1HPOA

Hiv-1 protease triple mutant/u103265 complex
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of nonpeptidic HIV protease inhibitors: the sulfonamide-substituted cyclooctylpyramones.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hpoA00
3BXRA 1LEEA 4H3GA 1M43A 5P0HA 4ACXA 5P86A 2QHZA 5HE5A 5P3DA 4CP7A 5P4JA 3WB5A 3L58A 3DCKA 2ZJJA 4OC6B 5P1DA 2G1OA 3I8WA 5P0MA 5JFUA 3DK1A 5P6SA 2APRA 3ZKIA 2IQGA 2R5QA 4FIVA 5P84A 3CKTA 4B1DA 5P1YA 5P0XA 3GI0A 1BBSA 3UDYA 5P73A 1EEDP 4Y3YA 2RSPA 5P3EA 3EL4A 3HW1A 2QI1A 3SA3A 4GB2A 4I8ZA 4XX4A 4I11A 2WL0A 2V0ZC 5P2LA 4L1AB 2AVOA 3QP0A 1HPSA 2FIVA 3LIQA 5P78A 2WEBA 4WTUA 3BUGA 4EJKA 4Y5EA 5P6BA 5P8KA 5AGZA 5P4HA 1RV7A 5P6ZA 3VG1A 4LAPA 5OZ2A 5P1NA 4Z4XA 5E5KA 4HLAA 3INFA 4XKXA 4YD3A 5P5SA 4BEKA 3OAGB 5OZMA 4RRSA 1BILA 1SDTA 5P64A 5P12A 3NXEA 5P25A 1LF4A 5P0UA 5OYTA 1HWRA 2HIZA 2QMDA 4HDFA 5P05A 5OZUA 5P22A 4NPUA 1EC0A 2B42A 4Q1NA 4CPXA 4Y5LA 3N4LA 5P8IA 5SZ9A 3GI6A 4Y3RA 4B1CA 4ACUA 3DOXA 5C9BA 1D4IA 5P01A 1BDLA 1FFFC 5P8GA 5P7AA 3QIHA 1MUIA 5P4TA 4B05A 2VA6A 3OU4A 5OZGA 3SA9A 3H0BA 2AODA 2BPYA 4D8CA 3G6ZA 3MXDA 4PZWA 3L38A 2FGVA 2NXLA 1EPRE 2BPXA 5P7FA 4CPSA 5P5MA 4OBZA 1K6TA 1ZSFA 3INDA 2HM1A 1TZSA 2QNPA 2JYSA 4DQHA 3BVAA 4DJVA 5P2RA 5OZXA 1BXQA 1K2BA 4FM8A 2IKOA 4J1CA 2QD7A 4Q5MA 2NNPA 4Y3LA 5HE7A 4J0PA 4DQFA 3LNKA 1AJVA 2PSVA 1Q9PA 3NDXA 3EKVA 3NLSA 5DQ2A 2G20A 3M9FA 5P6TA 4LL3A 4J0ZA 3BUFA 2O4NA 4Y3WA 5HU1A 3ZKXA 3ER3E 5P34A 5P0AA 2AZ9A 5COOA 4Y5AA 2AVMA 1IZHA 1WBKA 5P42A 5OZKA 2IGXA 3EC0A 5CONA 5P68A 5DR0A 2F81A 5P50A 3FX5A 1T7KA 4Y3HA 4Y5NA 3UDJA 1HVHA 3OTSA 4FRJA 4L7JA 5OZQA 5ISJA 1MIQA 3S45A 4FM6A 1U8GA 3KFNA 4U7VA 3OXWA 2NXMA 1WBMA 3UQUA 3O9IA 1META 3OXVA 1T6GA 5OZLA 2IGYA 5P72A 5KR0A 1KJFA 1UH7A 3H5BA 2R3TA 3BHEA 4ER2E 1SP5A 4PZXA 4Y5PA 2B7ZA 4DJQA 4DJYA 5KR1A 3U6AA 1BV9A 3RTHA 4A4QA 3MWSA 3BVBA 2IDWA 1YTJA 2QHCA 3BXSA 4COEA 1EC3A 1B5FA 5P44A 5P74A 2PWRA 4OBFA 5P02A 1AM5A 3KMXA 5P52A 3RSVA 1LYWB 2ZJLA 4KB9A 1LYBB 2B7FA 5OZEA 3SA4A 2HPFA 3UDRA 5P1HA 3VYFA 4Y56A 2MIPA 4I12A 4Z22A 5P80A 4OC6A 3HAWA 1SIPA 4GJ7A 3QN8A 3DUYA 4YOBA 3URJA 5OZ3A 3ECGA 5OZIA 1HOSA 4RYCA 5P4YA 5P8PA 3F9QA 1TSQA 3UDQA 4L6BA 1F7AA 4YOAA 5P1XA 2FDPA 2HPEA 4Q1YA 5P87A 3PEPA 5P5EA 5P76A 3TOFA 1PPME 2JJIA 3QROA 1SH9A 2HB3A 2AOGA 2BKSA 5HDVA 5P3XA 4L1AA 5DR3A 2F3KA 5P6AA 4Y45A 5P5TA 3LIYA 3QPJA 4EXGA 3VSXA 5P0DA 4GJ6A 3R2FA 2ZHUA 3EBZA 4RGHA 1KJ4A 3APRE 4K4PA 5P39A 5P08A 5P04A 3PSUA 2XYFA 2IL2A 1HXBA 3QI1A 4DJOA 3OK9A 1SBGA 4Y4AA 1YG9A 3CKRA 5P47A 3NDUA 5P0QA 3PMUA 5P8MA 3NWQA 5OZFA 2AOCA 5P11A 2VNNA 4F76A 2I4XA 2XFJA 5P7IA 2WJOA 5ENMA 2Q64A 2Q3KA 4J55A 1FQXA 5E5JA 2PYNA 2ZYEA 1LZQA 4Y4BA 4B1EA 5BWYA 1Z1HA 5P8EA 3VLAA 2F3FA 5P7BA 2G1NA 5AHCA 5P2BA 1TQFA 1EPLE 5P3WA 5P4XA 5P5XA 3PVKA 5P0LA 1AIDA 5P7SA 3DJKA 3NU3A 5P8SA 1ER8E 2WEAA 2AZCA 4JP9A 3G72A 2QZLA 5P7PA 2QNNA 3IVIA 4N00A 5P4SA 4DQCA 3GI4A 8HVPA 3PRSA 1EAGA 4Y47A 5P5RA 1DIFA 3SABA 4ZPFA 3S54A 1FQ6A 5P83A 1FMBA 4FAFA 5P51A 3EM6A 1YM4A 5P7MA 3VF3A 3R0WA 4F73A 1OEXA 3O99A 2QMGA 4E43A 4FRSA 1EPOE 5P2EA 3FNSA 4GJAA 5P56A 2G24A 3SA7A 5P7OA 1HEGE 3BRAA 5AH8A 3TPRA 2QHYA 3LIZA 4YBIA 1TSUA 4Y3AA 5BS4A 5P41A 1A9MA 2ZHSA 5P1BA 3KT2A 3K4VC 5HDUA 4IVSA 4LC7A 4J5JA 5FIVA 4I0DA 3CYXA 4ZLSA 4FAEA 3ZKMA 2FDEA 3L5EA 4BFBA 3ST5A 5P61A 3K4VA 3NDWA 4FGXA 3WB4A 5P8QA 4JOOA 4TRWA 3WSJA 3IXOA 4OBDA 2AOHA 1NPAA 2P3AA 3WZ6A 1B6PA 4DJUA 5JODA 3LZYA 1MTBA 4EJDA 3SQFA 2IENA 1ZTZA 1FEJC 1K6CA 1ZLFA 1D4JA 1SGZA 5P5DA 2J9JB 2WECA 5P1SA 4J1HA 5OZ9A 3T7QA 5DQCA 5P2FA 1RNEA 5P2GA 1APVE 5P58A 5P07A 1DMPA 5P4MA 1PROA 2FNTA 4Y4UA 4DQBA 2PYMA 5P2QA 1GVVA 3DM6A 1RPIA 5P3KA 4I8WA 4RRNA 2P3CA 5OZAA 1G0VA 3LIVA 4K8SA 5OZYA 5P6VA 4BFDA 5P4QA 5P5IA 1LYWA 4NJSA 5P6GA 1DP5A 1LYBA 1GVXA 2P4JA 2OHMA 3GI5A 4J0TA 4YA8A 3KDDA 5P1IA 1Z1RA 3CKPA 2UPJA 4LP9A 5P3MA 3CICA 2PH6A 5DQ5A 5P71A 5P8HA 2O4LA 3BGCA 1XN3A 5P65A 2R38A 1YTHA 5JFPA 3OHFA 1EPQE 1A94A 4CPTA 5P7GA 5TOLA 3EMYA 4YDGA 3HBOA 1KJGA 5P2XA 4GYEA 4YBFA 4L7HA 7UPJA 5P8UA 4U8WA 2AOJA 5P33A 2ANLA 2G94A 2QCIA 3S2OA 2F80A 3PCZA 3ZMGA 1SMEA 5DGUA 4OBHA 1W51A 5P14A 5P1EA 4HEGA 1EBYA 2IS0A 3QS1A 3VFBA 2NMZA 4YCKA 1SDVA 5DR7A 3TOHA 2AZBA 1MTRA 5OYUA 2JJJA 2G1RA 3UFNA 3UHLA 4Y3XA 4AA8A 2VA5A 5OZZA 3KT5A 1GNMA 1ME6A 5P4PA 2RKFA 2QMPA 4Q1XA 1BXOA 4ZSQA 5AHAA 5AH7A 5DR4A 2ZDZA 3L3AA 3L5CA 2CEJA 2VKMA 5P2MA 1GVUA 5P3AA 5P4DA 1FF0C 3K5FA 3VV7A 3URLA 5P8TA 4JPEA 4ZIPA 5P6JA 1UH9A 3I2LA 4EXHA 4F74A 3OWNA 1HEFE 2V00A 4J54A 5P3JA 4FSLA 4ER1E 2OHSA 3LZVA 4DI2A 5I3VA 2RENA 3NXNA 2QZXA 5EZZA 5P1TA 1ENTE 2OHTA 1E80E 4DFGA 3BGBA 3NU6A 4JECA 5P0ZA 3ZKNA 3U71A 2QK5A 4PHVA 2WHHA 3INHA 5P0SA 2Z54A 3S85A 3OHHA 5P2UA 5BRYA 3D20A 4DJXA 5P7RA 1IZDA 2O4PA 4HVPA 4CPUA 4ER4E 5P3VA 4DPIA 3AUPA 4Y41A 3MSKA 2G22A 3KA2A 3K5DA 4GJ5A 5EZXA 1ZBGA 4Z50A 3WZ7A 5P7VA 2I4DA 2VNMA 1ODXA 2QI5A 5P2VA 4DVFA 4RCEA 1HPOA 3UF3A 3LPKA 1PPLE 5P13A 4IVTA 5P2HA 5DQ4A 1PFZA 5P27A 3O9EA 3UQWA 4FLGA 5P26A 1FFIC 3ZL7A 5P3OA 3MSJA 3IA9A 2QI6A 5P30A 4D85A 3HLOA 1HSHA 1MSNA 5HCOA 1C6YA 2QMFA 3BUHA 1ZJ7A 3O9HA 1C6XA 4YD7A 4S1GA 1DPJA 3QRSA 5P5KA 1UH8A 1XE5A 1BWBA 5P3BA 4RCFA 1D4YA 2ER6E 5OYXA 5C9FA 4NKKA 5P1GA 3NYGA 5P0TA 3SA5A 3PBDA 3CIDA 5P6XA 3I6OA 1LF2A 2J9KA 5KQYA 3PWWA 1Z8CA 4LXKA 3VSWA 4EJ8A 3ZPSA 5OZJA 4EQJA 1N49A 2VIYA 4CPRA 4Y51A 1IBQA 5F01A 3S53A 1XN2A 2AOIA 3LINA 3NUOA 5P1WA 2AVSA 2I0AA 4Y3DA 3IXJA 2R5PA 2J9JA 5P4RA 1K1UA 3LPIA 5HCTA 3TLHA 5KR2A 1T3RA 1HIHA 2I1AA 5P0YA 3UPJA 5P81A 3VFAA 5P5AA 1HIVA 5ENKA 3S7MA 5P17A 3ZLQA 1HVRA 3PM4A 4Y43A 2V13A 5P2SA 2NNKA 1B6MA 2OAHA 3FNTA 2VJ7A 3UQXA 1A8KA 3EKQA 5P8CA 2IRZA 1NH0A 3ZPUA 1QBRA 1HHPA 2PMAA 5P3IA 5P6KA 1LF3A 4Y48A 5I70A 2HB2A 5P6UA 3GGUA 3KDCA 5P59A 4TVGA 5P36A 5HTZA 1BV7A 4Y3EA 5P7JA 1DW6C 5OYWA 4DJWA 2NPHA 3GGXA 4R95A 2QU3A 5P1RA 5P0WA 5P1FA 1C6ZA 5C9DA 1QRPE 1EPPE 3VYDA 5P82A 1MPPA 5IS4A 3RU1A 2G1YA 5P0RA 2R9BA 1LYAA 5OZVA 3I25A 3B80A 2QP8A 4M8XA 4ZSPA 1FQ7A 4Y9WA 4Y54A 5P70A 5HU0A 3ER5E 5P40A 5COKA 4QJ2A 2NXDA 4WY6A 2QD8A 5P5CA 4H3FA 4Y57A 4FM7A 5I3WA 1E82E 3D3TA 3SKFA 3VF5A 4PEPA 5KQXA 5OZOA 5P1PA 3K5GA 4Q1WA 3IN3A 5P2YA 1A30A 2G27A 1LV1A 2A1EA 1BIMA 3SO9A 1MT7A 2QZKA 4KE1A 2OHLA 6UPJA 5HDXA 4Y4XA 1A8GA 3EKWA 4Y35A 5P8VA 3SA6A 5P8BA 2BKTA 5OYYA 1YTGA 2FMBA 5P1AA 2ZHTA 4HDPA 4UPJA 1XL2A 5OZ0A 2G1SA 1AZ5A 3OQAA 5P09A 1B6KA 4Y3NA 1E81E 2HAHA 1MERA 2Q55A 5HD0A 5P7YA 1OD1A 2BB9A 3OUDB 5P3NA 1KZKA 3OUCA 5OYSA 4B72A 2AOFA 4A6BA 2BQVA 1ZP8A 1IDBA 1G2KA 1CPIA 1MESA 2ZJNA 4D83A 3L5DA 1T7IA 3OADA 4YD5A 1FLHA 2FXEA 2G69A 5P5PA 5HVPA 3IGBA 3NUJA 5AH9A 5P6RA 4Y4GA 1BDRA 1HVCA 2FDDA 4FRKA 4Y3FA 4I0JA 4ZSRA 3GW5A 5P4AA 4JPCA 2Q11A 4QJ8A 3MXEA 3PI5A 1ZPKA 2CENA 5P8AA 4M8YA 5IVQA 2PSUA 4AZYA 1G35A 1D4KA 3CMSA 4TVHA 5P0IA 5P7CA 1QDMA 4Y6MA 3UDNA 3Q3TA 5P1ZA 5P8OA 4EHCA 3DV5A 2BPWA 4X7IA 1D4LA 4Y38A 1HVSA 4Y44A 1BVGA 3NU9A 5P67A 5P4UA 5P0EA 1T7JA 4Y4ZA 2Q15A 4J1FA 1HTEA 3TKGA 1K2CA 5DGWA 3D1ZA 5P1MA 2V11C 1CZIE 1VIKA 3NR6A 2P3DA 4RLDA 4Y4EA 1IVQA 4OBJA 4MC6A 2CEMA 1APUE 2UXZA 3OU1B 4GJCA 5P3TA 3NU5A 5P5QA 3URIA 3EXOA 5P7WA 4LXAA 5B18A 2B60A 2FS4A 5UPJA 2FNSA 5P5WA 3LHGA 5HE4A 4I1CA 5P1JA 4CPWA 4RZ1A 4YD6A 5OZ4A 5DR8A 3FSMA 2I4WA 4FRIA 5OYQA 1B6LA 2OHQA 3OY4A 2SAMA 2AVVA 2AVQA 5IE1A 3TOGA 5P24A 5P4IA 3NSHA 5ISKA 2IKUA 1HTRB 5P46A 3D91A 4APEA 4B77A 5P1KA 1FKNA 1GNNA 3OGQA 3RTMA 2V12C 3I7EA 4LHHA 4QJ9A 2I4UA 3OQKA 4HZTA 5P5HA 3PLDA 3Q5HA 5P6NA 1K1TA 2FXDA 4B78A 4RVIA 5P0OA 6APRE 2WF2A 2ZJHA 1BAIA 5P7QA 3QBHA 1PSAA 1EPME 2PK6A 2VJ9A 5P1OA 1CMSA 4I0EA 3PSYA 4U7QA 2AIDA 3PWRA 4ZSMA 5P45A 5P2JA 1D4HA 1UPJA 2I4QA 2BPVA 4PPHA 5OZRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BXR A;  1LEE A;  4H3G A;  1M43 A;  5P0H A;  4ACX A;  5P86 A;  2QHZ A;  5HE5 A;  5P3D A;  4CP7 A;  5P4J A;  3WB5 A;  3L58 A;  3DCK A;  2ZJJ A;  4OC6 B;  5P1D A;  2G1O A;  3I8W A;  5P0M A;  5JFU A;  3DK1 A;  5P6S A;  2APR A;  3ZKI A;  2IQG A;  2R5Q A;  4FIV A;  5P84 A;  3CKT A;  4B1D A;  5P1Y A;  5P0X A;  3GI0 A;  1BBS A;  3UDY A;  5P73 A;  1EED P;  4Y3Y A;  2RSP A;  5P3E A;  3EL4 A;  3HW1 A;  2QI1 A;  3SA3 A;  4GB2 A;  4I8Z A;  4XX4 A;  4I11 A;  2WL0 A;  2V0Z C;  5P2L A;  4L1A B;  2AVO A;  3QP0 A;  1HPS A;  2FIV A;  3LIQ A;  5P78 A;  2WEB A;  4WTU A;  3BUG A;  4EJK A;  4Y5E A;  5P6B A;  5P8K A;  5AGZ A;  5P4H A;  1RV7 A;  5P6Z A;  3VG1 A;  4LAP A;  5OZ2 A;  5P1N A;  4Z4X A;  5E5K A;  4HLA A;  3INF A;  4XKX A;  4YD3 A;  5P5S A;  4BEK A;  3OAG B;  5OZM A;  4RRS A;  1BIL A;  1SDT A;  5P64 A;  5P12 A;  3NXE A;  5P25 A;  1LF4 A;  5P0U A;  5OYT A;  1HWR A;  2HIZ A;  2QMD A;  4HDF A;  5P05 A;  5OZU A;  5P22 A;  4NPU A;  1EC0 A;  2B42 A;  4Q1N A;  4CPX A;  4Y5L A;  3N4L A;  5P8I A;  5SZ9 A;  3GI6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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