1GVTA

Endothiapepsin complex with cp-80,794
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Five Atomic Resolution Structures of Endothiapepsin Inhibitor Complexes: Implications for the Aspartic Proteinase Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
total genus 83
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2002-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvtA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvtA01
3WZ7A 3HD8A 1IVPA 3IVIA 5E5JA 3I8WA 2UPJA 2QNNA 3D3TA 2ZJNA 2O4NA 5P1ZA 2PYNA 4Y39A 5P7PA 1YX9A 4I10A 5P5OA 3JW2A 5P8QA 2JYSA 5P07A 5ISKA 2PMAA 4COEA 1HVRA 2ZHTA 1U8GA 5I3WA 2G1SA 3LINA 3UDNA 3SA3A 2OHLA 3Q6YA 3R1GB 5CLMA 3R0WA 5P01A 5AHCA 4NJTA 1HTGA 3TKGA 3PWMA 2G69A 4LXKA 3UDKA 3L5DA 4AZYA 5P5SA 2OHKA 5P7CA 1CMSA 3EC0A 3EM3A 1RQ9A 3OQAA 1LF3A 1D4KA 1MT7A 4GJ8A 5P18A 3IA9A 4A6CA 4Y3HA 5P4NA 5P3PA 5KQFA 4ZPFA 2Q55A 5P1HA 4FRJA 1HEFE 2OHRA 3EM6A 1K1UA 5P03A 1IBQA 3KFRA 1EPME 3OADA 5P05A 5P30A 4AUCA 4Y3NA 4GB2A 3EKVA 1HSHA 4Y3GA 4I0IA 5P6BA 4Y50A 1EPPE 4Y3MA 5KQYA 1BDLA 3EMYA 1BWBA 3TL9A 5ENMA 3RTNA 5P8BA 5OYQA 5P5EA 4NPUA 4Y53A 2O4LA 5P66A 3KDDA 4DFGA 5P0QA 1MRWA 1PPKE 1B6JA 1K6PA 5P8MA 1D4JA 2V00A 5P1CA 5AGZA 3KM4A 2I4WA 5P3FA 5JODA 1HIVA 4PYVA 5P6LA 5P1GA 2AQUA 1YT9A 3QBFA 5P61A 3NWQA 4U7VA 5P0OA 3ZL7A 4LAPA 4TRYA 2AVSA 2IENA 4YD7A 3L5CA 5P70A 5P5MA 5P6EA 3R0YA 3T6IA 2ZE1A 5P2GA 1FFFC 4Y4BA 5P8IA 1HXWA 3KA2A 2XFKA 1GVVA 4GJBA 1MESA 2HPEA 5P5IA 3TOHA 4OD9A 4K8SA 3UFNA 3WZ6A 3Q3TA 4Q1WA 5P80A 4UPJA 3UDQA 5P8OA 3FIVA 4Y38A 1N49A 2Q63A 3QRSA 5P1LA 5P2EA 3KMXA 1GNMA 4Y4AA 2ZHRA 5P46A 3L5BA 4Y5AA 5P4PA 4FRSA 4HA5A 5AH9A 3ZKIA 1LYWA 5P6XA 1RV7A 4Y4WA 2Q15A 3KT2A 3G6ZA 5P8UA 5P2MA 5P49A 4CPUA 3BXSA 4DJYA 3FNSA 5OZUA 4J1KA 5P65A 1IZHA 1W51A 1HTRB 4L1AA 2B8VA 2PWRA 4YD6A 1FMBA 3TNEA 3EBZA 1FF0C 2PSUA 3OTYA 4I0FA 4Y9WA 2F80A 3NXNA 4HDBA 2AOCA 4L7GA 3EKYA 5P7DA 5P1IA 3EKPA 1META 3OOTA 4F76A 1HIIA 5P2VA 5P3DA 3VV8A 1SP5A 3EL9A 1XL2A 1TSUA 5HU0A 2I1AA 2PH6A 1ZP8A 2Q11A 4Y5CA 4OBHA 1IDBA 4DQGA 4B00A 2VNMA 1BILA 4I0ZA 2VA6A 1D4SA 5OZ5A 1D4YA 3TOGA 1TCXA 1NPAA 5DQCA 3T7QA 3QP0A 4Z2ZA 3BUFA 4J0VA 4CPRA 5P40A 2JXRA 4APRE 5P5LA 2V13A 3INEA 4EPJA 4DQCA 1BV7A 1FMXA 4DPFA 3OQDA 5P48A 2FNTA 3SM1A 3VF3A 5KOQA 3N3IA 3IGBA 2V12C 1EC3A 1G0VA 4LHHA 2G26A 4R5NA 5P1BA 1GNOA 5P8VA 5P0HA 1C70A 4FM8A 4FRIA 1HVSA 1DMPA 1BVEA 3KDBA 1IZEA 5P39A 5P84A 3SA4A 3EKTA 1FIVA 5P6UA 5P35A 5P5PA 4AA9A 3O9FA 5COKA 5KOSA 1EAGA 1LYBA 1OHRA 1ZSFA 5P4SA 3NUOA 3LIXA 2FGUA 3HLOA 5P4GA 2I0DA 3OXCA 5P87A 3VFAA 4EWOA 1FB7A 5P2KA 1APWE 4QJAA 5C9FA 3GI4A 1IDAA 3O9LB 5P2ZA 4A4QA 5P5BA 3FNTA 2P4JA 2QNQA 1G2KA 5AHBA 4GJCA 1XN2A 5P38A 3S43A 4MC2A 3HVGA 3NR6A 3QIHA 2J9KA 5BS4A 1NH0A 1OD1A 2R3TA 1B6PA 5HDZA 2JJIA 4CKUA 5P4XA 2I0AA 5OZ9A 5DR8A 2G22A 3ZOVA 1QDMA 5P78A 5P06A 5IVRA 4Y3FA 1F34A 2R9BA 3PSGA 4B77A 1QRPE 5P4KA 4APEA 5P5TA 1M0BA 5P8PA 1EBZA 5P5DA 2QI4A 1AM5A 3OAGA 3S2OA 1BBSA 4Y58A 5OYZA 1YG9A 3LPKA 5P12A 5P20A 2PH8A 5P8KA 2NXLA 3UDRA 1XS7D 1TQFA 2QZWA 4Y3SA 3H0BA 5P7KA 4B1EA 5IVQA 1HXBA 4QLHA 3TLHA 1KJHA 1T7JA 2AZ9A 1QS8A 2XYFA 3CYWA 1XE6A 3ZKNA 3FKTA 3VV6A 4Y37A 5P15A 2OHUA 1MIQA 1PFZA 2ZYEA 5P26A 3UFLA 2AOIA 2ZJJA 5P5RA 2NTRA 3SM2A 4NJVA 5AH6A 1T3RA 4HDFA 2QD7A 1M4HA 1MT9A 4FSLA 5P8GA 4L7HA 1AAQA 4J55A 1ODXA 5P74A 3I6OA 5P1NA 5P1WA 5P8RA 2HM1A 3L58A 1WKRA 5P7UA 2WF3A 5P5VA 4B05A 2HB3A 4QJ6A 2FXDA 4YDGA 5P1AA 5I3XA 4XXSA 3NXEA 3EL1A 5P69A 3BVAA 5P5WA 5JG1A 4Y47A 4I12A 3RU1A 2B42A 4Y3LA 3DV1A 1IIQA 5P0KA 4EP3A 4LC7A 5P31A 4Y5KA 3MSLA 2R43A 5P7YA 1ZJ7A 2V0ZC 4H3JA 4Y3RA 5OZBA 5P6GA 5P47A 5P54A 1AVFA 5P59A 4Y5BA 4KUPA 2VS2A 5P2NA 4Y5LA 5DQ2A 4J0TA 5P71A 2FIVA 2P8HA 1FQ5A 5P0EA 4XKXA 3PJ6A 3OQFA 5P41A 5P3BA 5OZTA 2QMFA 5P51A 5KQZA 5P0RA 5OYSA 2JE4A 2Z54A 5P56A 1B11A 1D4HA 5COPA 5P5QA 1LZQA 1PPME 2CEJA 3NU5A 3UQXA 2VIZA 3ZPTA 3TPLA 1MVPA 4B1CA 3N4LA 2VIYA 2R5QA 5P7HA 2PC0A 1HBVA 1LYAA 4IVTA 5P1EA 5P1UA 5P2DA 4OD9B 5P6NA 1FG8C 3KDCA 3SKGA 2AVOA 1SGZA 2Q54A 5P1SA 4R8YA 4Y4TA 2ER7E 5P89A 5OZMA 3T11A 5HD0A 3KF0A 1HSIA 5P86A 2OHTA 1LYWB 3OU4A 3D1XA 4Y36A 3A2OA 2QI0A 4J54A 4N00A 5P1FA 2NXMA 5OZFA 1HEGE 3EL0A 3IN4A 4PHVA 2IRZA 5P53A 3PHVA 2QHYA 5OZ2A 1C6YA 3AUPA 5HDXA 5P1JA 4R93A 5HCTA 3O9EA 1K2CA 3PCWA 5E5KA 4OBZA 1BIMA 3LIVA 4Q1YA 5P2OA 5HE4A 4RGHA 1HSGA 3D1ZA 1HPVA 3IN3A 1SGUA 4HVPA 3PI0A 4I1CA 2ZHSA 4YHQA 4LL3A 4J0YA 4Y3AA 5P58A 4Y6MA 3VLBA 1FQ4A 2H6SA 2IL2A 1E5OE 3PWRA 1PSAA 5P5FA 1DP5A 5IVTA 3DJKA 4Y54A 1FQ6A 2QI7A 4B78A 5P6MA 4DJOA 2QP8A 3SLZA 5OYTA 4Y56A 5BWYA 2QZKA 1LS5A 4JECA 3G72A 2AOGA 5P10A 4JOOA 5P73A 4ZSQA 2QI5A 4E43A 1RL8A 5P6RA 2PK6A 5P4YA 4GJ9A 3LIQA 4YCTA 3IAWA 3WB4A 2QAKA 5P0SA 5P0GA 3ZMGA 2NNPA 5P62A 1UPJA 2V16C 4Q1NA 3D91A 1T7IA 1Z1RA 4YD3A 4K9HA 5OZGA 7UPJA 5P1KA 2IKUA 4WTUA 4Y3JA 4Y4EA 3S45A 3QAAA 4RYGA 2QZXA 4KB9A 4OBJA 3OQKA 4GMIA 3VYEA 4YBIA 3ZPUA 5P5CA 2WF0A 1DW6C 5P0YA 1A8GA 3JVYA 3KYRA 2WJOA 5JFPA 1KJ4A 5OZ3A 3VYDA 5P44A 5HDVA 4GZFA 1HPSA 4EJ8A 2AODA 4J1EA 1ODWA 5SY3A 4Y5EA 2ER0E 1GVTA 5ER2E 3INDA 3K4VC 1XDHA 1LYBB 5KR2A 2F3KA 3KN0A 5P1XA 2WHHA 3K4VA 5P14A 5T4SA 2VKMA 3UQWA 4AMTA 2I4XA 5P6OA 5P8TA 2PYMA 1TCWA 1T7KA 5KR0A 2OHSA 1YM4A 4R92A 4Z4XA 3RSXA 2ER9E 4OBDA 2I4VA 1EC1A 1FFIC 3EM4A 1IVQA 5P3OA 5P8LA 5HVPA 5P7FA 3F9QA 4MC1A 1K6TA 3O9IA 1HTEA 5P6QA 5P34A 1WBMA 3OU3A 2QCIA 4ACUA 4LXMA 3OTSA 4J5JA 5P79A 3ZKQA 4XX4A 4HDPA 5I3YA 4EHCA 2ZHVA 5P2YA 4J0ZA 1EPRE 5P5ZA 1HPXA 4ER1E 1B5FB 2QNPA 4DJPA 5P4RA 3DK1A 3HVPA 4J1IA 1K1TA 3QBHA 2NMYA 1LEEA 4D8CA 4EXGA 5KAOA 4DH6A 1MPPA 5OZRA 5UPJA 5AHAA 5SXNA 3BGCA 3ZKMA 3CKPA 2AOHA 4GIDA 5P7GA 1B6MA 3HBOA 5C9DA 2BPVA 2V10C 5P57A 4K4QA 5P0XA 5P42A 3PGIA 5P7MA 5DQ4A 4PZWA 2A1EA 1SDVA 4XX3A 4QJ9A 1EC2A 4GJ6A 5P1MA 2IS0A 3TPJA 1ODYA 3NU9A 3VF5A 5P67A 5F00A 5OZ0A 1MSMA 4FL8A 3UTLA 5P0ZA 3GGUA 5P16A 4D89A 1FG6C 5FIVA 3BXRA 3K5FA 3UHLA 1VIKA 4BFDA 4FRKA 4RVIA 5ISJA 6FIVA 5P7IA 5J25A 2QD8A 5DR4A 5P3GA 3Q4BA 2J9JB 3LHGA 3S8IA 3HAUA 5P6FA 3O9AA 1HTFA 1HOSA 4DQBA 5P85A 4GJ7A 5OYXA 4K4PA 5IS4A 2CEMA 2G94A 3VYFA 2SAMA 5P2BA 5P4OA 5P4IA 5P36A 1OEWA 5P8DA 1C6XA 3ER3E 3VFBA 4I0EA 4I0DA 4J0PA 4DJVA 4H3IA 2ZGAA 1LF2A 4CMSA 4DJWA 5P29A 3DCKA 3OHFA 2I4QA 3GGVA 2G20A 2AVQA 3MXDA 3PI5A 5P2XA 1LYAB 2AOJA 3NU4A 3SO9A 5P3AA 4FS4A 2BKSA 2RKGA 4RRNA 4OBKA 4K4RA 4EXHA 3DUYA 5P3NA 4NKKA 2G27A 5P0VA 1GVXA 3NU3A 1JLDA 3FX5A 3VSWA 2RENA 5P0CA 3OU4B 2PK5A 3IVHA 4J17A 3CIBA 4GJ5A 5OYVA 1HVLA 3UQPA 3OXWA 2PQZA 1HIHA 5P1PA 4TVGA 5P7ZA 3UDMA 1GKTA 5P1RA 1KJ7A 1FQ7A 1IZDA 3FNUA 5P6VA 2WKZA 4OBZB 5OZ1A 4F74A 4NPTA 5P72A 5P8NA 4BFBA 3L5FA 4JP9A 3EKWA 4J1CA 5P4WA 5P3UA 5P5NA 3DV5A 3I7EA 3L3AA 4Y4XA 2NXDA 1ZBGA 3T7PA 1PROA 1UH8A 3OXXA 4HZTA 2B8LA 3CKTA 3OUAA 3OU1A 3OGPA 5P4HA 1UH7A 5P5KA 2PSGA 5EZZA 4Y57A 2FDDA 4Y3YA 4FE6A 3VF7A 2ZJMA 1YTJA 4FSEA 5P7RA 1YTHA 4Z22A 5B18A 5OZNA 4D88A 4ZE6A 4QJ7A 3SA9A 3O99A 1W5WA 1EBKC 3DOXA 4WY1A 4ZSRA 5P5XA 3QI1A 2QD6A 5P60A 4FCOA 1BXOA 2P3BA 5P2CA 2UXZA 4Y5NA 1FKNA 4CPWA 3TPRA 4YOAA 3U6AA 3PBZA 4I0HA 2B7ZA 5OZCA 3KFSA 5P3HA 3S53A 5P76A 1T6EX 3PLDA 2BPWA 5OZSA 4KE1A 1B6LA 2Q5KA 3PVKA 5P0DA 3UDPA 5DR1A 4NJUA 4JPEA 5P5HA 3URJA 3AIDA 1TW7A 3SA7A 4TVHA 5P3KA 3OADB 4OC6A 1G6LA 4Y3PA 1FQ8A 3PSYA 3PEPA 3TOFA 1QBUA 5OZEA 1HHPA 2VJ9A 4X2LA 4ER2E 5P8JA 3FSMA 5P17A 1YTIA 3QPJA 3LZYA 3RSVA 3NWXA 5P2WA 3HAWA 3D1YA 1HVJA 2VIJA 1EPNE 1IZIA 5DQ1A 2P3CA 5P6KA 4PPHA 5OZYA 4CPTA 1HRNA 1KJGA 2APRA 2ZDZA 5P8FA 4Y51A 4LBTA 1YM2A 4Y3ZA 3BGBA 3QVCA 3I25A 5P5JA 5P6WA 1Q9PA 2AOFA 2F81A 4CPQA 3BVBA 2B60A 5F01A 5P24A 3NUJA 2NR6A 4B1DA 5P52A 1FMUA 3SKFA 5P43A 2BKTA 2QI6A 5P0LA 4RZ1A 5P6JA 1APUE 2EWYA 4X7IA 5P7EA 4Y4DA 4Y41A 2R8NA 2AZCA 2WF4A 3CKRA 3QROA 2BQVA 5P50A 2HS2A 4DV9A 3DM6A 2BJUA 4Y4UA 2BPYA 2R38A 5P3SA 3MSJA 3OWNA 4QJ2A 5P08A 1ZSRA 3O9HA 1LF4A 4BEKA 2P3AA 4DJUA 4Y35A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WZ7 A;  3HD8 A;  1IVP A;  3IVI A;  5E5J A;  3I8W A;  2UPJ A;  2QNN A;  3D3T A;  2ZJN A;  2O4N A;  5P1Z A;  2PYN A;  4Y39 A;  5P7P A;  1YX9 A;  4I10 A;  5P5O A;  3JW2 A;  5P8Q A;  2JYS A;  5P07 A;  5ISK A;  2PMA A;  4COE A;  1HVR A;  2ZHT A;  1U8G A;  5I3W A;  2G1S A;  3LIN A;  3UDN A;  3SA3 A;  2OHL A;  3Q6Y A;  3R1G B;  5CLM A;  3R0W A;  5P01 A;  5AHC A;  4NJT A;  1HTG A;  3TKG A;  3PWM A;  2G69 A;  4LXK A;  3UDK A;  3L5D A;  4AZY A;  5P5S A;  2OHK A;  5P7C A;  1CMS A;  3EC0 A;  3EM3 A;  1RQ9 A;  3OQA A;  1LF3 A;  1D4K A;  1MT7 A;  4GJ8 A;  5P18 A;  3IA9 A;  4A6C A;  4Y3H A;  5P4N A;  5P3P A;  5KQF A;  4ZPF A;  2Q55 A;  5P1H A;  4FRJ A;  1HEF E;  2OHR A;  3EM6 A;  1K1U A;  5P03 A;  1IBQ A;  3KFR A;  1EPM E;  3OAD A;  5P05 A;  5P30 A;  4AUC A;  4Y3N A;  4GB2 A;  3EKV A;  1HSH A;  4Y3G A;  4I0I A;  5P6B A;  4Y50 A;  1EPP E;  4Y3M A;  5KQY A;  1BDL A;  3EMY A;  1BWB A;  3TL9 A;  5ENM A;  3RTN A;  5P8B A;  5OYQ A;  5P5E A;  4NPU A;  4Y53 A;  2O4L A;  5P66 A;  3KDD A;  4DFG A;  5P0Q A;  1MRW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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