1GVVA

Five atomic resolution structures of endothiapepsin inhibitor complexes; implications for the aspartic proteinase mechanism
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Five Atomic Resolution Structures of Endothiapepsin Inhibitor Complexes: Implications for the Aspartic Proteinase Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
total genus 86
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2002-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvvA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvvA01
3QRSA 1B11A 2QK5A 2QI4A 3KFSA 1W6HA 1BVEA 2FXDA 2WECA 3FKTA 4EPJA 5P5UA 3GI6A 3UF3A 3LINA 5P2LA 1EBKC 5P3BA 5P33A 3D1ZA 3ZLQA 4I10A 3L38A 2NXDA 3JVWA 4YCKA 2FDDA 1EPQE 4I0GA 5P8MA 4ZPEA 1AJVA 1ZBGA 2QMFA 1GNMA 1W5VA 3TH9A 1FFIC 1YM4A 5P1JA 1A8KA 3HAWA 3O9FA 1AVFA 3IVHA 5P8QA 3SKGA 1SMEA 5DR4A 5P3CA 4GJBA 5P5XA 5P32A 1MIQA 2QAKA 2G26A 4JOOA 4KE0A 5P3QA 4DJXA 5P1LA 1PPME 2QD7A 1AM5A 1HPOA 3OQDA 2VJ7A 5P47A 2IKOA 2Z4OA 4RROA 4XX4A 4Y36A 5P1XA 5HD0A 2ZHTA 3DUYA 4IVSA 3TPRA 1LF2A 5OZQA 1K6CA 2FIVA 5P0MA 2WF4A 3GGXA 2ZJIA 4YD6A 5P66A 4AZYA 4AMTA 5P4SA 1XL5A 3G72A 2OHMA 1MTBA 2HM1A 3SA6A 5P8KA 4JPCA 5P27A 2AIDA 5OZMA 3WZ8A 5JFPA 5COKA 5P51A 2Q63A 2F3EA 5OYTA 4Q1XA 4WY6A 1CMSA 2ZJNA 3L5EA 5P4XA 2V10C 3DOXA 5P07A 3H0BA 5P40A 3WB4A 1FGCC 3BC4A 3OWNA 3O9DA 5P7VA 1C6YA 1Z1RA 1UH8A 2I4UA 1XS7D 1MUIA 4ZE6A 5OZYA 5P0WA 3QRVA 4TRYA 5P5VA 3LZYA 5P7EA 5P4JA 4QJ9A 5P09A 3OGPA 5P5FA 5P35A 4Y5KA 3INFA 3NDWA 4D89A 4J0PA 4B00A 4QGIA 5P5MA 5P1CA 2XYFA 1RNEA 3PHVA 4YE3A 5P0AA 4J0ZA 3PSGA 4L7GA 5P4MA 4FAEA 1G2KA 5P6ZA 2R9BA 1D4SA 5P85A 3NXEA 5AH8A 2EWYA 5P6VA 4Y9WA 1IDAA 3TKWA 2BPYA 4BEKA 1W5YA 5OZNA 5P7YA 3S43A 2OF0A 4I8WA 7HVPA 3OOTA 2G21A 5P6TA 3O9EA 4ER4E 5P7PA 3KYRA 2QI0A 5BS4A 4Y3HA 1META 3SFCA 3U6AA 2UPJA 1ODXA 3PEPA 1ZPAA 4FSLA 4GJAA 1YTIA 5DR8A 3T7QA 2BKSA 3L5BA 5P39A 1IVPA 2MIPA 1GVUA 5P65A 3CKRA 2IGYA 2NR6A 1KJGA 3S7LA 1HIHA 5P11A 4M8YA 2QZWA 4DUSA 5KQFA 2O4SA 2VJ6A 5AHAA 1UPJA 1K6TA 3FIVA 3EKVA 2I1AA 1FLHA 1C6ZA 1HTFA 3GI5A 1HTGA 4DV9A 3OQAA 4F75A 4RYCA 1IIQA 1BWAA 3ZPSA 4FM8A 2J9JA 5P5ZA 5P0LA 3S45A 5ISKA 4RLDA 3OXXA 4Y4AA 1FQXA 3UQRA 5P2BA 2QHYA 4RZ1A 4Y3RA 3PWWA 5P45A 4YD3A 1HRNA 2V12C 3SA8A 2HPEA 4RVXA 3SABA 2PC0A 3TPPA 4NJTA 3VEUA 4LXKA 2QI1A 3RSVA 3BXSA 5P6EA 1BV7A 3KFNA 4PZXA 4Y5GA 5P04A 1UH9A 4R8YA 3S53A 2WHHA 3K5GA 1HEFE 3I8WA 4J1EA 5OYRA 4YD5A 5P7RA 5P0NA 1C70A 3HBOA 3NU5A 4ZLSA 4RGHA 1TQFA 4Y5NA 2PYNA 4Y3EA 4FIVA 5P0QA 5EZXA 4I8ZA 1B5FA 4I0IA 5P77A 4EP3A 5ISJA 1M0BA 2P3AA 1LYAA 1B6KA 5P1QA 5P6IA 5P0OA 2OHRA 4FRKA 1KJFA 1K1UA 1Q9PA 4FRIA 4CPSA 5OZEA 3QVCA 5P2SA 1BDQA 5P6AA 1EC3A 1E5OE 3OTYA 5COOA 2OHTA 3SQFA 2I0DA 1EPME 4D88A 4DJVA 5P29A 5P2AA 3OAGA 3O9LB 5HCTA 4YBIA 3BUFA 5P6XA 4J0YA 2UXZA 5P8FA 4GJ8A 2XYEA 3DCKA 1FQ6A 1DP5A 5P4IA 4XKXA 5P89A 5P1YA 5P6WA 4FAFA 1IZDA 4B78A 1FG6C 2QZLA 5P5QA 5P43A 4OBJA 3VSWA 4BFDA 4YD4A 4FRSA 5DR0A 5P2DA 2Q15A 5P5KA 3PBZA 5P10A 5P2FA 4OBZB 5OYUA 1DAZC 1UH7A 3K5CA 5P62A 5SZ9A 1MPPA 4Y6MA 2O40A 4JECA 5P7BA 5IE1A 2H6TA 5P0ZA 5P68A 2G1YA 2FLEA 3OXWA 4K4RA 2APRA 5P3EA 2AOFA 4ZSRA 3UDMA 5P52A 5I3VA 3QBHA 4Y45A 1HSIA 4Y5MA 3PMYA 5E5JA 2Z54A 4CPRA 5P1AA 3U71A 4D85A 2F3FA 1ZP8A 3SA7A 1XE5A 1PPLE 3B7VA 4Y5BA 4Y53A 3CYWA 1AJXA 2VIYA 1YG9A 5OZ1A 5P5NA 2G20A 4ZPGA 3ZKNA 5KR0A 3SA4A 2ER0E 2RKGA 5P14A 3PCZA 3DV5A 1RPIA 5P6QA 5P2HA 2R8NA 4OBKA 4I0DA 2ZHRA 5P3XA 3L3AA 1MERA 4I0HA 3BUGA 2NXLA 5P0VA 5P3PA 3OOZA 3VLAA 3EM3A 3L58A 1HEGE 5P30A 4K4QA 2BB9A 5AGZA 1FQ5A 1LYBB 4Y5PA 5P0UA 4Y3JA 4OD9B 3OU1A 1F7AA 4YD7A 3ZKXA 2SAMA 3BXRA 2Q55A 4PYVA 2G1RA 3OGQA 2I4DA 4Y39A 5P83A 4Y4TA 5P2YA 5KR2A 5P0TA 5P1FA 1KJ7A 3HZCA 5P4GA 5P13A 3PSUA 3LITA 2WEZA 4HZTA 5P28A 3LIQA 1U8GA 3TOGA 5P7TA 5HVPA 2JE4A 3EKTA 5P6KA 2WF1A 3LIYA 3PWRA 5P4BA 3VV8A 5KQZA 1QBTA 2QMGA 3KMXA 1SIVA 4GJDA 3QPJA 1QBRA 1LYWB 5P5WA 2ER6E 3VCMA 5OYXA 1HVHA 5P4UA 4Y5CA 3LIXA 3O9AA 1LZQA 5P8OA 5P1WA 1B6MA 2O4LA 2QNQA 3S7MA 4PPHA 4ACUA 2AOIA 4F76A 3VFBA 4OBFA 1MSMA 4PEPA 4L7JA 5C9BA 1RL8A 3MSJA 5HDVA 5P6CA 5P7KA 1D4YA 5OZPA 3O9HA 4H3GA 3APRE 1EPOE 3CYXA 4OC6A 3RTNA 3RU1A 5P8NA 3MXEA 5P15A 5P1MA 5P71A 3D20A 3PMUA 4MC2A 2QNNA 1SMRA 3INEA 5DQ5A 3KMYA 3QVIA 3EMYA 3TKGA 3TOFA 2WJOA 5P87A 4RCFA 5P0KA 1OEXA 2QP8A 2QI5A 3OUDB 5P5GA 5P7WA 1EBWA 5P69A 4FGXA 5OZSA 2AOGA 4CMSA 2HC0A 1HSGA 5FIVA 5P3UA 1EPPE 4TVGA 2F3KA 3Q5HA 5P12A 5P74A 3R0YA 1SIPA 5P05A 5P1KA 5P2NA 3I6OA 3PM4A 2VNNA 4DI2A 3VYDA 5P72A 3KT2A 5P6OA 1D4LA 5P7AA 3O99A 3UTLA 1WBMA 4YDFA 2ZJMA 3EL4A 1SGZA 5KR1A 2P83A 4NJUA 4NPTA 5P6UA 5OYVA 4HLAA 3L59A 3S54A 3URLA 4B72A 1GVTA 1ZSRA 4Q1WA 5P67A 5P64A 2OAHA 5P06A 1HIIA 2P3DA 3NYGA 3SKFA 2QD8A 2IENA 4OBDA 3C9XA 3MXDA 3KF0A 1HVIA 5OZWA 3QS1A 1HPVA 4Y5AA 2ZE1A 4DQEA 3DM6A 5P01A 2O4PA 1K2BA 5P8EA 2XFIA 5P0SA 5P0DA 4B70A 4L6BA 1HXWA 4Y35A 2QI6A 4EXHA 1EBZA 5DR1A 5P1EA 3H5BA 4I12A 4L1AB 2QU2A 2R38A 5P7XA 5SY2A 3S85A 4APRE 4Y3XA 4Y57A 4RVJA 3KDBA 3PVKA 5P1HA 5P6RA 5P6DA 2HB4A 4RYGA 5HU0A 2PK5A 4FRJA 3LZVA 1PSNA 2RKFA 1JLDA 2QZKA 3UDJA 5P3OA 4QJ6A 5P55A 1BDRA 2HIZA 5I3YA 2ZHSA 2R3TA 2P3BB 4COEA 3B80A 1FIVA 4YCYA 4Y41A 2V00A 2V11C 3PGIA 2B7FA 5OYSA 1TZSA 4Y58A 4YHQA 3SPKA 2FGVA 3KDDA 5OZOA 5P59A 3HVPA 2B42A 3L5DA 5P6YA 4CKUA 4J54A 5P3WA 4HDPA 5P8JA 4Y50A 3IN3A 1VIKA 2IKUA 5P70A 1BDLA 3OXVA 4R92A 1HVKA 4EXGA 4J5JA 2B8VA 4CPTA 2P3CA 5P7SA 2PQZA 1TW7A 1FQ4A 4RRNA 1FFFC 1FQ7A 1QS8A 2H6SA 3OXCA 5P4PA 5P7ZA 5COPA 3BRAA 1W51A 5HTZA 2PH8A 2G1NA 1D4IA 1G0VA 5P6PA 1LEEA 3OADB 3HD8A 2CEJA 4DQBA 1T3RA 3ZOVA 4RRSA 3K4VA 5IVRA 5AH6A 4Y4ZA 1MSNA 3NDTA 4FM7A 3GGVA 1MRXA 5P1PA 1T7JA 3K4VC 4Y3NA 1EBYA 3URIA 2PMAA 4B0QA 4Y3TA 4BELA 2QI7A 5P0XA 5P4QA 4OBGA 1HPXA 5P4YA 1AIDA 1ZLFA 5I3XA 5P4EA 3D1XA 3DJKA 5P82A 5CONA 4JP9A 3SA3A 2AVQA 1FF0C 3ER3E 3R0WA 1W5XA 1BBSA 5P17A 3MWSA 2VS2A 4H3IA 4MC9A 1AZ5A 1ENTE 4MC6A 4H3FA 3PRSA 5APRE 2I4QA 4FCOA 5P1SA 3PBDA 4I0FA 5P2CA 1SGUA 5P88A 3ZPTA 1T7IA 2OHNA 2R5PA 3BUHA 3WB5A 4LP9A 1IZHA 5P3LA 5P5EA 2RENA 3T11A 3NDXA 1AXAA 3BGBA 5P1VA 2OHSA 5TOLA 3QAAA 5P2IA 4WTUA 5P4ZA 5P0JA 5PEPA 4AUCA 2I4XA 4EWOA 4DQFA 3TOHA 3TLHA 3ZKMA 5P7IA 3SA9A 5P6FA 3GI4A 3FNUA 2V0ZC 4Y51A 3PLDA 5P7OA 5P86A 3HDKA 3LPIA 2AOHA 3UFLA 5F00A 2AODA 1EEDP 1IVQA 1WBKA 5F01A 5OZGA 2J9KA 2IEOA 2WEAA 4DPFA 4J0TA 2O4NA 5P2VA 6FIVA 3FNTA 2PYMA 2FXEA 5P4VA 5P6JA 5OYWA 2B8LA 2HS2A 4KUPA 4DQCA 5JFUA 3EKWA 2A4FA 3URJA 3EBZA 4U7VA 4ZIPA 4X7IA 4LXAA 5P5JA 3OY4A 4GJ5A 4BFBA 5P46A 1FMBA 4FM6A 1QRPE 5P4TA 3OU3A 1E81E 4PZWA 4Y4DA 1TCXA 5P5DA 2WEBA 3LZUA 1IZIA 5P54A 3R2FA 3EL5A 3QBFA 3O9CA 1APTE 4EHCA 2ANLA 1NPWA 2WKZA 3EM4A 5EZZA 1B6PA 6APRE 4B77A 3S43B 5OZAA 5P7HA 3DCRA 2G69A 5HDXA 4NJSA 1MVPA 3LHGA 3WSJA 4J55A 5P5IA 3ZL7A 1K2CA 5OZUA 4WY1A 3F9QA 3D1YA 3KFRA 3VLBA 5P6HA 1ODYA 1GVWA 4ZSPA 4Y43A 4Z2ZA 3INDA 1BV9A 3UFNA 1W6IA 3CMSA 1QBUA 4LXMA 2FNTA 3K5FA 3NWQA 4APEA 9HVPA 3EKPA 5JODA 2ZJKA 1GNNA 4EJKA 3CIBA 3DK1A 1T6EX 3NR6A 4Y54A 2ZHUA 5OZZA 3NU6A 2HAHA 5P0GA 1APUE 5P8UA 3K5DA 3QRMA 3ZKIA 3SM1A 5P2EA 4HE9A 1ZPKA 3ZMGA 3EL9A 6UPJA 3UDRA 2NMYA 2J9JB 3UQUA 4Y3DA 5P2RA 3PSYA 1A94A 1KZKA 3HAUA 4RCEA 5P8RA 4CPXA 5P8IA 4ER1E 1M4HA 2PWCA 3T7XA 3KT5A 5OZDA 1OD1A 5P8LA 3OUBA 1IZEA 4UPJA 1FG8C 5P4AA 4J1IA 1NSOA 3KFPA 4B05A 4XX3A 2QHZA 5P58A 3VF3A 1LF4A 1XN2A 4FE6A 5P4OA 3R1GB 4Y3QA 4U8WA 3OU4A 5P2QA 5P7MA 2ASIA 4J1FA 2I4VA 1QBSA 2G94A 1SP5A 3OHHA 2QZXA 3EM6A 3NU4A 4Y3SA 5P3RA 4QLHA 1MT9A 1B5FB 1FMUA 3VV7A 3ZKGA 1HVRA 1LYAB 4F74A 5P4DA 3D3TA 3IXOA 1MTRA 1CPIA 5P0EA 1EPLE 5AH9A 5P3DA 4YOBA 2Q11A 5P8PA 5T4SA 1HSHA 3Q3TA 1HIVA 5P5YA 5BRYA 1EC1A 3LNKA 4GMIA 5OZ3A 1SBGA 2QI3A 3OAGB 1W50A 2VJ9A 1BIMA 5P34A 3OK9A 5OZHA 5P6NA 3S56A 3U7SA 1Z8CA 4Y48A 2BPVA 4DJOA 3UQPA 2AOCA 1T7KA 2AOJA 1HXBA 5P56A 2RMPA 1ER8E 2HB2A 5P5HA 5P8BA 1YT9A 4R91A 2F80A 5P1OA 3PI0A 3SAAA 2G1OA 2RSPA 2WF3A 2JJIA 5P0BA 4DJUA 4A4QA 4EJLA 2JYSA 3VF7A 2BKTA 5J25A 5JG1A 1RQ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QRS A;  1B11 A;  2QK5 A;  2QI4 A;  3KFS A;  1W6H A;  1BVE A;  2FXD A;  2WEC A;  3FKT A;  4EPJ A;  5P5U A;  3GI6 A;  3UF3 A;  3LIN A;  5P2L A;  1EBK C;  5P3B A;  5P33 A;  3D1Z A;  3ZLQ A;  4I10 A;  3L38 A;  2NXD A;  3JVW A;  4YCK A;  2FDD A;  1EPQ E;  4I0G A;  5P8M A;  4ZPE A;  1AJV A;  1ZBG A;  2QMF A;  1GNM A;  1W5V A;  3TH9 A;  1FFI C;  1YM4 A;  5P1J A;  1A8K A;  3HAW A;  3O9F A;  1AVF A;  3IVH A;  5P8Q A;  3SKG A;  1SME A;  5DR4 A;  5P3C A;  4GJB A;  5P5X A;  5P32 A;  1MIQ A;  2QAK A;  2G26 A;  4JOO A;  4KE0 A;  5P3Q A;  4DJX A;  5P1L A;  1PPM E;  2QD7 A;  1AM5 A;  1HPO A;  3OQD A;  2VJ7 A;  5P47 A;  2IKO A;  2Z4O A;  4RRO A;  4XX4 A;  4Y36 A;  5P1X A;  5HD0 A;  2ZHT A;  3DUY A;  4IVS A;  3TPR A;  1LF2 A;  5OZQ A;  1K6C A;  2FIV A;  5P0M A;  2WF4 A;  3GGX A;  2ZJI A;  4YD6 A;  5P66 A;  4AZY A;  4AMT A;  5P4S A;  1XL5 A;  3G72 A;  2OHM A;  1MTB A;  2HM1 A;  3SA6 A;  5P8K A;  4JPC A;  5P27 A;  2AID A;  5OZM A;  3WZ8 A;  5JFP A;  5COK A;  5P51 A;  2Q63 A;  2F3E A;  5OYT A;  4Q1X A;  4WY6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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