1G35A

Crystal structure of hiv-1 protease in complex with inhibitor, aha024
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and comparative molecular field analysis (CoMFA) of symmetric and nonsymmetric cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g35A00
1FQ4A 5P29A 1SGZA 2QZKA 2G1NA 3AUPA 5P5UA 1BILA 1DAZC 1T3RA 3UQXA 4FRKA 3PLLA 5P1RA 5P48A 3T11A 3BXSA 4YD6A 1EBKC 3JVYA 2G22A 1T7IA 2AOJA 3TPRA 3O9FA 4DH6A 3JVWA 3INFA 2AOIA 4PYVA 5P2IA 5P39A 1HVIA 4TRYA 1YX9A 1LYBB 3VEUA 5P8EA 3INHA 4Y45A 2FXDA 1MESA 3NU5A 1FFFC 5P1BA 2QD7A 2QI6A 4Y4WA 4RRNA 3UFNA 2UY0A 5P04A 4L7JA 2QMPA 4Y3ZA 3ZKNA 5P1DA 3BC4A 4Y41A 2V10C 5P8GA 1W51A 1SDTA 4CKUA 5P3ZA 3HLOA 1F7AA 1FQ6A 5P0YA 2NNPA 5P0MA 1GVTA 5P3CA 1IZHA 4DQEA 1K6TA 5AH8A 1TQFA 2HS1A 3APRE 5P0QA 4ER1E 2BPYA 4Y5AA 2WL0A 2G21A 1GVUA 2AQUA 3SABA 1SDUA 3INDA 5P16A 3LIVA 4APRE 2BB9A 3RU1A 3TOFA 4U7QA 2WKZA 3PJ6A 3OWNA 4L7HA 4Y48A 5P6KA 4NPTA 1EPQE 2G1YA 3ZKQA 1BVGA 5P7JA 3MSKA 3FNUA 2IEOA 2FS4A 5P33A 3Q5HA 4Y38A 5IS4A 1D4YA 9HVPA 4YOAA 4FRIA 3EC0A 3VFBA 5P5OA 1W6HA 1E80E 4IVTA 3UDPA 3ZPUA 2R5QA 4A4QA 5EZXA 3UQUA 3HW1A 4I11A 4J55A 5DR1A 4J5JA 3OOTA 1PSOE 1OHRA 5P7NA 3PI0A 3BGCA 1B5FA 5P5LA 1HBVA 3OU3A 2HB2A 1KJFA 3PWMA 1SDVA 4I0IA 3LPJA 3OUCA 4Y9WA 1BWBA 2JJIA 4L7GA 2QMDA 4LP9A 5P4EA 4LBTA 4H3GA 4TRWA 4EQJA 4TVGA 2PWRA 3L5EA 1BXOA 1MTBA 4XX4A 2ZGAA 3CYWA 3NUJA 5P4ZA 2AOCA 2APRA 1MIQA 2AZBA 2IGYA 5P5QA 3LITA 5P84A 3HD8A 4J0PA 1EC2A 1YTGA 5P62A 3KMXA 1HVSA 3OOZA 2B42A 1ODWA 4Y4TA 1FLHA 1KJ4A 5P32A 3ZL7A 4ZE6A 3KFNA 5P4QA 1KJGA 1M4HA 2OHLA 3FKTA 4DPIA 3U71A 4CPQA 4HDFA 3KMYA 3QVIA 4DPFA 4HZTA 5P3LA 5P8PA 4Y3SA 4Y51A 5P5MA 4E43A 5ER1E 1FMUA 1SBGA 5T4SA 4Y4DA 1E5OE 1PFZA 1HRNA 3NDUA 4KB9A 3GGAA 4RCEA 4HDPA 4Y3FA 5P1YA 3TL9A 4CPUA 3OUAA 4GJAA 2BPZA 3TOGA 5P0IA 2Q5KA 2QP8A 3LIXA 3SA7A 3OU4B 5P5CA 1B6LA 1EPRE 5P40A 3IVHA 5P5DA 1QBUA 4YD5A 5HCTA 3G6ZA 4D88A 5DR8A 4A6CA 1HSIA 3EL5A 3BHEA 5P1UA 5P5AA 2IRZA 5P34A 5OZHA 1T7KA 3HAWA 2G69A 4OBZB 3ZOVA 1FQ7A 3VYFA 1LF4A 2ER6E 5P7ZA 5P6MA 5P6CA 5P3MA 2I0AA 5DGWA 5P0UA 2HPFA 3OU1A 5OZ5A 5UPJA 2NXLA 1N49A 5P2WA 5P02A 4HDBA 5P5BA 5DQ4A 5P5HA 5P6JA 2B8VA 4A6BA 4DJQA 1G0VA 3PRSA 4JECA 3OK9A 3IN3A 1A8KA 2I4XA 2WJOA 1MERA 4H3JA 5P81A 3AIDA 4RVIA 1ZSRA 5CLMA 5P0ZA 1ZLFA 5HE7A 3PGIA 3G72A 3HBOA 1WKRA 1XE5A 4YDFA 1CPIA 3QIHA 2RSPA 4GJ7A 4ZEAA 2R38A 5P2QA 5P3EA 3KM4A 3NSHA 5P0RA 1DMPA 4J0VA 5HDVA 1AM5A 5OZJA 5P0FA 5JODA 4L1AA 2IKUA 2VS2A 3ZMGA 5OZUA 3PHVA 3QRMA 5COPA 5P1SA 4YCYA 1FIVA 1HTFA 3NDWA 3SA4A 4DV9A 4J1FA 4ZLSA 2JJJA 1MRXA 2AOHA 3VLBA 5J25A 4MC1A 5P70A 1EPME 5OZMA 5P3NA 5P0BA 1PSAA 2ANLA 5P1JA 2R8NA 3EKQA 1K1TA 5P55A 1HIIA 1SP5A 2SAMA 5OYQA 4Z2ZA 3S56A 5DR7A 4HE9A 1QS8A 3SA9A 3SA3A 1MSNA 5P8MA 1ZAPA 3KFSA 5OZBA 4RLDA 4J0YA 2I0DA 3MSLA 3EM4A 5P1IA 5BWYA 1ZSFA 2I4UA 1MPPA 4M8XA 3SM1A 3SM2A 3L5CA 1ZTZA 5P01A 2Q15A 4YDGA 1E81E 2HPEA 1B6JA 2IENA 4S1GA 3OU1B 4YCKA 5OZ1A 3QROA 1ZBGA 1MRWA 2QMGA 2J9KA 5P7KA 4DVFA 3UF3A 5OZ2A 3NDXA 4PEPA 4FRJA 3R4BA 5P23A 3RSVA 4K9HA 3OAGA 2F8GA 1JLDA 3EL1A 2O4SA 4AMTA 4RZ1A 2O40A 4Y53A 5P30A 5P2TA 5P4XA 2QHCA 4CPSA 2FDDA 4Y3QA 1FF0C 1EBYA 2ER7E 1UPJA 3ER3E 4YCTA 1FGCC 1G35A 4LXKA 4NPUA 3S7LA 5P1CA 1GVXA 4I8WA 5P69A 3SQFA 4RVJA 4Y5KA 4L1AB 1TW7A 1AAQA 4J0ZA 4Y3PA 4IVSA 5OYWA 3RTMA 2QZWA 1NH0A 1HVCA 4LAPA 4N00A 5P18A 5P7YA 5P31A 2G1OA 3O9LA 2NMZA 5P2OA 1VIJA 4YHQA 2P83A 4GJ9A 5P0LA 5P0HA 3QI1A 5OZSA 3EM6A 3BRAA 5P8AA 5P7TA 4CPRA 1BAIA 2ZHVA 2Q54A 1HXBA 1UH7A 2BKSA 2RKFA 5HDUA 4Y3XA 5OZXA 3UFLA 5P67A 1YM2A 3EKWA 3O9EA 3DK1A 4NJVA 3PVKA 5IVRA 4Y6MA 2Q11A 3M9FA 4DJXA 4EJKA 3LHGA 1LYBA 1TSQA 1ZPKA 5P6TA 4DUSA 2UXZA 1RNEA 5BRYA 2FNSA 5P20A 2VNNA 1W5XA 1HPVA 5KOQA 3OQFA 3IXKA 3UDNA 2FIVA 2OAHA 2OHMA 1ODXA 3O9IA 4AZYA 3OAGB 3WZ6A 4JP9A 1XL5A 4Y3AA 5OZEA 4Y43A 1FQ8A 5P88A 2ER9E 5P8KA 5JG1A 1G6LA 4J0TA 4Z22A 1W5WA 4Y4UA 4CPXA 5P0OA 4I0EA 2PMAA 4FL8A 2OHQA 4GJ8A 5P1HA 5P57A 5P5VA 5C9BA 1BVEA 5P63A 1FB7A 2P4JA 4RVXA 5P4IA 3L5BA 4Y37A 3URJA 4LXAA 5P5SA 4R92A 4B0QA 4I12A 4F75A 4Y3DA 3MXEA 5OZPA 1PPLE 2QNQA 5AHBA 2ZYEA 4EXHA 4NKKA 2VIZA 1HVKA 5P3SA 2IL2A 2NXDA 3EM3A 5IVTA 2F3EA 3APPA 4Y5EA 3N4LA 1HPOA 3OGQA 5P6VA 5P3KA 2WEDA 4FAEA 1IIQA 2RMPA 2JYSA 3MSJA 5P2NA 3KDBA 2V12C 4GMIA 4HEGA 5P3PA 2A1EA 3UDJA 6UPJA 2G26A 1FQ5A 5P0VA 4FGXA 5P2ZA 5P4NA 3ZKMA 5P7UA 5P4CA 4OBJA 5OYTA 1BDLA 4EQ0A 5P12A 5P8IA 3NU6A 5P44A 3S53A 5P7LA 2ER0E 5OZ6A 5P1LA 3NR6A 5SZ9A 5P37A 3PEPA 5ISKA 2G1SA 4DQFA 5P0TA 1IBQA 5P8OA 1WBKA 3VYDA 3UQRA 3T7PA 2WF2A 1TCWA 2H6TA 5P73A 3D20A 4RROA 3SLZA 5P8HA 4YBFA 5P4OA 5P36A 5P3UA 2EWYA 3RTHA 2HAHA 4R95A 5I3YA 1AXAA 3WZ7A 3L5DA 3RTNA 3FSMA 1ODYA 5ER2E 4FCOA 1FQXA 4OBFA 3G70A 3CMSA 3A2OA 2WHHA 3K5FA 4EPJA 5OZ4A 3D3TA 5KAOA 1QBRA 2AVQA 3K4VA 4EP3A 2QD8A 3HVGA 5P3BA 4EJLA 4I1CA 1DP5A 4NJSA 5P0JA 4Y35A 1HPXA 4Y3HA 3BXRA 4HVPA 5OZ9A 3EXOA 5DGUA 3NDTA 5DQCA 4ZPFA 2ZJNA 5P8TA 1SMRA 3K1WA 5P1QA 3TNEA 5P0CA 1NPVA 3BUFA 5P25A 5P3WA 1WBMA 3CKTA 1MUIA 1RV7A 4LL3A 5JFPA 4L6BA 5P5PA 5OZYA 3MWSA 3OU4A 4Y4JA 4DQCA 4KE1A 4Y3JA 5P4MA 1APUE 5P1ZA 3CKPA 5P3QA 4Y5NA 5KOSA 4B1DA 5KR0A 3TH9A 3DV1A 4B77A 4H3FA 1EPPE 2PYNA 2OHRA 3UDMA 4OBZA 5P3HA 3O99A 3SA6A 1YTJA 5DR0A 4K4RA 3VYEA 3R0YA 3VV6A 5OZ7A 1TCXA 2MIPA 5P11A 2CEMA 4EHCA 2FLEA 3BGBA 3GI4A 3KYRA 1A9MA 5DPZA 1ZPAA 4CMSA 4NJUA 5OZZA 2NTRA 2WECA 2ZJIA 3O9CA 1GKTA 4FM7A 4HA5A 1B6PA 3JW2A 2ZHSA 4APEA 2QD6A 4MC9A 5P5FA 4DJWA 6FIVA 3F9QA 4GZFA 5P6RA 3DCRA 2G1RA 5P38A 3SO9A 5I70A 4OC6B 5E5KA 1Z1RA 2AODA 5P6ZA 4OBGA 5P2GA 5P4YA 3VLAA 2PQZA 1KJ7A 2VIEA 5P4SA 4F76A 5P2UA 5P6WA 4I0ZA 5P27A 5P6XA 3S85A 5CONA 5P5YA 3Q4BA 3IN4A 5P4VA 4J1IA 1Z8CA 4J1EA 2P3DA 3Q70A 1FMBA 1LF3A 2R3WA 4U8WA 1GVWA 1KJHA 3NUOA 5P7MA 1MT7A 5P8FA 5P4RA 3OQAA 5P3AA 2G94A 3KDCA 1LF2A 5P43A 4D83A 4Y56A 2PSUA 2B7ZA 3KFRA 4H1EA 1YT9A 2QU3A 5SY3A 2VKMA 2XFIA 4RYCA 3HZCA 1W6IA 3PB5A 3OXXA 2P3CA 2RKGA 3OUBA 5P1GA 5P59A 5P56A 5P2MA 2I4DA 5PEPA 1IZDA 4Y47A 1HPSA 1YG9A 5P15A 3PMYA 5P2LA 1DW6C 5P6NA 3ZKIA 4J1CA 4AA9A 1B6MA 5COKA 1QBTA 2R43A 5APRE 3PWWA 4K4PA 3PBDA 1SGUA 3B80A 2QI1A 4GJCA 1EEDP 5OZOA 5P06A 5P0NA 2QI7A 3GW5A 3FNSA 5P80A 3SKFA 3WZ8A 2B7FA 3EL9A 3NWQA 4Y5PA 4FE6A 4Y58A 4CPTA 3FV3A 5P82A 4D89A 5P7EA 1BDRA 1HWRA 3NU4A 4LHHA 2P3AA 3NXEA 4MC2A 1AIDA 3UDYA 1T6GA 3TKWA 4EXGA 5SY2A 5P6SA 3VSWA 5P6FA 3EKVA 1APVE 2QU2A 5P2EA 1YTIA 2AVSA 5P75A 3SACA 3ZLQA 5OZDA 4Y3NA 3ST5A 5P65A 1TZSA 2AOFA 3QAAA 1HSHA 5P8CA 1EBZA 1C6YA 1PSNA 3LZVA 5P7GA 4PPHA 3VUCA 2QI5A 5P4BA 1M43A 5OZCA 4ZSQA 5P8UA 3SPKA 2O4PA 4QLHA 5P09A 2BBBA 5P6BA 3R2FA 1ZP8A 5OZ3A 2CENA 2PH8A 3N3IA 4Z50A 4Y5CA 5P7CA 5P7HA 4BELA 5OZAA 3LPIA 2Q3KA 4M8YA 5P61A 5KQFA 3O9GA 5OYYA 2H6SA 5P83A 3OTYA 4B1CA 4UPJA 5P64A 2WF4A 5KQXA 5P0SA 5KQZA 1W5YA 5P26A 5P35A 4Y3GA 1HIHA 5P6LA 4DFGA 5P1NA 1LEEA 3LIYA 4WTUA 4ZSMA 5P8QA 5P2XA 4B00A 3I25A 5OZTA 5P5XA 3EKYA 1EPOE 5P8RA 5P0PA 1MTRA 3VSXA 3UQPA 4EYRA 4Y4GA 2AZ9A 3Q6YA 5P2KA 2I1AA 1FKNA 2HIZA 3K5DA 3OTSA 3LINA 3OQ7A 4FAFA 4RCDA 2ZJJA 3R0WA 5P7VA 2AOEA 2B60A 5P5EA 1GNMA 3R1GB 3PSGA 4OD9A 1VIKA 3FX5A 3L38A 5P6DA 2FDPA 2PH6A 4I8ZA 3LNKA 3I7EA 5P46A 4J1KA 5P1MA 3S7MA 4Y44A 1XDHA 1EAGA 4H3IA 3EBZA 5OZQA 1APTE 5P2JA 5OZGA 1B11A 2AZCA 2ZJHA 1EPNE 1CMSA 1ENTE 5P3IA 2G20A 3T7XA 5I3VA 5ISJA 4F73A 3QS1A 4GJBA 1XE6A 2QNPA 5P1WA 3HVPA 5P7PA 4FM8A 3TKGA 3LZYA 4QJ9A 2ZHTA 1LYWA 1QRPE 2QCIA 5P2BA 5P8LA 5P05A 3T3CA 5DQ1A 4Y4AA 1OEWA 5P13A 2XYFA 1AJVA 3LIZA 2I4WA 5AGZA 3KFPA 4Q1XA 3DUYA 3QRVA 5P2RA 5P4WA 3VCMA 5P3OA 4Y5GA 3QBFA 3VF7A 5AHCA 3TPPA 2ZHRA 3OGPA 1HEGE 4OBKA 5P4PA 1OD1A 4QJ2A 5OYRA 3TPLA 2Q63A 4BFDA 5SXNA 5P51A 2WF3A 5HU0A 1B6KA 5P17A 3FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQ4 A;  5P29 A;  1SGZ A;  2QZK A;  2G1N A;  3AUP A;  5P5U A;  1BIL A;  1DAZ C;  1T3R A;  3UQX A;  4FRK A;  3PLL A;  5P1R A;  5P48 A;  3T11 A;  3BXS A;  4YD6 A;  1EBK C;  3JVY A;  2G22 A;  1T7I A;  2AOJ A;  3TPR A;  3O9F A;  4DH6 A;  3JVW A;  3INF A;  2AOI A;  4PYV A;  5P2I A;  5P39 A;  1HVI A;  4TRY A;  1YX9 A;  1LYB B;  3VEU A;  5P8E A;  3INH A;  4Y45 A;  2FXD A;  1MES A;  3NU5 A;  1FFF C;  5P1B A;  2QD7 A;  2QI6 A;  4Y4W A;  4RRN A;  3UFN A;  2UY0 A;  5P04 A;  4L7J A;  2QMP A;  4Y3Z A;  3ZKN A;  5P1D A;  3BC4 A;  4Y41 A;  2V10 C;  5P8G A;  1W51 A;  1SDT A;  4CKU A;  5P3Z A;  3HLO A;  1F7A A;  1FQ6 A;  5P0Y A;  2NNP A;  5P0M A;  1GVT A;  5P3C A;  1IZH A;  4DQE A;  1K6T A;  5AH8 A;  1TQF A;  2HS1 A;  3APR E;  5P0Q A;  4ER1 E;  2BPY A;  4Y5A A;  2WL0 A;  2G21 A;  1GVU A;  2AQU A;  3SAB A;  1SDU A;  3IND A;  5P16 A;  3LIV A;  4APR E;  2BB9 A;  3RU1 A;  3TOF A;  4U7Q A;  2WKZ A;  3PJ6 A;  3OWN A;  4L7H A;  4Y48 A;  5P6K A;  4NPT A;  1EPQ E;  2G1Y A;  3ZKQ A;  1BVG A;  5P7J A;  3MSK A;  3FNU A;  2IEO A;  2FS4 A;  5P33 A;  3Q5H A;  4Y38 A;  5IS4 A;  1D4Y A;  9HVP A;  4YOA A;  4FRI A;  3EC0 A;  3VFB A;  5P5O A;  1W6H A;  1E80 E;  4IVT A;  3UDP A;  3ZPU A;  2R5Q A;  4A4Q A;  5EZX A;  3UQU A;  3HW1 A;  4I11 A;  4J55 A;  5DR1 A;  4J5J A;  3OOT A;  1PSO E;  1OHR A;  5P7N A;  3PI0 A;  3BGC A;  1B5F A;  5P5L A;  1HBV A;  3OU3 A;  2HB2 A;  1KJF A;  3PWM A;  1SDV A;  4I0I A;  3LPJ A;  3OUC A;  4Y9W A;  1BWB A;  2JJI A;  4L7G A;  2QMD A;  4LP9 A;  5P4E A;  4LBT A;  4H3G A;  4TRW A;  4EQJ A;  4TVG A;  2PWR A;  3L5E A;  1BXO A;  1MTB A;  4XX4 A;  2ZGA A;  3CYW A;  3NUJ A;  5P4Z A;  2AOC A;  2APR A;  1MIQ A;  2AZB A;  2IGY A;  5P5Q A;  3LIT A;  5P84 A;  3HD8 A;  4J0P A;  1EC2 A;  1YTG A;  5P62 A;  3KMX A;  1HVS A;  3OOZ A;  2B42 A;  1ODW A;  4Y4T A;  1FLH A;  1KJ4 A;  5P32 A;  3ZL7 A;  4ZE6 A;  3KFN A;  5P4Q A;  1KJG A;  1M4H A;  2OHL A;  3FKT A;  4DPI A;  3U71 A;  4CPQ A;  4HDF A;  3KMY A;  3QVI A;  4DPF A;  4HZT A;  5P3L A;  5P8P A;  4Y3S A;  4Y51 A;  5P5M A;  4E43 A;  5ER1 E;  1FMU A;  1SBG A;  5T4S A;  4Y4D A;  1E5O E;  1PFZ A;  1HRN A;  3NDU A;  4KB9 A;  3GGA A;  4RCE A;  4HDP A;  4Y3F A;  5P1Y A;  3TL9 A;  4CPU A;  3OUA A;  4GJA A;  2BPZ A;  3TOG A;  5P0I A;  2Q5K A;  2QP8 A;  3LIX A;  3SA7 A;  3OU4 B;  5P5C A;  1B6L A;  1EPR E;  5P40 A;  3IVH A;  5P5D A;  1QBU A;  4YD5 A;  5HCT A;  3G6Z A;  4D88 A;  5DR8 A;  4A6C A;  1HSI A;  3EL5 A;  3BHE A;  5P1U A;  5P5A A;  2IRZ A;  5P34 A;  5OZH A;  1T7K A;  3HAW A;  2G69 A;  4OBZ B;  3ZOV A;  1FQ7 A;  3VYF A;  1LF4 A;  2ER6 E;  5P7Z A;  5P6M A;  5P6C A;  5P3M A;  2I0A A;  5DGW A;  5P0U A;  2HPF A;  3OU1 A;  5OZ5 A;  5UPJ A;  2NXL A;  1N49 A;  5P2W A;  5P02 A;  4HDB A;  5P5B A;  5DQ4 A;  5P5H A;  5P6J A;  2B8V A;  4A6B A;  4DJQ A;  1G0V A;  3PRS A;  4JEC A;  3OK9 A;  3IN3 A;  1A8K A;  2I4X A;  2WJO A;  1MER A;  4H3J A;  5P81 A;  3AID A;  4RVI A;  1ZSR A;  5CLM A;  5P0Z A;  1ZLF A;  5HE7 A;  3PGI A;  3G72 A;  3HBO A;  1WKR A;  1XE5 A;  4YDF A;  1CPI A;  3QIH A;  2RSP A;  4GJ7 A;  4ZEA A;  2R38 A;  5P2Q A;  5P3E A;  3KM4 A;  3NSH A;  5P0R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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