1HIIA

Comparative analysis of the x-ray structures of hiv-1 and hiv-2 proteases in complex with cgp 53820, a novel pseudosymmetric inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparative analysis of the X-ray structures of HIV-1 and HIV-2 proteases in complex with CGP 53820, a novel pseudosymmetric inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (aspartic proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus 2
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hiiA00
2ER6E 1IZEA 4WY1A 3ST5A 1BV7A 4Y3ZA 3VF3A 5JG1A 4FRIA 4YD5A 4Y4UA 3HLOA 4EP2A 5P76A 1IVQA 4Z22A 4F76A 1B5FA 5P69A 5P7GA 3ZL7A 1HTGA 4DJPA 4Y4AA 4IVSA 5P2RA 2PYNA 5AGZA 5P7VA 2AZ8A 4GMIA 5JFPA 1G35A 2FDDA 3U7SA 1GVVA 4ZPGA 4PYVA 3KMYA 4DJQA 1BWAA 3FSMA 1HXWA 1LS5A 3KDDA 5P6SA 5P0EA 5P85A 4H1EA 3GGUA 5P24A 1HEGE 5P0IA 2P83A 5P4DA 2UPJA 1MPPA 2WHHA 5P31A 4K9HA 5P1BA 1TW7A 2QZLA 3PLLA 5ER1E 4RROA 3NDXA 4HDPA 4GJ7A 1B6KA 4QLHA 1A94A 3INDA 3Q70A 4FSEA 2QI7A 3SKFA 5P42A 2Q5KA 2F3FA 4U7VA 4RRSA 3SA3A 4OBGA 3NR6A 1C6ZA 2EWYA 3PCWA 2O4KA 3R4BA 3O9GA 5F00A 5ISKA 2VA6A 5C9FA 4Z50A 4NJVA 2G1OA 2VNNA 2VIZA 1D4KA 4J54A 4HLAA 5P4RA 3QIHA 1SDVA 4RGHA 1M43A 3UQRA 3OU1B 2OHNA 1MVPA 4M8YA 3PWMA 2XFJA 2OHSA 4ZLSA 4AA8A 1MTBA 2ZHRA 1QBRA 5P8JA 1PPKE 1SH9A 1HSHA 4Y3LA 5DGWA 1D4YA 4FCOA 3UDRA 2P3BB 5P1MA 3LPKA 1LYBB 2NNKA 3NDUA 4GJ6A 4H3FA 5P47A 4CPRA 5EZZA 3L38A 4Y3AA 2NXLA 1FKNA 4TVGA 4HEGA 4TVHA 2FXEA 3INEA 4ER2E 4RYCA 5P7NA 1HRNA 5OZYA 4M8XA 3HD8A 3LIZA 1IZDA 2PK6A 1XS7D 5P8GA 5P7AA 3KFRA 3OHHA 5P6CA 5P7YA 3KM4A 4EWOA 5P74A 4FRJA 2QMFA 5P3ZA 4YE3A 2JJIA 3R0WA 4Y3DA 4Y3HA 5P1EA 4QJ8A 2AQUA 2QI3A 4OBZB 2ZJIA 1YM2A 5P1NA 3QBFA 3HVGA 2HPEA 3RSXA 5P7HA 4NJUA 3T6IA 3SM2A 2RSPA 2ZYEA 3NSHA 5P6WA 5P0KA 4DI2A 5CONA 4GJ5A 3R1GB 3UF3A 4Y54A 1FG6C 4TRWA 4Y5BA 4I12A 2OHUA 5P1PA 4BELA 1SDUA 5COKA 1EBZA 3HAUA 3QP0A 3DV1A 1BV9A 9HVPA 4QJ9A 3RTHA 1K1TA 2AODA 2AVOA 1XN3A 1EBYA 5BWYA 4Y47A 2IEOA 4I0ZA 2CEMA 5DGUA 2BKTA 5P5DA 5P0MA 5KQFA 3NUJA 4J1FA 3S7LA 2AOCA 4I10A 1PPLE 1BXQA 1FGCC 4Q1YA 4A6CA 5P3BA 3BUFA 1QS8A 3QN8A 2IGXA 4IVTA 4ZSMA 3G72A 1HPVA 5P3TA 4HVPA 5P2UA 1XN2A 4Y57A 2J9KA 2WF1A 3T3CA 4XXSA 5P59A 3BGCA 3TKWA 3DOXA 5OZNA 5AH7A 3SPKA 3IA9A 5P0OA 5F01A 1BVEA 3NU4A 3GW5A 3CIDA 5P88A 5P1YA 1FQ4A 1MSNA 2NPHA 5OZRA 1T3RA 5P1RA 4L6BA 5P3GA 1K2BA 2HIZA 4EPJA 4BFDA 4NKKA 5P3RA 5P02A 3ZKMA 3OU4A 1BIMA 3UQXA 1IZHA 3OHFA 4RCDA 2HC0A 3EL0A 3VYEA 5P4BA 4RYGA 1GVUA 1C70A 2QMGA 3TL9A 4J1KA 2IDWA 3ZPUA 1BDRA 2RKGA 4RCFA 3JVYA 3O9DA 2UY0A 2R3TA 2MIPA 1RL8A 3FKTA 5HCOA 4D88A 1HTRB 5P8HA 2V0ZC 1SBGA 3SA6A 3EKYA 1MEUA 5P7KA 5P2CA 1RNEA 5OZ8A 3IVHA 4EXHA 3BC4A 4ZPFA 5P4NA 3IVIA 3DK1A 5P3AA 5P30A 5P2NA 5P3SA 3SA4A 5DR8A 5P4LA 4FAFA 5AH9A 1FLHA 2PC0A 1EC3A 4J5JA 1ZSRA 5P73A 5HU0A 4Y5LA 5P6FA 4OBJA 5P43A 5P22A 5P8MA 1NPAA 4YOBA 5OZVA 5OZ2A 2VNMA 2B7FA 5P3UA 3S7MA 4Q1XA 3O9BA 1PROA 3BVAA 5DQ2A 4EJLA 4LC7A 1AXAA 1FIVA 1ZTZA 4K4QA 2OHKA 4B1DA 3OUAA 4XX3A 5P4IA 3O9HA 5OZLA 4XKXA 5OZXA 3I6OA 2AIDA 2G24A 2WEAA 1YM4A 5P1WA 2QZXA 5P8SA 2QU2A 4B1CA 2ZJHA 1MRWA 3HDKA 4OC6A 1D4SA 5P8VA 2G94A 3TPLA 4X2LA 3GI4A 2BBBA 3NDTA 1MT7A 4Y5NA 8HVPA 2FXDA 1MTRA 1TSQA 1EBWA 1EBKC 5P2IA 2ZJMA 4GB2A 3S43A 2B8LA 5AH6A 5P35A 4K4PA 3LPIA 2NTRA 1SMRA 5P0RA 4RVJA 3UDPA 1FQXA 4Y37A 2G1NA 4MC9A 2G22A 4KE0A 3OGQA 4Y4TA 3L5CA 2ZHTA 1HPSA 4AMTA 3UHLA 3N4LA 2QU3A 4FM8A 3Q4BA 3K4VC 4Y4DA 4YD3A 5P6VA 1XDHA 2R5QA 5P13A 4J0VA 3O9EA 5P3YA 5P34A 3D1XA 1G0VA 1QBSA 3NXEA 1ZP8A 2PK5A 5P6RA 3M9FA 1IVPA 1EPRE 5OZTA 4U8WA 3NDWA 1W50A 4Y41A 1DPJA 2IL2A 7HVPA 1FQ6A 5P2KA 5P5YA 4F75A 5P10A 4QJ2A 1LYWB 3B7VA 4MC2A 5P0DA 3D1YA 5P7MA 3PI5A 4DVFA 4L1AB 5OZSA 4FL8A 3CIBA 4U7QA 3KN0A 2QZWA 4Q1NA 5P41A 3RTNA 4I0HA 5P0GA 1HTFA 1HSGA 4Y5MA 4R91A 3I2LA 4FM6A 2B7ZA 3SQFA 1GNOA 5DR1A 4QJ7A 5P7IA 5P8RA 2ZHVA 5P0PA 1KZKA 2FGUA 3FNSA 5P6XA 1LF2A 1XL5A 2BB9A 3INFA 3WB4A 1ZBGA 2APRA 3Q6YA 3ZKSA 3O9LB 5ENKA 4Y5KA 5DQ5A 5P0BA 3OADA 2HAHA 1FEJC 1KJFA 2QZKA 2BQVA 1NPVA 1G2KA 2BPZA 4I0GA 3MSKA 5OYQA 4FSLA 1K2CA 3EXOA 4KE1A 3QPJA 5P2QA 2ZJLA 5P5IA 5P5BA 2NNPA 4Y3WA 5P1XA 4NPUA 1AZ5A 5P5XA 5OZUA 1B5FB 5P3LA 3UDQA 5P6DA 4DJXA 1GVTA 5P2BA 2HB2A 5KR1A 1QDMA 5P01A 2QI4A 3VLBA 3S85A 1EEDP 3PGIA 4ACXA 3URIA 2OAHA 3HAWA 2G1RA 4LHHA 1GVXA 3OXVA 4DQFA 4Y36A 5KOQA 5P4FA 4Y44A 5P4KA 3IXKA 1IIQA 5P4YA 1APVE 3OAGA 5P53A 1YTIA 4I8ZA 2IGYA 3EL1A 5OZFA 5P77A 3TOGA 4Y35A 5P4EA 4RVIA 4CPQA 3H0BA 3VCMA 3KDBA 4F74A 4ER1E 2FLEA 2QAKA 4GJDA 1HVKA 3GGXA 5P50A 2ZJKA 3TLHA 5APRE 2VJ9A 3OY4A 5P4XA 2G21A 3NYGA 1LEEA 4D85A 2Q64A 4Y4ZA 2QHCA 3KMXA 5P2FA 1XL2A 2WF0A 5HDXA 2XFKA 4H3GA 3OUCA 3QRSA 4DFGA 4DJVA 4R93A 1HVHA 1HHPA 3MSLA 3ZKQA 1NPWA 5P1GA 3RSVA 5P4UA 1SIPA 3SABA 5JFUA 1SMEA 2IQGA 4Y4XA 1E81E 5P81A 5P4HA 3PB5A 3GI0A 1K6VA 1AJVA 4MC6A 5P4QA 5P3JA 5P28A 5P4PA 3O9CA 3SA8A 2PH8A 5P07A 5P52A 5P1FA 5UPJA 2F81A 2IKUA 2WKZA 2QI1A 4Y4BA 1FMUA 2Q15A 3DM6A 1XE6A 1QRPE 2PMAA 3K5CA 2F3EA 5P75A 3TNEA 5P5HA 5OZHA 3OQDA 3KFNA 3EMYA 3C9XA 2V00A 3RVIA 3SFCA 5P5GA 3ER3E 5P0AA 5I3YA 2QNNA 5P1IA 4GJ9A 3VSXA 5P1TA 1Z1RA 1A8KA 2VIEA 3OTYA 3EKPA 2PQZA 5P68A 5P5VA 2V10C 1HOSA 2CEJA 4I0EA 3NUOA 5P4GA 5P3EA 4YA8A 2ZJNA 1MERA 3ZKGA 2V16C 1E82E 4J1CA 3EKQA 5DQ1A 5HDUA 3OK9A 2G1SA 3OOZA 4Y56A 1B6MA 3LITA 5P63A 4YCTA 2QI0A 1C6XA 4Y45A 5P1KA 5P49A 5P5TA 2Q11A 4Y3EA 5P57A 3PSUA 5OYWA 1ZPAA 3RU1A 1AJXA 2PWCA 1WBKA 1MT8A 5P1LA 5P79A 5DR0A 5P45A 3PBZA 1W5YA 5P1AA 1B11A 1EC2A 4S1GA 4K8SA 5P8IA 1ZJ7A 3OWNA 3Q3TA 4YDGA 1YTJA 2R38A 3GI5A 5OYYA 1ODWA 3HW1A 5P0WA 5KQYA 2XFIA 5P8BA 1APTE 1EC1A 3G6ZA 5P29A 4Y5AA 1EAGA 4J17A 1RV7A 3K1WA 5P5WA 3ZKIA 2I0DA 1G6LA 1OEXA 2OHRA 4JP9A 5AHAA 3ER5E 3APPA 3PVKA 1IDBA 1AVFA 2Q63A 4R95A 4FS4A 5P4JA 3OU4B 2I0AA 4MC1A 2JXRA 2IS0A 1AAQA 1JLDA 4COEA 3TOHA 5OZAA 4DJYA 1EPNE 5OZZA 5P6NA 3NU3A 3K5DA 5P3FA 3UFLA 6APRE 2BPVA 4B05A 2OHPA 5P3PA 4LXMA 4Y3QA 3MWSA 5P5RA 5P5ZA 1BWBA 4H3IA 4QGIA 1AM5A 5OYTA 1EPQE 5P2VA 1APWE 2QK5A 4ZPEA 5P6MA 4DQGA 5P5KA 2WL0A 5P7EA 3S2OA 3L58A 2PWRA 5P00A 1D4JA 5P48A 5P2YA 4UPJA 1ZPKA 2A1EA 4L7JA 4YBIA 5P82A 3GGAA 2IKOA 4YDFA 2BPWA 5P3VA 5C9DA 2AOFA 1LV1A 3FV3A 1N49A 2CENA 5OZ9A 3GI6A 5P3CA 1NSOA 1ZAPA 4DJOA 2P3CA 5P2OA 4Z2ZA 2VS2A 4YD4A 1W6IA 3BHEA 5P5PA 1OHRA 3MXEA 4Y58A 5P7QA 4OBFA 2PSVA 5P6JA 4PZWA 3VF7A 3O9FA 5OZBA 3UQUA 4Y5EA 1LF3A 3OGPA 3NLSA 3KFPA 4CP7A 4CKUA 4Y4JA 1YTHA 5P2SA 5P11A 5P03A 5P2XA 1DMPA 3K5FA 5P1HA 5FIVA 3I25A 5P6LA 2V13A 2QD8A 1PSNA 3PMYA 1FFIC 3VV8A 4Y5CA 4OC6B 4KB9A 2BPYA 4DPFA 4YOAA 1LZQA 4CPTA 1DP5A 3CYWA 2FS4A 5P6KA 3MXDA 4GJBA 3S43B 5IVQA 3AIDA 5P7SA 3TPRA 1GNMA 3I7EA 4Y3GA 5P0LA 2OF0A 3O9IA 2OHLA 2I4XA 4DJWA 5P2ZA 5OZEA 3SA9A 1GVWA 2ANLA 2QHYA 3QI1A 3HBOA 3LINA 5P5JA 3OQ7A 1META 2Q3KA 5P66A 5P6HA 4I1CA 1TQFA 4TRYA 5P3IA 3S53A 4OBHA 1HVCA 2VKMA 4Y9WA 1EPOE 5COPA 1J71A 5P8KA 4HDFA 5P2HA 2AOIA 5P4ZA 5OZ0A 1HIIA 3UTLA 1TCWA 5P6TA 5P7TA 1AIDA 3OQKA 3IN3A 3VEUA 5P6ZA 2HS1A 4HDBA 5OZ6A 2I4UA 5P8QA 4J0TA 5IE1A 3LZVA 2AVMA 2NMYA 2QNPA 1TCXA 5E5KA 5P7FA 4J0YA 3URJA 5P23A 3OUBA 5OZ3A 5P55A 4B78A 3QAAA 2FIVA 3PRSA 1FQ5A 4FRSA 2V12C 5P3DA 5P3XA 5TOLA 3UDHA 5P1ZA 3OQAA 2HB4A 2G26A 2VIYA 2B8VA 3VF5A 5P12A 5P4SA 3PI0A 2XYEA 4D8CA 4Q5MA 3O99A 5OZPA 1W51A 4EP3A 4LXKA 4A4QA 1ZSFA 5P3QA 3WZ8A 4R5NA 5P19A 3TPJA 5P51A 3WZ7A 3PWWA 5P0JA 3B80A 4EHCA 2O40A 1DIFA 5P7OA 5DPZA 3UCBA 1KJHA 3SAAA 1UH8A 1M4HA 3L5BA 2F8GA 1TSUA 3R0YA 2WECA 2I4DA 3AUPA 2G69A 3IGBA 4R8YA 1OEWA 4NJTA 3CKTA 1WKRA 4AA9A 3KT5A 1B6PA 1D4LA 1IBQA 3WB5A 1BBSA 5P6UA 3OOTA 2WEZA 5P0QA 5P0YA 2AOEA 4OBDA 2FGVA 4ZIPA 2QD7A 4B00A 2OHTA 3L5DA 1T6GA 4L7HA 4ZSPA 5HU1A 5P60A 5P40A 5P3KA 2Q54A 5P86A 3SACA 5P6QA 1EPME 5IS4A 3DCKA 1HVSA 3UDYA 3KFSA 2RENA 3LZSA 5P4OA 4QJAA 4PHVA 4CPSA 3H5BA 3OAGB 5P3MA 3INHA 3NXNA 5P7PA 3BUHA 3LHGA 1ENTE 1KJ7A 3PMUA 3VYDA 3NU5A 1LYAB 1ME6A 1FQ8A 1T7KA 3ZMGA 1HPXA 5P25A 2QD6A 4Y5GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER6 E;  1IZE A;  4WY1 A;  3ST5 A;  1BV7 A;  4Y3Z A;  3VF3 A;  5JG1 A;  4FRI A;  4YD5 A;  4Y4U A;  3HLO A;  4EP2 A;  5P76 A;  1IVQ A;  4Z22 A;  4F76 A;  1B5F A;  5P69 A;  5P7G A;  3ZL7 A;  1HTG A;  4DJP A;  4Y4A A;  4IVS A;  5P2R A;  2PYN A;  5AGZ A;  5P7V A;  2AZ8 A;  4GMI A;  5JFP A;  1G35 A;  2FDD A;  3U7S A;  1GVV A;  4ZPG A;  4PYV A;  3KMY A;  4DJQ A;  1BWA A;  3FSM A;  1HXW A;  1LS5 A;  3KDD A;  5P6S A;  5P0E A;  5P85 A;  4H1E A;  3GGU A;  5P24 A;  1HEG E;  5P0I A;  2P83 A;  5P4D A;  2UPJ A;  1MPP A;  2WHH A;  5P31 A;  4K9H A;  5P1B A;  1TW7 A;  2QZL A;  3PLL A;  5ER1 E;  4RRO A;  3NDX A;  4HDP A;  4GJ7 A;  1B6K A;  4QLH A;  1A94 A;  3IND A;  3Q70 A;  4FSE A;  2QI7 A;  3SKF A;  5P42 A;  2Q5K A;  2F3F A;  4U7V A;  4RRS A;  3SA3 A;  4OBG A;  3NR6 A;  1C6Z A;  2EWY A;  3PCW A;  2O4K A;  3R4B A;  3O9G A;  5F00 A;  5ISK A;  2VA6 A;  5C9F A;  4Z50 A;  4NJV A;  2G1O A;  2VNN A;  2VIZ A;  1D4K A;  4J54 A;  4HLA A;  5P4R A;  3QIH A;  1SDV A;  4RGH A;  1M43 A;  3UQR A;  3OU1 B;  2OHN A;  1MVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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