1FG6C

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fg6C00
3HZCA 3QIHA 4J0YA 5DQ2A 5P35A 3K4VC 5P29A 2QZXA 4Y3SA 4AA8A 1W5YA 3URLA 2WEZA 4DJQA 5P26A 5KOSA 3BXSA 3MXEA 3QROA 4Y4EA 5P1JA 1LF3A 5P72A 3TOHA 5P3JA 1LV1A 1PPME 3PB5A 4JPEA 2HS1A 4YCKA 4K9HA 5P34A 2OHSA 5P58A 1EPOE 1W50A 2VA7A 3NXEA 3S53A 4CPWA 2G1SA 3ER3E 1SGZA 5P3IA 4PHVA 2PC0A 3DOXA 3INFA 4GB2A 4HDBA 5DQ4A 3DJKA 5P85A 1MT9A 4GJBA 1MPPA 5P1VA 5P3GA 5P5NA 5P4NA 1E5OE 1YT9A 5P86A 3OUCA 5OZAA 5P4WA 4B0QA 3SAAA 7HVPA 5P6TA 4YBFA 3M9FA 3UDPA 4Y6MA 1RQ9A 5IVQA 5P2UA 2I1AA 3ER5E 4BFDA 2FDDA 5HTZA 3ZLQA 3RVIA 4R92A 3QAAA 4NJSA 5P31A 3ZKXA 2HPEA 3VV7A 5P32A 2Z54A 3UDYA 1Q9PA 5OZ7A 2WF2A 3QBFA 4I0HA 2XFJA 5P53A 3TOGA 5ER2E 4DPIA 4JPCA 5OZ0A 4JOOA 2XFIA 4GJ7A 4HE9A 2PMAA 2AVVA 1HWRA 4Y48A 4CMSA 1PROA 1QRPE 2RKFA 1F34A 1D4KA 1FG8C 3NUJA 4EQ0A 3QN8A 3SA7A 1RL8A 3PEPA 4UPJA 5PEPA 4RRNA 2I4XA 1HTFA 2B42A 4U7VA 5P4YA 1B11A 5P0YA 5P6XA 5P08A 5P2XA 2PWCA 5P44A 5E5KA 4YD4A 4R95A 3UF3A 5HDZA 3ZMGA 2BB9A 4Z2ZA 2FIVA 3T11A 4OBHA 5P3MA 5P4RA 2I4VA 5P67A 5P73A 5P6JA 2IS0A 1YTJA 2AOIA 4D8CA 4EXGA 4J5JA 5P15A 2FMBA 3S54A 5OZQA 5P3NA 4Y4UA 4Y54A 3NXNA 3VSWA 1M43A 3R0YA 1AIDA 4Y58A 4Y41A 4Y5GA 4Y4GA 3OHHA 3EM3A 2QI3A 2WL0A 3O9LA 5P4KA 3UCBA 1YTGA 3HVPA 3VYEA 5P6SA 3ZL7A 1PPKE 4J0PA 1ZBGA 5OZ1A 2B7ZA 3OUDA 5P4JA 4M8YA 2QNPA 3PI0A 2PQZA 4Y5LA 1XE6A 5P3UA 3U71A 2JYSA 2J9KA 4YCTA 1GVXA 5P3EA 5P5BA 2HB2A 4YDGA 1QBSA 5P39A 4HEGA 1T6EX 5P1TA 1QS8A 4PZXA 2R3WA 4Y3GA 3BXRA 3CIDA 3GW5A 5P59A 3EKTA 5P5CA 2ER0E 3L5EA 5P3ZA 5P00A 3QS1A 5P37A 3KT2A 4EP2A 1EBKC 5DQCA 1IVQA 3Q4BA 3KFNA 2ZJKA 5OYTA 5P3PA 2Q63A 1MEUA 3PHVA 3OGPA 2ER6E 1DW6C 1TQFA 2AVQA 8HVPA 2ZHVA 4LXAA 5DR7A 5P7AA 3OADB 1XE5A 4B1CA 1F7AA 1GVUA 1MT7A 2QI4A 1AAQA 1K6VA 5P2ZA 5P40A 2O4PA 5P7UA 1KJ4A 1ODYA 2ZJJA 4B78A 5P7KA 3H5BA 3SACA 4B1DA 4GZFA 4OC6A 3O9LB 4K4QA 2QD7A 4DFGA 1SMRA 5OZOA 1N49A 1MESA 2R5QA 3PJ6A 1DAZC 1CZIE 4L6BA 1XL2A 3URIA 3OUDB 3PMYA 4NJTA 1CPIA 2P3AA 3OWNA 5JFPA 4MC1A 5OZUA 1DMPA 2WF1A 3LPJA 1G2KA 1ER8E 3QP0A 5P89A 5DR4A 2OHNA 3MXDA 2O4NA 3QBHA 5P84A 1FMUA 5AHCA 5P24A 3A2OA 3PBZA 5P1IA 3EKVA 1HVLA 5HU0A 5KQFA 5IS4A 5P75A 5C9DA 2BPYA 3BHEA 3G72A 1CMSA 3OXCA 3FV3A 5OZNA 1K6TA 3EKWA 3B7VA 5P4QA 5P8UA 1W5XA 1YM4A 6APRE 1B6PA 4J1EA 3UQWA 5P2HA 5P4BA 3BC4A 2JXRA 2QZLA 3I25A 2NTRA 5P8FA 4OC6B 4Y5PA 1J71A 4ER4E 4APRE 1LS5A 5OZGA 3ZKMA 3OU4A 4F75A 3GI6A 4Y5NA 1MT8A 3WB4A 2QD6A 3Q70A 5P4DA 2QP8A 1K2CA 3EKXA 3K1WA 1W6IA 4YE3A 5P43A 5P78A 4I11A 4CPUA 2VIEA 3EKQA 3OTSA 4EJ8A 2VKMA 4CPTA 5P87A 2ZJNA 2P3DA 2NNKA 3L5CA 1T6GA 3IXJA 1HVSA 3EL4A 1FB7A 4FS4A 5DQ1A 5P0JA 5SXNA 3EM6A 4Q1XA 3OXWA 1D4JA 2QNQA 4J17A 3CMSA 5P49A 3D3TA 1C6ZA 3NDTA 4J1KA 4AUCA 4DJRA 1WBMA 3OTYA 5UPJA 4MC6A 2V13A 2V11C 4Y5MA 1BWBA 5P1OA 5P05A 1ZPKA 4TVHA 3RSXA 2H6SA 5P88A 5P7IA 3Q5HA 2AOHA 4QGIA 5OZ5A 2MIPA 2EWYA 4Y3TA 5P76A 4MC9A 2OHLA 4Y53A 3GI0A 4K8SA 2XYEA 5P5UA 5P0HA 3VCMA 1M4HA 1ODXA 1BWAA 5P23A 3HBOA 3S56A 1SDUA 2AZBA 3OU4B 4AA9A 4D89A 4DQFA 3O9BA 3OQKA 3FNSA 3KFRA 4ZEAA 4FGXA 4OBKA 4RLDA 3IN4A 5IVSA 4Y4WA 4NJUA 1AJVA 5P6DA 1A30A 5P42A 5P14A 3IN3A 1GVWA 5P83A 2QK5A 2B8LA 4GMIA 4LBTA 5P5EA 2PSGA 5OZBA 4R93A 5P8SA 3C9XA 2PH8A 3BGBA 1PFZA 5P63A 4Y3QA 4X7IA 3DCRA 5P7TA 1TSUA 1A9MA 4Y3DA 1G0VA 4NKKA 5P5RA 1C6XA 5P7LA 2IGXA 4TVGA 5P3SA 1UH7A 3PSUA 2WECA 3KFSA 3KF0A 3EL9A 5P1XA 2AOJA 4COEA 3NWXA 4GJ9A 1KJGA 4DQHA 2HB3A 2F3FA 5OZ9A 3UDRA 2CEMA 5CLMA 6FIVA 3AUPA 5HDVA 5P3FA 3VSXA 3VLBA 4J55A 2NMYA 2QHZA 4Y5EA 4CP7A 4F73A 3TLHA 5P80A 5P5ZA 5P54A 4Y3HA 4XKXA 3EBZA 4Y39A 3O9IA 1TCWA 5OZHA 3VF3A 2O4LA 5P0IA 2OHQA 3HDKA 1GVVA 2AOCA 3S7LA 2BPXA 5P1CA 1LF2A 3VEUA 5P3HA 5P1DA 3HW1A 1WKRA 4GJDA 1FEJC 1FMXA 4HA5A 5P3AA 4GJ8A 1HSHA 4ZSQA 5DGWA 3N4LA 5E5JA 3F9QA 2CEJA 4HDFA 1MSMA 2QAKA 4L1AB 2F3KA 5OZSA 3LZYA 3PCWA 5FIVA 3S8IA 1UPJA 5P1SA 1OEWA 2PSUA 1FF0C 3VV8A 3HVGA 5KR2A 1SBGA 2G69A 3NDWA 5KQYA 3S85A 4FE6A 5COOA 3PLLA 2AVMA 1MRWA 3SLZA 2AOEA 5P6CA 5P7OA 1Z1HA 5P1ZA 4FRSA 1GKTA 3FKTA 5HCOA 5P2EA 3HLOA 2WEAA 5P33A 5P4UA 1AVFA 1FQ8A 2AZCA 5P0CA 2NXDA 4Y3FA 3CYXA 3INHA 3NU6A 2ZHSA 5P0MA 5C9FA 1K1TA 5P22A 4DJUA 1BXOA 2P8HA 3TNEA 4Z50A 2I4QA 3VF5A 5P6HA 5HVPA 3CIBA 2ZDZA 2R9BA 4Y37A 4Y44A 5P1HA 2ZJHA 4B05A 4BEKA 5P62A 2R43A 1HRNA 5DPZA 1UH8A 4H3FA 3QVIA 1EBWA 3OY4A 1B6MA 1EPME 1MUIA 5OYZA 3JVWA 4Y3MA 4TRYA 3EXOA 2O40A 1EBZA 2Z4OA 3KDDA 5P0FA 3T7PA 3WSJA 3NU4A 5P5DA 2OHKA 3O9CA 4B00A 1FFFC 2AOGA 4EJLA 4KE1A 4OBDA 5P7YA 4YA8A 3BUHA 5P7SA 4DJOA 2UXZA 3QRMA 1FQ4A 4M8XA 3GGUA 4A4QA 3SA9A 1IZEA 1HTEA 1W5WA 2G27A 4I0IA 4Y45A 5P07A 5P61A 2WJOA 5P7WA 4ZPGA 5OYUA 5P25A 2UY0A 1LYBA 2HPFA 2VIYA 5AHBA 5P1PA 1ME6A 2OHPA 1LF4A 5P5MA 3RU1A 4E43A 5I70A 4Y56A 4ER2E 5P4HA 4WY6A 4X2LA 4Y3AA 5ENKA 5P4GA 4A6CA 1K6PA 5SY2A 1T7JA 5P82A 1IZDA 5DR3A 1HTGA 5AH9A 3VFBA 2IEOA 3RTHA 4TRZA 4GJ6A 5P5HA 5P8QA 5P0PA 3L5BA 2P3BA 5KOQA 3N3IA 4I0FA 3PGIA 1APUE 1HVRA 4L7HA 5CONA 4Y57A 1YTHA 1BV9A 1XL5A 3APPA 5P8HA 1HTRB 2F81A 5OZ6A 5P6ZA 4DJWA 1FMBA 5F01A 2AZ9A 3CICA 5P47A 2JE4A 2PK6A 5P2GA 5P45A 3WB5A 2PYMA 2O4SA 5P60A 4ER1E 2R8NA 3SA3A 3UDMA 2V16C 3QRVA 3UPJA 5P81A 5P8KA 5P5XA 1LZQA 2VIZA 5B18A 1EPLE 1KJFA 4YD3A 3VYDA 1LYBB 2ZGAA 5P1MA 4B70A 4EJKA 4NPTA 4YD6A 5P5VA 1LEEA 5P5OA 3AIDA 4A6BA 3OU1A 4FSLA 3RTMA 3UTLA 4H3GA 3GI4A 1HVIA 5P1UA 3ST5A 1D4IA 3PMUA 4RRSA 3UFNA 4QJAA 5P1YA 3CKRA 5EZZA 1HSIA 2IKOA 4LXKA 5P4VA 1VIJA 3HD8A 5P01A 2RKGA 2P3BB 5P7BA 4WTUA 3DM6A 3IXOA 1ZAPA 1DPJA 4Q1NA 2WF3A 2I4DA 3T7XA 5OZPA 5P1RA 3MSKA 5P18A 1IZIA 2IDWA 2WF0A 5HDUA 5P5SA 2Q15A 1HVHA 5P27A 5P04A 1K2BA 4LC7A 3U6AA 2AOFA 5KR1A 3INDA 4L7JA 4OBFA 3LNKA 5P2VA 4YOAA 3WZ7A 2I0AA 3SO9A 5P6AA 4LHHA 2G22A 5P7EA 1YTIA 5P3DA 4Y3WA 2QI7A 5AH8A 4ZIPA 5P0KA 2VJ9A 4TRWA 2PH6A 5P6BA 2AQUA 3I8WA 3ZKSA 1D4LA 1BVEA 3DCKA 5P17A 5T4SA 5DR8A 4PPHA 3FSMA 5OZJA 3O9HA 1SGUA 1NSOA 3PWMA 3OQDA 5P3CA 3GGXA 3OOTA 5P48A 5OYVA 3SKGA 4GJ5A 3OK9A 4FRKA 3ZPUA 5HE5A 4S1GA 4NJVA 3PI5A 2P83A 3TKGA 1A8GA 1PSNA 1PSOE 3KDBA 3T7QA 5P16A 5P6EA 3ZOVA 4OBJA 4Y47A 1SP5A 1FKNA 2FS4A 1BDRA 5P7VA 1ZLFA 5APRE 3LPKA 2IRZA 4I10A 4J0TA 4WY1A 5HCTA 5P8CA 1HPOA 3NDXA 3IVIA 4FSEA 2XFKA 2G1RA 3FNUA 1QBUA 3Q6YA 4H3JA 4DUSA 4XX3A 1HPVA 2FGUA 4FCOA 3UHLA 5P4ZA 3PBDA 1A94A 2SAMA 3BRAA 4HDPA 1K6CA 2FDEA 2G24A 4QJ9A 3GGVA 4PYVA 1BAIA 5HE4A 1SDVA 2ZJIA 5P5QA 1GVTA 2F8GA 5IVTA 5P6FA 2QZKA 4DH6A 4K4RA 2FXEA 5P8GA 5OZIA 2B7FA 1TW7A 2H6TA 1HBVA 1LYWA 5P0LA 2QI1A 3O9EA 4LAPA 3ZKQA 4EQJA 4Q5MA 2NMZA 3D1ZA 3KYRA 5P4PA 3I7EA 4J1IA 5P5TA 3OUAA 3K5FA 1B5FA 4Y3JA 1SIVA 1ODWA 5OZEA 4I12A 1LYAA 3TL9A 5HU1A 2Q64A 2BQVA 1HVCA 5P7XA 3PSGA 3UDHA 1SIPA 3OOZA 1QBTA 4FM8A 5P7GA 3R0WA 2ZHRA 1E80E 2R38A 5P0QA 5P3KA 3SPKA 9HVPA 4RVIA 2QD8A 4Y5AA 4J1FA 2VA6A 3NUOA 5P4FA 4D83A 4GJCA 2G20A 5P2OA 4EP3A 1FQXA 1EEDP 5P6WA 3URJA 4EPJA 4ACXA 5P6OA 3UQPA 1NPWA 4BFBA 4LL3A 3L5FA 2Q11A 5P5AA 5P7RA 4BELA 4Y36A 1XS7D 3K5DA 5P7ZA 1G6LA 3LITA 4KB9A 5P7HA 3HAUA 5P0GA 2I0DA 3DUYA 2G1YA 1AZ5A 4RCEA 5SY3A 1LYWB 4I1CA 2G94A 5P41A 5OYSA 3H0BA 4DJVA 1FQ5A 1EAGA 5P8DA 3WZ6A 2VJ6A 5OZVA 3S43A 4Y5BA 5P6PA 5JFUA 1AM5A 2BPVA 1HVJA 2ZYEA 2FNSA 1HXWA 5OZ2A 1B5FB 5P4TA 2NPHA 1M0BA 4I0JA 3TPLA 4DJPA 5P79A 4J1HA 1TCXA 3MSJA 4Y3YA 5P6RA 3RSVA 3LIXA 2QMFA 3QRSA 2IGYA 2JJJA 2PYNA 1APWE 5SZ9A 3IGBA 5HDXA 3BVAA 1ZPAA 5P1NA 2HB4A 3G6ZA 1EC0A 4I8ZA 5P11A 5I3XA 2PWRA 3TH9A 1B6JA 5BS4A 5COKA 5P5KA 5HE7A 5KR0A 3EMYA 2ZHUA 4YCYA 4Y3RA 3NLSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HZC A;  3QIH A;  4J0Y A;  5DQ2 A;  5P35 A;  3K4V C;  5P29 A;  2QZX A;  4Y3S A;  4AA8 A;  1W5Y A;  3URL A;  2WEZ A;  4DJQ A;  5P26 A;  5KOS A;  3BXS A;  3MXE A;  3QRO A;  4Y4E A;  5P1J A;  1LF3 A;  5P72 A;  3TOH A;  5P3J A;  1LV1 A;  1PPM E;  3PB5 A;  4JPE A;  2HS1 A;  4YCK A;  4K9H A;  5P34 A;  2OHS A;  5P58 A;  1EPO E;  1W50 A;  2VA7 A;  3NXE A;  3S53 A;  4CPW A;  2G1S A;  3ER3 E;  1SGZ A;  5P3I A;  4PHV A;  2PC0 A;  3DOX A;  3INF A;  4GB2 A;  4HDB A;  5DQ4 A;  3DJK A;  5P85 A;  1MT9 A;  4GJB A;  1MPP A;  5P1V A;  5P3G A;  5P5N A;  5P4N A;  1E5O E;  1YT9 A;  5P86 A;  3OUC A;  5OZA A;  5P4W A;  4B0Q A;  3SAA A;  7HVP A;  5P6T A;  4YBF A;  3M9F A;  3UDP A;  4Y6M A;  1RQ9 A;  5IVQ A;  5P2U A;  2I1A A;  3ER5 E;  4BFD A;  2FDD A;  5HTZ A;  3ZLQ A;  3RVI A;  4R92 A;  3QAA A;  4NJS A;  5P31 A;  3ZKX A;  2HPE A;  3VV7 A;  5P32 A;  2Z54 A;  3UDY A;  1Q9P A;  5OZ7 A;  2WF2 A;  3QBF A;  4I0H A;  2XFJ A;  5P53 A;  3TOG A;  5ER2 E;  4DPI A;  4JPC A;  5OZ0 A;  4JOO A;  2XFI A;  4GJ7 A;  4HE9 A;  2PMA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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