1HHPA

The three-dimensional structure of the aspartyl protease from the hiv-1 isolate bru
Total Genus 12
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
12
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The three-dimensional structure of the aspartyl protease from the HIV-1 isolate BRU.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords UNLIGANDED HIV-1 PROTEASE
total genus 12
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1992-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hhpA00
4Y4JA 3PWRA 5P73A 2AOGA 2QI3A 4J0PA 1SDTA 3LPIA 1D4KA 2I1AA 5P5JA 5P54A 5OYRA 5P1WA 3KFSA 5P64A 3RTMA 2WEAA 3IXJA 4DI2A 3B80A 3PMUA 2B8LA 3UDRA 3S7LA 3NDXA 2QNQA 5C9BA 5ER1E 5HE5A 1SP5A 3U6AA 4R91A 1GNOA 5P19A 3S7MA 5I70A 5DQCA 2PH8A 5OZNA 5KQYA 5OZQA 5P8IA 3ZKXA 3L3AA 1SH9A 4CPSA 5KOSA 4Q1NA 3OAGA 4FS4A 1G35A 4EQ0A 5HU1A 4R8YA 3O9GA 2ZJKA 5KR8A 3TOGA 3FNTA 2QD6A 2G27A 3SLZA 2HAHA 3RSVA 5P4NA 1XL2A 3BC4A 2QMFA 1RNEA 3WZ7A 2CEJA 5P34A 1HXWA 4Y37A 2CENA 3QVIA 1IDBA 2BPXA 3KDCA 3O9EA 5P51A 5HDVA 3PCWA 1HSHA 4ACUA 5COKA 5P2SA 2WJOA 1FMUA 1ZSRA 4YD5A 5P7XA 1HTEA 4Y3FA 2AIDA 3ZOVA 4CPQA 2ZJJA 3OHFA 3S45A 3TH9A 2O4NA 5P0WA 2XYFA 2B60A 5P8AA 2PK6A 1NPWA 4OBGA 4D85A 2O40A 1Z1RA 4NJVA 3DCRA 2QHZA 2ER7E 2Q5KA 3GI4A 5OZEA 5P33A 2ER0E 1AJVA 5P8DA 1E5OE 1EPNE 3MSKA 4GYEA 5P5LA 5P4VA 4OD9B 5P6GA 1K6CA 4GZFA 4X7IA 3DM6A 3IA9A 3EC0A 2F81A 1EC3A 2IRZA 1IVPA 4J0ZA 4LBTA 5P0XA 5P3YA 1TQFA 4DJYA 5P4BA 4RVXA 5OYXA 3SA6A 3PSGA 5P85A 4F76A 4OBKA 2NXDA 4GB2A 5P02A 3DK1A 1EBKC 2BPYA 4Y3DA 5P2IA 1UH9A 5P8VA 2NMYA 2Z4OA 2NXLA 1MTRA 3DV5A 1A8KA 2FIVA 4QLHA 3SA5A 4MC1A 4FM7A 5P80A 4Y5GA 3SPKA 4Y38A 4J1FA 2MIPA 3IVIA 3PWWA 5HCOA 3WB4A 5EZZA 3PBDA 1XE6A 2V10C 3NXNA 5OZZA 2R38A 4DQEA 5P6IA 2QNPA 3I7EA 1B5FA 5OZMA 1LS5A 4FAEA 4QJ6A 1HOSA 2BQVA 4HDFA 2QU2A 5P32A 3KFPA 3QRMA 4LXAA 4EP2A 3OGQA 1IVQA 5P5EA 1QBSA 2CEMA 4NJTA 2OHSA 4Y3SA 4Y5NA 2IKUA 1WBKA 3DCKA 4BEKA 4Q1XA 2BPVA 1QBRA 3UDJA 3IXKA 3NLSA 4Y50A 4HVPA 4I0DA 4GIDA 2PWRA 5KOQA 2R5QA 2BPZA 3URIA 3MXDA 1BV9A 1KJHA 1XN2A 4FLGA 5P5KA 1K6VA 5P2VA 2ZJMA 1SMRA 2QI0A 5P38A 4Y5MA 5HDZA 4LXMA 4Y3AA 3KT5A 1VIKA 5P20A 1W51A 3CICA 1EPPE 5KQFA 5OZ5A 4Y3PA 1QBUA 2VKMA 3ZL7A 1EBYA 1EBZA 5P43A 5DR1A 3UCBA 2I0DA 5P3IA 3IAWA 4J1CA 2G22A 4NKKA 3EBZA 4ZPGA 5P2QA 4HDBA 5P5MA 5I3XA 1FKNA 4LL3A 2A4FA 3PHVA 5P3ZA 5P26A 2ZHVA 1IBQA 5P83A 3UDHA 3ZMGA 2IDWA 2VNMA 1LF3A 3T7PA 5C9FA 4I12A 4Y56A 1M43A 5P1NA 1MEUA 5P7NA 1A30A 1ZBGA 1SDVA 4I0EA 5P0LA 5P6HA 1LYWA 5P5ZA 1EPOE 5P23A 3QROA 5P39A 3NXEA 3CYXA 5P06A 5P48A 4GJDA 5P5TA 5P07A 2XFJA 4I8ZA 4B00A 3EXOA 4YHQA 4DJQA 1GVXA 5P55A 3TL9A 3ZKQA 5P4WA 3VSXA 5P10A 5P2UA 3UTLA 4Y3GA 4YOBA 4I0IA 3GI6A 4PPHA 4LAPA 4UPJA 1RPIA 5BWYA 2QMGA 3PSUA 2VS2A 5DPZA 4HEGA 5P5RA 2FGVA 4FGXA 1HXBA 5P2BA 1G2KA 5P3PA 1D4SA 2B7ZA 5OZRA 5P1UA 4B0QA 3EKWA 3TOFA 4EQJA 2QNNA 3NDUA 4GJAA 1AAQA 5T4SA 4FIVA 4J0TA 5P1FA 1DPJA 2I4XA 5P7ZA 1OEXA 5P53A 4PYVA 4Y54A 4ZIPA 1HVJA 5P7OA 4K9HA 3EKQA 3ECGA 4EYRA 5P7IA 4YBIA 5P3NA 3L59A 1ZAPA 4Y51A 5P42A 5P6FA 3INEA 3FSMA 5E5JA 1T3RA 5P40A 9HVPA 5BRYA 5IVTA 2AOIA 5P7KA 1BIMA 5P1XA 3L5DA 4B1DA 5P7MA 1K6TA 5HVPA 3KDDA 1HIVA 3UDPA 2QZXA 3SO9A 2R5PA 1XS7D 3KDBA 3EM3A 5P47A 1EBWA 3GGUA 5P0KA 1HPXA 1Z8CA 2H6SA 4HZTA 4B05A 3INHA 5P24A 4Y6MA 2A1EA 5P31A 2PSVA 4HLAA 4OC6B 3O9DA 5P4FA 3GGXA 1ME6A 5P0JA 2WF3A 1ZSFA 5P8EA 1D4YA 2G1RA 3ZKSA 5P08A 4U8WA 5P03A 5P3BA 4ER4E 4EXHA 3LPKA 1BDRA 2QI1A 5P8SA 3GI0A 5P5QA 4Y5CA 3JVWA 5OZSA 1LYAB 5P1RA 5P1DA 5P0VA 4U7QA 5P5VA 3QAAA 1G0VA 2ZGAA 3RVIA 3VV6A 2Z54A 2O4KA 4DFGA 2V13A 3QVCA 2EWYA 2FNSA 3EL5A 1IZEA 4FM6A 1APTE 5P1JA 3K5GA 3APPA 2BKTA 4YDFA 2ZHRA 5SY3A 5P52A 3PM4A 2JE4A 3PBZA 4I0GA 3LPJA 1QDMA 4R95A 2P3BA 1D4IA 3H0BA 4WY6A 4L6BA 4RLDA 1EC2A 4WTUA 4I0FA 4Y44A 1KJ7A 5P35A 4L7JA 1LYAA 5P3DA 2IENA 4Y3QA 2APRA 5PEPA 3L5FA 4ZSQA 5HD0A 4Y3LA 2AOEA 4I11A 5P09A 5P2DA 5DQ2A 2Q3KA 4ZEAA 5P3EA 2OHNA 5OYQA 5OZ2A 1FFFC 4DPFA 3O9LB 4L7GA 1PSAA 4YBFA 2FDEA 2QAKA 2QD8A 5P0OA 5P88A 5P8OA 4XKXA 1F34A 5P4UA 5HCTA 4Y4UA 2I4VA 4DQBA 1K2CA 1SIPA 1GVVA 3I6OA 3OU3A 4FRJA 5P3GA 1HIHA 4B70A 3EKTA 5P2FA 5P4ZA 1UH7A 3F9QA 3OOTA 1RV7A 2J9JB 2OHUA 5OZ3A 5P84A 5P05A 4MC9A 4GJBA 2PYNA 5P7TA 5OZYA 2R8NA 4R5NA 3LZSA 5I3VA 5P70A 5P6DA 3OQ7A 3OU4B 5P1OA 4EJDA 3B7VA 3S85A 2V00A 2VA6A 5OZXA 4EHCA 4OBZA 4BFBA 2QZKA 4GJCA 5P17A 4D8CA 2P83A 5OZUA 4NPTA 5P7PA 3LZYA 3CIBA 2FXEA 1SMEA 4S1GA 5P41A 4DQGA 3U7SA 3OUDA 3EL0A 3LIXA 1DIFA 3VLAA 4RVJA 1HSGA 3FV3A 3SAAA 2Q55A 3QBFA 5P78A 1FFIC 3OOZA 3NUJA 5P00A 2AVOA 5P4SA 1PROA 4PZWA 1BDLA 2PQZA 3SM2A 3O9AA 3OUAA 5COPA 2ZHUA 4DH6A 5OYYA 5BS4A 5P2AA 4Y43A 4L1AB 4FM8A 3OU1A 5P12A 1NH0A 3HAUA 4J1KA 3OTYA 5P0YA 4Z2ZA 2I4WA 4TRZA 3OXVA 4Y3EA 2VJ6A 5P6JA 2QMDA 3IGBA 4TRWA 1E80E 1FQ4A 3I8WA 5OZFA 5P66A 1B6KA 1GNNA 1C70A 5B18A 4Z22A 3FKTA 5P4JA 4APRE 2H6TA 5P0HA 5P6SA 5P8PA 3VSWA 5P4MA 4CMSA 3UFNA 2P3DA 4QJ7A 2HIZA 4RROA 1MT8A 4L1AA 5KQXA 3TLHA 4AUCA 4A6CA 1GVTA 5P50A 1PPKE 3OWNA 4LXKA 4HDPA 5OYWA 5P0MA 1YM4A 4GMIA 5UPJA 3LITA 4Y39A 1T6EX 2RSPA 4OBJA 2IGYA 3KYRA 7HVPA 3C9XA 5IVSA 5P2TA 2UXZA 2UY0A 2HPEA 1BVGA 4YCKA 1FB7A 4Y4WA 2FNTA 3PCZA 4H3FA 5OYTA 1FG8C 2FS4A 1E82E 1GNMA 3IXOA 3KF0A 5P4AA 1HVHA 3TOHA 5P2OA 1K1UA 3SKGA 1T6GA 3O9FA 3D20A 3D1ZA 5OZ1A 3ZPTA 5OZBA 5P82A 2QHCA 5IS4A 5P0QA 2HS1A 4BFDA 4J0VA 1K6PA 5P6QA 5P46A 1FMBA 4PEPA 1TSUA 5P7UA 3EKXA 4Y4AA 1GVWA 5OZTA 4CKUA 3LIVA 2V16C 1YM2A 1YTHA 2Q54A 5HE7A 5P5CA 3S2OA 1A94A 1IZDA 1YTJA 1FQ5A 3MWSA 3O9HA 3IN3A 2G21A 2QU3A 2P8HA 2PSGA 4DJUA 3AIDA 1JLDA 4K4RA 5P13A 2RKFA 1EAGA 2R3TA 5P0IA 4AZYA 2WF0A 4OBFA 4ZPEA 1FQ6A 4OD9A 4Y4ZA 1PPLE 5P3TA 3UFLA 2FDDA 5JFUA 5F00A 3SA7A 4FE6A 2NNPA 3I2LA 5P2RA 5JG1A 3NWXA 3O9IA 4Y41A 3SA9A 4I0JA 5P44A 2AOJA 1TCXA 5P8RA 5P6UA 2VA7A 3EKVA 5P7EA 3KMYA 2HB3A 1D4LA 4EXGA 4RVIA 3OK9A 5IE1A 4HE9A 4K8SA 4Q1YA 1PSNA 1J71A 2I4UA 3FX5A 3R4BA 4JPEA 5KR0A 1KJ4A 4JECA 3QBHA 5P7AA 2R43A 3MSLA 4AA8A 5SZ9A 2RKGA 5P75A 5OZVA 5P4DA 2Q11A 4DUSA 2HPFA 1XL5A 1LYBB 5P3MA 5P4XA 2QCIA 3D91A 2OHLA 3BVAA 5P74A 5P1HA 3L5EA 3DOXA 3KT2A 1LF4A 3OHHA 2OAHA 5OZJA 5AH9A 5I3WA 1AIDA 1HVCA 5P5XA 2WEZA 3TPRA 1EPME 4RCFA 5P0AA 1APUE 1IZIA 5P2LA 4DQCA 4Y48A 4Y3XA 5P5SA 4DQHA 3QS1A 5JFPA 4U7VA 3ST5A 1HVSA 1MT9A 2QI4A 2ZJHA 5P6BA 2OF0A 3RTHA 4FRSA 4ZSMA 3K5DA 4AA9A 2G94A 3ZPSA 2VJ9A 1DMPA 3RU1A 1WKRA 3UDQA 1TZSA 2P4JA 3R2FA 3BXSA 1AVFA 4COEA 5P2JA 2VIEA 5P6RA 3T7XA 1SDUA 5P1PA 5P6LA 5OZKA 5P1QA 5P18A 1W5YA 1BAIA 2NPHA 3FNUA 3K4VC 3PMYA 4DJWA 5KR1A 2JJJA 3GI5A 5AHBA 3NU6A 2ASIA 2NNKA 2J9KA 4Y3RA 5P68A 4YDGA 4CPXA 2Q64A 5P56A 3JVYA 2B8VA 5P04A 4B77A 4K4QA 2R9BA 4ER1E 3PWMA 5IVRA 3OADB 1W50A 5KR2A 1QRPE 5P4LA 2OHQA 3PJ6A 2G24A 4M8XA 5P8BA 4Y58A 1HTFA 2AZCA 4RZ1A 4TRYA 5AHCA 5AH7A 1K1TA 3NU4A 1EEDP 2RENA 1HRNA 5P0TA 3TKWA 3SFCA 2QZWA 2QD7A 5P3WA 2I4DA 5P1IA 3S43B 1OD1A 5P3AA 4BELA 1NSOA 2XFKA 1APVE 5P7RA 4J54A 5APRE 3NU3A 3OADA 5P1KA 8HVPA 5P2YA 4M8YA 3VFAA 2PWCA 4A6BA 2G20A 5P8GA 5P2XA 3VCMA 1W5VA 5P1CA 1CMSA 5DGWA 5P1SA 4YCYA 1RQ9A 4L7HA 1XE5A 4PHVA 1WBMA 5P4RA 5OZ0A 5P4EA 3PLDA 1FGCC 4I10A 3S43A 4NJUA 2I4QA 4WY1A 1FLHA 2PMAA 1ZLFA 5P6XA 5P67A 2WKZA 5P0NA 5P87A 2OHKA 1T7IA 1FQ8A 3CKRA 3TPLA 5P45A 3BUHA 2FLEA 1A8GA 1ZPAA 3PGIA 3NDTA 1T7KA 5P5AA 5P76A 2V0ZC 1W6HA 3VF3A 4Y4TA 4ER2E 5P3JA 1DAZC 5P62A 3VYEA 3TKGA 1G6LA 2F8GA 5P6VA 3L5BA 3A2OA 3OGPA 5DQ1A 4EJKA 4Y47A 2RMPA 2WHHA 3OQAA 5P5WA 3L5CA 4ZSRA 4I0ZA 5FIVA 5OZCA 3IN4A 3EM4A 2IGXA 3PSYA 4DPIA 5P8CA 4FRKA 3KN0A 5P7HA 4OC6A 2PH6A 2F3KA 4B1CA 5P0UA 4I1CA 4YD3A 5P30A 3EM6A 3TPPA 4J5JA 4TVGA 2Q63A 5OZOA 2WF2A 2NR6A 1MERA 2HS2A 2BBBA 5P2ZA 5P63A 5P3QA 4Y5PA 5P3VA 4KUPA 3NR6A 5OZ4A 4Y53A 3VUCA 4LP9A 1EC1A 1HPSA 4OBHA 5P5DA 1B6MA 2XFIA 1KJFA 4DJRA 5P5IA 2NXMA 1DP5A 2PYMA 1YX9A 1HVKA 5DR4A 5P69A 3UQUA 5P6NA 4Q1WA 4RCDA 2IQGA 3NDWA 3LZUA 4IVTA 4IVSA 3JW2A 5P4OA 1UH8A 3DJKA 5SY2A 3VYFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4J A;  3PWR A;  5P73 A;  2AOG A;  2QI3 A;  4J0P A;  1SDT A;  3LPI A;  1D4K A;  2I1A A;  5P5J A;  5P54 A;  5OYR A;  5P1W A;  3KFS A;  5P64 A;  3RTM A;  2WEA A;  3IXJ A;  4DI2 A;  3B80 A;  3PMU A;  2B8L A;  3UDR A;  3S7L A;  3NDX A;  2QNQ A;  5C9B A;  5ER1 E;  5HE5 A;  1SP5 A;  3U6A A;  4R91 A;  1GNO A;  5P19 A;  3S7M A;  5I70 A;  5DQC A;  2PH8 A;  5OZN A;  5KQY A;  5OZQ A;  5P8I A;  3ZKX A;  3L3A A;  1SH9 A;  4CPS A;  5KOS A;  4Q1N A;  3OAG A;  4FS4 A;  1G35 A;  4EQ0 A;  5HU1 A;  4R8Y A;  3O9G A;  2ZJK A;  5KR8 A;  3TOG A;  3FNT A;  2QD6 A;  2G27 A;  3SLZ A;  2HAH A;  3RSV A;  5P4N A;  1XL2 A;  3BC4 A;  2QMF A;  1RNE A;  3WZ7 A;  2CEJ A;  5P34 A;  1HXW A;  4Y37 A;  2CEN A;  3QVI A;  1IDB A;  2BPX A;  3KDC A;  3O9E A;  5P51 A;  5HDV A;  3PCW A;  1HSH A;  4ACU A;  5COK A;  5P2S A;  2WJO A;  1FMU A;  1ZSR A;  4YD5 A;  5P7X A;  1HTE A;  4Y3F A;  2AID A;  3ZOV A;  4CPQ A;  2ZJJ A;  3OHF A;  3S45 A;  3TH9 A;  2O4N A;  5P0W A;  2XYF A;  2B60 A;  5P8A A;  2PK6 A;  1NPW A;  4OBG A;  4D85 A;  2O40 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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