1FIVA

Structure of an inhibitor complex of proteinase from feline immunodeficiency virus
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
VGTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITILNRRDFQVKNSIENGRQNMIGVGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLIQPLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of an inhibitor complex of the proteinase from feline immunodeficiency virus.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords FIV PROTEASE
total genus 27
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fivA00
2XFJA 1FFFC 3INFA 2R3TA 5P5XA 2G24A 5KR2A 5P8UA 3D1YA 3IN4A 5P5QA 1GVTA 3NU6A 3B7VA 4GB2A 2ZHVA 4FRJA 4Z22A 5P88A 3L5DA 5P82A 5P6KA 1CMSA 1OEXA 1BV9A 1JLDA 3PM4A 1B6KA 5OZJA 4CPUA 5I70A 1WBKA 1G6LA 1YT9A 1Z1RA 3PLDA 4MC6A 3QRVA 1MRXA 5P2QA 5P8EA 3ZKIA 4Y5CA 2V12C 5P4BA 4QLHA 2AVOA 3EKPA 3IXKA 1MTBA 2IENA 4Y5MA 4K9HA 1XDHA 5P0IA 5P6YA 5C9BA 2UPJA 3VSXA 2F3EA 3T3CA 2AOCA 1A94A 1DMPA 5P73A 4E43A 5OZUA 5P04A 5OZ0A 2Q11A 5P1TA 5P5BA 4QJ6A 1ODYA 4YD7A 3TOHA 4ACXA 1K6VA 4Y3YA 3NUOA 5P6GA 5P7YA 3K4VA 2OHKA 3KDBA 1GVVA 2FS4A 3RTHA 3KYRA 1PPKE 4Y53A 5AGZA 5AH7A 2V0ZC 1UPJA 2HIZA 3NDXA 2AIDA 5OZ1A 3T6IA 2QZWA 5P4OA 3URJA 5P49A 1BVEA 7HVPA 3TKGA 3KN0A 2QU2A 5P0AA 1E81E 4XKXA 3CIDA 5P3CA 1TQFA 3Q6YA 5P4IA 2G1NA 1HWRA 5P0PA 2UXZA 2R5PA 3GGVA 1EPME 4OBDA 2I1AA 4RRSA 3NWQA 5P3VA 5P6JA 5P86A 5P7AA 2CEMA 5P67A 2FDPA 4TVGA 1TCXA 5COPA 3CKRA 2V11C 3NSHA 3VG1A 5I3VA 1MEUA 5P47A 4S1GA 3RSVA 1HXBA 2BQVA 5P1YA 5P70A 4HA5A 1W5XA 5P55A 1VIKA 5P1PA 4ZIPA 1W5VA 1GNNA 1KZKA 4IVSA 1YTHA 4EJLA 5P7IA 5P78A 5P7ZA 3RTMA 2I4XA 5P4XA 4I0DA 4RCEA 3MXEA 3LINA 4X7IA 4YD6A 4X2LA 5P1NA 3EXOA 1WBMA 4NJTA 1C6YA 3CMSA 3MXDA 3O9HA 3S53A 5P8CA 4TRZA 2ZHRA 4YD5A 4I8WA 1LYAB 3M9FA 1G35A 5P72A 4Z4XA 2BKSA 3L5BA 5P5IA 3L59A 2IKOA 3VLAA 4CMSA 1TSQA 2XYEA 5C9DA 2I4UA 4L1AA 5DQ5A 2O4PA 2O4LA 3T7XA 4Y3JA 4ZE6A 4N00A 5HE7A 3S54A 1SBGA 5P3EA 2XFKA 2AZ8A 5P1QA 3PCWA 4HEGA 5P4AA 5P23A 3PRSA 5HDXA 2QCIA 4FRIA 4Y3EA 4Y57A 4Y4JA 1G2KA 4Y3AA 2I0DA 1SGUA 4PYVA 1GVUA 2P3BA 1A8GA 4J1EA 2BJUA 4FSEA 2NMYA 4I0EA 1RV7A 3JVYA 3SAAA 2QHYA 5OZCA 4Y5BA 3SA6A 5JFUA 1IIQA 3K4VC 5P5OA 2EWYA 3S43B 1M43A 2ZJJA 2P8HA 3G72A 3O9IA 3CYXA 3UQPA 1IZIA 5P34A 5P6LA 3SA8A 3BC4A 5P17A 3LZVA 2WF4A 4FM6A 3EL5A 3EKXA 4FLGA 4H3IA 3GGXA 2J9KA 1SDUA 2R9BA 1NPWA 3OUCA 1ZJ7A 5DR4A 5AH8A 2WL0A 5OYUA 4ZSRA 4Y4TA 3EMYA 3VYDA 3H5BA 1EBYA 5P59A 3KDDA 5OZBA 2ASIA 1NPAA 2G1OA 5P20A 2F8GA 4Y54A 1HXWA 3ZL7A 5I3WA 1HIHA 2OHTA 4PEPA 3ST5A 5P83A 4LC7A 1EC0A 4YCTA 5P8AA 2V13A 5OZDA 6APRE 1FQXA 2FNSA 4Y58A 1KJ7A 3DUYA 5DQ2A 5P56A 2FLEA 3PSYA 3SM2A 3TPJA 4OBJA 4R93A 3FIVA 4U7QA 3QVCA 5P0VA 1XL5A 3IAWA 4OBKA 3K5GA 3S45A 1APVE 5P62A 2NPHA 3UTLA 2ZJLA 4J54A 1IZDA 3PI0A 4J1KA 1SH9A 2ZGAA 1EC3A 4Y3GA 3UCBA 2OHQA 3OXWA 3PWWA 1HOSA 4MC2A 3D3TA 3B80A 1HPXA 4OC6B 2ZJIA 4GJ7A 4BELA 4B72A 3OUAA 2P3CA 3UF3A 1Z1HA 1FLHA 3OWNA 5P3LA 3VFBA 2VJ6A 2VS2A 4Y3XA 3DJKA 5P5TA 1SIVA 2BB9A 3TKWA 5P6RA 4F73A 3PVKA 5P0XA 3O99A 1APWE 3I25A 2FXDA 4YD3A 4J17A 4GJ8A 5P7FA 4R5NA 4Y35A 3R0YA 4I0FA 4HDBA 5P02A 1EBKC 2PWRA 5P4UA 2MIPA 3OY4A 3OTYA 1M4HA 1XS7D 2PMAA 2HS1A 2ER7E 5C9FA 4Y38A 1HTGA 5P3AA 3PMYA 5P5DA 3HVGA 3LIQA 1BWAA 2QI5A 3EL0A 4K4QA 2OF0A 4AA8A 3HBOA 4TRYA 1UH7A 5KQZA 2AOFA 5OZ3A 1HEFE 1MIQA 3RVIA 3UFNA 5P8LA 5P4DA 4R8YA 3Q70A 5P5GA 1D4JA 2WHHA 3QPJA 5OYXA 5P0TA 4EHCA 1DIFA 4H3JA 1ODWA 2SAMA 5DQ4A 4HLAA 3TPLA 3NUJA 5OZLA 5P7XA 4B0QA 2BPYA 1ZLFA 5P10A 5P1UA 1EPNE 2PSGA 5P64A 3NYGA 4J0PA 5P0GA 4EXGA 4DUSA 1K2CA 5P6DA 5P0SA 5P1IA 1MUIA 3EL9A 2NMZA 4DQEA 4R95A 3D1ZA 1LYAA 1BXOA 4I10A 5ENKA 2QZLA 3UDJA 2B7ZA 2WF0A 1DPJA 4I8ZA 1RNEA 2VIJA 5P5SA 5P60A 1MTRA 2P3AA 5P7DA 4TVHA 5P8MA 2Q63A 4QJ2A 4DI2A 5P89A 1LS5A 1BDLA 5P5NA 3VUCA 3BVAA 1PSNA 4K4PA 1C6XA 3T11A 5OZ5A 3TOGA 3TTPA 5OZYA 3O9EA 4Y5GA 4CPSA 5T4SA 3PCZA 3OU1B 2AVVA 3LPIA 3KA2A 5P6QA 4NPTA 4NJUA 4AMTA 3HAUA 1BDRA 1PSAA 1IZEA 5OZMA 3SQFA 3F9QA 5P36A 3KT5A 2P3BB 4TRWA 2G1YA 4RCDA 5OZZA 5P19A 4CPXA 5P1VA 2Z54A 5P1AA 5P4CA 3GGUA 3ZPTA 2WJOA 5P0NA 1UH8A 3SKGA 5P03A 2WECA 4KE0A 3QP0A 4Y37A 2IDWA 3BUGA 3JVWA 5P42A 1HPOA 2NXLA 5P1KA 5OZ9A 4ZSQA 5P2ZA 5P8SA 4JP9A 3LZYA 3IXJA 4FSLA 2HS2A 1AJXA 3HZCA 5P09A 3RTNA 2P3DA 3O9GA 5P01A 3PGIA 1ZBGA 3IVIA 3L5FA 5P5UA 3EKVA 3VEUA 4GJAA 4APRE 5P7KA 3SO9A 3OADB 3OQKA 5P8HA 4YA8A 3EBZA 5P79A 5P4EA 3INDA 4EPJA 5P28A 1E82E 4FAEA 4RYGA 3JW2A 3IVHA 5P8NA 4Y43A 4COEA 2I0AA 3SA5A 5P6EA 3DCRA 1RQ9A 3FNSA 4JPEA 2QNNA 2PSUA 3MSKA 5P30A 3QAAA 1E5OE 5P69A 4GMIA 2R8NA 4DJYA 5P00A 2WF3A 1XE6A 4OC6A 5P6XA 2QU3A 1EBZA 5P26A 2F3KA 4K8SA 4J0VA 4EQ0A 5P75A 4YDFA 5P8FA 5OZXA 4DFGA 3OUDB 1XN2A 3WB4A 4WY6A 5OZVA 1EPLE 1ZPKA 5P44A 5P3WA 3SM1A 3OHHA 1HRNA 5P3MA 5OZFA 3S8IA 3FKTA 3IN3A 2PSVA 1FQ8A 1DW6C 4L7JA 1PFZA 3VYFA 1BIMA 4Y44A 4U8WA 3L38A 3LIZA 3K1WA 5DR8A 4L6BA 5P2YA 1E80E 5OZ4A 2VNNA 4Y9WA 4HE9A 4Y5KA 3GI4A 3O9LB 1QBSA 4JECA 2G22A 2AVQA 5AHCA 1LF2A 5I3XA 5P22A 3SLZA 4NPUA 2OHNA 4WTUA 4Y4UA 1VIJA 1ZP8A 3T7PA 5P0HA 4EXHA 5P31A 4B1EA 1ME6A 5P7LA 3LITA 3VV6A 2QD7A 5P7GA 1C70A 3R0WA 1HSIA 1EPOE 2QHZA 2VA6A 3FX5A 5KOSA 2RKGA 3UDPA 5KQXA 2NXDA 1U8GA 5HDZA 5P7OA 2JJIA 4LXMA 1ZSFA 5P50A 2QMGA 5P08A 4OBHA 5OZSA 2RENA 1FMBA 3NXNA 1YM2A 3VCMA 5P4LA 4DQCA 3BGCA 4OBZB 4PHVA 5P39A 1BBSA 3PLLA 3CICA 3G70A 5P6TA 2JXRA 5DGUA 4GZFA 2OHRA 1MESA 5P84A 5IVRA 2HAHA 4Y5NA 1MERA 1T6EX 1W51A 4YOAA 2XYFA 5P77A 5P0KA 3SKFA 3URIA 5P05A 2G26A 1FG6C 2AVMA 5P0DA 2IEOA 5P3GA 1EPPE 2VJ9A 2PK5A 2PWCA 5P2BA 1HVIA 2RKFA 3KDCA 4Y5EA 4DJUA 5P66A 4RVIA 2Z4OA 5P3RA 5P3QA 2FMBA 2O4NA 1D4IA 2QI6A 2FXEA 5DR3A 3OU1A 5P8QA 4JOOA 2ANLA 3KMYA 5P3SA 5P4PA 2CENA 2BPWA 3NU5A 4QJ9A 1QS8A 4EQJA 5P2EA 2AOJA 5P51A 5P0LA 5P1GA 3WB5A 4J5JA 5P32A 3MWSA 1AM5A 3OGPA 4L7GA 5P2WA 3ZOVA 1A8KA 5P3UA 4CP7A 5SY2A 1IDAA 5AH9A 3UFLA 2ZHUA 2AOGA 2G94A 3INEA 4Y56A 5F01A 5KAOA 3ZMGA 3ECGA 4CPTA 4DJPA 3NDUA 3SACA 1Q9PA 5P5CA 3HVPA 3QI1A 1T7IA 2J9JA 5P2SA 3H0BA 5OZKA 5SZ9A 6UPJA 2QAKA 2BBBA 5P40A 4Y4DA 3L3AA 3OTSA 2VIEA 5P38A 3HW1A 4Q1WA 5P3BA 4BFBA 3EM4A 1HHPA 1D4HA 3UQUA 3OADA 5EZXA 4Y3MA 3BHEA 4LP9A 5P4ZA 5P0CA 3UDQA 5P14A 5OZPA 2HPEA 3S7LA 5P7BA 1FKNA 4J0TA 3ZKGA 4FS4A 4Q1YA 2QMFA 5P7JA 1MT8A 2IQGA 5P71A 1FEJC 1HBVA 5HU0A 2ER9E 1K6TA 4AZYA 4F76A 3OK9A 3PB5A 2AZCA 3QN8A 5P8BA 5P1OA 1APUE 4YOBA 3GW5A 4PPHA 5P1WA 4YBIA 1ENTE 3LPKA 1K2BA 1ZSRA 4FCOA 4D85A 5AHBA 1MT7A 4DJOA 5OYSA 4Q1XA 4RVJA 5BS4A 2OHLA 2Q5KA 3BUFA 5P0ZA 5P7RA 4GJDA 3OUDA 4MC1A 4NJVA 5HE4A 4PZXA 5P2IA 4EJKA 3O9DA 5AH6A 2Q54A 2WEAA 5P5WA 4A6CA 2F81A 4RRNA 1LYWB 2V10C 3PJ6A 3D20A 5P54A 3I8WA 4Y3RA 3PI5A 4FM7A 1FQ7A 4OD9A 4GIDA 2ZJNA 1YG9A 5CONA 2G20A 1D4SA 4JPCA 3IXOA 1IZHA 4U7VA 4ZSPA 5P5AA 3O9LA 5P0UA 3HLOA 5TOLA 1EPQE 5P8KA 2VIZA 5P18A 1EPRE 4Y4GA 2HB2A 1ER8E 4LHHA 2ZJMA 2I4DA 5OZWA 4RZ1A 2XFIA 4H1EA 3ZKMA 2WKZA 5DGWA 3NU3A 3QVIA 3KT2A 2QI0A 5P6OA 2V00A 3S85A 4M8XA 4AUCA 4BEKA 5P43A 2HB3A 1HVKA 5P7CA 5ISJA 2I4WA 1K6PA 1AAQA 1EEDP 2Q64A 5OZRA 1WKRA 5IS4A 2IKUA 1QBRA 2V16C 5OYWA 4AA9A 1SIPA 1MVPA 5P6VA 4OBZA 4DJRA 5P33A 3LPJA 3DOXA 5HDVA 5P4VA 4WY1A 3RU1A 4DJXA 1K1TA 5P7SA 3UPJA 5P76A 4DJVA 5P11A 1SDVA 5P35A 5P4TA 4YHQA 4FM8A 4Y51A 5APRE 5P4WA 4ER1E 5P52A 4RLDA 5P0YA 1GVWA 4CPQA 5P8DA 3UDMA 4QJ7A 3PWRA 5P5RA 2OHSA 5P81A 5P7HA 5P74A 3TLHA 9HVPA 5OZGA 1HSGA 4M8YA 2JE4A 1SMEA 3LHGA 5P7PA 4I0HA 1OD1A 5P46A 5OYYA 3UDHA 1EC1A 5COOA 5P7MA 5HVPA 5P5LA 5KQFA 5E5KA 1LYBA 4KE1A 2QHCA 4Y4AA 2R43A 4Y3HA 3KM4A 5FIVA 1B6MA 5PEPA 4Y48A 3K5FA 2G1RA 4YDGA 4J1HA 5OZTA 5P2NA 2PH8A 5OZAA 5P2DA 1HVRA 3DK1A 5DR7A 4B70A 1ZAPA 4FRSA 5P48A 4L7HA 1HPVA 4ACUA 4Y3LA 4B77A 5P6SA 5P07A 1AZ5A 5OYQA 5P3HA 1IVQA 5IVSA 3WZ6A 1T7KA 4LXKA 5P4YA 4Y4EA 2O40A 5KOQA 1T3RA 1BAIA 3EKYA 1FMUA 1B5FB 3OQAA 3U71A 4DJWA 4DQBA 5P2GA 5P61A 4LBTA 3INHA 3ER5E 1QBTA 4Q1NA 5OZ6A 3BUHA 4D88A 1NPVA 5P41A 1D4KA 5P5EA 2ZJHA 6FIVA 1MT9A 4GJ6A 1D4YA 2J9JB 4Y6MA 5P0MA 4EWOA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XFJ A;  1FFF C;  3INF A;  2R3T A;  5P5X A;  2G24 A;  5KR2 A;  5P8U A;  3D1Y A;  3IN4 A;  5P5Q A;  1GVT A;  3NU6 A;  3B7V A;  4GB2 A;  2ZHV A;  4FRJ A;  4Z22 A;  5P88 A;  3L5D A;  5P82 A;  5P6K A;  1CMS A;  1OEX A;  1BV9 A;  1JLD A;  3PM4 A;  1B6K A;  5OZJ A;  4CPU A;  5I70 A;  1WBK A;  1G6L A;  1YT9 A;  1Z1R A;  3PLD A;  4MC6 A;  3QRV A;  1MRX A;  5P2Q A;  5P8E A;  3ZKI A;  4Y5C A;  2V12 C;  5P4B A;  4QLH A;  2AVO A;  3EKP A;  3IXK A;  1MTB A;  2IEN A;  4Y5M A;  4K9H A;  1XDH A;  5P0I A;  5P6Y A;  5C9B A;  2UPJ A;  3VSX A;  2F3E A;  3T3C A;  2AOC A;  1A94 A;  1DMP A;  5P73 A;  4E43 A;  5OZU A;  5P04 A;  5OZ0 A;  2Q11 A;  5P1T A;  5P5B A;  4QJ6 A;  1ODY A;  4YD7 A;  3TOH A;  4ACX A;  1K6V A;  4Y3Y A;  3NUO A;  5P6G A;  5P7Y A;  3K4V A;  2OHK A;  3KDB A;  1GVV A;  2FS4 A;  3RTH A;  3KYR A;  1PPK E;  4Y53 A;  5AGZ A;  5AH7 A;  2V0Z C;  1UPJ A;  2HIZ A;  3NDX A;  2AID A;  5OZ1 A;  3T6I A;  2QZW A;  5P4O A;  3URJ A;  5P49 A;  1BVE A;  7HVP A;  3TKG A;  3KN0 A;  2QU2 A;  5P0A A;  1E81 E;  4XKX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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