K6PA 2FGUA 4FGXA 5JODA 4TVHA 2BPWA 3D1ZA 5P1WA 3UHLA 3SO9A 2PC0A 5P6YA 1ER8E 3M9FA 4I1CA 1HVIA 4L7HA 4AMTA 3UQPA 4CPXA 5P8JA 4B72A 5AH9A 5SZ9A 3TH9A 4Y3YA 4Y3MA 5OZDA 2FMBA 2MIPA 2G1RA 1GVTA 7UPJA 4JOOA 5KQFA 1E80E 3LZSA 5P1XA 3HVGA 5P5FA 1A8GA 4EPJA 5P1QA 5P49A 2QNQA 3KDCA 3GI5A 1XL5A 4J17A 1HTRB 4B0QA 4B78A 5P3OA 2WEDA 3OY4A 4YD6A 2JXRA 4NJTA 4NJVA 4DQFA 2VNNA 3FX5A 4YBFA 3T11A 5P3IA 4I0GA 4ER1E 5P0JA 1T7IA 4DJXA 4FAEA 5EZXA 4HLAA 1HPSA 5AH6A 1NPWA 4OC6B 4J1IA 4TRZA 5P73A 1W50A 2WF0A 4RYGA 5P55A 5P85A 1W5XA 5P2RA 4XX3A 2FDEA 1D4YA 2A1EA 2V0ZC 5P83A 3OTSA 5P3JA 1GVUA 4HVPA 5HDZA 5OZOA 5HE5A 4XX4A 3ER5E 4D8CA 4A4QA 2Z54A 1HHPA 2AOCA 5IVQA 4Y5GA 4QJ2A 1RPIA 2J9JB 1DW6C 1BDLA 1EC3A 1GNOA 3T7PA 2ZYEA 3Q4BA 2NR6A 4L1AB 5OZ0A 5AHBA 3QPJA 4RRSA 4L6BA 1PROA 1HTGA 4HE9A 2HPEA 3ZKGA 5P2AA 2OHTA 5P89A 2V10C 2H6TA 3D1YA 3URLA 3QROA 3INDA 2RKGA 5OYUA 3NU9A 1UH7A 5DR8A 4OBGA 5P4QA 4H1EA 6APRE 3K1WA 4Y3WA 3UDMA 3R1GB 2HM1A 4Y5EA 3IXOA 5P6NA 2ZJLA 2WEBA 4AA9A 5P74A 4YA8A 1APUE 3R0WA 3SA6A 1ODYA 3QBFA 1SMEA 4QGIA 1HVRA 2JYSA 3MSJA 3MWSA 3EM6A 4GJCA 5P6BA 1SGUA 4Y3NA 3JVWA 1EC2A 3HW1A 1MRXA 5DR0A 4J0VA 1AVFA 5OZ8A 2PSVA 4RGHA 2I1AA 5P8UA 5P1IA 1IZHA 3INFA 5P5TA 2G20A 5P2CA 3VFAA 4CPTA 3S56A 5P00A 1NH0A 2ZHTA 4X7IA 5KQYA 3NSHA 2OHQA 1BV9A 5DGUA 3GI6A 5P0AA 4FE6A 2WHHA 4CP7A 3PBDA 5P09A 1EPLE 4EWOA 4OC6A 1HPXA 2VA6A 5C9FA 5P12A 1TZSA 3SPKA 5OZVA 5P53A 4I8WA 2XFJA 5OZEA 3SA3A 2G1YA 3KT5A 5P7WA 4A6BA 5OZ1A 4AZYA 3O9GA 4RVJA 3T7XA 1FF0C 2WECA 5COPA 5P8TA 1EPRE 1SIPA 1HXBA 2J9JA 5OZBA 2P3DA 2JE4A 5P1AA 3LINA 3UDQA 3GGUA 5P3FA 4R95A 4I11A 4L1AA 1E5OE 3IVIA 5P3PA 4B70A 5I3VA 4JP9A 3BUFA 1EBZA 5P0EA 4Y3GA 4Y3JA 1QDMA 4Y53A 5P7VA 5P84A 4NKKA 5P75A 2F3KA 2P3AA 5IVTA 3WZ8A 3OU4B 5AGZA 5P50A 1LF2A 2QZLA 2ZJHA 4YOAA 5P34A 1HIIA 4IVSA 4GIDA 2PWCA 4NJSA 3IGBA 1TSUA 4U7QA 3HAUA 5P6RA 3N4LA 3VYFA 1AAQA 2VIZA 5F00A 3BGCA 4YD4A 5P6SA 5P2FA 5P2XA 2UXZA 2WEAA 5P7FA 2QMFA 1LS5A 5P2IA 4PZWA 3VYDA 1Z1HA 1G2KA 4Y5LA 1NSOA 5P4TA 5P0DA 3EM4A 5P7LA 3DUYA 5OZ2A 3LPIA 1UH9A 5OZUA 3KFSA 4CPRA 4EHCA 5T4SA 3PEPA 1EPOE 5P3MA 5HU0A 5P0IA 5IVSA 4GJ7A 3KN0A 5HDVA 5P3XA 3TPPA 3PSGA 3VG1A 3LNKA 3INEA 1GNNA 1A8KA 1W5VA 5P7QA 4DQEA 1IZIA 4H3IA 5JFPA 5DR1A 4Y3FA 3EC0A 1MT8A 4B1CA 3IXJA 5HDUA 3TNEA 1MERA 4ER4E 4FM6A 1FQ4A 2F81A 2IENA 5P7OA 1HSGA 2QK5A 4AA8A 1LV1A 3OGQA 2Q55A 1PFZA 5P7ZA 5P5XA 1YTHA 5OYRA 5P6GA 2ER9E 3VF7A 5P0MA 4CPUA 1K2CA 5P2JA 4ER2E 3L59A 4COEA 1M4HA 5P40A 3BVBA 1MESA 5P29A 4K9HA 5DPZA 5OZPA 3D20A 3PHVA 5E5KA 4FM7A 5P43A 1N49A 3U71A 2ER6E 3O9LB 5P5ZA 2QZWA 2I4UA 4GJ5A 5OZFA 5P0YA 4FRSA 5P0GA 4YDGA 5P64A 3Q3TA 5P3GA 2BPZA 1VIJA 2FDDA 4Y4DA 4PZXA 1BWBA 5P0KA 5P7CA 5P6MA 3FSMA 3I2LA 5P15A 5P8GA 4D85A 3ZPUA 5P6VA 4EQ0A 1W5YA 5AHAA 4DQCA 3RSXA 5P60A 5P65A 1HEGE 5P3NA 2QI6A 4OBHA 1CZIE 4Y5BA 1ZPKA 1DMPA 1HRNA 2Z4OA 3ZKQA 5P7PA 5P0ZA 5P6IA 2IQGA 2OHNA 3U7SA 2PH8A 3EL1A 5HDXA 5P77A 2I4DA 4Y36A 4R5NA 2NNPA 3UPJA 3SKGA 2O4LA 4NJUA 2XYFA 2SAMA 1WKRA 3OU4A 2EWYA 5P62A 3KFRA 5P1SA 2B60A 3AUPA 1RV7A 4GJ8A 6FIVA 1D4HA 5P56A 4I12A 5P04A 4I0DA 3WSJA 4Y3ZA 3GGXA 3TOHA 1KJHA 3SM2A 1IDAA 2Q15A 4Y56A 2B42A 2ZE1A 5P2SA 3PLLA 5P4KA 4ZE6A 3QP0A 5OZJA 5OZCA 2WJOA 1FG6C 4I10A 5P8IA 1K1TA 4RCFA 5P7XA 3G6ZA 5P4BA 4J5JA 1G6LA 3OTYA 4BEKA 3PB5A 4R93A 5UPJA 1T6GA 3HVPA 3ST5A 5P8KA 2F80A 2VJ9A 1LEEA 4Z4XA 2RMPA 2XFKA 2ZGAA 4Y43A 4UPJA 2HS1A 5ER1E 5P1UA 4EP2A 3SACA 1K6VA 5OZ5A 3NXNA 3UTLA 5OYXA 5P3UA 2ZJIA 4RROA 3ZPSA 3TPRA 3RVIA 3QIHA 3UDJA 1LYBB 2O4SA 3L3AA 5P2WA 5P5WA 5ENMA 4OBDA 4Y5KA 1AJVA 5P1GA 5P4GA 1BBSA 4HDFA 3NYGA 3CYXA 4Y4WA 5P79A 4Y54A 3EKYA 2ZHRA 5AH8A 1BWAA 1G0VA 1TCXA 3ZKNA 4KUPA 1IVPA 2BPYA 3PLDA 3O9CA 1FQ6A 5P86A 3WZ6A 3PGIA 5P67A 5BWYA 3CKRA 5P6PA 2ZJMA 2VKMA 4PYVA 1B6KA 3O9LA 5P0WA 1EBYA 1BDRA 2R5QA 3LPKA 3CIDA 3QBHA 3GGVA 3S53A 2PSGA 1YTIA 3SAAA 2H6SA 3EXOA 1CMSA 5B18A 1XL2A 4LBTA 1ZJ7A 2G27A 5IVRA 4RLDA 4N00A 2IKUA 5OYWA 3Q6YA 4BFDA 2AOFA 1ZSFA 3RSVA 2NPHA 3UF3A 3IXKA 3ZPTA 5P3ZA 1C6XA 4FSLA 3O9BA 4Y3PA 2AZ9A 5P5NA 5P4IA 5P02A 1OD1A 1WBMA 3INHA 4FAFA 3IAWA 2R3WA 3B80A 3O9DA 5P4DA 3I25A 2I4QA 4YD5A 4U8WA 5P46A 1NPVA 5PEPA 2FNSA 5P78A 5P7DA 1HVSA 5P11A 5P1EA 3NXEA 3PM4A 5P69A 5AHCA 4MC9A 4I0FA 5OZHA 3SQFA 1KJGA 2PK6A 4CPQA 1HSHA 3ZKSA 3I7EA 4K4QA 3R0YA 5DR4A 5JG1A 4JPEA 3VLBA 4F75A 5P06A 5DR3A 2QHZA 3VLAA 1RL8A 2BB9A 3EL9A 4DJOA 1HVCA 1YM2A 5P51A 5P0CA 1XN2A 1KJ7A 2P3BB 5P5SA 3CKTA 5P03A 4DJRA 1HEFE 1AIDA 1TCWA 1VIKA 4DJUA 3S7MA 4DV9A 5P30A 2Q5KA 1LYBA 1MT7A 1XE6A 5OZ3A 3LIQA 3ER3E 4Y37A 5P7NA 3DV5A 3SLZA 2BJUA 5P28A 5P01A 4Y4BA 3NR6A 5P88A 2OHLA 1GVVA 3R2FA 3HDKA 2Q63A 1HSIA 1YG9A 2ER0E 4Y5NA 1ZSRA 2B7FA 1IIQA 5HCTA 4EJKA 4RYCA 1MIQA 3LIYA 4CPSA 5P4XA 5P2LA 3SA7A 5OZ9A 4B77A 5KR0A 2FIVA 4FL8A 1ZP8A 9HVPA 1D4JA 2AIDA 3S2OA 3VF3A 3OOTA 1SGZA 2G26A 4GJAA 1W6HA 3UDKA 4Z22A 1HVLA 4Y39A 1KJ4A 1FMUA 3OQFA 1T7KA 3WZ7A 4MC2A 5P39A 4Y5AA 5P8OA 3OUCA 4BELA 3OK9A 5P44A 4HDBA 3GGAA 4Y6MA 3KMYA 1TW7A 3UDNA 5P7YA 4QJ7A 3HD8A 5P3LA 4APEA 1QBUA 1SDVA 3L38A 1LYWB 2NMYA 5KQXA 3QVIA 3DJKA 1SBGA 2IDWA 4ZLSA 5P14A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2B A;  3G70 A;  1GVW A;  2AOJ A;  5P7R A;  3FNS A;  2BKT A;  1YM4 A;  5P1L A;  2VA5 A;  4LHH A;  1HIV A;  3DCK A;  5P4S A;  1ODW A;  3OUD A;  5P8D A;  3EKP A;  3TL9 A;  1A94 A;  1BAI A;  3KDB A;  3D91 A;  5P4P A;  3LIV A;  3NLS A;  4J1K A;  2QD7 A;  5P5J A;  3RTH A;  4TRW A;  5C9D A;  4Z50 A;  5P47 A;  3S45 A;  5P5D A;  4Y3L A;  1BDQ A;  4Y38 A;  3ZKM A;  3N3I A;  5COK A;  3CIC A;  2NXD A;  4B00 A;  2Q3K A;  3MSL A;  4K4P A;  2PK5 A;  3O99 A;  1MSM A;  2QI5 A;  3MXD A;  2O4N A;  2WF2 A;  1SH9 A;  3TOG A;  3T7Q A;  4H3F A;  3S7L A;  3R4B A;  2G1N A;  2JJJ A;  5P0S A;  4ACX A;  6UPJ A;  5HE7 A;  3UQU A;  1YTJ A;  2F3E A;  4J54 A;  5ISK A;  4KE1 A;  5P3T A;  5P0H A;  2P83 A;  1ODX A;  4EQJ A;  1PPL E;  4FSE A;  3JW2 A;  3PCZ A;  5P54 A;  1OEX A;  2XFI A;  3BVA A;  3OWN A;  2FDP A;  5C9B A;  4Y58 A;  5P1M A;  1E82 E;  1LZQ A;  5P7H A;  2NMZ A;  4Y3H A;  2FXD A;  5P0F A;  2JJI A;  1BVG A;  3S43 A;  2AVV A;  5P0L A;  4A6C A;  3VV6 A;  1Z1R A;  4DQG A;  5DQ5 A;  5P58 A;  1B6P A;  5P3W A;  5KR8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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