1FKNA

Structure of beta-secretase complexed with inhibitor
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
391
structure length
391
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the protease domain of memapsin 2 (beta-secretase) complexed with inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords MEMAPSIN 2
total genus 103
structure length 391
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2000-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fknA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fknA02
5KAOA 1E5OE 5P7YA 2HB3A 5P5LA 1HVCA 2G1RA 5P62A 3O9BA 4Y3DA 5P6ZA 5P3VA 1SBGA 3EMYA 3AUPA 3EKWA 3Q3TA 1LYBA 1APUE 5F01A 5P6HA 5P6RA 4RGHA 5P31A 4ZEAA 5P65A 5P6TA 3LIZA 5P79A 1M43A 1BIMA 3KFSA 4L7GA 4Y5MA 4ZPGA 1APWE 4OBJA 3OAGB 3O99A 5P7JA 2P3CA 2B7FA 5JFUA 3UFNA 4NJTA 5P43A 5OZRA 5P52A 5OZBA 4Y3FA 1LYAB 5OZJA 2WEZA 4Y3LA 3R1GB 5P7GA 2QI3A 3K1WA 4J1FA 2QHYA 4EWOA 4Y3ZA 5HU1A 4DUSA 2VA7A 3L5CA 3SABA 5KQFA 1KJGA 3I2LA 2O4SA 3S56A 4KE1A 5P4VA 1YX9A 1EPOE 1C70A 3VLAA 2NXMA 5P76A 3OXCA 4OBZA 2BB9A 1AM5A 4K9HA 5DGWA 3GGUA 1DPJA 1B6LA 5P3WA 3TH9A 3NWXA 4Q1XA 4I8WA 3LIXA 5KQYA 3Q5HA 4H3GA 1IVQA 1JLDA 4RYCA 3UQXA 1OHRA 1HEFE 3VLBA 5P58A 4HZTA 5P2ZA 4YCYA 2I4DA 3GGAA 3HAWA 5P1MA 4ZLSA 5OZHA 4A6BA 1CPIA 5P73A 4R95A 4ACXA 5P57A 2ZJNA 2WF3A 3R2FA 4OC6B 4RVJA 4DJVA 4R8YA 1MIQA 4Y35A 5P4HA 1AVFA 5P1XA 5P7IA 1FIVA 5P7FA 3T11A 3BXRA 4I11A 3SA6A 2J9JB 3CIBA 5OZZA 3MSJA 5P2LA 3CMSA 2I4UA 4HA5A 3AIDA 5P4IA 4B0QA 3BVAA 1N49A 4CPWA 3KFNA 4JOOA 8HVPA 3L5DA 1BWAA 5OZTA 5P4DA 1B6KA 2NNKA 5P0UA 1AXAA 5P5PA 2QZWA 5OYXA 5P84A 2G1YA 3IAWA 1CZIE 3MXDA 3VFAA 5IVQA 3KM4A 4ZSMA 3ZKMA 3TOFA 3S54A 1TQFA 3H5BA 3QRMA 5P7OA 3U6AA 1ZSFA 4ER1E 2BKSA 3PEPA 4XX4A 3SM1A 1D4YA 3JW2A 5P5JA 2AVSA 5I3VA 4YCKA 3OOZA 3VUCA 5P4AA 4QJ9A 5P36A 5P72A 4Y5EA 1LEEA 5P0VA 2O4LA 4EXHA 1BV7A 3PLLA 3K5CA 2ZHRA 1RPIA 3CKRA 5P0CA 1F34A 5P33A 4L1AA 4FAFA 2QI0A 5P83A 3VEUA 4YDFA 5P78A 2ZE1A 2G69A 1APTE 5P42A 1HIIA 1YT9A 5IVRA 5P6LA 1SIVA 1TCXA 5EZZA 3WZ7A 5P3UA 3S43B 4J1IA 5AHAA 3OADB 5P5GA 2OHQA 3TOGA 2A4FA 5P4CA 5P4WA 2JYSA 2QI6A 5AH9A 3DJKA 5P53A 1ODWA 3HAUA 5P03A 5OZNA 5KQZA 1HPVA 4Y39A 5P8GA 3QRSA 4FE6A 4Y3SA 4AA9A 2B8VA 4GJ9A 5P6JA 4YDGA 3ZPUA 3O9FA 1EC2A 5P5MA 4RCDA 2O4KA 5P51A 1BBSA 2BQVA 2QD8A 1FQ8A 1HXWA 3OGQA 3LPJA 3IXJA 5P04A 5DQ1A 5P8EA 3H0BA 3B80A 4HDFA 2ER0E 4M8XA 4B70A 2VJ6A 3QBFA 4I0JA 5HE4A 2R5PA 4B00A 4LL3A 5P0OA 5P4EA 4DJRA 2F3EA 1FFIC 1VIKA 4R93A 4CPSA 4Y3XA 4J0ZA 4Y9WA 5IS4A 4EPJA 5P74A 3UDMA 2WF4A 5P3NA 4Q1YA 3TPRA 4L7HA 4A4QA 5KR2A 3Q4BA 5P5VA 4I0FA 4D8CA 5P61A 2ZJMA 5KR0A 3VYEA 3NU6A 5P27A 2IKUA 2AOIA 2AIDA 5P3CA 1BXQA 5P6KA 3UDNA 1GVWA 5OZDA 2QNNA 3R0YA 5DR4A 5OZCA 2AOEA 2VJ9A 3BGCA 1SDVA 2V11C 3K4VC 2F80A 2IDWA 5COPA 1RNEA 2HAHA 3KT5A 5OYZA 5P7UA 4CPXA 4OBFA 5P5RA 4DI2A 3PVKA 3KFPA 5OZPA 1DP5A 1FEJC 4CPRA 1W51A 1MRXA 5P4ZA 3UDRA 5F00A 5P4KA 2AOJA 1TCWA 5P0EA 5P4JA 5P5XA 5P8DA 2FDPA 4J55A 3RTMA 4OC6A 5P05A 1E82E 2G20A 4DJQA 5P37A 1WBKA 4OBZB 4Y4WA 4APEA 1ODXA 2HPFA 3KDCA 5P2AA 5P07A 1GVUA 2G24A 2J9JA 2P8HA 4ACUA 4Y58A 5OZ9A 4RVXA 4PHVA 5P3ZA 5P71A 2FS4A 1ZPKA 3SM2A 4FRSA 3CKPA 2AVVA 3HVGA 3NDWA 3OUBA 1DAZC 1C6ZA 3ECGA 1AJVA 1HVKA 3EL1A 1A94A 3EKQA 1HOSA 1HXBA 5HTZA 4YD5A 3LINA 3LZVA 3IN3A 5P60A 1HPOA 5P2XA 1SDTA 1EPPE 5P0TA 2FGVA 5I3YA 2HPEA 2OHKA 1GKTA 3HDKA 4U8WA 2ZJIA 5P2RA 3LZYA 2IKOA 2O40A 2IENA 2WF2A 5IE1A 1LF2A 3BUGA 5P2HA 3FNTA 4YHQA 3SKFA 1G0VA 5P3IA 5P10A 3MSLA 1B6PA 5OZOA 4J0VA 5P1EA 3O9IA 2I0DA 4HLAA 3NDTA 4Y4AA 3UCBA 2PSGA 2NPHA 1FQ4A 1YTGA 5P8MA 1PPLE 1VIJA 5IVTA 3DM6A 5P6YA 1EC0A 2AOFA 4FL8A 1W5XA 3TL9A 1ZBGA 5P2DA 5P7LA 5P0RA 3EM3A 5UPJA 1EPLE 4FSLA 5P1DA 4XXSA 3OADA 5P1SA 1GNNA 4Y4XA 5P2YA 4DQBA 4JECA 5OZ5A 4Y53A 3B7VA 5DR8A 5P7ZA 2OHTA 1SIPA 3OXWA 1AAQA 4NJSA 2XYFA 2OHNA 3VF5A 4Z4XA 3N4LA 1YG9A 1TSUA 2FLEA 3JVYA 3L38A 5P6SA 2V10C 4RZ1A 1K1TA 3OXVA 3OQFA 3MSKA 3FKTA 4K4RA 1D4IA 3C9XA 4Y3NA 3G70A 5HE7A 5P4BA 2QAKA 2PMAA 1UH9A 3EKXA 3UQPA 2RENA 4IVSA 2CEMA 3RSVA 5P7AA 5P6UA 5KR1A 4LC7A 3S7LA 4U7QA 3O9LB 5P2SA 4ZIPA 2QZKA 3LZUA 4DQCA 4EHCA 5P4LA 3Q6YA 4ER4E 4RCEA 2IGXA 4KB9A 1KZKA 1HTGA 5P5OA 5P44A 1M0BA 4H3FA 3INEA 5P0JA 2UY0A 1M4HA 3NDUA 5OZ4A 3KFRA 2HS1A 3K5DA 5P8JA 3UDPA 2P3DA 2BPWA 2B60A 9HVPA 1J71A 4FCOA 4MC9A 5DPZA 1SGZA 5P5SA 2OHRA 4PZWA 3NYGA 5P1TA 3O9EA 5OYQA 4OBGA 5JG1A 3EKPA 3QBHA 1QDMA 3GI6A 2P3BB 2PWRA 4Y5AA 1AIDA 2ZDZA 1BV9A 2P4JA 2ZJKA 1HVLA 4I0IA 4WY6A 3BUFA 3ZKSA 4GMIA 4PYVA 3OU3A 2OF0A 1B11A 4OD9B 1BVGA 1QBUA 3R4BA 5AH8A 1HWRA 3UTLA 3ZL7A 4GJAA 4NJVA 4EQJA 3NU9A 1MSNA 4GJBA 3DCKA 2HM1A 4YCTA 1XS7D 5ENMA 3SA4A 3SAAA 5P6GA 2QI5A 5P15A 5P3YA 4Y3PA 3OUAA 5P32A 3NUOA 3I7EA 4J1HA 3IVHA 4Y57A 5P7MA 2AOCA 1MVPA 1GVXA 1B5FA 3G6ZA 3TLHA 1XL2A 5OZMA 2ZJLA 5I3XA 5P0SA 4RYGA 2VJ7A 2QU3A 1DW6C 1IBQA 1LZQA 1FMBA 1BXOA 2PQZA 5P7WA 1NH0A 1YM4A 5P4PA 5P1UA 4TRYA 1BVEA 4CPQA 4R92A 3L3AA 3U71A 1LYWB 3PWRA 5P29A 4OBHA 1QS8A 5P0WA 1HTEA 1W5VA 2RKFA 3FNSA 3KF0A 3MXEA 5P34A 1ZJ7A 2VIEA 2VKMA 5OZGA 5P2BA 5P2UA 1W50A 5HDZA 5P4QA 5P8SA 3WSJA 5P3QA 2WF0A 3O9GA 5P1JA 4Y3WA 2Q5KA 2R3WA 5P1GA 1NPAA 3VV6A 5P69A 3TNEA 3OU4B 3BRAA 5P0DA 2I1AA 2V13A 2XFJA 5P0NA 2VIJA 5P7QA 2O4NA 3HD8A 2NMZA 2Q63A 1WBMA 3UDHA 5P0GA 1LF4A 3OQ7A 5P6BA 1SH9A 5KOSA 1MUIA 5HDXA 4Y43A 4NPTA 5P7HA 2G94A 3T7XA 5P55A 1META 4WY1A 5BS4A 3PSUA 1HIHA 3S8IA 3KDDA 4YD6A 1TW7A 2G21A 2NTRA 4CPUA 3LIYA 5P2VA 4J0YA 2V12C 3BHEA 4AZYA 3VF3A 4WTUA 4DPIA 4ZPFA 4Y51A 1MESA 4FAEA 1UH8A 1EBWA 2R38A 3D1XA 2ZHUA 5P6EA 2J9KA 1U8GA 3TPLA 3OU1B 5P25A 2PWCA 1FQ5A 2FDDA 1W6IA 1FMXA 2NMYA 4Q1NA 3OQKA 3UDKA 3PSYA 4DV9A 2PH6A 4Y3RA 4Y5LA 5OZAA 5OZ8A 1BILA 5P7EA 5OZSA 5P56A 1IZDA 1EBYA 1HVSA 4JPCA 3RU1A 1W5YA 1B6JA 1W5WA 3EKTA 5OZWA 4S1GA 2ER9E 4FRIA 2I0AA 5P28A 3SPKA 1ZLFA 3WB4A 2H6SA 4K4PA 3LHGA 5P40A 1K2BA 5P7VA 7HVPA 1TZSA 2ZHSA 5P4NA 3O9LA 3GGXA 4Y41A 2JE4A 2NR6A 2R8NA 3DV1A 2BKTA 5P2EA 4H1EA 4RLDA 1KJ4A 3I25A 1FFFC 3LPKA 1ZTZA 5P0KA 1SDUA 3APRE 2VNNA 2FNTA 1HSIA 5P7DA 3SFCA 1LS5A 5COOA 5P8FA 5P13A 5KOQA 2ZYEA 1A30A 2WL0A 3EKVA 5P4UA 4F75A 1HVHA 4FRJA 5T4SA 5I3WA 2P3BA 2PYNA 2ZJJA 5COKA 4CPTA 5P8RA 3NDXA 2FGUA 5P0IA 5P7KA 5P5UA 2RMPA 4H3IA 1FKNA 2F81A 5OYSA 3NR6A 5P2MA 3IXOA 1AZ5A 1XE5A 5ENKA 5P64A 2I4VA 1EC3A 3UDYA 2OAHA 4BEKA 4OD9A 5P20A 2QP8A 4AA8A 4Y4DA 2P3AA 5P02A 2OHMA 2VNMA 4Y3YA 2WHHA 3O9HA 1BAIA 1OEXA 4FM6A 4Y5BA 4GJDA 5AHCA 5P3GA 4ZSRA 5P59A 5P70A 1IZEA 3KT2A 5P47A 4D89A 2RSPA 5P77A 5P66A 5P3OA 3OGPA 2ANLA 4Y6MA 4Z50A 5AH7A 4L7JA 3NU4A 5OZEA 4Q1WA 5P80A 2FNSA 5P88A 4GJ8A 5P4SA 1QBRA 3A2OA 1E80E 5TOLA 1FB7A 3GI5A 2PH8A 3K5FA 5KQXA 4EJDA 1NSOA 4FLGA 5E5KA 5OZIA 3UDJA 3FV3A 4Y54A 4YD7A 3QN8A 5SY3A 1PSNA 4RVIA 3TKWA 1LYWA 2QNPA 4B78A 5P0BA 3KN0A 5P38A 3VYFA 1HVRA 2IRZA 1Q9PA 5P2WA 4F74A 4MC6A 3QVIA 5OZVA 2WJOA 5P1LA 3S7MA 3DUYA 1EEDP 2I4WA 3OTYA 3L5BA 3CYXA 5P2TA 4I0ZA 5P8BA 1FQ6A 1IZHA 4Y4BA 1ODYA 4NKKA 5P2OA 4E43A 3RVIA 3VYDA 4EXGA 1ZSRA 3OU4A 2G1OA 5OYWA 3QI1A 2PK6A 1B5FB 2PYMA 2FDEA 1FMUA 1T3RA 1IDBA 1DMPA 4MC2A 3F9QA 3SQFA 5P1VA 3TKGA 3OQDA 5OYVA 3PMUA 5P6WA 1NPVA 4HDBA 2FMBA 2CEJA 3GI4A 5P3EA 2G22A 4J1EA 5P2KA 4DVFA 2PSUA 3RTHA 3UQWA 5DQ5A 5P49A 3IGBA 3HZCA 4FSEA 5FIVA 3OQAA 2XYEA 1YM2A 2ZGAA 4Y4EA 5P0MA 5E5JA 5P1IA 5P5WA 2AZBA 2Q64A 1HPXA 1PFZA 3T7PA 1FF0C 3D1ZA 3CICA 3DOXA 1RL8A 3T6IA 3R0WA 3PI5A 4EJLA 1BDLA 2JJIA 2R9BA 3EM6A 3BUHA 4ZE6A 1YTJA 3NU3A 5P4FA 4Y44A 5P12A 5P1NA 3SACA 5P3AA 2QD6A 5OYYA 3OU1A 3T7QA 5P1QA 4LXKA 1GVVA 4B1EA 2XFIA 2CENA 3VV8A 3VV7A 3EL5A 4Y5GA 1IDAA 3U7SA 5P8QA 1Z8CA 2VIYA 4DJYA 4GJ7A 4RRNA 5P6XA 3CIDA 5ISKA 3SA3A 3WB5A 5P17A 1G35A 4DFGA 2APRA 3S45A 2Z54A 5P3JA 3GI0A 1MT9A 4LAPA 4TVGA 5P1KA 5P63A 1EPQE 5P8IA 3IA9A 4Y5KA 1Z1HA 5DGUA 2P83A 3OUDB 4Y3QA 2PC0A 5KR8A 3ZKIA 3INHA 3FSMA 5DR3A 3PWWA 7UPJA 5P1HA 5P2FA 2OHSA 2AVQA 3HBOA 5P7CA 3ST5A 5P4MA 5P3XA 2F3KA 5P4TA 1KJFA 4FS4A 1DIFA 1FQXA 4YD4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KAO A;  1E5O E;  5P7Y A;  2HB3 A;  5P5L A;  1HVC A;  2G1R A;  5P62 A;  3O9B A;  4Y3D A;  5P6Z A;  5P3V A;  1SBG A;  3EMY A;  3AUP A;  3EKW A;  3Q3T A;  1LYB A;  1APU E;  5F01 A;  5P6H A;  5P6R A;  4RGH A;  5P31 A;  4ZEA A;  5P65 A;  5P6T A;  3LIZ A;  5P79 A;  1M43 A;  1BIM A;  3KFS A;  4L7G A;  4Y5M A;  4ZPG A;  1APW E;  4OBJ A;  3OAG B;  3O99 A;  5P7J A;  2P3C A;  2B7F A;  5JFU A;  3UFN A;  4NJT A;  5P43 A;  5OZR A;  5P52 A;  5OZB A;  4Y3F A;  1LYA B;  5OZJ A;  2WEZ A;  4Y3L A;  3R1G B;  5P7G A;  2QI3 A;  3K1W A;  4J1F A;  2QHY A;  4EWO A;  4Y3Z A;  5HU1 A;  4DUS A;  2VA7 A;  3L5C A;  3SAB A;  5KQF A;  1KJG A;  3I2L A;  2O4S A;  3S56 A;  4KE1 A;  5P4V A;  1YX9 A;  1EPO E;  1C70 A;  3VLA A;  2NXM A;  5P76 A;  3OXC A;  4OBZ A;  2BB9 A;  1AM5 A;  4K9H A;  5DGW A;  3GGU A;  1DPJ A;  1B6L A;  5P3W A;  3TH9 A;  3NWX A;  4Q1X A;  4I8W A;  3LIX A;  5KQY A;  3Q5H A;  4H3G A;  1IVQ A;  1JLD A;  4RYC A;  3UQX A;  1OHR A;  1HEF E;  3VLB A;  5P58 A;  4HZT A;  5P2Z A;  4YCY A;  2I4D A;  3GGA A;  3HAW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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