1G2KA

Hiv-1 protease with cyclic sulfamide inhibitor, aha047
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and comparative molecular field analysis (CoMFA) of symmetric and nonsymmetric cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g2kA00
1T6GA 3T11A 3VSWA 5OZHA 2VA5A 2CEJA 4YOBA 5HCTA 4ZE6A 2ZHTA 3KFPA 4CPUA 3ZKMA 4NJTA 5P74A 5P1VA 2WF1A 3BUFA 4CPRA 1YG9A 2Q55A 1MT8A 3BGBA 5P8DA 3KDBA 2XFKA 3U7SA 4FS4A 4K8SA 2P3AA 3UDMA 2F3KA 1NH0A 2G1NA 5P2QA 5P0DA 3I8WA 2ZJMA 4I12A 1YTHA 4XXSA 5OZPA 3NU9A 2WEDA 2NXMA 5P3HA 2ZHSA 1DW6C 4Z4XA 3QAAA 5P4HA 5P7CA 3HDKA 5P7LA 3OU4A 5P2SA 2O4PA 4CPTA 3OXWA 4U8WA 4F76A 3FSMA 5P11A 5P3DA 4ER4E 5P08A 4L6BA 3RTMA 2ZHRA 2O4SA 3K1WA 4Y4ZA 5P67A 5C9FA 4R8YA 2V13A 4HLAA 4J1FA 3OUDA 5P5AA 4LXMA 2F80A 1TSUA 3VV8A 2G22A 1HTFA 1IIQA 2O40A 4A4QA 4HA5A 4Y3FA 1LEEA 4Y35A 5P1LA 2WEAA 3MXDA 4PZWA 4LXKA 2AIDA 3GGXA 5OZWA 4M8YA 2IQGA 1FQ6A 3NUOA 2AOFA 2ER0E 4Y5CA 5DPZA 3ZMGA 1OHRA 1QRPE 5P45A 2H6SA 3K4VC 4OBKA 2EWYA 3IAWA 2AZBA 5P0HA 1MEUA 2HS1A 5P68A 5OZZA 3IA9A 2HIZA 2UPJA 3KF0A 5P3UA 3KFRA 4QJ8A 1LV1A 1FF0C 2SAMA 1RL8A 1PPME 2VIJA 4ZEAA 2R3TA 5C9BA 4BEKA 3ZLQA 4NKKA 9HVPA 5P7DA 5P1MA 5P2VA 1EBWA 4I1CA 4H3IA 3F9QA 3FNSA 4DQBA 3NWQA 1XDHA 4B05A 4MC6A 2FDDA 3TNEA 3RU1A 4RYCA 4D85A 5HE4A 2AVSA 2I0DA 3OU4B 1VIKA 4OD9A 4EPJA 3JVYA 5OYYA 5P8UA 3LIYA 2UXZA 4Z50A 1RV7A 2QZKA 5P72A 5OZXA 5OZQA 1META 1IZDA 4OBZA 3S54A 3OHFA 1A8GA 2QI7A 5P86A 4EJDA 2BB9A 5P1IA 3EM6A 5P7AA 5P80A 3IVHA 2WKZA 2WHHA 5P85A 2G94A 4PHVA 5P2BA 1HEGE 3PVKA 3VUCA 3UDRA 2QU2A 5P5XA 4Y5AA 1RNEA 2VKMA 4Y3WA 1E82E 5P6ZA 3DCKA 3ZPUA 5P28A 3L58A 1EC2A 1SGUA 2WF2A 5P3XA 4KB9A 5P7UA 5KQYA 2R43A 3UDHA 3WSJA 4E43A 5P5DA 1HVRA 2OHMA 3SAAA 2P8HA 2VJ6A 1PROA 5OZ7A 5HTZA 3QVCA 4QJAA 5IVRA 3UDQA 4DJVA 1TQFA 3PCWA 5PEPA 1SIPA 2QMPA 3VCMA 4WY1A 3NU4A 5P66A 3PSGA 3FNTA 2IDWA 1LYAA 5P79A 1Z1HA 4Y3PA 5P4OA 1BAIA 4GJCA 1SDUA 3OK9A 1UH9A 1AAQA 1K2CA 5EZXA 5P0FA 1ENTE 2QI3A 4DUSA 3CMSA 1GNMA 1HTGA 1MUIA 3EM3A 2RKGA 4Z2ZA 5P8BA 3NSHA 4ACUA 3URJA 5P0SA 2V11C 1MTBA 3EKPA 5P57A 5OZKA 3VYEA 2VIYA 5P64A 4OBZB 4QJ9A 4B77A 1MSMA 4J55A 3BVBA 4GJ6A 4DI2A 1EPNE 5P5BA 3VSXA 1C6ZA 5OZ1A 2O4KA 4YA8A 2FNTA 4DPIA 5P2FA 1K6CA 5AH7A 5HDUA 2PWCA 5P8VA 5ISJA 5P35A 4KE1A 5P1BA 4DH6A 3SA4A 1J71A 4Y48A 4FSEA 5OZAA 1DPJA 1HVIA 5P7XA 3OUAA 5F01A 4GYEA 3QRSA 5P65A 4GJ7A 2XFIA 5DR4A 2HAHA 2I4QA 4DJXA 3PMYA 3IN3A 4HE9A 3OADA 5P6TA 2VA7A 1GVVA 3EKTA 4ZPFA 1XN3A 3IN4A 3EL4A 4Y5GA 5DQCA 3OXVA 5P3RA 4FGXA 1G0VA 1WBMA 2PYMA 4GB2A 1YTIA 4QGIA 2R9BA 5P3WA 3LZYA 2Z4OA 2NMYA 3PBDA 1K2BA 3PI5A 4KUPA 4RRSA 3TL9A 5KQFA 3GI5A 4RCDA 5P05A 5P2GA 5P0KA 3TOFA 3R1GB 5OZLA 4U7QA 4DJOA 5P7VA 2G69A 4RVXA 2Q3KA 5P6JA 5P0AA 4DVFA 2HS2A 1U8GA 5P76A 2JYSA 4AA8A 3ER3E 5P75A 1HSHA 4YCKA 5OZMA 5P56A 2AVVA 5OZTA 1GVTA 3NU6A 5OZ0A 3PHVA 3UDJA 4OBJA 5OZFA 4J1IA 3K5DA 4RCEA 4EJLA 3OAGA 5P1CA 5P2NA 2ZHUA 5OZDA 3VLBA 5P8CA 5OYZA 4FM6A 5P7ZA 2QI4A 3UDPA 5JFUA 5P1EA 1IDAA 3IVIA 2I4WA 5P36A 3PLDA 5P22A 3EKVA 5P0VA 2FDEA 2AZCA 4QJ6A 2BJUA 3O9EA 3OY4A 1GVUA 5P7WA 4ER1E 3S85A 2I4DA 3DUYA 3FV3A 5ENKA 2F3EA 4HDBA 3IGBA 2PSVA 4DJRA 3QBFA 4DQEA 3PCZA 5HDVA 4Y54A 3IXJA 3URLA 2QAKA 1BDRA 3KYRA 5OZJA 3LPJA 4HVPA 5P7EA 1D4YA 1BIMA 5EZZA 1GNNA 1IVQA 2A1EA 2QU3A 1MPPA 3LIXA 5E5KA 5P62A 5P7TA 5P04A 2G27A 3LINA 5P6HA 4YHQA 5P4SA 1LZQA 4ZPGA 2IEOA 3UQWA 4BFBA 3VF5A 1IZIA 1UH7A 3FIVA 4DFGA 5P3TA 2ER7E 2I0AA 3R4BA 5AHCA 4FAFA 3SM1A 1ODXA 4ZLSA 3NWXA 2BPVA 5P2HA 2PQZA 5P01A 3I25A 1FKNA 5OZ4A 2QI1A 3GI4A 4D89A 5B18A 4Y50A 2IGYA 5OYRA 3K5CA 3OQDA 5P8PA 5P0LA 3EL5A 2OAHA 1HPVA 2OHPA 4GZFA 4BELA 1G35A 2BPWA 4I0FA 1B5FA 2RSPA 5P1FA 5P6NA 5P25A 3ECGA 2FNSA 3BC4A 5P6YA 2V00A 1B6KA 5T4SA 4FRSA 5P54A 1DP5A 5P2ZA 3L5BA 1ODWA 5JFPA 5BS4A 3KMXA 1AZ5A 4HDPA 3AIDA 4RROA 1EBZA 5HCOA 3D20A 5P47A 3B80A 4R93A 2HB4A 4TVHA 1ZPAA 3SA9A 5AH9A 5P32A 5P4TA 5KQZA 5J25A 3I2LA 5OZYA 2IKUA 1AXAA 5P0YA 1TZSA 2PSUA 4Y5EA 5P4VA 2B8VA 2IL2A 1UPJA 5P0TA 4XKXA 5P18A 5P55A 2FGUA 3SA7A 5P7OA 1EPME 3S56A 5AHBA 5P8IA 1ZTZA 4COEA 3VFBA 3BXRA 1MRWA 1NPWA 3O9DA 3NDXA 5P1UA 5CONA 2O4NA 4OBHA 3VF3A 3K4VA 4Y37A 3PI0A 1WBKA 2AZ8A 2H6TA 4Y4UA 5P8RA 3KFSA 5OYUA 5P41A 5P58A 3L3AA 1XN2A 2JE4A 3N3IA 4Y43A 5OZVA 5P2XA 4EYRA 2QNPA 4Y4TA 3U6AA 5BRYA 1B5FB 5P7MA 1EC1A 4Y3TA 5P5TA 3INEA 2ZGAA 2G1OA 4CMSA 5P7FA 4Y57A 5OYQA 5P27A 5AGZA 5P5MA 2BPXA 3N4LA 5P6RA 1IDBA 1HVJA 5P43A 4DJQA 1RPIA 5E5JA 5P1JA 1APTE 5P7IA 2CENA 3K5FA 1B6LA 3KM4A 2B7FA 4NPTA 2BBBA 4GJ5A 1QDMA 5ENMA 4ZPEA 5I3WA 5P3EA 3ZKNA 2Q11A 2OHTA 5P0EA 1OEWA 5P3BA 4U7VA 5P39A 4DJYA 4L7GA 4YD3A 5DQ4A 2VNNA 1AVFA 3LZSA 5P0WA 5OZ8A 1FIVA 1CMSA 2ER9E 4J0PA 5P8SA 1AM5A 5P30A 1EBYA 5P3SA 5P8OA 3ZKSA 1K6TA 2G26A 3D1YA 5OZBA 4CPSA 5P8EA 1GVWA 3WZ7A 2XYFA 3SKFA 4RGHA 2B8LA 5P5UA 3GI6A 4YCTA 1OD1A 4FE6A 1FLHA 4FM8A 1HPXA 4Y3SA 4Y3RA 3FNUA 2PWRA 2QK5A 4Y39A 4D88A 4A6CA 3S7LA 3G72A 4A6BA 3EKYA 4J0TA 4XX3A 2FLEA 3VG1A 2P4JA 1JLDA 5SY3A 3EC0A 5P5CA 5OZRA 3S8IA 2VNMA 5OZOA 2G1YA 5P88A 1FQ5A 1TW7A 5P4ZA 4TVGA 5ER2E 5P17A 4Q5MA 3CKTA 4DQGA 1EPPE 2QD6A 3O9LA 1FMUA 5OZEA 5P0PA 5P4BA 1HHPA 4J5JA 5P1RA 2QI6A 1G2KA 5UPJA 4J0YA 1ZSFA 3LIVA 1AJXA 4Y3EA 5OZ5A 5P6XA 3TPLA 2AOGA 4FRJA 1PSOE 3OTYA 1T3RA 1APUE 2QD7A 5P7GA 5OZSA 3MSLA 4X7IA 1HVHA 1QBRA 3QRVA 3O9AA 3AUPA 5P5FA 3LNKA 5P1XA 2F3FA 1QBTA 2ZJLA 4IVTA 2QNQA 2BKSA 3JW2A 4RVIA 3LPKA 4Y3LA 1T6EX 5P0IA 2IKOA 2B60A 4PPHA 4YDFA 4CPQA 3ZKXA 5SZ9A 2XYEA 2G1RA 3UF3A 1NSOA 2ZHVA 1ZPKA 2B7ZA 5P4MA 2RENA 5P2RA 1BXQA 5P4AA 1PSAA 2OHNA 4S1GA 4Y3MA 5P81A 3L38A 5P3CA 3WZ6A 4B1CA 3PM4A 1W5WA 4F75A 4I0EA 3NUJA 3FX5A 4RRNA 5P63A 4TRWA 1M0BA 3VV6A 1B6MA 1SH9A 2Z54A 5P77A 4FSLA 4EXGA 2FXDA 4EP2A 2Q64A 4CP7A 2WL0A 1APVE 5P1ZA 4NPUA 2HB3A 2O4LA 1C70A 3EL1A 4I0IA 1YTJA 2NMZA 1T7JA 3O9LB 1K6PA 4Y58A 5P4RA 1Q9PA 3DOXA 5P3OA 5P8GA 2HPFA 3LITA 4Y45A 5P5OA 5P7JA 5P5PA 4DJUA 1MESA 4Y3AA 4R95A 5P8LA 1ME6A 2ZDZA 1PSNA 1ODYA 1A30A 5P4EA 1W6IA 5P1SA 3C9XA 3CIDA 3LIQA 1EEDP 4PZXA 4YCYA 3UHLA 1HVSA 3TOGA 2IRZA 4EQJA 3CYWA 4H3JA 1LS5A 2QD8A 1ZSRA 4I0JA 3O9IA 4B70A 1KJFA 1LF4A 4OBFA 2QZWA 5P1TA 4K4PA 4OC6B 5P4GA 2R8NA 1QBSA 3PWRA 3WZ8A 3HLOA 5P1YA 5IE1A 5P6DA 4AMTA 2F8GA 4YBFA 3EKQA 1IZEA 3QIHA 1HVKA 7UPJA 4TRYA 3OGQA 5P0UA 5P0MA 4YD5A 1EAGA 3SA5A 3NXNA 3D1XA 5P2LA 5P1PA 3UQPA 2PYNA 2AQUA 5P8FA 5P7QA 4Y4AA 1ER8E 5P3PA 2FIVA 1SMEA 1BV9A 1UH8A 5P6AA 3NR6A 4FCOA 3KMYA 3URIA 1NPAA 1T7IA 1W5XA 2AZ9A 3CICA 3S53A 5P0CA 5P6FA 3SA8A 1PPKE 4J1KA 5P8TA 5P2WA 2HC0A 4DQHA 5P02A 5OZCA 1BWBA 5P3MA 1XS7D 5KR0A 5P29A 4FIVA 3SACA 5P6MA 5P3YA 3NLSA 5P4QA 3UQXA 5P3VA 4EWOA 5P23A 7HVPA 5DR1A 5P1HA 5P6KA 3DK1A 2ZJJA 5P48A 1G6LA 4EP3A 3OU3A 2NTRA 3H0BA 2WEBA 3EMYA 4GIDA 1KJ4A 5HD0A 3APPA 3QS1A 1W5VA 2UY0A 1GNOA 4J1CA 1M4HA 2ANLA 1HXWA 3IXOA 4ZSRA 5P19A 5P3KA 3K5GA 3NDTA 3QBHA 2AODA 3O9GA 3MXEA 4HEGA 4I0ZA 5P8HA 4Q1WA 4K4RA 3BRAA 4ACXA 5COKA 1QBUA 2A4FA 2AVQA 3PWWA 1HWRA 5P1KA 1HXBA 1XL5A 5DQ1A 4Y5BA 4F74A 5OZ3A 3TOHA 5P16A 3VEUA 5P6GA 2PK5A 1IVPA 5P46A 2WF4A 2BQVA 3DJKA 4FRKA 1LF2A 3I6OA 3QROA 5P0GA 4KE0A 5P83A 3BUGA 5JG1A 5P4PA 2BKTA 2QHCA 3SKGA 1T7KA 5P4KA 5P84A 5P12A 4I10A 2NPHA 3T6IA 1AIDA 4Y4WA 2G21A 1C6YA 5P6UA 5P3NA 5P4IA 3GGVA 5KOSA 2R38A 5P2KA 3L5DA 5CLMA 5P53A 5P4WA 4MC1A 4DV9A 1HIIA 3TTPA 3CKPA 5P69A 3TPJA 2OHQA 1D4SA 3T7QA 5P59A 1HTEA 5KOQA 2FDPA 5ER1E 4EJ8A 3TH9A 5P3IA 5AHAA 3R0YA 3CIBA 3Q70A 3HD8A 4APRE 3HAWA 5P2MA 5P8KA 5P1QA 3S2OA 1SP5A 5P8AA 1HPOA 3BHEA 3OXCA 5P1WA 5P5LA 3Q6YA 3UPJA 3INHA 1KJGA 5P2OA 5FIVA 5P4CA 5P5JA 1KJHA 1VIJA 1SIVA 1IBQA 1OEXA 4RVJA 1LYWB 1MVPA 4B78A 3M9FA 2VIZA 3PRSA 5P7KA 1FEJC 5P4UA 3TPRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T6G A;  3T11 A;  3VSW A;  5OZH A;  2VA5 A;  2CEJ A;  4YOB A;  5HCT A;  4ZE6 A;  2ZHT A;  3KFP A;  4CPU A;  3ZKM A;  4NJT A;  5P74 A;  5P1V A;  2WF1 A;  3BUF A;  4CPR A;  1YG9 A;  2Q55 A;  1MT8 A;  3BGB A;  5P8D A;  3KDB A;  2XFK A;  3U7S A;  4FS4 A;  4K8S A;  2P3A A;  3UDM A;  2F3K A;  1NH0 A;  2G1N A;  5P2Q A;  5P0D A;  3I8W A;  2ZJM A;  4I12 A;  1YTH A;  4XXS A;  5OZP A;  3NU9 A;  2WED A;  2NXM A;  5P3H A;  2ZHS A;  1DW6 C;  4Z4X A;  3QAA A;  5P4H A;  5P7C A;  3HDK A;  5P7L A;  3OU4 A;  5P2S A;  2O4P A;  4CPT A;  3OXW A;  4U8W A;  4F76 A;  3FSM A;  5P11 A;  5P3D A;  4ER4 E;  5P08 A;  4L6B A;  3RTM A;  2ZHR A;  2O4S A;  3K1W A;  4Y4Z A;  5P67 A;  5C9F A;  4R8Y A;  2V13 A;  4HLA A;  4J1F A;  3OUD A;  5P5A A;  4LXM A;  2F80 A;  1TSU A;  3VV8 A;  2G22 A;  1HTF A;  1IIQ A;  2O40 A;  4A4Q A;  4HA5 A;  4Y3F A;  1LEE A;  4Y35 A;  5P1L A;  2WEA A;  3MXD A;  4PZW A;  4LXK A;  2AID A;  3GGX A;  5OZW A;  4M8Y A;  2IQG A;  1FQ6 A;  3NUO A;  2AOF A;  2ER0 E;  4Y5C A;  5DPZ A;  3ZMG A;  1OHR A;  1QRP E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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