1HEFE

The crystal structures at 2.2 angstroms resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEENSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structures at 2.2-A resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1992-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hefE00
3KFPA 3SA3A 4FCOA 2AOEA 5KOQA 1HIVA 5P37A 5P8MA 5I70A 1WBKA 5P6JA 4A6BA 2O4PA 2G1YA 1FFFC 5OZMA 5P0PA 5JG1A 5P2EA 3F9QA 2QU2A 3EKXA 3I7EA 4MC6A 2ZHVA 3ZKMA 4ZPEA 4ACXA 3NSHA 5P4FA 3PMUA 2QI7A 3DJKA 3NU3A 2ZGAA 4ZEAA 3DOXA 2I4VA 3EKVA 5P1AA 5P33A 4L6BA 1NPWA 4CMSA 5P57A 4Y3LA 4B1CA 3O9CA 5P3SA 5TOLA 5ENKA 3LZVA 5P0NA 5HU1A 2B42A 3NWQA 5P6YA 3URIA 3EM3A 5P6GA 2VJ6A 4KUPA 4Y57A 4FLGA 3QBFA 5P56A 3KDBA 1NPAA 4TVHA 5F00A 2P3BA 5AHCA 5P5LA 3PLLA 5P4YA 4YOAA 5P20A 3SO9A 3OXXA 5P8FA 3UQXA 2JJJA 3GI4A 5P5HA 3OK9A 5P1TA 4HDFA 5COOA 5P3HA 3TPJA 3OY4A 5J25A 1CZIE 5P84A 1W5VA 4Y3YA 1LYAA 2IKUA 5P7YA 4H1EA 3VF7A 5P7TA 3INFA 1N49A 3OUCA 3CIBA 2AIDA 5P65A 3G72A 3T6IA 4FAFA 5P7DA 5KR8A 5P1XA 5FIVA 3OXWA 4B77A 5P7NA 1FMBA 3NUOA 4K9HA 1APWE 1FQ8A 2RSPA 3KMYA 1ZP8A 5P0TA 3ECGA 2VKMA 5P6QA 2BPXA 3KFNA 1KJFA 5IS4A 1D4YA 2R43A 5P8QA 5P4VA 2QNNA 1IZEA 5I3WA 1CPIA 4H3FA 5P05A 1XS7D 2JE4A 5P60A 2QZLA 3EM4A 1UH8A 1F7AA 5P5RA 1BDLA 5EZZA 3B7VA 5P82A 4WY6A 5P2WA 4Q1YA 3IVIA 3QIHA 4DQCA 3SA8A 4GJBA 4Z50A 2QP8A 4YCYA 2I4DA 4KE1A 5DR1A 1FQXA 5P76A 3NDUA 2BKSA 5P2JA 2G94A 1HSGA 3QI1A 1WBMA 3TKGA 3DV5A 3AIDA 3SA7A 3VF5A 5P01A 3TPPA 2BPWA 4ACUA 5P50A 1HEGE 5P3CA 3N4LA 1HVHA 2VIJA 2IGXA 5P5XA 4EJDA 4L1AB 5P47A 1K1UA 3JW2A 3PBDA 5P0DA 2I0AA 5P2QA 3UDHA 5COKA 2P4JA 5P3QA 1T7KA 1QBRA 1HTEA 1K6TA 5P6KA 5OZ5A 5P63A 5OZVA 2AZCA 4AA9A 2BJUA 5AH9A 3SFCA 5P7WA 5P67A 5HCTA 5P54A 1GVUA 5KR2A 3FNSA 4EPJA 5P2OA 1FLHA 2XYEA 5P3AA 5KAOA 4KB9A 5P5WA 3M9FA 5P3TA 2AVMA 5OZPA 2OF0A 1T6EX 2OAHA 4D88A 4ZSQA 1BIMA 1AVFA 1MTBA 1AAQA 5P1GA 3TOHA 5P1EA 2QNQA 1AIDA 4OD9A 3UQUA 1TCWA 5BRYA 5P0IA 5B18A 5C9BA 4S1GA 4WY1A 5P5YA 3DUYA 2OHSA 1VIKA 3H5BA 2AZ9A 5P0GA 1PPME 5P55A 3U6AA 3LZUA 5P26A 5P3RA 3G70A 4DFGA 5P1FA 6APRE 3SLZA 5P30A 1DPJA 2NXMA 2BB9A 5CLMA 1A94A 5P3KA 1QS8A 5P59A 4Y3JA 4RYGA 1ZSRA 4DQEA 1MVPA 4HVPA 3PB5A 2VNMA 4FM8A 3FIVA 4LXAA 3OHFA 2XFJA 3TL9A 2FDDA 5P2HA 3VG1A 4Y53A 3D91A 1FQ4A 3LITA 5P2LA 3UDQA 3KDCA 4J0ZA 2NR6A 3PVKA 1KJ4A 1FF0C 5IE1A 3OU3A 1YM2A 2A4FA 3PSYA 3IVHA 3NU9A 5P3VA 5P7JA 1UPJA 4B0QA 2A1EA 5P0MA 4ZSPA 1ODYA 2BBBA 3URLA 4Y4JA 1XE6A 5P2XA 2FDPA 1HXBA 1QBTA 2CEMA 5P6IA 5EZXA 2PH8A 4Y43A 1QRPE 5E5KA 5OYWA 2I4XA 3KFRA 5OZYA 5P8NA 3KT2A 5OZFA 4OBFA 5OZBA 4J55A 5P2AA 5OZ4A 5P0QA 3JVYA 1C6XA 1UH7A 5P78A 3I8WA 2AVSA 3ZOVA 3MXEA 4RYCA 4Z22A 5P2RA 4DI2A 4Y48A 3Q5HA 2HM1A 5T4SA 2I0DA 2G1OA 3T7QA 1EPOE 4APEA 3VYFA 5P73A 5P06A 5P2MA 4EXGA 4FRIA 5P40A 3GI0A 3HBOA 4K4QA 3BUGA 1PSNA 4AUCA 3QBHA 4Y3PA 9HVPA 1IIQA 5P2TA 3LIQA 3BXRA 1FEJC 3BRAA 1RV7A 2QMPA 3KFSA 4Y3TA 4CPXA 3OADB 2OHKA 5IVQA 1K6CA 3UDJA 3L5FA 2I4WA 3OGQA 5P8EA 5P14A 4GJAA 4YHQA 5OZ1A 2HS2A 5P4DA 1HVJA 2G24A 5BWYA 1SP5A 4Y3AA 4HEGA 4X2LA 3K4VA 2MIPA 5UPJA 2HC0A 5P49A 5P61A 4Q1WA 3ZMGA 3UDKA 5P1YA 4DUSA 3OXCA 2AOFA 5P6EA 3EL4A 3OTSA 5OYUA 2P3CA 4QLHA 5P3LA 2WECA 4Y44A 5P5ZA 5P7LA 2WEAA 3NUJA 1ER8E 3MXDA 2XYFA 5HDZA 5P00A 5P8HA 2WEBA 3SA9A 4HZTA 1HIIA 3CKTA 3RSVA 4HE9A 1CMSA 4DJYA 1KZKA 4Z4XA 1M43A 1HPXA 4RVXA 1B6JA 2ZHTA 4GJDA 3VFAA 4Y4EA 4OC6B 5P3FA 1BILA 4Q5MA 2BKTA 5P89A 4OBZA 2HAHA 4TRWA 2RKGA 5IVTA 2F3KA 5P44A 2V13A 5P5OA 1ZPKA 3EL9A 2AODA 3RVIA 1MT7A 2QU3A 5P2IA 2VA6A 5P2YA 1HVLA 5P34A 2G1NA 2QCIA 5DR3A 1B6PA 4OBDA 5P35A 5OZSA 1EPQE 1DW6C 4CKUA 3CIDA 4B1EA 3VFBA 1TQFA 3S54A 2JJIA 3LPKA 3IA9A 3ZKNA 4LBTA 5F01A 5OYRA 5P1RA 4D85A 1ZPAA 5I3VA 3AUPA 1IBQA 3Q4BA 1FQ7A 2NTRA 3MSKA 4Y5NA 4J17A 5P4QA 2QI4A 2AVQA 2WF1A 3K4VC 4RGHA 4JPEA 1IZHA 2BPVA 3EKTA 4DJQA 2ASIA 2UXZA 5P0LA 1MT9A 5P0ZA 4FS4A 4CPTA 5JODA 4I0DA 3BVBA 5P1CA 4ZE6A 4NPTA 5OZDA 5OZIA 3B80A 1YTHA 4DH6A 5P7QA 4LXMA 3PI5A 1AZ5A 3T7PA 5P0RA 1HHPA 5IVRA 1OEXA 5P1HA 5P8OA 5P7HA 3PWWA 2AVOA 4F75A 5P69A 1ODWA 5P6MA 1A9MA 3PBZA 3S43A 3HZCA 3S53A 3PHVA 1C6YA 2QD7A 5OZRA 4JP9A 3PRSA 5P23A 5OZ2A 3NXEA 4MC9A 1GKTA 4ZPGA 5P1DA 3VSXA 1EAGA 2VJ9A 5I3XA 5P12A 4EQ0A 1UH9A 3QPJA 5P79A 1HTRB 1MIQA 4I0IA 1LF4A 5P8DA 3TPRA 3BUHA 1NH0A 2RKFA 2NXDA 1HTGA 4Y3ZA 5P1UA 5HE5A 4J1KA 5P81A 1MESA 2ZJLA 3T11A 3D1XA 1FG6C 3UDRA 5P45A 2IENA 1K1TA 3QRVA 3QP0A 4GJCA 1PROA 3PJ6A 4FM6A 4CPSA 1B5FA 4YBFA 1FG8C 2QNPA 4U7QA 1D4LA 1D4JA 1E80E 3LZYA 5DQ4A 5OZQA 3VLBA 4DQGA 3GW5A 1HPOA 5P1IA 4D83A 3GGUA 1SGUA 5DPZA 5P1QA 5OZ6A 4F74A 3UPJA 5P68A 3MSLA 3O9DA 2F3FA 4Y9WA 3CMSA 4NKKA 4R8YA 3INHA 5OZKA 5P5EA 3DM6A 5DR8A 1BV9A 5P29A 1XN3A 4L7HA 4Y5LA 2P3DA 5P1KA 2QZKA 5HD0A 4YD3A 1HVSA 4Y5CA 1HPSA 4PYVA 2FIVA 3OTYA 1A8GA 1A8KA 5ISJA 5JFUA 3ZKGA 1MRWA 5P3ZA 1LF3A 2I1AA 5P7GA 3UF3A 4ZSRA 2FXEA 5P7MA 5P27A 3D1ZA 3H0BA 5P71A 5P85A 3EM6A 2WF2A 5P6CA 5P4IA 3C9XA 3PGIA 4DVFA 2QMDA 5P2FA 5P24A 2EWYA 4Y58A 1F34A 2IKOA 3URJA 5DGUA 4NJUA 5P25A 1BVGA 5P5IA 3OU1B 3HAWA 5P7ZA 4QJ6A 4OC6A 5P36A 5P4MA 3HVGA 2I4QA 2PSVA 1BBSA 1NSOA 5E5JA 5P7PA 5P4SA 3NXNA 4Y47A 3NWXA 4L7GA 4PZXA 1K6VA 5P5QA 1KJ7A 1TSUA 3O9LB 3OQ7A 2RMPA 5P0YA 5P0BA 1OD1A 3BXSA 5P2ZA 3L59A 1J71A 5AHBA 1EPNE 5P4AA 2QI0A 1MEUA 5P0SA 4B78A 5P5GA 5OZLA 3FX5A 1D4KA 3ZLQA 5SY3A 3OOTA 4B00A 3T7XA 5KQZA 1AXAA 4Y4ZA 2VS2A 1HBVA 1Z1RA 3SM2A 1HRNA 2VJ7A 5P1ZA 5P2BA 1XDHA 2FGVA 2WKZA 4A4QA 4FRKA 5OZJA 5P0WA 1MERA 5P83A 1K2BA 1C6ZA 5P3MA 1SDUA 4J5JA 2IDWA 4CP7A 5P2DA 3KN0A 3ZPSA 3SAAA 2PC0A 5P1WA 3VV6A 3BGBA 2HPEA 4FM7A 2Q15A 2ZJKA 1META 3R0YA 3Q6YA 5BS4A 5P7RA 2FS4A 3PEPA 3TOFA 1LYBB 5P8BA 5P4WA 1HVIA 3OUDA 2Q11A 3L3AA 5P7BA 2WEDA 4LP9A 5P5UA 5OYZA 3DK1A 3QVIA 3OU4B 1BXOA 3UDNA 2R8NA 3QVCA 1SDVA 3OQFA 2IQGA 3L5EA 4FL8A 4I11A 2VIZA 1E81E 5P09A 5P75A 4Y36A 3TNEA 2QAKA 4LL3A 3ZKXA 2AOCA 4OBJA 1FFIC 2PWCA 3VSWA 4HLAA 4Y6MA 5OYQA 1TZSA 1HVKA 5OZEA 5P18A 5P7XA 5P7CA 2P8HA 5P3XA 1LEEA 4F73A 4XKXA 3FV3A 3JVWA 3SPKA 5P5NA 5OYVA 1TCXA 4F76A 5OZWA 5P2KA 1G35A 2PYMA 4TRZA 4OBKA 5KOSA 3VCMA 2B7ZA 4MC2A 3NU4A 1HEFE 5P10A 2G69A 4K4PA 1BWBA 3UFLA 4BELA 3WB4A 3SM1A 5OZCA 3RTMA 1B6KA 1LYWB 3PSUA 5P7AA 1FQ6A 5P4KA 2FMBA 3ZKQA 2FGUA 3VF3A 3FNUA 3EKQA 2QI3A 4H3GA 3L5CA 4J0VA 3CKPA 3WB5A 1Z1HA 1QBUA 3KA2A 4JPCA 5P15A 1W6HA 1HSIA 2QI6A 3OQKA 5P2UA 5P3GA 3HVPA 2HS1A 4CPRA 2WF0A 4XXSA 3TH9A 5P1MA 3OQAA 2J9JB 2UPJA 4YD6A 3U71A 4I0JA 2R5PA 5P70A 3HDKA 1APVE 4PEPA 2OHQA 3O9AA 1B11A 4GZFA 4QJ7A 4EXHA 2AZBA 3APRE 2O4KA 4EQJA 3R1GB 4E43A 3NDXA 5P1VA 5JFPA 5ISKA 1K2CA 4R5NA 3NU6A 5P5CA 1VIJA 1BXQA 5P3PA 1MTRA 2PYNA 2ER7E 4NJSA 5P5TA 1W5XA 3TKWA 1DAZC 3ZL7A 5OZHA 3LPJA 4DJVA 5P1PA 2G21A 5P4CA 1OEWA 1GNOA 4J0TA 4Q1XA 4TVGA 5P4UA 5P58A 2QMGA 4H3IA 5P1JA 5P28A 4EJ8A 3ER3E 1RNEA 5P53A 2F3EA 4YBIA 2O4SA 2CENA 5HDXA 4KE0A 5P6OA 4J0YA 2I4UA 1LS5A 4B70A 2P3BB 3PLDA 5P4JA 5P6SA 2QK5A 8HVPA 5DR7A 4GJ6A 2PQZA 5P5VA 4ER4E 3EKYA 2WEZA 4QJ9A 2J9KA 3UTLA 2O4LA 1E82E 4Y5AA 6UPJA 1G6LA 3IN3A 1YG9A 3ZPTA 3K5DA 5P0XA 3LIVA 2ZJHA 4I0ZA 4M8XA 3MSJA 3UHLA 4YOBA 2Q54A 2VA7A 3OWNA 3Q70A 4L1AA 3BHEA 1QDMA 3I2LA 4RVIA 3SACA 4YE3A 4FAEA 1W6IA 1FIVA 4RROA 5P46A 1ZLFA 5P42A 5P7FA 3WSJA 2ZDZA 4R92A 2NNKA 4Y4XA 4QJ2A 4K8SA 1AJVA 5P7KA 1EC0A 1E5OE 5P4NA 3GGVA 3BC4A 3UQRA 3S7MA 2PWRA 4H3JA 3ST5A 5P2VA 5DQ2A 4XX3A 5P74A 4J1EA 4GJ7A 5P8VA 5AH8A 4Y5BA 4I10A 4I0HA 5P77A 3OOZA 3D1YA 2AVVA 1KJGA 2Z54A 5OZ3A 5P87A 4MC1A 4U7VA 5P3EA 4Y35A 2BQVA 3NR6A 1FB7A 2V00A 5P64A 3LPIA 5I3YA 3NYGA 4YD4A 4EJKA 1PSOE 4JECA 4COEA 3SQFA 2UY0A 4Y5KA 4GMIA 5OYXA 4DJXA 5KR0A 1EBYA 1EPME 5P41A 5P0JA 3N3IA 2HIZA 2PMAA 4Y3XA 1XL2A 3R0WA 1FGCC 3IXJA 2AOHA 1EC3A 1YTJA 2V12C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KFP A;  3SA3 A;  4FCO A;  2AOE A;  5KOQ A;  1HIV A;  5P37 A;  5P8M A;  5I70 A;  1WBK A;  5P6J A;  4A6B A;  2O4P A;  2G1Y A;  1FFF C;  5OZM A;  5P0P A;  5JG1 A;  5P2E A;  3F9Q A;  2QU2 A;  3EKX A;  3I7E A;  4MC6 A;  2ZHV A;  3ZKM A;  4ZPE A;  4ACX A;  3NSH A;  5P4F A;  3PMU A;  2QI7 A;  3DJK A;  3NU3 A;  2ZGA A;  4ZEA A;  3DOX A;  2I4V A;  3EKV A;  5P1A A;  5P33 A;  4L6B A;  1NPW A;  4CMS A;  5P57 A;  4Y3L A;  4B1C A;  3O9C A;  5P3S A;  5TOL A;  5ENK A;  3LZV A;  5P0N A;  5HU1 A;  2B42 A;  3NWQ A;  5P6Y A;  3URI A;  3EM3 A;  5P6G A;  2VJ6 A;  4KUP A;  4Y57 A;  4FLG A;  3QBF A;  5P56 A;  3KDB A;  1NPA A;  4TVH A;  5F00 A;  2P3B A;  5AHC A;  5P5L A;  3PLL A;  5P4Y A;  4YOA A;  5P20 A;  3SO9 A;  3OXX A;  5P8F A;  3UQX A;  2JJJ A;  3GI4 A;  5P5H A;  3OK9 A;  5P1T A;  4HDF A;  5COO A;  5P3H A;  3TPJ A;  3OY4 A;  5J25 A;  1CZI E;  5P84 A;  1W5V A;  4Y3Y A;  1LYA A;  2IKU A;  5P7Y A;  4H1E A;  3VF7 A;  5P7T A;  3INF A;  1N49 A;  3OUC A;  3CIB A;  2AID A;  5P65 A;  3G72 A;  3T6I A;  4FAF A;  5P7D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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