1G6LA

1.9a crystal structure of tethered hiv-1 protease
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.9 A x-ray study shows closed flap conformation in crystals of tethered HIV-1 PR.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 44
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g6lA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g6lA02
4DH6A 2JXRA 2IQGA 4TVHA 1VIKA 2Q11A 5P2OA 2Q64A 5P2IA 3SM1A 5P7TA 5P3DA 5P3EA 3IAWA 1FFIC 1MVPA 4EXGA 3C9XA 4Q1YA 1HVSA 3TPJA 5P6XA 3INDA 5P3BA 4Y5AA 1PPME 1BVEA 3D20A 3SFCA 4FM8A 3OTYA 5P51A 4CPTA 5P20A 5P8NA 3BRAA 3ZKIA 3CYWA 4I10A 3R0YA 3UHLA 5P6VA 3QBFA 3LZUA 5P4YA 3PWWA 3K5FA 1HBVA 3VF3A 4RVJA 1FQ7A 4JECA 3KFPA 4NKKA 5P73A 6FIVA 5P6AA 5P4IA 5P6JA 1HVJA 2BKTA 4MC6A 5P2AA 3PSGA 4Y37A 5P45A 5P69A 2ZJIA 4DJRA 5P4OA 4HA5A 2AVQA 2VJ7A 3FV3A 5OZHA 3OAGB 1RPIA 2QMPA 4B00A 4CKUA 3UDJA 2FMBA 2VIYA 2V16C 4J54A 5P7ZA 4E43A 3PSUA 3GI6A 1HTGA 2ZDZA 5I3WA 3QRSA 5OZ2A 5P6QA 1KJFA 1QDMA 4Y4WA 1HXBA 4Y57A 2I4QA 1KJHA 4Y44A 2WF1A 1YM2A 4J17A 4J0ZA 5P09A 5P1ZA 3CKPA 1D4IA 1BXQA 2AOCA 4BFBA 4YBFA 2OAHA 5P0JA 4J0TA 4JPEA 5P76A 1FLHA 2AZ8A 3PMUA 5KQYA 5P8KA 1HVHA 5SXNA 5P8TA 3Q70A 5P86A 2VA5A 4M8XA 3ST5A 5P0KA 5P52A 3SO9A 4GJBA 5P38A 1IBQA 1E5OE 2AZCA 3HAWA 4GJCA 3PEPA 3NDUA 4PHVA 3UTLA 5P7RA 5PEPA 5P2SA 2B7FA 5P61A 4Y6MA 5P70A 1ZP8A 5P7HA 3L3AA 4ER4E 4Y4ZA 4I0ZA 1YTGA 4DQGA 2WHHA 3UCBA 4R92A 2EWYA 1BBSA 1HSHA 2CEMA 5P5HA 1ZBGA 3CYXA 1U8GA 1LYWA 4RYCA 5OZQA 2IGYA 5P2EA 5P5AA 3R4BA 2QU2A 2QP8A 1MTRA 4ER1E 3LIVA 1ODYA 1GVXA 5OZ4A 5P55A 1XE6A 5P0CA 2WECA 4RGHA 4Q1NA 4RRSA 5P89A 2XFJA 3S43B 2O4KA 5OZJA 3L5CA 3O9GA 5HE4A 4WTUA 4AUCA 3UFLA 3S53A 4Y56A 5OZZA 1IVPA 5P7AA 3BXSA 1EC2A 1W5VA 2ZHRA 3KYRA 5P4ZA 5P1AA 1PSNA 5P2UA 3OOTA 4I0IA 3Q6YA 2CENA 5P7EA 5KQFA 5P1JA 2PSVA 4NJUA 2IKUA 3WB4A 1IZDA 5HDXA 2QD8A 2ER0E 2QI0A 1BV9A 5P71A 4PZWA 2PSUA 5OYVA 2PH6A 5P87A 4MC1A 1FMUA 2R5QA 2AOFA 3BXRA 3L5FA 5P4TA 3SA6A 5P0QA 1AXAA 3GW5A 1MT9A 5P6ZA 4RCEA 3KMXA 4I0FA 5P0ZA 1LYBA 3DM6A 3L5BA 3MSLA 5P4AA 3LITA 4F73A 3BUGA 4ACUA 2NR6A 4QJ2A 1FQXA 3LIXA 3FKTA 2OF0A 4AA8A 4HDBA 3NDWA 1EBKC 4Y5PA 1C6ZA 1EPLE 4Y3PA 3VEUA 5OZXA 3CKRA 2PYMA 3R0WA 1HXWA 2OHSA 4OBDA 3I7EA 2F8GA 3R2FA 3TPLA 5P6HA 2VA6A 1AZ5A 1T7KA 3IN3A 3LIZA 4WY1A 5IVSA 4RCDA 2BKSA 2QNQA 1TW7A 2QHZA 3QVCA 5P2NA 3VV7A 1BIMA 5OYUA 5P8RA 5P4FA 3WZ6A 2AODA 1FIVA 3S85A 3EL0A 5P23A 3AUPA 4I11A 2ZJJA 3PRSA 1SP5A 1HHPA 3NU3A 2I4VA 4DQHA 3UQUA 3QP0A 3IVIA 4DJOA 2QK5A 2ZHVA 4YBIA 4J5JA 4Y3WA 3LZYA 3RU1A 2QI1A 5P6TA 1DW6C 1BXOA 1LZQA 4Y39A 5P7GA 5P8CA 5P26A 3CIBA 3OXVA 3L5DA 3UDPA 5P62A 3OY4A 1D4SA 5P2LA 2G26A 3KM4A 2P3BA 3IN4A 3VSWA 4HDFA 4Y4EA 5P77A 2HB3A 2PWCA 2G1RA 1YTJA 3GI5A 2WJOA 5P4RA 2BPZA 3OXXA 3HLOA 1XDHA 4CPWA 3ZPSA 4DJUA 2ZHSA 4PYVA 2F80A 1ZJ7A 5I70A 4A4QA 2IGXA 1G6LA 3PBZA 1W51A 5P3PA 5P7XA 3OUAA 4OD9A 1HWRA 2B7ZA 4QGIA 1LF2A 2WF0A 4GJ9A 4HDPA 2J9JA 2A1EA 1T6GA 5P5LA 3O9BA 5P1YA 4LHHA 5P79A 4Y53A 2IS0A 4COEA 2QMFA 3K4VA 1K6TA 1ZSRA 1AJVA 2ANLA 4FIVA 5P8VA 5E5KA 4Y47A 3TPRA 4GJ6A 4QJ9A 4D88A 5P1PA 5P80A 2ZJKA 1F7AA 5P12A 1RV7A 1QBRA 1IZEA 3CMSA 1B6MA 3ER5E 3HW1A 3EL5A 5P5QA 3VLBA 4X7IA 5P2FA 1OEWA 5P40A 5P4MA 5P5OA 1C70A 5KQXA 4CPSA 1A30A 3OU3A 3BUHA 1AAQA 1HTRB 2G20A 4FLGA 2OHTA 1AJXA 4CPQA 5P6SA 1M0BA 2HS2A 3OU1A 4BELA 1LYWB 2UY0A 3MSJA 5P4KA 5BWYA 4L7HA 4GB2A 3IXJA 4OBFA 2WEZA 3QBHA 5P1IA 5DQ2A 2R9BA 1RQ9A 3ZMGA 2XYFA 5P0UA 5P6NA 3NUJA 1META 2FXDA 3SAAA 3PI0A 5C9FA 3T3CA 5P4CA 5P18A 1RL8A 4NJTA 1GNNA 2FXEA 4Q1XA 1DPJA 2Q15A 5CLMA 3EKYA 5OZUA 1ZLFA 2R5PA 5P30A 1APTE 2FNTA 5T4SA 1FG6C 3INEA 5P2KA 1BAIA 4FS4A 1YM4A 4FSEA 4H3GA 2VNNA 3S8IA 5P1TA 3H0BA 1N49A 5P4LA 2ZE1A 5P68A 2ZJMA 1TZSA 5P3XA 3RSXA 3OUDB 1A8KA 5P4XA 5P8UA 5P3GA 3OK9A 5P5MA 2OHPA 2RENA 2G24A 4Y4BA 1HVCA 3INFA 5P67A 4ZIPA 3UDQA 3HBOA 3JW2A 4A6BA 5P1EA 4GIDA 3UFNA 5P33A 3VYDA 5OZEA 3TH9A 1FQ6A 5P6OA 3NLSA 1W5WA 4APEA 5OZDA 5P1KA 3HVPA 1MIQA 4OBKA 2P3AA 1G35A 1LYBB 1Z1HA 4K8SA 3L59A 2QNNA 4LBTA 3PJ6A 4OC6B 5P4NA 5P56A 2Z4OA 5COKA 3GGVA 4Y3YA 3QRVA 5P8OA 3QS1A 2VJ6A 2XFKA 4Y4DA 4EQ0A 5P4WA 3DOXA 4Y5NA 4RLDA 4B78A 2AZBA 3FIVA 4EWOA 5KQZA 1M4HA 4AZYA 4F74A 5P44A 3HAUA 4IVTA 4KE1A 1D4JA 5P59A 5AH9A 2QZXA 5AH7A 5P2BA 2I4DA 4DQFA 4ZSRA 5P7YA 5P37A 2Q3KA 4FRSA 4L1AB 5P46A 2HM1A 4Z22A 5P2DA 4ZSMA 5P8PA 4CP7A 4HVPA 4ZSQA 4OBZA 5P2ZA 4Y3HA 1SIPA 2I1AA 5P5WA 3MWSA 5KR8A 5P0RA 3SA4A 5P3CA 4YCKA 1EC0A 2P3CA 4J1KA 3OQFA 3O99A 5OZGA 2WF4A 4GYEA 4DI2A 3H5BA 2P3BB 1K6CA 5P7FA 4XX3A 5P49A 4DQBA 1E81E 5P25A 4LP9A 5P8AA 5P57A 3OXWA 5P74A 5P08A 2RKFA 3ER3E 3SKFA 4LAPA 4QJ7A 5P3IA 5OZMA 5HDVA 4I8WA 3EM6A 2NNKA 5P3HA 3VV6A 3DUYA 5OZBA 5P78A 5P5VA 3RTHA 2QZKA 4Y4AA 5COPA 4YHQA 5P5CA 4RRNA 3SA7A 4OD9B 1HEGE 5P4GA 5P81A 5P75A 1EBZA 4DJYA 1NPVA 1C6YA 1HEFE 2J9JB 3UDKA 4B05A 5P4JA 4U8WA 5P48A 2OHQA 4GZFA 4I1CA 5P6GA 4Y54A 5BS4A 1LS5A 2IL2A 5P1VA 1G2KA 4Y3NA 1YT9A 4ZPGA 2MIPA 3KA2A 3VSXA 3ZOVA 2G1YA 4GJDA 3WZ8A 2B42A 5P0LA 3NXEA 2IDWA 1XL2A 4Y43A 5P3AA 5OYYA 5CONA 3KDBA 3D3TA 2BQVA 5P2RA 5P5JA 4Z4XA 3QI1A 2HB2A 4DUSA 2QAKA 3K5GA 5P1RA 3D1XA 1EAGA 1SGUA 5P1NA 1F34A 2HS1A 5P7KA 3DJKA 3PGIA 3OU1B 3LIYA 3DV5A 4LL3A 3LPIA 5DR8A 2QNPA 1WKRA 3SKGA 3ZL7A 5IVTA 1XN3A 5P10A 3QPJA 3TKGA 3VFAA 4FCOA 3ZKGA 4Y3AA 4YOBA 4FRIA 3Q5HA 5P53A 2V13A 3PM4A 1HSGA 3R1GB 1XL5A 2QHCA 2VIZA 2ZYEA 4EHCA 2Q63A 4R8YA 3K5CA 1D4YA 3K4VC 2RMPA 4Y9WA 4Y3JA 5SZ9A 4H3JA 3O9IA 5P3YA 3U7SA 3TTPA 1B6JA 3SQFA 5P3SA 3RVIA 5OZPA 1FB7A 4K4QA 1K2CA 5P6CA 3T11A 5KOQA 5HU0A 4I0GA 3QROA 2I0AA 4J1CA 1SDTA 3LIQA 5P0SA 2NPHA 1HIVA 1OD1A 3I25A 2V11C 4Y5KA 5P13A 3MXDA 5P0BA 3EKPA 2G27A 3UPJA 2O40A 3KFSA 1ZTZA 5P14A 3TLHA 3NU9A 3L38A 4OBJA 2Q5KA 1HPOA 1HPVA 3OUDA 4YD5A 4YD4A 4D85A 3OQ7A 1QRPE 4PEPA 2V00A 3NDXA 3O9AA 4TRZA 1EBYA 4RZ1A 2ZGAA 4Y3EA 5P50A 1UH8A 2JE4A 5P7NA 3OUCA 2Z54A 3EKTA 5OZVA 4EP3A 1BDLA 1MRXA 3TL9A 4J55A 1EBWA 5P3NA 3OQAA 5I3XA 4ZLSA 4H3FA 2XFIA 1PSOE 3S7MA 5P41A 1Q9PA 4OC6A 5HDZA 5IVQA 2NXLA 3T7XA 4IVSA 1EC3A 3S45A 1MERA 2I4WA 5P5FA 3EKVA 4GMIA 3WZ7A 3PSYA 1GVWA 4NPUA 5HD0A 3B80A 5DR1A 5P19A 1IVQA 4XXSA 4ACXA 2V0ZC 4DV9A 1HIHA 5P8EA 5P0XA 2G94A 2FS4A 5OZ7A 2R3WA 4QJ6A 4Y3DA 4K9HA 3KDCA 2R43A 4OBZB 2FNSA 3UF3A 4LXMA 5P3VA 3JVYA 1SMRA 1Z1RA 5OZYA 1HVRA 5P00A 4L1AA 4UPJA 1J71A 2RSPA 1EEDP 4YD6A 1T7IA 3UDYA 1DAZC 5P5DA 2AOHA 5P2YA 5P1MA 5P82A 4RVIA 5DGUA 3UDMA 3N3IA 4FL8A 5P2JA 5OZ3A 5F01A 2WEDA 3OU4B 3INHA 3UDHA 5IE1A 4CMSA 3CKTA 1XS7D 1DP5A 2B8LA 2BPYA 2R8NA 4J0YA 2RKGA 3OHFA 4Y41A 5P8JA 5P4QA 4EXHA 2F3KA 5HCOA 2ZHTA 1HVIA 1K6VA 2QMGA 4NJVA 5EZZA 2OHKA 4Y45A 5P0IA 5ISJA 2VA7A 1SBGA 4GJ5A 1IIQA 3KDDA 2ZHUA 1FMXA 2QD7A 2R3TA 3BVAA 2OHLA 1GVVA 5P0TA 1NH0A 3I6OA 2UXZA 1APUE 3UDNA 4FE6A 2OHRA 2ER9E 4FM6A 5JFPA 3AIDA 3LPJA 2OHUA 4FGXA 3GGXA 5P5XA 5P1CA 3K1WA 4Y36A 5JFUA 4MC2A 1FMBA 5P7SA 3TNEA 2BB9A 4EJLA 4Y35A 5P1DA 4Y5CA 5P5YA 3LZVA 2AVSA 5P28A 3FNUA 5P6MA 4HEGA 5DPZA 3HD8A 2I4UA 5P4VA 5P7QA 5OZ8A 5OZOA 5P5GA 2QI6A 4K4PA 3URIA 3JVWA 5P39A 5JODA 4U7QA 5UPJA 3A2OA 2WEBA 1APVE 5OZ1A 3M9FA 1SDUA 2PH8A 3PCWA 4Y3ZA 5P5ZA 3OGPA 3NUOA 3APPA 1YG9A 1MT7A 5OYXA 1B6LA 5P5KA 5FIVA 2V10C 3OADB 5P1XA 5P3JA 2AVMA 5P7LA 3OTSA 1HSIA 4EJKA 3G6ZA 1VIJA 2QMDA 1TCWA 5P8FA 1SMEA 2J9KA 2WF3A 4J1FA 4Y4GA 1UH7A 4GJ7A 5P5RA 3S54A 5AHAA 2G1NA 3NDTA 4Y4TA 1FQ4A 4YCYA 2FLEA 2BJUA 3EC0A 5P0GA 3SA9A 3O9HA 4MC9A 4I0HA 2BBBA 4NJSA 4X2LA 1W5XA 4CPRA 4J0VA 2VNMA 4FSLA 5B18A 2ZJNA 1MESA 1BDQA 3URJA 1ME6A 2WL0A 5P15A 2QZLA 4Z2ZA 4DQEA 1W6HA 3FSMA 5P6PA 1AVFA 2A4FA 5BRYA 4Y4UA 2WF2A 4Y3QA 1PROA 4ZPEA 1BWBA 2P4JA 2PSGA 4D89A 3ZPUA 3S7LA 1MEUA 4H1EA 4D83A 5P6DA 3G70A 1FF0C 5AHBA 1MUIA 3DK1A 5P1LA 4B70A 3EMYA 3D91A 3ZKXA 4I0DA 1T7JA 1HTEA 2F3FA 4YA8A 5P43A 5P4PA 1MT8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DH6 A;  2JXR A;  2IQG A;  4TVH A;  1VIK A;  2Q11 A;  5P2O A;  2Q64 A;  5P2I A;  3SM1 A;  5P7T A;  5P3D A;  5P3E A;  3IAW A;  1FFI C;  1MVP A;  4EXG A;  3C9X A;  4Q1Y A;  1HVS A;  3TPJ A;  5P6X A;  3IND A;  5P3B A;  4Y5A A;  1PPM E;  1BVE A;  3D20 A;  3SFC A;  4FM8 A;  3OTY A;  5P51 A;  4CPT A;  5P20 A;  5P8N A;  3BRA A;  3ZKI A;  3CYW A;  4I10 A;  3R0Y A;  3UHL A;  5P6V A;  3QBF A;  3LZU A;  5P4Y A;  3PWW A;  3K5F A;  1HBV A;  3VF3 A;  4RVJ A;  1FQ7 A;  4JEC A;  3KFP A;  4NKK A;  5P73 A;  6FIV A;  5P6A A;  5P4I A;  5P6J A;  1HVJ A;  2BKT A;  4MC6 A;  5P2A A;  3PSG A;  4Y37 A;  5P45 A;  5P69 A;  2ZJI A;  4DJR A;  5P4O A;  4HA5 A;  2AVQ A;  2VJ7 A;  3FV3 A;  5OZH A;  3OAG B;  1RPI A;  2QMP A;  4B00 A;  4CKU A;  3UDJ A;  2FMB A;  2VIY A;  2V16 C;  4J54 A;  5P7Z A;  4E43 A;  3PSU A;  3GI6 A;  1HTG A;  2ZDZ A;  5I3W A;  3QRS A;  5OZ2 A;  5P6Q A;  1KJF A;  1QDM A;  4Y4W A;  1HXB A;  4Y57 A;  2I4Q A;  1KJH A;  4Y44 A;  2WF1 A;  1YM2 A;  4J17 A;  4J0Z A;  5P09 A;  5P1Z A;  3CKP A;  1D4I A;  1BXQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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