1HBVA

A check on rational drug design. crystal structure of a complex of hiv-1 protease with a novel gamma-turn mimetic
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title A check on rational drug design: crystal structure of a complex of human immunodeficiency virus type 1 protease with a novel gamma-turn mimetic inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hbvA00
1FB7A 2ZJIA 4Y44A 3S8IA 4R93A 5P5KA 3KMXA 2QP8A 4K4QA 5P6AA 2OAHA 4Q1NA 1A8KA 2O4KA 4NPTA 5P45A 4Y38A 5P01A 1MUIA 4Y4UA 3R2FA 5COPA 2I0AA 3PWMA 4QJ8A 4Y5NA 4Y43A 2NTRA 5P1MA 5P04A 2R9BA 3NSHA 5OYRA 2HM1A 4I0ZA 3UQRA 5SXNA 5P3TA 1PSOE 3OUDA 3IAWA 2FMBA 4I8WA 5P8EA 3PBZA 2WKZA 3HVGA 1B6LA 3BVBA 5P5EA 1AZ5A 1LEEA 5B18A 5P2KA 1W5WA 4Q1XA 3QAAA 1LYBB 3EKPA 4I0HA 4I0GA 1MSNA 3O9BA 4YCTA 5P3LA 4J1EA 4YOAA 5P54A 5P77A 3OADA 2QZWA 3BXSA 4X2LA 3TNEA 2G1RA 5P5ZA 4YD5A 5AH6A 4RVXA 2Z54A 2QI3A 5P5NA 1BWAA 5P09A 5P7OA 5P2OA 3MXDA 2AZBA 5P1UA 2IKUA 5P7XA 1EBYA 2ANLA 5HE5A 3SABA 5P3JA 3L5BA 5ENKA 5P3XA 1YTIA 4OBFA 4OC6B 4DJUA 4HA5A 4L7GA 5P2ZA 3OHFA 3NWXA 2HPEA 1GNMA 2QMDA 5P02A 1FQ5A 5HDVA 1VIJA 4FE6A 2QI0A 3O9LB 1DW6C 1E82E 3QP0A 3URJA 3MXEA 3BRAA 5P8IA 3NR6A 2AOHA 5P8GA 1M4HA 2G27A 1Z1HA 2VNNA 4Y4EA 3BXRA 1HVSA 3L5CA 3OUCA 4MC6A 1AAQA 1A30A 3IXOA 5P6HA 5P4SA 1KJ4A 5DQ2A 3URIA 1B5FA 2ZHVA 2AVMA 3DCRA 5P0CA 3TL9A 3QVCA 3IN4A 4YD4A 5P2FA 3PI5A 3K5DA 2Q54A 1N49A 3KFRA 2G69A 4Y3FA 4EXGA 2CEJA 2P3DA 5P80A 2B8VA 5P1AA 5P1OA 3DK1A 1B11A 4Y3NA 3KT5A 1WBMA 3RSXA 3UQXA 2R38A 3LIYA 4GZFA 3OU4B 4Y4BA 1K2BA 2Q3KA 1OD1A 1MT7A 1Q9PA 3NWQA 1IBQA 1QBTA 2QU3A 1RPIA 3B7VA 4Y3HA 4GYEA 5EZZA 3PBDA 3SLZA 3IVHA 3QPJA 1IIQA 4NJTA 3EMYA 2AODA 4N00A 3PRSA 1HHPA 5P0MA 2F3EA 2I4WA 3UDRA 3ZPUA 2ZJMA 3L58A 4EXHA 3K4VA 3PSUA 3O9DA 4Y47A 3OWNA 5P4FA 4JOOA 5P7QA 2NXDA 1MESA 5P7MA 1ZTZA 3PCZA 4DJVA 3B80A 5OZIA 2ZJLA 5P1EA 2ZE1A 2IDWA 4ACUA 2RSPA 4CPUA 2HAHA 5P8AA 1EPME 5P6ZA 1A8GA 4DQFA 3NDTA 4H3IA 5P1YA 5P0HA 4ER2E 3TPRA 3FNSA 4DUSA 1B6JA 2Q64A 3O9CA 2ASIA 1HSIA 2XFIA 5P03A 4JPEA 2H6SA 1YTGA 3OXXA 1BV7A 1BDQA 5P5UA 4Y3XA 1HSGA 3S7MA 2IQGA 1FF0C 4FCOA 1G35A 1YTJA 5P52A 4B72A 3BVAA 3S56A 1AXAA 1IDBA 3Q70A 3VF5A 4CP7A 1KZKA 3L5EA 5P2EA 1KJ7A 3I25A 1A9MA 3GI6A 4QJ9A 3UDNA 3HZCA 4GB2A 4L1AA 5P0IA 4R92A 5P35A 4GJ5A 5P8RA 2R3WA 3KA2A 4RVIA 2IEOA 5AH9A 5OYZA 5P2IA 5HD0A 5P6KA 5DR0A 2IL2A 3S43B 4DJQA 3TPPA 5P71A 5AH8A 1FFIC 4FGXA 1EPLE 3DM6A 1KJHA 1DP5A 2QU2A 4YE3A 2XYEA 5DR8A 4TRZA 4FS4A 2NMZA 3EBZA 2EWYA 3QIHA 4AUCA 3VYEA 3PCWA 4B78A 4R8YA 1FEJC 1RNEA 5DR7A 1TZSA 2QMFA 1HSHA 3KT2A 3TTPA 3QRVA 1T7JA 5P3BA 1APVE 3EM4A 2H6TA 2J9JA 5P1DA 2ZJNA 2OHPA 3Q4BA 1EEDP 3SA7A 2VJ9A 5P5RA 5P8TA 4CPTA 3VFAA 1BDLA 3DCKA 1OHRA 1HVIA 2B7FA 2V11C 5OZ7A 3OADB 2JXRA 3NU4A 5P1VA 1ZPKA 5P7PA 1XDHA 2UY0A 3T7XA 4U7VA 3EKTA 2HS2A 2R43A 5JFPA 2PK6A 1K6CA 5AHBA 5P5JA 3GI0A 1IZHA 3LZUA 2NPHA 3ZLQA 2AQUA 1BWBA 4Y3YA 5P23A 2PWRA 3TPJA 4KUPA 2AOEA 4XX4A 1MIQA 1J71A 3UDYA 2NNPA 3OOTA 1AIDA 5KOQA 3LIVA 4BEKA 5P11A 4E43A 2F8GA 3EM3A 3G72A 5P24A 5P4NA 3LIQA 5AH7A 1W5VA 3EL4A 1FQ4A 2PWCA 2VJ6A 1HPOA 5P7JA 4GJ9A 2BQVA 4GJDA 2VIYA 3QBFA 4KE1A 4M8YA 3IN3A 1KJFA 1XE5A 5P5VA 4OBZA 4Y3ZA 1DIFA 5P2AA 5P5HA 3I7EA 1BV9A 1FFFC 4PEPA 3QS1A 4Y3AA 4HEGA 1NPAA 1IVPA 4Y4DA 3O9FA 5P0QA 4Y39A 5OZ1A 1YX9A 5HE7A 5P0UA 5P4JA 1FQ8A 3ZL7A 4WTUA 1B5FB 3UDPA 1HIHA 5C9FA 4B1DA 5P5QA 2RENA 4Y5PA 4D83A 3KN0A 3DUYA 5KR8A 1META 4CKUA 3APRE 4Y58A 1OEWA 4GJBA 4APRE 3VYFA 5P1IA 1HIVA 1FG8C 1B6MA 5P2YA 5P3GA 2FNTA 4FLGA 4EJKA 1HIIA 4F76A 5P0VA 4K4PA 5P2QA 2MIPA 1W6IA 2BJUA 3RSVA 1T7KA 3NXNA 4RRNA 4A6CA 5P8MA 2P8HA 5P2VA 5P25A 1SBGA 1OEXA 1C6ZA 5P5TA 1NSOA 2OHKA 5HDUA 4GJ7A 2V16C 1FG6C 2VIZA 4R5NA 3MSJA 5P43A 4CPRA 4BFBA 5OZ2A 3TKWA 5OZ8A 4I8ZA 2FDPA 4GJAA 2NMYA 4B05A 5UPJA 5OZSA 1IZEA 5P3YA 3EL1A 2A1EA 5P89A 1DPJA 1TW7A 2OF0A 2G94A 4DI2A 4EPJA 2AOIA 4UPJA 5P3UA 1HPXA 4Y5LA 4MC1A 5KOSA 3QN8A 1W6HA 2V0ZC 3TOGA 5P29A 2JJJA 5OYQA 1T7IA 2BB9A 2G24A 5KQFA 4J17A 4EHCA 3MWSA 5OYUA 5OZ9A 5P1KA 4K9HA 1EBZA 3VEUA 5P8LA 3HDKA 4IVTA 3GGAA 4Y4GA 4COEA 5P4GA 2WF3A 2AVOA 2B42A 5DR3A 5APRE 3PEPA 1UPJA 3IGBA 3OY4A 5P7IA 3UHLA 4DJPA 5SY3A 3S2OA 5IVSA 4J0PA 1EPQE 3OOZA 5P0SA 5P0LA 5P46A 5DR1A 5P85A 4L1AB 4YCYA 5J25A 1HEFE 4Y4TA 1SP5A 2F81A 1EBWA 5P59A 4AA8A 1ZSRA 3LPKA 2OHQA 1FMXA 5ENMA 5OYSA 3JW2A 2WJOA 3NU9A 5OZMA 2I1AA 3R4BA 3NDXA 5OZDA 3F9QA 1TCWA 5COKA 4YA8A 5I3YA 5P8FA 5P69A 5P60A 1HWRA 5IVTA 2QI5A 3TLHA 1APTE 2PYMA 2VA5A 3EL9A 5P53A 4EYRA 5DQ5A 5P0DA 3OUAA 3R0YA 3BC4A 2J9JB 5P84A 2NXMA 5P7AA 2HPFA 1HVHA 1AJVA 2VJ7A 2QD8A 3UCBA 1ZBGA 5P3WA 5ISJA 5P6TA 1M0BA 3NUOA 3NDWA 2B8LA 3U71A 1SH9A 2WF2A 1Z8CA 4ZEAA 5OZAA 5P8KA 2RKGA 3KYRA 3L5DA 3QRMA 4Q1YA 3ZKMA 2QNPA 4A6BA 5P6FA 5P1BA 4LXKA 1TQFA 2WHHA 1Z1RA 5P8SA 1W5XA 5P08A 4I0DA 1FGCC 4CPSA 4DFGA 2R3TA 5P56A 2ZDZA 3T7PA 3LINA 1WBKA 5P76A 1B6KA 5P8UA 5P1ZA 5P3AA 4Y3LA 2VIEA 5OZTA 3I8WA 6APRE 4LL3A 3KDDA 5P3MA 3LITA 5P5GA 5P5MA 5HTZA 4ZSMA 3LPJA 4GJ6A 4EP3A 2VIJA 5KQZA 1G6LA 1XS7D 5P8PA 3CKRA 4OBZB 5AHAA 1EBKC 3D3TA 5OYYA 5KQXA 1SIVA 3O9HA 1ODYA 3SM1A 1HXWA 5P1HA 3RTMA 3OTYA 1QBRA 4PYVA 1E80E 1NPVA 2UXZA 3JVYA 5DQ1A 3VV6A 2ZGAA 3M9FA 2WEBA 5P31A 2IS0A 5E5KA 3NUJA 1MSMA 4DQBA 5P2MA 2APRA 3OAGB 4S1GA 3T3CA 1TSQA 3WZ6A 4Q1WA 5T4SA 1GNNA 2WF0A 1K6PA 4Y45A 1YT9A 2PK5A 1HVRA 4FSLA 4RRSA 3ZKIA 4J0ZA 3VSXA 2OHMA 3IXJA 4H3FA 2IKOA 4FAFA 2IRZA 1QRPE 1LF3A 3HBOA 3VUCA 5OZ5A 1PPME 4NJVA 3ZPSA 1XE6A 3NU6A 4R91A 5P2LA 3LNKA 5P06A 3WZ8A 3ZKGA 5P79A 5P18A 3DOXA 2R5PA 5SY2A 4QJ6A 4ZIPA 5P7GA 5P14A 5HU1A 4RCDA 4B70A 1HVJA 4Y3QA 1ODWA 2UPJA 5OZ4A 2B60A 4Y6MA 4PZXA 2A4FA 2F3KA 3NLSA 5OZVA 4OBKA 5P6VA 2SAMA 4EWOA 2I4UA 4Y3TA 5P5LA 3UQPA 5P7SA 4YBIA 3OUBA 1EC2A 2IGXA 2PMAA 3TOFA 3PB5A 5P72A 4U7QA 4QLHA 5P4CA 3RTNA 2QI7A 3FKTA 3RU1A 1EPPE 5P1XA 4DJOA 4FRIA 4YD6A 5P17A 5P37A 1XL5A 3K4VC 2OHTA 2OHNA 5P8NA 1ZSFA 3FX5A 3PLLA 5P2TA 4CPWA 5P3EA 3L5FA 2Q15A 3D1XA 3PWRA 4RGHA 3SAAA 2P3CA 3OXCA 2O4SA 2VNMA 4ZLSA 3G70A 3Q3TA 1MRWA 4R95A 3U7SA 2I0DA 5OZBA 9HVPA 3EC0A 1PPLE 1B6PA 3I2LA 3QROA 2IENA 4GJCA 5P1NA 3RTHA 1D4HA 5P75A 3KM4A 5KR1A 2QD7A 4M8XA 3D91A 3ZKSA 4I10A 1TSUA 5P63A 4ZSQA 3INDA 5P5BA 2P3BA 2FLEA 2XFKA 2PQZA 4Y50A 2Z4OA 5P1RA 5P0WA 4L6BA 5P6NA 4Y3MA 4I11A 3OHHA 4RCEA 5EZXA 5P73A 5OZEA 3ZPTA 2AOFA 5CONA 4Y5CA 1BXOA 3HD8A 3VFBA 1FMUA 2WEAA 3ZKQA 2OHUA 4OBJA 4DJXA 5HVPA 3OUDB 3NYGA 4Y3WA 3RVIA 4KB9A 2BBBA 4KE0A 4J1FA 4NKKA 5COOA 2QK5A 3CKTA 1UH9A 2Q11A 4Y5BA 4RVJA 4RZ1A 2BKSA 3SA3A 1QS8A 3SKFA 1HTEA 1ZJ7A 2QAKA 1BDRA 1C6XA 5HE4A 5OZFA 3SQFA 5I3VA 1RL8A 4QJ2A 2VKMA 5P68A 3TPLA 1E5OE 1YTHA 3R1GB 3VV8A 4L7HA 4DV9A 5P1PA 3I6OA 4F73A 3OQAA 5SZ9A 1EPNE 1K2CA 5P13A 3PMUA 3SFCA 4YHQA 4I1CA 4F75A 1W5YA 4FM8A 4PPHA 5P38A 3KMYA 3VSWA 3BGBA 5P4OA 5P3QA 2V13A 5P5PA 3S54A 4ZSPA 2QD6A 5P5CA 3UPJA 5P28A 3WB4A 2FGUA 1HVCA 2G1SA 3IVIA 2AOJA 2P3AA 5P0BA 3PSGA 2G26A 1T6EX 1W51A 5P82A 5P6IA 3SA5A 3UDMA 1GVWA 3SO9A 2WF1A 2G1OA 2AZ9A 4J1KA 5I3XA 1IZDA 5P2BA 4ER1E 1SDTA 3URLA 1ME6A 4RCFA 4Y4XA 1M43A 1F7AA 4D85A 2AVSA 3VLAA 3SA4A 3AIDA 5P7DA 5P8CA 5P6CA 4PHVA 3S53A 2J9KA 2CENA 5PEPA 2QHCA 4YD7A 4LBTA 2WEZA 1DAZC 2QZKA 5IVQA 3SKGA 1D4KA 4HLAA 1FLHA 2NNKA 4TVHA 5P3CA 2FGVA 5P0NA 1UH7A 2ER7E 3O9GA 3L3AA 5P7RA 3UDHA 4EP2A 5ER1E 3ER5E 5DQ4A 3Q6YA 4GIDA 3HAWA 3PMYA 5P1LA 3WSJA 5P34A 5DGUA 3GI5A 3PI0A 4DJWA 1MVPA 4RROA 6UPJA 3HAUA 5P2JA 1FIVA 1IDAA 2FS4A 3LZSA 5P7BA 3AUPA 2OHRA 3T11A 4ZPFA 5P42A 2BPZA 5HDZA 5P4HA 3UQUA 4BELA 1JLDA 4FAEA 4H3GA 1FQ6A 5P8JA 1KJGA 4Z22A 4D88A 3K5FA 1AVFA 3LHGA 7HVPA 3MSKA 5P6GA 5P8VA 3OU4A 3C9XA 5ISKA 1HBVA 5OZUA 1U8GA 2ZJHA 5OYVA 3PJ6A 1G2KA 4Y4ZA 3K5GA 1SMEA 3PLDA 2ZYEA 4YDFA 1RV7A 4RYGA 5JODA 4J1CA 1YG9A 5P00A 5P6RA 5P86A 3BUFA 2I4XA 1BXQA 2OHLA 5P2UA 4LAPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FB7 A;  2ZJI A;  4Y44 A;  3S8I A;  4R93 A;  5P5K A;  3KMX A;  2QP8 A;  4K4Q A;  5P6A A;  2OAH A;  4Q1N A;  1A8K A;  2O4K A;  4NPT A;  5P45 A;  4Y38 A;  5P01 A;  1MUI A;  4Y4U A;  3R2F A;  5COP A;  2I0A A;  3PWM A;  4QJ8 A;  4Y5N A;  4Y43 A;  2NTR A;  5P1M A;  5P04 A;  2R9B A;  3NSH A;  5OYR A;  2HM1 A;  4I0Z A;  3UQR A;  5SXN A;  5P3T A;  1PSO E;  3OUD A;  3IAW A;  2FMB A;  4I8W A;  5P8E A;  3PBZ A;  2WKZ A;  3HVG A;  1B6L A;  3BVB A;  5P5E A;  1AZ5 A;  1LEE A;  5B18 A;  5P2K A;  1W5W A;  4Q1X A;  3QAA A;  1LYB B;  3EKP A;  4I0H A;  4I0G A;  1MSN A;  3O9B A;  4YCT A;  5P3L A;  4J1E A;  4YOA A;  5P54 A;  5P77 A;  3OAD A;  2QZW A;  3BXS A;  4X2L A;  3TNE A;  2G1R A;  5P5Z A;  4YD5 A;  5AH6 A;  4RVX A;  2Z54 A;  2QI3 A;  5P5N A;  1BWA A;  5P09 A;  5P7O A;  5P2O A;  3MXD A;  2AZB A;  5P1U A;  2IKU A;  5P7X A;  1EBY A;  2ANL A;  5HE5 A;  3SAB A;  5P3J A;  3L5B A;  5ENK A;  5P3X A;  1YTI A;  4OBF A;  4OC6 B;  4DJU A;  4HA5 A;  4L7G A;  5P2Z A;  3OHF A;  3NWX A;  2HPE A;  1GNM A;  2QMD A;  5P02 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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